The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
SVLLTMIARVADGLPLAASMQEDEQSGRDLQQYQSQAKQLFRKLNEQSPTRCTLEAGAMTFHYIIEQGVCYLVLCEAAFPKKLAFAYLEDLHSEFDEQHGKKVPTVSRPYSFIEFDTFIQKTKKLYI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A novel snare N-terminal domain revealed by the crystal structure of Sec22b.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
vesicle trafficking protein Sec22b
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| total genus |
36
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13774 | Longin | Regulated-SNARE-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DMW A; 3BW6 A; 4B93 A; 2NUT C; 2NUP C; 3KYQ A; 1IOU A; 2VX8 A; 4AFI A; 1IFQ A; 1H8M A; 3EGD C; 3EGX C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3T4K A; 2M7U A; 2ZM0 A; 5AQA A; 4B4X A; 2ZQ9 A; 3C2W A; 4LLO B; 2Y2N A; 3A0V A; 2ZOI A; 2Q9N A; 2OWH A; 1OT9 A; 2PRF A; 1TDG A; 3UPO A; 1NZO A; 3C4P A; 4OPQ A; 4JPM A; 1SKF A; 3BLM A; 5M1A A; 4CLC C; 2ZQA A; 3HLE A; 4I5S A; 1YLY A; 1M40 A; 5CGX A; 2Y2J A; 4NKP A; 3LCE A; 4FUW A; 3SW1 A; 2FH5 A; 1YSP A; 3PBN A; 4MDZ A; 1TDL A; 1Z09 A; 5E2E A; 4XT2 A; 3FC7 A; 5FQM A; 1L0D A; 5F5Y A; 1G6O A; 3G6O A; 1JTG A; 2J7V A; 3QP6 A; 1WA9 A; 2ZC7 A; 2A24 B; 3F1P B; 4Z1W A; 3RJU A; 4WBG A; 5EUA A; 4B93 A; 2XH9 A; 2H10 A; 2J8Y A; 2HDS A; 4NG2 A; 3PBO A; 4MN6 A; 3LFV A; 4E3I A; 1Y54 A; 3IX3 A; 1PFL A; 1BLH A; 1K54 C; 4RYE A; 1T1B A; 1N9B A; 2FZ0 A; 5FA7 A; 4FSF A; 2JBF A; 2WKQ A; 1W79 A; 1S4R A; 3ZGA B; 5TGF A; 1LL8 A; 4YWZ A; 4KZA A; 4X56 A; 3WS5 A; 2HPB A; 4DKI A; 5CGS A; 5F68 A; 1TD5 A; 3UE1 A; 5TR7 A; 2PD7 A; 2PDR A; 5CXW A; 1TEM A; 5E2G A; 3UE3 A; 1KDS A; 3E4O A; 3WS0 A; 1BTL A; 3VP3 A; 2INW A; 1SDE A; 2B02 A; 3AGE A; 2PT7 A; 3IHA A; 4GHI B; 3IH9 A; 2V1Z A; 3NHQ A; 1YPR A; 3EOI A; 3NDG A; 2ZC6 B; 5U47 A; 4A5R A; 2W3H A; 1FOF A; 3ZCZ A; 2R9X A; 4WEK A; 3T1Q B; 4PMA A; 2ZC5 B; 1PZO A; 2WAF A; 3PBR A; 3VSL A; 3UDF A; 4EU0 A; 2A49 A; 