5P54A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 229
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p54A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p54A01
3OQ7A 2NNKA 3QBFA 5P2AA 3EKWA 2I0AA 5P2RA 3HZCA 2UY0A 5P1MA 2QNPA 3EBZA 3MSKA 2XYEA 1W51A 5P8GA 3APPA 3RTHA 2VA6A 2I4DA 2I4QA 2PYMA 4YOBA 1BILA 5P1OA 3I8WA 1MEUA 5P4DA 3SABA 2O4LA 5P7YA 3UDNA 3NWXA 5P3CA 3OXXA 3HLOA 5CONA 5P16A 2VJ9A 3SACA 5P04A 4DJVA 5P52A 5OZWA 3N3IA 4DQEA 2F8GA 4YA8A 5P53A 4GJBA 2G1SA 5P5WA 3TH9A 1AZ5A 1IZIA 1HIIA 3D1YA 5P5NA 1ODXA 2OHNA 1E5OE 1K6CA 1HVKA 3DM6A 4ZPFA 1HSIA 2BPZA 5P6LA 1FQ7A 1SDVA 3R0WA 1APUE 5P2TA 2ASIA 3O9EA 1APVE 4Y45A 3VV8A 5P8RA 4CPWA 3KF0A 1FQ4A 4U8WA 3VYEA 2AVMA 5OZLA 4A6CA 5P0KA 4QJ2A 4Y4BA 1MSNA 1IZDA 1IZHA 2VNMA 2G1OA 2CENA 5DGUA 1KJFA 3TOHA 1IVPA 1SH9A 5P00A 4LC7A 5P4AA 1EEDP 4H3JA 3PB5A 1HBVA 3BUFA 4JECA 5P3JA 4FSLA 5DQ4A 4GJ6A 2ER6E 4AMTA 5F00A 4LAPA 2AOJA 1FFFC 5FIVA 3T7XA 5P20A 5P81A 5P7UA 4Y4TA 3O9BA 3PSUA 3HDKA 3PSGA 1PSOE 4HLAA 5OZTA 3NUJA 5P1GA 5P03A 4H3GA 1HIVA 5DR4A 3VCMA 5P7FA 5BS4A 4FLGA 2A4FA 4DJYA 5HD0A 1ZBGA 5P7RA 5P3HA 5P8AA 3AUPA 5IVRA 3VF5A 3G70A 4Y3XA 4DQGA 2B7ZA 5HDUA 4Z22A 4Y56A 3NDWA 3IN4A 3NUOA 5P6IA 5P4PA 3OGPA 2Q55A 3PI0A 4KB9A 1MVPA 4GJ5A 3O9LB 2ANLA 4Q1WA 4NJTA 5OZRA 5P3NA 5P6XA 4ACUA 1TCXA 5P6CA 3HAWA 2FGUA 5P6AA 3K4VA 2P8HA 3LIQA 1HHPA 5P50A 4B1EA 1ER8E 3INFA 3T11A 4OBZB 1UH8A 4Q5MA 5P0RA 4J55A 1AJXA 3ZPSA 1A8GA 5P2ZA 4CPSA 3INEA 1GVXA 5P4UA 4L7HA 1HVIA 5OZMA 5P2MA 1DIFA 5OZEA 4J1FA 1LYBB 3JVYA 3SAAA 4H3IA 5P0DA 5P1KA 5IVTA 4OBJA 2QAKA 5DQCA 3K1WA 2UPJA 1K1UA 1RQ9A 8HVPA 2QD6A 5P89A 4BELA 5P4RA 4JPEA 5SY2A 3QI1A 3DCRA 5P87A 3EKQA 3ECGA 6FIVA 5UPJA 3NLSA 4I0IA 4HEGA 5P45A 5P7EA 4NPUA 