4YCKA

Endothiapepsin in complex with fragment 211
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yckA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yckA01
4J1EA 3RTNA 3OHFA 1HXBA 1LYAA 2HPFA 4BFBA 3TLHA 3NDUA 2OHUA 3OU1A 2V16C 3VSWA 4HA5A 4Y4AA 4COEA 2PMAA 2VS2A 4XX4A 5P8NA 1ZLFA 3PWMA 2Q63A 3PSYA 3CYXA 4JOOA 1AZ5A 1K1UA 5OZ4A 1F34A 3FSMA 2AZBA 5P15A 3CYWA 5CLMA 4ZSMA 5P89A 4Y3AA 5P2IA 5TOLA 4D89A 5P4IA 5AH9A 4H3GA 3SA8A 2BPWA 5P4JA 4J54A 5DQ5A 4Y4EA 1MVPA 4RYGA 5P1EA 3BXRA 1W6IA 2AVSA 3FV3A 5KR2A 2ZHRA 3D1ZA 5P26A 3KFRA 5DQ2A 3ST5A 3NU5A 3NXEA 5KOQA 5HDVA 3EL5A 3Q5HA 3T7XA 5P3UA 3ZKSA 4DPIA 1HIVA 2HB4A 3PMUA 5OZEA 5P42A 1QBRA 5P5KA 2B8LA 4OC6B 1G2KA 2FGUA 4R95A 1KJGA 5P3IA 2F80A 1K6PA 5F00A 5P79A 4ER4E 5P7MA 3UDHA 1TQFA 4AA8A 3BRAA 1C6ZA 4IVTA 1U8GA 5P27A 4F74A 4Y3EA 5P4AA 2SAMA 2R3TA 3LZVA 1YM4A 5P8PA 5P4EA 4R8YA 2HAHA 2IQGA 3OQDA 4YA8A 2QHYA 5P7BA 3OQ7A 4RCFA 3OUDA 1EPLE 1HVCA 3ZKQA 5OZ9A 1NH0A 1LS5A 3MXDA 3PI0A 2ASIA 2PYMA 5P4RA 5I70A 3S43A 4KUPA 3K5CA 5P6AA 5P1HA 4QJ7A 2ZDZA 4FM7A 3UQPA 2QMPA 5P75A 4FIVA 2G1YA 1T3RA 3QI1A 5OYQA 1TW7A 3EM6A 2QZLA 5HDXA 5KR0A 3PHVA 5IVRA 4H3JA 2WECA 1EEDP 5P2BA 1RPIA 3QPJA 5P2CA 3Q4BA 3ZKMA 5P48A 1BV7A 4Y5CA 5P2DA 2P8HA 5P54A 3NU9A 4DJWA 2QZKA 5APRE 5P4YA 4APRE 5P4UA 5P8OA 2P3DA 4RCEA 3S7MA 2ZGAA 3OU4A 5P2GA 3NUJA 5OZHA 2J9KA 4QJ2A 3L38A 3URLA 2ZJHA 3UQWA 3GGAA 4Y4DA 4GJBA 2V12C 1IBQA 4ACUA 5P3QA 5P2WA 1SH9A 4OBJA 4QJAA 2Q54A 3GGUA 5IVTA 5P66A 3ZLQA 4NPUA 5P0LA 1FIVA 2IGXA 3BVBA 5P17A 2IKOA 5I3VA 5P68A 4B1CA 3QS1A 5KR1A 5P4OA 5P74A 5P0RA 5P56A 3HBOA 4EYRA 3KFNA 3LIVA 5OZOA 2BB9A 5P8IA 1GNMA 3CIBA 5UPJA 1ZPKA 5P83A 3SM1A 2AVOA 1XE6A 4U7QA 5AHAA 4GZFA 4QJ8A 1E81E 4PHVA 3ZKGA 1MTBA 5P78A 