4YD5A

Endothiapepsin in complex with fragment 236
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd5A01
4MC9A 1SBGA 5P3OA 5E5JA 5OZRA 3VYDA 4HLAA 5P87A 5P5AA 4TRWA 3DK1A 3NWQA 4CPQA 5P8DA 4MC6A 5P6FA 5DGWA 1W5WA 2AOIA 3U71A 5P6AA 5P6XA 3L5CA 5OZ5A 4Y3EA 2R8NA 4MC2A 4WTUA 2WL0A 5P54A 2Q11A 4Y38A 2V10C 5P4HA 4FL8A 3Q5HA 4K4QA 4RCFA 3SACA 1FQ8A 3NUOA 1EBZA 2P3AA 5OZOA 1MIQA 1NPAA 1NH0A 4HDFA 4Z22A 4NJTA 3BVBA 5P2ZA 3OGQA 5P0TA 4CPUA 3NU4A 5P2AA 2V0ZC 5HD0A 5P8MA 3INDA 3KF0A 1K6VA 2OAHA 5OZCA 4Y4DA 3O9HA 4RLDA 5P4KA 1C70A 3GI0A 2CEJA 3TOHA 4PZWA 5P8RA 4L7JA 5P4TA 4Y3SA 3BXSA 4R91A 5P23A 1GKTA 1LF2A 3O9DA 5P4PA 2QI7A 1AXAA 1A9MA 3URIA 2I0AA 5P4FA 2MIPA 3LHGA 4DQHA 4Z50A 1AVFA 5OYWA 1QRPE 3CYXA 1SIPA 4LHHA 4FCOA 2G69A 4J0TA 5P7SA 4YBFA 3O9EA 4HE9A 5C9FA 2Q63A 5P4XA 3ZLQA 3O9LB 8HVPA 2B42A 5P02A 3ZKIA 5C9BA 1ZPAA 3PWMA 2I0DA 2HS2A 4X2LA 4Q1XA 4Y5MA 4EJKA 1GVWA 3WZ6A 1FFFC 1Z8CA 2O4KA 3IVHA 5JFUA 2PC0A 2ZYEA 5P3VA 3KM4A 4GB2A 3D1ZA 5P5WA 2NTRA 6UPJA 5P1NA 3GGVA 2QZLA 2UPJA 4KUPA 5F00A 1DIFA 1PSOE 3EM3A 5P05A 5P5OA 5P53A 1D4YA 3RTMA 3CICA 5P43A 5P3TA 2V00A 3OADA 4D89A 3FIVA 5C9DA 5OZNA 3EKTA 1HTFA 2ZJNA 2P8HA 1SMEA 2I4XA 5P0MA 4Y3LA 4Y3HA 1EAGA 2WF2A 3T6IA 5KOQA 4FRIA 5P5XA 5I70A 5P00A 4Y44A 3R2FA 3I25A 4OBJA 4J1EA 4IVSA 1YTJA 4FAEA 3K5DA 4I10A 1T7KA 4R95A 1T3RA 4YD4A 2ZJKA 1FLHA 5P8VA 5P6JA 4Y3NA 1TW7A 4Y4UA 2F80A 4HZTA 3EL5A 3SKFA 1MVPA 2ER9E 5BS4A 3DV1A 3LIQA 4Y3JA 1IZHA 1W6HA 3G6ZA 5P89A 4Q1WA 4Y5BA 3D1YA 4FAFA 1HVJA 1SP5A 1MT8A 3CIBA 5P7YA 2RKGA 3OQ7A 5ISJA 2VIZA 1ZPKA 5P8OA 4K4PA 2F3EA 2V13A 3T7PA 4EQJA 3FSMA 1RPIA 2ZDZA 5P0EA 4ACUA 4QJ2A 1UH9A 4J1IA 4PZXA 5P0RA 1MESA 2ZHSA 1DAZC 3OTSA 4Q5MA 3UQRA 1LV1A 3OUBA 1B6KA 1ZBGA 1BXOA 5OZFA 4Y41A 5TOLA 2HC0A 5P0VA 3VLBA 3ZPUA 4E43A 3JW2A 5P24A 5P4CA 1HTRB 4F73A 5ISKA 2I4QA 2Q15A 1IZIA 3UDRA 1M4HA 2R38A 5P8GA 4Y5EA 4M8YA 2WKZA 5P2JA 2NNPA 1EPPE 4Y3FA 2AODA 2SAMA 3LIXA 5KQFA 