The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
114
|
structure length |
114
|
Chain Sequence |
IDLLENLTAVIQDYPNPACIRDETGKFIFCNTLFHESFLTQDQSAEKWLLSQRDFCELISVTEMEAYRNEHTHLNLVEDVFIQNRFWTISVQSFLNGHRNIILWQFYDAAHVRH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| publication title |
The crystal Structure of the N-terminal PAS domain of the F plasmid TraJ
rcsb |
| molecule keywords |
Protein TraJ
|
| total genus |
30
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KUK A; 2L0W A; 4GHI A; 3CAX A; 3CWF A; 5DJT A; 2OWH A; 3RH8 B; 4KUO A; 5G4Y A; 2A24 A; 1V9Z A; 3NHQ A; 4I3I A; 4HJ6 A; 2YKF A; 2PYR A; 1XJ2 A; 3P7N A; 4I5S A; 2D02 A; 1TS6 A; 4NXE A; 2M1C A; 3LYX A; 5AVF A; 1TS8 A; 1UWP X; 1GSX A; 3MQQ A; 4L9G A; 3NJA A; 1JNU A; 5HDS A; 1X0O A; 4I39 A; 4EER A; 2J80 A; 2JN7 A; 3RTY A; 5HDC A; 3A0S A; 4EEP A; 4EQ1 A; 3K3C A; 2Z6C A; 4HNB A; 3LIE A; 3ICY A; 3H9W A; 4H6J B; 3C8C A; 3PYP A; 3HJI A; 3F1O A; 3OLO A; 2YKH A; 3ULF A; 5HDD A; 3FG8 A; 4PKY G; 3UB7 A; 1DP6 A; 3NOU C; 1XJ4 A; 5AVE A; 2PD8 A; 4LPZ A; 2QHK A; 4HH3 A; 4L9E A; 5HZH A; 1WA9 A; 4R6L A; 5DKK A; 5J4E A; 2JHE A; 1GSV A; 4HOI A; 5IS1 A; 2VLG A; 2A24 B; 4WLA A; 1DP9 A; 3VE3 A; 1LSV A; 3K3D A; 4GCZ A; 1TS0 A; 2W27 A; 2VV8 A; 1F98 A; 2V0W A; 4HP4 A; 1S4R A; 4HIA A; 1KOU A; 3E4Q A; 5HWW A; 1UGU A; 4H6J A; 2VEA A; 1N9N A; 5DKL A; 1TS7 A; 4HY8 A; 4HJ3 A; 1OTA A; 3MQO A; 1D06 A; 5F5Y A; 1XFN A; 2ZBB A; 1OT6 A; 4WF0 A; 5HD3 A; 5KIZ A; 5A8B A; 4HI4 A; 2PD7 A; 4I3J A; 2QJ5 A; 1ODV A; 4EES A; 2ZOH A; 4JGR A; 1MZU A; 1S66 L; 4DJ3 A; 3LUQ A; 3MJQ A; 1T1A A; 1LSW A; 1OTE A; 3VOL A; 4RQ9 A; 2OOL A; 1VB6 A; 3F1O B; 4BBU A; 3H82 B; 4WUJ A; 1XJ6 A; 2D01 A; 4BBT A; 1Y28 A; 2WKR A; 4GS9 A; 2QWS A; 4BBV A; 4LRZ E; 3NOP C; 4XT2 B; 1BYW A; 4LLO B; 1T18 A; 3BY9 A; 1XFQ A; 3LID A; 3UME A; 4R38 A; 3MXQ A; 5HSQ A; 4HQA A; 5F68 A; 2VV6 A; 1D7E A; 2HV1 A; 2W0N A; 4LRY C; 5F6A A; 4YWZ A; 1OTI A; 2KDK A; 2V0U A; 3KX0 X; 2L4R A; 5HWT A; 