4Y47A 4AUCA 5OYSA 4ZSRA 4BELA 5P44A 4PZWA 4X7IA 1LYWB 2FGVA 2G1SA 5P2YA 5P2VA 1FGCC 2OHRA 1AIDA 4QJ6A 3ER3E 5P6UA 4Y53A 3OGQA 5P7GA 2HM1A 5P1YA 3BUFA 2F3EA 3K5FA 2FXDA 3KMYA 3Q70A 1B6KA 3SFCA 5P1VA 1HEFE 2P4JA 5P0FA 3QVIA 4RYCA 3LINA 5OZ2A 1MT8A 4YBIA 1FEJC 2AVVA 2APRA 3B7VA 3ZKNA 3O9GA 2RKGA 5B18A 3T7QA 3GGVA 4K4PA 1WBMA 4B0QA 4DJOA 1APUE 3S8IA 4NJTA 5P7QA 2IL2A 3IA9A 5P0KA 5AH8A 5P1NA 3SKGA 5P6ZA 3ZPSA 2JYSA 1DMPA 5OYRA 1SMEA 2HPEA 3M9FA 1UH9A 3K5DA 3KM4A 5JFPA 1NPWA 1BIMA 2BKTA 4YCTA 1EAGA 1M43A 3WZ7A 1OEXA 2VNNA 4Y50A 3N4LA 5OYXA 3RU1A 5P16A 5P4TA 5OZIA 4WY1A 3G72A 3NDXA 4Y41A 3PRSA 2OAHA 5P6SA 1HSGA 4EXGA 3SPKA 2CEMA 1FMUA 4Y3QA 5P30A 2QI0A 1BWBA 5P6MA 5P7OA 3OXVA 5P7DA 1ZTZA 3MWSA 5P6QA 1D4YA 1FQ6A 5COOA 4Y3SA 4J0VA 5HE7A 2ZHTA 4I1CA 1FG6C 7HVPA 5ISKA 5P1RA 1SGUA 3CMSA 5P2HA 5P37A 5P57A 4B00A 4NPTA 2AZCA 5P81A 1OD1A 2O4LA 5P5QA 1EBYA 5OYUA 2QU3A 1T7JA 3URJA 4TRWA 4WTUA 1K6TA 5P12A 5P39A 3LZSA 4Y56A 1K2BA 3TOHA 5P4CA 4CPRA 3INFA 5DR4A 2FNTA 5P8EA 3BC4A 4FCOA 5P3TA 3Q3TA 4OC6A 5P0IA 3TPLA 3Q6YA 1AVFA 5P03A 4F76A 3T3CA 5P7SA 4Y3NA 2HS1A 3OK9A 3HVGA 1EPNE 4CPTA 5P3BA 2A4FA 3SA5A 3HW1A 4Y54A 5P08A 5P1AA 5DQCA 3SO9A 1YT9A 4MC2A 3KN0A 3UDJA 3UQRA 4I8WA 2AOIA 4GJ5A 4L1AB 5HU1A 4Y58A 5P7WA 2B42A 5HCOA 2FIVA 5P67A 5P3YA 5P86A 4N00A 2I4DA 4B1DA 2F81A 4KB9A 1K6CA 4B77A 3KDCA 1C6XA 1IZHA 4K4QA 3PEPA 4Y3LA 3VEUA 3WB5A 4H3FA 2AOHA 3O9HA 3S54A 1HTGA 1META 1FMBA 5AHBA 5P5FA 3O9IA 5KQYA 2ZHSA 2WF1A 3QRSA 1EPOE 3VF5A 1RQ9A 1D4KA 1FQ4A 5P8VA 3TKWA 2Q55A 1FFIC 3FNSA 5OZQA 5OZTA 1F7AA 1OEWA 2QZWA 3APPA 3H0BA 4LXAA 3EL9A 1SDVA 5P1SA 2FDDA 3O9BA 1APWE 5E5KA 5ISJA 3I25A 2WJOA 3OUBA 2P83A 5P3DA 3VSXA 2PSVA 6UPJA 5P6YA 3UDYA 4PZXA 4A4QA 2PWCA 3OHHA 