4YCKA

Endothiapepsin in complex with fragment 211
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yckA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yckA01
1FKNA 3D91A 1ENTE 3NWXA 3U7SA 5DR8A 5P8TA 5P7QA 5P2ZA 2WJOA 5DGWA 1IIQA 4I0JA 5P4VA 4Y3EA 4YBIA 5P5AA 3NLSA 5P8FA 3OGPA 1IDAA 4FRSA 4B70A 1W6HA 1HTRB 5P1LA 1N49A 3OU4B 1K2BA 1YTJA 4RYGA 3WZ8A 5P0SA 5HE4A 4AA8A 5P1WA 5OZSA 5P49A 4I0GA 5P34A 5P4XA 5HDZA 5P2BA 2QK5A 2I4DA 4Q5MA 3NSHA 4RLDA 3R4BA 1HIIA 5C9DA 4FM6A 1K6CA 4RVXA 5P5YA 5P6KA 2F3EA 5P67A 3T11A 1HSGA 2VS2A 5P2QA 3G72A 1RPIA 5P43A 4F76A 3LIYA 3KA2A 4CPTA 2HB4A 1T7JA 4I0HA 2ZJKA 3FNUA 5P5FA 5P5JA 4I0FA 4RGHA 2P3DA 5P4IA 2FNSA 3INEA 3QI1A 5P7XA 4Y4EA 4Y4XA 5P6BA 5P2LA 1QBRA 3S56A 2I1AA 2OHNA 3ZLQA 4DQFA 2G1YA 4DJXA 1APVE 3O99A 2I0DA 1NPVA 4PZXA 3QAAA 3IGBA 2BBBA 4YD4A 8HVPA 1F7AA 2HC0A 2AZBA 4FGXA 2R38A 3L5DA 1EC1A 5P2OA 3K5FA 4OD9B 4Y3MA 5ISKA 1QBSA 1XS7D 1VIJA 2ER7E 2QCIA 1MUIA 5P5BA 5P8QA 3T7XA 1HXBA 5P01A 2FDPA 4D8CA 4D88A 2OHKA 1DP5A 3PCZA 1AM5A 1MSNA 5OZWA 3VSWA 5JG1A 5P8OA 3UDNA 3QRVA 5P1KA 3UQXA 5DR0A 1SMRA 3Q3TA 2G27A 1AVFA 2R9BA 3VEUA 5P2NA 5P5EA 5OZOA 5P5TA 4Y5CA 3OOZA 3UFLA 1JLDA 2G1OA 5P80A 3D1XA 3K1WA 5P5GA 5IE1A 2VIJA 1Z1RA 5P8SA 2QP8A 5P24A 4QLHA 3LPJA 2IENA 2V10C 4Y4AA 4OC6A 2P3AA 5HDUA 5OYQA 4YCYA 3UDRA 2QZWA 3ZKIA 3VF3A 5OZRA 3APPA 3VG1A 2VJ9A 5AH9A 5BS4A 3HAUA 3ZKSA 2QZXA 1APWE 3KF0A 5P7DA 3HAWA 3OXVA 3OHHA 4RCDA 1EPME 5P09A 5JFPA 2G69A 5P72A 4Y58A 5DGUA 4DUSA 2HS1A 2AZCA 4EQJA 3OQ7A 4AMTA 4H3JA 3AUPA 4NJTA 3SA6A 5APRE 3KYRA 1YX9A 5P4OA 1YM4A 5P7YA 3OU4A 1XN3A 1ZLFA 2ZHRA 2VIYA 4NPUA 5P6RA 1EC2A 4K4RA 4DQHA 2IDWA 3KFSA 2O4SA 4NKKA 3PRSA 5P42A 5P88A 2O4PA 1EAGA 3L58A 3UDKA 3EKXA 3PSYA 3UHLA 2WF2A 