1T7KA 1QRPE 3NXNA 5P86A 1SIPA 3EL1A 3OQDA 4HDBA 2NXLA 2QNNA 1T7IA 3DK1A 5P5EA 9HVPA 1GNMA 1J71A 3GGVA 1XL5A 5C9DA 2AODA 5P62A 4Y4UA 4NKKA 5P5XA 2PSUA 5OZYA 5P57A 4Y3MA 5I3WA 3S2OA 4GJ9A 2PK6A 3LZUA 3NU5A 4Y36A 1RL8A 3NXEA 4Y3NA 2QI7A 3TPJA 3BGBA 3OK9A 4YCTA 1PSNA 3EKPA 2NXMA 3SA8A 5P84A 1XN3A 2ZYEA 2QHZA 2WEZA 2FDEA 3S7LA 5P3YA 3HBOA 1BBSA 1HPVA 1W5VA 4LXAA 1TQFA 1KJGA 4YDGA 2Q3KA 3KFNA 4DVFA 5P7DA 3OAGA 5HU0A 3PSYA 3OADB 1B6PA 3UDQA 5P5SA 1MIQA 5P05A 3I25A 3K5DA 3QBHA 2VIYA 5P8LA 4K9HA 2OHLA 3BXRA 1PROA 2ER9E 1G0VA 1DW6C 3INDA 5P4QA 3T7PA 3UDPA 2FIVA 3CYWA 4QLHA 4I0EA 2FS4A 2P3BA 4D89A 3WZ8A 4J0PA 3EC0A 2IGYA 1XN2A 4YBIA 5P3KA 5P18A 1GKTA 3U71A 1RPIA 3OU1A 2UXZA 4Y57A 4N00A 4R93A 5P51A 5P6NA 5OZ9A 4FRIA 1B6LA 3GW5A 4I0JA 1AM5A 2QU2A 5P6DA 1HSHA 3KDDA 3Q6YA 1D4HA 4X2LA 5P60A 3VF3A 3OQAA 5P2LA 5DR7A 4Y37A 4NJUA 1UPJA 2VIEA 3UPJA 1BWBA 4PYVA 1UH9A 3TPLA 5P8HA 5OYXA 4CKUA 2WF2A 3EMYA 3URIA 5P8SA 2ZHTA 2G1YA 4CPQA 4GB2A 4AUCA 1GVTA 5P5HA 2QI4A 3CKTA 5P3IA 2P3DA 3Q4BA 1EPLE 4QJ9A 1M4HA 5P70A 3IA9A 1YTIA 5P4FA 5KQZA 1HVRA 1T6EX 1FG8C 2AVVA 4BFBA 5P7AA 2QI3A 1K6PA 2WHHA 5P35A 5KR0A 5OYWA 4Y38A 5P6YA 2WF3A 3PWMA 1DMPA 2VIZA 1SDTA 2G26A 5P8OA 2WF1A 1LZQA 5P8FA 3URLA 2WF4A 5P1AA 3JVWA 5OZ7A 3DV5A 4ZSQA 3FNSA 7HVPA 2IRZA 2V00A 1MRWA 1BDLA 5E5JA 1HEFE 3OHHA 4K4PA 4Y3HA 3GGXA 1BDRA 4K8SA 2Q15A 5P0XA 3TOFA 1BVEA 4J0TA 2VNNA 5P74A 1OD1A 1BIMA 4KUPA 2RKFA 3SKFA 4CPUA 4Y3PA 4GMIA 3KM4A 2I4VA 5P3SA 5P3MA 4GYEA 3IAWA 4YDFA 1FQXA 4I0HA 4XX3A 2QMPA 4Y5PA 1D4YA 3CIDA 5P82A 3ZKXA 2I0DA 4TRWA 4ZSRA 3PMUA 4LL3A 2ZJKA 1OEXA 1W5YA 3OUAA 4FIVA 4R95A 1FQ5A 3CICA 3APRE 4DFGA 5KOQA 4FAFA 2ZHUA 5OZJA 1EC2A 5OYRA 3S7MA 2ZHVA 5KQFA 1PPLE 4B70A 4RRNA 4ER2E 3QAAA 3SA6A 