3S43A 4QJ7A 4MC1A 2HPFA 3BGCA 1HTEA 4YOBA 3FX5A 5P5PA 2FXEA 2HB4A 5P4MA 3S56A 3BUGA 1HOSA 2IGYA 2P3BB 3NWXA 1AM5A 2FDEA 1LYBB 1B6MA 4K9HA 5SXNA 1W51A 5OZ9A 5DQ5A 2OHTA 3EKWA 5P0DA 3KFSA 5OZ4A 4J55A 5P7XA 3SKGA 7HVPA 5P1JA 4FRKA 5AH7A 2WF1A 5SY2A 5P5RA 5P5IA 1PSAA 4B72A 5OZQA 2AVQA 2QD6A 3OUCA 1BWAA 2RSPA 9HVPA 1G35A 2ZJLA 4Y3GA 1YTGA 3NU6A 2ZHTA 3BGBA 4Y5KA 4GJ8A 5KR2A 5P8TA 2PYMA 3HBOA 5P04A 2QP8A 5P7QA 5JG1A 4GJ7A 2WEBA 2G1OA 5P3UA 3O9BA 5KR1A 5P2CA 5P42A 3EL4A 4QLHA 3DCRA 1XN2A 2PSGA 5P26A 4D88A 3SLZA 2PWRA 3PMUA 2R9BA 1T7JA 2BKTA 5P8IA 1EEDP 3OAGB 3F9QA 2OHLA 5P2XA 2QI0A 4CPXA 2R3TA 5AH8A 4DVFA 5P3FA 2AVOA 4Y4BA 2PSUA 3ZL7A 5OZ8A 1XS7D 3OU4A 5OYRA 3MXDA 1OEXA 4DJUA 4UPJA 1E82E 1ZSFA 3SPKA 2HB3A 5DGUA 1XL5A 2BPYA 3NDTA 2VKMA 1BXQA 4NJSA 1BWBA 3UF3A 2F3FA 5HDUA 2HB2A 4OBZA 5P1FA 5P10A 1QBRA 5P0IA 4DJPA 2G94A 1G0VA 1HRNA 4JOOA 3QP0A 2NNKA 4I0HA 5P7RA 5P4GA 4LL3A 5IVSA 4I0GA 1ZLFA 2J9KA 2QHZA 4RROA 4Y56A 4Y4ZA 1XL2A 5ENKA 4M8XA 3D20A 5SY3A 5P63A 5P3IA 5P5JA 3G72A 5HVPA 5P7DA 1Q9PA 2ZJMA 4ZLSA 1A94A 1J71A 4RVXA 3NDWA 3EL0A 5OZXA 4PPHA 3FV3A 5P2DA 5P12A 3SQFA 3EKPA 5DQ4A 4PYVA 5OZUA 4DQCA 1ZP8A 5P1YA 4Y5PA 5P7KA 3RTNA 2WEZA 3R1GB 5OZ7A 4Q1YA 4Y39A 4WY1A 1DPJA 3LZVA 1M43A 3KYRA 4TRYA 4Y50A 4H3FA 4KE0A 2IGXA 3I2LA 4FIVA 3QI1A 3S7LA 5OYUA 5OZ1A 5P2RA 3ZKNA 3OU3A 3T7QA 2WECA 1D4IA 4PEPA 1G6LA 2A4FA 2AZBA 5P1TA 2PYNA 3PGIA 5P0BA 3UQUA 5P3NA 5P1QA 1F7AA 2HIZA 3JVYA 3I7EA 1GNMA 5T4SA 5P3JA 2AVVA 5DQ2A 1FIVA 2OHKA 5P1ZA 3IXKA 5P73A 5AH6A 2AOHA 2IENA 5P7NA 5P6DA 5SZ9A 5P6KA 2BBBA 3RU1A 3WB4A 5P4BA 2RMPA 1W5XA 4U7QA 5P8FA 4OBDA 4TVHA 2QD7A 4J1KA 4HEGA 5P11A 3TKWA 1HTGA 3BRAA 3IA9A 5P5EA 5P7ZA 4GMIA 4DI2A 1E81E 3SAAA 3OQDA 5P79A 1LF4A 5P0PA 3D1XA 4F75A 4JP9A 3OUDB 3TTPA 5P88A 2V11C 5CLMA 1FG8C 1FMBA 5ENMA 3UQWA 4YCTA 1YM2A 5P5QA 5P7OA 5P4WA 3PHVA 4RCDA 2WF0A 4DPIA 5P57A 3OU1A 3NU9A 2PK5A 1B6JA 3NXEA 1ENTE 3DCKA 1EC1A 4DUSA 2QU2A 