The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
103
|
structure length |
103
|
Chain Sequence |
MFISRHSGEGKFLFIDQRATLVIGFLPQEILGTSFYEYFHNEDIAALMESHKMVMQVPEKVTTQVYRFRCKDNSYIQLQSEWRAFKNPATSEIDYIIAKNSVF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Circadian clock protein
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| publication title |
Drosophila Melanogaster Cycle PAS-B with Bound Glycerol
rcsb |
| molecule keywords |
Protein cycle
|
| total genus |
31
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| structure length |
103
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| sequence length |
103
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3LIA A; 4KUK A; 5HDD A; 3NOP C; 4H6J A; 3F1P B; 1D7E A; 4EEP A; 1TS8 A; 4HHD A; 4HH3 A; 3P7N A; 1XJ3 A; 1XFQ A; 2OOL A; 3IBR A; 2VV8 A; 2V1B A; 4WF0 A; 2BAS A; 3CWF A; 5DJU A; 2K7S A; 1DRM A; 5IU1 A; 1OTB A; 2KDK A; 3LUQ A; 3BY8 A; 1OT9 A; 1Y28 A; 1UWN X; 1F9I A; 1S4S A; 3B33 A; 2B02 A; 1OTD A; 3VOL A; 2M1C A; 3UB9 A; 2GJ3 A; 4GW9 A; 5AVF A; 1DP9 A; 4MN5 A; 2W27 A; 3NOT C; 4F3L A; 3EEH A; 1P97 A; 1NWZ A; 3NOU C; 4HJ6 A; 4LRX C; 3MQO A; 1T18 A; 4GHI A; 2QWS A; 1X0O A; 1BYW A; 1T1C A; 3FG8 A; 5HD5 A; 4EER A; 3A0V A; 1EW0 A; 3LIE A; 1LSX A; 2L1M A; 4HP9 A; 3F1P A; 4GHI B; 5DKK A; 5F69 A; 3LI8 A; 1KOU A; 4L9G A; 4YWZ A; 1S4R A; 4E04 A; 4HH2 A; 2EA9 A; 2OWJ A; 4HQA A; 2VV6 A; 2Z6D A; 1OJ5 A; 3H7W A; 5HWW A; 3LYX A; 2QJ5 A; 3IS2 A; 4I3J A; 2PYR A; 1XJ6 A; 3RH8 B; 2L4R A; 5A8B A; 3G6O A; 2D02 A; 1N9L A; 3ICY A; 4R70 A; 4HIA A; 3UB8 A; 3LI9 A; 4GCZ A; 3H7W B; 2ZOH A; 4DJ2 A; 4HY8 A; 3IS2 B; 4KQD A; 3E4P A; 4NXG A; 4LRY C; 1S67 L; 2JHE A; 1OTI A; 3MJQ A; 4JGO A; 4B9O A; 1UGU A; 3MXQ A; 2YKH A; 4XT2 B; 4JGR A; 1TS6 A; 2V0U A; 4KUO A; 4LLO B; 1XFN A; 1DP8 A; 1LT0 A; 1V9Z A; 4EQ1 A; 2QKP A; 2V9A A; 1VB6 A; 3H9W A; 4GS9 B; 5F68 A; 4RQ9 A; 5HD3 A; 3UME A; 1XJ2 A; 3E4O A; 5HDC A; 2PYP A; 3C8C A; 3D72 A; 2PR6 A; 