4YD6A

Endothiapepsin in complex with fragment 240
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd6A01
5P5XA 1HSIA 4J1CA 5SY3A 5P8CA 3L5BA 1C70A 2WF2A 5P8BA 3OWNA 3OOTA 5P0PA 5P8FA 4RROA 4J1EA 1LZQA 3RTMA 2BPZA 3UFNA 4F73A 5P43A 1TCXA 4Y47A 5P3FA 1HXWA 2AOEA 4LP9A 2BPWA 4Y3DA 3NDXA 5OZLA 5P04A 2PYMA 3HZCA 7UPJA 4HVPA 3G6ZA 5KQYA 1VIJA 1YM4A 5P5IA 4OBHA 5JG1A 5P3CA 3F9QA 4OBDA 5P31A 5OZVA 5P66A 1D4IA 4A6BA 2QHYA 4GJ7A 3LZVA 5P5ZA 4OC6A 3U71A 5P1FA 3IVIA 4Y39A 5P1AA 2WF3A 2QZKA 1ZP8A 3OQFA 3O9LA 4J1KA 3EKWA 5KR1A 1YTGA 5P8LA 1HSGA 1EBKC 2QAKA 5P5JA 4B72A 4RYCA 5P5VA 5P0SA 5OYSA 5COPA 3BC4A 5P2DA 2Q3KA 5P3JA 5P6IA 5P38A 5P88A 4LBTA 3H0BA 1HPXA 3OGPA 3ZOVA 1UPJA 2ZJJA 2R3WA 3S45A 4J0YA 5P4AA 3DCRA 4HDPA 1W5VA 1XS7D 5P1PA 5P5HA 1QBUA 5P2BA 4RVJA 1APVE 6UPJA 5P5CA 5CLMA 5P3ZA 1BBSA 3T7XA 5P3MA 4DJQA 2PMAA 3NU6A 4OBKA 5P26A 5B18A 5P2NA 5P6WA 2IENA 3R2FA 1PFZA 5P0RA 3CKPA 3OUDB 4Q5MA 4NPUA 1W5XA 4XXSA 3OQAA 4GJ8A 3BVBA 1AXAA 5KAOA 3VV6A 3O9GA 5P7DA 5J25A 2ER6E 4RGHA 5P0FA 4AMTA 4DJPA 5DR3A 5OZ4A 3HVPA 2WEBA 1HVRA 3WB4A 4DV9A 5P25A 4CP7A 3S53A 1T6GA 2F8GA 3OU3A 5HD0A 5P4UA 3BUGA 3SA5A 1HVJA 1T7KA 3NDUA 4S1GA 1NPAA 4HLAA 5P1RA 2OF0A 2QK5A 3R1GB 4Y4GA 2NXLA 5P8TA 5P4RA 4FM7A 3VSXA 5OZ0A 4GJ6A 3EKPA 1FIVA 4U7VA 2PSVA 3L58A 4CPQA 3G72A 2QNNA 3O9DA 2AOGA 2Q64A 1AAQA 5DQ1A 3NXNA 4Y5LA 2IKUA 2G21A 3DCKA 2VIZA 3RSVA 5P2OA 4YCYA 3SM2A 3D1YA 2WEDA 3GI5A 1LF2A 3BRAA 5P48A 3NU9A 2QI7A 3APRE 4Y3TA 2JJJA 3UCBA 5P23A 2RENA 2BBBA 3ZPUA 5P5AA 3TKWA 3DM6A 5P5NA 5P4BA 3LITA 4DQEA 3NU3A 5P5YA 1XL5A 5ISKA 1KJ7A 5KOQA 5P2CA 5P7JA 4HE9A 1PSAA 4Y3WA 3D1ZA 5DGUA 3N3IA 3PLDA 4Y4ZA 3VSWA 5P0NA 2FS4A 3NWXA 4Y35A 5P7PA 4L6BA 3QAAA 4OD9A 4Y4UA 2ANLA 5OZFA 5KOSA 1DIFA 2G1RA 5IVTA 5P8EA 5P5LA 1DW6C 5P0AA 3IXKA 3ZKIA 4PPHA 4Y4WA 4NKKA 1SP5A 1B5FA 1ZTZA 3GI4A 3O9LB 3VG1A 4CPXA 4I0DA 1DP5A 1NH0A 2FDEA 4Y3YA 1HPSA 3N4LA 3KN0A 3EBZA 5P58A 5P3OA 3CIDA 3O99A 