5P87A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 340
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p87A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p87A01
3SAAA 3U6AA 4KE0A 1EEDP 5AHBA 1XE6A 5EZZA 2ZJIA 4DJVA 5P0NA 3SA3A 5P7JA 4NKKA 3ZPSA 1HPOA 1SGUA 1YTGA 2NNPA 5P44A 3EM3A 1ME6A 2I4DA 2WF1A 3TOGA 3OXCA 3UQUA 4B70A 2NR6A 2FXDA 3MSJA 4GJ6A 5P4ZA 2VS2A 4TVGA 2I1AA 3CYWA 4Y3MA 2I0AA 2QI0A 5IVTA 3PSUA 3K5FA 5P29A 1LV1A 5HE5A 5P0JA 1MVPA 3IVHA 4Y37A 3T7XA 1AJXA 1PPLE 3EC0A 3OUBA 3VV6A 5P7PA 1MRXA 3WZ8A 1KJFA 5P7BA 5P4OA 3GI0A 4Y3NA 2G1SA 1PROA 4QJ8A 5P6YA 5P3IA 4Y4DA 1YM4A 1SDTA 5HDXA 3DV1A 4Y4JA 3EL0A 5P5QA 5OZNA 3OXVA 3N3IA 3TLHA 1E81E 5P1MA 4FL8A 3URIA 3EKWA 2HB4A 3OK9A 2VNMA 5P1XA 5P16A 2I4QA 4FS4A 4Y56A 1DP5A 3PEPA 1T7IA 5OZJA 5P4DA 4Y48A 4ER2E 2VJ6A 3OUCA 4Y3LA 1XS7D 4X7IA 1GNNA 5P6NA 2BPVA 4FRJA 1TCWA 5OZ4A 4EXHA 2QZXA 4HDPA 4RCDA 3ZKIA 3KDDA 3T11A 4J54A 2OHQA 1A8KA 3TTPA 1META 1TSUA 5P7LA 1FGCC 5P76A 5P2HA 2ER9E 5P6AA 2P3AA 3VUCA 4RGHA 5P0OA 1FLHA 4R93A 4ZSPA 3K1WA 4YD3A 4H3JA 4DJQA 3NUOA 5P58A 5P7RA 2Q64A 3LIZA 5P7OA 5P6LA 1FIVA 3NU6A 5P0XA 2V10C 2P3DA 4WTUA 5P23A 3EL5A 4EWOA 4K4PA 5P3NA 3O9AA 4MC1A 2Q11A 2NXLA 5P80A 5P77A 3CKRA 4H3GA 5P5NA 5P14A 5OYRA 3D1XA 5P2UA 5P5GA 5P0SA 3KYRA 5P8SA 1UH7A 2QU2A 4OC6B 5P7XA 3NLSA 5P08A 3VF3A 1HPSA 3INHA 3OGQA 3S45A 2G69A 5P6KA 1GVTA 1TCXA 5DR1A 1PPKE 1FFFC 2OHNA 5P7SA 5P2OA 4AA8A 3HBOA 2ZHRA 3PBDA 4Z2ZA 4K4RA 2B8LA 1APVE 1SIPA 5P0YA 3ZPTA 5P6VA 3PI0A 3BUHA 5KQZA 5P1LA 5T4SA 5P55A 5F00A 4Y5NA 1BIMA 1PSAA 2OHUA 4GB2A 2B7FA 5P3DA 2BQVA 5ENMA 3GGAA 4Y9WA 5OZMA 3SA8A 4Y5CA 4YOBA 5P15A 4QGIA 5P01A 1BBSA 1APWE 2B7ZA 4MC2A 4Y3ZA 4EJ8A 1ENTE 4R8YA 5OZSA 3BHEA 3BGBA 1XN3A 2AZCA 