5P8BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 344
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8bA01
3S54A 5FIVA 1FQ8A 1M4HA 3AUPA 5P44A 5P45A 1EPLE 4FSEA 4GB2A 2NTRA 5DR3A 1HSGA 5OYYA 4AUCA 2V00A 3IXJA 5P7WA 5P0FA 2AODA 1FIVA 2QMGA 1BV7A 4E43A 4PZWA 1CZIE 4Y5AA 3KMYA 4ZEAA 4Y3NA 4FRIA 3QRVA 1HBVA 5P6HA 5KOQA 2QHCA 3OY4A 1MUIA 3OHFA 3UDPA 2VJ9A 2B7ZA 3OU3A 4EXHA 3SFCA 1EPOE 1GNNA 1K2CA 1ODXA 2QHYA 5P6WA 5P87A 4TRZA 4OBDA 1A94A 3OADA 1EPNE 1YTGA 5P7OA 3EC0A 2V10C 5P8AA 3NU6A 4RGHA 1DP5A 3NDTA 3R0YA 5UPJA 3VLBA 5P1UA 4DH6A 1D4JA 2G21A 4Y51A 3ZKNA 4DQGA 5P1PA 5P0YA 4YBIA 2G24A 5AH8A 5P36A 3Q5HA 2AZ8A 1ZLFA 2AOHA 3OQ7A 4OBHA 3L3AA 2HPEA 1EBWA 3BVBA 3UDQA 2VKMA 2VNNA 2IEOA 1FQ4A 5P7KA 5P47A 3O9EA 6APRE 1W5YA 4NJUA 3O9LB 3OXWA 5P02A 1GVUA 1D4LA 4HA5A 4B0QA 2ZJHA 5HDUA 2PH6A 1HXBA 2V12C 4LBTA 5P3AA 2XYEA 3VYDA 1BIMA 5P4WA 4A6CA 2CEMA 3LZUA 4I0FA 2F3KA 1T7JA 2ZJKA 4HDPA 2BPXA 4F73A 1LYWA 1KJ7A 2ER6E 2I0AA 3UPJA 3ZKMA 4HZTA 5P1NA 2BPYA 5P6UA 5COOA 2HPFA 5P6TA 2IS0A 4WTUA 5IVRA 4DV9A 2R38A 5P11A 2PSVA 2R43A 4GJBA 5OZYA 2Z54A 1ENTE 5P70A 2AOJA 2A1EA 5P6NA 4Y4EA 4H1EA 5P8VA 5P82A 2RENA 4DJWA 1G6LA 5JFPA 1UH9A 3KFPA 5P2UA 5ISJA 5P0GA 1YM4A 1E80E 3OADB 4U7VA 5P20A 3NU9A 4R92A 2MIPA 5P7EA 3OUAA 5SZ9A 4HDFA 4Y3HA 3L5DA 5P5AA 4ACXA 3LPKA 3LZVA 1APVE 5HDZA 5P7YA 1WBKA 2ZJMA 1GVWA 2ZJNA 3ZMGA 5P3MA 1MTRA 4NPTA 5DR0A 1C6ZA 3LZYA 5EZXA 3IA9A 5P7QA 4Y3SA 4J1IA 5P8RA 2G94A 3BHEA 3LITA 1UH7A 5P6BA 2VS2A 1T6GA 4FRSA 5P8JA 5OYSA 5P2LA 5P8SA 3EL9A 1U8GA 2WJOA 3NR6A 1W6IA 5P4XA 5P5QA 2Q11A 4EWOA 4GZFA 4ZPEA 5P4GA 1PPLE 3UTLA 5P5BA 5DR1A 5P0JA 2OHSA 5P1TA 2PYMA 4EQJA 1Z8CA 5P1XA 4OBKA 3PB5A 4ZPFA 5C9DA 3HAUA 1LYBA 1VIJA 1SDUA 5P1HA 