2B60A 5P6VA 2HS1A 4MC2A 4FCOA 4J1HA 5DPZA 1APWE 4Y3FA 3VG1A 4Y5AA 4OBGA 4FAEA 4FGXA 2Q11A 4L7GA 5OYVA 3PMYA 4QGIA 2ZE1A 1OHRA 1IDAA 5EZZA 4AZYA 4Y3DA 3OOZA 1EPOE 4DV9A 1C6YA 2I1AA 5P2FA 5P0JA 1MTRA 1BWAA 2I4UA 2NR6A 3QRMA 5P73A 3BUHA 3D1XA 5P4IA 5KQYA 1E82E 3GI0A 1HVLA 1G2KA 5AH6A 3IXOA 3NU4A 3UDJA 3EKYA 3QROA 2RENA 1FKNA 2FXEA 5P6PA 5P0CA 1T7JA 6UPJA 5HVPA 4PEPA 5OZ3A 5P8NA 3EXOA 4AA9A 5P12A 5P2DA 5P6KA 3WZ6A 3QP0A 4QJ6A 1HPOA 1DP5A 4FM6A 5COKA 4IVSA 4FSEA 5P1HA 3M9FA 3RVIA 2JYSA 3O9IA 2O4KA 5P7PA 5P2NA 4YD5A 5P0AA 5OZPA 3L5BA 5P65A 5P4EA 5C9FA 1HTRB 1YTHA 2R5QA 2XYFA 5OZUA 1ZTZA 5P3UA 2O4PA 2AOGA 4Y3WA 2PSGA 5APRE 3VV7A 2QZLA 1EBKC 3IGBA 5P5JA 1EPNE 5P2YA 3DCKA 5P7IA 5P8DA 4Y47A 7UPJA 5P5OA 5P4YA 5P8EA 3A2OA 5ENMA 3UQRA 2BPXA 4EWOA 4RVXA 2O40A 3HD8A 5OZXA 2WECA 5P1YA 5P0GA 3UQXA 3DJKA 4KE0A 3TNEA 5P79A 4RRSA 3SKGA 2QZWA 5OZFA 3ER5E 1LF2A 4JP9A 1W50A 1M43A 3IVIA 4Y3QA 5P06A 5P0QA 4J54A 3VV6A 5P0WA 4J17A 4YBFA 1M0BA 5P0FA 1HVSA 5P8VA 5COOA 4Y3GA 1DAZC 1ZJ7A 3L5CA 2AVQA 3H5BA 5IVQA 1SIVA 2HPEA 4FE6A 3ER3E 3UFLA 2F3FA 2CEMA 5ENKA 3OTSA 3TL9A 1IBQA 3QVIA 4TVHA 1TSQA 5AHCA 4DUSA 1A30A 4I0ZA 3L5FA 5HCOA 2Q64A 5P0NA 4HA5A 3B7VA 4WY6A 3KT2A 5P41A 5P25A 3S45A 3DOXA 5P0YA 2OHSA 5P5CA 1PPME 2H6SA 2EWYA 4Y3LA 4DJXA 5P2VA 2QI5A 1C70A 2APRA 4M8YA 1FEJC 5P83A 5P0TA 2JE4A 5P28A 5P1IA 3UDMA 4Y4DA 1LV1A 5P2EA 4YD4A 4LHHA 3QRVA 5OZBA 1MERA 3LPKA 2J9KA 2ZJHA 2G94A 5P8CA 4I12A 4DPFA 5JFUA 5P5BA 5P2BA 4I0GA 3MSLA 5HCTA 5P3FA 1SGZA 5P3QA 5AH9A 1F34A 4EQJA 3GI5A 3OAGB 2AOFA 5P11A 2QMFA 3O9DA 4Y51A 2QD8A 4OBKA 5P3EA 4MC6A 3LPIA 4RYGA 3SA4A 3S85A 4RVJA 5P7MA 5P1RA 5P5UA 3FNTA 1A9MA 5F01A 4Y35A 5SZ9A 1EBYA 2P3BB 4EJDA 1HXWA 1T3RA 3O9AA 3TLHA 2IS0A 1K6VA 4ZSPA 