5P83A 1E5OE 4ZSRA 3SFCA 5P6PA 1LYAB 4PPHA 3NU3A 3UDNA 4LHHA 2PWCA 2P4JA 3INDA 5P4SA 4GIDA 4Y58A 2VIJA 1NH0A 4HE9A 4F73A 5HDUA 5P5XA 2BPXA 4FSEA 4H3FA 5P7YA 4EYRA 3B80A 4Q1YA 1HIIA 4QJ9A 5OYSA 5P8CA 1GNOA 2BPYA 3O9BA 3PLLA 4GJ8A 3U71A 4DUSA 4Y5PA 2G22A 3VFBA 2G1YA 1IBQA 5P8GA 5OYXA 4DI2A 5P6RA 5P8NA 2AQUA 5P6UA 2RSPA 3HAUA 3SA7A 1J71A 3OXXA 3LZSA 2BB9A 4S1GA 1T3RA 1Z8CA 3UDRA 4Y43A 1MUIA 5P7HA 2QZLA 3SA9A 1YTHA 4OBHA 3QAAA 5KR0A 4EXGA 3RSVA 3JVWA 2NMYA 1HSGA 2BKTA 4AZYA 5OZAA 1OD1A 3VSXA 5OZ8A 5P1HA 3CIBA 5P73A 3G6ZA 3TOFA 4OBKA 3SM2A 5C9DA 4J1HA 5OZPA 5OZWA 3UTLA 3VCMA 5P79A 3WB5A 5BRYA 1XE5A 5HTZA 1ZBGA 3O9GA 3EKTA 2AIDA 5P25A 5I3YA 2JXRA 3LIVA 1EPME 5P7ZA 4ACXA 3IA9A 3ZKQA 5P4KA 5JODA 5DGUA 5P50A 5P2JA 1AVFA 4A4QA 4LXKA 3T3CA 1M4HA 1C70A 3R4BA 2IGXA 1OEXA 1B6PA 5P6JA 5P8EA 4ZSMA 4HEGA 3GI4A 1BWBA 1Q9PA 3UFNA 1D4IA 2ANLA 4NPUA 6UPJA 4EJDA 3IN3A 4B1DA 4HDFA 3PRSA 1FQ5A 3QS1A 5OYWA 1MT8A 5OZKA 1LF2A 4Y45A 4I11A 4Y35A 1LEEA 5OYYA 5P13A 4J1CA 1TQFA 3GGXA 4DQGA 2HM1A 3S7LA 4D88A 4Y5EA 1MPPA 3PHVA 4TRWA 2AZBA 5P34A 1K6PA 1C6XA 5P3SA 2QMGA 1K6TA 4DJYA 5DR3A 1MTRA 2QI4A 5P3AA 5P38A 1C6YA 5DR8A 4OC6A 3HW1A 4Y3HA 3GGUA 4Y5MA 4K8SA 5P7VA 1F34A 3O99A 4I12A 3JVYA 1A30A 4B1EA 4Y3SA 5P67A 3LPJA 4Z4XA 4AUCA 4Y3JA 2Q55A 2V12C 3NDWA 5P6XA 3VV7A 4ER1E 5P11A 3I2LA 4YDFA 3ZLQA 3EL1A 4D8CA 5P07A 1BXOA 5P1UA 5P3WA 5P56A 1SP5A 3O9DA 5IS4A 1ZTZA 2HB3A 1LYWB 5P6EA 4QLHA 4I8ZA 1FKNA 3UDQA 5HE4A 5P4AA 5P0FA 5P0WA 4DV9A 5P87A 5P59A 1TSQA 3O9LB 4FM6A 2AOIA 5P6WA 1ZLFA 5PEPA 1EPLE 1YTIA 2WECA 3VLAA 3TNEA 3PB5A 3ER3E 1LYAA 5P3XA 1GKTA 1BV7A 3EKVA 4Y4EA 5P2CA 1BV9A 5P5LA 1SIVA 5OZLA 2BPWA 3DUYA 4EPJA 3IN4A 3O9EA 5P2DA 2XYFA 3OAGB 3URLA 4IVTA 4HA5A 4YE3A 2OHSA 5P31A 