The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
101
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sequence length |
369
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structure length |
369
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Chain Sequence |
FTIAAKHAIAVEANTGKILYEKDATQPVEIASITKLITVYLVYEALENGSITLSTPVDISDYPYQLTTNSEASNIPMEARNYTVEELLEATLVSSANSAAIALAEKIAGSEKDFVDMMRAKLLEWGIQDATVVNTTGLNNETLGDNIYPGSKKDEENKLSAYDVAIVARNLIKKYPQVLEITKKPSSTFAGMTITSTNYMLEGMPAYRGGFDGLKTGTTDKAGESFVGTTVEKGMRVITVVLNADHQDNNPYARFTATSSLMDYISSTFTLRKIVQQGDAYQDSKAPVQDGKEDTVIAVAPEDIYLIERVGNQSSQSVQFTPDSKAIPAPLEAGTVVGHLTYEDKDLIGQGYITTERPSFEMVADKKIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Streptococcus pneumoniae r6
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| publication title |
Crystal structure of a peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3) from Streptococcus pneumoniae
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
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| total genus |
101
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| structure length |
369
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| sequence length |
369
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.16.4: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase. |
| pdb deposition date | 2004-10-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00768 | Peptidase_S11 | D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase |
| A | PF07943 | PBP5_C | Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 | D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HDS A; 4KZ5 A; 4KZ3 A; 3C5A A; 2RCX A; 5AQ7 A; 5TFQ A; 3BRM A; 3DWZ A; 1GHP A; 4KG2 A; 5HX9 A; 4WYY A; 4B4Z A; 4DF6 A; 3ZVW A; 4N9L A; 2WGI A; 1G68 A; 4XUX A; 4IVK A; 3OC2 A; 5EVI C; 1KGG A; 2PBY A; 1E3U D; 4XXR A; 1ALQ A; 4OOY A; 5FI6 A; 1DJA A; 5HFO A; 3ZG0 A; 1YLY A; 3PTE A; 4JXS A; 5CRF A; 3B3X A; 5IHV A; 4BLM A; 5HW3 A; 1ZG6 A; 4EWF A; 4GDN A; 4DE0 A; 2XFT A; 3NI9 A; 2IWD A; 1HZO A; 3VOZ A; 3G35 A; 5FAO A; 1K55 C; 4FH2 A; 3VFH A; 3SH8 A; 4DDY A; 2Z2L B; 1PYY A; 4OLD A; 4WZ5 C; 3ZCZ A; 1YLW A; 5GHX A; 3M6B A; 1CI8 A; 5E2E