1PPME 1EC0A 2AVOA 3OUCA 4Y6MA 4Y4WA 2G1RA 5P04A 4Z4XA 4YA8A 3UDJA 3UCBA 2G1NA 5P6VA 3LINA 2JJIA 5P3UA 2OHTA 5P1YA 2NXDA 3IN3A 5OZGA 3MWSA 4Y3HA 4LL3A 4KE0A 1K2CA 4Y54A 1META 1TCWA 4JECA 5AHCA 5P1OA 4KE1A 1HVSA 3IXOA 4DJYA 3I7EA 2OHRA 3D3TA 5OZQA 5P5MA 1DPJA 4U7VA 4RYCA 2IS0A 3CMSA 3S54A 1GVVA 4EHCA 2AVQA 2FIVA 3WB4A 4Y5PA 5P8AA 5P8NA 2O4LA 3SPKA 3ZKGA 4UPJA 5OZLA 5HDVA 4FL8A 5P0VA 5OYUA 2P8HA 1NSOA 1ZPKA 2WEDA 3QRMA 1FQ4A 5UPJA 4LC7A 5P03A 1B6PA 5HCOA 3LPIA 2VJ7A 5OZCA 2AOEA 1A30A 4Z22A 5P6CA 1EC3A 3KMYA 3OUBA 3RU1A 5OZ0A 3PVKA 5P02A 3SA4A 1NH0A 2A1EA 2AIDA 5P70A 4Y3LA 2G1SA 4Y4TA 3OADB 5P4HA 5P6GA 1T6EX 1G6LA 4QJ9A 4Y3DA 1UH8A 4HVPA 1BVEA 1MRXA 3OUDB 4GB2A 3OHFA 2APRA 3MSLA 4Y3NA 3VUCA 2B8LA 4QJAA 2RSPA 2F8GA 2AQUA 1E81E 2R5PA 1FQ5A 3L5CA 3EL1A 5P1EA 3NDTA 2ZJLA 1ER8E 5P2YA 3WZ7A 1D4KA 2ZJHA 5P6MA 2WF3A 5OZIA 4I1CA 5SXNA 5P05A 5P3VA 5P3HA 1HVHA 4ZIPA 2JE4A 5OZXA 4TVGA 5P25A 3SFCA 3L5FA 3DV5A 3IXJA 5P7HA 5ER2E 4X2LA 5P26A 3TPLA 1BILA 4CPXA 3VF7A 4HE9A 4L1AB 4J0YA 5P8DA 5P73A 5P15A 3LHGA 1BVGA 4Y3GA 2ZYEA 3D1YA 2AZ8A 3UQUA 1ODXA 5P62A 1K1UA 3T7PA 3BGBA 3EL9A 4I8WA 5P2HA 3EKYA 3SACA 1K1TA 3URLA 5E5JA 3EM6A 5DR7A 4DFGA 5AH7A 1BDQA 4HDBA 1BV9A 1KJHA 5HU1A 5P81A 3NU5A 3CICA 5P7KA 5P28A 5OYTA 5P44A 1OHRA 2R43A 5DQ5A 5P86A 3S45A 3PB5A 4F74A 5KAOA 3SA8A 4YDGA 5ENMA 5P4WA 3JW2A 5P0WA 1MT9A 2NTRA 4DJPA 1Z8CA 4YD6A 4D85A 2JYSA 3JVYA 4OBHA 2P4JA 5P7TA 1W5WA 3F9QA 2FDEA 5P0AA 5E5KA 1BXOA 4YCKA 5P65A 5IVRA 3O9FA 4Y45A 3LIVA 3DV1A 2EWYA 5KOSA 1EBWA 2J9JB 4DPFA 1YT9A 5P08A 2G26A 2PMAA 3PBZA 4XKXA 3VV6A 4ZPEA 4A6CA 2F80A 2FNTA 3FX5A 4FE6A 3ZPSA 2JJJA 2I4UA 3PWMA 3SA9A 5P2MA 3URJA 2AVSA 5P59A 3NXNA 2Q3KA 5OZUA 2R8NA 2ZHTA 1BXQA 2WF4A 2I4XA 3K5DA 