5P1QA 4CKUA 4Q1WA 5P32A 4Q1XA 5HDZA 5P39A 3NR6A 5C9FA 1ZP8A 2PYMA 1ZJ7A 2ASIA 1EPPE 1GVXA 2QD7A 4WY6A 5KAOA 1LYBB 3LZUA 4HLAA 3INFA 5TOLA 4GJDA 2NTRA 4L1AB 5P52A 2PK6A 5OZEA 3I8WA 5P7EA 1HBVA 3OQFA 1MT9A 5P4MA 3MXDA 1QBUA 2ZDZA 3TKGA 1FQ8A 3O9FA 2HC0A 3SKFA 4Y5GA 1NPVA 1RL8A 2PH8A 5AH6A 5P7NA 5P2ZA 4OBZB 3PBZA 2Q3KA 4FGXA 5P05A 3NUJA 4EJLA 5P8TA 1D4JA 2AZ9A 5P89A 5SXNA 2G27A 2PSVA 2XFIA 3Q6YA 1RV7A 5P64A 3D1YA 5P8HA 5J25A 3LINA 5P85A 5P0VA 3ZL7A 3EMYA 5P1ZA 4YHQA 3LIXA 2R3WA 1A8GA 5OZ7A 2VIZA 3OWNA 2QI7A 4DPFA 2H6SA 4H3IA 1HEFE 3EXOA 1T6EX 4NJVA 3QRSA 1FF0C 1BDRA 1B6LA 4EP3A 3OTSA 4M8XA 2AVVA 3R0YA 2APRA 1DMPA 2NNKA 4FM7A 3D1ZA 2J9KA 1FQ4A 4R95A 5P5JA 1FQ7A 2JE4A 4DQEA 5P3UA 4APEA 5P2KA 5P69A 4R5NA 5C9BA 1K1TA 3BVAA 5P0QA 5P54A 3ZKGA 2ZJJA 1ZPKA 2FNTA 5P06A 4PYVA 3NWQA 2PC0A 2PSUA 3RU1A 3RTMA 1ZPAA 5P1EA 4Y38A 1AIDA 1EBZA 4D85A 4ZPEA 2ZJKA 3UQXA 2NPHA 5FIVA 5P43A 1W5XA 5DQ2A 5OZUA 3VEUA 4FCOA 7HVPA 4CPUA 3BGCA 1ODYA 2MIPA 5P26A 5P12A 5P1YA 1APUE 3KFNA 5P2LA 2QI5A 3NU5A 2B60A 4ZLSA 2OHMA 3U7SA 5P4LA 1ODXA 4Y4AA 2QMPA 5P1VA 3QRMA 9HVPA 4J0ZA 4MC9A 4RVIA 2ZJMA 3BUFA 2IDWA 5HCTA 3UDPA 5F01A 2F3FA 5P0BA 3KF0A 5P0RA 2CEMA 2OAHA 4GMIA 4Y4BA 4L7JA 3K4VA 4FRSA 4LL3A 3G70A 4NJSA 1W6HA 3VYEA 2UY0A 2HAHA 5P4FA 4RLDA 3CKPA 3WZ6A 5P5FA 4COEA 4CP7A 3ZKMA 3LZYA 5OZRA 4M8YA 5P40A 5P2FA 2FGUA 5OZ3A 5IVQA 1GVWA 1IZHA 5P1PA 2R5QA 3MXEA 5COPA 3WSJA 5BWYA 5P0AA 3HAWA 1SDUA 3SA4A 3VSWA 5KQXA 1E82E 4Y3RA 4U7VA 2P3CA 3EKQA 3UDKA 1LYWA 5P86A 4Y4UA 2RKFA 3CMSA 4MC6A 3AUPA 5P5OA 1BAIA 3T7PA 3KT5A 2BPZA 5P65A 2QP8A 3ER5E 1BDLA 5DR7A 2Q54A 3KFRA 1DAZC 3HDKA 4GYEA 5P3QA 1DW6C 5P71A 3IGBA 4B1CA 2AVQA 1AJVA 2R9BA 3EL4A 2QHYA 3EKPA 5P62A 2HS1A 4U8WA 5P0TA 4DQFA 5P7IA 