4YCTA

Endothiapepsin in complex with fragment 216
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 83
structure length 328
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yctA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yctA01
2G26A 3PI0A 5HCOA 5P33A 1M4HA 4FAEA 3HW1A 5OYUA 3QRSA 3OQKA 4XXSA 5P5NA 2VIJA 3FKTA 1MRXA 3INEA 2HS1A 3VCMA 5P2SA 3L5CA 4FRIA 3PM4A 2UXZA 2HAHA 5P6GA 5P6TA 5HCTA 5P37A 2WECA 4FSEA 2OHQA 1EPLE 4Y3QA 4FGXA 1MIQA 3PSUA 4HVPA 1HSIA 2ANLA 5P18A 1NPWA 4Y9WA 2B7ZA 5DR0A 4Y4ZA 5P43A 5P80A 5P2MA 1FG8C 4YD3A 1HIHA 3OADB 2IGYA 4EJKA 4DJVA 2OHMA 3D1ZA 4LP9A 6APRE 3CMSA 3NU5A 1T7KA 2FS4A 3QN8A 3UCBA 1PFZA 5P5CA 3RTNA 1FFIC 2ZHSA 3DUYA 2AQUA 3IN4A 3Q3TA 1FQ7A 3FV3A 5P4BA 2VA5A 2R8NA 3UQRA 1XL5A 4I0IA 2F3EA 1GVWA 4Y3NA 1HBVA 5P2WA 4B70A 2IL2A 2VA6A 5P0LA 4DVFA 2BBBA 4CMSA 2VJ6A 1UH8A 4AA8A 5P6HA 1NPAA 5P4OA 4DQBA 1APWE 5P5FA 5P3TA 1W50A 5CONA 4XX3A 5P1QA 3ZMGA 1BDLA 1SMEA 3N3IA 2R5QA 3HLOA 3T6IA 3VF7A 5P4FA 4Y3XA 4Y43A 1SGUA 4Y5EA 5OZQA 3EC0A 3HZCA 4OBZA 3TPRA 1GVVA 4RRNA 5P1ZA 3GGAA 5P3VA 4HDBA 4GJ6A 5P4NA 3VEUA 1G35A 4EXHA 5P69A 1F7AA 5P5LA 1HPVA 5P8BA 4J17A 5P86A 1D4JA 3UQXA 2OF0A 1GVXA 3FX5A 5P71A 3RVIA 3TPLA 5EZZA 2WHHA 1AJXA 3KFSA 1EC1A 1MT9A 4I0JA 4NJSA 5APRE 3NWQA 2I4VA 1KJ7A 4I11A 3L59A 4I10A 1BXQA 3RTMA 3ZKSA 4QJ7A 3OU1A 1D4LA 4B1CA 3KA2A 5P4PA 4CP7A 4I0HA 3M9FA 4J1IA 4Y5KA 5P70A 5OZ7A 3LPKA 4FSLA 3R1GB 3SKFA 5P72A 5P2IA 3MSJA 2NNKA 2G21A 3Q70A 4OBZB 5P7VA 4ER1E 3SM2A 1FQ4A 1ZSFA 2A1EA 3LPJA 3FNUA 2Z4OA 5P13A 5P2VA 4DQGA 3QIHA 3IXJA 3UQPA 4DJPA 1AJVA 3NUJA 5P2TA 3LIYA 5P6VA 2V11C 4OD9A 3NU6A 5P8CA 5DR3A 5P5AA 2V00A 3ZPSA 3GGUA 4H1EA 5DQ5A 5P7XA 2BPZA 1OEWA 4YOBA 3OU1B 4QJ8A 4FRSA 5P2OA 2FXEA 5P5QA 1IDAA 3HDKA 1YTGA 3CYWA 4Y4JA 5P0MA 2QI5A 5P0UA 2R43A 2IS0A 2AVSA 2BPVA 3CKPA 4DI2A 4Y5MA 5P2AA 1ZBGA 2FMBA 1GVUA 5P1MA 5F00A 2ZE1A 3F9QA 3VYDA 2G24A 1APTE 3R0YA 4ACUA 4Y3FA 3AUPA 1LYBA 1EPNE 1QDMA 4HA5A 3UTLA 4CPTA 2NTRA 