5P4LA 1LYWB 5P5MA 4DVFA 3SLZA 1HVLA 5ENMA 5F00A 5OZTA 5P38A 5OZDA 5P0UA 2ZJJA 2O4SA 1SGUA 4GJ8A 3OGQA 5P46A 3QVCA 3QP0A 5DR8A 1OHRA 4XXSA 2HB2A 3O9FA 1SDVA 3OXVA 5P32A 2QMDA 3TH9A 3U71A 1SDTA 3ER3E 4HE9A 4EXGA 5SY2A 2VJ7A 5OZKA 3PM4A 3OU1A 4R91A 2R5PA 3BUGA 2QCIA 1SMRA 4B78A 5P5OA 3ZKIA 5P5NA 1FG6C 4B00A 2I4DA 3PI0A 3UQXA 3JVWA 1RL8A 2WF3A 4Y3DA 2AVOA 1PSAA 4Q1NA 4QJ6A 3JW2A 1KJ4A 2PSGA 4Y4ZA 1QRPE 3O9DA 5P3WA 4D83A 1F7AA 4EP2A 5P6FA 2FGVA 3EKQA 4A4QA 5HE5A 4B70A 4CPQA 4F76A 1BAIA 5OZ6A 5P3NA 3S45A 3INDA 4CPWA 1E81E 4FLGA 1TCWA 5ER2E 5P69A 1EPRE 3VF3A 4YOBA 3NU4A 2J9JA 3ZLQA 5OZVA 2PWRA 4PPHA 5P06A 2R3TA 1FKNA 4J1EA 5P5YA 2ASIA 1XN3A 3TL9A 3VF5A 5P88A 1FQ7A 4ZE6A 3QBHA 2ZHVA 4FRKA 1M43A 4NJVA 3EXOA 2BPWA 3K5CA 5P5HA 2QZKA 4DQHA 4K4PA 1IBQA 5P17A 3D20A 5P8PA 1MT9A 1IVPA 5P71A 3EM4A 5P48A 3IN3A 1LYBB 4YD6A 1MRWA 3SO9A 4FAEA 3QVIA 1A8GA 2QZWA 2CEJA 2FMBA 3ZKQA 3VSWA 3HZCA 5P8MA 5KR1A 5P8KA 1LF2A 4K4QA 5P0LA 2Q54A 3LIYA 5PEPA 3TOGA 2PC0A 5P4RA 4AA8A 3QI1A 4EPJA 3K5FA 1W51A 5P7XA 1XL5A 4I0EA 5P8QA 4B72A 2HB3A 3OTSA 5P5KA 2AOGA 1E5OE 5P6AA 1T6EX 3OU1B 3LIQA 1XS7D 3KFNA 5P08A 5P4UA 5KQFA 5P3EA 5P74A 5P60A 4CP7A 5P81A 2G22A 3PBZA 5P3PA 1RV7A 1XE5A 1DIFA 2Z4OA 2QI5A 1FLHA 3WZ6A 4GJ7A 2NXDA 1A30A 1HTRB 2I4QA 1LF4A 2HM1A 4B77A 3ZOVA 3HDKA 4DPFA 4ER2E 3T11A 3BVAA 5E5KA 4Y4XA 4Y3GA 4DJUA 1B6MA 5P7GA 1Z1RA 2QP8A 5P6PA 3NUOA 3GGAA 3RTHA 1HPXA 5P1KA 3EL5A 3Q4BA 3UDMA 4H3IA 2HIZA 2AVSA 5P2WA 2G1NA 4ZIPA 5OZWA 4DFGA 4OBGA 4Y39A 2BPVA 1UH8A 5JG1A 2J9JB 5HDXA 3SA3A 5P72A 3TPJA 3WB5A 1BWAA 3MWSA 5P4VA 5KQXA 5ISKA 2JJIA 4J54A 1FB7A 2QI3A 3JVYA 3KMXA 2ZHRA 3QIHA 4RRNA 3KN0A 4BELA 4R93A 5P1JA 2FXDA 3URIA 1YT9A 4Y4UA 3OUDA 5P5FA 5P6GA 5P66A 5DQ5A 