The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
153
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Knots found |
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sequence length |
488
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structure length |
488
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Chain Sequence |
LDSCGAEPIHIPGAIQEHGALLVLSAREFSVVQASDNLANYIGVDLPIGAVATEANLPFISVLSAWYSGAASNFRYAWAEKKLDVSAHRSGTLVILEVEKAGVGESAEKLMGELTSLAKYLNSAPSLEDALFRTAQLVSSISGHDRTLIYDFGLDWSGHVVAEAGSGALPSYLGLRFPAGDIPPQARQLYTINRLRMIPDVDYKPVPIRPEVNAETGAVLDMSFSQLRSVSPVHLEYMRNMGTAASMSVSIVVNGALWGLIACHHATPHSVSLAVREACDFAAQLLSMRIAMEQSSQDASRRVELGHIQARLLKGMAAAAAWVDGLLGGEGEREDLLKQVGADGAALVLGDDYELVGNTPSREQVEELILWLGEREIADVFATDNLAGNYPTAAAYASVASGIIAMRVSELHGSWLIWFRPEVIKTVRWGGDPHKTVQESGRIHPRKSFEIWKEQLRNTSFPWSEPELAAARELRGAIIGIVLRKTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structures of the N-terminal Photosensory Core Module of Agrobacterium Phytochrome Agp1 as Parallel and Anti-parallel Dimers.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Agrobacterium fabrum
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| molecule keywords |
Bacteriophytochrome protein
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| total genus |
153
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| structure length |
488
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| sequence length |
488
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K 41
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-01-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00360 | PHY | Phytochrome region |
| A | PF01590 | GAF | GAF domain |
| A | PF08446 | PAS_2 | PAS fold |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PHY A; 3S7N A; 2YKH A; 2GX5 A; 5HPF A; 2O99 A; 4I5S A; 4JGQ A; 2G7U A; 1YSQ A; 3F1O A; 3IBR A; 1LL8 A; 3K3C A; 4BBT A; 5C5K A; 5K5B A; 4YOF A; 5DFY A; 4KUO A; 4DMZ A; 1KOU A; 1YSP A; 5KIZ A; 4Y5F A; 2INW A; 4NXE A; 3H82 A; 3H7W B; 2PD7 A; 3UB7 A; 1DP8 A; 3E4O A; 4KUK A; 3LIF A; 5J7E A; 1OTD A; 4WN5 A; 3KSF A; 4O01 A; 3OOV A; 1P97 A; 2QHK A; 3IS2 B; 4WLA A; 3NHQ A; 4PKY A; 2M1C A; 2VJW A; 4L9G A; 5HDD A; 2B02 A; 2W3E A; 2D02 A; 4H6J A; 2Y8H