1QDMA

Crystal structure of prophytepsin, a zymogen of a barley vacuolar aspartic proteinase.
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
478
structure length
430
Chain Sequence
VRIALKKRPIDRNSRVATGLSEEEGDIVALKNYMNAQYFGEIGVGTPPQKFTVIFDTGSSNLWVPSAKCYFSIACYLHSRYKAGASSTYKKNGKPAAIQYGTGSIAGYFSEDSVTVGDLVVKDQEFIEATKEPGITFLVAKFDGILGLGFKEISVGKAVPVWYKMIEQGLVSDPVFSFWLNRHGGEIIFGGMDPKHYVGEHTYVPVTQKGYWQFDMGDVLVGGKSTGFCAGGCAAIADSGTSLLAGPTAIITEINEKIGAAGVVSQECKTIVSQYGQQILDLLLAETQPKKICSQVGLCADPMCSACEMAVVWMQNQLAQNKTQDLILDYVNQLCNRLPSPMGESAVDCGSLGSMPDIEFTIGGKKFALKPEEYILKVGEGAAAQCISGFTAMDIPPPRGPLWILGDVFMGPYHTVFDYGKLRIGFAKAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of plant aspartic proteinase prophytepsin: inactivation and vacuolar targeting.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROPHYTEPSIN
total genus 73
structure length 430
sequence length 478
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.40: Phytepsin.
pdb deposition date 1999-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
A PF03489 SapB_2 Saposin-like type B, region 2
A PF05184 SapB_1 Saposin-like type B, region 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.225.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle NK-Lysin Saposin-like 1qdmA03
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qdmA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qdmA01
5F00A 4ACXA 4Y36A 2GTGA 3R0YA 5P7YA 1TCXA 3SPKA 3SM2A 5HCOA 3EL4A 2G69A 5P06A 1BDRA 2O4PA 2G22A 4PEPA 3URJA 4Y3ZA 5P2WA 4OBGA 5P7JA 3HD8A 4K9HA 2XFIA 5P5JA 2R0RA 5P6GA 4FAFA 5P2GA 3BUHA 4DVFA 2G21A 1UH9A 5P1SA 3UCBA 1SH9A 3L3AA 4FL8A 4TRZA 5FIVA 2W50A 4QGIA 1AJVA 4I8ZA 3SA9A 4RCEA 4LHHA 3KMYA 2PK5A 4HA5A 1D4JA 5P51A 2IL2A 4DDJA 2A4FA 3VF5A 2I4XA 1MRXA 1LYBA 4DI2A 1B6JA 4Y3TA 