2P3CA 3OU1B 1META 5P1WA 5P5MA 2VS2A 1HTFA 1Z1HA 4IVTA 2BJUA 1HWRA 3UQUA 3QIHA 1K2BA 3S53A 3BC4A 4LXKA 3OUDB 1HPXA 5IVSA 3BGCA 1WKRA 5P3ZA 3INHA 5P88A 3PM4A 3JW2A 3UF3A 4F75A 3OWNA 3VFBA 4XXSA 1EPME 3S56A 1SGUA 4AA8A 2H6TA 2G69A 3PBDA 2F81A 5P4OA 4Y3JA 5P4NA 4CP7A 2Q54A 6APRE 1XS7D 3LNKA 1W5XA 5P4WA 3UDRA 1APTE 3IXKA 3WB5A 1G35A 3KDBA 5ISKA 3PJ6A 1IVQA 4Y3AA 1E80E 3OQFA 3TPPA 1AVFA 4NJSA 4RROA 2Q63A 3GGAA 3D3TA 3QRSA 5DQ1A 4F74A 5P23A 5I3XA 5P1LA 4Y6MA 1MESA 1PSAA 5P0LA 1QBTA 4Y5BA 1G6LA 2NMZA 3OXWA 2QI0A 5P3LA 3NR6A 3LZSA 3KMXA 3TKWA 5P4SA 5IE1A 1MUIA 4B78A 4I10A 3KFSA 1U8GA 4YD7A 3OU4A 5P1UA 1SBGA 3Q70A 1EPPE 3MXEA 4GJCA 1K1TA 3VF7A 5P6ZA 2VJ7A 2IQGA 5P1CA 3KMYA 1C6XA 3K5GA 5P0UA 5P0PA 3S54A 1GVVA 5P8PA 2Q5KA 3KFPA 5P0MA 4Q1XA 4Y39A 5P1SA 4DJOA 1QBRA 1TCWA 4RCFA 1D4IA 2QI1A 5AH8A 3PHVA 5P15A 5P4XA 1YTGA 1C6ZA 4I1CA 1BDQA 4FRJA 1F7AA 2ZJLA 4GJ8A 2VKMA 4Y4WA 3GI6A 3UDYA 2QU3A 2QNQA 2IDWA 3NU3A 3OUDA 5P6GA 1SMEA 2IEOA 5P0HA 4YCYA 4EP3A 3I7EA 1HEGE 4HDFA 5P8UA 5P8TA 4ER4E 3PRSA 4Y3ZA 2QZXA 3NU6A 5P7XA 2RMPA 4ZIPA 3OTYA 5P2HA 1AJVA 5OYZA 3IN3A 5P30A 5P2WA 3TPRA 4J0ZA 1ODWA 2QI6A 5JG1A 5OZOA 1IZEA 4Y3SA 5P3TA 5TOLA 5P14A 4ZSMA 3HW1A 4EP2A 3R0YA 5P6SA 1FMUA 1HIHA 3KN0A 5P0EA 3UCBA 3O9FA 5KR2A 5P5DA 3R4BA 4Y43A 5P1QA 5P7NA 5P4KA 2OF0A 3NSHA 2OHKA 4DQCA 2ZJMA 4OD9A 2QHCA 1HVCA 5P80A 4EXGA 3SLZA 3VSXA 5P3DA 2G1NA 5P0VA 5P3VA 2V12C 3EM6A 3I6OA 1Z1RA 3L38A 5P7OA 5P4HA 1JLDA 4YD3A 5P3RA 3ZKSA 5COPA 3OGQA 2G1RA 5P6TA 4EXHA 1YTJA 3UTLA 5OZ4A 5AHAA 5AH7A 3VUCA 2FDDA 1PFZA 4Y53A 2ER0E 1FQ8A 3ZL7A 2ZJIA 4Y3RA 2AOCA 2AZ9A 4EJKA 4NPTA 1ZPKA 1SMRA 2WF0A 5OYSA 1K6TA 5P2QA 4FRKA 4I8WA 4I0FA 1YX9A 4Y41A 1ZSRA 4Y50A 4J1EA 1TW7A 3VLAA 4FRSA 2XFJA 2BPVA 1VIJA 