4K8SA

Hydroxyethylamine-based inhibitors of bace1: p1-p3 macrocyclization can improve potency, selectivity, and cell activity
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
371
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydroxyethylamine-based inhibitors of BACE1: P1-P3 macrocyclization can improve potency, selectivity, and cell activity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 371
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k8sA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k8sA02
5P5QA 5P67A 5HDVA 4Y3PA 3OADA 4Y56A 4KE0A 5OYZA 5P3NA 3LIQA 3KM4A 5P1OA 3RTMA 2IGXA 3WB4A 5P3IA 3FNUA 3ZKXA 1FIVA 3FIVA 5P72A 5DQ2A 3R4BA 3A2OA 3NDXA 4DQCA 4DUSA 1LYWA 5P5DA 5P1NA 5P34A 2QAKA 5P4ZA 4YDFA 5P8RA 1GNMA 3I8WA 4B78A 1EBWA 5P4GA 2A1EA 4NJSA 2ZJJA 5OZEA 1SBGA 5P1IA 2QZWA 4Y3MA 3EC0A 5P8SA 3ZKQA 1A94A 3LIXA 3ER3E 1XN2A 1YTJA 1UH9A 4TRWA 5P0PA 2JYSA 3NDTA 5P53A 1XL5A 5AH9A 5P8HA 1MRXA 3PVKA 2WECA 3URLA 4GJCA 2XYFA 3MWSA 5KAOA 4Y3QA 3UQXA 4PZXA 3DJKA 3LIZA 2HIZA 1TSUA 3KMXA 5SZ9A 2FXEA 4TVHA 1OEWA 2APRA 3TPRA 3OTSA 5P5GA 2HB2A 2QD6A 1J71A 1EBKC 3IGBA 2QNNA 5P5SA 1QBTA 2ER0E 4FAFA 5P28A 3QS1A 2VS2A 1AXAA 5P7ZA 2NXDA 5P4EA 4DI2A 5P80A 5P4NA 5P86A 1CPIA 1EC0A 3IA9A 5P6EA 3KN0A 2WEBA 5OZJA 4J0TA 1PFZA 5P68A 5P3WA 3EL1A 3ZLQA 3LHGA 5P7HA 4CP7A 4F76A 4JECA 2R8NA 4FE6A 3HLOA 3HVPA 4ZEAA 1LYBA 4L7HA 1MSMA 5P74A 1EBYA 4Y5NA 1PSNA 2AVOA 3GW5A 5P3ZA 3EKTA 1KJ7A 4DQFA 4L1AA 5P20A 4OC6B 2O4PA 5P6AA 3K5GA 2G24A 2QMFA 3RSXA 5P6YA 1F7AA 4NPUA 4DFGA 1W6HA 5P4UA 4R91A 3L58A 3BXRA 4ZSRA 5P8IA 2HPEA 4Y45A 5DQ5A 3EM4A 3RTNA 3QRSA 2QMPA 3DK1A 5OZPA 5P0CA 2Z54A 2PWCA 3KFPA 3LINA 4I1CA 5P2TA 4JPEA 5AH7A 4D88A 1HTRB 5P85A 5P5ZA 4J55A 3IXJA 4Y50A 4DJUA 2QHCA 4Y5CA 4Y37A 5P46A 5AH8A 5P8CA 5DR1A 2O4KA 