The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
172
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structure length |
172
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Chain Sequence |
LDQILRATVEEVRAFLGTDRVKVYRFDPEGHGTVVAEARGGERLPSLLGLTFPAGDIPEEARRLFRLAQVRVIVDVEAQSRSISQPESWGLSARVPLGEPLQRPVDPCHVHYLKSMGVASSLVVPLMHHQELWGLLVSHHAEPRPYSQEELQVVQLLADQVSIAIAQAELSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Sensor protein
|
| publication title |
Structural basis for the photoconversion of a phytochrome to the activated Pfr form
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Synechococcus sp. ja-2-3b'a(2-13)
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
33
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| structure length |
172
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| sequence length |
172
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| ec nomenclature |
ec
2.7.13.3: Histidine kinase. |
| pdb deposition date | 2009-07-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IBJ A; 2M7U A; 1YSP A; 3MQ0 A; 3MMH A; 2IA2 A; 3RFB A; 4MN7 A; 1MKM A; 3CIT A; 3EEA A; 3KSI A; 4LRY C; 2LB5 A; 3KSF A; 4G3V A; 2ZMF A; 3KSH A; 4G3W A; 3MF0 A; 3NOP C; 2K2N A; 2KOI A; 4GLQ A; 2O9C A; 3NOT C; 3G6O A; 1ZTU A; 4LRX C; 3DBA A; 5HL6 A; 3E0Y A; 4ME4 A; 3LFV A; 4YOF A; 4RQ9 A; 3VV4 A; 3HCY A; 4FOF A; 1TF1 A; 2W3E A; 3ZQ5 A; 1TD5 A; 5HPI A; 1MC0 A; 2Y8H A; 4ETX A; 2XSS A; 4E04 A; 2QYB A; 4R70 A; 4PAU A; 4G3K A; 4IJG A; 3S7N A; 3S7P A; 2O0Y A; 4Y2F A; 1YSQ A; 5DFY A; 3TRC A; 3NHQ A; 4CQH A; 3E98 A; 5TJJ A; 3D3O A; 4YNR A; 2XRN A; 3S7Q A; 4MDZ A; 4QPR A; 5LBR A; 2O99 A; 4Z1W A; 3OBF A; 4IUH A; 2W3F A; 3C2W A; 4Q0H A; 3IBR A; 4Y5F A; 2OOL A; 3KO6 A; 2VZW A; 1STZ A; 4ETZ A; 4LRZ E; 2GX5 A; 3BJN A; 3NOU C; 1VHM A; 4Y3I A; 4EU0 A; 2W3H A; 2VKS A; 4Q0J A; 2W1T B; 2W1R A; 5AJG A; 1YKD A; 3R4K A; 2W1T A; 2M7V A; 2LB9 A; 3S7O A; 4DMZ A; 5C5K A; 4O8G A; 5HPF A; 2O9A A; 3W2Z A; 5K5B A; 3KSG A; 2VJW A; 2Y79 A; 4O01 A; 2XRO A; 4GW9 A; 4ZRR A; 5L8M A; 2VEA A; 2KLI A; 4Q0I A; 4R6L A; 3O5Y A; 2B18 A; 4EUV A; 2W3G A; 5HSQ A; 5I5L A; 2HGV A; 2O9B A; 3CI6 A; 4DN0 A; 1F5M A; 2G7U A; 4MMN A; 2K31 A; 2W3D A; 4O0P A; 5DFX A; 3OOV A; 4BWI A; 3K2N A; 4IUK A; 4MCW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3IBJ A; 1S1Z