2RCX A; 3IHB A; 1KGF A; 2H5S A; 3S22 A; 3MQQ A; 4GDB A; 3BY9 A; 5EVE A; 1P9R A; 4UA9 A; 4EQI A; 3PBT A; 4F3L B; 3OPH A; 4HP9 A; 4BEN A; 4LCM A; 4O01 A; 2VX8 A; 1GSW A; 3LR4 A; 1GCE A; 3T4J A; 2PBY A; 1Z6F A; 3IF5 A; 2ZC4 B; 4BQM A; 1MWT A; 1LSV A; 4JGP A; 4LCL A; 3KSG A; 3UPP A; 4R4R A; 5HWW A; 3CJM A; 3NIA A; 1H3Q A; 3CIT A; 4P85 A; 4KZ5 A; 4LFU A; 4ZJ2 A; 3U4L P; 1KVL A; 2JKF A; 4EW7 A; 1QME A; 3LR5 A; 3NEC A; 1T1A A; 5EVI A; 3MQ0 A; 1ONH A; 5EEC A; 2V20 A; 2Y2G A; 4OPZ A; 4YOF A; 4PAU A; 1EI5 A; 3LIF A; 1RP5 A; 1S0W A; 3CAX A; 4DE3 A; 5K5B A; 4WUJ A; 4EBP A; 4KQR A; 4X1L A; 5FAP A; 4KG5 A; 3P01 A; 2O9A A; 1C3B A; 4I38 A; 2H0T A; 4O7D A; 4RX3 A; 4KZ9 A; 4U3T A; 3M6H A; 2UV0 E; 3GEC A; 2JHE A; 2W3F A; 3IH8 A; 1PW1 A; 2WGI A; 1YKD A; 1MZU A; 3DTE A; 5IU1 A; 3UPN A; 5A8B A; 1K4E A; 2W3D A; 3CUE A; 5DKL A; 2V8C A; 3GR2 A; 2L1M A; 3VFF A; 3WS2 A; 2JKT M; 4EXO A; 2W1T A; 2VZW A; 1OT6 A; 4X25 A; 4S2K A; 3IX4 A; 1TF1 A; 2XA7 M; 2EX8 A; 1XX2 A; 4R3J A; 4R3B A; 3MXR A; 5GHX A; 2JC7 A; 4D60 A; 4I3J A; 3ZG0 A; 2XGN A; 3GTC A; 3FKV A; 2DCF A; 5HDC A; 4Y15 A; 3ISG A; 5HWV A; 3SH8 A; 4ARZ A; 5AVF A; 3DWK A; 2NUP C; 4E3K A; 3ZG5 A; 2JKR M; 5G18 A; 5EM1 A; 3N4I A; 3NCK A; 4Y17 A; 5KSH A; 4MLL A; 1OPX A; 1W8Y A; 5AVE A; 1Y4O A; 3LIB A; 4GB7 A; 1N9O A; 2IWB A; 2C6W B; 2Y59 A; 3WRT A; 4OQ0 A; 2B95 A; 4ZBE A; 4QU3 A; 3Q7V A; 1TS0 A; 4Q0J A; 4QB8 A; 5BOH A; 2YKH A; 3IF6 C; 4IUH A; 1ESI A; 2DNS A; 4BJP A; 2P08 A; 4QWO A; 3EEA A; 2XK1 A; 4NEE D; 2A2L A; 3VSK A; 3TE8 A; 3LGO A; 5FI7 A; 2ZC3 B; 1ES4 A; 3HBR A; 5FAT A; 1PIO A; 4EQ1 A; 3IWO A; 3JVU A; 5E43 A; 4IVK A; 3MSH A; 5FAO A; 4PPR A; 2JCH A; 4IBR A; 4YFM A; 4KQO A; 5GHZ A; 4Y13 A; 1UWN X; 2VGJ A; 1YLT A; 1YMS A; 2BAS A; 1F5M A; 1D06 A; 5EVI D; 4GN2 A; 3NY4 A; 4HP4 A; 4JF5 A; 4DXB A; 2PU2 A; 3LY4 A; 5DFY A; 5A91 A; 2OLU A; 3MFX A; 4OLD A; 1ES3 A; 1ES5 A; 4O0P A; 1ES2 A; 2WZZ A; 4OQI A; 2VA0 A; 2Y2L A; 2WAD A; 4PM6 A; 1LHY A; 3OPL A; 4GD6 A; 