3GGUA 3VV7A 1EBZA 1AXAA 1EPOE 2NR6A 3KFRA 5P5XA 2RQYA 3U7SA 2OHLA 5P5AA 1NPWA 2NMZA 4GYEA 4Y4AA 2FS4A 3KFSA 4J1IA 4EJDA 4Z4XA 5OZ8A 4LXMA 5P2RA 4YOBA 4CKUA 1Z1RA 5P0AA 3OUDA 3SA4A 1FQ5A 2QZLA 1IIQA 5OZEA 3K4VA 5OZ7A 5P0QA 3NU6A 4MC9A 4GJ8A 1GVUA 3IN4A 5P5DA 3O9CA 1G35A 1NPVA 4N00A 5CLMA 5P48A 6APRE 2I4VA 3K5GA 1YTJA 4ZEAA 3PI5A 5P0BA 4QLHA 3GI6A 5P55A 3T7PA 5P1AA 3SM1A 1HHPA 2WEAA 4KE0A 5IVQA 2PYMA 2V11C 2VIJA 5KOSA 3BGBA 4B05A 5OZTA 1MERA 3K5FA 2HPFA 4Y5AA 2XFKA 5P6KA 4F74A 5P2AA 4J1CA 4ACUA 5P2BA 2AZ9A 2IQGA 1HPSA 1GNMA 2G24A 2QNQA 5P26A 3R2FA 1G6LA 2QP8A 1BXQA 3FNTA 2HS2A 1HEGE 2Z4OA 4HDPA 4Y44A 5P1XA 3C9XA 5P16A 3UQPA 2JE4A 4R93A 2G1NA 1HVJA 5P4BA 2RKGA 4J1FA 5P75A 3S56A 1BV7A 2BPWA 5P6WA 1K1TA 3O99A 5P7DA 3CIDA 5P2IA 5TOLA 5P7ZA 4CPUA 3UHLA 4EYRA 3LZUA 1LYBB 3WB5A 3IVIA 5P81A 3NU5A 3PM4A 2IEOA 2B7ZA 4HEGA 2AOGA 5P84A 4U7QA 1WBKA 4FRIA 5P2ZA 3OU3A 1T7KA 3K1WA 5HDVA 5P45A 5P8LA 4FRKA 5P4RA 5OZBA 5P1VA 1A9MA 5IE1A 4Y57A 1Z1HA 3OU4A 5P5MA 3WB4A 5P6PA 1WBMA 4Y4ZA 1DW6C 1W5XA 4RRNA 1HVSA 5P46A 4OBHA 5P3UA 1NKLA 5OZ5A 5P64A 5AH9A 4D8CA 4ZPFA 5OZSA 4R95A 3NWQA 4RVXA 4Y54A 5DR3A 3EKVA 1IZEA 5P69A 4I10A 4OC6B 2AQUA 5P1ZA 1OHRA 3Q4BA 4Y3DA 2BPXA 3ZLQA 4EQ0A 4RGHA 5JODA 5P8JA 2WJOA 2WEBA 1E80E 5OZUA 2NXMA 2ZJNA 4GIDA 2ER6E 3O9GA 1META 1YTGA 1FB7A 3OU1B 3UFNA 5P2KA 5P24A 3ZOVA 2FGUA 3DUYA 3BUGA 3PSUA 5OZLA 2QMDA 5P1RA 5PEPA 4I0HA 3SKFA 2G1OA 5P73A 2AIDA 4YD3A 5AH8A 2O4NA 2H6TA 4Y4TA 3SA3A 5P8DA 2OHUA 3K5DA 4OD9A 5P5HA 5P4KA 4J1HA 1BILA 1D4YA 4L7HA 5KR8A 5P88A 2F81A 2BBBA 2Q11A 2J9KA 5KAOA 5P3MA 2AOFA 4ZE6A 5P8QA 5P7SA 3ZKNA 2QZKA 1LYAA 1CPIA 4J54A 2IKUA 3DM6A 4Q5MA 4D89A 1YTHA 5AH7A 3T11A 5P6YA 1K6TA 4I11A 3UDKA 3VSWA 2AZBA 2NNKA 5P1WA 3D20A 3CKTA 2IGXA 4ZSRA 3QROA 4I12A 3VF3A 4NJSA 1XN2A 2CENA 3BVBA 2R38A 4YD7A 2VJ6A 4JPEA 4LAPA 