A; 3HL9 A; 3Q81 A; 5F83 A; 4LV1 A; 4OQI A; 3NCK A; 2Q9M A; 3RFB A; 3CIT A; 4WMC D; 3P98 A; 2ZMF A; 3WS1 A; 2V9A A; 3MF0 A; 4JF6 A; 2KOI A; 4Y0O A; 4DDS A; 2XF3 A; 5HDS A; 4LRX C; 1P9R A; 1LSW A; 1BT5 A; 3L7H A; 1TDG A; 1TF1 A; 1MC0 A; 3MSH A; 5FI6 A; 1MY8 A; 1EI5 A; 3S7N A; 5DKK A; 3ZG8 B; 4L9G A; 4Y7P A; 3HUM A; 4LV0 A; 2B02 A; 1YLT A; 4EQ1 A; 4KG5 A; 4LCM A; 2WKP A; 1STZ A; 1DJC A; 2Y91 A; 1ES4 A; 4OPZ A; 3FWL A; 2W1T A; 4HEF A; 2ZC6 B; 2O9A A; 1K55 A; 3PBO A; 3ZYT A; 5AVE A; 1KGE A; 5L8M A; 1K25 A; 3T1R A; 1GHM A; 1G5U A; 5CRF A; 4R3A A; 3JVU A; 2WK0 A; 5CHJ A; 5G4Z A; 4DN0 A; 3KYZ A; 3ZG5 A; 4NKP A; 3UB7 A; 4YWZ A; 1PW8 A; 1ODV A; 1MKI A; 4CPK A; 3K2N A; 2FZ0 A; 4KZ8 A; 1S66 L; 1TEM A; 1K57 A; 3GEC A; 2JN7 A; 2A49 A; 3E4Q A; 2ZOH A; 3Q7Z A; 1PWG A; 2GDN A; 5FAT A; 5HAI A; 3KSH A; 5FDH A; 1G6O A; 5CED A; 4GHI A; 1MXO A; 3UDX A; 3ZVT A; 1TS7 A; 2GJ3 A; 4IVI A; 4EV4 A; 4PM7 A; 5FI2 A; 1DP6 A; 2ZD8 A; 2FFY A; 3A3J A; 4E6W A; 2Y59 A; 3A3F A; 2L1M A; 1OTA A; 1DJA A; 3BQ8 A; 5HAR A; 1PRQ A; 5BOH A; 3F1O A; 2V8F A; 1WE4 A; 2JKG A; 2BLS A; 4WM9 A; 2XDM A; 4PMA A; 4WMC A; 4E3I A; 3V67 A; 5I94 A; 4Q0J A; 2W1T B; 5CTN A; 4OPY A; 3R4K A; 4JBF A; 3OPH A; 3W2Z A; 4F3L A; 4FD8 A; 1XJ2 A; 2XA7 M; 4P85 A; 2Y2O A; 4GN2 A; 4GW9 A; 3EGD C; 4MN6 A; 4Q0I A; 3MZD A; 4NG2 A; 2Y2N A; 5KZH A; 5KSC A; 4WZ4 A; 3VFH A; 3UMD A; 3LEZ A; 2B95 A; 1BYW A; 3AGF A; 4OLG A; 1V9Z A; 3Q07 A; 1M40 A; 2VGL M; 3UN7 A; 4MN7 A; 1IYS A; 4KQD A; 1ES5 A; 4WZ5 A; 1IYQ A; 1ERM A; 5CGS A; 2J9O A; 4GHI B; 3NOP C; 2Z2L B; 2VGK A; 1KE4 A; 1DY6 A; 1T18 A; 3HLD A; 4I39 A; 4YOF A; 4RQ9 A; 1IOU A; 2CC1 A; 3RJU A; 4U0T A; 3ICY A; 3O3V A; 4E3M A; 3NI9 A; 1O07 A; 4X56 A; 4E04 A; 4Y13 A; 4IJG A; 3NY4 A; 5FAQ A; 4DRT A; 4DE0 A; 5DKL A; 3T50 A; 4NET A; 5HAQ A; 4NXF A; 5HWT A; 3F1O B; 4PM6 A; 4LPZ A; 4OKP A; 1GCE A; 3JPU A; 1BUE A; 4GJ4 A; 3BFG A; 4F94 A; 1TS6 A; 2XH9 A; 3DWK A; 4YIN A; 4XXR A; 1BLH A; 2OV5 A; 2H0T A; 3PBS A; 2HP5 A; 4BBT A; 1YLZ A; 3NDE A; 4ZJ1 A; 4EER A; 4GDB A; 4F3L B; 3EGX C; 5C5K A; 2XGN A; 4O8G A; 3HRE A; 5FI7 A; 5IHV A; 1KDW A; 4MLL A; 1PNE A; 2WKE A; 3PAG A; 3G31 A; 4IVK A; 3IX3 A; 1PWD A; 2J3W A; 2ZM2 A; 2HGV A; 4Y17 A; 3DTM A; 2K31 A; 3GRJ A; 5TR7 A; 3VP1 A; 3LR3 A; 3BFF A; 3ITB A; 2XR0 A; 3MQQ A; 2HDU A; 3MQ0 A; 3MMH A; 1MKM A; 4E3N A; 4UAA A; 2ZQD A; 4OQH A; 3BRM A; 