The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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sequence length |
219
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structure length |
210
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Chain Sequence |
SKQQTSALIHNIFDSHFAAIQIHHDSNSKSEVIRDFYTDRDTDVLNFFFLSIDQSDPSHTPEFRFLTDHKGIIWDDGNAHFYGVNDLILDSLANRVSFSNNWYYINVMTSIGSRHMLVRRVPILDPSTGEVLGFSFNAVVLDNNFALMEKLKSESNVDNVVLVANSVPLANSLIGDEPYNVADVLQRLLVIETPIVVNAVTTELCLLTVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Vibrio harveyi
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| publication title |
Ligand-induced asymmetry in histidine sensor kinase complex regulates quorum sensing.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP
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| total genus |
67
|
| structure length |
210
|
| sequence length |
219
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.13.3: Histidine kinase. |
| pdb deposition date | 2006-06-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | Anthopleurin-A | Anthopleurin-A | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3C38 A; 2HJE A; 3C30 A; 2HJ9 C; 1ZHH B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2W27 A; 4CQH A; 5L10 A; 1L2S A; 4EER A; 1BUE A; 5J8X A; 4S2N C; 3BFF A; 4E3K A; 1GHP A; 2ZMA A; 2H0T A; 4Y3I A; 4ZDX A; 4A5R A; 1JWZ A; 3PXP A; 3UB9 A; 1S4S A; 3NCK A; 2RCX A; 3S7P A; 1GSV A; 4GS9 B; 1KE3 A; 2XQZ A; 5CX7 A; 3PBO A; 3GRJ A; 2Y2G A; 4EU0 A; 1ZUF A; 1WE4 A; 3QHY A; 1JTG A; 3Q82 A; 4B4Z A; 1S66 L; 1RCJ A; 1OT6 A; 2OWJ A; 4NEE D; 4XXR A; 3QNC A; 1XGJ A; 3GEC A; 3LR4 A; 1H8Z A; 1IFQ A; 4NK3 A; 3Q7Z A; 4BD0 A; 2W3H A; 3MXQ A; 2ZC6 B; 5M1A A; 1MZU A; 2IWC A; 1SDE A; 3IF4 A; 5L07 A; 5GHZ A; 3E2L A; 3T4T A; 1ODV A; 2Y91 A; 4S2P A; 3R7W A; 2B5R A; 2Y2M A; 1H8M A; 1HZO A; 4RX2 A; 5EVL A; 1V9Z A; 4Y5F A; 1QMF A; 2VZW A; 2QMI A; 2WKE A; 2PR5 A; 3OPL A; 1T1B A; 2M1C A; 5L8M A; 1Q2P A; 5E2F A; 4R0Q A; 3T4J A; 3LIA A; 2P9V B; 3LI8 A; 5D3O A; 3SS5 A; 3MBZ A; 3ZGA B; 3NBL A; 1ZHH B; 