3NSHA 2PSGA 2ZDZA 3SFCA 3G70A 2OHNA 1MUIA 5P0MA 5AH6A 5P0RA 4OBZA 5P1GA 5JFPA 2BJUA 1FLHA 1UPJA 1N49A 4I0JA 3QRSA 2B7FA 1ODXA 4I0IA 1YM4A 2Q3KA 2BPVA 2FNSA 5P7UA 3PEPA 3S53A 5F01A 2VIYA 5P0ZA 7HVPA 5P82A 4KE1A 1JLDA 4TRYA 2G27A 2P83A 4M8XA 5OZAA 3OXCA 5P1LA 4OBKA 2PH6A 1QBRA 3R4BA 5EZXA 2QAKA 1ZPKA 1OF9A 1MPPA 4JPCA 5P1TA 4YA8A 5C9FA 1G0VA 5P0KA 5P52A 2IS0A 5P4HA 3F9QA 2O40A 1LF4A 4DJXA 1YG9A 1ZSRA 4DJPA 1HEFE 5P6TA 5P83A 3HVGA 3NWXA 3NUOA 4D85A 1ZAPA 1PSAA 1KJ4A 4GB2A 4Y3LA 2VIEA 3S64A 3ZPSA 4B00A 1ZBGA 5BRYA 1MIQA 3OHHA 5P28A 5C9BA 5P7CA 4Y3RA 4Y5EA 1NSOA 5P18A 3L5CA 5P04A 5P36A 3BGCA 5P3HA 2UXZA 4LP9A 3GW5A 5P7OA 3DCRA 5P1FA 5P3BA 1U8GA 3JW2A 2CEMA 1RNEA 3KYRA 5P7PA 4B1DA 2NMYA 2IGYA 1ZLFA 5DGUA 5P0UA 2FXDA 4Y5NA 3TLHA 3QIHA 4HZTA 2O4SA 2O4LA 3B80A 5P5IA 5P07A 3VF7A 5P8OA 1W6HA 1CMSA 4EP2A 4MC2A 5P0TA 2HAHA 5P5PA 4TRWA 1EC3A 1AZ5A 4DQHA 1IVPA 5DR7A 2Q63A 3BVAA 5HDZA 2FDDA 5P80A 5P3OA 5EZZA 1FF0C 4BFDA 5P01A 5P05A 5OZ9A 3I8WA 3D3TA 4H3GA 3UTLA 4EXGA 2RB3A 4FS4A 1J71A 3OQ7A 2P3AA 3KDDA 3D91A 1ME6A 2WEDA 4NPUA 5P3DA 5P7NA 2QI1A 4Y4BA 3O9IA 5P8KA 1EBWA 4CPSA 5OZJA 5IS4A 3FSMA 3OGPA 1A8KA 5P4IA 5P3TA 1W50A 4GMIA 1ODYA 2AVVA 5P6IA 2QHYA 3L5EA 4Y5KA 2WF0A 4Y4DA 1W5WA 3QRMA 3PLDA 5DQCA 4ZSPA 3BUFA 4QJ8A 1FG8C 2AODA 1XS7D 2ZE1A 4H3FA 5P1KA 1SGZA 5P4WA 2I4WA 2NPHA 3MWSA 5P37A 1FGCC 5OZHA 2AOCA 4JP9A 3NDWA 4Y48A 5P1IA 3HAWA 3N4LA 5P4ZA 4Z50A 5P03A 3PCZA 1FQ4A 4HLAA 5DR1A 3OADB 4XX4A 3PSYA 2OHQA 1TSQA 2G20A 3EMYA 5P3WA 2ZHSA 1HSHA 1DMPA 3RU1A 3L5DA 3K4VC 5OYVA 5J25A 5KQYA 5P74A 2HIZA 3KT2A 4EWOA 2NTRA 1FQ8A 4Q1WA 1A8GA 4S1GA 5P4AA 3BC4A 4EQJA 4BEKA 2WF3A 4L1AB 2FMBA 5P6ZA 3OQDA 5P6HA 3L38A 3FKTA 3BHEA 1MT9A 3T3CA 1EPLE 2CEJA 3PWMA 1PSOE 2PMAA 1IZDA 5T4SA 3VV6A 4NKKA 3LZVA 5P8UA 2VKMA 3IGBA 1GNNA 1QS8A 3LIZA 4X2LA 3IVHA 1HXBA 1AVFA 