4YD6A

Endothiapepsin in complex with fragment 240
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd6A01
3PLLA 2FS4A 3Q6YA 1B6LA 4Y47A 3WZ8A 3SA8A 4DI2A 2IRZA 4M8YA 5IE1A 3SQFA 3UQWA 2V0ZC 3G72A 5P2KA 5P82A 5P6IA 1SIVA 3I25A 3RSVA 1HVSA 1FQ8A 1MEUA 3T6IA 5P3CA 2NMYA 3NDTA 5UPJA 5HCTA 4FLGA 4Y5BA 5P8KA 1BXQA 5DGWA 5P68A 3OUAA 5P2EA 3ER3E 1MRWA 5P1WA 2IL2A 5P5TA 5P6DA 3VF3A 2FLEA 1BAIA 5OZ2A 3TPPA 5P78A 2FGUA 4U7VA 1G35A 1HPVA 4H3JA 5DQCA 2AOJA 1WKRA 2I0AA 5P2FA 4Y3SA 5P1VA 4I12A 1HEFE 1OEWA 5P7QA 3R0WA 5I3WA 1GKTA 3KN0A 3PGIA 3T3CA 1BILA 1MERA 2QCIA 5P42A 4IVTA 1HOSA 2RKGA 2MIPA 3BVBA 5P36A 2BQVA 3K5DA 2APRA 4YD6A 2QI0A 3O9AA 5P1ZA 3QRMA 3SO9A 5P8OA 5P81A 2V13A 2IDWA 3OTYA 4RYGA 3PM4A 2Q55A 5P45A 4CPSA 2PMAA 1EAGA 3UF3A 3EMYA 1K6TA 3LZUA 1LF4A 3FSMA 4YD5A 1DMPA 3R4BA 4TVHA 2JYSA 3PI0A 5P07A 5P49A 3PBDA 4J0PA 2O4SA 4H3FA 3L5CA 2VJ7A 3MWSA 3UHLA 3BRAA 5P2HA 4QLHA 2QI7A 3I7EA 5BWYA 1UH7A 3PCZA 4FRJA 3HLOA 1MTRA 1BDRA 2UY0A 3EKWA 5COPA 1BVGA 4RVXA 2ZJNA 5P3JA 2FNSA 4Y4TA 2AVVA 3Q5HA 4JPEA 5P7JA 5HDXA 3D91A 3NXEA 4BFDA 1YX9A 5P5DA 1OEXA 2HS2A 1FMUA 1PPME 1A8KA 3LHGA 3T11A 4YA8A 4DJRA 3D20A 1TCXA 4LBTA 3UDYA 1YTJA 1HVCA 2OHTA 2VIYA 5P4LA 1W5VA 2QNPA 2JE4A 2P3CA 4GJAA 5P0LA 2R5PA 1RL8A 5OZ1A 1AVFA 1SP5A 2QNNA 1TSQA 3K4VA 3LIVA 3ZKMA 3Q3TA 2H6TA 1MT7A 2Z4OA 1Z1HA 2QI4A 3OADA 3S56A 1GNMA 4Y3WA 2J9KA 5P52A 4DJVA 3UTLA 2PYMA 3WZ6A 5P0OA 5P79A 3NWQA 4RCFA 1EPOE 4I8WA 4OC6B 4ZPFA 5P4IA 5P5AA 3JW2A 2F3FA 2OHRA 4ER1E 5P75A 1TCWA 1E82E 4Y3ZA 2G20A 1HXWA 3NWXA 2V11C 4QJ7A 5HE7A 1IVQA 4YD4A 1MIQA 3UDMA 1T7IA 1E5OE 4U8WA 2P83A 1F7AA 1HSGA 3EL9A 4HVPA 4ZSQA 3VFAA 2R3TA 2CEMA 4NJSA 1C6ZA 1HBVA 2R3WA 4YD3A 1MRXA 2BPZA 3BC4A 3ZKGA 5P7XA 