5P2IA 4F74A 3L38A 2FNSA 4XKXA 3FNTA 5HDVA 5P3PA 1YM2A 2Q5KA 2EWYA 2CEJA 3PI5A 5P2SA 1QDMA 1VIJA 5BS4A 5P5SA 3OAGA 5P3OA 1CZIE 1MERA 5OYQA 3INEA 5OZGA 3DM6A 2ER7E 2IENA 4NPTA 2F81A 5P7DA 2HPFA 5OZ0A 4BELA 3VLBA 3RTNA 3TL9A 3OQ7A 4FM8A 5OZYA 4R92A 5P8QA 2NMZA 4OBFA 5P7TA 2PQZA 3PSYA 4QJAA 1LYBA 3OOZA 2AOGA 4I0ZA 2RENA 4RCFA 4ER4E 3F9QA 1T7JA 2JJJA 4L1AA 5P6BA 5E5KA 5P61A 1MRWA 1EC2A 2V00A 3SQFA 1B6JA 5OYUA 2SAMA 1K2CA 2RMPA 3PSGA 4JPEA 3QVIA 2V11C 3S43B 3OQKA 5P17A 4I10A 5JFPA 4OBZA 1G35A 5P5ZA 4CPRA 4OD9B 2IEOA 4LBTA 2WEDA 3EKXA 2QCIA 3LHGA 4R91A 3ZKXA 3TKWA 2FDPA 3EL9A 3S7MA 2G26A 4KB9A 1KJHA 4YA8A 2WHHA 4B77A 5P5UA 5DQCA 5P8UA 5P7UA 4DJWA 5P3KA 2OF0A 4L6BA 3OQDA 1LF4A 1NSOA 5P3HA 1FB7A 1W5YA 3T7QA 2QHZA 5P4RA 4ZSQA 2QI6A 4AMTA 2VA7A 4GJ5A 3TH9A 1HVCA 3KMYA 5AGZA 3QBFA 3UQWA 3R0WA 3CIDA 3TPRA 1PFZA 4LAPA 3LZVA 4Y3YA 7UPJA 3FNSA 5P6HA 3OQAA 2G1RA 1HVLA 3QIHA 5P4TA 3QPJA 4RYGA 4YCYA 2AVOA 3EM4A 2QAKA 3EKYA 4DVFA 5OZVA 3MWSA 3NU4A 5CONA 3SKGA 2VJ9A 5P74A 4UPJA 4Y41A 5P4PA 5P4HA 4J0VA 1D4HA 2P83A 5P6IA 2IKOA 1K1UA 2I4WA 3PWMA 5KOQA 2R3TA 3UDMA 4RRSA 3IVIA 2QI1A 1N49A 1DPJA 5P49A 3Q70A 4AA9A 1HVIA 3OU4B 1LF3A 3IXKA 1MIQA 5P63A 4Y5KA 5OYVA 3GI6A 5OZQA 5P4UA 2ZE1A 5P2NA 2G1NA 4Z22A 5P18A 4Y3XA 3K4VC 3OUDB 4TRZA 2XFJA 3EBZA 5OZZA 5P51A 4DJUA 1WBKA 4IVSA 1W5WA 2ZJHA 5P6ZA 4J0YA 4YD4A 2PH6A 2Q63A 3I7EA 1TW7A 4YD6A 5P2YA 1PSNA 4PZWA 5P5VA 5P2BA 4Y5LA 2CENA 2AOCA 1Z1RA 5SY2A 3NWXA 1EPRE 2WEBA 5P2AA 3LNKA 2I4UA 5P3MA 5P00A 3N4LA 2O4PA 4Y6MA 5CLMA 5P5PA 5P1OA 1HPVA 3VF5A 5P3RA 3AIDA 4CPXA 4F76A 4CPSA 5P3CA 3D91A 3DOXA 5AH9A 5P0KA 3OXWA 3SABA 5OZBA 4Y4ZA 4Q5MA 5P6QA 5P72A 4I8WA 5DQ4A 4ZIPA 1XDHA 5P7MA 4DJRA 2G20A 1UH9A 3PCWA 1MEUA 4ZPFA 4BEKA 5P8LA 