5P5VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 256
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5vA01
2R8NA 5BWYA 2UPJA 2F81A 3GI0A 4TVGA 3R1GB 2AOFA 4GJ9A 5P5HA 4DV9A 2P3BB 5OZ7A 3VLAA 3TLHA 5P7QA 2HS1A 3S45A 2AVVA 5CLMA 5OZWA 5P5KA 3ZPTA 4DQGA 3O9DA 5P3AA 2WF4A 3FIVA 1W5XA 4Y4BA 3S7MA 3LPIA 2Z4OA 4GJAA 3UFNA 4F76A 4YBIA 5P08A 5P3SA 5P6EA 5P7KA 5P1ZA 4I12A 4GJ7A 5P5TA 4FIVA 2I4XA 1GNMA 5P6QA 2WEAA 4B00A 1A9MA 1MSMA 4ACXA 1ZTZA 5HU0A 2AOGA 5P5FA 3UHLA 1Z1RA 4NKKA 3L5DA 1A8GA 4Y54A 3PSYA 4J55A 1QDMA 3H5BA 3PI0A 4OD9B 4I0DA 5C9FA 1IZEA 5BRYA 4NPUA 3IA9A 4PEPA 5P53A 3HVPA 2AVMA 5P1FA 5DQ2A 1T3RA 5P2FA 4CPXA 4J1EA 3VYFA 3SM1A 3UQRA 3EC0A 4J1HA 3T7XA 4QJ6A 5P0GA 5P2XA 3APPA 1D4LA 3GI5A 3LZVA 2QI5A 4I10A 5P1WA 4CP7A 5P8OA 3KA2A 5OZTA 2AZCA 1NPVA 1LYBB 1XDHA 4FGXA 3PI5A 5P29A 4AA8A 5E5JA 2Q55A 4NJUA 2O4SA 3WZ7A 3UQXA 2VKMA 5AH9A 1HVIA 2NPHA 5P45A 1SDTA 1EPLE 3CKTA 2R43A 3AIDA 4L1AB 4NPTA 5I3YA 2FDPA 5P0BA 5HDUA 4RVXA 3APRE 4EJ8A 5P2ZA 4CPTA 4YA8A 1MPPA 4FSLA 2QMPA 4R93A 1XN3A 4XX3A 5P4YA 4Y3QA 5P5JA 1HBVA 2G24A 3SAAA 5P3NA 5P33A 3D1XA 1GVVA 3VF3A 1MVPA 1BDQA 2G1RA 2FMBA 3SFCA 2ZHRA 5P03A 1YTGA 5P5UA 5P06A 4RLDA 5P6AA 3PJ6A 3S43B 4Y36A 3UTLA 5P7LA 3OTYA 3SABA 3URIA 4TRWA 2ZHSA 5P6TA 4OD9A 3UCBA 3OXXA 2G1SA 4DUSA 3UF3A 1WBMA 4K9HA 5P12A 3HAWA 1ZPKA 2G27A 3FNTA 1DW6C 2G22A 4J1KA 1HIHA 3GGXA 2PC0A 5P6PA 1IZHA 3RSVA 2UY0A 4Y4UA 5P6JA 4DJUA 3SA9A 5P8QA 3ZKXA 4ZSMA 1APWE 1LYBA 3NDUA 3CIBA 5DR3A 1IVQA 1M0BA 2I4QA 3NSHA 5P05A 5P7FA 5P10A 3NR6A 4M8XA 5P7EA 1HHPA 4I0JA 1FMXA 3NXNA 2V11C 5P8CA 5DQCA 2QNNA 2P83A 4YD7A 3BC4A 1E82E 3TNEA 5P3VA 3O9LB 1T6EX 5P2IA 4DQHA 5P3KA 2QI3A 4DJRA 4FE6A 5ER2E 5P2CA 1U8GA 5P4MA 4X7IA 1UH9A 1PFZA 5DQ5A 3OADA 6FIVA 1BDRA 1BXQA 3SPKA 4FM8A 5KOSA 3VV8A 1IVPA 3SA5A 1BWAA 3VFAA 3K4VC 1HSGA 3S43A 1FFFC 4Q1WA 3ZLQA 3EL9A 4QJ9A 1K6CA 3VF7A 4M8YA 4I11A 4NJSA 2IRZA 1HVLA 3INHA 4D85A 4DQEA 4Y3MA 1IDAA 