3OLO A; 2EFX A; 4BD0 A; 1EWZ A; 5J4E A; 3G32 A; 2K2N A; 4X1L A; 4OOM A; 1FSY A; 1MZU A; 3NOT C; 2ZM8 A; 3UE3 A; 2IWD A; 1XKZ A; 2ZQ8 A; 3ZNY A; 2J3T D; 4BQM A; 3W4P A; 4C6Y A; 2XSS A; 4GNU A; 4R3B A; 2IWC A; 1JTG A; 3N4I A; 3IHB A; 2PT7 A; 3RTY A; 5TFQ A; 4IBR A; 4S2N A; 2Q0O A; 2HJE A; 3C2W A; 3QNB A; 1BZA A; 3FKW A; 2NUP C; 1MWS A; 4X55 A; 2W27 A; 4XUZ A; 4WEK A; 3MS6 A; 3B33 A; 1NRJ A; 3WS5 A; 4L9F A; 4JGO A; 4WF0 A; 3L9K A; 1ONG A; 3Q82 A; 5FA7 A; 3WRZ A; 3IX8 A; 4JGR A; 2AVX A; 3BFE A; 4IUK A; 5KMW A; 4MCW A; 4HP4 A; 1W7F A; 4BD1 A; 3SH8 A; 3N8S A; 4X53 A; 5HFO A; 5FEF A; 2OLU A; 5FL3 A; 3CPT A; 4IHQ A; 3G2Z A; 4HBU A; 5L2F A; 5CHU A; 5F68 A; 3UO9 A; 4G3W A; 2JKF A; 2D01 A; 4X6T A; 1GSV A; 1XXM A; 4D60 A; 1ZG4 A; 2QWS A; 1ZTU A; 5M18 A; 3E0Y A; 4GZB A; 3S1Y A; 5MC7 A; 4II7 A; 1W63 Q; 3TW8 A; 4X69 A; 1JWP A; 2HDQ A; 4ESP A; 4Y0T A; 3T4S A; 1MWT A; 2P7J A; 2ZLY A; 5EVE A; 4MN5 A; 1K0K A; 4WBG A; 5F69 A; 2Y2J A; 4MEZ A; 4EWF A; 2B5R A; 3LY4 A; 1HLU P; 3UME A; 3F1N A; 4UQI M; 4FH2 A; 1W79 A; 2ZOI A; 3GR2 A; 4HBT A; 3C30 A; 2ZM0 A; 3IH9 A; 2W1R A; 4DE1 A; 3LR4 A; 3IF6 C; 4UEY A; 3S7O A; 1H5X A; 5HZH A; 1KVM A; 3ZDJ A; 1KGF A; 3MKE A; 2EX9 A; 3VOL A; 2VJW A; 4O01 A; 1IYP A; 1W63 M; 1XJ3 A; 3MZF A; 1GA0 A; 3CG5 A; 4P0M A; 4E3J A; 2UWX A; 3HLF A; 4FCF A; 2VV7 A; 4R6L A; 1J9M A; 2H0Y A; 1K6R A; 5L07 A; 4CLC A; 2B18 A; 3PYP A; 3T4L A; 2W3G A; 5GHZ A; 5HWW A; 5I5L A; 2NUT C; 3PBR A; 5DFX A; 3HVF A; 1MWR A; 1XA1 A; 3IXB A; 4UHU A; 3LGO A; 2W0N A; 2K7S A; 4BL2 A; 3CPT B; 1CEF A; 2M7U A; 3G30 A; 4R0Q A; 2Q9N A; 1YMS A; 3W4Q A; 4QHC A; 4JF4 A; 3KSI A; 4LRY C; 4I38 A; 1OT6 A; 4JPM A; 1V9Y A; 3SW1 A; 3UPO A; 1LT0 A; 2A2L A; 4GLQ A; 3HLC A; 1NZO A; 1P9W A; 3BFC A; 5DTS A; 3EQV A; 1S4R A; 2PHY A; 3T12 B; 3VMA A; 3T4J A; 2HJ9 C; 2V1Z A; 2PBD P; 3AGD A; 2P74 A; 4X68 A; 3ZQ5 A; 4DKI A; 1TS8 A; 2Y8H A; 2Z2M B; 1I2S A; 3T4O A; 5GLD A; 4S2O A; 3HJI A; 1UWN X; 1CI9 A; 4R23 A; 1FCO A; 1YSQ A; 2JCH A; 2Y4A A; 4DJ2 A; 3UB6 A; 4HH2 A; 4NXE A; 1GA9 A; 3PHY A; 5L10 A; 3F1N B; 1T1A A; 3I7J A; 4GCZ A; 4KQR A; 4O7D A; 5AVF A; 4N92 A; 3IXD A; 3NJA A; 4WL9 A; 2INW A; 1L0E A; 5CEC A; 4GD6 A; 3A0V A; 5K5B A; 4KQQ A; 1GSX A; 3KSG A; 2QKP A; 3T4K A; 3ZVW A; 1Y28 A; 3GMW A; 1Y4O A; 1F2K A; 2VEA A; 5CTM A; 4CLC B; 3DWZ A; 4XT2 A; 4OP5 A; 3NDG A; 2ZQC A; 4ID4 A; 3JVV A; 