The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
81
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sequence length |
245
|
structure length |
244
|
Chain Sequence |
NYKKPLHNDYQILDKSKIFGSNSGSFVMYSMKKDKYYIYNEKESRKRYSPNSTYKIYLAMFGLDRHIINDENSRMSWNHKHYPFDAWNKEQDLNTAMQNSVNWYFERISDQIPKNYTATQLKQLNYGNKNLGSYKSYWMEDSLKISNLEQVIVFKNMMEQNHFSKKAKNQLSSSLLIKKNEKYELYGKTGTGIVNGKYNNGWFVGYVITNHDKYYFATHLSDGKPSGKNAELISEKILKEMGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structure of the acylated beta-lactam sensor domain of BlaR1 from Staphylococcus aureus and the mechanism of receptor activation for signal transduction
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Staphylococcus aureus
|
| molecule keywords |
Regulatory protein blaR1
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| total genus |
81
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| structure length |
244
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| sequence length |
245
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00905 | Transpeptidase | Penicillin binding protein transpeptidase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q81 A; 1W5D A; 5AQA A; 4DDY A; 5L2F A; 2OV5 A; 1N9B A; 3ZG9 B; 1JWP A; 4IVK A; 4WYY A; 2HP5 A; 4ZJ2 A; 4WMC A; 4BL3 A; 1YT4 A; 1NJ4 A; 2ZQ7 A; 5TFQ A; 3E2K A; 3IXH A; 3D4F A; 4RX3 A; 5FAS A; 5M1A A; 3UDX A; 4A5R A; 4EV4 A; 4Y0T A; 2J7V A; 3HRE A; 1C3B A; 3VP2 A; 3CZD A; 1ES3 A; 2ZC4 B; 1JWZ A; 2I72 A; 2WUQ A; 3MKF A; 2QZ6 A; 1LLB A; 1PI4 A; 4S2N C; 1ES2 A; 3ZG5 A; 2ZMA A; 3QNC A; 1GA0 A; 1TDG A; 1MY8 A; 1QME A; 4S2M A; 1BLS A; 4X68 A; 4JF6 A; 4WEK A; 5E2F A; 3V39 A; 2H10 A; 1H5X A; 4U0T A; 3ZNY A; 2XFS A; 3PBR A; 4KZ6 A; 4OP8 A; 3BM6 A; 4LV2 A; 1E4D A; 3A3D A; 2Z2M B; 4B4Z A; 4R0Q A; 3IHB A; 1KE0 A; 1FCM A; 3BEC A; 3MXS A; 1TVF A; 5FI6 A; 5FA7 A; 1HVB A; 2R9X A; 1S6R A; 4OH0 A; 4GD8 A; 4R4S A; 3G30 A; 5E43 A; 4HBT A; 1FQG A; 3N6I A; 4E3M A; 1ZG4 A; 2WK0 A; 4KZ7 A; 5CHM A; 4KZA A; 4OOM A; 5DF7 A; 1MWU A; 2RCX A; 4R23 A; 3SH9 A; 3C4O A; 5CTN A; 2XF3 A; 2C5W B; 1XP4 A; 1MKI A; 