4CMSA 5P0TA 5P3QA 3TOFA 4FRIA 4MC6A 3ZKQA 5HVPA 4RCDA 3KT5A 3NDTA 1FQ6A 3RTNA 1K2CA 5APRE 4I0JA 3EL5A 4I12A 5P7XA 3UDNA 3TL9A 3TNEA 3UDHA 1Q9PA 4R93A 1Z8CA 3B7VA 3S43A 1RQ9A 4CPRA 5HDUA 4Y9WA 4Y3FA 5OZXA 3I7EA 3LPKA 3ZKSA 3QN8A 3NR6A 5P7KA 4ZPGA 3HVGA 5P0BA 3QRVA 1QBSA 5P7NA 1IZEA 3VEUA 3SA8A 2HS2A 3SA6A 5P82A 3BXRA 5P3IA 5P11A 4KE1A 4F75A 5C9DA 4FSLA 5P5OA 2HB3A 2ZJIA 3TH9A 1IZDA 4I8ZA 5P03A 2IEOA 3QBFA 1HVLA 5P1IA 2P3DA 4CPWA 4FAFA 3BHEA 2ZYEA 5P8KA 1FQXA 4Y4DA 1K6CA 5I3VA 5P6EA 1D4SA 1EC0A 5OZ5A 2QI3A 3M9FA 4TVHA 1LYAA 4Y3EA 5AH8A 4ZSPA 1FGCC 5P4TA 2HC0A 4H3JA 5P0DA 2J9KA 1YM2A 3JVYA 2VKMA 2IKOA 2QMFA 4LHHA 5P44A 5P3AA 1FKNA 4I0IA 4FSEA 2ZJKA 5OYUA 3RTHA 5P3UA 2ASIA 1PSOE 4J0VA 3L5DA 2JJIA 8HVPA 2AODA 1HIHA 2FIVA 2WKZA 4ACUA 3TKGA 5P2LA 4B70A 1ODYA 4DFGA 3JW2A 5KQFA 5AH9A 3NXEA 1RL8A 2ZDZA 1SDVA 5P01A 4EP3A 4DJVA 3HLOA 5P8NA 3SO9A 4K9HA 2OHQA 4Y6MA 4GYEA 4ZSRA 5P05A 5P1ZA 4I0HA 5P7GA 1MRWA 4R95A 2AOCA 2QI4A 5P61A 1MSNA 5P7IA 5HDZA 1UH8A 3T7PA 5P4XA 4GJDA 1BXOA 2QD6A 1TW7A 2PYNA 3S2OA 2I4DA 5OZKA 5P39A 2PC0A 4Q1YA 5OZCA 4EHCA 3EKTA 5P02A 5P7UA 5P6MA 5P6KA 4ACXA 3NU5A 1BVGA 3OHHA 4FLGA 3AIDA 5P8VA 4K8SA 4A4QA 5P8MA 4OD9B 4OBFA 5P2RA 4EYRA 5P3DA 1HOSA 5P0ZA 4J17A 5P5EA 4DQHA 1C6YA 5P4VA 4Z4XA 5P3SA 3ZKNA 1K6TA 4DVFA 4B0QA 4QLHA 4COEA 3JVWA 3WZ6A 4FGXA 4Y3ZA 4GJ5A 1RPIA 1G35A 5P68A 3WSJA 2XFKA 5P3YA 3KFNA 5COKA 1APUE 4R8YA 3T3CA 4Y5EA 7HVPA 4PZXA 5P1EA 3CYXA 3DOXA 2A1EA 5P7RA 1KZKA 4ZEAA 1GVXA 1B6KA 5ISJA 2V11C 3NYGA 4J0PA 2ZJNA 3VF7A 4X2LA 5DQ2A 2Q63A 4DQCA 5P8QA 5P1VA 5P7AA 5P00A 2V16C 1IBQA 4AZYA 5P0VA 2OAHA 2R3TA 4TRZA 3K1WA 2HS1A 2UXZA 1NPVA 1SMEA 3S85A 5P4YA 4Z50A 3S43B 4Y3AA 3R4BA 2VJ6A 4Y41A 2Q54A 5P5RA 4MC2A 4Y4XA 5SZ9A 3IAWA 1FF0C 3VLBA 1KJGA 5P16A 2CEJA 4FRKA 5P4NA 1FQ8A 4QJ2A 5DR0A 1MT7A 4LC7A 5OZ2A 3ZKMA 1HVCA 3MXDA 2QCIA 1UH9A 2VNNA 1E82E 5P2TA 1WBMA 4RCFA 4DJYA 3UQRA 5P20A 2IRZA 2VJ9A 2NPHA 1BWAA 3LNKA 