3VF3A 5P36A 5E5JA 5P59A 2O40A 4Y53A 5P5RA 3NUJA 5SY2A 4F74A 3NDWA 3OOTA 3B7VA 1D4KA 5OZLA 4FLGA 3BUFA 2VIEA 5OZ3A 1LZQA 2I4VA 3ZKGA 5DR7A 2F3KA 1K1UA 1HTEA 5P0BA 5OZOA 3QI1A 1YM2A 3QVIA 1MTRA 3HBOA 4Z4XA 4Y5BA 3BRAA 3HW1A 4EP3A 4J54A 2B42A 1IVQA 3EKQA 1E5OE 5P8FA 4EWOA 2V16C 4Y48A 1D4YA 3EKPA 1OEXA 3PSYA 5P01A 2VNMA 5P1BA 5P2HA 2FDDA 5P3AA 5P06A 4L7GA 5DQ1A 4MC2A 3S43A 3O9LA 4HDPA 3PMYA 2VKMA 2QP8A 3OTYA 3VF5A 1HVIA 5P54A 4EJDA 4YCYA 1A9MA 3UFNA 3JVWA 1TCWA 5P5EA 4J0YA 3VF7A 1HPOA 4Y3HA 4NJTA 5P0WA 1EC2A 1E81E 2IDWA 3OUDA 4FRSA 3SA4A 5P78A 2AVMA 4H1EA 2I4XA 2UY0A 3UTLA 2AQUA 1WBMA 5DR3A 2PK6A 2HC0A 5HDZA 2IRZA 2AOGA 1NH0A 5P7SA 4Y3DA 3ZKMA 1ZP8A 4CPSA 3EM6A 5OZKA 2PH8A 2JJIA 5P56A 3PI0A 2NR6A 2VA7A 2BPXA 2O4NA 4BELA 1Z1HA 5SY3A 3TOGA 3OU4B 1SMRA 1GNNA 2A4FA 4J0PA 5P4MA 2B8VA 2FGVA 4Y3FA 3R1GB 2H6TA 1MRWA 3NDUA 4B72A 2PH6A 4DQGA 5P5HA 5KOSA 3PM4A 4YA8A 4DH6A 5IVRA 5OZFA 4PZWA 3EKXA 3APPA 1RPIA 4TRZA 2CENA 1K6TA 5I3VA 4RGHA 1EPNE 5P4YA 5HD0A 5P8NA 1FQ4A 2QHZA 4ZPGA 4HZTA 4Y39A 4Y3NA 3Q3TA 5PEPA 1UPJA 3UQPA 1G2KA 1B5FA 2WF3A 4LP9A 2QI3A 4D89A 4Y35A 5P13A 3IAWA 3UDQA 5P11A 3OADB 3KT2A 1RQ9A 2OHPA 3JW2A 5P3BA 4OBFA 5OZHA 4YCTA 4DJYA 2G22A 1ZJ7A 5OZWA 5P24A 1ZTZA 4RYCA 4U8WA 4M8XA 1TW7A 1B6MA 2QI0A 2P3CA 4QJ9A 3D91A 5OZUA 5P10A 4I0GA 3K5FA 4FRKA 4HLAA 1LYWB 3DUYA 4Y3ZA 3TTPA 5P49A 4RYGA 2ZJIA 3EL9A 5OZ6A 3LPIA 5KQYA 5P7PA 5P07A 4Y5MA 4RROA 2FLEA 1PPLE 5P3XA 2Q54A 3PSUA 1T7JA 3ZKNA 5P7CA 6APRE 5P6WA 5P3TA 3ZOVA 7UPJA 4Y41A 2V00A 5P8EA 3ECGA 5P41A 2I0DA 3VV6A 4ZLSA 2J9JA 5P5IA 4I12A 4AA9A 1W5XA 4EJLA 4D85A 5P0FA 1B6JA 3VLAA 1ZAPA 5OYUA 5P5TA 4Q1YA 3FX5A 1Z8CA 3SKGA 2OHRA 4OBJA 3NWQA 3OAGA 5J25A 2VIYA 4FM7A 3UDRA 2EWYA 2BPVA 4PYVA 3K4VA 5P4TA 2OAHA 1HVJA 5P0EA 1ZSFA 4MC9A 5P4HA 2VIJA 4YBIA 4K4PA 1FQ8A 2OHLA 2P8HA 