5P8BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 344
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8bA01
3B7VA 5OZ4A 3SA4A 3D91A 3SA7A 2QZXA 5P5FA 2G22A 5P1SA 4Z2ZA 3OTYA 5BWYA 2F81A 2QI1A 3D20A 4QJ9A 1FF0C 2NNKA 5P16A 4BELA 3ZKXA 1SMRA 3FNTA 5P2UA 3FNSA 5P71A 2I1AA 3NLSA 2FIVA 4XXSA 1OEWA 4QJ7A 4B00A 3PWWA 4JPCA 4R92A 3OQ7A 5P1YA 3SKFA 3L38A 3HAUA 5P8OA 2QD8A 1HVRA 3DV5A 5P2GA 5OZDA 3WB4A 5P7FA 5P8BA 3VYFA 5OZGA 2G1NA 3I25A 4DJPA 4J0TA 3O9AA 5P3IA 4F76A 3S7MA 2AZ8A 5P70A 3CMSA 5P53A 2XYFA 2QCIA 3WSJA 4X7IA 5DR0A 5DQ1A 5P0OA 4ACUA 2VA5A 3IN4A 2ZJNA 4LXAA 3PGIA 3BXRA 2FLEA 5OYTA 1D4IA 3SQFA 1M43A 3MSJA 2AVQA 4A6BA 3O9BA 1ZLFA 2R3WA 5P7SA 3BUHA 3KYRA 5P2WA 3RTHA 5HE7A 1JLDA 1FB7A 4J1HA 4YDGA 5AH6A 1HVJA 5P3WA 4DQFA 3OADB 3FNUA 1DAZC 3IXOA 2CEMA 3RTNA 2QMDA 1ODYA 3KDBA 3SPKA 3T7QA 4GJ8A 4Y5AA 1A9MA 2PK6A 5P6PA 1TCXA 5P6GA 3TPJA 1W6HA 1FQ5A 4J1IA 5P86A 1HTEA 3PSUA 2ZJMA 3KFSA 5P2VA 5P7NA 4Y5EA 2AVOA 3L58A 5ER1E 5P04A 2UPJA 1K6TA 2ASIA 1VIKA 5P3YA 5P8FA 5ENMA 1BVGA 3QRSA 4Y3QA 5P5KA 3NSHA 1GVXA 4Y5KA 3CKRA 5P1BA 4OBZA 5HDVA 5OZ1A 5P79A 4I11A 5P5NA 2ZE1A 4EJ8A 1XE5A 5P0QA 1K2CA 1A94A 5P5MA 1FGCC 2Q5KA 3SA6A 5P3OA 5P85A 1BDQA 5P1UA 3AIDA 2JYSA 1C6YA 5OZEA 3URLA 1FFFC 2IL2A 1K1UA 3EKYA 3OOZA 4TRWA 5P0DA 4DI2A 4QJAA 3JVYA 1YTJA 2MIPA 2Z54A 2WKZA 3UF3A 1BWBA 5AH7A 5P32A 5P0AA 1K6PA 1T6EX 4L1AA 4ZSRA 1GNOA 1AXAA 4NJUA 5P69A 2QD7A 2VJ6A 3NU5A 4K4QA 1EPME 4Y51A 5OZLA 4TVHA 4RYGA 2FGVA 3EL0A 3SABA 1FLHA 1ZAPA 3KM4A 5P1IA 3OUBA 5P7TA 4U8WA 3UQUA 1N49A 5DGUA 5P1HA 5P68A 2FMBA 5P6QA 3ZOVA 3K5FA 4LAPA 5P44A 1EBYA 5P6BA 1ZPAA 3OUDB 1LF2A 2A1EA 4Y43A 3D3TA 3TKWA 5P08A 3UDJA 3WZ8A 5P62A 4A6CA 4Y57A 4TRYA 4GB2A 1B6MA 3L5CA 4PZWA 