4OC6A 5P6HA 1MT7A 4RCDA 4DJWA 1LYAB 5KQZA 4RRNA 3BXRA 2R3WA 1NPAA 3T7QA 5SY2A 4QGIA 5P7SA 4GJ6A 4Y4XA 4AZYA 2QI7A 2B8LA 1XE5A 3EM6A 5P88A 2Z54A 1C6XA 3O9AA 5P8IA 4J17A 3UDNA 3CKRA 4Q1YA 5OYUA 3OU4B 5P4SA 1FIVA 5P55A 5P22A 3DV1A 5OZRA 3OU1B 4J0YA 1PROA 3QRMA 5P1CA 2RKGA 5P5AA 4J54A 2QZLA 3BXSA 4Y3TA 5OYZA 5HVPA 2G1OA 4L7HA 3QVCA 2QHCA 3TKGA 2I0AA 5P1LA 2I1AA 2PSVA 1ODXA 4LXAA 4A4QA 3NUOA 3MSKA 4Y4ZA 1HVJA 2ZHTA 5P0NA 3PWRA 3EM4A 5P8RA 5AH6A 5DGWA 4I1CA 2IKUA 2R5QA 3EMYA 1FB7A 5P4ZA 4B1DA 5OYVA 3IXOA 2CEJA 2ZGAA 2XFKA 2V12C 3PMYA 3EL1A 2PH8A 5P15A 1EC3A 5IVQA 3NLSA 5OZ5A 2HC0A 1LYAA 3K5GA 4YOAA 5P1HA 3LIXA 3A2OA 3UDKA 4BEKA 1VIKA 5P7UA 5OZMA 4CPQA 2AOEA 5P79A 3OAGB 3HVGA 3PMUA 5P4XA 5KR0A 4PYVA 5P8BA 5OZUA 5P0YA 3QI1A 1RL8A 3K4VA 4EQ0A 3OU4A 2V13A 5P5IA 1A94A 5P07A 5OZAA 6APRE 5P1MA 5OZFA 3VV7A 2WL0A 2EWYA 2V0ZC 3U7SA 3OU1A 4K4RA 4CPUA 1MSNA 5OZSA 3O9IA 1ZP8A 5P3YA 3INEA 4HDBA 4EP3A 2IENA 4OBDA 4WY6A 4AA9A 5P5YA 1AJVA 3ZKNA 3OK9A 1AJXA 5P0VA 5P4BA 2A4FA 2WKZA 1YM4A 5P1BA 2FGVA 4QJ8A 3OHFA 1YX9A 5HDVA 2QNQA 1ZBGA 3UDRA 5P63A 1FQ7A 3K5FA 3PCWA 4Y3EA 1PPME 5P1UA 1M43A 2J9JB 5P1IA 4BELA 5P2UA 2V10C 1E81E 5HE7A 2PWCA 5COOA 2B8VA 5P3LA 5P1SA 5P2QA 3QP0A 3ST5A 4HVPA 5P2EA 3VV6A 1ZAPA 4GZFA 2PYMA 2Q11A 3RTMA 2G94A 1IIQA 3H0BA 4WY1A 1IDBA 1B6KA 2AZBA 3HBOA 4Y53A 1CMSA 3SA6A 4LBTA 4GYEA 3OUDB 5P47A 4FRSA 3EKYA 3L5CA 2QP8A 3BVAA 3TPPA 3UDQA 4L6BA 5P64A 5P6LA 4B70A 1G35A 3DJKA 2WECA 2ZJMA 3OAGA 5SXNA 4QJ7A 4K4QA 1MUIA 1PPKE 3UQWA 1HVKA 4Y3DA 5J25A 3B80A 5I3WA 5P1AA 5HE4A 4Y5AA 4J5JA 1IBQA 4Y45A 4Z50A 5P56A 5DR4A 3QROA 1A8KA 3UDPA 1FGCC 3BUHA 5P39A 4LXMA 1T7IA 4FAFA 2PK6A 4L7JA 3KMYA 5P42A 5P7IA 4Q1XA 2IGXA 5P6RA 3OXCA 1EAGA 1C70A 1NPWA 4EJDA 3T3CA 4EPJA 4YCKA 2FLEA 1HWRA 1MERA 1ZJ7A 5BS4A 1TQFA 1RV7A 5P2JA 5P3FA 4J1CA 4LXKA 4ZSPA 4Y43A 3GGAA 4RCEA 2OHTA 3PBZA 2APRA 5P5VA 3ZOVA 3KT5A 2AODA 4R5NA 5P8UA 3BVBA 5P6FA 5P6CA 1FMUA 1HIVA 