3BWL A; 3H82 A; 1XJ3 A; 2KX6 A; 3MFX A; 1EW0 A; 2K7S A; 1DRM A; 1T1B A; 4MN6 A; 4XT2 A; 3LIA A; 1OJ5 A; 5J3W A; 1S67 L; 4R70 A; 4I3A A; 2OWJ A; 2L1M A; 2CMN A; 4WL9 A; 1LT0 A; 3EEH A; 1GSW A; 3C2W A; 4GS9 B; 3G6O A; 3LI8 A; 1N9L A; 2ZOI A; 1OT9 A; 2INW A; 3A0V A; 3B33 A; 1V9Y A; 2QJ7 A; 5I5L A; 4GW9 A; 4LRX C; 3F1N B; 5HWV A; 1LL8 A; 4JGO A; 4NXF A; 4F3L A; 4E04 A; 4MN5 A; 4L9F A; 3T50 A; 3UB8 A; 1LSX A; 3IBR A; 1OTB A; 3LIC A; 1OJG A; 3UB9 A; 1UWN X; 2P7J A; 4HP9 A; 4HJ4 A; 1P97 A; 4JGQ A; 1N9O A; 3HJK A; 2QKP A; 3PHY A; 4EET B; 5DJU A; 2V1B A; 5G4Z A; 2PDR A; 3F1P B; 1F9I A; 2PR5 A; 2PYP A; 4JGP A; 2V1A A; 1DP8 A; 4NXB A; 3F1N A; 4WN5 A; 2GJ3 A; 4NXG A; 3MR0 A; 3IS2 B; 4I38 A; 4K08 A; 4HHD A; 4M4X A; 3BY8 A; 3H7W B; 2WKQ A; 3LI9 A; 1S1Y A; 3VE4 A; 3D72 A; 5HD5 A; 4EXO A; 2PR6 A; 3EWK A; 2R78 A; 3NOT C; 1P0Z A; 4DJ2 A; 2B02 A; 3GEC A; 3E4O A; 3FC7 A; 2PHY A; 5IU1 A; 5TBM B; 4EW7 A; 4F3L B; 3F1P A; 1S4S A; 3E4P A; 4B9O A; 4HH2 A; 4GHI B; 2BAS A; 3LIF A; 3A0R A; 4PKY A; 2WKP A; 3LIB A; 2I9V A; 3IS2 A; 1OTD A; 1G28 A; 3SW1 A; 3UB6 A; 2Z6D A; 2V9A A; 3H7W A; 1T19 A; 2EA9 A; 3ZQ5 A; 5J7E A; 3CLO A; 3GDI A; 3UE6 A; 1S1Z A; 4KQD A; 5F69 A; 4EEU A; 1NWZ A; 1T1C A; 2H28 A; 4R3A A; 5TBM A; 5EFW A; 2VV7 A; 3UMD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KUK A; 2L0W A; 3JVU A; 3HLW A; 1SZV A; 3QP2 A; 4ZJ1 A; 4IVK A; 2R9X A; 5HW3 A; 3OC2 A; 3TW8 A; 4MLL A; 2A24 A; 5HAP A; 5HL1 A; 2ZQC A; 4DF6 A; 4PHT A; 2PYR A; 3P7N A; 3OOV A; 4JKT A; 1KGG A; 2D02 A; 4E6X A; 4MCW A; 3O3V A; 2W3F A; 5AVF A; 3VP1 A; 4OPQ A; 3T1Q B; 3T4K A; 1ZTU A; 4CLC A; 5FEF A; 1JNU A; 5DF9 A; 5HDS A; 4LCM A; 3UB5 P; 4I39 A; 4BWI A; 1EI5 A; 1PI5 A; 4UAA A; 3N8R A; 3T1R A; 1BUE A; 2GX5 A; 4EQ1 A; 2VGL M; 5CEB A; 3IH9 A; 4H6J B; 1J9M A; 2R9W A; 1ONH A; 4S2O A; 2YKH A; 1MPL A; 4UA6 A; 4K0W A; 4PKY G; 1DP6 A; 1XJ4 A; 3UPO A; 2ZQD A; 3M2K A; 4C6Y A; 3VSK A; 3V3S A; 2JE5 A; 1VM1 A; 4R6L A; 4HOI A; 4ESP A; 5BOH A; 2WGW