2WJOA 4TRZA 2HS1A 1PSAA 5P18A 4D8CA 2VA7A 2G1SA 3WB5A 4COEA 4BFBA 2NPHA 5OZCA 5EZXA 4Y51A 5P5WA 4FE6A 4RVIA 1BXOA 4RCEA 1KJHA 5P62A 3L38A 2AOEA 5P1UA 4Y41A 2BJUA 5P8AA 3OXXA 1B11A 3G6ZA 1G2KA 5AH6A 3OY4A 4JECA 3OQ7A 4CPXA 5P01A 1BDQA 2BKSA 5P2BA 2NXLA 5P04A 2BPVA 3LPJA 1KJGA 5J25A 3KM4A 3H0BA 4TRWA 3UDJA 5P3RA 1FGCC 5P5YA 5P02A 1UPJA 1IZEA 4ZLSA 9HVPA 5P3PA 4LL3A 4Y4WA 5P6PA 5P7VA 3O9FA 1RQ9A 4Q1YA 4OBHA 5AHBA 3ZPUA 2G1NA 1YM2A 4YCTA 1YTGA 4D85A 4RROA 4YBIA 5P24A 1EC0A 4R92A 5P0YA 4EQ0A 1EPRE 4Y5MA 4L7HA 1RPIA 1BIMA 3ZKXA 4GJDA 3S43B 5P7WA 3GGVA 3K1WA 5P4JA 2QD6A 3ST5A 2JJJA 4DUSA 2WKZA 2F8GA 3QIHA 1D4JA 4PHVA 4Y5EA 4PZXA 5OZZA 4J0ZA 4APRE 2ZGAA 3VF5A 2ER6E 1XN2A 5P7HA 3LNKA 4EP2A 3PSYA 5P6QA 5P85A 2B8VA 4J0TA 3T7XA 1K1UA 5DR8A 2OHUA 5P54A 4NJUA 1GNOA 5DR0A 1ENTE 3ECGA 5P3YA 5P23A 5P2QA 2F3KA 5P7SA 5P6JA 2PH8A 2VS2A 3RTHA 4QGIA 1SDUA 2XYEA 3LIZA 2OHSA 1C6YA 5OZWA 2BPYA 1JLDA 5P4FA 5P4GA 1BV9A 5P86A 5P5QA 3PWMA 4Y43A 1KJ7A 3D1XA 5P4BA 4QJ8A 5P4PA 4DJOA 4KE0A 1NPVA 5P6WA 3QAAA 4XKXA 2H6SA 4Y4JA 3HD8A 2AODA 2EWYA 4ZSRA 2FGVA 2QI3A 5P1NA 2Q15A 3PWWA 4MC1A 5P3EA 1K2BA 3TNEA 5P00A 1ZTZA 5P3LA 5P5MA 5P8UA 3KYRA 4FSEA 5P5JA 4B1CA 4EJDA 2FXEA 1BDLA 5P0HA 5P4SA 5P1XA 3GI6A 5P27A 3LINA 5DQ5A 3OQDA 5BRYA 1W51A 3OK9A 4QJ6A 5P40A 5EZZA 1FKNA 3UDNA 3QBFA 1Z8CA 4EXHA 4FS4A 5P6MA 5P15A 5P7MA 5P08A 5P1IA 4DQFA 5ENMA 2OHMA 5P4TA 4OBZB 2AOGA 5P41A 4QJAA 2QMFA 1C70A 2RKFA 1EPNE 1FQ5A 5KQZA 5AHCA 3U7SA 3OGQA 4EWOA 2Q5KA 1UH9A 4Y3FA 4AZYA 1LYBA 5P1HA 4J1CA 1BV7A 2VNNA 2AOIA 1D4HA 5P1TA 3LZYA 5P4QA 4GJCA 4J1KA 4ER2E 2PK5A 3S7MA 5OZFA 5P83A 5P65A 4PPHA 3SA9A 6APRE 1W5WA 4Y3QA 2SAMA 2JXRA 5P2YA 5P4UA 4Y3EA 1APUE 5P7UA 2R8NA 5KR0A 3PSGA 2P4JA 1YG9A 