2QI1A 3IXOA 5P1YA 5OYVA 4Y3LA 1LYAB 5TOLA 3CYWA 1E81E 4FAEA 3CICA 4Y3NA 4Y4EA 2Q5KA 2A4FA 3I6OA 1HVIA 4BELA 4NJUA 5P84A 1XE6A 5P1UA 3EKVA 4I0ZA 3OY4A 3TTPA 5P7ZA 1BXQA 1KJFA 5HTZA 2R9BA 5P6LA 4Y5BA 1MT8A 1MIQA 5HE4A 1JLDA 3QVIA 2AZ8A 6APRE 3D20A 2B60A 3LHGA 4J1FA 2I4VA 2B8LA 4B00A 3LPIA 1ZSFA 4YDGA 4Y44A 5OYQA 5P1NA 4ZSMA 4Y3RA 2G69A 3INFA 1HTRB 1TCWA 1B6JA 2IDWA 5P65A 5T4SA 3TPLA 4I10A 4Y56A 1F34A 3UTLA 5BS4A 3IGBA 1OEXA 5F00A 3QI1A 5P8IA 1W51A 2NNKA 3I2LA 3OTSA 1MVPA 2F3KA 3ZMGA 5P0WA 5P8DA 5P1HA 1EC1A 4QJ9A 3UQUA 1EC3A 5P5GA 3GGVA 2G27A 5OZMA 5P6GA 3URJA 5P7VA 4FM8A 4J55A 5AH6A 4J1IA 5P1WA 5OZGA 5P0YA 5P5WA 3L3AA 3SA3A 1A94A 1SGUA 2ER0E 4Y38A 2FXDA 3ER3E 3VCMA 1LV1A 2G24A 5P7QA 4Y3MA 1FMUA 1G6LA 4Y57A 5P7EA 5OZQA 3Q6YA 4BFDA 4QJ8A 2VIYA 5IE1A 2FDPA 4EP2A 4L1AA 2AZ9A 2P3BA 4DI2A 2PWCA 5P4PA 2RSPA 3NUJA 3INDA 3T7QA 1QS8A 2ZHRA 3Q3TA 3MXEA 4JPEA 2JYSA 3R0YA 2I4QA 5P4FA 5P5SA 2HM1A 2G94A 3UDMA 1BDRA 4RYGA 5P74A 2ZGAA 3ZPTA 2RKFA 1B6PA 4Y4JA 5P6AA 1YX9A 3VYFA 2Q55A 3EMYA 5E5JA 2NR6A 2F81A 5P76A 5P6OA 5P6TA 4DJWA 3O9HA 5P89A 1SGZA 1ENTE 1BDLA 4R92A 5IVQA 3SA9A 1META 3CKRA 3VF5A 4BEKA 4OBJA 1YG9A 3FX5A 1BDQA 3PVKA 2QZWA 4RVIA 2QNPA 4GB2A 5OZDA 5DR7A 3L38A 5P2KA 4DPFA 2IGXA 4Y4AA 3A2OA 3HAUA 5OYWA 5P6NA 2XFJA 4NJTA 5P83A 1ZAPA 3ZPSA 1ZBGA 1SMRA 3SPKA 3TLHA 5P45A 4Y53A 5P55A 1SDUA 2PH8A 3SQFA 3MSKA 4GJCA 5ENKA 2QU2A 2BPVA 1EBWA 1MRXA 3OU1A 3UDQA 2F3FA 4FCOA 3SA4A 5AH7A 2R5QA 3LIXA 4PYVA 1OHRA 2OHPA 4MC9A 3TPPA 3U6AA 2WEAA 2I4XA 5P5FA 2VA6A 1RV7A 1UH7A 4B77A 4FS4A 5P6PA 3GGAA 3OADA 1T6EX 2H6TA 1AM5A 5P51A 1RNEA 5IVRA 2HPFA 3HAWA 5OYRA 3TOHA 1GVTA 1TZSA 5P42A 4I0FA 3L59A 2OHRA 4OC6B 2AVSA 5P0EA 3NSHA 4HDFA 4R5NA 4Y3JA 1CPIA 2HPEA 4RRNA 3HDKA 3MWSA 5OYTA 4Y50A 2AOIA 4J54A 5P7LA 2ZJMA 4H1EA 4FRJA 3PBDA 5P7CA 3PI0A 1TQFA 2FDDA 5P13A 5P5KA 5AGZA 3U7SA 4DUSA 5P8GA 5OZEA 1FMBA 4CPTA 3MSJA 3URIA 1XE5A 4JPCA 2ZHVA 5C9FA 2ZHTA 1B11A 