5P75A 4APEA 1B5FB 1FG6C 4R95A 3TPPA 3CICA 5P2TA 2R43A 3PWMA 5P4SA 3LHGA 5E5KA 5P07A 5DR8A 2B8VA 2ER9E 5KR2A 2ZYEA 3PBDA 1PSAA 1SDTA 3INDA 1QRPE 3ST5A 2G24A 2OHUA 1FQ4A 4MC2A 3ZL7A 1HRNA 4S1GA 4NJVA 4DH6A 1NPVA 1QS8A 3L5FA 4HE9A 1YTIA 5P57A 3IGBA 1IDBA 3HD8A 3LINA 4GJCA 3TL9A 2IEOA 4DJOA 3QP0A 1HPVA 3T11A 5P6KA 4ZLSA 3B80A 3PSGA 5P4KA 2B7FA 5UPJA 5P82A 1BWAA 3PMYA 2JE4A 1YTGA 2XYEA 5P2XA 5P1QA 5PEPA 3UQRA 5P2CA 2HIZA 2QU2A 1LYWB 5P66A 5TOLA 2QHYA 5P78A 7UPJA 2PMAA 5P48A 2FS4A 4LXKA 5P4FA 2R3TA 5F01A 4PZXA 5E5JA 3JVWA 1HSIA 1MVPA 5P0VA 1KJFA 5P4WA 5HDZA 1C6XA 3OUCA 3SA9A 1KJGA 5T4SA 4L7GA 5OYRA 3U71A 2V10C 4EXGA 2G69A 5P60A 1BIMA 5P46A 3UDRA 1TSUA 5P59A 5OZKA 2P8HA 5OZ5A 5P1JA 2PSVA 4Y5NA 3TLHA 4B77A 2PSGA 2P3BA 2PWRA 4Y3NA 4FRKA 5P65A 3O99A 4RCFA 3K5CA 2CENA 3UDNA 5P6JA 5P3ZA 1MRXA 6FIVA 3KFRA 4Y3JA 4AZYA 3QBFA 1W51A 1RL8A 5P1KA 3G6ZA 5OYYA 2FNTA 2QI3A 1F34A 5P7RA 3QVCA 5OZSA 5P7EA 3MSLA 5P0RA 5P5BA 4ZSQA 4X2LA 1FMXA 3QROA 3LPKA 5AHBA 4LP9A 2Q64A 3Q3TA 4ZSMA 2J9JA 3EKWA 3SKGA 5P3RA 5P5AA 1TW7A 5P4HA 2FGUA 2VNNA 2V0ZC 4Y3RA 1D4HA 4D89A 3SAAA 5P87A 3QAAA 5KR1A 1PPKE 5P2DA 5P0NA 5C9BA 5P7WA 2ER6E 3EBZA 3BVAA 5P63A 4CPXA 3GGXA 5P2KA 4QJ6A 5ER2E 1Z8CA 2NR6A 2HC0A 1G0VA 2FDPA 1ODXA 1FIVA 2P83A 4RVIA 5P8PA 3INFA 3ZMGA 2WF3A 5P24A 4JOOA 5F00A 2NXLA 5P4CA 5P4PA 3LIVA 1MSMA 2RMPA 3PLDA 4Y3DA 5P3FA 3OWNA 1E82E 5P0PA 4H3IA 2QP8A 3IXKA 1META 2NXDA 1FKNA 3O9DA 1PPLE 1U8GA 4AA8A 5OZRA 4B1DA 4Y4BA 4COEA 5P7OA 3NU3A 4RROA 3O9LA 1M0BA 4CKUA 1NPWA 4H1EA 5P5XA 1ZP8A 1HVSA 3DV1A 3RSXA 2F8GA 3FV3A 4I0IA 5P1LA 5P03A 5P2IA 5P7VA 5OZHA 4YCYA 3HAWA 4Y4XA 5P4JA 4Q1XA 4D85A 5P6RA 2IGYA 5OYUA 4Y3HA 3K1WA 2I0DA 2IKUA 2WJOA 3KT2A 1M4HA 3OK9A 3D1XA 5OYWA 