1QDMA

Crystal structure of prophytepsin, a zymogen of a barley vacuolar aspartic proteinase.
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
478
structure length
430
Chain Sequence
VRIALKKRPIDRNSRVATGLSEEEGDIVALKNYMNAQYFGEIGVGTPPQKFTVIFDTGSSNLWVPSAKCYFSIACYLHSRYKAGASSTYKKNGKPAAIQYGTGSIAGYFSEDSVTVGDLVVKDQEFIEATKEPGITFLVAKFDGILGLGFKEISVGKAVPVWYKMIEQGLVSDPVFSFWLNRHGGEIIFGGMDPKHYVGEHTYVPVTQKGYWQFDMGDVLVGGKSTGFCAGGCAAIADSGTSLLAGPTAIITEINEKIGAAGVVSQECKTIVSQYGQQILDLLLAETQPKKICSQVGLCADPMCSACEMAVVWMQNQLAQNKTQDLILDYVNQLCNRLPSPMGESAVDCGSLGSMPDIEFTIGGKKFALKPEEYILKVGEGAAAQCISGFTAMDIPPPRGPLWILGDVFMGPYHTVFDYGKLRIGFAKAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of plant aspartic proteinase prophytepsin: inactivation and vacuolar targeting.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROPHYTEPSIN
total genus 73
structure length 430
sequence length 478
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.40: Phytepsin.
pdb deposition date 1999-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
A PF03489 SapB_2 Saposin-like type B, region 2
A PF05184 SapB_1 Saposin-like type B, region 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.225.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle NK-Lysin Saposin-like 1qdmA03
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qdmA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qdmA01
4Y5KA 5HU0A 1T3RA 1MERA 1XN2A 1FMBA 2QI3A 1RPIA 1EPRE 4J0VA 4GB2A 3NWXA 3EL1A 4DPFA 5HVPA 3CICA 2O4KA 2I4XA 2PC0A 3QP0A 7HVPA 3PI0A 1SDUA 3IVIA 1FLHA 2AOJA 2IENA 4Y58A 5P5AA 2ZHVA 3TL9A 3ZL7A 3CYXA 5P50A 5P3SA 1TCXA 2I4DA 2HB3A 5ISKA 3UFNA 2ER6E 4J1HA 4Y53A 3LHGA 3QVCA 2QI5A 1HVCA 3TPJA 5P2LA 2VIEA 2WEAA 5P3TA 4Y4TA 3IAWA 2ZHSA 4LXMA 5P34A 1QS8A 3EKXA 2AOCA 4I1CA 3PBZA 2G69A 3O9GA 3SAAA 3HDKA 1UH8A 4I12A 3SO9A 2FXEA 1LF4A 5P37A 1ZSRA 1D4JA 5P66A 3PSUA 1EC3A 5P6BA 4YBFA 2OHQA 1AZ5A 5P7MA 3AIDA 5P2DA 5P8GA 3DOXA 1JLDA 1XS7D 