4DJQA 5P31A 5P4KA 5P02A 3KT2A 3TTPA 4Y50A 2VNNA 5P7PA 4FRKA 4X2LA 4DI2A 4D88A 5JODA 1W5WA 1W5VA 5IVSA 4Y4GA 2NMZA 3OUDA 1YT9A 5P3BA 1UH7A 5P4AA 1GVUA 5DR0A 5DR8A 2NXLA 1AZ5A 4B1EA 2OAHA 2O4PA 3EKTA 3HW1A 8HVPA 2G1NA 5P7BA 2HPFA 3FNUA 2AZ8A 5P3JA 5P6DA 4YCYA 3T6IA 3L59A 5P5QA 2P3DA 3WSJA 4H3JA 5OYXA 2QD8A 5P0MA 4Y3NA 5P2DA 2PH6A 5P54A 4Y5CA 2VIJA 1DPJA 4AUCA 5P8SA 3L58A 5P36A 3RTNA 3PWWA 2NXMA 1D4SA 4RYGA 1QBTA 5SY3A 2PSGA 2VA7A 1W50A 5P74A 4Y5LA 3ZKIA 1EC2A 1YM2A 1AIDA 1MEUA 2IQGA 5I70A 1B11A 1HTEA 1RQ9A 5KR2A 5P5ZA 5P0EA 3T7PA 4ZSQA 4FCOA 3B7VA 2OHPA 5FIVA 4DJXA 4DQFA 1XL5A 1LZQA 1MTRA 4RYCA 1QBUA 3NU5A 5P0FA 3IVHA 2B42A 4YCTA 5P3EA 1APUE 4NJTA 5P76A 2VIEA 4FRIA 1ODWA 7UPJA 5P16A 5P2MA 1BVGA 1SMRA 3EXOA 4GB2A 5OZEA 1ZPAA 4E43A 5P65A 5DR7A 1ME6A 1SIVA 4JPEA 2B7FA 3PGIA 3JW2A 1GVTA 2AOCA 5OZJA 1MRWA 3DUYA 4XXSA 5P7GA 3VSWA 1EC1A 4I8WA 2ZJJA 2ER0E 4B72A 4J0ZA 1FQ8A 2CENA 3HLOA 3IAWA 1KJGA 4DJVA 1M4HA 3VFBA 1UPJA 3OU3A 3MWSA 4QJAA 4HE9A 5AH7A 1YTJA 3MSJA 4D8CA 5P6XA 3S54A 3D3TA 4D89A 3KFNA 4Y35A 3CKPA 3KN0A 1W6IA 1Z1HA 7HVPA 1LYWA 1BBSA 1SDUA 3URLA 4H3FA 2JJJA 2QI4A 4Y5NA 2OF0A 1FF0C 3OADB 2NTRA 5P1NA 1PSOE 3O9EA 4CMSA 3TPLA 5P4OA 5F00A 1SIPA 3FX5A 5P3PA 1MRXA 1G2KA 2G1YA 2OHKA 4JPCA 5P6UA 4KE1A 1GNNA 5P48A 3LZYA 4LAPA 1FMBA 5P67A 4OC6B 4Y3LA 4J0VA 5P0KA 3IGBA 2WEZA 4CPRA 3LNKA 4Y3RA 1D4JA 1DMPA 2A1EA 3INFA 4ER2E 1LF2A 2Q63A 5P04A 5HDXA 2QI1A 2HPEA 4B77A 1PPLE 1FKNA 2R38A 5P4NA 3SM2A 2HB2A 2NR6A 5P2AA 1B6JA 5OZVA 5P5WA 5P0QA 2VNMA 5OZZA 5P1XA 3BHEA 4JP9A 5P8DA 3I6OA 4Z2ZA 2RMPA 2Q5KA 2I0DA 4RZ1A 3T11A 1PSAA 2ZJLA 3GGVA 3LINA 4OBZB 5P0TA 4DVFA 3KFPA 3IVIA 5IE1A 4R8YA 3NXEA 5P51A 5P0ZA 5P83A 3CICA 3I2LA 2O4KA 5P0JA 5P6IA 4ZE6A 5KQXA 5P7NA 5P89A 2AZ9A 2OHRA 2PSUA 3QBFA 5P4HA 3S56A 4Y3HA 5HE5A 4I0ZA 5P59A 3D1YA 1VIJA 4OBKA 2PQZA 1LEEA 3KMXA 3ZPUA 3BUFA 3PCZA 3WB5A 1K2BA 2VJ9A 3KM4A 2BKTA 4FAEA 5JG1A 2AOHA 2JE4A 5P3TA 3OUAA 5P0HA 