1ODWA 4OD9B 1DPJA 1FF0C 4GJ8A 1GNOA 3OQAA 5P25A 5IE1A 5P78A 1RNEA 2IKUA 3B7VA 3SA3A 1N49A 1EBZA 3G6ZA 3EL1A 4CPQA 3NU9A 5OZPA 4R95A 3OXWA 3VG1A 2QU3A 1EBWA 3U6AA 5P1XA 5JFUA 3GW5A 3KT2A 3SKGA 5P01A 1AIDA 2FLEA 4CPSA 2AOHA 3DOXA 3EM3A 5P6LA 2V10C 2O4KA 4GJBA 2PWCA 5DQ4A 1IIQA 2ASIA 4J0ZA 3NU3A 3UDYA 4EPJA 4CPRA 3S7MA 3NYGA 3O9IA 1IVPA 1FQ8A 1EPQE 1OHRA 1DIFA 1BVGA 1LYBB 2PH8A 4YD6A 5I3YA 5P1NA 4JPEA 2Q64A 3HVPA 3PWWA 3TLHA 2VNNA 3GI5A 5P1KA 5DGWA 5P3LA 2QZKA 5P0RA 5P7JA 5OZMA 1K6TA 4FM6A 5P1TA 4EWOA 2ZJIA 5P1WA 4EJDA 5OZBA 2G1NA 3PLDA 5P0OA 2V0ZC 1C6YA 5P7LA 5P3DA 3LHGA 5J25A 4KUPA 4U7QA 2WEZA 5P75A 1HVSA 1YM4A 1TSQA 4F73A 1RL8A 2IGXA 2JJJA 1EAGA 1XE5A 2QI0A 5P64A 3VFAA 2AZ9A 3PI5A 5P55A 3OQ7A 5AH8A 4Y5GA 4QGIA 5P67A 3TKWA 5P14A 3OU3A 2I4QA 2QZXA 3IGBA 5P1EA 2XFKA 5I3WA 2RKFA 2G94A 5P81A 1ZP8A 2WKZA 3EBZA 2QMGA 4I0GA 3WZ8A 4KE0A 3I8WA 4QJ2A 4ZPGA 5OZHA 3PJ6A 5P5UA 5AGZA 1FQ6A 5P0XA 1KJHA 2QNNA 3O9BA 1IZEA 1OD1A 1ME6A 3O9DA 1MERA 3PMUA 5P02A 4YD7A 5P8JA 5P07A 4GJ9A 5DQ2A 5P15A 2PK6A 5TOLA 1RPIA 4JPCA 3UDHA 2IENA 3Q6YA 5P83A 5EZXA 4L6BA 5JODA 3L58A 1B5FA 4EQJA 2JXRA 2ER7E 4D85A 1MPPA 4GB2A 4EP2A 5P3YA 1AXAA 2OHNA 1MSMA 3K5DA 5P8SA 1YG9A 2F3FA 2MIPA 3QBHA 4J1KA 5P47A 3QAAA 3OUBA 5OZJA 4Y45A 5P8NA 3S56A 5P1FA 1T6GA 5P45A 2QI1A 2AOCA 5KR2A 3PCWA 5OZXA 5P8QA 1BVEA 5P2NA 5OYWA 3WZ7A 2WEBA 3EKPA 3ST5A 2G1OA 5P2DA 5P1CA 5P1IA 5P2HA 4IVSA 1XL2A 3HD8A 3UDMA 4NJVA 1CZIE 5OZIA 3UF3A 1T7IA 4LL3A 1B5FB 3OXXA 5P7RA 4Y5LA 3OY4A 5P7SA 4B05A 3QRMA 5P0SA 1ODXA 1VIJA 1CMSA 3OUDA 4Y51A 3TPJA 1Z1RA 3INHA 3VV7A 1AZ5A 4ZSRA 3SA8A 5DQCA 4YDFA 1ZSRA 5P3JA 5P8AA 1SH9A 2NR6A 4Y3RA 3LZUA 2ZYEA 5HE5A 3LIQA 1HVHA 5P0NA 5DR4A 2G1SA 1Z8CA 2F3KA 1B6LA 5KOQA 4L7JA 5P0AA 1LEEA 3NWXA 3R0WA 4AMTA 1YTIA 4Y3YA 3GGXA 3K5FA 5DR8A 1FQ5A 1QBTA 3BRAA 2I4UA 5OYRA 1HTEA 2B42A 3SA7A 3I2LA 2VIZA 1D4SA 5P4LA 5P38A 3OUDB 2PC0A 1AVFA 4ER4E 4Y35A 3ZLQA 2QD7A 4B0QA 5OZEA 3KMXA 2QI6A 4JP9A 3EXOA 2F81A 3WB5A 4NPTA 