2RL3 A; 2Y2O A; 4OOL A; 4RX2 A; 5M18 A; 4GKU A; 5G18 A; 4UA6 A; 1FR1 A; 3Q1F A; 5DTT A; 4QU3 A; 1FCN A; 4S2K A; 1BLP A; 3OCL A; 4FCF A; 1ESU A; 2HP9 A; 1DJA A; 3FKV A; 4OPR A; 2X01 A; 4LEN A; 4QY6 A; 2Y2K A; 3ZG8 B; 4S2O A; 4S2J A; 4GN2 A; 3NIA A; 3MZD A; 3LY4 A; 1JTD A; 3QNB A; 1M40 A; 1E3U A; 1XA7 A; 2ZM2 A; 1ZG6 A; 1NY0 A; 1NXY A; 3Q7Z A; 4PMA A; 4DDS A; 5A92 A; 1SCW A; 4WBG A; 3PBT A; 4C75 A; 1GCE A; 1RP5 A; 3SH8 A; 3UN7 A; 2WKE A; 4MBH A; 3HLE A; 2OLV A; 5FQI A; 3MFD A; 1ONH A; 1SDN A; 4P0M A; 5CHJ A; 3S1Y A; 3WS0 A; 2EX9 A; 4Q8I A; 3CMZ A; 5JYP A; 3PBN A; 1KVL A; 5FAP A; 4KQQ A; 4MEZ A; 3FWL A; 2QPN A; 4CJN A; 4OVD A; 1XKZ A; 5FAO A; 1IYQ A; 5EVI D; 5JYO A; 2EX8 A; 1O7E A; 3AGD A; 3IF6 B; 4CPK A; 1IYO A; 4BL2 A; 4E3I A; 2XLN A; 5EOE A; 1K57 C; 4E3J A; 3VP0 A; 4JPM A; 4IED A; 4KG5 A; 5CED A; 2PBY A; 1WYC A; 1KE3 A; 3ZG7 B; 3C5A A; 4LV1 A; 1G6A A; 3N8S A; 2HDQ A; 1TDL A; 3WWX A; 2HP6 A; 3PAG A; 2DCF A; 4QD4 A; 2XGN A; 1M6K A; 3MXR A; 5F83 A; 1LL9 A; 5HAP A; 4PM9 A; 3IH8 A; 2JCH A; 1BTL A; 2Y2I A; 3NY4 A; 3M6B A; 3DTM A; 4RYE A; 3BLM A; 2J9P A; 4ZJ1 A; 5TGF A; 3Q82 A; 1PW1 A; 2WGI A; 2QMI A; 4JXS A; 3W4P A; 3ZDJ A; 1HD8 A; 1K25 A; 3JYI A; 4R4R A; 4Y0U A; 3UPN A; 3WS5 A; 3HUO A; 2ZC7 A; 4P85 A; 5DTK A; 3GTC A; 1YLZ A; 5HAR A; 3CJM A; 5FAQ A; 5FSR A; 5TR7 A; 4O7D A; 1MWT A; 1HZO A; 3BFG A; 4MBK A; 1KDS A; 1YQS A; 1E25 A; 2DNS A; 1BUL A; 1RGZ A; 2WAF A; 1PWD A; 4GOG A; 1PIO A; 4U0X A; 5GL9 A; 1KGF A; 2Y91 A; 2JC7 A; 1PW8 A; 3IWQ A; 1RGY A; 3HVF A; 3UO9 A; 1GHI A; 2XR0 A; 3UPO A; 3GRJ A; 1ONG A; 2C6W B; 4HBU A; 4E3K A; 1MBL A; 1KE4 A; 1XX2 A; 4R3B A; 3EQU A; 4WEL A; 3O88 A; 2ZQA A; 4EUZ A; 4C3Q A; 2XFT A; 4QY5 A; 5FQQ A; 4OP5 A; 4EQI A; 5A93 A; 5M19 A; 3C4P A; 2ZD8 A; 3V3R A; 2ZQ9 A; 3G2Z A; 4S2N A; 2HPB A; 3HBR A; 1YLW A; 3OC2 A; 4DF6 A; 3UE3 A; 3RXX A; 3ZNT A; 3TSG A; 2R9W A; 2EX6 A; 4EBN A; 1PI5 A; 3HLG A; 1BSG A; 1QMF A; 3HUN A; 3IHA A; 4EBP A; 3I7J A; 3WS1 A; 1L2S A; 3G35 A; 5CTM A; 4WMC D; 3HLD A; 5GLA A; 5F1G A; 3OPP A; 3OPR A; 3N7W A; 1VM1 A; 2H0Y A; 2Y2L A; 1Q2Q A; 3GR2 A; 4PPR A; 1VQQ A; 2BLS