4I1CA

Design and synthesis of thiophene dihydroisoquinolins as novel bace-1 inhibitors
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
399
structure length
378
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of thiophene dihydroisoquinolines as novel BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
total genus 94
structure length 378
sequence length 399
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i1cA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i1cA02
3SA3A 5P0YA 5DR7A 3SM2A 3GGXA 5P7WA 4J0VA 4JPCA 3PSYA 2QZXA 1NPWA 3UQXA 1MVPA 3NUJA 4MC2A 1HTRB 4Y38A 2QMDA 5P0DA 4QJ2A 4TRYA 5P5WA 3OQKA 1YTIA 3CYWA 3JVWA 5OYYA 3H5BA 2G26A 3OU1B 2F80A 5P7HA 2R8NA 4PZXA 1HXBA 2R38A 2V13A 1XN2A 5P6DA 5DR4A 4Y4AA 1DP5A 5OZJA 5P0FA 4DJUA 1ENTE 3BUGA 2I4WA 5DQ5A 4Y35A 5HD0A 5P1YA 4FRJA 5P3JA 5P34A 1UH7A 4DQCA 9HVPA 5P3OA 1BDQA 3PI5A 2FXDA 3PLDA 3VCMA 1VIKA 4YHQA 4Y5KA 3EKQA 3KFNA 3IN3A 1DW6C 1PROA 5HCTA 1Z1RA 5OZ7A 3KT5A 3HD8A 4ZPEA 6FIVA 3HAWA 3ECGA 5P4DA 3TOHA 3SACA 3L5CA 1FQ7A 3MWSA 3R4BA 4RYGA 4EQ0A 3SA8A 3RTHA 1WBMA 2HPEA 1Q9PA 2FLEA 3OADA 1DAZC 3DM6A 1TSUA 2HB2A 1FG8C 2G94A 1KZKA 1W5YA 5P6ZA 4D85A 3S56A 3INHA 3OXCA 2PYNA 4BEKA 2UXZA 4ZPGA 4Y5MA 2G21A 5P85A 1T6EX 4DQFA 1E5OE 3EM6A 4FM8A 4I0JA 4J5JA 4RVIA 1KJ7A 3QI1A 5P6OA 2H6TA 5P28A 5P1IA 4RCEA 5P5TA 3ZKSA 4OBZA 4EWOA 1NH0A 5AGZA 1LEEA 5P56A 2F3FA 1SIPA 4YOAA 1T3RA 5C9FA 2BPVA 5P73A 1D4YA 2BBBA 2I4UA 5P3QA 5OZNA 1EPQE 1NPVA 3OADB 1AJXA 5P6PA 2VIZA 1HEFE 2ZYEA 2PMAA 1QBUA 7UPJA 4L7GA 1B6MA 3OTYA 3UPJA 5P7VA 4EYRA 4B1CA 4CPWA 5P5NA 2QHZA 3KFSA 5P10A 3UDMA 2FDDA 2WL0A 4Y3NA 2WF0A 3U71A 1UH9A 4GJ5A 2OHUA 4OBZB 1AM5A 4CKUA 5P33A 3PBZA 4I0FA 3OQAA 5SXNA 4Y37A 1IDAA 5BRYA 3NDUA 1YM4A 2AZCA 4K8SA 5F00A 4B05A 5P0XA 1BVGA 4EJDA 3PVKA 4Y4UA 