The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
123
|
structure length |
123
|
Chain Sequence |
b'LSRTVHHQQTAEITQQAADFIRYMNAINDYLYQHPERRAAGGQLTSAQLGLPATKNVSHLISQQRVFVWAKEKPGLMGALLEQSGDSALLARVENGRLLDTHGRRISITLPAVIPDQVIIWMN'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of an uncharacterized protein
rcsb |
| molecule keywords |
PilM
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| total genus |
30
|
| structure length |
123
|
| sequence length |
123
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EOI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UDF A; 4LEN A; 2HDU A; 4M4X A; 2P9V B; 1GHI A; 4OPZ A; 4DE0 A; 5FAT A; 4WF0 A; 2WZZ A; 2VGJ A; 1ERQ A; 4R4R A; 4X53 A; 5FQ9 A; 3IF6 C; 2EWV A; 4KZ9 A; 3PXP A; 3OCL A; 1W63 M; 5CED A; 1SDN A; 2P9V A; 2J9O A; 3IH8 A; 1PFL A; 3I7J A; 4KZA A; 5E2E A; 4WUJ A; 4GKU A; 4PM6 A; 3T50 A; 2B95 A; 4QD4 A; 2UV0 E; 2VEA A; 4BD0 A; 2XQZ A; 1VET B; 3B47 A; 2W1R A; 4X25 A; 3OCN A; 4OPY A; 4LRZ E; 5LBR A; 1G5U A; 2EFX A; 5GLD A; 2D02 A; 1PZP A; 1ESU A; 4I38 A; 3MF0 A; 2Z2M B; 4GDB A; 3LIF A; 4IBR A; 3GEC A; 3LGO A; 4LCM A; 2ZLY A; 1K55 A; 1NZO A; 4GB7 A; 4JF5 A; 3UB7 A; 5DJU A; 2XEP A; 2EX9 A; 3S22 A; 2QZ6 A; 3GR2 A; 4IHQ A; 5FAQ A; 3CUE C; 4X6T A; 1PZO A; 4NEE D; 3BLS A; 5F68 A; 1EI5 A; 1NXY A; 1TS7 A; 4HOI A; 3CHW P; 3O86 A; 2HF6 A; 3NI9 A; 2A24 B; 3BW6 A; 4YNR A; 2Q9M A; 4N1X A; 4CJN A; 1WE4 A; 5J8X A; 1KGE A; 2YKH A; 4DN0 A; 5EUA A; 3GTC A; 3VV4 A; 1A0K A; 4PM8 A; 3OPH A; 4A5R A; 1K57 A; 3LIC A; 3SOI A; 1N9L A; 4U3T A; 1OTE A; 4NXG A; 3QP5 A; 2XRN A; 2A24 A; 4P0M A; 5GHZ A; 1YLY A; 4OP5 A; 4UEY A; 1N4O A; 3VP2 A; 2WGW B; 2Y2Q A; 4PAU A; 3O5Y A; 2XF3 A; 2J3T D; 3S7P A; 1K25 A; 2XLN A; 5CEC A; 1VQQ A; 2ZMA A; 5FAP A; 4CLC B; 4HI4 A; 4XT2 B; 4HH3 A; 3HUM A; 5FL3 A; 4XUX