5P54 | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__12823697087982033__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__12823697087982033__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P54/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__12823697087982033__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"12823697087982033","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P54/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__12823697087982033__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	82
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p54A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p54A01

1LYWA 2P3AA 3NSHA 3CYXA 1GVUA 3QROA 5DQ1A 1HVIA 4AA9A 2Z54A 2QZWA 3PRSA 3URIA 3KFPA 5OYQA 4Y4BA 1F7AA 3FX5A 3CICA 4QJ6A 1SH9A 1T6EX 3DM6A 1SMEA 2JXRA 3OUDA 5P4ZA 3TNEA 1ODXA 4H3GA 4Y5EA 2Q64A 2QU2A 1PPKE 2WHHA 3SLZA 5OZCA 5P75A 4DPIA 5P03A 3UDKA 2ANLA 4CPSA 2B8LA 2B8VA 2IKUA 1PSOE 5P44A 3HD8A 4EJLA 1B6KA 4U8WA 3UFNA 3QP0A 5P1WA 5P6JA 5P6FA 4FAEA 2VNNA 2HB2A 3ZKIA 5P6QA 1JLDA 4PPHA 4GJ5A 2V11C 2QHYA 2FNTA 1Q9PA 3MSJA 3OGPA 4D85A 1META 5JG1A 5P1CA 5P2KA 5P40A 2QZLA 3T7QA 4Y57A 4YD5A 1EEDP 5P61A 2RKFA 1TQFA 5P3LA 1NPWA 1BWAA 4OBHA 4RCEA 2QMGA 3JVWA 1A9MA 1W5XA 3DK1A 1MTBA 1Z1HA 3ER5E 4KE1A 5P0DA 5P6WA 2G1OA 1PPME 2XYFA 5P7PA 1FMXA 5P36A 1ZBGA 3IXOA 2O4LA 5P6GA 1YM4A 4Q1NA 3EM4A 4J55A 3RTHA 1SDVA 2G1RA 3T7XA 2G69A 4Y5BA 1A8KA 3LHGA 3K5GA 5P5PA 1ZSFA 3DCKA 5P8FA 1ZAPA 2QD8A 5HDVA 3ZPUA 1M4HA 4NJTA 4L7JA 3OU1B 3URLA 1E80E 4NJVA 3S2OA 4J0YA 4GJ8A 5P0OA 4R5NA 4Y3YA 3IN4A 2OHPA 5P77A 4FCOA 5P82A 5OZPA 5P13A 2FXDA 4CPUA 1A94A 3DUYA 5P87A 2FMBA 3SM1A 3UDHA 3QN8A 4BEKA 4Y9WA 4J1HA 5P33A 3L5FA 4PEPA 5P2BA 3KMXA 5P1QA 5P83A 5P4TA 4R8YA 3UHLA 5P89A 3ZMGA 4EYRA 3SAAA 1FQXA 3CIDA 5OZ4A 3L5EA 3VG1A 1QRPE 3UF3A 5P5ZA 4ER4E 3OGQA 4FL8A 4LC7A 5TOLA 4FIVA 2G1YA 5P7XA 3OU1A 3NR6A 4NPTA 1ZLFA 3OQ7A 1FGCC 4JPCA 1EC2A 3L5CA 4B77A 4J17A 2OHSA 2NTRA 5HCOA 5P1NA 4QLHA 5P3VA 3AIDA 5P7LA 3GI5A 2FDEA 3D20A 1DAZC 4I0IA 4Y5KA 4CMSA 1GVWA 1T3RA 3APRE 5P1TA 2CENA 2IL2A 3GW5A 1HTEA 4TRWA 5P0AA 3O9EA 5P4OA 1C6XA 5P0ZA 3QAAA 3LITA 3HBOA 5P56A 4Y53A 3AUPA 