5OZLA 4IVSA 2BBBA 4LC7A 4EYRA 1OEWA 4Q1XA 5P7VA 4YA8A 4D89A 4S1GA 3LIVA 4YD4A 2QU2A 1QDMA 4TVHA 1HOSA 4FM6A 4BFBA 3FIVA 5I3WA 3IVHA 5OZZA 3UDYA 1KJFA 1EC3A 2XFKA 3OOTA 3FKTA 2OHPA 3LPJA 5P41A 2WHHA 5P50A 4Y45A 3Q70A 2FXEA 2NNPA 4OC6A 4L7JA 1BWBA 3KFRA 1HTGA 4J0YA 2OHRA 3SA8A 5P4SA 1JLDA 5P3RA 4ACUA 5P7DA 4EJKA 3D1XA 5P3OA 5P3ZA 1EBZA 3DJKA 5P2HA 5P1RA 1K2BA 1KZKA 4R95A 5OZIA 2IGXA 5P6EA 4CPXA 3KDBA 4Y35A 2OF0A 3B80A 2XYFA 4I8WA 5P2EA 3TOFA 1HVIA 4KB9A 5P64A 3I7EA 3PSYA 3EKTA 4Z4XA 3VUCA 5KAOA 2Q15A 5IS4A 2PK6A 4Y5LA 2QI7A 5AH6A 3R4BA 5P68A 4Y3QA 3EM3A 3OXCA 3O9HA 1AJVA 3URJA 2WF1A 5P7IA 5P0WA 2G1OA 3AIDA 4J1CA 2JXRA 3DCRA 4Y47A 2UY0A 3KT5A 5P34A 3KDCA 5KQZA 3OTYA 2OHNA 4X7IA 3NWQA 1B6JA 5P65A 1MTBA 4OD9A 1QBTA 3QROA 3GGUA 1Q9PA 2VA6A 5P1YA 1MSMA 1DW6C 1PFZA 1MT8A 3NLSA 3OU4A 1TQFA 3OUDB 3QS1A 4YCTA 1W50A 5P8BA 1G2KA 2QMFA 4WY6A 1HIIA 4ZSMA 4Q1YA 2R9BA 5P0BA 1HRNA 4ZLSA 3T7QA 5COKA 3S8IA 3L38A 5OZ9A 2IRZA 5P4NA 3EL1A 2A4FA 2B8VA 2QI1A 3SA5A 2ER9E 2HC0A 3CYXA 4DJOA 5I70A 2FLEA 5P2KA 5P1MA 5SY3A 3GI5A 3PWRA 4OC6B 3EL4A 5E5JA 5DQ1A 5OZOA 4EQ0A 5P1WA 5P2SA 1D4IA 2EWYA 1BVEA 3FNSA 2ZHUA 5P49A 1FMXA 2R5QA 3U7SA 3OXXA 5P7AA 4PZXA 4MC9A 5P0EA 3HVPA 5P2DA 5P1VA 1HTFA 3OUBA 3CMSA 3TLHA 2H6TA 4RVXA 1HVHA 3UHLA 3UQPA 1DPJA 1KJHA 3PCWA 4FM8A 5P1IA 3S56A 5AHCA 1FF0C 3L58A 5P1AA 1EEDP 2WEZA 2F80A 3KM4A 5P8UA 4QJ7A 1BVGA 4TRWA 2BB9A 5OZBA 3PSGA 5P0OA 4K9HA 1HSHA 1CMSA 2AOIA 5P53A 3OQDA 3BUHA 2F81A 1D4SA 3S7MA 4B1EA 3CYWA 5P8IA 4Y5GA 5JODA 3UFNA 4K4RA 3ZPTA 4Y4GA 5P67A 5P8CA 4OD9B 5OZ2A 3QRSA 4DJPA 2AVQA 5P1BA 5P3KA 5P5VA 5P8TA 4H3FA 5P33A 5P3UA 7UPJA 1A8KA 3UDRA 5P3BA 3OU4B 1LYAA 1GVXA 3ECGA 5OZFA 5P25A 3VV7A 3PVKA 5P1SA 5OZSA 2FDPA 4DJYA 