4Y5BA 2QD7A 1D4SA 1FB7A 3UFLA 5P4DA 4Y5KA 4J1IA 2QI7A 5P28A 1E80E 3VV6A 4TRYA 4Z22A 3FKTA 1UH7A 5T4SA 2PYNA 1KZKA 2AVQA 1B5FB 2VJ9A 5P5JA 5P64A 3HDKA 4Y3TA 1UH8A 3OTYA 1Z1HA 5COPA 4GJCA 4ZEAA 5P4HA 5P8AA 3VLBA 4Y38A 5C9FA 5COKA 5OZFA 5P5XA 3INEA 4J17A 4EP3A 1B6JA 4YOBA 2O4NA 4DJXA 5P63A 3OADB 1W5YA 6FIVA 1LZQA 5P34A 4BEKA 2ER0E 4TRZA 4I0JA 3NXNA 2I4QA 3BVAA 3UQXA 5P07A 5P0BA 3APRE 5P1WA 1A30A 2P3CA 3QIHA 1HIIA 3DCKA 1LV1A 5OZ3A 4L7HA 5P22A 2AOFA 3LIYA 4Y4WA 3KT2A 2PWRA 1LYWA 1MPPA 2AOJA 4MC9A 2RMPA 2FNSA 4FM8A 3SACA 3DOXA 5P7PA 4DQHA 1BDLA 3S2OA 5P88A 5P5TA 3EL4A 3RTHA 3R1GB 3U71A 5P0QA 4PEPA 3NLSA 2AVMA 5HDUA 3ECGA 5P1CA 3VFAA 3MXEA 4Y5EA 1FKNA 4YD5A 1N49A 2OHQA 2ZYEA 5P7KA 2Q5KA 4H3IA 2QMFA 1A94A 2AOCA 5P65A 1PFZA 2G1NA 5P01A 1W6HA 3EXOA 3BUHA 4OBHA 4OBDA 5P1LA 3KYRA 3OWNA 1EBZA 3DCRA 1EBKC 5HE5A 5P7UA 2AOGA 2V0ZC 1EBWA 1FF0C 5P5VA 5P8GA 3PWRA 2ER9E 5P5CA 4YD4A 3SAAA 1YTGA 2QNNA 5P2LA 1HPSA 1AXAA 4DQEA 3PVKA 3WZ8A 3FNTA 1EC0A 3OQKA 3UCBA 8HVPA 1E82E 4Y36A 5P5LA 4Y5AA 1UPJA 4J1HA 4HE9A 3NYGA 3SA9A 1D4JA 5P58A 2P3BB 1HRNA 5P6IA 1SIPA 5P6GA 2XFIA 3KFSA 4Y48A 4Y5LA 1APTE 4RRNA 3NUOA 3TH9A 5P0MA 5P35A 5OYZA 5P1UA 4Y3ZA 4J1KA 3UDRA 4FGXA 3OAGB 4K4RA 4Q1NA 1ZAPA 2NMYA 2ZJLA 1GNOA 4I0IA 1MSMA 2CENA 4B70A 3TPPA 5OZ6A 1HVRA 1ZSFA 4QJ9A 1DAZC 3MSJA 5P46A 2QK5A 2R3WA 4Y3YA 5P2XA 5P6JA 5P80A 2WF3A 5OZZA 4LXMA 4RVJA 2QMGA 3VFBA 3TL9A 1XN2A 1IVPA 2IRZA 3L5DA 3C9XA 2ZJMA 4RRSA 4XXSA 4FLGA 4R93A 1BWAA 5P52A 4DUSA 4GJ7A 2XYFA 5OZ5A 2ANLA 2HB3A 2UXZA 2WEDA 1NSOA 3LPJA 4D85A 1AAQA 5JG1A 5P87A 4J0PA 4RZ1A 5P8KA 5P05A 2AQUA 3ER5E 3UQUA 3IN3A 1DP5A 5P5UA 4Y4ZA 1YTIA 2PSUA 3VG1A 4HZTA 3PCZA 4NJVA 5P4QA 2O4SA 2OF0A 2HC0A 3RVIA 3OQAA 5P3XA 2ER7E 3SA3A 4I0HA 