5DQ1 | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2090821715138405__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2090821715138405__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5DQ1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2090821715138405__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2090821715138405","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5DQ1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2090821715138405__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00f94445e22775b294ead0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00f94445e22775b294ead0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00f94445e22775b294ead0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00f94445e22775b294ead0/pdb.gz): 418 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library rcsb
molecule keywords	Endothiapepsin
total genus	82
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2015-09-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5dq1A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5dq1A01

1FMUA 5DQ2A 5AH7A 5P0ZA 5P20A 5P5SA 1GKTA 5BWYA 5P5WA 3I7EA 4ZE6A 3OOTA 3OY4A 5OZNA 5P7VA 3O9CA 4RZ1A 4QJAA 3D1XA 2APRA 2XFKA 3URLA 2QI1A 3OTSA 2UXZA 3RTHA 1FQ7A 5P5QA 4GJ8A 1ZPKA 1AXAA 4AZYA 3EMYA 3PM4A 2JJIA 3PWMA 3EKYA 3INDA 4RCFA 4B1EA 2AZBA 4EXHA 5P39A 3SO9A 1HSHA 3NXNA 1HOSA 4RGHA 3CIDA 4DQCA 5P1ZA 3D91A 1ZSRA 4Y36A 4DJYA 3LZVA 5T4SA 4OD9B 4YE3A 4Y58A 1W5WA 4CPQA 5P6SA 3VV8A 4R93A 3KMYA 4GJDA 2O4KA 3DV1A 2G27A 5P31A 5AHBA 3WZ7A 2PSVA 4GB2A 3SLZA 4ER1E 2OHSA 5OZRA 5DQ1A 4A4QA 2P3DA 1MERA 2B8VA 3OQKA 4YCYA 1GVXA 9HVPA 4DPIA 5P50A 1UH7A 5P6HA 2Q63A 1FG8C 1EBYA 3UQWA 5P3WA 5P4GA 3L38A 2BBBA 3VLAA 5P6BA 2QCIA 4LL3A 1CPIA 3IVIA 4H3GA 5P26A 2B60A 5P4IA 1D4JA 4OBHA 5KOSA 3CMSA 2I4WA 5P3PA 4J0VA 2I0DA 3VYEA 4TRWA 2I4UA 5P0HA 5DPZA 3VF7A 5P7LA 3NSHA 1HVIA 2QU2A 1IZDA 5P3OA 1TSUA 5P1TA 5P3IA 5P0KA 5I3VA 5I70A 2VIZA 1FEJC 2R38A 4Y35A 5P7CA 2G1SA 5P67A 2I4QA 4CPTA 5P0JA 1DMPA 3ER3E 3KN0A 5P3ZA 1YM2A 3S53A 4K4PA 4Y5LA 4DJUA 2G20A 4FCOA 5P1AA 1YG9A 5OZYA 3ZPTA 5P7GA 