2JKR M; 1S6R A; 3U2A A; 1X0O A; 2WZX A; 1A0K A; 5FQK A; 2WKR A; 3BY9 A; 1BLS A; 5J3W A; 4E3K A; 3OCN A; 2HP9 A; 3EEH A; 1FIK A; 4HQA A; 4R3J A; 5JYO A; 5EVL A; 5EV0 A; 3DBA A; 2P9V A; 2X02 A; 1SZV A; 2G2W A; 5E2G A; 2J8Y A; 1AWI A; 3ZG0 A; 2EX6 A; 3IF5 A; 1S1Y A; 3CLO A; 1PIO A; 1PWC A; 3E98 A; 1BLP A; 4X1M A; 3T1Q B; 1T1C A; 3S7Q A; 1IYO A; 2BAS A; 3VSK A; 1NYM A; 2PYR A; 4XUX A; 3KO6 A; 4ETZ A; 1S4S A; 4FTX A; 2PR5 A; 1PZO A; 1KGG A; 1VHM A; 4LEN A; 4JKT A; 4DMZ A; 4D2O A; 1UWP X; 3G4P A; 3LIF A; 2H10 A; 5FAP A; 1K56 D; 4WLA A; 1XGI A; 5J8X A; 2ZC3 B; 4PKY G; 5F82 A; 2VLG A; 4XT2 B; 3Q7V A; 3VFF A; 5GL9 A; 2QHK A; 4MNR A; 1WYB A; 4OVD A; 5HSQ A; 5HD3 A; 3LI9 A; 4OH0 A; 5GLB A; 1MWU A; 1VM1 A; 1TDL A; 4B4X A; 4B9O A; 1K55 C; 1NLZ A; 4ZBE A; 1NJ4 A; 1N9B A; 3OPR A; 4BL3 A; 5A92 A; 1DJB A; 3OCL A; 5EOO A; 1IKG A; 4JXV A; 3CZD A; 4QY5 A; 1FCN A; 1LL9 A; 2R9X A; 2E8I A; 2P04 A; 2OAP 1; 2V20 A; 5GLC A; 2P9V B; 1K57 C; 3LFV A; 3V50 A; 2J7V A; 3UPP A; 5L09 A; 1K4E A; 1TD5 A; 1LI0 A; 1TVF A; 5CXW A; 5F6A A; 4ETX A; 2DCF A; 4JGP A; 2QZ6 A; 3MXQ A; 3M2J A; 3NHQ A; 4KZ7 A; 2QPN A; 3V3S A; 1JWZ A; 3C4O A; 2EFU A; 4S2K A; 3PAE A; 3QP8 A; 1YQS A; 3IBR A; 1F9I A; 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5DTK A; 2LB9 A; 3MBZ A; 4LV2 A; 3GSG A; 3NC8 A; 1LI9 A; 5E2H A; 1E3U D; 3SH9 A; 5HL1 A; 5AQB A; 4NK3 A; 1QMF A; 2XLN A; 1WYC A; 3T4Q A; 4H6J A; 3FZC A; 5HAP A; 3GTC A; 2RL3 A; 1YPR A; 2PD7 A; 4BLM A; 4OPQ A; 1FSW A; 5DF9 A; 1K54 A; 1N9O A; 1U60 A; 1LSV A; 2ZL1 A; 4L9E A; 5A90 A; 3BY8 A; 4KEN B; 2IA2 A; 4DE2 A; 3E4O A; 1VB6 A; 5AQA A; 1Y54 A; 4G3V A; 2PYP A; 4R4S A; 3PXP A; 5FEG A; 1HTZ A; 4QD4 A; 2VA0 A; 4HIA A; 3K3C A; 3A3D A; 4GS9 A; 1K6S A; 3UPN A; 4DXC A; 4QJG A; 3U4L P; 3A0S A; 4RX3 A; 4R4R A; 2KX6 A; 1L0F A; 3TRC A; 5DFY A; 4JXS A; 2OWH A; 1P0Z A; 1XGJ A; 3B42 A; 4RX2 A; 1UGU A; 3C8C A; 4FUW A; 4Q0H A; 4Y15 A; 2HZ5 A; 2EX8 A; 1AXB A; 3MFD A; 3BJN A; 2V8C A; 3NOU C; 5TBM A; 2KDK A; 2DNS A; 3SH7 A; 4EU0 A; 4EEP A; 2Y2G A; 4ZJ2 A; 3FV7 A; 1S0W A; 3C7U A; 4S2N C; 2ACG A; 1N4O A; 2Y79 A; 2OSU A; 1ZC2 A; 3HLE A; 2GNX A; 3LIC A; 2DMW A; 3O5Y A; 4H6J B; 3JYI A; 4HOI A; 2M1C A; 4RYE A; 3VP2 A; 1TS0 A; 2W3D A; 3T4T A; 2V1B A; 3V5M A; 2P08 A; 2ZL1 B; 1OJ5 A; 2H5S A; 3SS5 A; 3E4P A; 4S2P A; 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