2VJ7A 3SQFA 5P27A 4S1GA 2BBBA 1XE6A 3OXXA 3CKRA 2XYEA 1BWAA 3OXCA 5P37A 4CPUA 3O9IA 4Y3EA 5OZBA 5P2QA 4EYRA 5OZ4A 2B60A 2ER9E 1LEEA 1ZSRA 1C6ZA 1HSGA 5OZTA 3SKFA 1UH7A 1HOSA 3VYEA 3OXVA 5P3CA 5P0YA 1EPME 1D4LA 1GVUA 3TKWA 2PSUA 4Y36A 4GJ8A 2VA6A 4GIDA 1FQ6A 3PSGA 4YD6A 4DQBA 4X2LA 3VFBA 3KT5A 3O9DA 2Q5KA 5P7IA 2I4QA 3EL4A 4CMSA 3KF0A 1MT8A 5OYQA 5P6GA 1KZKA 1PSOE 5OZ8A 2NMZA 3INEA 5P4CA 5P4WA 5P5AA 2ZJNA 2G1YA 4YBFA 4QJ6A 3OOZA 1G0VA 1B6KA 3K5DA 4HDBA 3UDPA 4APRE 2VNNA 1FQ7A 3U71A 3NYGA 4H3IA 4GJDA 5P7UA 2WEZA 5P3FA 3EL0A 1Z1RA 1HXWA 3LNKA 5DGWA 4PEPA 2IKOA 4I0EA 2ZHVA 1HRNA 5P40A 5P5KA 1HVHA 1YG9A 2J9KA 2AOHA 5HDXA 1W5VA 3Q6YA 5P0LA 2XFKA 5P7GA 5IS4A 1HVRA 2BKSA 1T3RA 4ZSPA 5P0HA 3BUHA 4I8ZA 4ZSMA 5UPJA 1QS8A 1DMPA 2BJUA 3D3TA 5P4BA 3SPKA 4A6BA 4LL3A 5P31A 3NU9A 5F00A 1BILA 5P3EA 3GI6A 5ISKA 3DCRA 5OZQA 3NU5A 4A4QA 4LAPA 3S43B 4DJOA 3O9LB 4J1HA 3RU1A 2UPJA 1EEDP 4WTUA 4YD3A 5P6XA 5P7OA 4ACXA 2HS2A 3GI4A 4DJQA 5P0IA 5P89A 3PWWA 5P6RA 1FFIC 1AZ5A 5P0RA 4Y5KA 2BPZA 4R93A 4DVFA 4ZE6A 1FEJC 4I0JA 4J5JA 2F81A 1SDVA 5AGZA 3ZKIA 4E43A 3OUDB 5P2VA 3N4LA 5P4VA 2PSVA 1EPRE 3IXOA 4R92A 5P4QA 3IVIA 3G70A 4FRJA 5JG1A 2F80A 5P1TA 1HIIA 6FIVA 2R43A 3BHEA 5JODA 2ZHTA 1MSNA 1IVPA 2P3BB 1DIFA 5P35A 3O9CA 5P00A 1SGZA 4OD9A 1BDQA 1GVXA 4Y4ZA 2P4JA 3DV5A 2QNPA 5P8KA 1A8GA 1BXOA 5P1ZA 3OUCA 3UDKA 3SABA 1NPVA 2NNKA 4I0DA 4I8WA 2ZJLA 5BRYA 5AHBA 3MXEA 1M43A 4TRYA 5OZGA 2AZBA 4N00A 3JVYA 4Y5LA 4X7IA 2SAMA 5P23A 2QD7A 5P2FA 4XX4A 3Q5HA 5EZZA 3AIDA 5F01A 4OBKA 5P50A 2IENA 1B11A 2WF0A 4PHVA 5P3UA 3TOFA 3I25A 5CLMA 2MIPA 4GB2A 3OK9A 1G6LA 1B5FB 5P5XA 4IVSA 1T7IA 3ZPTA 2QI5A 5P4SA 5P3HA 4GJ6A 3IN4A 1W51A 2PWRA 1BVGA 4KB9A 1HVKA 3L3AA 5KQZA 3PMUA 2ZE1A 3GGVA 2PSGA 5OZ9A 2AVVA 4Y3WA 5P7VA 3HZCA 5P5UA 4JOOA 5P0GA 3QBFA 2Q63A 5P4LA 3S53A 