B; 2VLG A; 2O0Y A; 1DP9 A; 3VE3 A; 4GB7 A; 1LSV A; 4Y17 A; 1TS0 A; 3UPP A; 5M18 A; 2XK1 A; 3HRE A; 1BZA A; 1F98 A; 4E3M A; 5EUA A; 4DMZ A; 1S4R A; 1NZU A; 3OCN A; 4HIA A; 2IA2 A; 4JF4 A; 3T1X A; 3IF6 A; 3BQA A; 4H6J A; 2JKR M; 4BL3 A; 1H8Y A; 5DKL A; 1OME A; 3NI9 A; 2XA7 S; 1G6A A; 3G34 A; 5DTS A; 1S6R A; 3BEB A; 5GHZ A; 1PYY A; 3HL9 A; 3WS2 A; 2AVX A; 4DDY A; 3O86 A; 2O9C A; 4N1X A; 4I3J A; 4ZDX A; 2WGV A; 4EBN A; 3DBA A; 4Y0U A; 1E4D A; 4EES A; 3DW0 A; 3EQV A; 4D60 A; 3L9K A; 4P0M A; 2H10 A; 3LUQ A; 2HGV A; 3MSH A; 4QJG A; 1IYS A; 2DNS A; 3B3X A; 3H82 B; 2ZL1 B; 5CGX A; 4U0X A; 3BQ8 A; 1Y28 A; 2PU4 A; 1K54 C; 4IBX A; 3HUN A; 4YNR A; 1U60 A; 4B88 A; 3D3O A; 4KG6 A; 2A3U A; 1BLC A; 3R7W B; 2BTF P; 1LLB A; 4OOL A; 3EOI A; 1YLT A; 5CED A; 3CG5 A; 5F68 A; 2HDU A; 4LFU A; 3HLB A; 3AGD A; 5CGS A; 3E2L A; 2VZW A; 1BLP A; 1TD5 A; 4N92 A; 5D3O A; 5FAQ A; 2Y2H A; 2G7U A; 4BL2 A; 5IT5 A; 2L4R A; 5HWT A; 3IX3 A; 1JVJ A; 3H82 A; 2ZL1 A; 4L0L A; 4S2M A; 2W3H A; 1DY6 A; 2RCX A; 1YT4 A; 1G68 A; 1ESI A; 2NUP C; 3W4P A; 1KE4 A; 1DRM A; 5HAI A; 4KZ9 A; 3W8K A; 4IED A; 1BTL A; 3OPH A; 3R7W A; 4ARZ A; 1S67 L; 2E8I A; 3ZG9 B; 4R1G A; 4IUK A; 5EVL A; 1K55 A; 4X56 A; 1K56 D; 3UDI A; 1NYY A; 3HCY A; 5HAQ A; 1W8Q A; 2QPN A; 2QYB A; 3BFD A; 4X1M A; 4EUZ A; 2EXA A; 5FQQ A; 5MC7 A; 3SH7 A; 1SKO B; 2PAV P; 4B4X A; 4DRT A; 3Q1F A; 2E8J A; 2LB9 A; 2WAD A; 1PWD A; 3C30 A; 3GTC A; 4KG5 A; 5I5L A; 4X68 A; 4Q8I A; 4BD1 A; 3VV4 A; 1HVB A; 4N1H A; 3IF5 A; 2EX9 A; 1FSW A; 2ZLY A; 2W3D A; 5GLB A; 1LL9 A; 1G6O A; 4OQH A; 1OJG A; 3TJZ C; 1TF1 A; 2GDN A; 5K5B A; 1GA9 A; 1P97 A; 1SKO A; 5AQ9 A; 1ZHH B; 1K25 A; 2LB5 A; 4KQR A; 2PYP A; 4JXV A; 5EEC A; 3E2K A; 3SH8 A; 1DP8 A; 4LEN A; 2Z2L B; 1MWR A; 4NXB A; 4Y15 A; 1YM1 A; 4U0T A; 2V2F F; 4K08 A; 4KZ6 A; 4HHD A; 3EEA A; 4FUW A; 3M6H A; 3LY3 A; 1XGJ A; 3ZGA B; 1TDG A; 4GDN A; 2X01 A; 2JKG A; 2WKQ A; 4S2K A; 3P01 A; 1CK3 A; 1YLP A; 1JTD A; 3D72 A; 3VP2 A; 2Q0O A; 2PR6 