5KQFA 1PPKE 5P0GA 4PPHA 4Y5LA 3OQKA 2WF2A 5P5UA 4A4QA 4KE1A 3SM2A 3EL0A 4B1EA 1HTFA 5E5KA 5P7IA 2R5PA 5P4BA 4ACXA 1DAZC 2WF4A 2J9JA 3OUCA 3TH9A 1FQ8A 2P4JA 4YD5A 4FGXA 5P2MA 4HEGA 3O9FA 2JJJA 4RVJA 5P2ZA 3L38A 5DQ1A 2B42A 2IKOA 5KQYA 1IBQA 1BXOA 3TOHA 3INEA 5CLMA 1OEXA 3OXWA 2RENA 3EKWA 1Z1HA 4TRWA 5P3EA 3RFIA 3LZVA 3K5DA 4Y47A 5P10A 1FQ7A 3O9HA 1SP5A 4LHHA 1EC2A 4Y5GA 3UPJA 1M12A 2BQVA 2NPHA 4GYEA 2FDPA 4FRJA 3VV6A 4OC6A 5KR1A 5BS4A 3BQPA 3LIVA 2I4WA 4U7VA 3BXSA 4EQ0A 5P14A 5P4YA 5P16A 1B11A 4IVTA 5P3CA 5P6WA 3EKQA 1MT9A 2OHSA 2QMGA 4J1KA 5P8EA 1XN3A 3UDPA 4R92A 4BFDA 1BWAA 5P2CA 4DJWA 2QU3A 4AA8A 1HVJA 3PBDA 5OYSA 2QNPA 3ZPTA 5P0IA 3UQRA 5I3WA 5P0SA 3KFNA 1ZTZA 3DCKA 3DJKA 4D85A 2VIZA 5OZUA 3L3AA 1MSNA 4CMSA 2OHNA 5P7RA 5P04A 5AGZA 4APEA 4DDJA 2V11C 1B6LA 5P2RA 4D89A 3VFBA 3VSWA 4R5NA 4D8CA 5KOSA 5P6IA 4Y4EA 5P5ZA 4E43A 2FGUA 3S53A 5P7LA 1IDBA 3CIDA 4BEKA 2ZJMA 1FFIC 1MRWA 4DJOA 2B8VA 3DUYA 1EBKC 3IVHA 3SA7A 5P26A 5P1OA 2PSVA 2R3TA 5AH9A 3UQPA 5OZ7A 3L5DA 5P4DA 4Y3HA 5P61A 3O9LA 3CYWA 4I8WA 4LBTA 2UPJA 1HHPA 4OD9A 1EC0A 3GI6A 2QK5A 4JPCA 4Y35A 1YTGA 4Y4GA 4KUPA 3K5GA 4JP9A 5P41A 5P70A 4EJLA 5P86A 2WJOA 1GNNA 2O4NA 1OD1A 5P09A 1Z1RA 4J1FA 5P20A 3PWWA 3O9BA 5P4ZA 3VV7A 3FIVA 5P1WA 5P24A 4LXAA 5P8RA 5P6XA 4Y5NA 5P2EA 4N00A 1FKNA 5P65A 5P3MA 2HM1A 4L7HA 3PEPA 5AHCA 2BJUA 2HS1A 5P0BA 5P0XA 5P84A 3SQFA 5P0DA 5P45A 4I0JA 3TKWA 5OZNA 2IDWA 5P0OA 5P33A 5P6PA 4CKUA 1VIKA 3NU9A 5P6UA 2FDEA 2Q64A 2VNMA 5P88A 4YD7A 4B00A 1OEWA 5P15A 2FNSA 5P25A 3LIZA 2AODA 2XYFA 4HVPA 4DJQA 1YM2A 4Y45A 1GVTA 3BUHA 3IN4A 3UF3A 3KMXA 1IDAA 1XL2A 3UDHA 5P1RA 4Y3MA 5HE5A 2Z9AA 3SA5A 1WKRA 1ZSFA 4RGHA 5P3OA 3QS1A 5F01A 4GZFA 2PH6A 2IGXA 1ER8E 5P89A 3OHFA 2QI6A 2OF0A 4GJAA 3CKPA 2O4SA 4PYVA 5OZ6A 4AUCA 2F3EA 4KE0A 3RU1A 5P2GA 5P8VA 3S64A 3NU4A 1ZBGA 3FV3A 2ZDZA 2I4VA 4DQCA 5OYZA 3PI5A 2FDDA 3QI1A 3OQFA 1EBWA 1C6YA 5HD0A 1E81E 4EJKA 2HB2A 4HE9A 3LPIA 5P6TA 3D1ZA 3TNEA 4OBFA 2QZKA 1HIIA 3UDKA 4Y38A 4Y3JA 