3PHY A; 3K3D A; 2D01 A; 4R3A A; 4PKY G; 3K3C A; 1F98 A; 4JGP A; 3LID A; 3C2W A; 4L9F A; 2WKR A; 2ZBB A; 4R6L A; 4EET B; 2PHY A; 3FC7 A; 3A0S A; 1LSV A; 5F5Y A; 4NXB A; 4I5S A; 5G4Y A; 3F1O B; 3MFX A; 3E4Q A; 4EES A; 1TS7 A; 4WN5 A; 3PYP A; 4PKY A; 1GSX A; 4R38 A; 5F6A A; 3VE4 A; 3CLO A; 5AVE A; 2A24 B; 2PR5 A; 3H82 B; 1XJ4 A; 4BBV A; 4LRZ E; 5J4E A; 3MQQ A; 2V1A A; 3NHQ A; 3OLO A; 1LSW A; 3UMD A; 4K08 A; 5TBM A; 1S1Y A; 3LIC A; 4HJ4 A; 2L0W A; 1DP6 A; 1MZU A; 2H28 A; 3ZQ5 A; 5IS1 A; 2VV7 A; 4HOI A; 4L9E A; 2W0N A; 3HJK A; 4HP4 A; 4XT2 A; 1OT6 A; 5TBM B; 1OTA A; 2Z6C A; 2QJ7 A; 3F1N A; 4HJ3 A; 4LPZ A; 5J3W A; 3KX0 X; 4BBU A; 4WUJ A; 4WLA A; 3UB6 A; 3VE3 A; 4M4X A; 1N9N A; 4GS9 A; 5DJT A; 5KIZ A; 3GDI A; 1T19 A; 5HDS A; 4HNB A; 3BY9 A; 3T50 A; 2WKP A; 1LL8 A; 4H6J B; 4EEU A; 3UB7 A; 1UWP X; 4I3A A; 3F1N B; 5HWV A; 5I5L A; 2OWH A; 2P7J A; 1TS0 A; 1T1A A; 1ODV A; 2CMN A; 2YKF A; 4MN6 A; 5G4Z A; 4EW7 A; 2VEA A; 1V9Y A; 1GSW A; 1GSV A; 2J80 A; 3RTY A; 2I9V A; 4WL9 A; 2PD8 A; 5HZH A; 3F1O A; 1OTE A; 3MR0 A; 4EXO A; 3BWL A; 2HV1 A; 4I3I A; 3LIF A; 3NJA A; 5HSQ A; 2KX6 A; 2A24 A; 4I38 A; 5DKL A; 1JNU A; 2R78 A; 3H82 A; 4I39 A; 4HI4 A; 3UE6 A; 4BBT A; 1G28 A; 3A0R A; 3HJI A; 4NXF A; 1S66 L; 2WKQ A; 4NXE A; 1N9O A; 3SW1 A; 3EWK A; 3LIB A; 5HWT A; 4F3L B; 2JN7 A; 2VLG A; 3GEC A; 2ZOI A; 4DJ3 A; 5J7E A; 1S1Z A; 3ULF A; 2PD7 A; 2V0W A; 3CAX A; 1T1B A; 2PDR A; 5EFW A; 2INW A; 1P0Z A; 2QHK A; 1OJG A; 1D06 A; 1WA9 A; 4JGQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZG0 A; 3LIA A; 4KUK A; 3NOP C; 4GOG A; 3O87 A; 4X53 A; 1D7E A; 4EEP A; 4BWI A; 3GV9 A; 4HHD A; 1EWZ A; 2JBF A; 1L2S A; 4HH3 A; 4PM7 A; 5HAI A; 4KQO A; 1XJ3 A; 1ES5 A; 2Y2I A; 3WS0 A; 2PRF A; 4BQM A; 4QJG A; 1A0K A; 3UE3 A; 1XXM A; 4DN0 A; 4G3W A; 3CWF A; 1DRM A; 2XLN A; 4ME4 A; 2ZQC A; 3MKF A; 2Y4A A; 2OAP 1; 1ES4 A; 1D1J A; 1VQQ A; 3UE1 A; 1FCM A; 4PPR A; 1ES3 A; 2J9O A; 5U47 A; 2B02 A; 3IQA A; 2ZJ9 A; 4X1M A; 3JYI A; 2RL3 