1HVSA 5P12A 5OZ7A 4D88A 1YT9A 1KJHA 4Y51A 1QRPE 4NJVA 3GGUA 4XX3A 5P86A 1T7JA 5P7WA 3OTYA 4N00A 1HIVA 4GJAA 5P36A 3KFPA 1GNOA 4K4RA 5CONA 5P2YA 3O9CA 1MTBA 1HWRA 3PMUA 5HDXA 1A8GA 5P1BA 1HTGA 3S54A 2J9JA 3PMYA 3K5CA 2NTRA 3K5FA 5P60A 4DQFA 4AA9A 3UDKA 2QD8A 1APTE 3VV7A 5P7BA 3QVCA 3IXJA 1HHPA 1MSMA 4I0EA 1EPQE 5P63A 5OYZA 2HIZA 2V12C 2G1YA 5OYYA 5P2IA 3R0WA 4FL8A 4L1AB 5DR8A 2AOFA 5P78A 1TSQA 3EL4A 5P5MA 2P3BB 5HCOA 3WZ7A 1BV9A 2WHHA 2H6SA 5P0KA 4YHQA 3HD8A 4I1CA 4YDFA 4DJXA 1FQ4A 3EL1A 2O4KA 5P52A 4HZTA 3KDCA 4H3FA 1D4HA 3INEA 5P87A 2P4JA 1T3RA 2V0ZC 3VYEA 3KDDA 5P40A 5P1KA 2VA7A 5COOA 5OZ9A 4NPTA 4EJDA 5P4ZA 1HBVA 1K2BA 5P6RA 3PCWA 3UDRA 5P10A 3OK9A 1K1TA 1HSHA 4Y37A 2PH6A 4LXAA 4QJ6A 1GVUA 3LZSA 4Q1NA 3QP0A 1LS5A 5P3VA 5P50A 6FIVA 2VJ7A 5P8SA 2RKGA 2NNPA 5P6QA 4WY1A 1GVWA 5P6JA 5P2XA 2R43A 1SIPA 3OU1B 3VYDA 1GVVA 2QMGA 5P2QA 2R5PA 1M0BA 3INHA 4EWOA 5SY2A 2ZHUA 5P8AA 1Z1HA 2OHLA 2PK6A 4I8WA 5P1MA 5KQZA 3KF0A 4GJBA 2Q15A 4Y3GA 5FIVA 2G26A 2QP8A 3SKFA 1MEUA 2I4UA 3KT2A 2QHZA 2G1SA 5OZAA 3OADB 5P2JA 5P59A 1HVHA 4ZSQA 5OZIA 3IA9A 1G0VA 3EL9A 2NMZA 5OZZA 1MTRA 3WZ8A 4YCKA 2SAMA 2XYFA 3PLLA 5P0UA 3DJKA 1BV7A 1YTJA 2ER7E 3PSGA 3LIZA 1B5FB 4L7JA 5P6ZA 3UHLA 1M43A 4YD7A 5P56A 5P80A 1AIDA 4J1HA 4Q1WA 4B1DA 2Z4OA 5P46A 1LYBA 4I0GA 5ER1E 3D3TA 3L5EA 1C6ZA 4JP9A 5P2SA 5OZSA 3PRSA 3EM3A 5P81A 3OUCA 2O4LA 3O9IA 4B1CA 1IZIA 5P27A 5P71A 1IDBA 2QHCA 3PWRA 3ZL7A 4D83A 4EXHA 1FQ5A 1MPPA 3DV1A 2BKSA 1XDHA 1YTIA 3EXOA 3QS1A 4M8YA 4DJUA 2UPJA 4TVGA 4ZPEA 5KQXA 5P6YA 5OZRA 5P62A 4Y48A 3PGIA 5OZNA 2QNQA 1HVKA 1CMSA 5P7FA 5P3LA 2OHNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5X A;  1HSI A;  4J1C A;  5SY3 A;  5P8C A;  3L5B A;  1C70 A;  2WF2 A;  5P8B A;  3OWN A;  3OOT A;  5P0P A;  5P8F A;  4RRO A;  4J1E A;  1LZQ A;  3RTM A;  2BPZ A;  3UFN A;  4F73 A;  5P43 A;  1TCX A;  4Y47 A;  5P3F A;  1HXW A;  2AOE A;  4LP9 A;  2BPW A;  4Y3D A;  3NDX