4R92A 4D83A 5EZXA 2V11C 4XKXA 4DQHA 5P80A 5P4SA 5P01A 4I0EA 4QLHA 1EBYA 3L5FA 4N00A 3VEUA 5BS4A 3SA4A 1FMXA 2AODA 3VLBA 2ZJNA 2PWRA 3KDDA 4I1CA 4K4PA 3DV1A 5OZUA 3OGQA 1MSMA 5OYZA 3NSHA 1EC2A 3O9BA 5ISJA 1G0VA 1FQ8A 5OZ9A 1DPJA 3U6AA 3AIDA 3KMXA 1SGZA 1HVHA 2O4SA 3R0YA 1BILA 4Y3JA 1AZ5A 3PWRA 5P5AA 3LIZA 2PQZA 3O9GA 1K1TA 2FXEA 2PH8A 2VS2A 2VIJA 4B0QA 1KJ4A 3VYFA 2QP8A 4YA8A 2IKOA 5P55A 5HVPA 5P6IA 5P8LA 1ZJ7A 1HSHA 4J0PA 5P7MA 4K4RA 5F01A 2AQUA 2PYMA 4HA5A 4Y57A 5KR0A 5OZQA 3FX5A 3VV7A 2QI3A 5P8OA 3OOTA 1HVCA 2HIZA 3FIVA 1HHPA 1RPIA 5OZ3A 2ZDZA 4FE6A 5P8FA 5P62A 5P0LA 2NXLA 1TZSA 3LHGA 4L1AA 5P1ZA 5CONA 2O4PA 1ER8E 5P26A 5P42A 1SDVA 4NPUA 3LIVA 1PFZA 1NPAA 4Y3WA 1MT7A 5P5SA 1ZTZA 4Y41A 4GJBA 4ZLSA 3L58A 4EHCA 5COKA 1M4HA 4PYVA 3I8WA 4UPJA 5P2DA 4EJLA 1TQFA 3WSJA 4Y53A 5OZBA 3DOXA 1UH8A 4L6BA 2QZWA 4Y5NA 3FNUA 2Q64A 5P09A 1AXAA 5HU0A 4NKKA 2AVSA 4HDFA 1BAIA 1HTFA 2ZJKA 5P53A 1XE6A 4L1AB 5P8IA 2OHNA 4KE1A 3D1ZA 4B77A 5P3WA 1MRWA 4Y4EA 5P4RA 3ZL7A 5P25A 3INEA 4LHHA 4YCKA 5DR3A 1GNOA 5IVQA 4FSLA 3PI0A 5P8VA 3QRMA 2VJ9A 1A94A 3Q3TA 5P1PA 1MEUA 2P3DA 3L5BA 4YBFA 2P8HA 1DIFA 2G24A 1APWE 1CPIA 5P6NA 1QBRA 3BVBA 3URLA 3OY4A 1RL8A 5P7FA 2UPJA 3UDNA 1HVJA 4LP9A 3D20A 4OBHA 2XFKA 3VFBA 1BVEA 1BXQA 2AOIA 5OZZA 2B60A 3H0BA 5KQFA 3I6OA 5P5CA 4CP7A 1FQXA 2JYSA 2V10C 5P08A 3S43A 2JJIA 1HXWA 4DI2A 3KDCA 5ENMA 2QD8A 2QI6A 4Y4XA 5P1DA 3CMSA 2B7FA 1FQ6A 5HDXA 2I0DA 1RNEA 3S54A 1A9MA 5P31A 1T6GA 3LPKA 5P2IA 3FKTA 5P6EA 3HLOA 5P66A 5P3YA 5P4IA 5PEPA 1GKTA 2HM1A 5P2JA 3NUOA 5P2QA 1QDMA 4NJTA 2NMZA 3UDPA 1QS8A 5P59A 1B5FA 1KJGA 4Z4XA 1IZHA 3FNTA 5OZ4A 5P8AA 3ER5E 5P81A 3L5EA 5IVRA 2Q3KA 5P6QA 1E81E 3URIA 5P6UA 3CIBA 4TRZA 5P0RA 2WF2A 3NXEA 5P8EA 5P6FA 4DJPA 5EZZA 1NSOA 2I4VA 3TL9A 4DJWA 5BWYA 3T3CA 5P7NA 5P5QA 5P1XA 