A; 1K55 A; 4ZBE A; 3ZGA B; 4RYE A; 5CER A; 3VOL A; 5DFX A; 2EWV A; 2ZQ8 A; 3PBO A; 4Z1W A; 1CJF A; 1MY8 A; 3VV4 A; 2KLI A; 2HJE A; 1DP9 A; 4MN5 A; 4KZ8 A; 4WEK A; 3AGD A; 3NOT C; 2HP6 A; 3EEH A; 3HLE A; 1P97 A; 1FSY A; 2G2U A; 5EPH A; 3SOI A; 3BRM A; 2VA0 A; 2Y79 A; 1TF1 A; 4X25 A; 5G18 A; 3EGD C; 1H8M A; 1TDG A; 1T1C A; 2QPN A; 4IBX A; 3CPT A; 3UN7 A; 2Y2O A; 5HL6 A; 4BJP A; 4WBG A; 5CTN A; 3BFG A; 4WZ4 A; 3HVF A; 3NBL A; 4OPR A; 3LIE A; 4JXS A; 3S7O A; 4EV4 A; 2ZMA A; 1IYQ A; 3B47 A; 3UDI A; 2MJ6 A; 5DTT A; 4Z9Q A; 4C75 A; 1WYC A; 3A3F A; 3G30 A; 3N4I A; 2J9P A; 3IWO A; 1KOU A; 3WS5 A; 2X71 A; 4RX3 A; 3L9K A; 1YMS A; 1OJ5 A; 1RP5 A; 2JKG A; 3FV7 A; 3IS2 A; 4K0W A; 2PYR A; 1JWV A; 4IHQ A; 4ZJ1 A; 2NUP C; 3RH8 B; 4YFM A; 5A8B A; 3G6O A; 1GA0 A; 4Y5F A; 5DVA A; 3L7H A; 5EEC A; 3QP1 A; 5FL3 A; 4OLG A; 2UWX A; 4S2P A; 2Q9M A; 2ZC6 B; 3VP2 A; 2ZD8 A; 4X55 A; 1BZA A; 1NYY A; 1KVM A; 2ZOH A; 5CGS A; 4HY8 A; 5IHV A; 4DXC A; 4KQD A; 1QME A; 3E4P A; 1XKZ A; 3LCE A; 5M1A A; 3PR6 A; 4ARZ A; 4B9O A; 3O86 A; 1DJA A; 5HAP A; 3IXG A; 3SS3 A; 2EXB A; 4Q0J A; 1DP8 A; 2QKP A; 3IX3 A; 2O9C A; 4GS9 B; 1CI9 A; 4MCW A; 5CED A; 3UME A; 5HD3 A; 3OOV A; 4N1X A; 4E3K A; 1LL5 A; 3SZT A; 3T4J A; 4R3J A; 2X01 A; 4NEE D; 3C7U A; 3OPH A; 1IYS A; 3NC8 A; 3CUE C; 4PKY G; 4S2M A; 1F98 A; 5GHY A; 1KGE A; 3UNW A; 2XEP A; 4EBL A; 1PNE A; 4PM8 A; 4IVK A; 4ZJ3 A; 4QHC A; 3A0S A; 1LSV A; 5F5Y A; 1K6S A; 4I5S A; 4BEN A; 4XUX A; 3G4P A; 1S0W A; 1YAX A; 2QMI A; 1PRQ A; 2ZC5 B; 2EX6 A; 3CMZ A; 1GA9 A; 3CLO A; 2H0Y A; 3CG5 A; 1FSW A; 4KQQ A; 2BTF P; 4R23 A; 2XK1 A; 4R4R A; 3NHQ A; 3NCK A; 1RGZ A; 2RCX A; 3ZG9 B; 4QPR A; 1MKI A; 5TBM A; 1NJ4 A; 1S1Y A; 5GLA A; 3IHA A; 2J3T D; 4HJ4 A; 3KSH A; 3IT9 A; 2H28 A; 3ZQ5 A; 1E25 A; 3MKE A; 1GHM A; 4YOF A; 1ALQ A; 4L9E A; 1CEF A; 5A92 A; 4OON A; 4OPY A; 3W4P A; 2LB9 A; 3KYE A; 1OT6 A; 5LBR A; 1RCJ A; 5AQB A; 5AQ7 A; 5FI2 A; 2QJ7 A; 2XH9 A; 4LPZ A; 1HVB A; 3Q7Z A; 4WUJ A; 4WLA