4YE3A 5P2NA 2BKSA 2G1SA 5P0GA 3K1WA 2P3CA 5P76A 5P4JA 1GNNA 5OZDA 5BRYA 4J0YA 3Q70A 5P66A 5OYQA 5HE7A 3ZPSA 2VA7A 1XE5A 2HPEA 1BDQA 3UFLA 5P64A 1KJFA 3SA4A 5OZZA 3SO9A 3PSGA 3QN8A 3GI4A 4J54A 5P83A 3C9XA 2ZE1A 3A2OA 5P7MA 4YBIA 2QCIA 2Z54A 4Y45A 1KJ4A 5OYXA 5P4EA 5P15A 5P8LA 5P3HA 4Y48A 3PBZA 3PB5A 4I12A 5P1RA 3VFBA 4FSLA 1DMPA 1ZJ7A 3PEPA 4NPUA 1APVE 4YOAA 5P1GA 1EPME 1NPWA 4GJDA 1EPQE 3UDNA 2QMPA 4QJ9A 5KQXA 1PFZA 2QK5A 1FQ7A 3PJ6A 2XFJA 5P7EA 3KMYA 1B11A 5P1UA 5P6VA 3O9GA 1LYWB 3SA3A 5KAOA 4I0DA 5OZMA 3L58A 5P1MA 3TLHA 2AVMA 2FMBA 1C6ZA 4A6BA 2QMDA 5P2HA 5OZHA 4YDFA 1A8KA 2HS1A 5P6QA 4I0ZA 5P0YA 3UPJA 4CP7A 3FNSA 1ZSRA 2QI6A 4XXSA 1FEJC 4Y37A 5P4QA 1A8GA 4ZPEA 3UDQA 5P4OA 5P6CA 4EQ0A 1YT9A 5P7JA 3TH9A 5PEPA 1K2BA 1LS5A 3WZ8A 3GI5A 3EBZA 3U6AA 3B80A 3PI0A 5OZLA 3IN4A 5P5NA 1GVTA 4DJRA 4EJDA 5OZKA 4B70A 3DJKA 1B5FA 5P1PA 5OZGA 3AIDA 2JE4A 1HPVA 3S2OA 4J0PA 5P8HA 4HDBA 3KDCA 5P3YA 3PRSA 1IBQA 5B18A 2J9JA 4TVGA 1C6YA 4AA8A 5P84A 5OZAA 4NKKA 5OYZA 2APRA 4BFBA 2OHQA 4R5NA 3HAUA 5P74A 1FGCC 5OYVA 5P2YA 4ER4E 5P4AA 2Q3KA 4L7HA 1MTBA 1HBVA 1QBUA 5OZ6A 4Y54A 1MUIA 3APRE 3LIVA 4Y3DA 5P2EA 4OC6A 4OD9B 3RVIA 3VEUA 4Y4AA 3T11A 3VV8A 1FQ5A 4RZ1A 3TPRA 4AZYA 2PK6A 3QROA 5P0LA 4PHVA 1AJXA 2QAKA 1MERA 1ZAPA 3TOGA 3OXWA 5P07A 1BDRA 1APUE 1MT7A 2R3WA 1OEWA 3LPJA 1LYAA 4ZEAA 2IKUA 5P5VA 3Q3TA 2PMAA 4L6BA 1W5VA 3EL1A 2QZXA 4H3JA 4Y51A 5P17A 2OHUA 5P7IA 3NXNA 2G1NA 5P32A 2QNNA 4DQEA 3OOZA 3FKTA 4Y43A 4Y53A 1D4SA 2AOFA 3L5BA 1T7IA 5P5YA 2IRZA 3UHLA 4B78A 1CPIA 1NPVA 5I3WA 5OZBA 4D83A 1IZDA 3KFNA 5P8UA 4J5JA 5DR4A 1AAQA 5P65A 1PPKE 3RSVA 3VSXA 4LXMA 4Q1NA 5P1WA 5P0WA 4EXHA 2NXLA 5HU1A 2F3KA 5P7TA 1E80E 3KA2A 1GVUA 1FMUA 3AUPA 3OWNA 5P2WA 5ER1E 1META 1YM4A 4QJ6A 6FIVA 2EWYA 2QI4A 4DPFA 2H6SA 5KR8A 2ZHVA 3WSJA 5P3MA 5P5LA 4FLGA 3UDHA 4FRSA 5P4DA 3MXEA 4YD6A 3SABA 5P01A 4K4RA 3HLOA 1GVVA 1XE6A 1DP5A 3U7SA 3R4BA 3B7VA 5P0KA 5DQ1A 2FDDA 5P44A 2Q55A 