A; 2VKS A; 4Z1W A; 1LT0 A; 3LIC A; 1X0O A; 1F5M A; 2W3G A; 1D06 A; 3LFV A; 4FOF A; 4G3V A; 1TS7 A; 3LIA A; 5DKL A; 4ME4 A; 2KDK A; 3DBA A; 1Y28 A; 4ZRR A; 4NXG A; 3LI8 A; 5F5Y A; 2J80 A; 3LUQ A; 4GS9 A; 4F3L A; 5HWV A; 2WKP A; 2V9A A; 3BWL A; 3CI6 A; 3MFX A; 2PYP A; 1ZTU A; 4WL9 A; 2H28 A; 1UWP X; 2O9B A; 1V9Y A; 2A24 B; 3NOU C; 3PHY A; 4GLQ A; 1MZU A; 2JHE A; 1S1Z A; 4GHI B; 4HJ4 A; 4JGO A; 4L9F A; 2WKQ A; 3IBJ A; 2W1T A; 2XSS A; 3D72 A; 4IUK A; 3C2W A; 3R4K A; 2ZOH A; 3T50 A; 3MJQ A; 2W27 A; 1F98 A; 1P0Z A; 1S66 L; 2ZOI A; 4BBU A; 2LB5 A; 1OTI A; 1XJ2 A; 1N9O A; 1TS6 A; 3HJK A; 4JGR A; 5F6A A; 4BWI A; 1DRM A; 4L9E A; 3MF0 A; 3E4Q A; 4G3W A; 1T19 A; 1DP6 A; 1OJ5 A; 5I5L A; 4QPR A; 3NOT C; 2ZMF A; 1N9L A; 5HD5 A; 3RFB A; 3F1P A; 4R3A A; 1TD5 A; 4Q0J A; 4IUH A; 4E04 A; 4R70 A; 2O0Y A; 4Q0H A; 3KSI A; 4EXO A; 5L8M A; 2B18 A; 4YNR A; 4MN5 A; 1YKD A; 3VE3 A; 4LRZ E; 4HJ6 A; 1JNU A; 1VB6 A; 3BY9 A; 1DP9 A; 3TRC A; 1T18 A; 5DKK A; 1S4R A; 4WF0 A; 1T1A A; 1LSW A; 1BYW A; 4BBV A; 5HSQ A; 2LB9 A; 1OJG A; 4EES A; 3H7W A; 3KO6 A; 5AVE A; 2VLG A; 1XJ3 A; 4PAU A; 2V0W A; 3O5Y A; 4LRX C; 3FG8 A; 3IS2 A; 1G28 A; 1WA9 A; 3EWK A; 5TBM B; 5A8B A; 2R78 A; 1TS8 A; 2KOI A; 5F69 A; 3G6O A; 1OTA A; 3LIB A; 3MQ0 A; 2VV6 A; 2IA2 A; 2QWS A; 3LYX A; 3H82 B; 5DFX A; 4I3J A; 3UMD A; 3EEH A; 2EA9 A; 4EER A; 4GCZ A; 2PYR A; 4EW7 A; 2HV1 A; 4DJ3 A; 4R6L A; 4I3I A; 3D3O A; 1XFN A; 1GSX A; 3W2Z A; 2OWJ A; 2D01 A; 4LLO B; 1OT6 A; 1ODV A; 3UE6 A; 2L0W A; 2K2N A; 1D7E A; 4KQD A; 4NXF A; 4B9O A; 1TS0 A; 1XJ6 A; 2O9C A; 1XJ4 A; 2V0U A; 3S7Q A; 3K2N A; 3E98 A; 2XRN A; 1OTB A; 2K7S A; 3CLO A; 2A24 A; 2VV8 A; 4EET B; 4Y2F A; 2L1M A; 1N9N A; 3KSG A; 3UB8 A; 4Q0I A; 4M4X A; 2PR5 A; 3MQO A; 4NXB A; 4GHI A; 3VE4 A; 1S67 L; 5F68 A; 4HI4 A; 1S1Y A; 4HJ3 A; 3PYP A; 2I9V A; 4ETX A; 2GJ3 A; 4LPZ A; 1S4S A; 3C8C A; 1EW0 A; 3VV4 A; 3P7N A; 4I38 A; 3ICY A; 2W3H A; 5HDC A; 4IJG A; 3MXQ A; 5HPI A; 3BJN A; 5IU1 A; 2KX6 A; 3F1N B; 1NWZ A; 1UGU A; 4HP4 A; 1F9I A; 1MC0 A; 3KX0 X; 2P7J A; 2V1B A; 2Z6C A; 3CAX A; 3ZQ5 A; 3SW1 A; 2QYB A; 3K3D A; 4ETZ A; 4HH3 A; 1LSV A; 4HQA A; 2HGV A; 5HWW A; 1OT9 A; 4XT2 B; 1STZ A; 2WKR A; 4DJ2 A; 4MN6 A; 1LSX A; 4EUV A; 3UME A; 3S7P A; 3LID A; 3BY8 A; 4G3K A; 3HJI A; 4HP9 