5OYXA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 8
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyxA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyxA01
3KM4A 4B72A 2HB2A 5P54A 1HVIA 5OZVA 2QU2A 2VA6A 1HPVA 4Y51A 7UPJA 4Y5GA 1APWE 3EKVA 5OZOA 5HVPA 1YG9A 2VJ6A 5OZ1A 2R38A 1FIVA 1EPME 5P69A 4Y5NA 5COOA 4IVTA 1LS5A 5P0RA 3KDCA 4Y9WA 3PBDA 5P32A 2QP8A 5P59A 1ZTZA 4J17A 5P7UA 1PFZA 3GGAA 2RKFA 3OXCA 1HVRA 1AJXA 3KF0A 4DJYA 1SMEA 1HVSA 3BXSA 1N49A 3UFNA 4Y3XA 4L6BA 2QNNA 3S7MA 5AHCA 5BS4A 5P13A 5P89A 4K4PA 5AH6A 3LIZA 3VYDA 2ZJLA 3ZKXA 1A9MA 4Y5KA 2AVQA 1HIIA 3Q6YA 3QVCA 3EL9A 5COKA 5P83A 3OUCA 5OYYA 4OBFA 4DQFA 5OZXA 5P3YA 2G26A 2HAHA 3OGPA 1JLDA 1YX9A 4YOAA 1HIVA 4KB9A 4Y4BA 4D85A 4LAPA 1APVE 3S54A 1FKNA 4RRSA 3VEUA 2HS1A 5C9DA 3QP0A 4CPXA 1WKRA 2V10C 4FM8A 2Q64A 5P2ZA 3NWXA 1FQ6A 2QD6A 5OZYA 1IDBA 2P4JA 2NMZA 3LPKA 4TRYA 5T4SA 4CKUA 5P1GA 1DAZC 1PPKE 3WB5A 4RVXA 5P18A 3UDKA 3GGVA 5P4YA 3D91A 3WSJA 4I0HA 3C9XA 4KE1A 4NJVA 1E82E 1K2BA 5JFUA 3O9EA 2QAKA 4Q5MA 3HW1A 3IN4A 1IZIA 1HXBA 3OQDA 2G21A 5P5PA 3H5BA 3UDRA 5P4RA 1EBWA 4GZFA 1MSMA 4J0VA 2RENA 3OWNA 4Y38A 5KR0A 2FGUA 5P5SA 1VIJA 3NU3A 2SAMA 4RCEA 1SDTA 3MXEA 1FQXA 2IKUA 5OZAA 2QK5A 5P4MA 1QRPE 5DQ1A 3UHLA 5P7IA 1IZDA 5P3LA 2UY0A 5P4KA 5P75A 3G6ZA 5OZ6A 4AA9A 5IVQA 5P2CA 4I0FA 5P8LA 4Z2ZA 4NJSA 5DR8A 5P4LA 1IZHA 3RTMA 3ZKGA 2WL0A 4HDPA 1K1UA 1IVPA 1XL2A 3L5CA 2OHMA 3LNKA 5HCTA 5FIVA 3KN0A 4Y35A 5P28A 5P26A 4LC7A 4TRWA 1B6PA 3G70A 5OYQA 4GJAA 5P2TA 2B8LA 5P6QA 5UPJA 5P3PA 2IQGA 5P0JA 1YTIA 3LITA 3LPIA 3OXXA 3TKGA 2FNTA 2FS4A 4Y4WA 4HEGA 4OBZA 1BAIA 3K5FA 5KR8A 3DOXA 1B6MA 5P1CA 5DGWA 2WKZA 5P3KA 1FB7A 4Q1XA 1BBSA 2HPFA 5P3NA 3UCBA 5OYWA 5P6RA 4DJVA 5P50A 5P5TA 3AIDA 