5IVRA 1CZIE 3VYFA 4CP7A 4ZSMA 2PSVA 1FQXA 5P2MA 4J0VA 2WEBA 3O9DA 3HVPA 5P69A 3SABA 5OYQA 4MC9A 2QAKA 1XE6A 3LIQA 4HEGA 4DJWA 4I10A 3OOTA 4OBJA 5AGZA 1YTIA 5IVTA 3IVIA 4XX4A 3K5GA 4B72A 2BBBA 2BB9A 1MESA 3ZL7A 3OXWA 4HDBA 5P3HA 3L5FA 5C9DA 5P80A 1HTRB 1B6KA 2I4DA 1NPWA 4GJ9A 3EKTA 4Y4XA 3ZKSA 2VIZA 4I0IA 5P2SA 2I4XA 5DR3A 4BEKA 1HVIA 3UQRA 3SACA 3OU1A 3URJA 1T7KA 2OHQA 2PSGA 2XFIA 3LIYA 4R91A 1EBYA 1W5YA 2OF0A 2Q3KA 5P2UA 5P73A 2FMBA 2Z54A 5PEPA 2I1AA 4MC6A 3PWRA 1B6PA 4DQCA 2B60A 5P1KA 5P4HA 4DPFA 3UDHA 4R8YA 1QBUA 5P26A 2WF0A 4Y3MA 5OZRA 3INDA 3OAGB 4OBDA 3PHVA 2QU3A 1GVXA 2QI5A 1TQFA 2P3BB 3MSJA 5DQ2A 5C9BA 3LPKA 1IZIA 2RMPA 3O9HA 3ZOVA 1ZLFA 5DPZA 3O9BA 1TSUA 2QZWA 5P0IA 3VEUA 4J1FA 5P0AA 2V00A 5I70A 4Y39A 5COOA 3NU3A 5P6UA 4FM8A 4FRKA 5P3KA 3EM6A 2AOHA 3HW1A 3EKVA 4Y3GA 4APEA 5CONA 3S8IA 3EM4A 3QRVA 4PEPA 4J1HA 1B6MA 2HB3A 4EQJA 1HIHA 5P0JA 2NNKA 2ZHSA 5P33A 5KOSA 5P1EA 5P3OA 1HVHA 3VV6A 3OQKA 3OOZA 5SY2A 5DR4A 3UQUA 1PFZA 4Y57A 2O40A 4B70A 3WZ7A 1FQ4A 6UPJA 1DP5A 4DJYA 2FDPA 4GMIA 1HTFA 4XX3A 4LXMA 3KMYA 1BWBA 5P7EA 4K4QA 3SA6A 5P5OA 1W50A 4Y58A 4D89A 1EC2A 4QJ9A 1D4KA 4DJPA 1QBSA 5P6TA 3T7PA 3LITA 3UCBA 3IXOA 1SGUA 4JP9A 3FIVA 5P8TA 2IEOA 5P2WA 5P0MA 1HXBA 4J1EA 4YHQA 3O9GA 2ASIA 2ER0E 5P8FA 2QHCA 4GYEA 2R43A 5P3GA 4RGHA 3GGUA 1PROA 5P3WA 2V10C 1KJ4A 1NH0A 5IVSA 2WECA 5P4OA 4B1DA 4YDGA 3S2OA 4DJUA 1TW7A 4EP3A 4Y5CA 2FNTA 2FIVA 1HVLA 2AVMA 3NDWA 3QVCA 2IKUA 5P6ZA 3BGCA 4ZSPA 5P8SA 5P8QA 1HEGE 5P4DA 5P6AA 3N3IA 4Z2ZA 4DPIA 5ER2E 5P0PA 1G0VA 5F01A 4Y4EA 2QI6A 5OZVA 1FEJC 1OHRA 5OZ7A 1HWRA 3RTMA 5P5UA 2G22A 5P09A 4Y3PA 1LF3A 5IVQA 4Y3HA 5P50A 3WSJA 3CYXA 3BUHA 2VJ9A 3PVKA 3HZCA 3EKYA 2VA6A 3INHA 2QHZA 5P03A 7HVPA 5P58A 