3KDBA 3F9QA 5P14A 5P4LA 4Y5NA 5P6UA 5P1UA 5P6VA 4QJAA 2IENA 3U7SA 3WZ8A 1ER8E 3FNSA 3NLSA 1HVHA 3ST5A 5P7DA 5P3SA 5P7OA 1YM2A 5P46A 4F74A 1B6PA 1KJ4A 3HAWA 2R5QA 5P0XA 4OC6B 4DPFA 5ENMA 5P8QA 3KFNA 5P29A 2NR6A 3O9DA 4FE6A 5P11A 4N00A 2QNNA 3OHFA 2O4KA 2VA6A 3Q5HA 3UDYA 3ZKMA 1AZ5A 3NUOA 5ER1E 2OHMA 4L1AA 3KYRA 3VF3A 4LAPA 5B18A 4LXMA 1LV1A 1MTRA 5OYTA 1HVCA 1LS5A 3SA4A 3PM4A 4OC6A 5KR2A 2WJOA 4YBIA 5P5QA 2I4VA 1EPLE 5OZEA 5P8VA 5P5CA 3RSVA 1ZTZA 1QBRA 1APWE 5P1MA 4OBKA 5P2WA 2BQVA 4FM7A 4B72A 1EPPE 3G6ZA 3TH9A 2AVOA 2WEBA 4B1DA 3PWMA 1MRXA 4ZSPA 5P1DA 5P7FA 5P4WA 4RVXA 3UDRA 2HB4A 4CPRA 5P62A 2P3CA 4YD4A 1TCWA 5P8SA 3D91A 1B6MA 4K4RA 3UFLA 5P32A 4Y4JA 3QPJA 5P4GA 4FRSA 1HVSA 5HE7A 4B00A 5OZYA 5P3CA 1KZKA 2Z4OA 4LP9A 1SGZA 1IDAA 5P6MA 3S85A 3EC0A 3KA2A 4DH6A 1SMRA 4DQCA 2HS2A 5P78A 5P18A 3IVIA 3VV7A 4YE3A 4DQFA 1HIIA 2R8NA 1DPJA 1CZIE 3IAWA 1BDLA 1GNNA 1QBTA 1ZSRA 1APVE 5FIVA 5P5MA 5P6ZA 5JFUA 2NMZA 5P04A 5P1EA 1HSIA 1AJXA 3H5BA 3ZKSA 4Y5LA 5HDUA 4EJ8A 4GJBA 2F8GA 4Y4WA 2NNKA 5P7EA 3L3AA 5P76A 4D88A 5C9BA 5P3XA 1BVEA 5P5YA 4EWOA 5P0PA 1EPRE 2PK6A 2FGVA 5P12A 5P0LA 5DGUA 1HXWA 4J0TA 4Y3PA 5P7YA 2IEOA 1YG9A 2RENA 2EWYA 1M0BA 5KQZA 1DMPA 4Q1WA 4RVIA 3N3IA 5P6BA 7HVPA 3FIVA 5P0VA 3ECGA 3OTSA 2NNPA 5HU0A 4IVSA 3TPRA 3OOZA 4Y3FA 2O4NA 5P8UA 2PH6A 3PWWA 4Y48A 1EPNE 3NXEA 4HDFA 3OWNA 2V10C 5P43A 4APEA 5P0JA 3LZYA 3NDTA 3TL9A 1D4JA 3O9BA 2WF4A 3RTMA 5P48A 5P1JA 1LF4A 3K5DA 4MC6A 1HRNA 2ZJKA 1DP5A 5P3AA 1ME6A 5P0HA 2VA7A 2ZGAA 4U7VA 4DFGA 4ZSMA 2V16C 5P4MA 4FRKA 3EL9A 4I11A 5E5KA 5UPJA 3JW2A 5OZAA 2QI5A 2PSVA 2WECA 5KR0A 4Z4XA 4Y3QA 1NH0A 2PK5A 3QVCA 3K5FA 5P3TA 5DR3A 4JECA 5P6AA 5PEPA 1K1TA 5OZZA 3HVPA 4CP7A 5P8TA 1BWBA 3TPJA 2HB3A 4HDPA 2V13A 5OZDA 1AIDA 5DQ4A 4DI2A 1MERA 5IVSA 3K1WA 5P05A 1EC0A 2UPJA 5P7WA 2QCIA 1WBKA 1K2CA 5P7QA 2QI7A 5OZ6A 4K4QA 1YX9A 3Q4BA 2O4SA 2MIPA 3WZ6A 4Y4AA 2QMPA 1W51A 3FKTA 5P4HA 4Y39A 5P6XA 1HPSA 5P8KA 2AOGA 1HVKA 3OAGB 4E43A 5P79A 5P60A 3LINA 1MSMA 5OZ3A 1G0VA 5OYYA 3HDKA 1GVTA 4YOBA 1ZPAA 3PMUA 4NJSA 1YTHA 1BV7A 1HSHA 4Y35A 4Y5GA 5P1BA 3OK9A 3GGXA 1FFIC 5AH8A 3B80A 5P2XA 2G22A 1W6HA 3CKPA 1GVXA 1AVFA 1UH7A 2FDDA 1FKNA 2ZHVA 4QJ9A 1MT7A 3INEA 4X2LA 