A; 5HWT A; 4GW9 A; 5G4Z A; 3UB6 A; 4O0P A; 4YWZ A; 3EEA A; 2QJ5 A; 2K31 A; 4HNB A; 3F1P B; 4WUJ A; 2L4R A; 3GDI A; 3GEC A; 2W1R A; 3LIE A; 1XFQ A; 2W3D A; 3F1O B; 3NJA A; 4I39 A; 1MKM A; 1V9Z A; 2O9A A; 5DJU A; 3HCY A; 4Y3I A; 3CWF A; 5LBR A; 5J3W A; 5AJG A; 3MR0 A; 2QKP A; 1T1B A; 4CQH A; 2VV7 A; 5TBM A; 2W3F A; 3B33 A; 3A0S A; 4MCW A; 1T1C A; 4LRY C; 2Z6D A; 3FC7 A; 4EQ1 A; 1GSV A; 3S7O A; 3MMH A; 5HD3 A; 3KSH A; 2JN7 A; 3A0V A; 1TF1 A; 4PKY G; 2YKF A; 3OBF A; 4HH2 A; 4RQ9 A; 5IS1 A; 3H9W A; 2OWH A; 2M7U A; 3OLO A; 4HOI A; 4H6J B; 3RH8 B; 3MQQ A; 3RTY A; 4I3A A; 3LI9 A; 3NOP C; 5HDS A; 4MMN A; 2CMN A; 2ZBB A; 2BAS A; 5G4Y A; 2M7V A; 4HY8 A; 4MN7 A; 5HL6 A; 5J4E A; 5TJJ A; 1OTE A; 4GS9 B; 4F3L B; 2PDR A; 2V1A A; 4R38 A; 3UB9 A; 3CIT A; 4HHD A; 4DN0 A; 2QJ7 A; 2OOL A; 5HZH A; 2VEA A; 3E0Y A; 3F1N A; 3A0R A; 5EFW A; 1VHM A; 4O8G A; 2PD8 A; 2W0N A; 4JGP A; 2VZW A; 5DJT A; 2Y79 A; 2XRO A; 3ULF A; 1UWN X; 2W1T B; 2KLI A; 4EEP A; 1GSW A; 4XT2 A; 4MDZ A; 3E4P A; 4EEU A; 4HIA A; 5AVF A; 3VOL A; 4EU0 A; 2PR6 A; 4K08 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S1Y A; 1HD8 A; 2V1Z A; 4MLL A; 3M2K A; 1YQS A; 4PM6 A; 3ZDJ A; 2GX5 A; 5F83 A; 3GRJ A; 4JGQ A; 1G6O A; 1LL8 A; 4PM5 A; 3VP2 A; 1GA0 A; 3LCE A; 2PU4 A; 4E3L A; 1BLH A; 5DFY A; 1ZG6 A; 1IKG A; 1PWC A; 3UPN A; 1I2W A; 3P09 A; 2J9P A; 5KIZ A; 4Y5F A; 2INW A; 3H82 A; 4WN5 A; 4C3Q A; 1CEG A; 4O01 A; 2WKE A; 5DF8 A; 3NHQ A; 4P0M A; 1IKI A; 4PKY A; 4YFM A; 4L9G A; 2B02 A; 2W3E A; 3ZG0 A; 5GHY A; 4OH0 A; 4X1L A; 5EV0 A; 4B93 A; 4Z1W A; 1LT0 A; 3LIC A; 1X0O A; 1MWR A; 3GVB A; 3BW6 A; 3LFV A; 1PWG A; 1MXO A; 3LIA A; 1H8M A; 1K6R A; 2J7V A; 2IWC A; 3MSH A; 4X53 A; 2J80 A; 4GS9 A; 4F3L A; 4OQI A; 4B4Z A; 4DDY A; 1ZG4 A; 4KQQ A; 2V9A A; 2BG1 A; 4S2K A; 4WEJ A; 2XQZ A; 1NLY A; 4ZBE A; 3MFX A; 3IT9 A; 1ZTU A; 5GLC A; 1K55 C; 1YMS A; 1GA9 A; 2IWB A; 1FR6 A; 2ZJ9 A; 4IVI A; 3JVV A; 4OP8 A; 2FZ0 A; 4PM7 A; 1BLC A; 4WYY A; 2Y2O A; 4S2O A; 4UAA A; 1L0E A; 4L9F A; 4GJ4 A; 1P9W A; 2XSS A; 3MS6 A; 3A3D A; 2WGW B; 1E3U D; 2VGL M; 2BLS A; 3AGE A; 3ZVT A; 4D2O A; 2LB5 A; 1OTI A; 5F6A A; 3HJK A; 4BEN A; 4X68 A; 4U3T A; 4G3W A; 1T19 A; 3LR4 A; 4QPR A; 2EXA A; 2ZMF A; 3EOI A; 1O07 A; 4O7D A; 5HD5 A; 3N8R A; 3RFB A; 4OPY