1QDMA

Crystal structure of prophytepsin, a zymogen of a barley vacuolar aspartic proteinase.
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
478
structure length
430
Chain Sequence
VRIALKKRPIDRNSRVATGLSEEEGDIVALKNYMNAQYFGEIGVGTPPQKFTVIFDTGSSNLWVPSAKCYFSIACYLHSRYKAGASSTYKKNGKPAAIQYGTGSIAGYFSEDSVTVGDLVVKDQEFIEATKEPGITFLVAKFDGILGLGFKEISVGKAVPVWYKMIEQGLVSDPVFSFWLNRHGGEIIFGGMDPKHYVGEHTYVPVTQKGYWQFDMGDVLVGGKSTGFCAGGCAAIADSGTSLLAGPTAIITEINEKIGAAGVVSQECKTIVSQYGQQILDLLLAETQPKKICSQVGLCADPMCSACEMAVVWMQNQLAQNKTQDLILDYVNQLCNRLPSPMGESAVDCGSLGSMPDIEFTIGGKKFALKPEEYILKVGEGAAAQCISGFTAMDIPPPRGPLWILGDVFMGPYHTVFDYGKLRIGFAKAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of plant aspartic proteinase prophytepsin: inactivation and vacuolar targeting.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROPHYTEPSIN
molecule tags Hydrolase
total genus 73
structure length 430
sequence length 478
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.40: Phytepsin.
pdb deposition date 1999-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
A PF03489 SapB_2 Saposin-like type B, region 2
A PF05184 SapB_1 Saposin-like type B, region 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.225.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle NK-Lysin Saposin-like 1qdmA03
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qdmA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qdmA01
3EL4A 2XFKA 4S1GA 4TVHA 4J0PA 2ZGAA 2QI3A 5OZ6A 2O4SA 2QZKA 3NSHA 3SKGA 2WHHA 4JP9A 4Y3RA 1HIIA 3VF5A 5P4IA 1QBRA 3S8IA 4KUPA 5P8AA 4GJAA 3BXRA 3OUAA 2ASIA 3QBFA 1ZPAA 2R0RA 4COEA 2R8NA 5BS4A 5KOQA 3HVGA 2IQGA 4J5JA 5DR3A 1UH8A 3WB5A 5P16A 5OZRA 2QMFA 5P8BA 5OZCA 1ZBGA 4XXSA 4Y3JA 7UPJA 5PEPA 5P7FA 2BQVA 5P5YA 2BKTA 5P24A 5F00A 3INEA 3MSKA 5P6VA 5ENKA 4OC6A 4A6CA 5JFPA 2ZJMA 2OHLA 2ZDZA 3PI5A 3HAWA 7HVPA 3S63A 3VSWA 1W50A 1FQ6A 5P42A 5P76A 1WBMA 3CYWA 2QI4A 5P3ZA 1HEFE 2NXMA 6UPJA 4Y3HA 1T3RA 5P50A 3DOXA 