1MT9A 4GIDA 4TVHA 1FQ4A 5P7PA 1SGUA 2AVVA 5P2MA 5AHAA 5JFPA 2QMFA 5KOQA 5P52A 2VIEA 4DJOA 5P2HA 3LITA 3UDQA 1SBGA 1TCWA 5P2EA 1ZSFA 1B5FB 3VF5A 5P0BA 1B6PA 1LYAA 2EWYA 5OZAA 1GVWA 4Q1YA 1EC3A 5P7ZA 1CZIE 5HDUA 4B72A 2O4KA 4I8ZA 2BKSA 1B11A 4I0ZA 3N3IA 4QJ7A 4YCYA 4BELA 2P83A 3HDKA 2NNPA 1GVUA 2HS2A 1LYBA 4LXKA 3T7XA 4YCTA 5P74A 5HU1A 2G1OA 5P7DA 2ZHUA 5P47A 2QU2A 3JW2A 2PSUA 1K6PA 3QVCA 2H6SA 4RVJA 5P7IA 1YM2A 5P8MA 2VKMA 5P2WA 3TKGA 2R43A 5P3NA 1LYAB 3NU3A 2WHHA 1ME6A 3SABA 3N4LA 2P3BB 3ZLQA 1U8GA 3DCKA 4J1KA 4Y3YA 3IXKA 3PCZA 3MXDA 4Y56A 4Q5MA 5E5JA 4LXAA 5SZ9A 5P7CA 3TH9A 5P45A 5P23A 1LF2A 3S7MA 4FM7A 3OK9A 5P77A 3PWWA 2VNMA 3UQPA 2PK5A 3L3AA 2R3TA 3PGIA 4Y4DA 2XFJA 4WY1A 2NR6A 4CPQA 2R5QA 4HVPA 5OZEA 5P6BA 2FNSA 5P54A 3FV3A 5P84A 5AH8A 4R5NA 5P1LA 5P2FA 4RCFA 1FG6C 5ENKA 4FSEA 4Y4JA 5P6SA 1C6ZA 5OZTA 1HPSA 4A4QA 3QP0A 2VJ6A 2I4QA 3HAUA 1EBZA 3KFPA 5P15A 1HPOA 4FS4A 4PEPA 2RMPA 3T7PA 5P3SA 2NXMA 3LZVA 1HTEA 2QK5A 3VYEA 5P8CA 4OC6A 5DGUA 3O9IA 3U7SA 2ZHVA 5P8JA 1META 2OHKA 2IENA 4XXSA 5P3DA 2O40A 4I12A 2ZJIA 1BIMA 4Y3TA 2FMBA 1TW7A 2QMGA 2IGXA 3NDWA 3S8IA 5P3HA 5P1QA 3UFLA 2BPWA 3M9FA 1LZQA 4RCDA 3TPLA 3PSUA 5P7OA 2QHCA 5P5GA 2WEDA 5P8RA 3EKYA 1HPVA 3QS1A 5P1OA 4DQGA 1WKRA 3GI6A 2HC0A 5KR1A 3SKGA 4B1EA 1HWRA 2OHLA 4I0IA 2AOJA 3NU6A 4Y3MA 1SDTA 2B8VA 2QI4A 3DUYA 5P6CA 2I4XA 3UF3A 3UQWA 2IRZA 4DPIA 5P1TA 5P0JA 5OZSA 3IVIA 4YBIA 2AZBA 2J9KA 3BXRA 4J54A 4Y39A 3VV8A 3K5DA 1A8KA 5FIVA 2QNPA 3VSXA 5OZIA 5P65A 5P7JA 5P43A 2R3WA 4JECA 5P14A 2QNNA 2QZKA 3KM4A 3SA5A 2BPYA 5AH9A 3EKVA 2IEOA 3INFA 4QJ8A 5P7SA 2Q11A 3TOFA 2I1AA 5E5KA 4X7IA 4Y5AA 2FNTA 3SA6A 2G1YA 3BHEA 5P12A 3ZKNA 1MIQA 5P0SA 3URJA 1XE5A 4Y3DA 4J1EA 4OBFA 5P8HA 2V12C 5DQCA 5P3VA 5P6MA 2QMPA 5P4YA 3PHVA 5P00A 3KMYA 5P7TA 5P20A 3UDKA 3ZKGA 