5A93 A; 4FH4 A; 2ZM2 A; 4Y0O A; 1XFN A; 1K57 C; 5J7E A; 2QYB A; 3W2Z A; 1VB6 A; 1T1C A; 3HUN A; 3QP4 A; 4GNU A; 3ZG9 B; 4LRY C; 3AGF A; 4LV1 A; 1NY0 A; 4JGO A; 3S7O A; 2ZMV A; 3T4Q A; 3OLO A; 1PRQ A; 1K25 A; 3VE3 A; 4WZ5 A; 4E6X A; 2P9V A; 4EEU A; 4EUZ A; 5L2F A; 5L8M A; 2PYP A; 5J8X A; 2VV7 A; 1KGG A; 1I2S A; 4R6L A; 1K57 A; 3H9W A; 3LR3 A; 4H6J A; 1L0E A; 3VP0 A; 4I3A A; 1DP8 A; 3OOV A; 4IHQ A; 2YKF A; 4R70 A; 4P6Z S; 3P7N A; 2K2N A; 2O0Y A; 2VK3 A; 1FR1 A; 2I9V A; 1K38 A; 1K0K A; 3ITA A; 1ODV A; 3UE0 A; 4UQI S; 1W5D A; 4ESP A; 3H82 B; 3HLF A; 1ERM A; 5AJG A; 2Q0O A; 4EET B; 4P6Z M; 3PHY A; 4B88 A; 4R23 A; 5DF9 A; 4H8R A; 1K55 C; 4UQI M; 3LUQ A; 2ZL1 A; 2VLG A; 1YQS A; 1TS7 A; 2V9A A; 4XUZ A; 1S67 L; 4BL2 A; 1SKO A; 3TW8 A; 4XXR A; 2WGW A; 3BY8 A; 3FPV A; 3O3V A; 2XF3 A; 1S4S A; 3A0S A; 3FWL A; 3MR0 A; 3OCN A; 3EQV A; 4OOL A; 5FEF A; 4GLQ A; 2CC1 A; 3FV7 A; 2EA9 A; 2EFU A; 4HOI A; 3S1Y A; 3CWF A; 2WYX A; 1XPB A; 4EER A; 1MPL A; 2R9W A; 4NK3 A; 4DRT A; 1K55 A; 3WS4 A; 3LEQ A; 1IYS A; 1S1Y A; 3A3F A; 2Q9M A; 3LI8 A; 4DE1 A; 5EV0 A; 3KSI A; 4Y0T A; 1T19 A; 1L3L A; 3F1O A; 4QHC A; 1K6R A; 1DJC A; 3R7W A; 3U2A A; 4P0M A; 3IWQ A; 1S66 L; 2Y91 A; 3T1X A; 4P6B A; 1KE3 A; 1E3U A; 2PAV P; 4S2P A; 4D2O A; 3ZQ5 A; 2V2F F; 4G3W A; 2XD5 A; 1V9Y A; 4JXV A; 3MQO A; 2EX6 A; 5CHU A; 3MBZ A; 4N9L A; 4WMC A; 3GRJ A; 1ALQ A; 4OQH A; 1STZ A; 1OTD A; 4S2N C; 1H8Z A; 3NUL A; 2FFF B; 5HSQ A; 1DJB A; 2XQZ A; 2QJ5 A; 2HV1 A; 5CGW A; 3DW0 A; 3MKE A; 4KUK A; 5HAI A; 4MNR A; 5CRF A; 3UME A; 2PBD P; 4KQD A; 3ZG7 B; 3N8L A; 3IBJ A; 5MC7 A; 4S2O A; 5EVI B; 1ZKJ A; 3SS4 A; 4Y5F A; 1NLY A; 1YSQ A; 2PR5 A; 5JYO A; 1I5Q A; 4CLC A; 5EOE A; 1F98 A; 3Q81 A; 2Y2M A; 3G32 A; 4DJ2 A; 1IEL A; 1GSX A; 4HY8 A; 1OTI A; 4WL9 A; 3BEB A; 5I94 A; 1MXO A; 2HP6 A; 4KZ7 A; 3ICY A; 1XXM A; 4UA7 A; 5HW3 A; 5F82 A; 3BW6 A; 4IVI A; 4K0X A; 3RXW A; 4KG6 A; 5FEG A; 3W4O A; 4WYY A; 2AVX A; 4LEN A; 3BFG A; 1XA7 A; 1AWI A; 1E4D