3FNUA 3L5CA 3TH9A 4ER1E 3SM1A 3PSYA 5KQXA 4CPRA 5KR0A 4QJAA 4WY6A 2FGVA 4Y54A 4YBFA 4B1EA 3ZOVA 4MC6A 1AXAA 3ZPSA 2B8VA 3LPIA 1OD1A 1GNMA 4J1HA 5P6TA 1MSMA 1RV7A 5P5CA 5P8CA 5P2HA 5P1CA 4Y43A 3NUOA 5P1HA 1MTRA 5P6LA 2PC0A 1TQFA 2QI7A 3R2FA 3UFNA 5P4YA 3CIDA 5IVQA 4UEXA 4FRIA 1MRWA 1EPNE 4B72A 4CP7A 4B77A 2H6SA 1CZIE 4R93A 4B70A 1APWE 3S43B 1G0VA 5P8GA 3EKYA 5P5IA 3UQRA 5P22A 2R43A 3LIQA 4GJ5A 1SGZA 4Y5GA 1B6LA 4OC6B 2IEOA 3KT5A 4CPSA 5P69A 2FGUA 3SM2A 2ZHRA 2AOCA 3IXJA 5P8TA 3LINA 1D4YA 5P14A 2QZWA 3OXXA 1T6GA 3CMSA 5P03A 1PPME 3SABA 5P0XA 4CPUA 4Y3NA 5DQ2A 3GGXA 4ZSMA 3FNSA 3K5GA 1D4LA 3O9IA 5P0NA 5P78A 1BDQA 2AOEA 4RYCA 5P40A 5C9BA 5OYZA 1QDMA 5P6FA 3VF7A 3UQXA 3IVIA 3PLLA 3HZCA 1EC3A 1K6CA 2BKSA 5P4GA 1IDAA 4HEGA 5P4CA 4F73A 4Y5MA 1AJVA 1Z1HA 1BWBA 3UDJA 4Q1WA 3Q6YA 5P7AA 4Y5BA 5P02A 2OHNA 3OOTA 4Y4XA 3PJ6A 1T7JA 4EXGA 1K2BA 5IS4A 4CKUA 3IN3A 4ER2E 4EP2A 3HDKA 3VCMA 5KQZA 2G1RA 3URLA 4D88A 2AOJA 4AUCA 2JSAA 3OQ7A 2FDEA 4Y58A 2ZHSA 4GJ7A 2QCIA 3QRSA 5P83A 4Y5AA 1HPSA 3VSXA 1HPOA 3R0WA 4ZIPA 1GVXA 1A8GA 5P7SA 4Y4ZA 1FG8C 4RVIA 5HU1A 2NXLA 4GJ6A 5OZ5A 1MIQA 5P8KA 3L5BA 5P4VA 1E82E 5P1MA 4K4PA 5P6GA 1HVRA 5I3WA 5OZNA 2PH6A 4EXHA 1J71A 3RVIA 2P4JA 5P7HA 3N3IA 5P5LA 2IKUA 5P0DA 1GVVA 4Y3QA 4J0ZA 5OZFA 1BVEA 3S45A 1FQ7A 1B11A 2MIPA 4NKKA 5P8HA 5P0HA 4J17A 5P2GA 1BIMA 1PFZA 4Y5NA 3OQFA 4DJWA 5OZDA 5P5GA 5P5FA 5P0PA 3O9CA 3LZYA 4EJDA 3LZUA 4R91A 4Y5LA 5P17A 3EKPA 3PSUA 1MTBA 3I25A 1RQ9A 3OU4B 5OYRA 4PYVA 3UQWA 4D85A 1DW6C 4QJ9A 1FIVA 4RRSA 4L6BA 1CPIA 1NKLA 3OTYA 4I12A 5P4XA 4FGXA 5COOA 5AH9A 2WKZA 3PBDA 5P1RA 1ME6A 4Z22A 1QS8A 5P2FA 3QVIA 4K4QA 5P39A 1FKNA 5P4JA 1OF9A 2XFJA 3VF3A 5P6PA 3INFA 2UY0A 5P0IA 3WZ8A 5P08A 5P3DA 1GVWA 5OZWA 1FQ5A 2IKOA 4Y48A 5P4OA 1ER8E 2QHZA 4Y5KA 5P2RA 2PK6A 1K1UA 4JPEA 5P19A 4OD9A 5P2IA 5EZZA 5P77A 3FX5A 1D4IA 5P55A 5P1LA 5P45A 3BVAA 3CIBA 3RSXA 2QU2A 5P7DA 4NJTA 3K4VA 4F75A 3QPJA 5P0BA 3OQDA 4DJRA 2FNTA 4H3FA 2RMPA 4YDGA 1IIQA 1GKTA 4I0GA 1EEDP 