4EYRA 5P3CA 5P8UA 4BFBA 5APRE 4DUSA 3NDTA 5P8SA 4Z4XA 1EC0A 1HPOA 3OAGA 2OHPA 5P7IA 2WEBA 5IVTA 4QGIA 4OD9B 3IN3A 3K4VC 1LEEA 3AUPA 5P0IA 5AH8A 2FDDA 3NR6A 4XX4A 2HB4A 1OEXA 2Q11A 2IS0A 1W50A 4Y3AA 5P7UA 5P3PA 5P5IA 4GJDA 4TRZA 4YCKA 2G94A 2V00A 4U7VA 2QI5A 5OZMA 3UQPA 3EKVA 4DJWA 5P1WA 2V16C 2B7ZA 3RU1A 3SA8A 3LPIA 5P2LA 4YOAA 4B0QA 5P2RA 4Y4JA 3D1ZA 4J1KA 2ANLA 5JODA 3LIZA 5P76A 4HZTA 4I8WA 1HPXA 3GGUA 5SY3A 2BPWA 2QMGA 3Q70A 3FIVA 1EBKC 1LYAA 5P6FA 1DPJA 2I4XA 5P6VA 4Z22A 3TOFA 3HW1A 4J1FA 5P7KA 3DCRA 1AIDA 4Y36A 4K9HA 3K4VA 5P8QA 1YG9A 1HVHA 4ZIPA 5OZ8A 5P2HA 4BFDA 5P11A 4MC6A 2F3KA 3PRSA 5P12A 3UFLA 3OU4A 5P35A 3WZ7A 2NMZA 2WHHA 2XFKA 1DP5A 4OBGA 5SZ9A 1PFZA 3F9QA 5KQFA 3EM6A 3BRAA 1FMUA 1AJVA 3OXWA 2VKMA 3G70A 5P45A 1YX9A 2JJJA 5P6YA 4FM8A 2BPYA 2ER0E 5P43A 4FAEA 1HXWA 1OD1A 3TOHA 1W5YA 1G6LA 4OC6B 3NU4A 1B6JA 4EPJA 2QAKA 1TZSA 2I4UA 1B11A 4I0FA 4J0VA 4CPTA 3HZCA 3EL4A 1IDAA 3PVKA 4EXHA 5P5TA 3OQDA 4DV9A 3UHLA 3URJA 4Y3PA 5P0WA 5P3DA 3L59A 2QZLA 3IA9A 5DQCA 2NXMA 5P5GA 4GMIA 4J5JA 5P5HA 4GJ7A 1AVFA 1HIVA 5OZJA 5P89A 4IVSA 3BXSA 3ZKMA 4DQGA 3EMYA 4Y5BA 4DFGA 3IVHA 5P2NA 3GI5A 5P3HA 5P0JA 4Y3MA 5P30A 5P7DA 1SBGA 3ZPSA 5HE4A 2VIYA 5P2YA 2OHSA 5P7MA 5P19A 4Y50A 2P4JA 2OHNA 3VYDA 5P47A 1HVCA 2O40A 3UDPA 5P0CA 4Y58A 1W6IA 4A4QA 5OZ2A 2I4WA 4OBHA 3CYXA 5P8CA 1ME6A 5J25A 3S43B 2AVVA 3QVIA 4RRNA 4Y4UA 5P8TA 4EJKA 5P55A 5P26A 4Y4AA 2Q15A 2RENA 5OZUA 4DJXA 5IVSA 4I1CA 2A4FA 3MXEA 1IZHA 1EC3A 4DJUA 1EC2A 3S7LA 3R0YA 3CIBA 5P7YA 4Y5CA 5P80A 1YM4A 3OADA 3OXCA 5P5LA 5P6DA 3O9IA 5OZPA 5P5EA 1E5OE 2RKFA 3PI5A 4BEKA 4ZSPA 1LS5A 5P1TA 5P05A 3ZKIA 5P28A 5P6TA 5P5CA 3VSWA 3SA3A 7HVPA 5P8DA 5ISKA 1W5VA 5IVQA 2ZDZA 3OXXA 4ER4E 2QZWA 4YD7A 