3UDYA 4Y4EA 4Y3TA 5P3BA 3Q4BA 3RTHA 3QRVA 5P4VA 2J9JA 1SH9A 5P6AA 2AOHA 1HEGE 3CYXA 5P0FA 5P60A 3KMYA 4OBZB 1NPVA 5P05A 4J0ZA 3NUOA 4MC9A 3VF5A 1HHPA 5OZ5A 2PSVA 5OZCA 5P79A 3QRSA 4NJTA 1LEEA 3OTYA 5P67A 1QS8A 3PWWA 5P8OA 3DJKA 5P7HA 5P16A 2ER9E 3MSKA 5P45A 4MC1A 2J9JB 4AUCA 1WBMA 5P6SA 5OZ7A 1TSQA 4YD7A 4I0JA 1BVEA 2Z54A 4AMTA 1T6EX 5P68A 5P4UA 3ZKIA 3JVWA 1BXOA 4B1CA 4QGIA 1FEJC 5OZ0A 3RSVA 4RYGA 2B7ZA 5KQYA 1EAGA 5SY3A 5EZXA 4PYVA 4NPUA 5P1LA 4LL3A 4B0QA 3NYGA 4QJAA 5P1RA 4Y3FA 5P34A 3APRE 4OD9A 4QLHA 1HVKA 3IVHA 5IVRA 3MWSA 4L1AB 5OZNA 1YTJA 1NSOA 4JP9A 4F74A 5OYXA 5P74A 2AVVA 5P5GA 3LIXA 5CLMA 3UDMA 1MT9A 3EL0A 5P6PA 4Y57A 3K4VC 5OZZA 1B11A 1YT9A 5P3FA 5P3EA 3R1GB 4QJ8A 5P5YA 2CEJA 3RVIA 5P7NA 5P2OA 4OD9B 4RCDA 3APPA 3BVAA 3IVIA 4Y3MA 3PHVA 1ZPKA 5P25A 5P2JA 2R5QA 4DQEA 5P6TA 3SPKA 5P4GA 5OYUA 5P2LA 2ER7E 4J0PA 5OZUA 4DJQA 4Y4AA 5P4IA 2V12C 1XS7D 5P8EA 4Y3YA 2PQZA 5P5AA 4Y41A 5P6UA 2ZHTA 5P8CA 4BFBA 3O9LA 4Y6MA 1UH9A 1MUIA 1HTGA 1G6LA 2ZE1A 4Y4UA 5P7PA 5B18A 4ZLSA 1HRNA 4YD5A 8HVPA 2QD8A 4X7IA 3NLSA 1KJFA 5P14A 5KOSA 5P0WA 3INDA 2FXEA 4YA8A 3O9BA 1UPJA 3RTNA 5P4TA 5OZ9A 3L58A 3SA8A 4RVIA 5P56A 1LYWA 1AAQA 1T7KA 3PLDA 5P7SA 3CICA 5P3AA 1BV7A 2O40A 2JJIA 2O4LA 5P2GA 3T11A 3VG1A 4B70A 4EQ0A 3O9LB 3TPRA 4TVGA 1K6TA 5ISJA 3OADA 5P0IA 2QZKA 1G0VA 3HLOA 5P0TA 2BPWA 2AQUA 4PZWA 5HDZA 5P86A 2MIPA 5P22A 2V0ZC 4RROA 5KQXA 4DJPA 3INFA 3AUPA 2HB3A 1K6CA 3S2OA 2PYMA 2QZLA 4OBHA 5P6BA 3PJ6A 6APRE 4R8YA 1XDHA 1D4HA 5P5BA 5P1BA 2PK6A 3OADB 3HZCA 3IA9A 5P7CA 5KAOA 3BVBA 4DV9A 3NDUA 3OHHA 4Y3ZA 2WF1A 5KR2A 1Q9PA 2Q63A 4EXGA 4Y3PA 3OU4A 5P24A 5P6IA 4EHCA 2VNNA 4EXHA 3OU1A 5P5DA 2NXLA 5P0UA 1NH0A 5P1XA 3K4VA 3T7QA 1PSNA 3SLZA 3FKTA 1T6GA 5HDUA 