5COOA 1WKRA 1EBWA 4FE6A 4RVJA 3UDKA 5KR0A 2QU3A 1HVCA 4L1AB 2WF3A 1HVIA 2ER7E 4H3GA 4CKUA 2FDPA 2B8VA 5P03A 1MSNA 5P7LA 5P37A 1FQXA 2QI3A 3L5EA 3EKYA 5AH9A 2QI1A 4N00A 1BAIA 4Y35A 2HAHA 3BUFA 3O9LA 2WF4A 3INFA 5JODA 5P7AA 2IL2A 5P30A 3G70A 3VSWA 4CPRA 5P0SA 3ER5E 4EP3A 3PCZA 1SGUA 3UTLA 5P5GA 3QBFA 2WEAA 4EHCA 1M0BA 5P2VA 2B8LA 1IVQA 5P5FA 3RSXA 4B0QA 4KE1A 5P0OA 1B6LA 4QGIA 5OYSA 5P56A 3K4VA 5P40A 5P5UA 2ZJHA 3UDJA 4Y3YA 2FNSA 3NLSA 2AZCA 5HCOA 1CZIE 4BFDA 3EKXA 2V16C 1K1UA 1YTHA 5EZZA 1HIIA 2FGVA 4YD3A 2VJ9A 2V12C 3TPJA 4ER2E 4YD7A 4Y3MA 1BILA 3S8IA 5P6MA 5P6WA 4Y5LA 3LINA 4I8WA 5HU0A 3BXRA 3N4LA 5P0HA 5P4IA 4TRZA 3LNKA 5OZPA 3EKQA 3O99A 3VUCA 5P38A 5P1LA 3PVKA 5P16A 3GW5A 1MT9A 1HPSA 3D91A 5AHAA 5E5KA 5DR0A 1BV7A 5P5MA 1FG6C 2I4DA 4B1CA 3PWRA 4J0ZA 3K5FA 4RVIA 5P82A 5P3RA 2VJ6A 4QJ8A 1BBSA 4I11A 1D4LA 5KQZA 2AOCA 3S45A 3CKRA 5P39A 4L7GA 5P4YA 5IVRA 3PMYA 4Y3TA 2XYEA 5P71A 2A1EA 5HTZA 4HVPA 5P28A 1SDVA 5P4ZA 4I0IA 2BQVA 1OHRA 2NXMA 1QBSA 2PH8A 4LAPA 5COPA 5P59A 4Y4EA 5P8BA 1HVSA 5P52A 3FNUA 5AGZA 5P2TA 5P2MA 1UH8A 5P6IA 5P14A 4APRE 4LXKA 3CMSA 3O9AA 4Y5CA 5IVTA 5P34A 4B05A 4DJWA 5P1EA 4ZE6A 2BPXA 2VJ7A 1HEGE 1CMSA 1AJVA 1IDAA 1FB7A 2O4NA 5P5BA 1EBKC 2OF0A 5COKA 1IVPA 2OHNA 1FKNA 2NMYA 3GGUA 4Y4WA 5OZ0A 4RCEA 4Z4XA 4J1CA 4Y9WA 2G26A 2P83A 1QDMA 3KFRA 3O9CA 5P1DA 2ER6E 1RNEA 4B00A 5P55A 3PLDA 3OXXA 5OZJA 3R0WA 2CENA 1RV7A 1ODWA 2P3BA 3UDYA 1MPPA 2AZ8A 1T6EX 1RL8A 3LITA 1LYBA 5P67A 3ZOVA 4CPWA 2ZGAA 2G22A 4JPEA 3H0BA 3OGPA 3TL9A 3NU3A 4OBGA 4DJXA 3OK9A 2O4PA 3NDXA 4FGXA 1GVXA 2UY0A 3IN3A 4Y58A 5P6EA 3WZ7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MC9 A;  1SBG A;  5P3O A;  5E5J A;  5OZR A;  3VYD A;  4HLA A;  5P87 A;  5P5A A;  4TRW A;  3DK1 A;  3NWQ A;  4CPQ A;  5P8D A;  4MC6 A;  5P6F A;  5DGW A;  1W5W A;  2AOI A;  3U71 A;  5P6A A;  5P6X A;  3L5C A;  5OZ5 A;  4Y3E A;  2R8N A;  4MC2 A;  4WTU A;  2WL0 A;  5P54 