4RA7 A; 1ONG A; 3NJA A; 1XJ2 A; 3BFC A; 4Q0I A; 3IXH A; 2VGK A; 3NOU C; 3LY4 A; 3VOL A; 1HTZ A; 3IWI A; 4G3W A; 1ACF A; 2B02 A; 4OOL A; 3V67 A; 2RNG A; 4EBN A; 2Y2J A; 3DWZ A; 2W1R A; 2D02 A; 3M6B A; 5HL6 A; 4BJP A; 1XJ6 A; 1CEF A; 3ZG9 B; 3L9K A; 4CJN A; 3G34 A; 4CLC A; 2WKI A; 3UB6 A; 1YSQ A; 3MZE A; 2ZM8 A; 1PFL A; 3TOI A; 3VOZ A; 4GD6 A; 3LYX A; 2G2U A; 2H10 A; 5BOH A; 2JBF A; 4RVA A; 5FAP A; 4ZTK A; 2WGI A; 3K3C A; 2JCH A; 3ZG8 B; 1VEU B; 3SH9 A; 2XA7 S; 3KYZ A; 5HSQ A; 1ESI A; 2DMW A; 3CMZ A; 2VJW A; 1IYS A; 3C8C A; 2WAE A; 3C2W A; 2R9X A; 2VGJ A; 4FH4 A; 2R78 A; 1ES3 A; 1BTL A; 3VP2 A; 5HFO A; 4GOG A; 3BQA A; 3IWQ A; 3HLG A; 5DF8 A; 3M2J A; 4HJ3 A; 3VE4 A; 1OTA A; 1I2S A; 3SOI A; 2VK3 A; 1YSP A; 5CTN A; 4KZ5 A; 4C75 A; 5TGF A; 1FIL A; 2OLU A; 2WKQ A; 1ZLH B; 1T19 A; 5FEG A; 4I3I A; 3BJN A; 3SW1 A; 2Y2O A; 3A3D A; 1K55 A; 2ZC7 A; 3F1O A; 1K4F A; 4DE2 A; 2OAP 1; 3S7Q A; 1D6B A; 3WRT A; 1GKU B; 2PDR A; 4GV5 A; 3WS0 A; 1F2K A; 1L0G A; 4BL3 A; 2BLS A; 4Y15 A; 2VA0 A; 3P09 A; 1K6S A; 2BTF P; 4EBL A; 3T1R A; 3AGD A; 5TR7 A; 1AWI A; 4UHU A; 2DLA A; 1ONH A; 2PT7 A; 4GZB A; 1LI0 A; 3NOP C; 4NET A; 5HAP A; 3WWX A; 1K54 A; 1LT0 A; 3OOV A; 1IYQ A; 4U0X A; 2OAQ 1; 1T1A A; 3CHW P; 2NUT C; 4GDN A; 5JYP A; 2PD8 A; 4ETZ A; 1SHI A; 4DE0 A; 2EX9 A; 4LRX C; 4NXE A; 3UY6 A; 4RQ9 A; 1HD8 A; 3OPH A; 3HJI A; 4X1M A; 3ISG A; 4DMZ A; 3FPW A; 3CZD A; 4L0L A; 2B95 A; 2VGL S; 4X6T A; 5A90 A; 4GHI A; 5DTS A; 3V50 A; 1Z09 A; 1PZP A; 4NXF A; 3U2A A; 3RFB A; 4X55 A; 3LID A; 2O0Y A; 1S6R A; 1SHV A; 3W4P A; 5GL9 A; 1YMX A; 1P9R A; 1JWP A; 2LB9 A; 3IF6 B; 1XXM A; 4HP4 A; 4LV1 A; 3IF5 A; 5FQQ A; 1Q2Q A; 3HLF A; 5F6A A; 5EM1 A; 4MBF A; 4ZRR A; 3HLD A; 2P74 A; 3SS4 A; 2QSG A; 3FKW A; 5HL1 A; 5J3W A; 3DTM A; 2B18 A; 1N9L A; 4MN7 A; 1IEL A; 3LIB A; 3O87 A; 4WZ4 A; 2W1T A; 4BMW A; 5IHV A; 4OOY A; 3LR3 A; 2EWV A; 1Y4O A; 3O86 A; 1NYY A; 3RXX A; 1E3U D; 3ZFZ A; 4HHD A; 3VP0 A; 5A91 A; 2W3D A; 3LGO A; 4EWF A; 2D01 A; 1H5O A; 5CGX A; 3IBJ A; 3SH7 A; 5HZH A; 1D06 A; 3VE3 A; 1KDW A; 2WGW B; 5FAQ A; 3MCX A; 3T1X A; 4HBT A; 5TFQ A; 2QKP