3S45A 3R0WA 2VNMA 5P2BA 5P5RA 1QBSA 4ZSQA 1BDQA 5P3GA 3ZPSA 2R3WA 2QHCA 4N00A 1HSIA 4JPCA 5HU1A 1QBUA 3GW5A 5P0VA 4FSEA 3TLHA 4I8WA 5P1OA 5P63A 1BWAA 5P15A 4DPIA 1J71A 1XN2A 3G72A 5P40A 3VLBA 3I25A 3D1YA 4X2LA 5IVSA 3OU1B 2OHUA 4DJOA 1HIHA 4Q1NA 3HD8A 5P8KA 1ZPAA 4YD6A 1LZQA 3SKGA 1GVXA 3IN3A 3GI6A 3NWQA 3WB4A 2R8NA 5IVTA 3ZL7A 1QDMA 4Y4JA 1ME6A 4J5JA 5P6JA 1KJ4A 3UQXA 3EL1A 4CMSA 2ZHUA 3SA5A 4F75A 2AZ8A 5P6KA 5P27A 5P78A 3S8IA 1D4KA 1EPRE 4WY1A 1C6XA 4B78A 5P82A 2G22A 2WEDA 2J9KA 1ZP8A 3I6OA 1EPLE 5P1YA 4Y3AA 2BQVA 1FG6C 5P2EA 4U8WA 2QMDA 4GJBA 3CYWA 4J54A 3KMXA 1AZ5A 5P3VA 1AXAA 3NXEA 1ZSRA 3EM6A 5OYZA 5ER2E 1W6IA 2JXRA 4CPSA 4RRNA 5P02A 3OAGA 1XE6A 4WTUA 3OUDA 4LXAA 5P46A 5P38A 5P7GA 4YCYA 2QI5A 5KR1A 5OZDA 4GJCA 5P0MA 5P0AA 5OYRA 5P2AA 9HVPA 5P1DA 2WF3A 4I0IA 5P2DA 4Y4DA 5P23A 2WF4A 1FGCC 2G20A 3OUDB 4I11A 1HPXA 3D3TA 4JECA 3TPLA 5P8BA 5P8IA 3NU4A 5P7VA 5P06A 4I1CA 1PROA 2AVOA 2OHKA 3LIQA 4HLAA 5P20A 5P4WA 5DPZA 5KOQA 3MSJA 1FQ5A 5P7FA 5P0XA 2BPZA 5P0KA 2IEOA 3VV7A 4CPRA 5P0SA 3IXOA 2AOGA 2OF0A 2IKOA 2F80A 3JVYA 1FQ4A 1M0BA 4QJ7A 5P3TA 2Q5KA 4Y3QA 1T7IA 4J55A 1MT7A 4DJRA 4GJ5A 5P6EA 3HVPA 5E5KA 1EBYA 2QI0A 3VV8A 2R43A 1GVUA 3CKRA 1APTE 3UDHA 5SY2A 5DR4A 2ZGAA 5OZRA 1A8GA 1ODWA 3PLLA 5P57A 5P55A 2O4SA 2I0AA 3EM4A 4Y5BA 2ZHRA 4GJ8A 3WZ8A 4J1EA 4Y5CA 3LZUA 3ZLQA 5P4DA 5P1ZA 3VSXA 5P1VA 2WF2A 2QNPA 1CMSA 4FL8A 5APRE 4M8XA 2FMBA 2PK5A 1HVHA 5P4HA 1W5WA 5AGZA 1FQ8A 2ZJMA 5I3YA 1AIDA 1PSAA 1SDUA 1A30A 4R92A 3O9HA 5P8GA 5P5KA 4I10A 5TOLA 7HVPA 4Y5PA 3LIVA 2ANLA 4PHVA 4ER2E 3L5EA 4QJ6A 4GYEA 5P48A 3ZKQA 4I0GA 3EM3A 4DUSA 2A1EA 1HVJA 3PI5A 1NPWA 3UTLA 5KQZA 5P8FA 5P6XA 5P8PA 2FIVA 5P6OA 1ER8E 2OHNA 4EP3A 5P07A 5P29A 5P8AA 2B7FA 3EKQA 3T7PA 