A; 4M4X A; 1OME A; 4GS9 A; 1SDN A; 2AVX A; 4MN7 A; 3UO9 A; 3A3D A; 2W3G A; 3V67 A; 1LL8 A; 2WK0 A; 4H6J B; 3TE8 A; 4DDS A; 1UWP X; 3BLM A; 2XDM A; 3CHW P; 3VP3 A; 5I5L A; 1P9W A; 2EX2 A; 3DWK A; 1ODV A; 1HD8 A; 2CMN A; 4QD4 A; 4EW7 A; 2J3T C; 1GSW A; 2G2W A; 2PU4 A; 3RTY A; 1FR1 A; 2I9V A; 3PBT A; 4ID4 A; 5EV0 A; 1MXO A; 2XF3 A; 3RFB A; 5DTS A; 4DDY A; 3DTE A; 2HV1 A; 3Q1F A; 3Q82 A; 4I38 A; 4GD8 A; 4I39 A; 3NIA A; 3PXP A; 4MEZ A; 3T1Q B; 2ZQA A; 3ZDJ A; 2WZX A; 2HF6 A; 4ETZ A; 2HGV A; 1SHV A; 3IX4 A; 1K57 C; 4NXF A; 3ZG5 A; 1CF0 A; 3D4F A; 3N8L A; 2WKQ A; 4G3K A; 1N9O A; 3SW1 A; 4WZ5 C; 3MS6 A; 1XGI A; 3CZD A; 5C5K A; 2JN7 A; 2DRW A; 3GEC A; 2C5W B; 1YLZ A; 1IEM A; 4BD1 A; 2PD7 A; 1PI5 A; 3CAX A; 1IFQ A; 4MNR A; 1ZHH B; 3EEA A; 1P0Z A; 5CX7 A; 3HCY A; 3T4K A; 1ERM A; 4CQH A; 2M7V A; 3OZH A; 2V2F F; 5HDD A; 4H6J A; 2WGI A; 1TS8 A; 3G31 A; 3VSL A; 4GKU A; 5FA7 A; 5CGW A; 5FAS A; 1M6K A; 4P6Z M; 2Y2M A; 5L07 A; 1XFQ A; 4E6W A; 1K6R A; 1W7F A; 3IBR A; 1ERO A; 4P87 A; 3DWZ A; 4ETX A; 4CJN A; 3HLW A; 2BAS A; 1K57 A; 2X02 A; 3N6I A; 5KSC A; 1YMX A; 3LGO A; 5DJU A; 3P01 A; 1OTB A; 1SKF A; 3R4K A; 4S2J A; 3O88 A; 3M6B A; 1Y28 A; 4ESP A; 1VET B; 1UWN X; 3ITA A; 2Q0O A; 4UA6 A; 5FEG A; 1ZTU A; 1Z6F A; 3TRC A; 4B93 A; 2WAF A; 3IWI A; 1PYY A; 2M1C A; 1N9B A; 1KE3 A; 1KGF A; 5CHU A; 5FI6 A; 2W27 A; 2Y2H A; 3OCN A; 2Y2K A; 3NY4 A; 3ZVW A; 1MKM A; 2VKS A; 4FH4 A; 4Y0U A; 4QY6 A; 3Q07 A; 3V3S A; 1NWZ A; 2WAD A; 3NOU C; 4HJ6 A; 2IWD A; 2HP5 A; 4QWO A; 3M2J A; 2QWS A; 3G32 A; 4WM9 A; 4G3V A; 1X0O A; 3IF5 A; 4EER A; 4FD8 A; 1SKO A; 3TJZ C; 3DW0 A; 1S6R A; 3KSI A; 3V5M A; 5AQ9 A; 1EW0 A; 2ZC4 B; 4P6B A; 1K55 C; 1LSX A; 4P6Z S; 4LV3 A; 5DKK A; 1N4O A; 3E2L A; 2JKT I; 3C4O A; 1OPX A; 2B95 A; 2ZC7 A; 4IVI A; 2K2N A; 2ZM8 A; 3T1S A; 4E04 A; 4HH2 A; 2HDR A; 2EA9 A; 5DF8 A; 1F2K A; 3ZVT A; 4HQA A; 3GR2 A; 2Z6D A; 3ZYT A; 4YIN A; 3H7W A; 2Y91 A; 5HWW A; 3DBA A; 2O9A A; 2QJ5 A; 3SH8 A; 4LCL A; 3O3V