1BDRA 4L1AA 4YD7A 4HLAA 2WEAA 1A9MA 1OHRA 5P5IA 1C70A 4Y44A 2AZ9A 4FSLA 3GI6A 4I0FA 5KQZA 3EL0A 5P73A 1NPAA 3EKXA 4LHHA 3EKQA 1PSNA 5I3XA 4GJ9A 4B78A 1MERA 1EC2A 1KJ7A 5OZUA 1IZIA 1APVE 2P3AA 1TCXA 5OZ0A 6APRE 5HCTA 1HTRB 3IVHA 1DPJA 1HVJA 1LEEA 4E43A 3LZYA 2WHHA 5P3VA 5P4WA 2BQVA 4OBKA 3HZCA 3KFPA 5JODA 1W5VA 5P02A 5P8HA 5P0UA 3GI0A 5P4MA 2BKSA 3S85A 3PJ6A 4Q1WA 4J0YA 4RGHA 1QBUA 2PH8A 3MSKA 4L7JA 1HBVA 5P2ZA 2B8VA 4Z2ZA 2R43A 3SKFA 1MRXA 5P50A 2FMBA 4YCYA 4M8YA 3GI4A 5P45A 5P24A 1MT7A 5P8SA 3KA2A 3PSUA 3VLAA 5IVQA 3D1XA 3UPJA 3NDWA 2WL0A 5P72A 5PEPA 5HVPA 3NSHA 3R4BA 3RSXA 1BXOA 4A6BA 1B5FA 3IAWA 4EP2A 4LBTA 2I4UA 5P4VA 4I0EA 2R8NA 3IXJA 3CIDA 4YBFA 2FDPA 4M8XA 5P70A 4QLHA 5DPZA 1AJXA 3K1WA 5P6DA 3O9EA 4APEA 4WY6A 3OADA 3VF7A 5P41A 5P18A 2G69A 2VJ6A 1MEUA 4ZSPA 5P55A 3UDQA 3QRVA 1YTHA 5P6LA 1W51A 4FRJA 5HD0A 5P5MA 2F3FA 5P1PA 5P7IA 2Q11A 4FAEA 1HIHA 2PQZA 5OZGA 3JVWA 1QBTA 2EWYA 3TNEA 5P76A 4PYVA 4CKUA 3HD8A 5P1KA 5P4SA 4DJQA 4JPEA 4J0ZA 1MRWA 1ENTE 4JP9A 4Y4XA 3PLLA 4CPXA 3FIVA 3OUAA 5P6CA 3UFNA 4DV9A 1TSQA 2R9BA 5OZPA 1BAIA 1LF2A 2QCIA 4RVIA 4DQCA 2Q64A 2WEBA 5P5NA 3R0YA 2IENA 3QBFA 1YG9A 5P3FA 5P29A 5P2RA 4J1CA 4S1GA 1AM5A 5KOSA 2ZHUA 4Y3MA 1ZP8A 2B7ZA 5P7HA 2JJIA 5P71A 3ZKXA 5ER1E 7UPJA 3LPKA 2HB2A 3T11A 3O9DA 5P1OA 1KJHA 2VNMA 5P1IA 1HTFA 1ODXA 2JXRA 3OOZA 3G70A 5P4ZA 3IN4A 3KT5A 4DQGA 4DQFA 1FG8C 4Q5MA 4DPFA 4EJDA 4F73A 4EPJA 1HVIA 3IVIA 3TKGA 1GVTA 1B11A 2P3BA 2OHPA 3I8WA 2Z4OA 5P1FA 1IVQA 2OHMA 3LHGA 5P0DA 5OYVA 2OHSA 5IS4A 1QRPE 2FDEA 2IKUA 1SMRA 5E5JA 4Y4TA 4H1EA 5P0JA 3EKPA 3PB5A 2V11C 5DR3A 5P7ZA 5OZRA 5P8UA 3OAGA 3S45A 1HVKA 2A1EA 1BV9A 3VYFA 2WF0A 4Y3HA 3H5BA 3IXKA 5P3WA 1IZDA 3U7SA 5P2NA 5P2MA 3ZL7A 3TPJA 4EQ0A 