1SGUA 2CEJA 3INHA 5P5PA 5P2EA 4FIVA 1IVQA 3VF7A 1DIFA 5P0FA 4I0JA 5P0XA 5P39A 3LZYA 2QI7A 1HTFA 4MC9A 5CLMA 5P0HA 3ER5E 2G21A 3S54A 4ZE6A 3KMXA 2V11C 3OY4A 4AMTA 1MEUA 1APTE 3K5GA 5P3AA 2JXRA 2WEAA 3S85A 3S56A 4DJVA 5P25A 3OU1B 5EZZA 2Q63A 6APRE 3L5EA 5DR7A 5FIVA 4GIDA 4RVXA 4FRSA 1K6VA 4Y4TA 2AOIA 5P0KA 2VA7A 2AZCA 3VG1A 3DCKA 5P7GA 3ZLQA 4EP2A 1BXQA 1UPJA 5P72A 3UFNA 2QHZA 3TTPA 3BHEA 4QLHA 2AOFA 5P73A 1HSGA 5P5OA 5DGWA 5I70A 3I2LA 2BPVA 1SP5A 5P4DA 3DJKA 4WY6A 2BJUA 2WF4A 4Y6MA 2VIZA 3PEPA 3UTLA 1EPQE 4R93A 5OZ0A 2PYMA 3N4LA 3VFAA 5SXNA 5KR8A 2HS1A 3MXDA 5P0MA 3S45A 1QBTA 3LZVA 1QDMA 3UQWA 1XN2A 3DK1A 2AZ9A 1FQ7A 4RRSA 3OQFA 5P2QA 5P6NA 5P7ZA 5P5YA 3PHVA 2G27A 5P3LA 4Y48A 1B6LA 2AIDA 4N00A 2WECA 4EP3A 4Z50A 4KE0A 4J1CA 3LNKA 3OUDA 5P31A 3VUCA 4H3GA 2QI0A 1BBSA 2NPHA 3ZKQA 4K4PA 5P3SA 5P4BA 5OZVA 1YT9A 5P6HA 3EL1A 3OU3A 5P0ZA 5P4EA 5P40A 4Y3FA 5OYVA 3PBZA 4ACXA 2VS2A 1AAQA 4HDBA 2HM1A 1KJ7A 1B5FA 4HA5A 4Y4WA 3Q4BA 5P6LA 4Y41A 1GNNA 2G20A 2V12C 5OZ9A 5P8EA 3BGBA 1ZTZA 4Y35A 2HAHA 5P5UA 2QNQA 5C9FA 2HPEA 4RCEA 3IVIA 5P4UA 5B18A 2AZBA 2R5QA 3LIQA 5P7BA 3VV7A 4U7QA 3SA5A 5P0TA 1IIQA 4I0GA 4RZ1A 4TVGA 3GGVA 4B05A 1EBWA 1WKRA 5KQXA 5AH9A 2ZGAA 2RKGA 5OZ3A 3OOTA 2BB9A 3O9HA 5P58A 4CPSA 5P4OA 4H3JA 2WF1A 5P0YA 4K4RA 2Q55A 4NJSA 5OZWA 3HVGA 3UDYA 3LZUA 5P6SA 1HVKA 1J71A 5OZ7A 5IE1A 1FFIC 1UH8A 5P3TA 2EWYA 1HWRA 3BGCA 1ZJ7A 5P1DA 5AHAA 4F73A 3T3CA 1LYWA 2ZJLA 3QPJA 5SY2A 1ODWA 1HIIA 2QU3A 2G1YA 4J0ZA 5P3GA 2XFJA 1KJHA 3BUGA 2FDEA 4Y3WA 4L6BA 6UPJA 4E43A 3UQXA 1FG8C 3O9GA 2ZHSA 4RGHA 3SLZA 5P01A 4YHQA 2F3FA 5OZTA 1IZDA 3I7EA 3L3AA 5DPZA 9HVPA 1G2KA 1NSOA 4GYEA 1XL5A 5OZXA 1BDRA 2VNMA 1MIQA 5P5QA 5P4MA 2AVMA 3UDMA 1XDHA 1K6CA 1FQ6A 