1IVQA 5AHCA 5P3BA 3ZPTA 1ZAPA 5P1AA 3PLLA 3NDXA 3QBFA 5DPZA 1QBTA 2PC0A 5P8DA 1IZDA 1QBSA 3KYRA 4H1EA 4Q1XA 5P5PA 1W6HA 2WEBA 3R1GB 3O9FA 4XX4A 4Y6MA 3GGAA 5P4PA 5J25A 2IKUA 3TTPA 3SAAA 5P7BA 1UPJA 3F9QA 3APPA 3TOGA 1APUE 5P49A 2AZ8A 3QROA 1B6KA 2OHRA 4JPEA 5P58A 4D89A 4GJ6A 3ST5A 1YG9A 4GYEA 4YDGA 3UQUA 4GJCA 5P46A 4HEGA 4Y44A 4Y4BA 2ZJHA 3NWXA 2ZE1A 4HDBA 4EQJA 3K5FA 1YTGA 4LBTA 2B42A 5P6YA 5DR8A 4Y5EA 2Q54A 4RGHA 5COPA 5P4AA 4XX3A 5SY3A 5P6WA 4IVTA 5P2RA 5HE5A 3O9HA 3LINA 2BQVA 4Y3FA 3IA9A 2JXRA 2NPHA 4RROA 1VIJA 5P8SA 5P82A 3UDYA 3TNEA 4ZE6A 4Y3LA 4FAEA 5P36A 2BJUA 5OYUA 2Q55A 5OZFA 5P0MA 4LL3A 4CMSA 3PEPA 1M0BA 2OHQA 1PSAA 3CKPA 2G1NA 2AOHA 4KUPA 1IIQA 1E80E 5HE4A 1KJHA 3LZYA 5OZVA 3PBDA 5KQYA 2BPZA 4DJRA 5P5YA 2RKGA 4FL8A 2Z4OA 5AH7A 5HTZA 4LXMA 5IE1A 5P1RA 1APVE 3HZCA 1IZIA 4H3GA 4GJ8A 2NNKA 1HOSA 4B70A 5P5BA 1HEGE 1TCXA 5P40A 5P8BA 3DJKA 4AA8A 4Y3RA 5P7LA 4J1HA 2O4NA 4RYCA 3NDTA 4AUCA 3IXOA 4A6CA 1PPME 2RENA 1T7KA 3T7QA 2NTRA 3NU5A 3OUDA 4K4QA 5OZ2A 1OEWA 4RZ1A 3I25A 5DQ4A 4Y3PA 4EP3A 2WJOA 5P4GA 1HVSA 4DQBA 4Y5PA 1BV7A 5P2TA 2HPFA 5JFUA 5P1MA 1BXOA 4Z2ZA 2WF3A 5P1SA 2QU3A 3HVGA 4KB9A 4A6BA 4OBGA 2WF4A 4I10A 4Y5GA 3OU4A 5P2ZA 5P38A 1K2CA 4Z50A 1FMBA 2BKTA 5P3KA 1K6CA 3IVHA 5DQ1A 2QZLA 3EKWA 3OUAA 4Y47A 5P3AA 3ZOVA 4Y36A 3EKTA 5AHBA 4R8YA 5P4OA 1FQ5A 3QAAA 2ER9E 4CPSA 5P7RA 4GJ9A 2P3AA 2QAKA 5P3CA 5OZLA 3O9CA 5P51A 5P72A 1W6IA 5OZHA 2A1EA 5KQZA 3D3TA 5HDVA 3LIQA 4MC6A 4HE9A 3OWNA 1KJFA 3QIHA 5P4KA 3OU4B 5I3XA 4CPTA 4ER2E 2ER7E 4EJKA 4DQEA 2CEMA 3G70A 4FAFA 1EC0A 2BB9A 4KE0A 1XS7D 3SFCA 3EXOA 4Y3HA 4DVFA 3UFNA 3K4VC 1ZPAA 4QJ6A 3TLHA 5P16A 5P0IA 4J1IA 4YD7A 3ZKIA 4ZSPA 5P70A 5P03A 5DGWA 3LIYA 5P63A 3ZPSA 3S43B 1IDBA 5ER2E 5P5DA 4AA9A 5P5EA 4DJYA 5OZPA 3Q6YA 4TRWA 5P22A 3CYXA 4NJSA 3LPIA 4RRSA 