A; 5IHV A; 2DCF A; 3T4Q A; 1P0Z A; 3MKF A; 5EOE A; 3ITB A; 3TE8 A; 2QZ6 A; 3G35 A; 3E4O A; 2PHY A; 3ZFZ A; 5TBM B; 2ZQ8 A; 3JPU A; 3BJN A; 3IHB A; 3ITA A; 3R4K A; 5LBR A; 4PKY A; 3A0R A; 1N9B A; 2WKP A; 3DAV A; 4R23 A; 4WM9 A; 2X71 A; 1I5Q A; 3UN7 A; 2A49 A; 3VP4 A; 2WGI A; 1JWZ A; 3NC8 A; 3OCL A; 2EA9 A; 3FYZ A; 3T4O A; 4IHQ A; 3CLO A; 4Z1W A; 3FV7 A; 1S1Z A; 5F69 A; 3IXH A; 3QNB A; 4HBU A; 3BFE A; 2XGN A; 4EEU A; 1T1C A; 2K31 A; 3DWZ A; 4E6W A; 4FH4 A; 4RA7 A; 4E3K A; 5A93 A; 5TBM A; 5EFW A; 2ZC3 B; 1LL5 A; 3PAG A; 3KSH A; 1SDN A; 5DFX A; 2B95 A; 2XRO A; 3WS4 A; 4C3Q A; 3CWF A; 2VKS A; 5DJT A; 3RH8 B; 3MS6 A; 1H8Z A; 4B4Z A; 3WS1 A; 4X1L A; 2VJW A; 4LCL A; 4GZB A; 1N4O A; 2Y4A A; 1XX2 A; 3AGE A; 1XA1 A; 1IYP A; 2IWB A; 4HJ6 A; 2YKF A; 4ETX A; 4I5S A; 1TS6 A; 1KE3 A; 4O0P A; 4GLQ A; 3PBN A; 3FZC A; 1K6S A; 5CGW A; 1YSQ A; 1UWP X; 1JWV A; 5FL3 A; 5E2H A; 2ZM2 A; 3GR2 A; 5F83 A; 2NUT C; 3NCK A; 4WYY A; 3FWL A; 1NYM A; 4YIN A; 2J80 A; 3N7W A; 2ZM8 A; 5HDC A; 4WZ4 A; 2P04 A; 3A0S A; 4JF5 A; 1CI8 A; 3N4I A; 4HNB A; 3LIE A; 2ZMF A; 4O01 A; 3T4J A; 3ICY A; 3LR4 A; 5EVI B; 3MMH A; 3MZF A; 3C8C A; 4NK3 A; 2RL3 A; 3DTM A; 3F1O A; 2JCH A; 3OLO A; 3ULF A; 3FG8 A; 5AQA A; 3UB7 A; 1BUL A; 1STZ A; 2PD8 A; 3ZVT A; 1L0E A; 4HH3 A; 4EBL A; 5HZH A; 2UV0 E; 4P85 A; 3RJU A; 5AQ7 A; 1Y4O A; 3KSI A; 3HLG A; 3B47 A; 2A24 B; 4XUZ A; 1XKZ A; 3P98 A; 1FCM A; 2W1T B; 5GLA A; 4UA9 A; 3SZT A; 5EPH A; 5FAP A; 2B5R A; 1H5X A; 3SS4 A; 4MNR A; 5M19 A; 4LV3 A; 4G3W A; 3WWX A; 5EVI A; 1Y54 A; 3C5A A; 2ZC4 B; 1D06 A; 5F5Y A; 4IUH A; 5DVA A; 2WUQ A; 5FI2 A; 4WF0 A; 5KIZ A; 4PAU A; 3VOY A; 4X55 A; 3G30 A; 3PBO A; 3S7Q A; 3BFC A; 5E2E A; 2UWX A; 4PPR A; 4S2N C; 3ZYT A; 2Y2L A; 1QMF A; 3MJQ A; 2W1T A; 1LSW A; 4ME4 A; 2J3T C; 1XPB A; 4KG2 A; 3C4P A; 4OQ0 A; 2OOL A; 1VB6 A; 1K4F A; 4BBU A; 3W2Z A; 2W3G A; 3UDX A; 2WKR A; 1IYO A; 2V8F A; 4QPR A; 3BLM A; 2QWS A; 4GOG A; 2ZQ7 A; 4BBV A; 1KGE A; 1BYW A; 5FAS A; 1T18 A; 