A; 2Z6D A; 3QP8 A; 4JGR A; 3IXG A; 5TBM B; 3TOI A; 1WYB A; 1NYM A; 4FH2 A; 4L9F A; 3V39 A; 1YT4 A; 3F1N B; 3ZFZ A; 2W1T B; 4G3V A; 1Q2Q A; 3NOU C; 2EWW A; 1FSY A; 3KYQ A; 1K54 A; 2OAP 1; 5GL9 A; 1G6A A; 2J80 A; 3WS1 A; 3T50 A; 2Y2P A; 4OKP A; 1VM1 A; 1BUE A; 3UO9 A; 3MZD A; 3BYD A; 3E4P A; 5C5K A; 1XJ2 A; 4ARZ B; 3LIE A; 2V0W A; 3CPT A; 3ZVT A; 2W0N A; 4RX2 A; 1LSX A; 2V1B A; 1VEU A; 4ETX A; 5GHY A; 3BQ8 A; 1P0Z A; 4YNR A; 1DP6 A; 3HLG A; 1VQQ A; 1FSW A; 4LV3 A; 1XGJ A; 4DXC A; 3KYZ A; 3A0R A; 2KOI A; 4OP5 A; 2HJE A; 2O99 A; 4HES A; 3MXQ A; 4XUX A; 2GZA A; 3HLW A; 1PWC A; 4B4Z A; 5EM0 A; 2XLN A; 3E98 A; 4EV4 A; 2W27 A; 3NOP C; 2VV8 A; 4WMC D; 1ZC2 A; 5DKK A; 3B3X A; 3L7H A; 4PM8 A; 1NJ4 A; 3RH8 B; 2J3T D; 2M7V A; 3M2J A; 5A92 A; 5FQK A; 3VOZ A; 4LV0 A; 4JXW A; 2K31 A; 4GCZ A; 2HZ5 A; 2HDR A; 3UB9 A; 3VV4 A; 4E3J A; 4BBU A; 2V1A A; 1PWG A; 5IS1 A; 1OTE A; 1MY8 A; 3N8S A; 4PM9 A; 2JN7 A; 3MFD A; 1CK3 A; 1EW0 A; 2A24 A; 1DP9 A; 4N9K A; 4PHT A; 3F1P A; 3HJK A; 3QP1 A; 3Q07 A; 1W7F A; 3G31 A; 2A3U A; 4CLC D; 3LIC A; 4ZRR A; 1LLB A; 4E04 A; 3BM6 A; 4G3K A; 1PI5 A; 4R4S A; 5FSR A; 4S2M A; 1JNU A; 4GZB A; 2WK0 A; 3DTK A; 5CER A; 5D3O A; 3A3J A; 4WEL A; 2QWS A; 5F1G A; 4II7 A; 3C4O A; 3O86 A; 1OJ5 A; 1CF0 A; 2ZLY A; 5E2F A; 1RCJ A; 4MEZ A; 1ONG A; 3O5Y A; 1NRF A; 1XP4 A; 2G2W A; 4HNB A; 4OQG A; 4WM9 A; 4KG2 A; 4UAA A; 2HF6 A; 5KSC A; 4L0L A; 5FDS A; 4ZTK A; 1YM1 A; 4DDS A; 3IS2 A; 4GHI A; 3TG9 A; 2P9V B; 3BJN A; 1OTA A; 4L9G A; 4E3N A; 4GW9 A; 2PD8 A; 3BFE A; 4HHD A; 3D4F A; 4H6J B; 4BD0 A; 1KE0 A; 4M3K A; 5L09 A; 3LI9 A; 3N6I A; 4KQQ A; 2QKP A; 1MKM A; 1QMF A; 3OZH A; 5EFW A; 5L07 A; 3CZD A; 4KZ4 A; 4F3L A; 2IWC A; 1GA9 A; 2ZMF A; 5FDH A; 4DDY A; 1OJG A; 3KX0 X; 1Y28 A; 3RFB A; 1X0O A; 5M18 A; 1MWR A; 1D7E A; 5HPF A; 1N4O A; 4YIN A; 5I5L A; 1HD8 A; 1DRM A; 2WGV A; 1SZV A; 2ZL1 B; 2QJ7 A; 3M6B A; 4JBF A; 3ZNY A; 4BD1 A; 3T1S A; 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