5P5PA 5P00A 2V16C 2V00A 4RCEA 4I11A 4Y4BA 1SDVA 4Y5EA 2AZCA 5P4QA 1A9MA 5OYUA 2I0DA 1AIDA 4FM8A 5P3JA 1XN2A 4HE9A 5P5BA 1B6PA 1QBUA 2P8HA 2VA5A 2AZBA 1ZLFA 3NDXA 5P1KA 3DCRA 1LYAA 2GTGA 1Q9PA 3CKTA 5P05A 1SDUA 3ECGA 2OHMA 1HHPA 3I7EA 1BAIA 4N00A 4Y3MA 3GI4A 3OWNA 4DQBA 4PHVA 3SA6A 3K5FA 3SFCA 5P0YA 3ZKNA 4QLHA 2ZHUA 4CPXA 5P6QA 5P1YA 5P1NA 1SDTA 3FNTA 4Y35A 4AA8A 3EL5A 2XFIA 1Z1RA 5P4UA 3SA8A 5P3TA 3BUHA 1NPAA 4B78A 5P5XA 3HD8A 4FLGA 5ISJA 4MC9A 1NSOA 4Y3PA 4Y39A 5P3GA 5P7BA 5DR8A 5P64A 3RTNA 2R1QA 5P0OA 2RQYA 5P15A 5OZ0A 5HCOA 4Y57A 4LP9A 5OZ4A 5P10A 3OGPA 1T7KA 5P6YA 2ZJIA 4GJDA 5P2KA 2HS1A 3L3AA 1EPPE 4Y37A 1EBWA 5P6BA 3ZL7A 5P1AA 3O9AA 4GYEA 1LYAB 3CKPA 2XYFA 1YX9A 1W5WA 1QBSA 1SN6A 5P5HA 1KJHA 4FIVA 5OYQA 2NXDA 1M12A 1HWRA 4TRZA 5P1TA 1ODYA 5P86A 5P5ZA 2QD7A 3CKRA 4XX3A 2JJIA 5OZZA 2BPVA 4L7HA 2HB2A 5P65A 1A8KA 4I0HA 3G72A 1T6EX 2AVQA 4FS4A 3O9FA 2FMBA 4DPIA 3QROA 5P5JA 1HTRB 1PSAA 1QRPE 4B1DA 2OHUA 4Y4DA 1XL5A 3OOZA 5E5KA 1MRXA 1A30A 2FIVA 1HBVA 2VNMA 2OAHA 3IA9A 5P3XA 1KJ7A 2HM1A 3QP0A 3TPJA 3UDYA 3OHFA 3KFSA 2WJOA 3NXEA 4J1KA 5P8SA 5P3AA 1D4SA 1BV9A 2HC0A 2RKGA 1JLDA 1PSNA 5P5SA 2AODA 5OZHA 3PM4A 5P7UA 5P0SA 3RTHA 3KMYA 3HVPA 1HSIA 3FV3A 3BVBA 2KVDA 2CEJA 2Q5KA 5P1VA 2AVMA 3PHVA 3KYRA 1ZAPA 5DR1A 4Y47A 5P8JA 5P1WA 4D83A 5I3YA 2UXZA 2AOIA 1D4KA 2O4NA 4DJXA 2OF0A 4HDPA 4J0VA 3VYEA 2ZHVA 5P54A 4OBKA 5P56A 1FMBA 4Y4JA 1IZHA 1SMEA 2F3FA 2QD8A 3VYDA 2AQUA 1HVKA 5P7LA 4RLDA 2WL0A 3H0BA 3LZSA 3UF3A 2B8LA 2WF2A 5P0MA 4H1EA 4BFDA 2VIYA 3OXVA 5OYTA 2ER7E 3VUCA 2ZYEA 3SA5A 1FFIC 3MSJA 5P1EA 2PH8A 1N69A 3ZPTA 3S43A 1EBYA 1N49A 2B42A 5P3OA 5AGZA 5P0LA 2O4PA 5P81A 2PYMA 3B80A 4I0EA 4Y5CA 3WZ6A 4Y3YA 3OUDA 3EXOA 3SKFA 1BBSA 3SLZA 3KFNA 4KE1A 2R3WA 5P5KA 3TTPA 2IGYA 4Y3XA 2OHQA 3S54A 5OZOA 5P1DA 1EPLE 3O9DA 5P7MA 1LZQA 2QMDA 5P47A 5P6HA 3PSGA 4PZWA 5P6DA 4QJ6A 4Y45A 4HZTA 4YOAA 5P3PA 3D1XA 5P27A 5OZSA 1ODXA 4RVJA 4FCOA 2VIJA 3EMYA 1G2KA 4DJPA 5P8MA 4DQHA 1HTGA 5HDUA 2QNPA 4TRYA 3PBZA 