A;  5OZL A;  5P04 A;  2PYM A;  3HZC A;  7UPJ A;  4HVP A;  3G6Z A;  5KQY A;  1VIJ A;  1YM4 A;  5P5I A;  4OBH A;  5JG1 A;  5P3C A;  3F9Q A;  4OBD A;  5P31 A;  5OZV A;  5P66 A;  1D4I A;  4A6B A;  2QHY A;  4GJ7 A;  3LZV A;  5P5Z A;  4OC6 A;  3U71 A;  5P1F A;  3IVI A;  4Y39 A;  5P1A A;  2WF3 A;  2QZK A;  1ZP8 A;  3OQF A;  3O9L A;  4J1K A;  3EKW A;  5KR1 A;  1YTG A;  5P8L A;  1HSG A;  1EBK C;  2QAK A;  5P5J A;  4B72 A;  4RYC A;  5P5V A;  5P0S A;  5OYS A;  5COP A;  3BC4 A;  5P2D A;  2Q3K A;  5P3J A;  5P6I A;  5P38 A;  5P88 A;  4LBT A;  3H0B A;  1HPX A;  3OGP A;  3ZOV A;  1UPJ A;  2ZJJ A;  2R3W A;  3S45 A;  4J0Y A;  5P4A A;  3DCR A;  4HDP A;  1W5V A;  1XS7 D;  5P1P A;  5P5H A;  1QBU A;  5P2B A;  4RVJ A;  1APV E;  6UPJ A;  5P5C A;  5CLM A;  5P3Z A;  1BBS A;  3T7X A;  5P3M A;  4DJQ A;  2PMA A;  3NU6 A;  4OBK A;  5P26 A;  5B18 A;  5P2N A;  5P6W A;  2IEN A;  3R2F A;  1PFZ A;  5P0R A;  3CKP A;  3OUD B;  4Q5M A;  4NPU A;  1W5X A;  4XXS A;  3OQA A;  4GJ8 A;  3BVB A;  1AXA A;  5KAO A;  3VV6 A;  3O9G A;  5P7D A;  5J25 A;  2ER6 E;  4RGH A;  5P0F A;  4AMT A;  4DJP A;  5DR3 A;  5OZ4 A;  3HVP A;  2WEB A;  1HVR A;  3WB4 A;  4DV9 A;  5P25 A;  4CP7 A;  3S53 A;  1T6G A;  2F8G A;  3OU3 A;  5HD0 A;  5P4U A;  3BUG A;  3SA5 A;  1HVJ A;  1T7K A;  3NDU A;  4S1G A;  1NPA A;  4HLA A;  5P1R A;  2OF0 A;  2QK5 A;  3R1G B;  4Y4G A;  2NXL A;  5P8T A;  5P4R A;  4FM7 A;  3VSX A;  5OZ0 A;  4GJ6 A;  3EKP A;  1FIV A;  4U7V A;  2PSV A;  3L58 A;  4CPQ A;  3G72 A;  2QNN A;  3O9D A;  2AOG A;  2Q64 A;  1AAQ A;  5DQ1 A;  3NXN A;  4Y5L A;  2IKU A;  2G21 A;  3DCK A;  2VIZ A;  3RSV A;  5P2O A;  4YCY A;  3SM2 A;  3D1Y A;  2WED A;  3GI5 A;  1LF2 A;  3BRA A;  5P48 A;  3NU9 A;  2QI7 A;  3APR E;  4Y3T A;  2JJJ A;  3UCB A;  5P23 A;  2REN A;  2BBB A;  3ZPU A;  5P5A A;  3TKW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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