4FRSA 4Q1YA 1RV7A 5P5BA 4KE0A 3EL1A 3HLOA 3QBHA 5DR0A 5OZWA 3FX5A 3O9AA 5P2EA 3OXCA 5P32A 3EKYA 4FS4A 5P11A 2Q3KA 3SA7A 3RSVA 4Y37A 1PSAA 5OZ8A 2I0DA 2QI4A 5P5GA 4FRIA 3INDA 5P0VA 3CKRA 5P8JA 3RTMA 1M0BA 4X2LA 5OZJA 5OZ1A 3ZPUA 4EJLA 3JVYA 1W5WA 2G1OA 1ZBGA 9HVPA 5P0XA 4LXKA 4CPWA 4Z50A 3VV7A 1KJ4A 1T6EX 3IXOA 2IDWA 2B60A 2QD6A 1HHPA 4OBFA 5P5HA 3D20A 3B80A 5P2AA 4LL3A 1G35A 4A6CA 5P7EA 1QBSA 5P20A 3T6IA 4NJSA 1E5OE 3OGPA 5P4GA 2O4KA 2QNQA 5P09A 4ZPFA 4ACXA 4DQBA 4XX3A 3UDKA 2PK6A 5BRYA 3L5EA 4FM6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1E A;  3RTN A;  3OHF A;  1HXB A;  1LYA A;  2HPF A;  4BFB A;  3TLH A;  3NDU A;  2OHU A;  3OU1 A;  2V16 C;  3VSW A;  4HA5 A;  4Y4A A;  4COE A;  2PMA A;  2VS2 A;  4XX4 A;  5P8N A;  1ZLF A;  3PWM A;  2Q63 A;  3PSY A;  3CYX A;  4JOO A;  1AZ5 A;  1K1U A;  5OZ4 A;  1F34 A;  3FSM A;  2AZB A;  5P15 A;  3CYW A;  5CLM A;  4ZSM A;  5P89 A;  4Y3A A;  5P2I A;  5TOL A;  4D89 A;  5P4I A;  5AH9 A;  4H3G A;  3SA8 A;  2BPW A;  5P4J A;  4J54 A;  5DQ5 A;  4Y4E A;  1MVP A;  4RYG A;  5P1E A;  3BXR A;  1W6I A;  2AVS A;  3FV3 A;  5KR2 A;  2ZHR A;  3D1Z A;  5P26 A;  3KFR A;  5DQ2 A;  3ST5 A;  3NU5 A;  3NXE A;  5KOQ A;  5HDV A;  3EL5 A;  3Q5H A;  3T7X A;  5P3U A;  3ZKS A;  4DPI A;  1HIV A;  2HB4 A;  3PMU A;  5OZE A;  5P42 A;  1QBR A;  5P5K A;  2B8L A;  4OC6 B;  1G2K A;  2FGU A;  4R95 A;  1KJG A;  5P3I A;  2F80 A;  1K6P A;  5F00 A;  5P79 A;  4ER4 E;  5P7M A;  3UDH A;  1TQF A;  4AA8 A;  3BRA A;  1C6Z A;  4IVT A;  1U8G A;  5P27 A;  4F74 A;  4Y3E A;  5P4A A;  2SAM A;  2R3T A;  3LZV A;  1YM4 A;  5P8P A;  5P4E A;  4R8Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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