A; 2P9V B; 4OON A; 3C4P A; 2J9O A; 3UN7 A; 1WE4 A; 1XPB A; 3IF6 B; 5FAP A; 1K6S A; 3MZD A; 4OQG A; 2EX9 A; 2XH9 A; 3N8L A; 2XFS A; 3G2Z A; 3IXG A; 4N9K A; 4QY5 A; 2ZQ8 A; 4RX3 A; 3S4X A; 4DXC A; 1NZO A; 4QY6 A; 3N8R A; 3IT9 A; 3EQV A; 3LO7 A; 3FYZ A; 3QHY A; 5CER A; 2ZC4 B; 1XA7 A; 2A3U A; 5FSR A; 4P6B A; 1KGE A; 3NBL A; 4DE1 A; 4DRT A; 3Q7V B; 4OQH A; 4JF5 A; 3O86 A; 1DY6 A; 1W8Y A; 1BLC A; 1BZA A; 1O7E A; 1YQS A; 1U60 A; 2Y2M A; 1IYQ A; 3N6I A; 1FOF A; 3M2K A; 2EXA A; 1MBL A; 1S0W A; 1VM1 A; 4QU3 A; 3S22 A; 4BJP A; 4EBN A; 4Y0T A; 3O3V A; 3MBZ A; 3DTM A; 3BEB A; 3BFG A; 4OP8 A; 1KE0 A; 1BSG A; 4PM6 A; 1K57 A; 1S6R A; 1ES5 A; 5J8X A; 2EXB A; 4UA9 A; 3PBS A; 3NY4 A; 4A5R A; 2Q9M A; 4N92 A; 3V50 A; 5M1A A; 1FSW A; 4Y0O A; 5E2G A; 4F94 A; 2WGW A; 4X55 A; 2ZM0 A; 5DF9 A; 5FDH A; 5HL1 A; 3CMZ A; 3CZD A; 2EX6 A; 4R3B A; 5FQJ A; 2Y2O A; 1L0E A; 1YLT A; 2WYX A; 3HLD A; 5FQM A; 5TR7 A; 3UNW A; 3V5M A; 3PBQ A; 3M2J A; 4OOM A; 1E25 A; 1ES4 A; 2HP9 A; 4LV3 A; 4MNR A; 4OVD A; 4CPK A; 4E6X A; 2Y2L A; 2Y91 A; 4QJG A; 4KZ6 A; 5DF7 A; 1XKZ A; 4X69 A; 1QME A; 5KZH A; 2G2U A; 1Z6F A; 1MWR A; 2WK0 A; 4EQI A; 2XDM A; 3G34 A; 3ZDJ A; 1PW1 A; 3W4Q A; 4D2O A; 1E3U A; 2Y2H A; 1BUE A; 1J9M A; 1SHV A; 2Y2Q A; 3NCK A; 4E6W A; 3UPO A; 2ZC3 B; 4R23 A; 2DNS A; 5FA7 A; 2WKH A; 3LEZ A; 1ERM A; 1LL5 A; 1I5Q A; 4E3M A; 5A93 A; 1IKI A; 2XEP A; 2ZQA A; 4P85 A; 1K38 A; 2EX2 A; 4U0X A; 4QD4 A; 3RXX A; 3VSK A; 3W8K A; 4BD0 A; 4E3O A; 5FQI A; 5FAQ A; 3N4I A; 3NC8 A; 5BOH A; 4WEJ A; 4UAA A; 2V1Z A; 3ZG9 B; 4MBF A; 3UE0 A; 2Y55 A; 1K54 C; 4CJN A; 3IF6 A; 3PAG A; 3V3R A; 4JBF A; 5F83 A; 4KG6 A; 3NDE A; 4X68 A; 5HAQ A; 3M6H A; 4S2O A; 4OQ0 A; 4OPR A; 3LY4 A; 1CEF A; 3SS3 A; 1FR1 A; 4DE3 A; 4NK3 A; 3QNC A; 2VGJ A; 3A3F A; 3G2Y A; 4YIN A; 3WS0 A; 4GD8 A; 3OPP A; 4JKT A; 5GLC A; 2ZMA A; 1MWS A; 4N1H A; 1FR6 A; 3UDX A; 4WBG A; 5EVI A; 1KE3 A; 5FAS A; 5CTN A; 3RXW A; 4LV2 A; 2V20 A; 5A90 A; 3LCE A; 1O07 A; 4GNU A; 3ZNY A; 1I2S A; 3BYD A; 3G31 A; 3HUN A; 1ONH A; 4KQQ A; 4UA7 A; 2WGW B; 1L2S A; 1SDE A; 1K55 A; 2ZJ9 A; 4WEL A; 4Y0U A; 3VSL A; 4GD6 A; 4S2K A; 2FFY A; 3BFE A; 4WZ5 A; 1RCJ A; 2H5S A; 3DW0 A; 4KEN B; 1JTG A; 3LY3 A; 4K91 A; 3DWK A; 1IKG A; 5A92 A; 1NJ4 A; 