1HXBA 5P4VA 2Q5KA 1XDHA 2VIEA 3Q6YA 4GJDA 5OZNA 2NXDA 4JOOA 5P5UA 4D89A 4BFDA 3BGCA 2WF2A 2B42A 5DR0A 4RCDA 5OYSA 3I7EA 4R95A 5P6RA 5P3DA 3SO9A 3VLAA 5I70A 3NU4A 4RROA 3EL0A 5CONA 3URJA 3EL5A 5P50A 3KDCA 5HDZA 4Y50A 3TPLA 5DR8A 5P3IA 1N49A 2AZ8A 3OTYA 3VUCA 3QVIA 5P66A 4EJDA 1FQ8A 1MESA 3SA6A 1HIHA 4PZWA 5P2CA 5HVPA 1MUIA 1PSAA 2V0ZC 5P20A 2J9KA 4GMIA 2F3FA 3S45A 4BFBA 3TTPA 5EZXA 5JFPA 3PCWA 4F75A 1HTFA 2XFJA 4Z22A 3JVYA 2QI3A 5OZ5A 5OZOA 2R9BA 2OHNA 3UDJA 2I4WA 5OZFA 4I12A 5P5RA 5P8DA 1T7KA 2OHUA 5P09A 5P81A 5DPZA 2Q55A 4Y54A 3WSJA 2R38A 1BAIA 1KJGA 1E82E 3IVHA 3OQFA 4Y36A 2QD6A 1LYBB 3LZUA 1FEJC 4H3FA 1G6LA 5P0WA 5P1KA 4DV9A 3R2FA 1AM5A 5P22A 4U7QA 4HZTA 4L6BA 3O9AA 1MT9A 3K4VA 4A6BA 2BJUA 1WBMA 4Y37A 5I3XA 3R1GB 3R0WA 2SAMA 2AVVA 3NU6A 4Y4UA 4DQHA 2APRA 1T7JA 5P5VA 3NDXA 4GB2A 3OQAA 1T7IA 1K2BA 2F3EA 3LIXA 3SA8A 5P0MA 5P6NA 4GYEA 3TOFA 2FGUA 5KR1A 5DR1A 4GJAA 1LYBA 5P4RA 5P7RA 4PHVA 4EPJA 3OUBA 1FQ4A 5P3GA 5P0RA 5SZ9A 3SKFA 1HPOA 3BUHA 5P1IA 4RRNA 3A2OA 4OD9B 2BPXA 1FFFC 5P57A 1SGUA 4QJ2A 1AJVA 2G1SA 1XL5A 5P31A 4Y3SA 1IZEA 6FIVA 5KQXA 5P2OA 5P5KA 2XYEA 4HVPA 5E5JA 5P3WA 2B7ZA 4PYVA 3LPKA 5P8NA 3DV5A 1EBKC 2WEZA 1GVVA 5P4XA 3OADB 3VFBA 5OZ0A 3KF0A 1BVGA 3BXRA 2QU3A 5P39A 1GKTA 3GI4A 4EXGA 7UPJA 1D4HA 4GJ6A 5P2QA 3GGAA 2Q54A 5P45A 3INHA 3OQDA 4H1EA 2ZJJA 3NU5A 4J1EA 4YA8A 3L38A 4YDGA 5P3ZA 4AA8A 4D8CA 4FS4A 5P0BA 3EL1A 3QI1A 4OD9A 1F34A 1HVLA 2OHRA 5P26A 2I0DA 1EC1A 4CPWA 5DQ2A 2AZ9A 4GZFA 4Y3MA 4I0GA 5P34A 3BRAA 1D4KA 4FM8A 1QBUA 3FSMA 3FNTA 5OZHA 2I1AA 5J25A 3L59A 2VIJA 3EKPA 2NXLA 4Q5MA 1ODYA 5P7GA 3RVIA 3U6AA 4Y3RA 4YCTA 2A4FA 5HE4A 3UDPA 1SDUA 5P2EA 5P1AA 4Y41A 4YDFA 1IIQA 2AOJA 3KM4A 4JPEA 1B6JA 1VIKA 3OXVA 5P3JA 3WB4A 1ZP8A 4OBDA 3HLOA 2QI6A 5P6LA 1IZDA 5P6CA 1LZQA 5P8MA 2WEDA 5P6IA 5P00A 4GIDA 3ZLQA 5P71A 1HOSA 4DQBA 1C6ZA 2OHTA 3BUFA 5P0UA 3LPIA 3PWRA 4OBGA 2BPZA 3T7PA 4B05A 3LPJA 5HCTA 5P07A 4CPQA 2JE4A 5OZ7A 3OY4A 5P5GA 2PH8A 4M8YA 3TKWA 4Y4ZA 2Q11A 5P02A 3UDMA 5KR8A 4TRYA 1EAGA 1EPOE 1HPVA 5P6SA 5P69A 3D1YA 3QRMA 1SBGA 5BWYA 2WF1A 1LF3A 5P2GA 2HPEA 4FLGA 1SIPA 3ER3E 2F3KA 4GJ9A 5P27A 4CKUA 2ZJMA 4Y4TA 1HVJA 2VNMA 5OYZA 4I0EA 3ZKNA 3PVKA 5IE1A 2QNPA 3PB5A 