5P2LA 3VFBA 5OZTA 5P2ZA 2QHYA 2IGYA 5P5XA 3L58A 5P7RA 4OBGA 2HB2A 5P3MA 4K8SA 3ZKIA 3JVYA 4Z22A 1LZQA 3KDDA 3VSWA 4R93A 3URLA 1SH9A 4MC2A 5P0GA 4DH6A 1LYAA 3VG1A 4TVGA 5P88A 5P7AA 1LV1A 2G94A 3UDQA 4RCDA 5E5KA 2ZHRA 3EL1A 1LS5A 3MSLA 4Y3AA 2NNPA 1TZSA 5P5FA 2HC0A 4Y3TA 1U8GA 2B42A 5P6OA 2QU2A 1FLHA 3U71A 5P8MA 3GI0A 5P0KA 4JOOA 5SY3A 3VV7A 4ACUA 1HSHA 2OAHA 3OUDA 5P1YA 2R38A 2OHKA 3OUCA 3NDXA 5P2IA 1EBKC 2ZJKA 5P1FA 4OD9A 5JFPA 5P4VA 4LHHA 1HTEA 2VIJA 1IIQA 5KR1A 5FIVA 3OADB 4M8XA 5AH7A 1D4YA 5P8VA 5HTZA 1CPIA 4Y5NA 5P2XA 4B0QA 5P57A 5AH8A 5OZPA 1HVKA 5P31A 5OYSA 5P8NA 5DGUA 5P39A 3LZSA 1META 3EKPA 3I6OA 5P0NA 4I0DA 5P7CA 3VUCA 5OZ5A 2AZ8A 5OZAA 3PMUA 4EJLA 3RSXA 3HAUA 1IZHA 1Q9PA 3EL0A 5P48A 5P8RA 3O99A 5P1OA 5P05A 5AH9A 5APRE 3SLZA 5P5BA 1B5FA 5HU1A 4YCYA 3S43A 5P7DA 4DQHA 2AZBA 3UPJA 4DV9A 4I0EA 5P6YA 5OZGA 3H5BA 3PRSA 4Y3LA 5OZ6A 5P4NA 3S45A 5P0ZA 3VCMA 2AQUA 5P47A 4F73A 3EL4A 1MSMA 5P0FA 4Y44A 3EXOA 3TOFA 3D3TA 2V16C 1MSNA 5F00A 5P6FA 1FF0C 5P8BA 5OYVA 1AJVA 2G1YA 4A6CA 5OZYA 2AVOA 3DV5A 3TL9A 2HPFA 3LPIA 5OZLA 3RVIA 2FXDA 5OZBA 5DR7A 2AZ9A 2QD7A 2G27A 4WTUA 5OYUA 1QS8A 3C9XA 3MSKA 5P4YA 3GI4A 3PLDA 4ZPEA 4FSLA 3FV3A 1BWAA 3ZKNA 2WL0A 1ZJ7A 3N4LA 4L1AA 3FNUA 5P7IA 5P0DA 2Q64A 5P0VA 5OYTA 1PPKE 5SZ9A 4Y5AA 5P64A 5OYZA 1A9MA 1NPAA 2VKMA 3D1ZA 2FDEA 1C6XA 4OBFA 2B7FA 5T4SA 4J17A 5I3VA 5P76A 3OUBA 4CPTA 5P1SA 5P4MA 2WEDA 4J0YA 1EPQE 3SM2A 3CMSA 2P3AA 2PH6A 2ER7E 3O9LA 5DQ4A 1K2CA 3CKTA 3DV1A 3L5DA 4YBFA 1HPSA 2I0DA 1ZSFA 1T6GA 3CYWA 1B6JA 5P0WA 5P22A 5P7LA 1EBZA 3F9QA 4UPJA 3QI1A 3K5CA 1XL5A 4X2LA 4EJ8A 1GNNA 2V12C 5OZOA 2OHPA 4Y6MA 4Y3NA 2AVSA 2VA5A 2ZJIA 3DCRA 3IN3A 1DIFA 2Q63A 5P8LA 2QMPA 5OZIA 5KQXA 3Q4BA 5P25A 