5DTS A; 4KG5 A; 4LV0 A; 5GHY A; 4OQI A; 2Y2J A; 1SCW A; 3HLB A; 1MY8 A; 4P87 A; 4RVA A; 3IWQ A; 4R3J A; 2EFX A; 2WZZ A; 5L2F A; 3MXR A; 3VP4 A; 2RL3 A; 4GZB A; 5JYP A; 1K6R A; 3A3I A; 5FQ9 A; 2DCF A; 2A49 A; 2I72 A; 1QMF A; 5EE8 A; 3TOI A; 2Y59 A; 4UA6 A; 4OPY A; 2VGK A; 5D3O A; 1DJB A; 4KZ9 A; 4KZ8 A; 2HP6 A; 1H8Z A; 3G30 A; 4O7D A; 1K25 A; 3S1Y A; 4PM7 A; 2XD5 A; 3AGE A; 5CTM A; 2ZC5 B; 4QB8 A; 1PZP A; 4LCL A; 2R9X A; 4ZDX A; 3MFD A; 3P98 A; 3Q82 A; 3IWI A; 3RJU A; 3SH9 A; 3BFD A; 5FI7 A; 4E3N A; 1FCN A; 1ZKJ A; 3WRZ A; 4GB7 A; 1HTZ A; 5AQ9 A; 3BLM A; 5I94 A; 2XQZ A; 1CI9 A; 2OSU A; 5CEB A; 1L0F A; 3D4F A; 2IWC A; 1XGI A; 2H0T A; 4MBK A; 4KZ7 A; 3NDG A; 1W5D A; 1IYS A; 5EOO A; 2J9P A; 1EWZ A; 2WUQ A; 5DTK A; 1WYB A; 2C6W B; 5DTT A; 1M40 A; 4KZ4 A; 4ZJ3 A; 3W4P A; 4PPR A; 1L0D A; 3OCN A; 2HPB A; 1BTL A; 1JWZ A; 5EVI D; 5CHM A; 3GMW A; 4RA7 A; 2CC1 A; 5EVI B; 4E3K A; 3PBN A; 3HLF A; 4N1X A; 3A3D A; 4HEF A; 3G4P A; 3SOI A; 2IWB A; 3VP3 A; 3NIA A; 3TSG A; 1NYY A; 3FKV A; 4B4X A; 1G6A A; 3ZGA B; 1N9B A; 1FSY A; 2J8Y A; 3V39 A; 1SKF A; 3PAE A; 2ZC6 B; 1PWG A; 1KVL A; 3ZVT A; 2WGV A; 3O88 A; 5M19 A; 1AXB A; 2WAD A; 4OP5 A; 1IEM A; 1ES3 A; 2UWX A; 1N4O A; 4HES A; 2Q9N A; 1XXM A; 1ESU A; 5JYO A; 3O87 A; 3Q07 A; 4PMA A; 3WRT A; 5FAT A; 2QZ6 A; 3GQZ A; 2OLU A; 2GDN A; 3MKE A; 5CHU A; 3BFC A; 5DVA A; 4BD1 A; 2H0Y A; 1NY0 A; 1Y54 A; 3UPP A; 1VQQ A; 1K54 A; 5EUA A; 4FH4 A; 4KZB A; 2E8I A; 1W79 A; 2WZX A; 4M3K A; 3WS2 A; 3UE1 A; 4K0X A; 4R1G A; 2FFF B; 2V2F F; 4LV1 A; 4HBU A; 4UHU A; 1YLZ A; 3A3J A; 3GSG A; 4JLF A; 1GHI A; 2ZQD A; 1RP5 A; 3IWO A; 4IBX A; 3GR2 A; 5GLB A; 4X56 A; 3BEC A; 4WM9 A; 3UDI A; 3GVB A; 3MZE A; 2XLN A; 3IHA A; 1YMS A; 1OME A; 2Y4A A; 1PIO A; 1LLB A; 2BLS A; 1ZG4 A; 3VP2 A; 1MPL A; 4JF4 A; 1PWD A; 2JCH A; 4IBR A; 4FCF A; 3FWL A; 3JYI A; 1ERO A; 4XUZ A; 4Y7P A; 3ISG A; 3GRJ A; 1BUL A; 4OOL A; 5F82 A; 2ZLY A; 1HD8 A; 1GA9 A; 3IF5 A; 1YLJ A; 4IVI A; 2EX8 A; 4IED A; 1PZO A; 3VP1 A; 4ID4 A; 5GLD A; 4BQM A; 5CXW A; 1I2W A; 5M18 A; 2DRW A; 2PU2 A; 3P09 A; 3ZFZ A; 1XP4 A; 2ZD8 A; 5DF8 A; 3I7J A; 2OLV A; 1YM1 A; 3TG9 A; 1JVJ A; 5CGX A; 3HL9 A; 3HBR A; 1PW8 A; 2P74 A; 5GL9 A; 3AGF A; 5FQQ A; 2HP5 A; 1PI5 A; 2BG1 A; 1WYC