A; 2JKG A; 4MBH A; 4X68 A; 4X69 A; 2H10 A; 5HFO A; 4N1H A; 1D1J A; 4G3V A; 2HP5 A; 4Q0I A; 2PU4 A; 2JKT M; 2JCH A; 3BQA A; 5AQB A; 2ZM0 A; 3Q7Z A; 3VOZ A; 1NLY A; 4MCW A; 2V1B A; 4CLC A; 4DE1 A; 2W3F A; 4XT2 A; 3LFV A; 4H6J B; 1YLW A; 4IUH A; 2ZC5 B; 5HAI A; 2M1C A; 4B9O A; 3UN7 A; 1H0M A; 1KOU A; 4X56 A; 3IBJ A; 2WKE A; 1LT0 A; 1PNE A; 4HJ4 A; 1CJF A; 3N6I A; 4KEN B; 2WKR A; 2VJW A; 3PBS A; 4G3W A; 2ZM2 A; 4H6J A; 1BUE A; 1X0O A; 4ETZ A; 3O87 A; 2IWB A; 4Q0H A; 4ZJ3 A; 5GLC A; 3ZQ5 A; 1UWP X; 3DAV A; 3HRE A; 3PBT A; 2OLV A; 1LSX A; 4KZ4 A; 4OQI A; 1RGY A; 1YLJ A; 2IWC A; 3K3C A; 4KZ8 A; 4KZ6 A; 3NHQ A; 4M3K A; 3MFD A; 4F3L B; 3QP1 A; 3OOV A; 3QP6 A; 4IVI A; 5DKL A; 3BLM A; 2YKF A; 4HNB A; 1MKI A; 1YSQ A; 5AQ9 A; 3ICY A; 5IU1 A; 2K2N A; 2Z2L B; 3UY6 A; 3WS4 A; 3WRZ A; 4NG2 A; 1YKD A; 2BAS A; 2V8C A; 1L3L A; 1K56 D; 3ZFZ A; 4NKP A; 3DTI A; 3AGE A; 2EXA A; 4F3L A; 5L10 A; 3LCE A; 2HZ5 A; 3UE1 A; 2HDR A; 4E3L A; 2GDN A; 4S2N A; 1K54 A; 4HJ6 A; 5HL1 A; 4D2O A; 2EXB A; 3VFF A; 4EQ1 A; 3LR3 A; 4DE3 A; 4Z1W A; 2ZQD A; 1ZHH B; 2WK0 A; 4ME4 A; 2DNS A; 5DF7 A; 1ONH A; 1IYQ A; 1K0K A; 4JGQ A; 3UE0 A; 2L1M A; 3T4L A; 5DFY A; 3W8K A; 3Q82 A; 1RGZ A; 1IYS A; 2J7V A; 4JGP A; 1ERO A; 3PBO A; 3BFD A; 2UWX A; 5E2F A; 2Y2H A; 2WKI A; 3V39 A; 4PKY G; 2VZW A; 4C75 A; 5M18 A; 4Y0O A; 2AVX A; 2HV1 A; 3KYZ A; 3VMA A; 3UMD A; 3NJA A; 1XGI A; 1BLH A; 2VV7 A; 2HJ9 C; 1NRJ A; 2JHE A; 3OBF A; 4OLD A; 1GSV A; 1YMS A; 3N8R A; 1SZV A; 3HLE A; 2OSU A; 5HL6 A; 3MKF A; 3P98 A; 3OLO A; 4KQD A; 4Y0U A; 3ISG A; 4BL2 A; 4ZRR A; 3EOI A; 3BEC A; 2C6W B; 1S4S A; 4DKI A; 4QPR A; 1BT5 A; 5CRF A; 3EGX C; 2MJ6 A; 3LEQ A; 4GN2 A; 3C30 A; 1K57 C; 5FQK A; 4IJG A; 5E2H A; 3A3J A; 5FI2 A; 4AFI A; 1P9R A; 3Q1F A; 5FDH A; 4JF6 A; 2ZQ8 A; 5HDC A; 4RX3 A; 1J3W A; 3ULF A; 5CER