1EBZA 5P4KA 1FMBA 5P4LA 4CMSA 4Y9WA 3ZKNA 3OU1B 5DQ2A 5P6HA 5P2GA 5P4EA 3HBOA 5P4MA 1EBKC 1W5YA 1DMPA 3SO9A 4FSLA 5P3BA 5P1XA 4I0IA 5SY3A 3TTPA 1AIDA 3UPJA 1MVPA 1XE5A 1SIVA 2NXLA 5KR0A 2PSUA 4TRWA 1LEEA 1APUE 5P58A 5P64A 1A8GA 3PLDA 4FLGA 4DJUA 3B7VA 2Z4OA 6FIVA 2F81A 1HVKA 1FQXA 1SMEA 1OD1A 1GVUA 1ZTZA 2NPHA 5P0FA 4EXGA 4Y47A 2NNPA 1QS8A 4LXKA 5P3QA 5HCTA 1SDTA 3R2FA 4Y43A 5P46A 5HD0A 3GGAA 5DR4A 5OZ8A 1UH7A 4R5NA 5BWYA 4B00A 3RTMA 3HD8A 4XXSA 5OZ7A 3RTNA 5P5OA 1HWRA 1QBUA 4J1CA 5P57A 5P4DA 4NJSA 5AHBA 4EXHA 5DQ1A 1HEGE 4B72A 2Q15A 2RMPA 3OQKA 3LITA 1QBTA 1A9MA 2IQGA 4WTUA 4RROA 5DR1A 1IBQA 1HVLA 3ZL7A 2R3TA 1FQ6A 1AZ5A 3LPKA 2B42A 4J5JA 5P5SA 2QNNA 2RKGA 3VYDA 3TOHA 3OQFA 1RL8A 4J1IA 1NPWA 3ZPTA 2NMYA 4YHQA 4L1AA 4S1GA 1OEWA 4GIDA 1HIVA 1IZHA 3Q6YA 5KOQA 2ZHSA 5P8VA 5CONA 5KQYA 5P56A 5OZHA 1PFZA 3OTYA 4ZPFA 3GI5A 5P32A 5P0IA 4J0TA 5OYXA 4J55A 5KR8A 4MC2A 1LYWA 2VA6A 3TPRA 1FGCC 5P1VA 3BC4A 5DPZA 5P53A 5P5HA 2Z54A 4FCOA 1AJXA 5BRYA 5P4JA 2AOIA 5P6TA 2NNKA 5P0LA 4LXMA 3C9XA 3O9HA 1GKTA 3PGIA 5P2AA 3EXOA 5P4SA 5EZZA 3O9BA 4CPRA 3O9LB 3IN4A 5P0MA 3I2LA 4FRIA 5P1QA 1Z1HA 3NDUA 5P7JA 1PPLE 3QVCA 2ZGAA 5F01A 1VIKA 4Y3QA 2ZDZA 2J9JA 4Y44A 4PPHA 1E82E 5P85A 2O4KA 3GI0A 4FAFA 3MXEA 3QN8A 5P2JA 4RZ1A 3B80A 5P6NA 5P77A 5P3MA 4IVTA 1MT7A 5OZPA 5IVQA 5P1JA 1AXAA 2R3WA 1FMUA 4XX3A 1MT8A 3Q5HA 3NDXA 3OXXA 1YM2A 5P3DA 3EBZA 3GI6A 5ENKA 3OU1A 2I4VA 3UDHA 5HVPA 5P3KA 3LZYA 2AVMA 5P3JA 4L7GA 5P0CA 5P79A 4PEPA 4YD3A 5P5QA 5P1ZA 3BHEA 2OAHA 1MERA 2V11C 3NUOA 5P40A 1T6GA 5OZJA 3D1ZA 2PYMA 4Y41A 3KN0A 5FIVA 5OZ9A 2ZE1A 5COKA 4LXAA 1C6ZA 4JPEA 5P8EA 2CENA 3FKTA 1ODWA 5P3FA 5P14A 4YDFA 1K6PA 4R95A 4LAPA 1HXWA 5T4SA 5P07A 1HVIA 5P8RA 4ZSPA 5P7AA 4R93A 3NU3A 