4LP9A 2VIJA 5C9BA 2RKGA 3IAWA 5P4XA 4Y3GA 1OEXA 2H6SA 4LHHA 2G1SA 4YBIA 2WECA 4TRZA 5P2IA 2RSPA 4Y3EA 2BPXA 3TOFA 3PCZA 3FIVA 5P3RA 5P2FA 2FDPA 3OXWA 3EKYA 5DR0A 2P3BA 3LZVA 4EJ8A 5P39A 4GJ6A 3ZKMA 5E5JA 2OHSA 4PZXA 5DQCA 3SFCA 3D1XA 5OYSA 2G1OA 3EBZA 4YCTA 5P84A 4FLGA 3U6AA 1TW7A 4L7HA 3Q3TA 5EZZA 5OZJA 5OZGA 1FFFC 2HB4A 3KFNA 1K6VA 1EC3A 2I4VA 3ZKNA 4B05A 3NXNA 5DR3A 5P30A 2XYFA 5P8TA 2O4PA 5P2WA 3PMUA 3PM4A 3KDBA 5AHBA 5OZPA 1AVFA 4Y47A 5P0CA 1MERA 2QI6A 3DUYA 5SXNA 4Y4XA 4XX4A 3K5DA 4A4QA 5P2KA 3S53A 1D4JA 2P3DA 3O9CA 1W51A 3VFBA 2BKTA 3K1WA 1U8GA 5P5HA 4DJUA 5P5XA 1FMBA 1MVPA 5P62A 3ZPTA 4DI2A 5P44A 5P5IA 4DH6A 3ZKSA 5P42A 3INHA 4ZSPA 5P0ZA 4ZIPA 5P8MA 3R0YA 2V16C 3OQKA 3QAAA 3QPJA 2QCIA 2QMGA 4CP7A 3M9FA 1AJVA 1MEUA 3LHGA 4J1KA 1XL5A 5P3OA 3BGCA 5P1UA 1ZSFA 2I4WA 5P47A 1A94A 5P3UA 1C70A 5P7AA 3HBOA 2QI1A 6UPJA 4DPFA 4D8CA 2IS0A 5CONA 3KDDA 1C6ZA 2QI4A 4YHQA 4OBGA 3PB5A 2ZDZA 1PPME 3I2LA 3EKWA 5OZ2A 5P2UA 5P87A 1DIFA 4Y4ZA 1LYAA 5C9FA 4Q1WA 4FCOA 3BXRA 5P3ZA 3S43A 4A6BA 3SM1A 4EP2A 1EPPE 1OD1A 5P8NA 5P49A 4K4RA 1F34A 1K2CA 3UQWA 3K5GA 4MC6A 5OYTA 5DR1A 4CPWA 3GI4A 3RU1A 4HDFA 1DMPA 5P52A 2I4UA 1OEWA 4HZTA 3L5DA 2OHTA 3FSMA 2NMYA 3PMYA 4ZPEA 3ER5E 4H3IA 5P7YA 3L59A 1IZEA 4ZSMA 1BDRA 5P64A 3S43B 2AVSA 3WZ7A 1SMRA 4D88A 5ENKA 2WEZA 5P2NA 5F00A 2H6TA 4Y53A 3DV1A 3L3AA 4Y3WA 2VIZA 5P03A 1GKTA 5I3VA 1E5OE 5I70A 1HVLA 2VJ9A 4H3JA 1M43A 2ZJIA 4HVPA 5OZ4A 2JYSA 1MTRA 3URJA 2AVMA 2WEAA 2HIZA 5P3MA 3N3IA 5P08A 4GJ7A 4J1IA 1FQ7A 2F81A 5P85A 3QS1A 1UH8A 5P6ZA 5OZ8A 4LBTA 1EPOE 4Y5LA 1LYWB 5OZTA 5P6HA 2QD7A 5P7ZA 5P17A 1EBKC 1PPLE 5P6VA 1ODXA 2QHZA 3PSUA 1W5XA 3NU6A 5JG1A 3H0BA 4LXMA 5P3XA 5P0PA 3CKPA 1SBGA 4RCFA 5OZFA 2ZJJA 5P1AA 5P7MA 2ZHSA 