A; 3T4Q A; 1SHV A; 1IYP A; 4PM9 A; 3AGF A; 4LLO B; 4L9F A; 3NY4 A; 1Y54 A; 1GSW A; 2CMN A; 2V8F A; 1XJ3 A; 3IX8 A; 2HP6 A; 4K08 A; 3CUE A; 4JGO A; 2WGV A; 3NIA A; 4EV4 A; 3LR4 A; 4Y0T A; 4R1G A; 5EOE A; 3PTE A; 1GHP A; 2WAE A; 5FEF A; 4CLC C; 4EEU A; 1W8Y A; 4X1M A; 2VGL S; 3M6H A; 4Y2F A; 1KGF A; 4Y13 A; 4MN6 A; 3BY9 A; 1YT4 A; 3PAG A; 1PIO A; 3ZNY A; 4L9G A; 2XD5 A; 1CK3 A; 1D06 A; 3L9K A; 4YIN A; 3IXD A; 4U0X A; 1VM1 A; 4ID4 A; 3VSK A; 2O9B A; 1H3Q A; 3KSF A; 4GW9 A; 3EWK A; 3ZG7 B; 3LY4 A; 4I39 A; 2WKP A; 3T1Q B; 1OT6 A; 3CJM A; 1VB6 A; 4F94 A; 4BLM A; 4OQG A; 3BRM A; 1FOF A; 2P04 A; 4KG6 A; 1IFQ A; 2ZQ7 A; 1GA9 A; 3ZVW A; 4GOG A; 5CHM A; 1V9Y A; 4GCZ A; 5E2G A; 3RXX A; 3UME A; 1KDS A; 5EVI B; 3NDG A; 3W4Q A; 4ESP A; 3G32 A; 2BG1 A; 3JVU A; 3G34 A; 3A3E A; 3IXH A; 4HP4 A; 3F1P B; 3VFH A; 3C38 A; 2ACG A; 2XD1 A; 4NXB A; 4JXG A; 4JXW A; 4WM9 A; 1LHY A; 3C2W A; 3CAX A; 5EVI A; 4DJ2 A; 1W79 A; 2DRW A; 3E0Y A; 1XJ6 A; 1GCE A; 4PMA A; 4YFM A; 3N7W A; 3KO6 A; 2ZQC A; 4HH2 A; 1ES3 A; 3HLG A; 3F1P A; 4HY8 A; 4BJP A; 1MXO A; 1S1Z A; 1XX2 A; 5E43 A; 2XRO A; 1QME A; 4R70 A; 2H28 A; 4LV1 A; 4KG5 A; 3G30 A; 4KZ7 A; 1MPL A; 4WZ5 C; 3CLO A; 4CPK A; 5KSC A; 3IBR A; 2JKR M; 3M2K A; 1E4D A; 3P09 A; 4OPR A; 4R3A A; 1Y4O A; 1PYY A; 3IS2 B; 4UQI S; 3T4S A; 5KIZ A; 5EEC A; 4OQ0 A; 5EM0 A; 3WS0 A; 2I9V A; 3T4J A; 1XPB A; 3GRJ A; 2ZC7 A; 2VGL M; 1H8Z A; 4I5S A; 3RJU A; 2EX8 A; 4S2K A; 1HD8 A; 5AQA A; 3NOT C; 3IS2 A; 1XP4 A; 2HP9 A; 2V0U A; 3OPR A; 3HJK A; 2PR6 A; 2NUP C; 3D9Y A; 1HTZ A; 1NYY A; 5IT5 A; 3LI8 A; 3U2A A; 1STZ A; 1XJ4 A; 4CQH A; 3F1O B; 4QHC A; 1FR1 A; 2IA2 A; 2XSS A; 1TS8 A; 2LB9 A; 5GLB A; 3IX4 A; 3MJQ A; 3WS5 A; 4NK3 A; 4ARZ B; 1HZO A; 4G3K A; 1G28 A; 4QJG A; 4B4Z A; 2X02 A; 1L0G A; 3EEA A; 1ACF A; 3S4X A; 3UO9 A; 1NYM A; 3F1O A; 