4I0ZA 5DQCA 1RQ9A 5IVSA 5P6YA 4F75A 3VCMA 4RVIA 4Y4TA 5P1CA 3VV8A 4OBFA 2J9KA 4A6BA 1T7KA 1LV1A 1OEXA 4RYCA 4I11A 2WEDA 2QU3A 2NMZA 3WZ8A 5P35A 5P5UA 5P0IA 5OYQA 2OHLA 5P22A 5P4FA 2PYNA 5P8HA 1HVSA 5AH7A 3FV3A 1BBSA 2QI0A 4TRYA 5P0RA 4LP9A 5P0ZA 1B6PA 1XN2A 4B1DA 3DCKA 1VIKA 4Y53A 5P2OA 4GIDA 3OHHA 2VNMA 2WF2A 2NNKA 4NKKA 3DOXA 5P28A 3BUFA 4LL3A 5P16A 2O4LA 1PPME 4Y4JA 5DQ4A 4CKUA 2G69A 5P37A 3ST5A 1APWE 3EBZA 4I0IA 4JECA 2QK5A 2VIZA 3L59A 5OZ7A 2QI6A 3T7XA 5P4YA 5P73A 1B5FA 5OZXA 2O4NA 4HEGA 2NXLA 1HIVA 3TOHA 3CKRA 4YHQA 2IKOA 3LIZA 1PSOE 1TSQA 2G1SA 2HS1A 4ZSRA 9HVPA 1HEGE 3D1YA 2XFJA 5P2CA 2QD6A 4Y57A 2QD8A 4GJCA 4PHVA 5P78A 1EPQE 1T3RA 3S7LA 4Y4DA 4FL8A 1ZP8A 1ZTZA 5P3CA 4Y4WA 4Y36A 4H3JA 5P55A 2AVVA 1GNOA 5OZGA 4Y38A 1LYAB 3BXRA 1W5WA 1M0BA 4Y3EA 4J5JA 2I4UA 3GI4A 5ER1E 5P3HA 3NXEA 4XX4A 3UDKA 4Y3YA 2IKUA 5P5LA 1APUE 2B60A 4Y43A 1FQXA 4MC2A 2AZ9A 3O9CA 4M8XA 5P4DA 2Q3KA 2V11C 2OAHA 2FDDA 3OOZA 1QS8A 4RRSA 3GW5A 3NWXA 5P6DA 2NPHA 2G1YA 1HVCA 3EKVA 3IN4A 3IXKA 4DJQA 1RPIA 5P8DA 4GJAA 3S53A 4J1KA 5P4AA 3G70A 3PGIA 4D8CA 2V16C 4L6BA 4B05A 4KE1A 3T7PA 3PHVA 5P56A 3IXOA 1BV9A 2FIVA 3DUYA 1FFFC 1N49A 4GJ9A 1BDRA 3DM6A 2V13A 1W6HA 5P0QA 4OBJA 3HLOA 3K1WA 3KYRA 5B18A 1B5FB 4Y44A 4Y4AA 5P04A 5P5CA 5P6RA 3UDJA 5OZMA 3HW1A 2BQVA 1MEUA 5P6ZA 2P3CA 2NMYA 4CMSA 3R0WA 4Y5MA 3SA4A 3INFA 5P07A 4U7QA 4FAFA 5IE1A 2WECA 2HAHA 5P43A 5P0DA 4H3GA 4Z22A 1QBSA 4XKXA 2JYSA 5P5DA 4CPRA 3UQUA 1HVRA 4R5NA 2G1RA 5P3VA 3O9IA 5P7ZA 5P13A 5P75A 1ER8E 1EC2A 3UDHA 3GI0A 3CIDA 3S43A 2XFIA 4Y5KA 5P03A 4FGXA 4DPIA 2AOEA 5P0TA 5P7SA 1DMPA 3VG1A 5OZAA 4J0TA 1MIQA 3SM2A 4APEA 4YCKA 1B6KA 1WKRA 5OZ8A 3OAGA 2VIJA 1MT7A 1EBKC 3TPPA 4GJ6A 1APTE 1NSOA 5P05A 3FSMA 