4HVPA 4Y4BA 5P1JA 3URJA 4Y5CA 1FGCC 3GI6A 5P3YA 1SH9A 2PYMA 3UDYA 5P6CA 1A30A 4NKKA 2ER9E 3F9QA 4EHCA 3EM3A 4ER2E 5P79A 2AZ9A 3TPRA 3NU9A 3RTMA 2AVOA 2B7FA 5P8DA 1YTGA 1HTFA 1SP5A 5OYZA 5P4SA 5P33A 5SXNA 4QJ8A 1XL2A 5P6PA 2NPHA 4OBJA 4XKXA 2QD7A 1EAGA 5P8VA 3KMXA 5P25A 4AMTA 4FM8A 3ZL7A 4YA8A 1N49A 3FNUA 2ZYEA 5P7UA 5P8TA 3HD8A 3K5DA 4QJ6A 1LZQA 3EM4A 2G1OA 3UDJA 5P43A 4Y56A 4OBKA 5P2MA 2P3AA 3HVPA 2IDWA 2AODA 4GJCA 1KJHA 1K6VA 4LC7A 4Q1NA 4APRE 3HDKA 3KFNA 3Q3TA 2HIZA 1FLHA 1F7AA 5OYUA 4F75A 2RENA 1HTRB 3S8IA 1BWAA 5KR2A 5BS4A 3EL5A 1APVE 4FM7A 5P1HA 1F34A 4I12A 5P74A 4JOOA 3TKGA 4JPEA 5AHCA 2JXRA 5DR0A 3T11A 5AH6A 5P17A 1K1UA 2I0AA 4U7VA 5P5FA 3UQXA 3OOZA 1APUE 5OZDA 3U71A 5ENKA 2WJOA 4QLHA 4MC9A 6APRE 3QROA 5P0BA 4LBTA 2BPVA 5P2DA 5OZBA 5P6YA 1J71A 5OZTA 2OHPA 4Y3XA 4Y41A 1GNOA 1D4SA 5P5GA 5P0IA 4Y3MA 5HCOA 2I1AA 3OU3A 4FS4A 2J9JA 1EC1A 2VJ6A 5P8IA 1HVRA 3PLLA 3VV7A 4UPJA 3QI1A 1HWRA 1RL8A 4CPXA 5P71A 1XDHA 2OHLA 3DK1A 3QRMA 1EPOE 4K4RA 3UFNA 3BGCA 3PSYA 5P4EA 1NH0A 2WF0A 3S43A 1HEFE 3AIDA 1HSGA 4R95A 5P68A 2O40A 5P0NA 4U7QA 2ZJJA 5P1NA 2QI4A 3OK9A 4ZLSA 3BUFA 5HDVA 3UDNA 3TNEA 4DJWA 5P7XA 5OZ1A 5IS4A 5P2GA 1GNMA 1MSMA 3OXWA 4PEPA 5P5AA 5P8AA 1BIMA 3U6AA 2OAHA 4FM6A 5P36A 4Y9WA 5P4ZA 1W51A 1EC3A 5P6ZA 2HPEA 1FQ8A 3SA6A 4Y6MA 1QRPE 1C6ZA 5P29A 3SM1A 5P1XA 4Q5MA 5P3JA 3VFAA 4YD5A 1OEWA 3OUAA 4EJKA 5P0GA 3IN4A 1ZTZA 5DR1A 4GYEA 5P73A 5P01A 4PZWA 5P3CA 5HDUA 2WL0A 2FDEA 5P8HA 5P52A 5P1DA 5P8UA 3PB5A 3CKTA 3L5CA 4X2LA 3VEUA 3L5DA 4TVHA 4Q1YA 1UH8A 5P66A 1HPSA 4ZSPA 5P35A 4J1HA 4B78A 5P11A 1HPXA 5EZZA 3MSJA 1B5FA 2PSUA 4PPHA 4RRSA 5P70A 2PK6A 2F3FA 5P22A 5P1VA 5P7FA 4OD9A 5OYSA 4LHHA 4RYGA 5P4BA 5P5DA 2ZJMA 1EBKC 2BPZA 1IVPA 3DCRA 3OQAA 5P7DA 2HS1A 3LIXA 3NDWA 5P5MA 1K2BA 1SDUA 4GMIA 1SGUA 1C6YA 2FNSA 1LYWB 3T7QA 4I0HA 4U8WA 4Y48A 3K4VC 4Y3NA 3NU5A 2AOCA 4HLAA 1EPRE 1KJFA 3QN8A 5P6AA 1EPLE 5KQYA 5P49A 2A1EA 4Y3ZA 5OZSA 5P8CA 2ZHVA 2ZHTA 5KOQA 5P6XA 1RPIA 5P8RA 4ZIPA 2AZ8A 4EJDA 2PK5A 2HB4A 2ZE1A 2V00A 2WEBA 3SA8A 3NU6A 2V0ZC 4MC1A 1FMXA 4NJSA 5COKA 3NYGA 1FQ4A 3VYFA 4B77A 5P2IA 1MTRA 3LPIA 3UDRA 4Y3HA 2G26A 4Y53A 3OUDB 5OYTA 