1KJFA 2Q3KA 5HTZA 4DJWA 4FM7A 3CYXA 4J0VA 4Y4EA 5IS4A 5P5VA 1HRNA 3PBZA 4B1EA 5T4SA 4B00A 5P6OA 5P08A 2BPXA 5P5SA 2O4LA 5P39A 4YCYA 3D91A 4I8ZA 4QJAA 2HS2A 2AOIA 3D3TA 1EC3A 3KM4A 4GJCA 5AH6A 1K1TA 3OAGA 3DV5A 5P57A 3SFCA 1KJ4A 3SA9A 4WTUA 3TH9A 1BXOA 4I12A 3VSWA 2O4SA 4TVHA 1EBYA 2V16C 1C70A 2NXMA 5P7NA 4L1AA 3O9EA 3D1XA 4Y36A 5P16A 1HVIA 4J54A 2ER9E 2R38A 5P7EA 2R5PA 5P1GA 1DAZC 5P20A 5P50A 5KOSA 5P6YA 4D88A 5P7BA 1NPVA 3I6OA 3TOGA 2AOGA 5P7ZA 3R4BA 5P3KA 5P5YA 5P68A 4H3FA 5P48A 5P73A 5P4EA 2ZJKA 3HVGA 5AHBA 4JOOA 1SDTA 3QRVA 5P3NA 5P2LA 3CKRA 3HAUA 5P4JA 3ZKGA 4FRJA 2AVOA 4OBGA 4YDGA 5P4WA 3DM6A 1UH7A 2QZWA 3VFBA 3HBOA 5P5EA 5P0PA 3GI4A 3OAGB 4R5NA 3TTPA 2VNMA 2P3BA 1NSOA 5P5DA 5P3IA 4FRKA 4QJ6A 5P1AA 3ZPUA 4TRWA 2B8VA 4Y39A 5P8IA 4Y3SA 4L1AB 2ER0E 3O9AA 3IN3A 4CKUA 1W6HA 5P5ZA 1EPPE 5P7FA 3NLSA 3OTYA 4OBDA 2PSUA 1C6ZA 3SLZA 5P19A 4RCEA 5ISKA 4RZ1A 1HTRB 4J1CA 5P2ZA 5P5WA 5P03A 3KFRA 3UPJA 3S43A 5P5XA 3EKXA 1SP5A 5ENKA 5KR1A 3K4VC 5P3UA 5ER2E 5P7IA 2PSVA 5P41A 5P1RA 1TW7A 5P42A 3NU4A 2ER6E 1E81E 5E5KA 4YBFA 5HU1A 2R9BA 1Z1HA 5P7TA 3QBFA 2QD8A 2P3BB 3D20A 5OZ2A 2IKOA 5P31A 4Y4XA 1J71A 3T7XA 4RCDA 5C9BA 5PEPA 3T11A 5I70A 4AZYA 2B8LA 3PRSA 4LXKA 1BV7A 3NR6A 3NSHA 5P2CA 3NXEA 2OHKA 2BPWA 5P35A 5P79A 2AOJA 3LPIA 1UH9A 5P4QA 2UPJA 3LZSA 2OHUA 3O9FA 5P0VA 3VV8A 5OZKA 1HWRA 4R92A 3S43B 5AH9A 1MTBA 4DQHA 5P3MA 4YCTA 1A94A 4JECA 5P09A 4K9HA 1TSUA 1PSAA 5P4UA 1YM2A 3CICA 4DQEA 3ZL7A 2XYEA 1FGCC 5P88A 1YTJA 2JE4A 3APRE 4J1FA 5P4DA 4A6BA 5HU0A 4ZPEA 2FGVA 4PEPA 4GJ7A 5P4SA 5P6RA 1GKTA 4Y3PA 3PLLA 2QHYA 5P6EA 5F01A 3S2OA 5P5TA 2HM1A 1T6EX 2OHSA 1QS8A 2EWYA 4OBJA 3L5FA 4Z22A 2A4FA 4YD4A 1BBSA 3K5GA 5P4GA 4Y48A 1AM5A 1IZHA 1HVRA 5P0JA 1B6PA 3DV1A 5P23A 1RQ9A 4RCFA 1CPIA 5P1VA 5P51A 1B11A 3BVBA 4J1HA 3DK1A 4Y57A 3K4VA 1GVTA 2APRA 1HOSA 3UHLA 1HVCA 2H6TA 5OZ8A 5P2UA 4H3IA 3UDQA 5OZCA 3IA9A 4B77A 2IEOA 4Q1WA 5P0FA 2ZJLA 4IVTA 3EL9A 2G69A 2AVVA 3LZVA 2J9KA 5OYSA 5DR7A 