A; 3QP5 A; 4EBP A; 1PZO A; 1PNE A; 3CUE A; 4QY5 A; 4HBU A; 3IWO A; 1GA9 A; 2H5S A; 5AQB A; 1OTI A; 2Y2I A; 1N9N A; 1WXN A; 1BT5 A; 4KEN B; 4O01 A; 3LIE A; 4EET B; 5FQI A; 3VSK A; 4GS9 A; 2OWH A; 1VET B; 3ZG0 A; 2Y4A A; 4PM9 A; 1SCW A; 4Y0U A; 2Z6C A; 1YMS A; 3NIA A; 4MLL A; 3A3E A; 3LEZ A; 3ZNY A; 3CI6 A; 5DJU A; 5KMW A; 2GJ3 A; 1TDG A; 3JVU A; 4KQR A; 4OP8 A; 3ULF A; 5HAI A; 5EPH A; 1RGZ A; 3F1P B; 3ZYT A; 3JPU A; 2JKG A; 5GHY A; 5DFY A; 4JBF A; 2I9V A; 1RGY A; 4OPY A; 3WS2 A; 1W8Y A; 1CJF A; 3IBR A; 3VP1 A; 4PKY A; 4WYY A; 2HJE A; 2UV0 E; 3IHA A; 3PBN A; 2ZM0 A; 1GCE A; 3IQA A; 2YKH A; 3C38 A; 2V20 A; 4JXV A; 3SH8 A; 5AJG A; 2BDS A; 2EXA A; 2JR3 A; 3UPO A; 1W79 A; 4O7D A; 5FA7 A; 3NUL A; 4FOF A; 1XX2 A; 4MBH A; 2UWX A; 4KG2 A; 3Q7V A; 3G30 A; 4NG2 A; 3D72 A; 2P9V A; 4GCZ A; 5GLD A; 5DF7 A; 2XRN A; 4ZAM A; 4NXG A; 5M19 A; 4HH2 A; 5CEB A; 2KDK A; 2OV5 A; 4QB8 A; 2BG1 A; 4ARZ B; 1NWZ A; 4ETX A; 1HLU P; 2MN3 A; 5EVE A; 1N4O A; 2Q0O A; 4K0W A; 1ZG4 A; 4QHC A; 4K0X A; 2WKR A; 3GR2 A; 3FWL A; 3NHQ A; 3LUQ A; 3DWK A; 4HY8 A; 2PU2 A; 3HCY A; 5KIZ A; 1NRF A; 4GW9 A; 3VV4 A; 1YLZ A; 1XJ4 A; 1FQG A; 3G6O A; 4LPZ A; 1YLT A; 4HOI A; 3PR6 A; 2ZOI A; 4DDY A; 5IU1 A; 4ZJ3 A; 1OTD A; 2IA2 A; 3IX3 A; 1VEU A; 4NXB A; 4HH3 A; 4CLC C; 2OSU A; 1KVM A; 5DFX A; 1FSY A; 1IYP A; 2ZMV A; 1SH1 A; 1WA9 A; 4E6W A; 2HP5 A; 3O88 A; 4ME4 A; 1NZO A; 3PYP A; 4OH0 A; 3PBR A; 3MYV A; 4LCM A; 3T4Q A; 4KQO A; 4KQQ A; 4RYE A; 3G35 A; 1ZG6 A; 2WAF A; 3E98 A; 4I5S A; 4XUZ A; 1I2W A; 3FC7 A; 3AGE A; 2V1Z A; 5TBM B; 4Z1W A; 4JGQ A; 2V0U A; 3IX8 A; 4N1X A; 1OT9 A; 2O99 A; 1BLC A; 3JYI A; 3RJU A; 4KG6 A; 4BEN A; 1NLZ A; 1P97 A; 1MWT A; 4ZJ2 A; 1U60 A; 1B8W A; 2WAD A; 2JE5 A; 2IWD A; 4XT2 A; 4Y13 A; 2Z6D A; 4OLD A; 2O9A A; 3NY4 A; 4JXS A; 4I3A A; 4UEY A; 3S7O A; 3T50 A; 2IKD A; 3LIC A; 1K4E A; 1LLB A; 2BAS A; 3RXW A; 3IT9 A; 2Y2P A; 3EGX C; 5AVF A; 4YNR A; 3P01 A; 1WQK A; 1K55 C; 4QU3 A; 2C6W B; 3MMH A; 3UDX A; 3M6H A; 4LRY C; 5L2F A; 4Y0O A; 3GDI A; 3UB8 A; 3UE1 A; 4WMC D; 1G6O A; 2IWB A; 2V8F A; 5EVI B; 4JPM A; 2V1A A; 4R1G A; 2JKT M; 