5P6JA 4KE0A 3UCBA 1C70A 4Y6MA 3OUCA 5P42A 4QLHA 2WEAA 5OYZA 4DQFA 5P5GA 5P6OA 5P80A 2B8LA 5DPZA 5P0MA 2BKSA 1MVPA 2OHMA 2QAKA 5DGWA 3BGBA 5P7LA 5C9BA 5P59A 3SM1A 5P8LA 1SIVA 1META 4JOOA 4LAPA 4CPUA 5P2QA 5IVTA 1XL2A 5P2RA 3TTPA 5P8OA 3KT2A 3NSHA 1FGCC 4B1CA 3VYEA 3SKGA 3MSJA 1FMUA 5P5SA 1K6PA 3T3CA 2NXMA 4Y3FA 5OZHA 3T6IA 2ANLA 5P15A 4Y3TA 2P8HA 3BGCA 3QAAA 5OZQA 4Y50A 5EZZA 5P2BA 3EM6A 5P12A 4U8WA 3CKPA 5P0NA 5P1FA 3ZL7A 4Y3XA 5DGUA 3HBOA 5P0SA 1YTIA 4Y37A 5P40A 1MRXA 4Y3LA 4L7HA 4DI2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S54 A;  5FIV A;  1FQ8 A;  1M4H A;  3AUP A;  5P44 A;  5P45 A;  1EPL E;  4FSE A;  4GB2 A;  2NTR A;  5DR3 A;  1HSG A;  5OYY A;  4AUC A;  2V00 A;  3IXJ A;  5P7W A;  5P0F A;  2AOD A;  1FIV A;  2QMG A;  1BV7 A;  4E43 A;  4PZW A;  1CZI E;  4Y5A A;  3KMY A;  4ZEA A;  4Y3N A;  4FRI A;  3QRV A;  1HBV A;  5P6H A;  5KOQ A;  2QHC A;  3OY4 A;  1MUI A;  3OHF A;  3UDP A;  2VJ9 A;  2B7Z A;  3OU3 A;  4EXH A;  3SFC A;  1EPO E;  1GNN A;  1K2C A;  1ODX A;  2QHY A;  5P6W A;  5P87 A;  4TRZ A;  4OBD A;  1A94 A;  3OAD A;  1EPN E;  1YTG A;  5P7O A;  3EC0 A;  2V10 C;  5P8A A;  3NU6 A;  4RGH A;  1DP5 A;  3NDT A;  3R0Y A;  5UPJ A;  3VLB A;  5P1U A;  4DH6 A;  1D4J A;  2G21 A;  4Y51 A;  3ZKN A;  4DQG A;  5P1P A;  5P0Y A;  4YBI A;  2G24 A;  5AH8 A;  5P36 A;  3Q5H A;  2AZ8 A;  1ZLF A;  2AOH A;  3OQ7 A;  4OBH A;  3L3A A;  2HPE A;  1EBW A;  3BVB A;  3UDQ A;  2VKM A;  2VNN A;  2IEO A;  1FQ4 A;  5P7K A;  5P47 A;  3O9E A;  6APR E;  1W5Y A;  4NJU A;  3O9L B;  3OXW A;  5P02 A;  1GVU A;  1D4L A;  4HA5 A;  4B0Q A;  2ZJH A;  5HDU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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