5F6A A; 2Y8H A; 3V50 A; 5J4E A; 2P7J A; 1VET A; 5DTT A; 1Q2P A; 5EPH A; 2R78 A; 4JXS A; 3ZVT A; 4ARZ A; 1K6S A; 5HWT A; 1GSX A; 1LL5 A; 3LY3 A; 3KYQ A; 2ZMF A; 1ES4 A; 3N8L A; 4KZ3 A; 2RCX A; 4LGW A; 1KGG A; 4CLC D; 4KG2 A; 2QPN A; 3A0V A; 3HL9 A; 5TGF A; 3A3F A; 4DDS A; 1IYO A; 1F98 A; 3FYZ A; 1L0E A; 3PR6 A; 1DJB A; 4EES A; 5HAP A; 2EFU A; 4L0L A; 4FUW A; 4U0T A; 3HVF A; 3M6B A; 5HWW A; 5MC7 A; 4HHD A; 3LI9 A; 2VKS A; 4EUZ A; 1MWU A; 1BLP A; 1GA0 A; 4I3A A; 1FCO A; 1ZTU A; 3LUQ A; 1KVL A; 1N9O A; 2Q0O A; 3C7U A; 2JC7 A; 3MXQ A; 1BZA A; 2W3E A; 1MWR A; 3PAE A; 4RQ9 A; 3PYP A; 4IBX A; 2R9W A; 1BUL A; 1YAX A; 4JGR A; 5F83 A; 1PI5 A; 3DTM A; 3BY8 A; 1S66 L; 3KX0 X; 1TF1 A; 1ESI A; 2X71 A; 3M2J A; 4UQI M; 1OME A; 3GDI A; 4E04 A; 2WGW A; 5CGX A; 1ES5 A; 3KSH A; 4UA7 A; 3HLW A; 1LL8 A; 1LI9 A; 2M7V A; 1FQG A; 3CZD A; 3VE3 A; 1WYB A; 5DKK A; 5F1F A; 1XA7 A; 1ZG4 A; 2LB5 A; 3HLB A; 5FI7 A; 4PM5 A; 3DW0 A; 3DTK A; 4OKP A; 5EVI C; 5FSR A; 4WYY A; 3T12 B; 3BJN A; 4BQM A; 4ZDX A; 3UDI A; 3EQU A; 3MKE A; 2W3D A; 5L09 A; 1UWN X; 4E3J A; 3G31 A; 1AWI A; 5DF8 A; 3WWX A; 1YLP A; 1W5D A; 1S4R A; 5BOH A; 1BSG A; 2HPB A; 1U60 A; 5FAO A; 4ZJ2 A; 1BLC A; 2Z6C A; 2OWH A; 1JWV A; 1FIL A; 1WYC A; 1K6R A; 2WKH A; 1TD5 A; 1XGJ A; 1L0D A; 4KQR A; 4MEZ A; 5AJG A; 4ZAM A; 4P6B A; 1LLB A; 2PHY A; 4FSF A; 1Y28 A; 1I2W A; 2XA7 S; 5CHJ A; 3HLC A; 2CC1 A; 1ZG6 A; 5DVA A; 1YM1 A; 5TBM B; 4X1L A; 4FH4 A; 1S67 L; 2XDM A; 3DWZ A; 2G7U A; 3HCY A; 1NWZ A; 4XUZ A; 4FTX A; 1C3B A; 4S2J A; 5AQ7 A; 2WGI A; 3EQV A; 2Y59 A; 3HUN A; 4X55 A; 4DE2 A; 3FV7 A; 4WMC A; 1CQA A; 1W63 Q; 2K7S A; 5TBM A; 3GQZ A; 1J9M A; 3IF5 A; 4ZTK A; 1OT9 A; 1BLS A; 1D7E A; 1E25 A; 1HVB A; 1DP8 A; 4OOY A; 5FQM A; 2L0W A; 3CMZ A; 3MSH A; 5KZH A; 3V67 A; 3OC2 A; 4II7 A; 2OAQ 1; 3TRC A; 1XFQ A; 