3IVHA 3NDTA 5P6QA 1D4HA 3D1YA 5P2FA 4DJQA 4I0EA 4M8XA 2WJOA 5SY2A 4DJRA 3BUHA 4Q1YA 1GNMA 4FAFA 5P4VA 1G2KA 1XDHA 1F34A 4OC6A 5P7PA 5P0YA 2QP8A 4APEA 4APRE 1HXWA 1APVE 4HZTA 2PQZA 1A30A 3NDXA 3OGPA 3CKTA 5P61A 5P8UA 2QNQA 2I4XA 5P8LA 1G6LA 1HPSA 3EKVA 3O9LA 2AZ8A 5P04A 5P28A 3EM4A 3QS1A 4D89A 4J55A 5CLMA 4Z50A 4LAPA 4Y4AA 4ZSQA 3LIVA 1LV1A 4Y3JA 2JYSA 3N4LA 5P8VA 3ECGA 4J1EA 3WSJA 5P10A 4EXGA 1BDRA 5P74A 3EMYA 1EC0A 5P7CA 5P65A 1K2BA 4DJUA 4J0TA 5HE7A 5P0DA 4ZE6A 1EC2A 2B60A 5P5MA 5P5IA 3URLA 3NDWA 2NPHA 7UPJA 5JFPA 1IDBA 5P6JA 1SIVA 2QAKA 3IAWA 4FCOA 4RLDA 3WB4A 2QD6A 5OZDA 4OC6B 2O40A 1D4IA 1HTFA 2IDWA 3Q5HA 5P8OA 5IVRA 1HSHA 3SA6A 5B18A 5P46A 3LZYA 4Y38A 2P3DA 1EPME 1DMPA 2AVMA 4ZPFA 3BGCA 2WF2A 3S7LA 4I0DA 5P1SA 3JVYA 3O9LB 4N00A 3LIZA 5P0HA 3OU4A 2ZJJA 5P58A 2ZJMA 1G0VA 2I4WA 2FDEA 4OBKA 4B1DA 4HE9A 1LYWA 2VS2A 1MTRA 2WEAA 5AHCA 2ZHRA 1IBQA 1BAIA 5SZ9A 2ZJHA 3BGBA 5P2GA 4HEGA 3PSYA 3H5BA 5AHAA 3EKYA 4RGHA 4PHVA 2HB3A 2RENA 5OZ9A 1WKRA 4DFGA 5P22A 3SM1A 5OZ6A 2WEDA 4YHQA 3PVKA 1FKNA 5P0EA 4YBIA 3JVWA 5HVPA 1MUIA 5P7DA 3PWRA 2ZDZA 1HIIA 5P34A 3URIA 1ODYA 1XS7D 5P2XA 3OGQA 5P3FA 3EL5A 3BHEA 4DPIA 3G72A 2PYNA 1RV7A 5P1YA 4Z2ZA 3BUFA 4DJYA 3OU4B 2NXDA 5OZ1A 3SO9A 3SA5A 4FE6A 4OBFA 3KDBA 4RRSA 1K1UA 4DQFA 2ZGAA 5KQZA 1BILA 3EKTA 4YA8A 1LYWB 1D4YA 3INDA 3KFNA 3NXNA 1OEXA 4Y54A 4TVGA 5P7QA 5OZGA 3L5EA 2QZLA 1MT7A 5OZUA 2XYFA 3PSGA 1HHPA 1FMUA 2XFJA 3O99A 2NMZA 5P66A 4A6CA 5P17A 4GJDA 3KF0A 3JW2A 1PSOE 3TOFA 1SIPA 3O9GA 5P5RA 5P3RA 4DPFA 5P7OA 5P4RA 4EQ0A 1PPLE 1E80E 4Y3AA 5OZNA 1QBSA 5P62A 1VIKA 2PWRA 2QMDA 1PPKE 3VF3A 5P3OA 3L5BA 2I0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G26 A;  3PI0 A;  5HCO A;  5P33 A;  1M4H A;  4FAE A;  3HW1 A;  5OYU A;  3QRS A;  3OQK A;  4XXS A;  5P5N A;  2VIJ A;  3FKT A;  1MRX A;  3INE A;  2HS1 A;  3VCM A;  5P2S A;  3L5C A;  4FRI A;  3PM4 A;  2UXZ A;  2HAH A;  5P6G A;  5P6T A;  5HCT A;  5P37 A;  2WEC A;  4FSE A;  2OHQ A;  