5FSR A; 4FSF A; 4OLD A; 3BY9 A; 2WYX A; 1NJ4 A; 1MC0 A; 2FH5 A; 1JTG A; 3FPV A; 5HSQ A; 4KQO A; 4MBH A; 1YAX A; 1BLS A; 1YSP A; 2VK3 A; 4FCF A; 3EGD C; 3T12 B; 2H0Y A; 3IF6 B; 1PFL A; 4BMW A; 2ZC5 B; 1OTI A; 3IWQ A; 1ALQ A; 1L0F A; 3KX0 X; 2A2L A; 2EFU A; 3BWL A; 4HES A; 1GHI A; 1XJ3 A; 2KX6 A; 3MFX A; 2DMW A; 3ISG A; 2Y2J A; 4FOF A; 4Y7P A; 4Z9Q A; 4EBP A; 2GNX A; 4MN6 A; 5HAR A; 2ZD8 A; 5C5K A; 2Z2M B; 3LIA A; 4NET A; 5AQB A; 2EFX A; 1IKI A; 4R70 A; 5I94 A; 4I3A A; 1RGY A; 2XD5 A; 4GN2 A; 4B93 A; 2Y79 A; 5E43 A; 3QP5 A; 3Q7Z A; 3PBS A; 1H3Q A; 3IWI A; 3MZE A; 3KSF A; 2V1Z A; 4S2I A; 5L2F A; 4A5R A; 3EEH A; 4QB8 A; 4WMC D; 1PI4 A; 3B42 A; 1YLZ A; 3S22 A; 1FQG A; 3SOI A; 3SS3 A; 2ZC6 B; 1Z09 A; 1AXB A; 2CC1 A; 3OBF A; 2Q9N A; 2INW A; 4NEE D; 3G4P A; 1V9Y A; 3FKV A; 4XUX A; 4CJN A; 1MWU A; 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2WZX A; 3IX8 A; 1RGZ A; 4CLC C; 3G31 A; 3UMD A; 1RCJ A; 4GHI A; 3CAX A; 4UA7 A; 2HDR A; 4ZRR A; 2OWH A; 1K57 A; 4LV2 A; 1VET B; 2PBD P; 4KUO A; 1V9Z A; 1KDW A; 1Q2P A; 1IEM A; 3NEC A; 4I3I A; 3N6I A; 4P6Z M; 5EM0 A; 3UNW A; 1IEL A; 3UPN A; 2C5W B; 3BM6 A; 1XJ2 A; 4EQI A; 1GA0 A; 3WS0 A; 3MXS A; 5DTK A; 2XEP A; 3FPW A; 4GKU A; 4UQI S; 3C7V A; 3DWK A; 3MQQ A; 4JXW A; 1VEU A; 3QP1 A; 4QY5 A; 3NJA A; 4PM6 A; 5TJJ A; 3HUO A; 4U3T A; 1X0O A; 4EER A; 4DE3 A; 3S7O A; 3ZG0 A; 1SHV A; 5KZH A; 2I72 A; 1ERQ A; 3KYE A; 1H8M A; 3EGX C; 1VET A; 1XP4 A; 3H9W A; 4AFI A; 2Y2P A; 5GL9 A; 3IF6 C; 4LV0 A; 3IXB A; 1MWT A; 2FFY A; 5HDD A; 5E2G A; 2PT7 A; 1WYC A; 1NLY A; 2QHK A; 5CHM A; 4QY6 A; 5DKK A; 1M6K A; 1GSV A; 1YLJ A; 5IS1 A; 4ID4 A; 1K0K A; 3KYQ A; 3UO9 A; 4WLA A; 1ONG A; 1J3W A; 2Y91 A; 4JXS A; 4OQG A; 3K3D A; 4P6B A; 2W27 A; 3KO6 A; 4DE1 A; 2VV8 A; 2V0W A; 3DTK A; 3S4X A; 3QP8 A; 1YMS A; 5KSC A; 1KOU A; 5HWW A; 2Y8H A; 1UGU A; 1N9N A; 4OOY A; 3N8L A; 1TS7 A; 1OTA A; 3C7U A; 1W8Y A; 3MQO A; 3VP3 A; 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