4RCDA 1GVTA 1AIDA 3LPKA 3CIBA 2B42A 1BDLA 1QBTA 3QVCA 4FM7A 5I70A 5P0XA 4DFGA 2OHPA 2PYNA 5P22A 4Q1NA 2QD8A 1DP5A 5P2LA 2QI6A 2BPZA 5P2CA 4Z2ZA 3R1GB 1IDBA 4LXAA 5P2MA 5P2FA 6UPJA 4ZPGA 5ER2E 4RZ1A 5P4CA 3SA7A 4COEA 4YCKA 1BV9A 5OYQA 2BPYA 5OZIA 3TPPA 1EBKC 5P5ZA 2VA5A 2ZYEA 5E5JA 2QD7A 2G1YA 5P2YA 1QRPE 3OTYA 1APVE 5OZ3A 5HD0A 4GJAA 4Y4UA 3EM3A 2FGVA 3OWNA 3KA2A 3PBZA 1NH0A 5OZ4A 5P3KA 5OZRA 3T7XA 5P6RA 2AVMA 5P35A 8HVPA 4Y5PA 5DR0A 3TL9A 3PB5A 5P8FA 5OYZA 4Y39A 3TPRA 3ER5E 3UQWA 3SO9A 4XKXA 4U7VA 1W5YA 3L5FA 3L58A 5AGZA 5P1DA 5P14A 5KOQA 1MESA 3M9FA 5P34A 5OZDA 3UDHA 4J5JA 4MC1A 4K4PA 4J0ZA 5P70A 4NJVA 5P77A 4UPJA 3EKYA 2ER7E 4OC6A 3TOHA 1T7JA 1LYWB 5P40A 5OZGA 4Y38A 5P2EA 5P2VA 3URLA 5P4QA 4EPJA 3RTHA 2F3KA 3VSXA 2R9BA 2FNTA 5OYTA 3DV5A 1SDUA 3OU1A 1XDHA 3RTNA 1PROA 1E82E 4KUPA 4FM6A 3S54A 3LINA 5P60A 3VUCA 3RVIA 3PCWA 4YE3A 5P6EA 4L7GA 5P20A 5ISKA 2Z9AA 2B8LA 1APWE 3O9BA 5P6CA 1D4KA 4FSLA 3OXVA 5P8HA 1XE5A 2ZGAA 1F7AA 5OZQA 4Y3XA 2AOHA 2IKOA 4DUSA 5P7VA 3RFIA 1TSUA 3HW1A 5P3GA 1E81E 4A6BA 2XYFA 4ZSMA 5P59A 4EJKA 3OUCA 2AVSA 5P29A 3TNEA 5OZMA 1W5VA 4I0FA 5P3ZA 2APRA 4Y53A 1BAIA 2ZJKA 3I2LA 4RVJA 2PC0A 2VIZA 5P7WA 4I0EA 4Y3GA 5P7HA 2KVDA 4MC6A 4RVIA 4ER4E 5P8NA 1HSGA 4Y3QA 5P58A 1HVKA 1HPXA 5DR4A 5P56A 3BXSA 3UDNA 1FMBA 5P1UA 5P4DA 5P4VA 2JYSA 3S85A 3VG1A 1ODWA 1BVGA 3G6ZA 4Y41A 5P5OA 3U6AA 2V0ZC 1FMUA 2PSUA 5OZPA 1XL5A 4F76A 1F34A 4DQCA 5HE5A 5P43A 2F3FA 2B60A 2QHCA 4APRE 3Q6YA 2G1RA 4Y3FA 4Z22A 5P6QA 3DCKA 2R3TA 4JECA 5OZ1A 5P0DA 3KT5A 5P3XA 3OUAA 2RSPA 2QHZA 2AOIA 3O9LB 4XX3A 5AHAA 1APTE 3MSLA 4DJQA 3NYGA 4J0VA 1KJFA 4PHVA 5P87A 1ER8E 5P2DA 5HE7A 2PWCA 5P8IA 1K2CA 4RYCA 2RKFA 3FIVA 5P7KA 4Y3JA 2NNPA 2ZJHA 2B8VA 2ER0E 2BB9A 5HU0A 2Q54A 1HIIA 1T6EX 3LPIA 1EPRE 4GJ7A 4GJ6A 1SDVA 4J0TA 3A2OA 4RCFA 2OAHA 5P0WA 1KJHA 3MSJA 