1PIO A; 5EOO A; 4UA6 A; 2Y2N A; 2HP9 A; 3P98 A; 3PBS A; 4R23 A; 2INW A; 1Y28 A; 1EL6 A; 4PMA A; 3NEC A; 1FCM A; 1ZLI B; 2Q9M A; 1K54 C; 5FSR A; 1YKD A; 3BLM A; 3ZQ5 A; 4HIA A; 5CHU A; 4OQI A; 4UAA A; 1G68 A; 1CF0 A; 3QP6 A; 3KEZ A; 3VSL A; 3VFF A; 2OOL A; 4GJ4 A; 1PWD A; 1SKO A; 3IF6 A; 1OJG A; 2J3T D; 1S4R A; 5AQA A; 3ZVW A; 3B33 A; 4RX3 A; 2Y2K A; 1PW1 A; 2X71 A; 1F5M A; 2ZM2 A; 4GNU A; 2WKH A; 1W63 Q; 1XA1 A; 2XSS A; 2HZ5 A; 4GLQ A; 3H7W B; 3OC2 A; 2ZQ9 A; 4Y2F A; 5EEC A; 5F1F A; 4L9F A; 4B4X A; 1S1Z A; 4WM9 A; 3BEB A; 5IS1 A; 5E2G A; 4MMN A; 2QJ5 A; 3BWL A; 4N1H A; 5CGS A; 3T4O A; 3T4K A; 3OLO A; 4P6Z S; 4JLF A; 4R4S A; 1APF A; 3Q1F A; 1T18 A; 1FOF A; 2XLN A; 4C6Y A; 2XD5 A; 5DKL A; 2WGW A; 3E4Q A; 2ZOH A; 1P9W A; 3TW8 A; 3A3J A; 4OQH A; 1IOU A; 3UE0 A; 4S2O A; 4OPZ A; 1Z99 A; 2XF3 A; 2A24 B; 4LLO B; 5I94 A; 4N9K A; 5HW3 A; 4I3J A; 1G6A A; 5CRF A; 5HWV A; 4JF4 A; 2WZZ A; 4WZ5 C; 3F1N B; 3CUE C; 1VET A; 2DNS A; 2O9B A; 1YQS A; 1FR6 A; 5AVE A; 4LV3 A; 5CHJ A; 4Y0T A; 5FAT A; 2HDQ A; 1NY0 A; 1YLY A; 3OZH A; 4E3N A; 2M7V A; 1L3L A; 4KZ9 A; 4KG5 A; 3UB5 P; 3BYD A; 3A0V A; 3DAV A; 3EEA A; 3TSG A; 2FH5 A; 2WYX A; 1N9B A; 2PBD P; 3P7N A; 1NZU A; 3GVB A; 4BLM A; 3VFH A; 3F1P A; 4E3O A; 1E3U A; 1ERM A; 3IXD A; 4KZ6 A; 3TJZ C; 4K08 A; 5EOE A; 3G31 A; 2V8C A; 2CMN A; 2L1M A; 2R9W A; 1BUL A; 4F94 A; 3C30 A; 2V9A A; 1P0Z A; 3LR5 A; 5HD3 A; 4JXG A; 1EWZ A; 5CXW A; 3T1Q B; 4YIN A; 1BYW A; 1MY8 A; 1XFQ A; 3EWK A; 2MUB A; 4R70 A; 1C3B A; 5FEF A; 3T4S A; 3UN7 A; 3GTC A; 4MEZ A; 4GD8 A; 2V1B A; 4PKY G; 1F98 A; 4R3J A; 2A2L A; 4QWO A; 1QME A; 4EUV A; 3UO9 A; 5IT5 A; 4DRT A; 1YLJ A; 3VP4 A; 2H0Y A; 3FYZ A; 3UPP A; 3LI9 A; 3GQZ A; 3BQ8 A; 5CGW A; 1XFN A; 2ZJ9 A; 1AHL A; 3G4P A; 4FTX A; 4WUJ A; 2K2X A; 4R3B A; 4WL9 A; 4Q8I A; 4ARZ A; 4DKI A; 2W3G A; 1ZKJ A; 3LEQ A; 4GKU A; 4IUK A; 1K0K A; 2HDU A; 1ERO A; 4IVK A; 3HLB A; 3TE8 A; 5HPF A; 4MBK A; 1STZ A; 5CER A; 3HUM A; 2C5W B; 1GL9 B; 1K57 A; 1YM1 A; 4PAU A; 1MWR A; 2JKF A; 1KGE A; 5M18 A; 4IED A; 2HDR A; 5G18 A; 3R7W B; 1V9Y A; 5K5B A; 1L0D A; 3EQU A; 1YT4 A; 2EX2 A; 