3ZG0 A; 1OTI A; 3MZE A; 3ZG8 B; 2JKR I; 4MMN A; 5HD5 A; 2E8I A; 5G18 A; 1QMF A; 4BBV A; 5F1G A; 1NY0 A; 1ZC2 A; 4WZ5 A; 4EET B; 2KX6 A; 4UHU A; 2DCF A; 3S7O A; 2M7U A; 5DF9 A; 4GD6 A; 4MN5 A; 3E4O A; 3Q7V B; 2Y2O A; 1FSW A; 3T4O A; 2Y2P A; 5L2F A; 2VGK A; 3GV9 A; 1W7F A; 1N9N A; 5HW3 A; 2PDR A; 5GLA A; 1H8Y A; 4WEL A; 2OWJ A; 4GS9 B; 3MFX A; 5HDS A; 3A3I A; 2JBF A; 1EWZ A; 3NEC A; 3LR5 A; 4DXC A; 2HDQ A; 3RH8 B; 1NLZ A; 2QYB A; 4Y7P A; 3Q7V A; 1NZU A; 5DTK A; 1DP6 A; 1I2S A; 3C7V A; 4OOL A; 3H9W A; 2J80 A; 3FG8 A; 3SS3 A; 1YSP A; 3MZD A; 5HPI A; 4GS9 A; 4KZ5 A; 4LV3 A; 4KUK A; 1MY8 A; 4MBK A; 4CLC E; 3LID A; 2W0N A; 5DJT A; 5F82 A; 3ZDJ A; 1JTD A; 5M19 A; 2ZC6 B; 4OH0 A; 4Y3I A; 2P08 A; 4QY5 A; 2WUQ A; 2J8Y A; 1YQS A; 4LRX C; 5FQI A; 2Y2L A; 1ONG A; 4FD8 A; 5KSH A; 1W8Q A; 2XA7 M; 2KLI A; 3UE3 A; 4JLF A; 3DBA A; 3SH9 A; 3TG9 A; 4YOF A; 5FA7 A; 3HUO A; 2O9C A; 2XR0 A; 2PRF A; 4OPQ A; 1PWC A; 4BBT A; 5L8M A; 4LRY C; 4DRT A; 1NRF A; 3E4P A; 1ODV A; 4HBU A; 3IQA A; 3IXB A; 4P87 A; 3NUL A; 4E6X A; 2O0Y A; 2ZD8 A; 2V2F F; 4EER A; 1MBL A; 1DY6 A; 3SH8 A; 4R38 A; 2INW A; 4O0P A; 3A3D A; 3UB5 P; 5EVI D; 1TS6 A; 2VX8 A; 4WEJ A; 2WZX A; 1Z09 A; 1FCN A; 3R7W B; 3D4F A; 2P74 A; 3LIA A; 1V9Z A; 4O7D A; 2Y2N A; 2KOI A; 5HZH A; 5HAQ A; 3BM6 A; 2R9X A; 3IHA A; 1MWT A; 3KSI A; 3CIT A; 5J7E A; 5I5L A; 3B33 A; 2V1A A; 2VV6 A; 4DF6 A; 1DJA A; 3BEB A; 2GZA A; 3P7N A; 2EX6 A; 2G2U A; 4DDY A; 1MKM A; 2Q9N A; 5CX7 A; 2Y2J A; 3FZC A; 4EBN A; 3H7W B; 2C5W B; 3PBQ A; 3PBR A; 3QHY A; 2IWD A; 3VSL A; 4FOF A; 1CI9 A; 4HJ3 A; 3FKW A; 2OV5 A; 4WN5 A; 2JKF A; 2W1T B; 2QWS A; 2QKP A; 1MZU A; 3UDX A; 3QNC A; 4H8R A; 3H7W A; 2Y2I A; 4N9K A; 5CGW A; 3TSG A; 3TW8 A; 2PAV P; 1H8M A; 4E3O A; 3A0S A; 2ZQ9 A; 4EXO A; 4KZB A; 5GHX A; 1T19 A; 1H5X A; 2WKQ A; 2VA0 A; 3MXS