3D91A 5P6HA 3HAUA 3QRVA 2FLEA 3SABA 3SA9A 1K1UA 3Q6YA 1ODXA 2PWCA 4ZEAA 5OZ2A 5P1XA 5P64A 5P8TA 1APWE 5P0KA 3L5BA 4R95A 5P6AA 3EKPA 4TRYA 1A8KA 1ZPAA 1GVWA 5P3HA 1KJHA 5P1KA 5P7FA 4K4RA 5E5JA 2AOEA 3S56A 3OXCA 4FS4A 5P7KA 2BPXA 2ZE1A 3ZKGA 5P5LA 1HWRA 1YM4A 4NPTA 4AA9A 5P46A 3NU5A 3URIA 5P8OA 5P5BA 5P3FA 3URLA 5DR7A 2AVQA 5P5PA 3NYGA 2QD7A 4HDBA 3LPKA 3MSLA 2P3CA 4ER4E 1HPVA 2HPFA 5OZCA 1HSGA 3RVIA 5P7TA 1LF2A 5P0CA 4Y5BA 2XFIA 3A2OA 5OZBA 1HIHA 5P1FA 4J54A 2ER7E 5P0LA 2Z4OA 5P4VA 3GGUA 4XKXA 5P67A 3DCRA 4Q1NA 1FMXA 2ZJLA 5P7BA 3OU3A 2JS9A 3I7EA 1W6HA 5AH8A 2EWYA 5P8HA 5UPJA 4K4PA 5P1MA 2PSUA 3OK9A 2R43A 2RMPA 5P4TA 3R0YA 2R1QA 4QGIA 5P0PA 5P40A 1FB7A 5PEPA 4QJ9A 3BC4A 4GJBA 1EPME 4Y3EA 4B1DA 4YDFA 5OZJA 1A8GA 2IKUA 4PZXA 1QBSA 3M9FA 3QRSA 5P8FA 1BXQA 5P4CA 3JVWA 4X7IA 1YTJA 2PH8A 1T6EX 3D1XA 5P3ZA 2P3BA 2QAKA 4HA5A 1SGZA 1NPWA 4H3GA 3IXOA 5DR8A 3VYEA 4B78A 3APPA 5P5SA 3NDUA 5P81A 2IGYA 4FCOA 5C9BA 3LIXA 5P5HA 1EEDP 1B6KA 5JFUA 1U8GA 5P69A 1LV1A 1FIVA 4IVSA 3ZKQA 2IL2A 5P2HA 5P6RA 3HVPA 3K5FA 5OZKA 1IZDA 3T7XA 1HVHA 1TZSA 4F74A 5OYXA 5P4HA 3EL4A 3QVIA 5I3VA 1D4KA 4TVHA 2Q11A 2G22A 5P7JA 4Q1WA 3LZYA 3EKVA 3ZPUA 4APRE 5P3DA 4DQGA 5C9DA 2P3AA 4J1IA 2RQYA 5OYTA 3ECGA 5P3QA 4FM6A 3NU6A 5P27A 5P7NA 3CMSA 4I0IA 2HC0A 4Y3TA 5P7AA 2AZ8A 3BHEA 4RVXA 3B80A 4GIDA 2W50A 3PLDA 5P4JA 2FIVA 3WZ6A 5P17A 4OC6B 5IVRA 4Z50A 1W51A 3OTYA 4RCEA 5P80A 1CZIE 1RV7A 3NDXA 4YOBA 3GGXA 3NU3A 4XXSA 5P3WA 2G27A 5P0HA 5I70A 5AHBA 2ZYEA 4B70A 3SPKA 5P76A 2ZHTA 1GVUA 5HE7A 3O9EA 3BXRA 4Y4BA 1EPNE 5P2NA 5P1GA 4FAEA 3S63A 4RRNA 1ZAPA 3OUDB 1BWBA 2PYNA 2AOIA 5P5KA 5P1SA 1AAQA 5P8MA 4JPEA 5P5IA 2BKSA 3L5EA 4OBJA 1ZP8A 3PCZA 4Y39A 5P4LA 5P2FA 4EJDA 4DJYA 4GMIA 3GI5A 2QZXA 4Y3LA 5DR4A 3VFAA 1FQ4A 5P5CA 2BPYA 5J25A 5BRYA 5P29A 5OZ0A 3HBOA 3QPJA 3FKTA 2WKZA 4YCKA 3PSYA 2G1SA 4J0TA 4GJ7A 5P74A 2CEJA 1PPME 2Q3KA 5P73A 5P4WA 4J0YA 5KQZA 1BV7A 4RCDA 4LC7A 5P0RA 1W5WA 4FIVA 3FX5A 1IZIA 2FMBA 4NPUA 2QMFA 3RSVA 