5HDS A; 1JWV A; 3V3R A; 2ZC4 B; 4FSF A; 3UE3 A; 3NOT C; 3U4L P; 1GHI A; 5E2E A; 4YFM A; 1YLW A; 5G4Y A; 2PHY A; 5EFW A; 1KE0 A; 1YAX A; 2Y2Q A; 1K56 D; 2PR6 A; 3RH8 B; 3A3F A; 3UMD A; 1PWC A; 4X53 A; 5AQ9 A; 5F5Y A; 3Q07 A; 2NUP C; 2QJ7 A; 3V3S A; 3ZVT A; 5TBM A; 4X69 A; 3SZT A; 2H28 A; 3IHB A; 2OLV A; 1XA7 A; 2JKT I; 1K6R A; 1CK3 A; 2ZLY A; 3CPT B; 4EXO A; 2ZQD A; 1TS6 A; 1A0K A; 4WLA A; 4DE3 A; 1ES5 A; 3V5M A; 1UWP X; 3A0R A; 3GSG A; 2Q9N A; 1T1C A; 2PYR A; 2YKF A; 2Y8H A; 3NDE A; 5JYO A; 1MXO A; 2W3E A; 2A3U A; 1KGG A; 1VHM A; 4FH2 A; 4JF6 A; 3ICY A; 2RL3 A; 1WYB A; 3L7H A; 1I5Q A; 1G5U A; 5EVI A; 5HX9 A; 3H9W A; 2XXL A; 1SZV A; 1FIK A; 1DJA A; 2VV7 A; 3KSG A; 2G2W A; 4MN5 A; 4FUW A; 2ACG A; 4F3L B; 3BY8 A; 5TJJ A; 2QPN A; 2P7J A; 3DW0 A; 4EEP A; 3HRE A; 2WKP A; 3K3D A; 4P6Z M; 4OKP A; 2EXB A; 1IYO A; 2ZMF A; 4O8G A; 1KDS A; 1BZA A; 4DN0 A; 1FCO A; 5FQ9 A; 2JN7 A; 2Y59 A; 4R38 A; 1M6K A; 1MWU A; 3BLS A; 2Y2L A; 4LCL A; 5FI7 A; 3IF6 C; 3PBT A; 2XA7 M; 4X1L A; 3PAG A; 3AGF A; 5EE8 A; 2WUQ A; 2HJ9 C; 4PM8 A; 4YIR A; 2J8Y A; 1DP6 A; 3D4F A; 2EWW A; 5A92 A; 1VM1 A; 3MJQ A; 2KLI A; 5FQJ A; 3UDF A; 4WMC A; 1XP4 A; 4PM5 A; 2K7S A; 4R6L A; 4DF6 A; 3EEH A; 4R4R A; 3BFG A; 5C5K A; 5F82 A; 5FL3 A; 1MPL A; 1IKI A; 3MR0 A; 4KZ3 A; 2ZQ8 A; 3BEC A; 4KZA A; 5HPI A; 4H6J B; 3HVF A; 2AVX A; 4DXC A; 1ALQ A; 3BM6 A; 3UE6 A; 5GLC A; 2FZ0 A; 2ZQ7 A; 2A24 A; 1JTD A; 3NC8 A; 4PM7 A; 1ZC2 A; 2HF6 A; 4WEJ A; 4ZBE A; 5EVI D; 2EX6 A; 3CWF A; 4X68 A; 2V2F F; 3IS2 B; 4D2O A; 4U0T A; 4OVD A; 3S4X A; 2LB5 A; 3F1N A; 1J9M A; 3MKF A; 1W63 M; 1GSX A; 1BLP A; 1LSW A; 3T1S A; 4WEL A; 3N4I A; 3SS3 A; 2JHE A; 3B42 A; 3VOY A; 1E4D A; 3CAX A; 3B3X A; 3LY3 A; 4MCW A; 2L4R A; 5CHM A; 3S1Y A; 3V39 A; 1D1J A; 3MFD A; 2XR0 A; 5HAQ A; 3MZF A; 1BLH A; 4NKP A; 2PU4 A; 3EGD C; 1SKF A; 1LL8 A; 3HLE A; 2VGL M; 4P87 A; 3CLO A; 4S2M A; 1NYM A; 3KSF A; 3G2Y A; 3UDI A; 2ZQA A; 1PWG A; 2QWS A; 1JNU A; 1KVL A; 3D9Y A; 3FV7 A; 4HQA A; 3T12 B; 5CEC A; 5HAR A; 2WGV A; 3DBA A; 3VP3 A; 5FQM A; 1AXB A; 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