6APRE 2WECA 1IZEA 2QNQA 4GJDA 5P0PA 1YT9A 1W50A 1LYWA 1MERA 1AIDA 5P0GA 1ZSRA 2IL2A 2SAMA 4EXHA 3SLZA 5P41A 4JOOA 5P3TA 5P44A 3EBZA 2RSPA 4ACXA 1B6LA 3PSGA 4LAPA 1M43A 1BWAA 2QI0A 1K2BA 1G6LA 1EAGA 1PSOE 3BXSA 1OHRA 5P3PA 4YD4A 3S7LA 1W51A 1FFFC 4Y4ZA 2J9JA 1FIVA 2Z54A 4M8XA 3CIDA 3OAGA 4B78A 3L59A 3SPKA 4Y51A 3NU9A 3SA7A 3HVPA 4Y5BA 3C9XA 1BWBA 3CKTA 2PSGA 3UQRA 4NJUA 3BC4A 1C6YA 5P5ZA 3L5DA 3S2OA 1D4SA 3NXNA 3O99A 4Y9WA 5TOLA 5ER1E 1LYWB 1HRNA 4L7HA 4Y3GA 3LPJA 5P6KA 2JE4A 5P4QA 5P5HA 3L38A 5P5JA 2UY0A 3APRE 5P3IA 5P19A 5OZRA 4HDPA 4ZSMA 5P67A 1D4LA 2AVQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA3 A;  5P0Y A;  5DR7 A;  3SM2 A;  3GGX A;  5P7W A;  4J0V A;  4JPC A;  3PSY A;  2QZX A;  1NPW A;  3UQX A;  1MVP A;  3NUJ A;  4MC2 A;  1HTR B;  4Y38 A;  2QMD A;  5P0D A;  4QJ2 A;  4TRY A;  5P5W A;  3OQK A;  1YTI A;  3CYW A;  3JVW A;  5OYY A;  3H5B A;  2G26 A;  3OU1 B;  2F80 A;  5P7H A;  2R8N A;  4PZX A;  1HXB A;  2R38 A;  2V13 A;  1XN2 A;  5P6D A;  5DR4 A;  4Y4A A;  1DP5 A;  5OZJ A;  5P0F A;  4DJU A;  1ENT E;  3BUG A;  2I4W A;  5DQ5 A;  4Y35 A;  5HD0 A;  5P1Y A;  4FRJ A;  5P3J A;  5P34 A;  1UH7 A;  4DQC A;  9HVP A;  5P3O A;  1BDQ A;  3PI5 A;  2FXD A;  3PLD A;  3VCM A;  1VIK A;  4YHQ A;  4Y5K A;  3EKQ A;  3KFN A;  3IN3 A;  1DW6 C;  1PRO A;  5HCT A;  1Z1R A;  5OZ7 A;  3KT5 A;  3HD8 A;  4ZPE A;  6FIV A;  3HAW A;  3ECG A;  5P4D A;  3TOH A;  3SAC A;  3L5C A;  1FQ7 A;  3MWS A;  3R4B A;  4RYG A;  4EQ0 A;  3SA8 A;  3RTH A;  1WBM A;  2HPE A;  1Q9P A;  2FLE A;  3OAD A;  1DAZ C;  3DM6 A;  1TSU A;  2HB2 A;  1FG8 C;  2G94 A;  1KZK A;  1W5Y A;  5P6Z A;  4D85 A;  3S56 A;  3INH A;  3OXC A;  2PYN A;  4BEK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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