4H1EA 2RSPA 5P19A 2VJ7A 3DK1A 2BPZA 5OZDA 5P25A 5T4SA 2P3CA 5P8FA 5HCTA 3Q6YA 3PSGA 4Y51A 1OEXA 5P7ZA 1YTHA 4DFGA 4FS4A 1KJ7A 1BIMA 3GW5A 2VS2A 5P5CA 2MIPA 3KDDA 4ZEAA 2QD7A 3LHGA 3TH9A 4EJKA 2Q64A 3HAUA 5P35A 5ISJA 3KFRA 4GMIA 4OBZA 2O4NA 1QBRA 1FQXA 5P5RA 3EL4A 3HD8A 1KZKA 2AIDA 5OZ8A 5DQ1A 1EBWA 4F73A 2VA5A 5DR1A 3L5FA 5P00A 5P50A 5P8PA 5P4EA 1K1UA 5P5DA 5P11A 2BPVA 4QLHA 2QMGA 1MIQA 3KFSA 1BVEA 4Y3ZA 2F3EA 2G20A 2QMFA 4OBHA 4Y4JA 5KQYA 5P1KA 3KDCA 1AXAA 3OXVA 2AQUA 4Y3PA 4PZWA 4PHVA 5P5NA 3WZ8A 1HXBA 1MESA 2ZE1A 4YD5A 4HDPA 5IVRA 4EHCA 5P4FA 1B6MA 3MSLA 4EWOA 2VA6A 3BUGA 3QPJA 4CPSA 5F01A 3VF5A 1CPIA 1HVCA 3UDYA 4CKUA 1W51A 3O99A 4Y4EA 4DJYA 1B6LA 3VYDA 1GNOA 3CYWA 4APRE 3DOXA 1DIFA 2BQVA 4OBFA 5P3GA 2NXDA 2NNKA 1NH0A 5P4GA 5P52A 2QI6A 2OHSA 5AHCA 3EL0A 5P85A 4Y6MA 5COKA 2IDWA 3VYEA 4H3IA 3UQUA 4Y3AA 5P20A 3R0YA 3WZ6A 4YD3A 5P37A 5P44A 1D4IA 3ER3E 5EZXA 5P2WA 1EPOE 1MT9A 3LPKA 2QHZA 3VLBA 3ZL7A 5P7AA 1E80E 3INDA 5KR8A 5P0RA 4R92A 3LZSA 1ZSFA 2ER7E 5P13A 1BV7A 1BDLA 4H3GA 1LF4A 4ACUA 4YDGA 5ENKA 5AHAA 3MXDA 4B0QA 5B18A 4TRYA 1C6YA 5P8LA 3LIYA 3O9HA 2WF0A 4I8ZA 1FEJC 3PLLA 3IN3A 2B60A 5P2RA 5P26A 2XYFA 2RKFA 3O9BA 4RVJA 2BPYA 5P1PA 4EQJA 1QBSA 5P8EA 5TOLA 3UQPA 5P71A 1HTGA 1N49A 1D4HA 3K5CA 5DGUA 4I0HA 1CZIE 5P8HA 1HPOA 2ZJIA 4YE3A 1ER8E 3SA8A 2WEDA 1BILA 5P70A 3NU9A 2AVQA 2JXRA 2FIVA 2SAMA 3OGPA 4U7VA 2G26A 1UH8A 5P4WA 5P6ZA 3SLZA 3PHVA 5P41A 4GJ5A 1HRNA 3ZKMA 4D83A 5P4PA 5P4UA 4PPHA 1HXWA 1OHRA 5P1JA 5P6SA 5P6MA 5P6BA 5P4TA 4I0GA 3RVIA 4BFBA 2NMYA 5PEPA 5P7OA 3LZUA 1GVWA 3SKFA 5P7XA 2NNPA 5P62A 5SZ9A 5P7MA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R8N A;  5BWY A;  2UPJ A;  2F81 A;  3GI0 A;  4TVG A;  3R1G B;  2AOF A;  4GJ9 A;  5P5H A;  4DV9 A;  2P3B B;  5OZ7 A;  3VLA A;  3TLH A;  5P7Q A;  2HS1 A;  3S45 A;  2AVV A;  5CLM A;  5OZW A;  5P5K A;  3ZPT A;  4DQG A;  3O9D A;  5P3A A;  2WF4 A;  3FIV A;  1W5X A;  4Y4B