4DJUA 5DPZA 2V0ZC 3R1GB 4AA9A 4V2OA 4NJSA 3NUJA 1UH7A 3PLDA 5P7EA 2OHSA 5P7PA 3IXOA 2O4LA 3IXKA 4YHQA 1SGUA 2BPWA 4Q1YA 5P3KA 5SXNA 2ZJKA 1SIPA 1EPQE 2APRA 2BJUA 5P04A 1TZSA 5P6JA 2BB9A 4JOOA 3ER3E 2OHPA 1ZPKA 5T4SA 1E5OE 1L9LA 5OZAA 1IZDA 2QMGA 5EZXA 2VA7A 2PSVA 2O40A 4BFBA 2A1EA 1PPLE 4EJ8A 3OUDB 3INHA 3KA2A 5DR0A 5HE7A 3GGAA 1KJ4A 5P3HA 5KOSA 2ZHTA 4LXKA 1YG9A 5P2OA 4R95A 1GNOA 2LPNA 2ZJNA 5P3BA 1T7IA 5OZLA 4Y3WA 2HPFA 5P3LA 2IRZA 2NMYA 4DH6A 1NPWA 2ER6E 4OBFA 5IE1A 1U8GA 4DUSA 2NPHA 3KFRA 2R5PA 1SP5A 5P4TA 4I0IA 2P3DA 5P8FA 1HRNA 5HVPA 4H3GA 1HSGA 4YD5A 4HVPA 2QHYA 5DGWA 5P6AA 5P89A 4YD7A 2PYNA 5P7KA 2H6TA 5P6CA 2F81A 3OU4A 5COPA 4I8ZA 2ZJLA 3EL9A 1HVLA 5P66A 1C70A 5I70A 4LC7A 3PVKA 2IENA 2QHCA 4HLAA 5P7CA 2FNSA 1MVPA 4M8YA 4NJUA 5P6XA 2VKMA 4J1FA 1B6KA 3OUBA 5P60A 1LYBA 3HLOA 5P67A 1EC2A 4HDBA 5OZYA 4FRJA 4F74A 5OZ2A 4Y3FA 1LEEA 1IVPA 5OZIA 4L1AB 4Y4EA 3FSMA 3T3CA 5P2EA 4LXMA 3L5FA 1MESA 1DIFA 3LIXA 2HPEA 4Y9WA 1APVE 5P7IA 1HVJA 4Y51A 1F7AA 4H3IA 1AVFA 5P4RA 5P4DA 1APUE 3KFPA 5P5DA 4PEPA 4EQJA 2I4DA 3PI0A 1G6LA 3OGQA 5P8UA 2WEDA 4Y4AA 5OYSA 1EPOE 5P3QA 2QI6A 2QZLA 1HVCA 3EM4A 5B18A 3DV5A 1TCXA 3ZKIA 5P3CA 5P4NA 3L5DA 1GVTA 2I0AA 1RPIA 4ZSPA 5C9FA 5P3SA 1SH9A 2FXDA 1YTHA 3IVHA 3OQKA 5P4PA 4EP3A 1HVIA 5P88A 3UPJA 5P01A 4CPWA 1YM2A 5P3MA 2QI1A 3S56A 5DQ1A 2J9JB 3JVWA 5P7YA 1EBZA 2WEZA 5OZEA 1W6IA 2PSUA 5P25A 3QAAA 1LF3A 5ENMA 1META 3ZKGA 5P58A 3BGCA 5P11A 5P8PA 5P6KA 1LYBB 2ZJHA 5P1GA 5P0VA 4OBJA 3UQUA 3AIDA 5P6IA 4XX4A 3L59A 3VLAA 5P13A 5P3IA 1AJXA 1K6VA 2VA6A 1MUIA 5IVSA 5KR2A 5P7GA 1KJFA 3N4LA 5P2WA 3L5EA 1LV1A 5P4WA 1GVUA 1OHRA 1BDRA 1W51A 5AH8A 1C6XA 4CPTA 5OZ7A 4R5NA 5COKA 5P5RA 3URJA 5KQFA 3S7LA 1HEGE 2NNPA 1DPJA 1IDBA 1EC0A 1ZSRA 2WF3A 4E43A 4Y44A 2WF0A 5HTZA 3UFLA 3VFAA 4FAFA 3U6AA 4ZPGA 3NWQA 3S64A 4B0QA 4RCDA 5P5TA 1TSUA 3Q70A 4GJBA 5P26A 3NLSA 3A2OA 4TVGA 2G1OA 4FM7A 3VYFA 4Y6MA 5KR8A 5SZ9A 5OZKA 2B7FA 3WB4A 1PSOE 5P0AA 3T11A 1K6TA 4BITA 4RYGA 5P80A 4Y3ZA 