4Y3SA 4Y4ZA 1MESA 5P53A 3G6ZA 5P2BA 1GNMA 1J71A 4I10A 4JECA 1NPAA 5P6YA 3QIHA 5P1AA 3RTNA 1EPQE 2A1EA 3LZUA 4HDPA 1T7KA 4QJ8A 5P0NA 4I0DA 4NKKA 1HOSA 1ODWA 2JYSA 1HPSA 3O9LB 1C6XA 4CPXA 1FG8C 4DQFA 4OD9B 3T6IA 2R3WA 4RCFA 5P07A 4I0ZA 3D20A 5P4NA 5P7XA 3UQUA 1HVRA 2V10C 5P1YA 2F81A 1GVVA 5P1QA 5P6FA 4Y6MA 5FIVA 2UY0A 4Y3XA 3UCBA 4DJVA 3EKYA 5ISJA 4Q1XA 4Y3YA 5P2TA 1AJVA 4NJUA 1HEGE 2ZJJA 1PSOE 3BQQA 3G72A 5DQ2A 2ZJHA 5DQ5A 1GKTA 1LEEA 2G26A 5P0AA 1C6ZA 5P6ZA 4GJ5A 5DPZA 5P03A 3NUOA 1LYAA 4ZPEA 5P4FA 5KAOA 5F00A 1NSOA 2P3DA 4Y4JA 5P4KA 5P23A 3O99A 2XYEA 1PSNA 1RNEA 1EBYA 3C9XA 3Q5HA 4Y41A 5I3YA 2QZLA 2OHTA 2I0AA 4FRSA 2QP8A 3LITA 3EBZA 5OZLA 4COEA 1T7JA 3UQXA 1EAGA 5P30A 1D4YA 2AVVA 4B0QA 1AJXA 5ENKA 3S7LA 4I0GA 3TTPA 3QBFA 2HAHA 2VA7A 5P59A 3PGIA 4Y3ZA 5P0MA 5P5YA 3S8IA 1MT7A 4K9HA 4FAFA 3PWMA 2PQZA 3ST5A 2R38A 1BVEA 4Y5MA 1PSAA 1HTRB 4EXGA 5P3JA 3L5FA 4EWOA 1OF9A 4V2OA 1C70A 3D3TA 2NR6A 1XE5A 5P1BA 3PJ6A 5P44A 3PB5A 2VS2A 2VA5A 4OBGA 3NXNA 2P8HA 2O40A 4MC6A 2QD6A 5P7UA 2BBBA 5P5EA 4J0ZA 5P7SA 1TSQA 3PRSA 4Y5EA 5OZ1A 4ZPFA 4Y3DA 4CPTA 3GI0A 2G94A 1CPIA 1LYWA 3Q4BA 4RVIA 3BVAA 2WF1A 3H0BA 1HVKA 1MTBA 3KA2A 2ANLA 4I0EA 3GGAA 5P2AA 3TLHA 2NMYA 1SIVA 5OZEA 5P7ZA 2HS2A 3NXEA 3MSJA 5DR3A 4ZLSA 2OHPA 1VIJA 4U7QA 2NNPA 5OYVA 3GGVA 3HW1A 3H5BA 5P8UA 2V0ZC 1FGCC 1APVE 2HIZA 5APRE 1K6TA 5P52A 4L6BA 2PK5A 1BIMA 3U7SA 2QD8A 5P02A 5P72A 3WSJA 5COPA 5P7OA 1KJGA 1D4IA 1UH9A 5P55A 4Y3NA 4J0PA 5P71A 1K2BA 5OZGA 5HDVA 5P7GA 5IS4A 5OZ8A 3K4VC 1M0BA 3PMYA 1PPLE 2ER9E 3EC0A 3ER5E 4ZPGA 5P75A 5P22A 4XX3A 1B5FA 1QDMA 3KMYA 2F3FA 2JJIA 3IA9A 1IIQA 3QRMA 2NXDA 5P6KA 3T7QA 3L5CA 5HU1A 2Z54A 4J55A 1BAIA 4GJ8A 4EJ8A 1F34A 3HAWA 5P6SA 5AH7A 1M43A 5P7VA 5OZZA 4F76A 1WBKA 4U8WA 4EP3A 1N49A 3OQAA 3PLLA 1SIPA 5EZZA 2I4QA 2WEBA 5P47A 2WL0A 5P3XA 5P0TA 2O4PA 1SH9A 4FE6A 2PK6A 1MPPA 4WY6A 4ZIPA 3HLOA 1SMEA 2QI1A 3LNKA 5P0EA 5P3NA 3R0WA 5OZHA 4ER2E 3GW5A 4MC9A 2P83A 4K8SA 5P3PA 4PZWA 3IXKA 5P5OA 5P2XA 2P3BB 