A;  3S7M A;  3LPI A;  2Z4O A;  4GJA A;  3UFN A;  4F76 A;  4YBI A;  5P08 A;  5P3S A;  5P6E A;  5P7K A;  5P1Z A;  4I12 A;  4GJ7 A;  5P5T A;  4FIV A;  2I4X A;  1GNM A;  5P6Q A;  2WEA A;  4B00 A;  1A9M A;  1MSM A;  4ACX A;  1ZTZ A;  5HU0 A;  2AOG A;  5P5F A;  3UHL A;  1Z1R A;  4NKK A;  3L5D A;  1A8G A;  4Y54 A;  3PSY A;  4J55 A;  1QDM A;  3H5B A;  3PI0 A;  4OD9 B;  4I0D A;  5C9F A;  1IZE A;  5BRY A;  4NPU A;  3IA9 A;  4PEP A;  5P53 A;  3HVP A;  2AVM A;  5P1F A;  5DQ2 A;  1T3R A;  5P2F A;  4CPX A;  4J1E A;  3VYF A;  3SM1 A;  3UQR A;  3EC0 A;  4J1H A;  3T7X A;  4QJ6 A;  5P0G A;  5P2X A;  3APP A;  1D4L A;  3GI5 A;  3LZV A;  2QI5 A;  4I10 A;  5P1W A;  4CP7 A;  5P8O A;  3KA2 A;  5OZT A;  2AZC A;  1NPV A;  1LYB B;  1XDH A;  4FGX A;  3PI5 A;  5P29 A;  4AA8 A;  5E5J A;  2Q55 A;  4NJU A;  2O4S A;  3WZ7 A;  3UQX A;  2VKM A;  5AH9 A;  1HVI A;  2NPH A;  5P45 A;  1SDT A;  1EPL E;  3CKT A;  2R43 A;  3AID A;  4L1A B;  4NPT A;  5I3Y A;  2FDP A;  5P0B A;  5HDU A;  4RVX A;  3APR E;  4EJ8 A;  5P2Z A;  4CPT A;  4YA8 A;  1MPP A;  4FSL A;  2QMP A;  4R93 A;  1XN3 A;  4XX3 A;  5P4Y A;  4Y3Q A;  5P5J A;  1HBV A;  2G24 A;  3SAA A;  5P3N A;  5P33 A;  3D1X A;  1GVV A;  3VF3 A;  1MVP A;  1BDQ A;  2G1R A;  2FMB A;  3SFC A;  2ZHR A;  5P03 A;  1YTG A;  5P5U A;  5P06 A;  4RLD A;  5P6A A;  3PJ6 A;  3S43 B;  4Y36 A;  3UTL A;  5P7L A;  3OTY A;  3SAB A;  3URI A;  4TRW A;  2ZHS A;  5P6T A;  4OD9 A;  3UCB A;  3OXX A;  2G1S A;  4DUS A;  3UF3 A;  1WBM A;  4K9H A;  5P12 A;  3HAW A;  1ZPK A;  2G27 A;  3FNT A;  1DW6 C;  2G22 A;  4J1K A;  1HIH A;  3GGX A;  2PC0 A;  5P6P A;  1IZH A;  3RSV A;  2UY0 A;  4Y4U A;  5P6J A;  4DJU A;  3SA9 A;  5P8Q A;  3ZKX A;  4ZSM A;  1APW E;  1LYB A;  3NDU A;  3CIB A;  5DR3 A;  1IVQ A;  1M0B A;  2I4Q A;  3NSH A;  5P05 A;  5P7F A;  5P10 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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