4B1CA 5P4LA 2QI3A 4Y3AA 2J9JB 1C6YA 5P1YA 2ZJIA 1LZQA 3LHGA 3QBFA 5P0GA 3IN3A 3I25A 1M43A 4YD5A 5P57A 4Y3YA 1RQ9A 3JVWA 4Y3MA 1ZPAA 5P3IA 4J0YA 4TVGA 5P7FA 7UPJA 5P50A 5DGWA 3T6IA 5ER1E 4V2OA 5ISJA 5P3YA 3UQXA 5P3RA 4FRJA 5IVTA 1XL2A 2ANLA 4CP7A 1T6GA 2QI7A 3SABA 2P3BA 2MIPA 2P4JA 1HWRA 3INHA 2F8GA 5P8PA 4U8WA 3SAAA 1AJXA 4Y9WA 5P49A 2JJJA 3UQUA 1ZTZA 3NXEA 2QI0A 1BIMA 5P1NA 3SQFA 3KF0A 3BQQA 4APEA 3O9DA 4GJ5A 2HPEA 4Y4GA 5P3AA 5P66A 5DPZA 2OHRA 2P3DA 3PJ6A 1TZSA 4PZWA 2QZXA 3TOFA 3OOZA 1HVIA 5E5KA 4GJCA 3PMUA 4QJ7A 2HC0A 3JVYA 2AZ8A 3D1XA 5SXNA 2LPNA 1YX9A 4PZXA 4BFBA 4NJTA 3OTSA 3I6OA 4EJ8A 4DQBA 3TOGA 2WF1A 4H3JA 3Q3TA 4CPTA 3GI4A 4Y56A 3OADA 3BXRA 3I7EA 4DJUA 3EC0A 5P4YA 1EEDP 4J1KA 2ASIA 4D83A 4QJ9A 3EKTA 4CPXA 2AVQA 3VV8A 3LPJA 4F75A 4DJRA 4B70A 5JFUA 5P5YA 4DQEA 5HDUA 5P0FA 2HB2A 3UDRA 4L1AA 1D4SA 1D4IA 1HPVA 2VA7A 4Y5GA 3VLBA 4J1EA 3VYDA 3INEA 2WKZA 3CYXA 5P4EA 1C6XA 1DAZC 5SZ9A 1EAGA 2OF0A 4TVHA 5P7MA 2IRZA 4DJVA 3QN8A 5P42A 5P09A 5P02A 5P6MA 3TKWA 3VYFA 3ZPTA 2P3BB 2BQVA 4LXKA 2WHHA 5OYRA 5P1BA 2QMFA 5P53A 5I3YA 5HE4A 3ZKGA 5P41A 5P7IA 3EM6A 3ZKXA 5P68A 3ZL7A 3EL5A 5P62A 5P00A 2QNPA 3L59A 3NXNA 5P8SA 4OBDA 5P0YA 1OEXA 3URIA 5P3SA 5P5VA 3S8IA 5COPA 2I4QA 4YCTA 5P7RA 4WTUA 5OZYA 3NLSA 1LS5A 5JG1A 2ER9E 5P7EA 2AVOA 1E5OE 3SLZA 3ZPUA 5P4PA 3QRVA 5P5NA 3QS1A 3Q70A 5P3VA 1IZHA 3HAUA 3O9FA 4YDFA 5P7XA 2HS1A 5BS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F00 A;  4ACX A;  4Y36 A;  2GTG A;  3R0Y A;  5P7Y A;  1TCX A;  3SPK A;  3SM2 A;  5HCO A;  3EL4 A;  2G69 A;  5P06 A;  1BDR A;  2O4P A;  2G22 A;  4PEP A;  3URJ A;  4Y3Z A;  5P2W A;  4OBG A;  5P7J A;  3HD8 A;  4K9H A;  2XFI A;  5P5J A;  2R0R A;  5P6G A;  4FAF A;  5P2G A;  3BUH A;  4DVF A;  2G21 A;  1UH9 A;  5P1S A;  3UCB A;  1SH9 A;  3L3A A;  4FL8 A;  4TRZ A;  5FIV