A;  2Q11 A;  4Y38 A;  2V10 C;  5P4H A;  4FL8 A;  3Q5H A;  4K4Q A;  4RCF A;  3SAC A;  1FQ8 A;  3NUO A;  1EBZ A;  2P3A A;  5OZO A;  1MIQ A;  1NPA A;  1NH0 A;  4HDF A;  4Z22 A;  4NJT A;  3BVB A;  5P2Z A;  3OGQ A;  5P0T A;  4CPU A;  3NU4 A;  5P2A A;  2V0Z C;  5HD0 A;  5P8M A;  3IND A;  3KF0 A;  1K6V A;  2OAH A;  5OZC A;  4Y4D A;  3O9H A;  4RLD A;  5P4K A;  1C70 A;  3GI0 A;  2CEJ A;  3TOH A;  4PZW A;  5P8R A;  4L7J A;  5P4T A;  4Y3S A;  3BXS A;  4R91 A;  5P23 A;  1GKT A;  1LF2 A;  3O9D A;  5P4P A;  2QI7 A;  1AXA A;  1A9M A;  3URI A;  2I0A A;  5P4F A;  2MIP A;  3LHG A;  4DQH A;  4Z50 A;  1AVF A;  5OYW A;  1QRP E;  3CYX A;  1SIP A;  4LHH A;  4FCO A;  2G69 A;  4J0T A;  5P7S A;  4YBF A;  3O9E A;  4HE9 A;  5C9F A;  2Q63 A;  5P4X A;  3ZLQ A;  3O9L B;  8HVP A;  2B42 A;  5P02 A;  3ZKI A;  5C9B A;  1ZPA A;  3PWM A;  2I0D A;  2HS2 A;  4X2L A;  4Q1X A;  4Y5M A;  4EJK A;  1GVW A;  3WZ6 A;  1FFF C;  1Z8C A;  2O4K A;  3IVH A;  5JFU A;  2PC0 A;  2ZYE A;  5P3V A;  3KM4 A;  4GB2 A;  3D1Z A;  5P5W A;  2NTR A;  6UPJ A;  5P1N A;  3GGV A;  2QZL A;  2UPJ A;  4KUP A;  5F00 A;  1DIF A;  1PSO E;  3EM3 A;  5P05 A;  5P5O A;  5P53 A;  1D4Y A;  3RTM A;  3CIC A;  5P43 A;  5P3T A;  2V00 A;  3OAD A;  4D89 A;  3FIV A;  5C9D A;  5OZN A;  3EKT A;  1HTF A;  2ZJN A;  2P8H A;  1SME A;  2I4X A;  5P0M A;  4Y3L A;  4Y3H A;  1EAG A;  2WF2 A;  3T6I A;  5KOQ A;  4FRI A;  5P5X A;  5I70 A;  5P00 A;  4Y44 A;  3R2F A;  3I25 A;  4OBJ A;  4J1E A;  4IVS A;  1YTJ A;  4FAE A;  3K5D A;  4I10 A;  1T7K A;  4R95 A;  1T3R A;  4YD4 A;  2ZJK A;  1FLH A;  5P8V A;  5P6J A;  4Y3N A;  1TW7 A;  4Y4U A;  2F80 A;  4HZT A;  3EL5 A;  3SKF A;  1MVP A;  2ER9 E;  5BS4 A;  3DV1 A;  3LIQ A;  4Y3J A;  1IZH A;  1W6H A;  3G6Z A;  5P89 A;  4Q1W A;  4Y5B A;  3D1Y A;  4FAF A;  1HVJ A;  1SP5 A;  1MT8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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