A; 3MXS A; 4PM8 A; 5E43 A; 1K4E A; 3HVF A; 1JWP A; 2EFU A; 3IHB A; 1LHY A; 1IYP A; 3A3E A; 3N7W A; 3VFF A; 5CGS A; 5GHZ A; 2XD1 A; 3WWX A; 2Y2G A; 1NXY A; 3IF6 C; 3IXB A; 3IH8 A; 4B88 A; 1K56 A; 4S2N C; 4GOG A; 1CEG A; 5AQB A; 4RX2 A; 5CHJ A; 4JXW A; 5KSH A; 4H8R A; 3UY6 A; 4JF6 A; 4Z9Q A; 4DDS A; 5F1G A; 4BL3 A; 4GN2 A; 2XF3 A; 1HVB A; 3EQU A; 3BLS A; 3SH7 A; 3E2K A; 4ZTK A; 1GA0 A; 1TDG A; 3VP0 A; 4E3I A; 2JC7 A; 2B5R A; 5A91 A; 5HAI A; 1Q2Q A; 4C3Q A; 3CJM A; 2ZM2 A; 1YT4 A; 4R4R A; 1CK3 A; 4WZ4 A; 4DKI A; 4JXG A; 1ONG A; 1YLP A; 3OPR A; 1GCE A; 4P0M A; 3HRE A; 4ZJ2 A; 1JWV A; 4HBT A; 4S2L A; 4S2M A; 1DJC A; 1GHM A; 3HUM A; 1ESI A; 1PI4 A; 2Y2K A; 1EI5 A; 2WAE A; 3AGD A; 3IXH A; 2C5W B; 3PBR A; 1BLS A; 4OKP A; 5E2F A; 5HAR A; 3OPL A; 4MBH A; 3E2L A; 3Q7Z A; 4RYE A; 1FCM A; 5U47 A; 2PU4 A; 1Q2P A; 5F1F A; 3N8S A; 3GV9 A; 1IEL A; 3BM6 A; 2JBF A; 3ZNT A; 3ZG7 B; 2XR0 A; 3C7V A; 4ZBE A; 5EEC A; 5EVL A; 3HLC A; 3HLG A; 4ZAM A; 3WS1 A; 2XGN A; 2ZQC A; 3UE3 A; 4KZA A; 1NYM A; 1W8Q A; 5GLA A; 2OV5 A; 1KDS A; 2WKE A; 3V3S A; 1MXO A; 1K4F A; 2Y2N A; 1C3B A; 5KMW A; 1PWC A; 1NZU A; 4FSF A; 4C6Y A; 2WKI A; 3Q1F A; 2JE5 A; 1KGF A; 2QPN A; 4S2P A; 4S2I A; 3VOY A; 3GTC A; 4X53 A; 4OPZ A; 4WMC A; 1K56 D; 3G32 A; 4PM9 A; 1BT5 A; 3WS4 A; 4PM5 A; 3QNB A; 1LL9 A; 4U0T A; 3MZF A; 2R9W A; 1NRF A; 1YMX A; 4EBP A; 2X71 A; 5CEC A; 4U3T A; 3HLW A; 4S2J A; 4X6T A; 3HUO A; 4JXV A; 4ZJ1 A; 5KSC A; 2HDQ A; 2ZC7 A; 2G2W A; 3IH9 A; 2Y2I A; 4EUZ A; 3FV7 A; 4GDB A; 4E3L A; 1TEM A; 2ZM8 A; 4LCM A; 5CGW A; 2X01 A; 3WS5 A; 2XK1 A; 1RGY A; 1TDL A; 3IXD A; 1L0G A; 1JTD A; 1LI0 A; 1MKI A; 3MKF A; 1H8Y A; 1FQG A; 5FQK A; 1ZC2 A; 4OH0 A; 5CED A; 1E4D A; 4MEZ A; 4OPQ A; 4MLL A; 3ITA A; 3UO9 A; 1K57 C; 1W7F A; 3OCL A; 3UPN A; 1SDN A; 4EBL A; 1KVM A; 5HAP A; 2Y2P A; 4DXB A; 2WAF A; 1H5X A; 1RGZ A; 4GKU A; 2HDU A; 4JPM A; 4QHC A; 2QMI A; 3PBT A; 4OLG A; 4YFM A; 1KE4 A; 3FZC A; 1XA1 A; 1ES2 A; 3CG5 A; 5AQA A; 1TVF A; 4K0W A; 2P9V A; 3SS4 A; 4DE2 A; 3Q81 A; 2H10 A; 3HLE A; 4WEK A; 1KDW A; 4L0L A; 3BFF A; 3FKW A; 3ZG5 A; 4Q8I A; 4C75 A; 5EOE A; 4KQR A; 2ZQ7 A; 1XGJ A; 4S2N A; 4E3J A; 1LI9 A; 3OPH A; 1BLH A; 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