5P4BA 5P4YA 4HE9A 4A6CA 2FNSA 2B7FA 2QD7A 2ZJLA 3ZPTA 1FQ6A 5OZGA 3CKRA 4Y4DA 5P42A 5P8GA 1XE5A 2QHCA 4J0ZA 4DJXA 4Q1YA 3QS1A 4B78A 3QRVA 4X7IA 5P10A 5SY3A 5P8PA 4CPTA 3S56A 4Y3AA 1XN2A 3PLLA 4RVJA 4DJVA 5P68A 3EKVA 4ZE6A 1BXOA 2R43A 4IVTA 1ZJ7A 2QI1A 5ISJA 4I0FA 5HDXA 5P84A 2ZHTA 1HTGA 2QHZA 3L58A 4PZXA 4Y38A 1SIVA 5EZZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3MWS A;  5P5S A;  3KT2 A;  1BV9 A;  5P7J A;  3OXC A;  5P72 A;  5P6O A;  5P7V A;  5P6Y A;  4XX3 A;  3S7L A;  3KFR A;  1WKR A;  4YOA A;  3UCB A;  4Q1X A;  3INF A;  3C9X A;  3LZS A;  4B1E A;  1HIV A;  4FGX A;  3KN0 A;  3OQK A;  2HS1 A;  3O9L A;  2PMA A;  4AMT A;  3LZV A;  4ZIP A;  5P4J A;  1FMU A;  1U8G A;  3NU9 A;  3S54 A;  5P55 A;  1SDT A;  5P2T A;  3M9F A;  3NWX A;  5P8B A;  4QJ7 A;  3TOH A;  1IVP A;  5ENK A;  3CIB A;  1DW6 C;  2BPV A;  5P0S A;  5P5T A;  1BIL A;  5P41 A;  5P16 A;  5OZX A;  5OZB A;  3PJ6 A;  4ZLS A;  2XFI A;  4DVF A;  5P8H A;  4J1K A;  2Q63 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LYW A;  2P3A A;  3NSH A;  3CYX A;  1GVU A;  3QRO A;  5DQ1 A;  1HVI A;  4AA9 A;  2Z54 A;  2QZW A;  3PRS A;  3URI A;  3KFP A;  5OYQ A;  4Y4B A;  1F7A A;  3FX5 A;  3CIC A;  4QJ6 A;  1SH9 A;  1T6E X;  3DM6 A;  1SME A;  2JXR A;  3OUD A;  5P4Z A;  3TNE A;  1ODX A;  4H3G A;  4Y5E A;  2Q64 A;  2QU2 A;  1PPK E;  2WHH A;  3SLZ A;  5OZC A;  5P75 A;  4DPI A;  5P03 A;  3UDK A;  2ANL A;  4CPS A;  2B8L A;  2B8V A;  2IKU A;  1PSO E;  5P44 A;  3HD8 A;  4EJL A;  1B6K A;  4U8W A;  3UFN A;  3QP0 A;  5P1W A;  5P6J A;  5P6F A;  4FAE A;  2VNN A;  2HB2 A;  3ZKI A;  5P6Q A;  1JLD A;  4PPH A;  4GJ5 A;  2V11 C;  2QHY A;  2FNT A;  1Q9P A;  3MSJ A;  3OGP A;  4D85 A;  1MET A;  5JG1 A;  5P1C A;  5P2K A;  5P40 A;  2QZL A;  3T7Q A;  4Y57 A;  4YD5 A;  1EED P;  5P61 A;  2RKF A;  1TQF A;  5P3L A;  1NPW A;  1BWA A;  4OBH A;  4RCE A;  2QMG A;  3JVW A;  1A9M A;  1W5X A;  3DK1 A;  1MTB A;  1Z1H A;  3ER5 E;  4KE1 A;  5P0D A;  5P6W A;  2G1O A;  1PPM E;  2XYF A;  5P7P A;  1FMX A;  5P36 A;  1ZBG A;  3IXO A;  2O4L A;  5P6G A;  1YM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P54A

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