4UPJA 2OHKA 5COKA 5P7EA 5DR8A 5P19A 4JP9A 2AOFA 3INFA 4RCFA 3KMYA 3OUAA 2F8GA 4Y4DA 1ER8E 3QROA 2J9JB 1FG8C 5FIVA 4RVJA 3UQRA 5P39A 3URIA 1GKTA 1HIVA 2QU3A 4ZPFA 3ZKSA 2AZCA 5P4FA 5DQCA 4PPHA 3OAGB 2B7FA 4LXKA 3LZSA 5P5JA 4NJVA 5P2WA 1K2CA 3DM6A 5OZ5A 4BFBA 1SIVA 1C6XA 5P0KA 4Y4GA 1IZEA 4AUCA 5P7DA 5HTZA 5P8OA 5OZZA 3BUGA 4Q1XA 1GVVA 5P6KA 3OXWA 4J0VA 5P1RA 5P64A 3CKPA 4H3GA 3HAWA 5P7QA 5DR4A 3OUBA 3IXKA 4CPTA 2NPHA 4FS4A 5P1QA 1EPLE 3MSJA 1LF3A 5KR2A 1N49A 4Z50A 3PEPA 4GZFA 1EPQE 3S8IA 5P0ZA 4QJ7A 3FNSA 2QU2A 5P2YA 4J0ZA 5SXNA 5P2SA 5P29A 2AOJA 5P33A 5P71A 1BDLA 1KJHA 1MVPA 4CPXA 4FGXA 2QI6A 5P0TA 3INDA 3NXEA 5P1GA 2WEDA 5P7RA 3S85A 5P8DA 2FDEA 2QZXA 3O9EA 3T6IA 2G21A 3OGPA 4RRNA 3TPJA 4DJRA 3DOXA 3GGAA 3N3IA 5C9FA 4EXGA 3KYRA 3O99A 2CEMA 1HVCA 3FV3A 4DQHA 5P3OA 5P0UA 2P3BA 4B05A 1SDTA 4GYEA 3S2OA 4NPTA 3MSLA 3ZMGA 5P8QA 1EC1A 3SM2A 4APEA 2R5QA 2RKFA 5P8PA 4YCKA 2AOIA 5P05A 1FFFC 3VSWA 1FQXA 2B7ZA 1ODXA 3SLZA 4QJ2A 2CEJA 4Y3RA 3QRVA 4QGIA 2FGUA 3OY4A 3WB5A 5HU0A 4FCOA 2NTRA 4LXMA 2G26A 1T6EX 4Y4WA 5P2BA 3TPLA 3UDHA 4XKXA 3OQKA 5AHCA 3T3CA 3VYFA 1FGCC 5COPA 3BGCA 1G35A 5P7FA 1PSAA 3NUOA 1IZIA 2PYMA 5P5VA 5P52A 5P08A 4R95A 1IBQA 5OZMA 1M0BA 4NKKA 5P4DA 2IKUA 1LYAA 2ZJHA 5OZXA 5TOLA 3IVHA 5P73A 1GNOA 5P7AA 3CICA 3NXNA 3I2LA 5P8TA 1YTGA 3UDNA 1APUE 4H3JA 4ZPEA 1E82E 3I6OA 2I4DA 1SH9A 5P87A 4B00A 2VJ6A 3VLBA 5P09A 5P6UA 3O9HA 3D20A 4Q1NA 4D83A 5P7YA 4Y5AA 5HU1A 1EPOE 5P5WA 2R5PA 3G6ZA 3PBDA 5OZAA 4Y3TA 4Y4BA 5P1YA 3OQDA 5KR0A 3LIVA 4J1IA 1QBUA 5ISJA 2HS1A 3S56A 5P8GA 4GJBA 4K9HA 1LF4A 4Y3SA 3EBZA 3WZ7A 2QHYA 3LPJA 1HVLA 5P6BA 2G20A 4ZSQA 5P3JA 1BXQA 5OZ0A 5KQXA 2OHUA 4OD9B 1NPWA 1TCXA 5P3GA 1W5YA 2P83A 3CKTA 5P6SA 5P7TA 1F34A 1RNEA 5AHAA 3U7SA 5P8JA 1TZSA 3SO9A 1CZIE 1CMSA 5I3YA 5P47A 2JXRA 4YDGA 3DCKA 