A; 1W7F A; 2XEP A; 2EFX A; 2WZZ A; 1L0E A; 5EUA A; 1CK3 A; 3W4O A; 1OME A; 1MXO A; 3NBL A; 2UWX A; 3VP3 A; 1ESI A; 3BRM A; 4GZB A; 4IBR A; 4LV0 A; 4M3K A; 2Y55 A; 4PM8 A; 4YIN A; 1SKF A; 3WS2 A; 2CC1 A; 4XXR A; 2IWC A; 1W8Y A; 1IYS A; 5FDH A; 2VGJ A; 1W8Q A; 1LI9 A; 2WGW B; 4JXG A; 2FFY A; 2G2U A; 1K54 C; 4FSF A; 3IXG A; 2Y2P A; 3IXD A; 5EE8 A; 4KZ8 A; 4DRT A; 1FR6 A; 3E2L A; 3G31 A; 4ZAM A; 5A90 A; 2J8Y A; 3DWK A; 3RXW A; 1LI0 A; 2ZC3 B; 1GHP A; 4OKP A; 1PWC A; 3TG9 A; 3Q7V B; 1H8Z A; 1MWS A; 1Y54 A; 4PM7 A; 5EEC A; 5E2G A; 2IWD A; 1LL5 A; 5EVI B; 4BQM A; 1K38 A; 3A3J A; 3A3E A; 1I2W A; 4ZJ3 A; 3MKE A; 5EPH A; 4B88 A; 4ZDX A; 5AQ7 A; 5EVI C; 4KZ9 A; 2ZQC A; 2P9V B; 3UDF A; 1Q2P A; 2ZM0 A; 3B3X A; 4JKT A; 4PM6 A; 1K4E A; 2ZC5 B; 4OPZ A; 4WZ5 C; 5D3O A; 4JXW A; 4LV3 A; 3WRT A; 1WE4 A; 4OQ0 A; 4WZ5 A; 3NCK A; 5FAT A; 1NRF A; 4X55 A; 5I94 A; 3HL9 A; 3UE0 A; 2EFU A; 3VSL A; 1I5Q A; 1E3U D; 3MZF A; 4KZ4 A; 3V50 A; 4PM5 A; 4JLF A; 1GA9 A; 1K57 A; 3G2Y A; 4DE3 A; 4MNR A; 1L0D A; 2WKI A; 3P98 A; 1XGI A; 2GDN A; 1SDE A; 5FQJ A; 3BYD A; 4Y0O A; 3IF6 C; 4Y7P A; 3NDE A; 5U47 A; 3IWI A; 3VP1 A; 5HAQ A; 1BZA A; 3IF6 A; 2V1Z A; 3BFC A; 2Q9N A; 2Q9M A; 3GVB A; 4N1X A; 1YMX A; 1CI8 A; 1ERM A; 4GDB A; 4JF5 A; 5DVA A; 3IWO A; 3V5M A; 1NYM A; 3OCN A; 2Y2G A; 5DF9 A; 1YLY A; 3PBO A; 1CI9 A; 3AGF A; 1NYY A; 1HTZ A; 2Y2J A; 3PBQ A; 3C7V A; 5AQ9 A; 4R3J A; 3VOY A; 1GHM A; 1K56 A; 3N8L A; 4E3N A; 4P6B A; 1XA1 A; 3ZVW A; 4JBF A; 2B5R A; 3IH9 A; 4UA7 A; 4WM9 A; 4LCL A; 2WGV A; 1NZU A; 2Z2L B; 3OPH A; 2ZQ8 A; 4GB7 A; 3VMA A; 5FQK A; 1ERO A; 1PZO A; 3A3I A; 2DRW A; 3LEZ A; 5CER A; 3HLC A; 2A49 A; 3IF5 A; 3SS5 A; 1YLT A; 4P87 A; 4KG2 A; 3BFF A; 5A91 A; 4N9K A; 3G32 A; 2WAD A; 1ERQ A; 4GNU A; 3M2K A; 3DWZ A; 4OPQ A; 1IKI A; 1J9M A; 1YLP A; 1KGG A; 4U3T A; 4UA9 A; 3ZVT A; 3LCE A; 3FYZ A; 4DE0 A; 3W8K A; 2Y2H A; 2Y4A A; 4GD6 A; 3LY3 A; 2V2F F; 5FQ9 A; 3ITA A; 1I2S A; 4NET A; 5FI2 A; 2PU2 A; 4D2O A; 4KQO A; 4S2I A; 4KEN B; 3S4X A; 2A3U A; 3ISG A; 1XXM A; 5AQB A; 1ES4 A; 1BUE A; 3C7U A; 4X69 A; 3QHY A; 4L0L A; 3IQA A; 1XPB A; 4X6T A; 