5P1ZA 5P0RA 5P37A 2VIZA 5OZ1A 3SA4A 3LIVA 2G1SA 1NH0A 4NPUA 5P30A 4DQFA 2NTRA 2EWYA 5HDVA 4YBIA 1ZP8A 5HE4A 1AM5A 5DR7A 5P5UA 3URIA 2JE4A 2WEAA 3SACA 1FEJC 3GI5A 5P3WA 4NJVA 4X2LA 4J1CA 5P34A 3VV8A 5BWYA 1BWAA 3RFIA 5ER1E 3EL1A 5P1PA 3UDRA 3TL9A 1VIJA 3NU5A 5P8OA 3U71A 1E81E 5P36A 3OU3A 2NMZA 2QYPA 5P4SA 5P8QA 3UDMA 3EM6A 1XE5A 3PWWA 4D8CA 1MERA 1UPJA 3KT2A 3GW5A 9HVPA 3I2LA 4LAPA 2IGXA 5P2YA 1FMXA 4TRWA 4I1CA 5P0UA 3NU6A 4J1EA 2G22A 2NR6A 2G26A 3L38A 5IVRA 3NDWA 1FMUA 5P0CA 4GJ9A 3DK1A 3OK9A 5P8DA 4Y4TA 2I4UA 2B60A 3Q4BA 4IVTA 1PROA 3QRMA 4OBGA 3VFBA 4Y56A 3ZKSA 4H3JA 3QI1A 3KDCA 3LZVA 4RROA 1LF4A 5P8LA 2OHKA 4DV9A 1G35A 2V13A 3I6OA 2RENA 3PB5A 4I8WA 5P59A 2QMPA 4I0ZA 2G69A 1FLHA 2I4QA 3UQPA 5P5MA 5P1FA 1WKRA 5P7RA 3O99A 4JPCA 3FIVA 3PGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EL4 A;  2XFK A;  4S1G A;  4TVH A;  4J0P A;  2ZGA A;  2QI3 A;  5OZ6 A;  2O4S A;  2QZK A;  3NSH A;  3SKG A;  2WHH A;  4JP9 A;  4Y3R A;  1HII A;  3VF5 A;  5P4I A;  1QBR A;  3S8I A;  4KUP A;  5P8A A;  4GJA A;  3BXR A;  3OUA A;  2ASI A;  3QBF A;  1ZPA A;  2R0R A;  4COE A;  2R8N A;  5BS4 A;  5KOQ A;  3HVG A;  2IQG A;  4J5J A;  5DR3 A;  1UH8 A;  3WB5 A;  5P16 A;  5OZR A;  2QMF A;  5P8B A;  5OZC A;  1ZBG A;  4XXS A;  4Y3J A;  7UPJ A;  5PEP A;  5P7F A;  2BQV A;  5P5Y A;  2BKT A;  5P24 A;  5F00 A;  3INE A;  3MSK A;  5P6V A;  5ENK A;  4OC6 A;  4A6C A;  5JFP A;  2ZJM A;  2OHL A;  2ZDZ A;  3PI5 A;  3HAW A;  7HVP A;  3S63 A;  3VSW A;  1W50 A;  1FQ6 A;  5P42 A;  5P76 A;  1WBM A;  3CYW A;  2QI4 A;  5P3Z A;  1HEF E;  2NXM A;  6UPJ A;  4Y3H A;  1T3R A;  5P50 A;  3DOX A;  3FNU A;  3L5C A;  3TH9 A;  4ER1 E;  3SM1 A;  3PSY A;  5KQX A;  4CPR A;  5KR0 A;  4QJA A;  4WY6 A;  2FGV A;  4Y54 A;  4YBF A;  4B1E A;  3ZOV A;  4MC6 A;  1AXA A;  3ZPS A;  2B8V A;  3LPI A;  1OD1 A;  1GNM A;  4J1H A;  5P6T A;  1MSM A;  1RV7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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