1DW6C 1LS5A 1BDRA 3WZ6A 4CPQA 4EJLA 4KB9A 4ZSMA 3BXSA 4RVJA 1PSNA 3N4LA 5P78A 2ER9E 5P7NA 1LZQA 5P0XA 1IZDA 5COOA 4OBGA 5HE5A 4J1FA 5OZYA 1B6KA 3MXDA 3VYEA 4ER1E 5P7LA 4Q1NA 1DAZC 3VFAA 2NMZA 4U8WA 3EKPA 4ZSRA 1RV7A 3UFNA 1W50A 5P0GA 2Q63A 5P7CA 5P30A 2WF0A 3LIQA 3UDQA 3TH9A 5JFUA 4ER4E 3ER3E 3HZCA 3PLLA 2BJUA 2P83A 3RSXA 5P4AA 4H1EA 5P7MA 3UDPA 4Z50A 1EPNE 2AOFA 2HIZA 5C9BA 3EM4A 1HRNA 5J25A 2BKTA 4BFDA 5OZZA 4IVSA 5P2VA 5DR3A 1IZIA 4QJ2A 1GVXA 3S2OA 4L6BA 3S53A 3URIA 1B6JA 4Y5GA 4GJ5A 3VYFA 2AZ9A 3LNKA 3EL0A 3DCRA 3EC0A 5P20A 5P2IA 1K6TA 2R5QA 1GNOA 5P3CA 5P33A 4YD7A 4Y5KA 2SAMA 1BIMA 3KDBA 5P2WA 3OUAA 2AOGA 2A4FA 4JPCA 1HPOA 3O9LA 5DQCA 4Y53A 1SGUA 3QPJA 4GZFA 4Y3RA 3ZKXA 5KQXA 3MSJA 3VF5A 3U71A 4HEGA 4Q1YA 2QI0A 3H0BA 4F75A 3OTSA 2VNNA 5P1MA 1QRPE 3I6OA 2Q54A 1KJ7A 2OHQA 3VV8A 1TSUA 4FRKA 3FNTA 4ZLSA 5P4PA 3ST5A 2V00A 1HBVA 5P6PA 4J1HA 5P5WA 1MTBA 3H5BA 1GVWA 5OZ6A 4OBDA 5P7EA 5P7GA 3CKTA 5P2DA 2IEOA 3SKGA 1LV1A 2PH8A 5P3NA 4EPJA 4Y5NA 5P6FA 3BUFA 4OBZA 1GVTA 2XFJA 5P3GA 4DVFA 2O40A 4DQGA 2QHZA 3NXEA 1IVQA 5P8KA 3S8IA 5P5NA 4MC9A 3U6AA 1LF2A 3OGQA 1U8GA 3G70A 4DV9A 5I3VA 3PSGA 5KQFA 3KFNA 3BRAA 3G6ZA 1MSMA 2ZHVA 9HVPA 1AAQA 3R1GB 2QI4A 3AIDA 1C70A 4Y36A 3BVAA 3ECGA 5OYSA 4K8SA 2XYFA 3SAAA 3K5CA 1FFIC 5P0JA 1B6LA 3HDKA 5P82A 3PEPA 2XYEA 4FRJA 4R91A 2G20A 6UPJA 5P0UA 5P55A 1G35A 4WY1A 1KZKA 7UPJA 3RTHA 2ER6E 3SA5A 3TNEA 4J0PA 2PC0A 4I8ZA 5P7UA 2AODA 1B11A 3QBHA 1T7IA 4Y3JA 3KT2A 5P6DA 1MPPA 2J9KA 2F3KA 3A2OA 5P5PA 5P8UA 3S43B 3INDA 2WEZA 2RKFA 4BFBA 1FF0C 2PH6A 1BV7A 3NU4A 4F73A 2PK6A 1T3RA 4YE3A 3UTLA 5P6LA 3FV3A 3QP0A 5OZ2A 4XX4A 1FB7A 1BWBA 1FG8C 1QDMA 2BPZA 4HDPA 1W5XA 5P6SA 3EKTA 1LYWB 5OYVA 1F34A 4EYRA 1RNEA 1TZSA 5P29A 2OHUA 