4CPRA 4I1CA 5OZNA 1HTGA 2XFJA 5P5CA 1QBRA 1AAQA 4Y38A 1HVRA 5P66A 3S53A 4NKKA 2P3DA 2PQZA 1OD1A 5DQ1A 4CPQA 5HDUA 5P13A 3DUYA 3PMYA 2ZJMA 1LEEA 5P4RA 1RV7A 3PBZA 4Q1XA 1K1TA 5P7TA 2CEJA 5P2NA 5P3SA 3EBZA 3VF7A 1W6HA 5P2CA 2J9JA 3NU4A 4YE3A 4HLAA 1W6IA 1GVUA 4GJBA 5P74A 3L5BA 5JG1A 2WHHA 1DPJA 3BVAA 5OZ3A 3TOGA 3UDPA 4B05A 1IZDA 8HVPA 5P6HA 5P43A 2O4LA 1F34A 3TTPA 5P84A 3R0YA 5P56A 1EPPE 1M43A 3KT5A 3AUPA 2ANLA 2ZYEA 3FNSA 3OU4A 4PZWA 1N49A 1CMSA 5P0BA 1XS7D 2WF4A 3HBOA 1XN3A 5P3AA 1LYBB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PLL A;  2FS4 A;  3Q6Y A;  1B6L A;  4Y47 A;  3WZ8 A;  3SA8 A;  4DI2 A;  2IRZ A;  4M8Y A;  5IE1 A;  3SQF A;  3UQW A;  2V0Z C;  3G72 A;  5P2K A;  5P82 A;  5P6I A;  1SIV A;  3I25 A;  3RSV A;  1HVS A;  1FQ8 A;  1MEU A;  3T6I A;  5P3C A;  2NMY A;  3NDT A;  5UPJ A;  5HCT A;  4FLG A;  4Y5B A;  5P8K A;  1BXQ A;  5DGW A;  5P68 A;  3OUA A;  5P2E A;  3ER3 E;  1MRW A;  5P1W A;  2IL2 A;  5P5T A;  5P6D A;  3VF3 A;  2FLE A;  1BAI A;  5OZ2 A;  3TPP A;  5P78 A;  2FGU A;  4U7V A;  1G35 A;  1HPV A;  4H3J A;  5DQC A;  2AOJ A;  1WKR A;  2I0A A;  5P2F A;  4Y3S A;  5P1V A;  4I12 A;  1HEF E;  1OEW A;  5P7Q A;  3R0W A;  5I3W A;  1GKT A;  3KN0 A;  3PGI A;  3T3C A;  1BIL A;  1MER A;  2QCI A;  5P42 A;  4IVT A;  1HOS A;  2RKG A;  2MIP A;  3BVB A;  5P36 A;  2BQV A;  3K5D A;  2APR A;  4YD6 A;  2QI0 A;  3O9A A;  5P1Z A;  3QRM A;  3SO9 A;  5P8O A;  5P81 A;  2V13 A;  2IDW A;  3OTY A;  4RYG A;  3PM4 A;  2Q55 A;  5P45 A;  4CPS A;  2PMA A;  1EAG A;  3UF3 A;  3EMY A;  1K6T A;  3LZU A;  1LF4 A;  3FSM A;  4YD5 A;  1DMP A;  3R4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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