1VIJA 5JFPA 3L38A 3VSXA 4MC1A 1U8GA 3M9FA 1DAZC 5P57A 2WL0A 3OHFA 3EM3A 4Y4UA 4YE3A 4FAEA 4AZYA 4Y38A 1GVTA 4I0ZA 3LZVA 5P2IA 2XFJA 5IE1A 4GJAA 1TSQA 1HWRA 4DQEA 5P0DA 3CIBA 3OU3A 3BVAA 1ODYA 4BFDA 5P1SA 4OBDA 3BGBA 5P0MA 8HVPA 5AH6A 4HDFA 2R3WA 3OQ7A 4Q1WA 4M8YA 5P02A 3F9QA 3SA6A 1AJXA 5P1MA 2FNTA 1M4HA 2Q15A 5COOA 4I0FA 2F3FA 4Q5MA 5P4PA 5P5OA 2IS0A 5P76A 3QN8A 2BPWA 3H5BA 3L5EA 4I0IA 5P83A 1D4JA 3KA2A 4Y3AA 4Y3YA 2NMYA 1GVWA 4I0HA 5P8AA 1HHPA 4B1EA 1BAIA 2V12C 1AJVA 1HTGA 2G27A 5P8BA 5P0XA 3K4VC 1AVFA 4GMIA 3PB5A 3Q4BA 1IDBA 5T4SA 2I0AA 5P1AA 3EKWA 4RLDA 1HEFE 3LZUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5Q A;  5P67 A;  5HDV A;  4Y3P A;  3OAD A;  4Y56 A;  4KE0 A;  5OYZ A;  5P3N A;  3LIQ A;  3KM4 A;  5P1O A;  3RTM A;  2IGX A;  3WB4 A;  5P3I A;  3FNU A;  3ZKX A;  1FIV A;  3FIV A;  5P72 A;  5DQ2 A;  3R4B A;  3A2O A;  3NDX A;  4DQC A;  4DUS A;  1LYW A;  5P5D A;  5P1N A;  5P34 A;  2QAK A;  5P4Z A;  4YDF A;  5P8R A;  1GNM A;  3I8W A;  4B78 A;  1EBW A;  5P4G A;  2A1E A;  4NJS A;  2ZJJ A;  5OZE A;  1SBG A;  5P1I A;  2QZW A;  4Y3M A;  3EC0 A;  5P8S A;  3ZKQ A;  1A94 A;  3LIX A;  3ER3 E;  1XN2 A;  1YTJ A;  1UH9 A;  4TRW A;  5P0P A;  2JYS A;  3NDT A;  5P53 A;  1XL5 A;  5AH9 A;  5P8H A;  1MRX A;  3PVK A;  2WEC A;  3URL A;  4GJC A;  2XYF A;  3MWS A;  5KAO A;  4Y3Q A;  3UQX A;  4PZX A;  3DJK A;  3LIZ A;  2HIZ A;  1TSU A;  3KMX A;  5SZ9 A;  2FXE A;  4TVH A;  1OEW A;  2APR A;  3TPR A;  3OTS A;  5P5G A;  2HB2 A;  2QD6 A;  1J71 A;  1EBK C;  3IGB A;  2QNN A;  5P5S A;  1QBT A;  2ER0 E;  4FAF A;  5P28 A;  3QS1 A;  2VS2 A;  1AXA A;  5P7Z A;  2NXD A;  5P4E A;  4DI2 A;  5P80 A;  5P4N A;  5P86 A;  1CPI A;  1EC0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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