A;  2W50 A;  4QGI A;  1AJV A;  4I8Z A;  3SA9 A;  4RCE A;  4LHH A;  3KMY A;  2PK5 A;  4HA5 A;  1D4J A;  5P51 A;  2IL2 A;  4DDJ A;  2A4F A;  3VF5 A;  2I4X A;  1MRX A;  1LYB A;  4DI2 A;  1B6J A;  4Y3T A;  3GGU A;  3VV7 A;  1EBZ A;  1AXA A;  1EPO E;  2NR6 A;  3KFR A;  5P5X A;  2RQY A;  3U7S A;  2OHL A;  5P5A A;  1NPW A;  2NMZ A;  4GYE A;  4Y4A A;  2FS4 A;  3KFS A;  4J1I A;  4EJD A;  4Z4X A;  5OZ8 A;  4LXM A;  5P2R A;  4YOB A;  4CKU A;  1Z1R A;  5P0A A;  3OUD A;  3SA4 A;  1FQ5 A;  2QZL A;  1IIQ A;  5OZE A;  3K4V A;  5OZ7 A;  5P0Q A;  3NU6 A;  4MC9 A;  4GJ8 A;  1GVU A;  3IN4 A;  5P5D A;  3O9C A;  1G35 A;  1NPV A;  4N00 A;  5CLM A;  5P48 A;  6APR E;  2I4V A;  3K5G A;  1YTJ A;  4ZEA A;  3PI5 A;  5P0B A;  4QLH A;  3GI6 A;  5P55 A;  3T7P A;  5P1A A;  3SM1 A;  1HHP A;  2WEA A;  4KE0 A;  5IVQ A;  2PYM A;  2V11 C;  2VIJ A;  5KOS A;  3BGB A;  4B05 A;  5OZT A;  1MER A;  3K5F A;  2HPF A;  4Y5A A;  2XFK A;  5P6K A;  4F74 A;  5P2A A;  4J1C A;  4ACU A;  5P2B A;  2AZ9 A;  2IQG A;  1HPS A;  1GNM A;  2G24 A;  2QNQ A;  5P26 A;  3R2F A;  1G6L A;  2QP8 A;  1BXQ A;  3FNT A;  2HS2 A;  1HEG E;  2Z4O A;  4HDP A;  4Y44 A;  5P1X A;  3C9X A;  5P16 A;  3UQP A;  2JE4 A;  4R93 A;  2G1N A;  1HVJ A;  5P4B A;  2RKG A;  4J1F A;  5P75 A;  3S56 A;  1BV7 A;  2BPW A;  5P6W A;  1K1T A;  3O99 A;  5P7D A;  3CID A;  5P2I A;  5TOL A;  5P7Z A;  4CPU A;  3UHL A;  4EYR A;  3LZU A;  1LYB B;  3WB5 A;  3IVI A;  5P81 A;  3NU5 A;  3PM4 A;  2IEO A;  2B7Z A;  4HEG A;  2AOG A;  5P84 A;  4U7Q A;  1WBK A;  4FRI A;  5P2Z A;  3OU3 A;  1T7K A;  3K1W A;  5HDV A;  5P45 A;  5P8L A;  4FRK A;  5P4R A;  5OZB A;  5P1V A;  1A9M A;  5IE1 A;  4Y57 A;  1Z1H A;  3OU4 A;  5P5M A;  3WB4 A;  5P6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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