5GLC A; 2WAE A; 5F82 A; 4BJP A; 5CGX A; 3N4I A; 5CEC A; 2BG1 A; 3IT9 A; 4UAA A; 1DY6 A; 1Z6F A; 3DW0 A; 3ZHH A; 4K91 A; 5GLB A; 4E6X A; 3VFH A; 3PBS A; 1MPL A; 1L0G A; 4X56 A; 4BLM A; 2WZX A; 4OON A; 4E6W A; 1L0F A; 2EX2 A; 2HDU A; 4X53 A; 1IKG A; 3GQZ A; 5KZH A; 4DKI A; 4KG6 A; 3N8R A; 1NZO A; 2V20 A; 3M2J A; 5EOO A; 3UNW A; 5DTS A; 1ALQ A; 4BEN A; 4OQG A; 5GHY A; 3TOI A; 4MLL A; 3WS4 A; 1K6R A; 4QB8 A; 5EVL A; 5HFO A; 5J8X A; 2X02 A; 1BLC A; 5HX9 A; 4KQR A; 4C6Y A; 4DXB A; 4OLD A; 1S0W A; 1BT5 A; 3BEB A; 2OSU A; 2Y2N A; 3O3V A; 1XGJ A; 4HEF A; 1PZP A; 1YLJ A; 1ZKJ A; 2ZM8 A; 3SOI A; 4OOY A; 1JVJ A; 1K54 A; 2HDS A; 1DJC A; 1YMS A; 4OPY A; 4K0X A; 4K0W A; 3HUM A; 1K55 C; 3MZE A; 1SHV A; 3FKW A; 4N9L A; 1FCO A; 1H8Y A; 3ZFZ A; 5HW3 A; 1K55 A; 5CGW A; 2XH9 A; 2PU4 A; 1RCJ A; 5F1F A; 1G68 A; 2WGW A; 1KVM A; 3OPL A; 4FH2 A; 1PYY A; 2X71 A; 3EQV A; 2XDM A; 4QHC A; 2WYX A; 5KSC A; 4R1G A; 5FQM A; 4RVA A; 3VFF A; 1AXB A; 3CG5 A; 2Y59 A; 4XUZ A; 1TEM A; 3SS3 A; 3GSG A; 5DF8 A; 4N92 A; 4ZTK A; 3G4P A; 4E3L A; 5CRF A; 5FI7 A; 3A3F A; 3Q7V A; 3RJU A; 2XD5 A; 2EXA A; 5EVI A; 2E8I A; 3HLB A; 4EBL A; 1FOF A; 3GV9 A; 1FSW A; 4EWF A; 2G2W A; 4IVI A; 2P74 A; 4ZBE A; 3UDI A; 4OQH A; 2H5S A; 3AGE A; 3Q07 A; 1IYP A; 5HAI A; 4LCM A; 2P9V A; 1CEF A; 4F94 A; 3HLW A; 3M6H A; 3W4Q A; 4WEJ A; 2ZQD A; 1ZC2 A; 3SH7 A; 3ZG0 A; 3FZC A; 5CHU A; 4NK3 A; 2HDR A; 4BD1 A; 3OZH A; 1BLH A; 4Z9Q A; 4MBF A; 5GLD A; 4QJG A; 5CXW A; 3ZGA B; 2FFF B; 4WZ4 A; 3O86 A; 1O07 A; 4DXC A; 3GMW A; 3P09 A; 4S2L A; 1ES5 A; 4DE1 A; 3V3S A; 4JXV A; 1K4F A; 4FD8 A; 2WKH A; 4BD0 A; 2Y2Q A; 1IEM A; 1W79 A; 2ZJ9 A; 3UE1 A; 1FSY A; 3NC8 A; 3VP4 A; 1KGE A; 3BLS A; 4H8R A; 4OLG A; 3G34 A; 4XUX A; 5GHX A; 5E2E A; 3ZCZ A; 5E2H A; 1JWV A; 1LHY A; 3PAE A; 2ZC6 B; 3UY6 A; 5HL1 A; 3WRZ A; 4DE2 A; 3BFD A; 4GDN A; 4S2P A; 3O87 A; 4KZ5 A; 3UPP A; 3BFE A; 2Y2M A; 4UHU A; 3VOZ A; 2EXB A; 1EWZ A; 4KZ3 A; 1N4O A; 1DJB A; 4N1H A; 5CEB A; 2ZLY A; 2H0T A; 1IEL A; 2JBF A; 3FV7 A; 1PWG A; 1JTG A; 3HLF A; 4HES A; 1EI5 A; 3ITB A; 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