3ZKQA 3CIBA 5P1TA 5P24A 5HDVA 3SM1A 4BEKA 2P83A 5OZ6A 5OZGA 5P5TA 1W6HA 4XKXA 1UH7A 4WY1A 1YM4A 5HE7A 5OZHA 3ZPUA 5P7BA 5P2XA 5P1ZA 1FF0C 4LBTA 1ZAPA 4PZXA 5OZIA 1D4SA 5P47A 1B5FA 2AOHA 1ENTE 4B72A 4Y58A 2R3WA 4I8ZA 5HDZA 2V13A 2I4XA 3TOGA 4QJ8A 2SAMA 2R3TA 4B77A 1NH0A 3I2LA 3ZMGA 4XX4A 2FMBA 1MPPA 4X7IA 1MT7A 1K2CA 5P68A 5P8QA 5ER1E 3OQKA 4MC9A 4DJQA 3SPKA 1LYWB 5DQ5A 4Q1YA 4RCDA 2WJOA 5OZ1A 5KR8A 5P1PA 5P48A 3L3AA 2IKUA 5P4JA 4B1CA 3KA2A 4Y5CA 1D4KA 3LIZA 3FX5A 5P85A 1BV9A 4GZFA 2G22A 3FV3A 4MC1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OQ7 A;  2NNK A;  3QBF A;  5P2A A;  3EKW A;  2I0A A;  5P2R A;  3HZC A;  2UY0 A;  5P1M A;  2QNP A;  3EBZ A;  3MSK A;  2XYE A;  1W51 A;  5P8G A;  3APP A;  3RTH A;  2VA6 A;  2I4D A;  2I4Q A;  2PYM A;  4YOB A;  1BIL A;  5P1O A;  3I8W A;  1MEU A;  5P4D A;  3SAB A;  2O4L A;  5P7Y A;  3UDN A;  3NWX A;  5P3C A;  3OXX A;  3HLO A;  5CON A;  5P16 A;  2VJ9 A;  3SAC A;  5P04 A;  4DJV A;  5P52 A;  5OZW A;  3N3I A;  4DQE A;  2F8G A;  4YA8 A;  5P53 A;  4GJB A;  2G1S A;  5P5W A;  3TH9 A;  1AZ5 A;  1IZI A;  1HII A;  3D1Y A;  5P5N A;  1ODX A;  2OHN A;  1E5O E;  1K6C A;  1HVK A;  3DM6 A;  4ZPF A;  1HSI A;  2BPZ A;  5P6L A;  1FQ7 A;  1SDV A;  3R0W A;  1APU E;  5P2T A;  2ASI A;  3O9E A;  1APV E;  4Y45 A;  3VV8 A;  5P8R A;  4CPW A;  3KF0 A;  1FQ4 A;  4U8W A;  3VYE A;  2AVM A;  5OZL A;  4A6C A;  5P0K A;  4QJ2 A;  4Y4B A;  1MSN A;  1IZD A;  1IZH A;  2VNM A;  2G1O A;  2CEN A;  5DGU A;  1KJF A;  3TOH A;  1IVP A;  1SH9 A;  5P00 A;  4LC7 A;  5P4A A;  1EED P;  4H3J A;  3PB5 A;  1HBV A;  3BUF A;  4JEC A;  5P3J A;  4FSL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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