A; 2B18 A; 2L4R A; 4ETX A; 4GDN A; 4EU0 A; 1CF0 A; 3U4L P; 3W2Z A; 5GL9 A; 3WS2 A; 4EBP A; 2XK1 A; 3R4K A; 4BEN A; 5FAS A; 1CI8 A; 3LIB A; 3ZCZ A; 3QP4 A; 5EE8 A; 3UB8 A; 1LL9 A; 2HJE A; 1S1Y A; 4KUO A; 1FSY A; 3IWQ A; 4JF4 A; 4WZ4 A; 3VE4 A; 1KE3 A; 2XFT A; 1VEU B; 2V9A A; 4OLG A; 2Z6D A; 2NUT C; 4RVA A; 5JYO A; 3TJZ C; 1KVM A; 4K91 A; 4R0Q A; 2D01 A; 3FKV A; 3MQQ A; 3FPV A; 5F69 A; 2OLU A; 2FFY A; 3P01 A; 4RA7 A; 5JYP A; 4GNU A; 1VEU A; 4O01 A; 3RXW A; 2W27 A; 4WBG A; 4N9L A; 2WAD A; 1WA9 A; 4B93 A; 4HQA A; 1L0F A; 1IEL A; 2W3G A; 5TFQ A; 1P9W A; 4LFU A; 3ITA A; 1PWG A; 3LO7 A; 1G6O A; 2Y4A A; 1T1B A; 2DMW A; 1E3U A; 2XFS A; 4GHI B; 1IKG A; 3HLF A; 1YMX A; 3G2Z A; 5A92 A; 4P85 A; 3IX3 A; 3E98 A; 3B42 A; 5CGS A; 4EUV A; 3ZNT A; 1TDL A; 4IUK A; 4KQQ A; 1XXM A; 4NET A; 3D72 A; 4E3N A; 1TEM A; 2BLS A; 1JVJ A; 4GJ4 A; 4GHI A; 2GNX A; 4R4S A; 2PT7 A; 1LI0 A; 1T1C A; 1PI4 A; 2ZL1 B; 5EVE A; 4JKT A; 2V20 A; 1NJ4 A; 2WAF A; 5HAR A; 2WYX A; 1IEM A; 3BQ8 A; 4R23 A; 1SDE A; 3NBL A; 3HLD A; 2J9P A; 5L07 A; 3DTE A; 3GMW A; 1LSW A; 1BTL A; 1O7E A; 1O07 A; 2QJ7 A; 4B4X A; 2ZL1 A; 1KE4 A; 5U47 A; 4I3J A; 4D60 A; 2JN7 A; 2G2W A; 5IHV A; 1OTA A; 4MNR A; 3NC8 A; 3N8S A; 1FIK A; 5DTS A; 3T1S A; 3PBN A; 2QHK A; 5M1A A; 2BTF P; 3C8C A; 3VP4 A; 2ZBB A; 1RCJ A; 1JTG A; 4I3I A; 3SZT A; 1T1A A; 4OQH A; 2PD8 A; 2VLG A; 4EWF A; 3FWL A; 1S6R A; 3UE6 A; 1G68 A; 3MR0 A; 4LCL A; 1DJC A; 5J3W A; 1PW8 A; 3UNW A; 1GHM A; 3OZH A; 3UPO A; 5C5K A; 1PW1 A; 3BYD A; 5FDS A; 1YLZ A; 4YWZ A; 2I72 A; 5HDD A; 5FI6 A; 1ALQ A; 2V0W A; 1K38 A; 2H0Y A; 4WMC D; 3ZG9 B; 2ZMV A; 4FCF A; 3RTY A; 4DMZ A; 3G4P A; 1JWP A; 5EVL A; 4XXR A; 2X01 A; 2JE5 A; 4L9E A; 3HBR A; 1OTD A; 1F9I A; 5D3O A; 3PHY A; 5CTM A; 3BFE A; 3MBZ A; 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