A; 3VFF A; 4IUH A; 2V20 A; 5AQ9 A; 5L8M A; 5FQ9 A; 1W79 A; 5GHX A; 4DKI A; 4HJ6 A; 3CHW P; 1W63 Q; 1DP9 A; 5FQK A; 3M2J A; 2XDM A; 2QPN A; 4WF0 A; 5CXW A; 3NC8 A; 2XGN A; 5EVI A; 5HSQ A; 4LV3 A; 3KO6 A; 3VSL A; 2VLG A; 1XJ3 A; 4PAU A; 3O5Y A; 4DXB A; 4LRX C; 3HLD A; 3IS2 A; 1G28 A; 2GNX A; 3EWK A; 1WYB A; 2R78 A; 1MWU A; 2HP5 A; 3C5A A; 3C30 A; 4RVA A; 1JTG A; 1BLS A; 3MQ0 A; 2VV6 A; 3NDE A; 2IA2 A; 2QWS A; 3V50 A; 5U47 A; 2EXB A; 3UMD A; 5FQI A; 3EEH A; 2EA9 A; 4ESP A; 1FIK A; 4EW7 A; 2QMI A; 3C7U A; 3JYI A; 4I3I A; 5E43 A; 4WMC D; 1GSX A; 3V3R A; 2OWJ A; 4LLO B; 3UE6 A; 2K2N A; 1N4O A; 2L0W A; 4CLC A; 1KGG A; 4BJP A; 3ITA A; 3V39 A; 3E98 A; 1BTL A; 1OTB A; 3O88 A; 3CLO A; 2A24 A; 4BQM A; 2VV8 A; 4EET B; 1GHI A; 3PBT A; 3Q1F A; 3KSG A; 4M4X A; 4KZ7 A; 2PR5 A; 3MQO A; 3VE4 A; 4EBN A; 2VGK A; 5F68 A; 3W8K A; 2NUT C; 3FKW A; 2GJ3 A; 2HDS A; 1EW0 A; 5E2F A; 4RX2 A; 3UB5 P; 4IJG A; 3F1N B; 4HP4 A; 4GD8 A; 3KX0 X; 4ZJ3 A; 4OOY A; 3T1S A; 4FCF A; 1YLT A; 3ZQ5 A; 5A92 A; 2Y2M A; 3PTE A; 2PBD P; 3ZCZ A; 3P01 A; 4LCM A; 2PT7 A; 3OCN A; 5G18 A; 4X55 A; 5FQQ A; 2Y55 A; 1LSX A; 1G6A A; 3LR0 A; 3S7P A; 3HLE A; 4GW9 A; 5G4Z A; 3DTE A; 5CRF A; 4PM9 A; 4DE3 A; 1VEU B; 3TW8 A; 2Y4A A; 3HL9 A; 3GDI A; 4QD4 A; 3PBN A; 1XFQ A; 5JYO A; 3C7V A; 3LY4 A; 1DY6 A; 2W3D A; 3F1O B; 3NJA A; 1MKM A; 1V9Z A; 5DJU A; 2J3T D; 2EFU A; 2XA7 M; 2ZL1 B; 2QKP A; 2VV7 A; 4Y15 A; 3B33 A; 4KEN B; 3HVF A; 4MCW A; 5GLA A; 5HAR A; 2Z6D A; 4DDS A; 3EGX C; 1K56 A; 5GLB A; 3S7O A; 3MMH A; 1J3W A; 1CQA A; 1OPX A; 5DF7 A; 4R23 A; 1JVJ A; 3T12 B; 3FPW A; 2YKF A; 4IBX A; 5DTK A; 4HH2 A; 1PRQ A; 4P6Z M; 5IS1 A; 3H9W A; 5FEG A; 1ACF A; 3OLO A; 5KSC A; 4HOI A; 4S2N A; 4H6J B; 3RH8 B; 4CJN A; 3QP8 A; 4WEK A; 3NOP C; 3TJZ C; 1IOU A; 4MMN A; 1TVF A; 2ZBB A; 2BAS A; 5G4Y A; 4OON A; 3CZD A; 4HY8 A; 4QWO A; 2MJ6 A; 2C5W B; 5HL6 A; 2WGV A; 3IX8 A; 5TGF A; 1XPB A; 4R38 A; 2B5R A; 1IEL A; 3UE3 A; 3CIT A; 4OOM A; 4HES A; 5HZH A; 2JCH A; 3ZNT A; 1CJF A; 1NRJ A; 4YIN A; 3E0Y A; 1YLY A; 1VHM A; 5EPH A; 4Y0U A; 2VZW A; 3ULF A; 1N9B A; 2WAE A; 1PZO A; 3U2A A; 1FOF A; 4WM9 A; 5JYP A; 4D60 A; 2OSU A; 4X25 A; 1Y4O A; 1GCE A; 1IEM A; 1NYM A; 5FDH A; 1H8Z A; 4FH4 A; 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