1EPL E;  4Y3Q A;  4FGX A;  1MIQ A;  3PSU A;  4HVP A;  1HSI A;  2ANL A;  5P18 A;  1NPW A;  4Y9W A;  2B7Z A;  5DR0 A;  4Y4Z A;  5P43 A;  5P80 A;  5P2M A;  1FG8 C;  4YD3 A;  1HIH A;  3OAD B;  2IGY A;  4EJK A;  4DJV A;  2OHM A;  3D1Z A;  4LP9 A;  6APR E;  3CMS A;  3NU5 A;  1T7K A;  2FS4 A;  3QN8 A;  3UCB A;  1PFZ A;  5P5C A;  3RTN A;  1FFI C;  2ZHS A;  3DUY A;  2AQU A;  3IN4 A;  3Q3T A;  1FQ7 A;  3FV3 A;  5P4B A;  2VA5 A;  2R8N A;  3UQR A;  1XL5 A;  4I0I A;  2F3E A;  1GVW A;  4Y3N A;  1HBV A;  5P2W A;  4B70 A;  2IL2 A;  2VA6 A;  5P0L A;  4DVF A;  2BBB A;  4CMS A;  2VJ6 A;  1UH8 A;  4AA8 A;  5P6H A;  1NPA A;  5P4O A;  4DQB A;  1APW E;  5P5F A;  5P3T A;  1W50 A;  5CON A;  4XX3 A;  5P1Q A;  3ZMG A;  1BDL A;  1SME A;  3N3I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AVQ A;  3ZOV A;  1GNN A;  4Y3D A;  8HVP A;  2FGU A;  5P6U A;  2HPE A;  4Y53 A;  5OYV A;  5P6F A;  1ER8 E;  5OZW A;  3C9X A;  4Y3Z A;  5P8R A;  2QMP A;  3VLA A;  2P3C A;  2P3A A;  3TNE A;  1A9M A;  4YE3 A;  5P8K A;  5P4T A;  3EKW A;  3UFL A;  4UPJ A;  5P1D A;  5P6D A;  2WF0 A;  4BFD A;  1XN3 A;  5P1J A;  4TRZ A;  5OZA A;  4Y3T A;  4YCK A;  5OZL A;  2Z54 A;  3GI0 A;  2J9J B;  3RSV A;  4LBT A;  2IQG A;  3G70 A;  2RKG A;  1UPJ A;  2AOE A;  4XX4 A;  1LF2 A;  2CEN A;  5P53 A;  4Q1N A;  1K2C A;  2Q63 A;  1HEG E;  2BPY A;  5P0G A;  2FDP A;  2OHP A;  5P3Q A;  3S54 A;  1MSN A;  3OQD A;  2PSG A;  4Y5N A;  4HDF A;  3LIT A;  5P8P A;  5COO A;  2AOF A;  3R2F A;  3IVI A;  3TL9 A;  4AA9 A;  5OZS A;  4Y4T A;  3EKQ A;  4I8W A;  2F80 A;  7HVP A;  3ER3 E;  2ZHV A;  4NPU A;  4MC1 A;  5OZ0 A;  3URJ A;  5P85 A;  5HDV A;  5P5G A;  3L5D A;  4FL8 A;  5P44 A;  5P27 A;  4LXM A;  5P4C A;  1SDU A;  4FIV A;  4R8Y A;  5ISJ A;  5OZV A;  1EED P;  5P05 A;  3H0B A;  5P30 A;  5P4M A;  3UQW A;  1APU E;  1ZAP A;  2OAH A;  5KQX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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