5P5BA 5P0IA 3K5CA 4NJTA 5P8MA 2FMBA 4FE6A 5P81A 5ISJA 3ZMGA 1QS8A 3L5DA 1EC0A 3BVBA 5P1JA 1UH8A 2J9JB 3PWWA 4Y39A 2VIEA 6APRE 5B18A 5OZTA 5P78A 4J5JA 5IE1A 1HWRA 4A6CA 5P4EA 1YX9A 3O9CA 3IXJA 5P30A 4Y5BA 3LPKA 5P8AA 2V16C 4U7QA 4YOAA 2R43A 2IRZA 3L5EA 3L5FA 3PLDA 5P19A 2Q15A 3S43A 3NDUA 5P5AA 5P0UA 3UPJA 2B42A 4I0JA 4OD9A 3OHHA 2V0ZC 2OHTA 1QBTA 1M0BA 3K5DA 1AAQA 3QVCA 3VYFA 4XX4A 1JLDA 1YG9A 3D3TA 5OZ1A 1ODWA 2QU3A 5P2GA 1FMXA 2IGYA 5P4IA 5P2EA 2R38A 1HTFA 1KJ7A 5KQYA 3WZ7A 1K6VA 4ACUA 3NXNA 5P1CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAA A;  3U6A A;  4KE0 A;  1EED P;  5AHB A;  1XE6 A;  5EZZ A;  2ZJI A;  4DJV A;  5P0N A;  3SA3 A;  5P7J A;  4NKK A;  3ZPS A;  1HPO A;  1SGU A;  1YTG A;  2NNP A;  5P44 A;  3EM3 A;  1ME6 A;  2I4D A;  2WF1 A;  3TOG A;  3OXC A;  3UQU A;  4B70 A;  2NR6 A;  2FXD A;  3MSJ A;  4GJ6 A;  5P4Z A;  2VS2 A;  4TVG A;  2I1A A;  3CYW A;  4Y3M A;  2I0A A;  2QI0 A;  5IVT A;  3PSU A;  3K5F A;  5P29 A;  1LV1 A;  5HE5 A;  5P0J A;  1MVP A;  3IVH A;  4Y37 A;  3T7X A;  1AJX A;  1PPL E;  3EC0 A;  3OUB A;  3VV6 A;  5P7P A;  1MRX A;  3WZ8 A;  1KJF A;  5P7B A;  5P4O A;  3GI0 A;  4Y3N A;  2G1S A;  1PRO A;  4QJ8 A;  5P6Y A;  5P3I A;  4Y4D A;  1YM4 A;  1SDT A;  5HDX A;  3DV1 A;  4Y4J A;  3EL0 A;  5P5Q A;  5OZN A;  3OXV A;  3N3I A;  3TLH A;  1E81 E;  5P1M A;  4FL8 A;  3URI A;  3EKW A;  2HB4 A;  3OK9 A;  2VNM A;  5P1X A;  5P16 A;  2I4Q A;  4FS4 A;  4Y56 A;  1DP5 A;  3PEP A;  1T7I A;  5OZJ A;  5P4D A;  4Y48 A;  4ER2 E;  2VJ6 A;  3OUC A;  4Y3L A;  1XS7 D;  4X7I A;  1GNN A;  5P6N A;  2BPV A;  4FRJ A;  1TCW A;  5OZ4 A;  4EXH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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