3UQUA 2PWCA 1WBMA 3NU3A 1HVLA 4YD6A 2AQUA 4I0IA 2Q11A 5P6MA 5P4FA 3ZKIA 1FQ5A 4R91A 2A4FA 2QD8A 3S85A 4DPFA 5P69A 2MIPA 2RMPA 3SABA 1GNNA 5P18A 2AOIA 4IVSA 5P4VA 5P3EA 5P54A 4Y4ZA 5OYQA 5P44A 5I3XA 3H5BA 3ZMGA 2B8LA 4EXGA 3PSUA 3OU4B 4Y4AA 1Q9PA 2AIDA 3EKTA 4I0FA 3PRSA 1LF3A 2ZJLA 4H3FA 2NR6A 2VA7A 4KE1A 2F81A 4Y3GA 5P7RA 7HVPA 4I11A 4ZSQA 3PMYA 4I10A 5HDZA 3INEA 2XYFA 4FRIA 1YTIA 5OZCA 3K5CA 1A94A 2PQZA 2I4DA 2ZJHA 5P4WA 3LHGA 4Z4XA 3PI0A 1MPPA 4F73A 4B72A 5P5TA 2BB9A 4EQJA 3OUCA 3VCMA 5OZ6A 4LXMA 2XYEA 3ZLQA 2QI3A 4LP9A 1G0VA 5ISJA 3RSXA 1BDQA 4F76A 1FKNA 2JYSA 3IGBA 1EEDP 2IRZA 5DR4A 2HC0A 5P5CA 5P0EA 1HXBA 4GJ9A 2IQGA 1HVCA 5P1IA 2NXMA 5P2BA 1SDVA 1TW7A 6FIVA 4L7HA 3TPJA 5P85A 1D4LA 4QJ9A 5P45A 1C70A 5DR3A 4Y38A 3LNKA 4M8XA 5KR8A 3S7LA 5P7JA 3LIQA 3CIBA 1HPVA 4HDBA 1E5OE 1AJXA 1OD1A 5P34A 5OYYA 4WTUA 4E43A 1ME6A 3PWWA 2AVMA 4I0ZA 3QVCA 2QI5A 5P2UA 4WY1A 2G22A 3CYWA 2V13A 3VUCA 4DH6A 4J0ZA 3UDPA 4K4QA 2HM1A 5HCTA 3H0BA 1IVQA 3UPJA 2WKZA 4FRKA 3HVGA 4Y5AA 2V11C 5P82A 4HZTA 4L1AB 4WY6A 2QP8A 2AVVA 3ECGA 5OZ4A 5P2KA 1HIVA 5P1YA 4Y3EA 2VNNA 2QMGA 7UPJA 3MXDA 2O4LA 4N00A 1D4IA 4RCEA 5OZ8A 2CEMA 5OZMA 5P77A 4DJPA 4EJLA 4I1CA 2ZJIA 3EKWA 5F01A 4Y45A 5P3GA 5P0WA 1HVKA 4CMSA 5P4QA 3R0YA 2VIJA 4A6BA 4HDFA 4EWOA 4DV9A 5UPJA 3PSGA 2AOEA 4Y5PA 3AUPA 1KJGA 4Y4GA 3O9DA 3BRAA 3JW2A 5JG1A 4DUSA 2VJ7A 3ZKXA 2FIVA 3FNTA 5OZFA 5P3VA 1TCXA 5P6LA 5P4YA 5P5EA 4DQEA 2BPXA 3O9GA 5P0OA 2QI6A 5HD0A 2FLEA 3O9LB 5P0UA 5SZ9A 2F3EA 3PCWA 3DV5A 2P3CA 3JVWA 2PH6A 5P7WA 3S54A 1K6CA 3EXOA 1MIQA 3I6OA 2FXEA 1CMSA 1QBUA 5P0CA 5P13A 5P5OA 2VKMA 5OZIA 3HAWA 3OUBA 2QU3A 5P5LA 3OXVA 2ER6E 3L59A 4LXAA 5OZPA 4EPJA 5P7YA 5IVQA 5ISKA 5P7QA 2BJUA 1LYWA 1IIQA 1QBTA 1LF4A 1ZJ7A 1TSQA 3HBOA 1MT9A 5P7HA 1BXOA 1M0BA 3FIVA 5P2OA 3SA9A 4D85A 2FMBA 1IDBA 4B1CA 2G94A 4ZPGA 1SDTA 3NWXA 4J5JA 4R5NA 3TOGA 5OZXA 1W6IA 4HA5A 1LEEA 2V10C 4FE6A 5P1GA 5OZZA 3VYDA 3DCKA 3G6ZA 2IKUA 3S45A 1YTHA 1GVWA 2BPYA 3HW1A 2VNMA 1PSNA 2UPJA 3PGIA 4ER4E 1AAQA 2F80A 1ZAPA 2XFIA 3OUDA 2NNPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5DQ1A

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