1DW6C 3BGBA 4TVGA 1NH0A 3U71A 4DH6A 1HBVA 2V12C 5P85A 3OAGA 5AHAA 5P58A 5P4PA 5TOLA 1HSHA 3URJA 4WY1A 5P57A 5JFPA 3KT5A 4BELA 3O9DA 4Y3RA 5P2OA 4ER1E 1HEFE 5P8NA 4Q1YA 4J1CA 4EHCA 2DOBA 3VYDA 1TQFA 3U6AA 4HDFA 4OBZA 1HIVA 3UTLA 3SA8A 5P5MA 2NMZA 5P4QA 4FL8A 2G1NA 5P60A 1SGUA 1FFFC 2RKFA 5OZOA 3SKFA 4DQBA 2F80A 3PSGA 4RRSA 3BGCA 4Y5CA 5P1UA 5P2JA 3L59A 5P77A 2PYMA 3Q3TA 2H6SA 2HB4A 5P1CA 2ER0E 2QMDA 3FNSA 1B6MA 4I0HA 5P5XA 2J9KA 3ZKMA 3S2OA 3SFCA 3BVBA 4EPJA 5COKA 1MT8A 4S1GA 5P00A 4A6CA 1QBRA 3ZPSA 4Y3PA 5P1IA 5DQ4A 1MTRA 5BWYA 3KFSA 1K6VA 2Q5KA 1YTIA 3UHLA 5JG1A 4CPQA 3TPPA 5IVQA 3INFA 4DJRA 5OZ3A 4OBHA 3K5CA 3PMUA 3VV8A 4M8XA 1MRXA 1D4SA 4Y51A 5P8JA 4EQJA 4QJ7A 1EBZA 8HVPA 4YD4A 1IZEA 3CKTA 4Q5MA 5B18A 3OADA 5P6NA 2V13A 3F9QA 5HDUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5K A;  5HU0 A;  1T3R A;  1MER A;  1XN2 A;  1FMB A;  2QI3 A;  1RPI A;  1EPR E;  4J0V A;  4GB2 A;  3NWX A;  3EL1 A;  4DPF A;  5HVP A;  3CIC A;  2O4K A;  2I4X A;  2PC0 A;  3QP0 A;  7HVP A;  3PI0 A;  1SDU A;  3IVI A;  1FLH A;  2AOJ A;  2IEN A;  4Y58 A;  5P5A A;  2ZHV A;  3TL9 A;  3ZL7 A;  3CYX A;  5P50 A;  5P3S A;  1TCX A;  2I4D A;  2HB3 A;  5ISK A;  3UFN A;  2ER6 E;  4J1H A;  4Y53 A;  3LHG A;  3QVC A;  2QI5 A;  1HVC A;  3TPJ A;  5P2L A;  2VIE A;  2WEA A;  5P3T A;  4Y4T A;  3IAW A;  2ZHS A;  4LXM A;  5P34 A;  1QS8 A;  3EKX A;  2AOC A;  4I1C A;  3PBZ A;  2G69 A;  3O9G A;  3SAA A;  3HDK A;  1UH8 A;  4I12 A;  3SO9 A;  2FXE A;  1LF4 A;  5P37 A;  1ZSR A;  1D4J A;  5P66 A;  3PSU A;  1EC3 A;  5P6B A;  4YBF A;  2OHQ A;  1AZ5 A;  5P7M A;  3AID A;  5P2D A;  5P8G A;  3DOX A;  1JLD A;  1XS7 D;  5KQF A;  1PPK E;  5P0G A;  4PPH A;  4Y5L A;  3OQK A;  2WF2 A;  5P5U A;  4A4Q A;  4KE1 A;  3SM2 A;  3EL0 A;  4B1E A;  1HTF A;  5E5K A;  5P7I A;  2R5P A;  5P4B A;  4ACX A;  1DAZ C;  2WF4 A;  2J9J A;  3OUC A;  3TH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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