5OYVA 4R95A 3BUFA 2HPEA 5P65A 2Q15A 4B1EA 5OZKA 4CPQA 2AZBA 5P7OA 1IBQA 1EC2A 5P8DA 2QHYA 4OC6A 4U7VA 2PH8A 1T3RA 5P09A 5KQFA 3GI0A 4GJ9A 2I1AA 3UDNA 4Y37A 2AOFA 2ZJHA 5P4AA 1W5YA 2P8HA 3L5FA 3SA9A 3MSLA 5P3JA 4FRSA 5OZWA 2PH6A 3F9QA 3OU3A 5P5QA 1LYBA 2XFIA 4F73A 3TOGA 3OU4B 1GVWA 4ACUA 3UDQA 4OBDA 4QJ9A 3B7VA 2OHQA 1SIVA 2RMPA 1K1TA 5P4CA 3EKPA 3HAWA 1EEDP 4Y4TA 5BRYA 5F01A 4AA8A 3DK1A 5P8HA 3EC0A 5P36A 3VLAA 2ZHVA 5JODA 5P2RA 3BRAA 3GI5A 2R9BA 5P11A 5P4ZA 4E43A 5P7QA 5DGUA 5OZSA 3N4LA 2G24A 1W50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KM4 A;  4B72 A;  2HB2 A;  5P54 A;  1HVI A;  5OZV A;  2QU2 A;  2VA6 A;  1HPV A;  4Y51 A;  7UPJ A;  4Y5G A;  1APW E;  3EKV A;  5OZO A;  5HVP A;  1YG9 A;  2VJ6 A;  5OZ1 A;  2R38 A;  1FIV A;  1EPM E;  5P69 A;  4Y5N A;  5COO A;  4IVT A;  1LS5 A;  5P0R A;  3KDC A;  4Y9W A;  3PBD A;  5P32 A;  2QP8 A;  5P59 A;  1ZTZ A;  4J17 A;  5P7U A;  1PFZ A;  3GGA A;  2RKF A;  3OXC A;  1HVR A;  1AJX A;  3KF0 A;  4DJY A;  1SME A;  1HVS A;  3BXS A;  1N49 A;  3UFN A;  4Y3X A;  4L6B A;  2QNN A;  3S7M A;  5AHC A;  5BS4 A;  5P13 A;  5P89 A;  4K4P A;  5AH6 A;  3LIZ A;  3VYD A;  2ZJL A;  3ZKX A;  1A9M A;  4Y5K A;  2AVQ A;  1HII A;  3Q6Y A;  3QVC A;  3EL9 A;  5COK A;  5P83 A;  3OUC A;  5OYY A;  4OBF A;  4DQF A;  5OZX A;  5P3Y A;  2G26 A;  2HAH A;  3OGP A;  1JLD A;  1YX9 A;  4YOA A;  1HIV A;  4KB9 A;  4Y4B A;  4D85 A;  4LAP A;  1APV E;  3S54 A;  1FKN A;  4RRS A;  3VEU A;  2HS1 A;  5C9D A;  3QP0 A;  4CPX A;  1WKR A;  2V10 C;  4FM8 A;  2Q64 A;  5P2Z A;  3NWX A;  1FQ6 A;  2QD6 A;  5OZY A;  1IDB A;  2P4J A;  2NMZ A;  3LPK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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