1ZBGA 5P5WA 1A8KA 2ZHUA 2QMFA 1HTGA 5P6UA 5P74A 5IVRA 1TQFA 3RVIA 2BBBA 4AUCA 4NPUA 1RQ9A 3O9LB 5P8HA 1BXOA 2AOJA 2I4DA 1BV7A 4J54A 3ECGA 5P6MA 1DMPA 4MC1A 2QK5A 1EEDP 2BQVA 4QJ8A 4DQCA 5HVPA 5EZXA 5P10A 1EPOE 1LYBA 4YD6A 3QIHA 1XS7D 4PEPA 2WEDA 3KT5A 5P09A 5HU1A 3VYEA 1W5XA 4APRE 4Q1NA 3PMUA 5P20A 3NDWA 1PROA 5P8MA 1D4LA 5P2MA 5KAOA 5P8KA 1MERA 2P3DA 3FX5A 1T3RA 5P41A 3NYGA 2R38A 2PQZA 3LITA 4FM7A 3EKXA 1KJ4A 3O9CA 3ZKNA 2Q54A 5P6XA 2P3AA 5OZOA 1HPSA 4FS4A 5P0LA 3S53A 5DR1A 4I0DA 3SFCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B7V A;  5OZ4 A;  3SA4 A;  3D91 A;  3SA7 A;  2QZX A;  5P5F A;  2G22 A;  5P1S A;  4Z2Z A;  3OTY A;  5BWY A;  2F81 A;  2QI1 A;  3D20 A;  4QJ9 A;  1FF0 C;  2NNK A;  5P16 A;  4BEL A;  3ZKX A;  1SMR A;  3FNT A;  5P2U A;  3FNS A;  5P71 A;  2I1A A;  3NLS A;  2FIV A;  4XXS A;  1OEW A;  4QJ7 A;  4B00 A;  3PWW A;  4JPC A;  4R92 A;  3OQ7 A;  5P1Y A;  3SKF A;  3L38 A;  3HAU A;  5P8O A;  2QD8 A;  1HVR A;  3DV5 A;  5P2G A;  5OZD A;  3WB4 A;  5P7F A;  5P8B A;  3VYF A;  5OZG A;  2G1N A;  3I25 A;  4DJP A;  4J0T A;  3O9A A;  5P3I A;  4F76 A;  3S7M A;  2AZ8 A;  5P70 A;  3CMS A;  5P53 A;  2XYF A;  2QCI A;  3WSJ A;  4X7I A;  5DR0 A;  5DQ1 A;  5P0O A;  4ACU A;  2VA5 A;  3IN4 A;  2ZJN A;  4LXA A;  3PGI A;  3BXR A;  2FLE A;  5OYT A;  1D4I A;  3SQF A;  1M43 A;  3MSJ A;  2AVQ A;  4A6B A;  3O9B A;  1ZLF A;  2R3W A;  5P7S A;  3BUH A;  3KYR A;  5P2W A;  3RTH A;  5HE7 A;  1JLD A;  1FB7 A;  4J1H A;  4YDG A;  5AH6 A;  1HVJ A;  5P3W A;  4DQF A;  3OAD B;  3FNU A;  1DAZ C;  3IXO A;  2CEM A;  3RTN A;  2QMD A;  1ODY A;  3KDB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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