3K4VC 5P6OA 4HDFA 2HB2A 1SDVA 5F00A 4B78A 3FIVA 1HSHA 2I0AA 5P54A 1D4YA 1OEXA 5P7BA 3BVBA 5P6AA 3QIHA 3PSUA 3WB5A 5HU0A 2HAHA 3LIXA 3FSMA 4PHVA 5P4UA 5P3RA 5OYRA 1YTHA 1FIVA 2HPFA 3O9CA 2PYNA 2IKOA 3KDDA 3NR6A 4X7IA 2PSVA 3PCWA 4QGIA 3KMXA 3INHA 5P3WA 4ACUA 3UQWA 3KT5A 4NJUA 3BUGA 3QBFA 4DI2A 1APTE 5P3EA 2BB9A 3I25A 5P1TA 5P7WA 3K4VA 2FLEA 2H6SA 4NPTA 4BELA 5P8LA 2ASIA 1UH9A 5KR2A 2OHPA 1SH9A 5ER1E 4WY6A 2QNQA 3ZKQA 3KFPA 4KUPA 4HLAA 4DH6A 1HPVA 4YBFA 1WKRA 2AOCA 5P27A 3EKQA 1M4HA 5P41A 3VV7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FKN A;  3D91 A;  1ENT E;  3NWX A;  3U7S A;  5DR8 A;  5P8T A;  5P7Q A;  5P2Z A;  2WJO A;  5DGW A;  1IIQ A;  4I0J A;  5P4V A;  4Y3E A;  4YBI A;  5P5A A;  3NLS A;  5P8F A;  3OGP A;  1IDA A;  4FRS A;  4B70 A;  1W6H A;  1HTR B;  5P1L A;  1N49 A;  3OU4 B;  1K2B A;  1YTJ A;  4RYG A;  3WZ8 A;  5P0S A;  5HE4 A;  4AA8 A;  5P1W A;  5OZS A;  5P49 A;  4I0G A;  5P34 A;  5P4X A;  5HDZ A;  5P2B A;  2QK5 A;  2I4D A;  4Q5M A;  3NSH A;  4RLD A;  3R4B A;  1HII A;  5C9D A;  4FM6 A;  1K6C A;  4RVX A;  5P5Y A;  5P6K A;  2F3E A;  5P67 A;  3T11 A;  1HSG A;  2VS2 A;  5P2Q A;  3G72 A;  1RPI A;  5P43 A;  4F76 A;  3LIY A;  3KA2 A;  4CPT A;  2HB4 A;  1T7J A;  4I0H A;  2ZJK A;  3FNU A;  5P5F A;  5P5J A;  4I0F A;  4RGH A;  2P3D A;  5P4I A;  2FNS A;  3INE A;  3QI1 A;  5P7X A;  4Y4E A;  4Y4X A;  5P6B A;  5P2L A;  1QBR A;  3S56 A;  2I1A A;  2OHN A;  3ZLQ A;  4DQF A;  2G1Y A;  4DJX A;  1APV E;  3O99 A;  2I0D A;  1NPV A;  4PZX A;  3QAA A;  3IGB A;  2BBB A;  4YD4 A;  8HVP A;  1F7A A;  2HC0 A;  2AZB A;  4FGX A;  2R38 A;  3L5D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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