A; 3ISG A; 1YT4 A; 4OLD A; 3TOI A; 3PAE A; 1H8Z A; 3M6H A; 1VET A; 1N9L A; 3SH7 A; 4LV0 A; 3UB8 A; 4FH2 A; 1FR6 A; 2G7U A; 4E3M A; 4WEJ A; 3NI9 A; 2IWC A; 3IS2 B; 4FUW A; 4KQR A; 3BQA A; 4LRY C; 2JHE A; 2FZ0 A; 2J8Y A; 4KG6 A; 2B18 A; 4Q0H A; 3UDF A; 3MJQ A; 2I72 A; 1ERQ A; 2BLS A; 1VEU A; 3MXQ A; 1XX2 A; 2V1Z A; 1E4D A; 1PWD A; 2H10 A; 3E98 A; 4OOM A; 2XA7 M; 3QNC A; 4K91 A; 5DTK A; 4KUO A; 3RXX A; 2M7U A; 4DE3 A; 1V9Z A; 4MBF A; 4OVD A; 1BLP A; 3U2A A; 2DMW A; 4E3N A; 4ARZ B; 4RQ9 A; 2ZLY A; 3E4O A; 3C5A A; 2DCF A; 5HDC A; 5HAR A; 2PYP A; 3S7N A; 3D72 A; 4MBK A; 2OLU A; 3BLS A; 2PR6 A; 4D2O A; 4Q0I A; 2VGL M; 5A90 A; 1PIO A; 4E3J A; 3VP0 A; 3C2W A; 5L09 A; 3OBF A; 3O5Y A; 2WKR A; 5E2E A; 1ZC2 A; 2DNS A; 2PHY A; 4FCF A; 4NXB A; 1L0E A; 5G4Y A; 1IOU A; 5FQM A; 4X69 A; 5EOO A; 2ACG A; 2VK3 A; 1TS7 A; 3QP4 A; 4S2N A; 4EU0 A; 1TD5 A; 5EVL A; 1KE4 A; 3FKV A; 1SZV A; 2HP9 A; 3LFV A; 4R38 A; 1FQG A; 3MF0 A; 3MXR A; 2XSS A; 2PR5 A; 3IH8 A; 1XJ4 A; 5J4E A; 2Y2J A; 3Q81 A; 4P0M A; 4LEN A; 2IA2 A; 3LIC A; 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2IWB A; 2KOI A; 5CHJ A; 1NZO A; 4Y2F A; 4Y13 A; 1FCO A; 3PAG A; 1Z09 A; 5CTM A; 4OOY A; 5EUA A; 3P7N A; 3LR4 A; 1NZU A; 4QY5 A; 3IXB A; 3S7P A; 2OOL A; 3B42 A; 1YKD A; 5J8X A; 4MMN A; 2VV8 A; 4H8R A; 2V1B A; 4OOL A; 4WF0 A; 3GTC A; 4R0Q A; 2WAE A; 2P08 A; 2KDK A; 3BY8 A; 4CLC D; 5JYO A; 3MZD A; 4FSF A; 3A3E A; 1F9I A; 1S4S A; 5GLD A; 2H0T A; 4PM5 A; 3P98 A; 3B33 A; 3BQ8 A; 2WUQ A; 3DTK A; 5FI7 A; 4MDZ A; 3OCL A; 1LLB A; 1OTD A; 2JKT M; 3UB9 A; 2GJ3 A; 2V8C A; 4ZJ2 A; 1W8Y A; 4CLC B; 4GW9 A; 3IXH A; 4DXB A; 4DRT A; 2HZ5 A; 1PWC A; 2WZZ A; 4O8G A; 3BEC A; 3C38 A; 2JKF A; 1T18 A; 3T4L A; 4GHI A; 1PWG A; 4JKT A; 4KZ6 A; 1BYW A; 5D3O A; 3FG8 A; 5FAO A; 1LI0 A; 2XR0 A; 5HD5 A; 2LB5 A; 1I2W A; 4OPQ A; 4KZ5 A; 3A0V A; 5EVI D; 4HP9 A; 5EE8 A; 2HDS A; 3VSK A; 3DAV A; 3C30 A; 4MLL A; 2O0Y A; 3LI8 A; 1BLH A; 4L9G A; 3JVV A; 1SDE A; 1SKO B; 3VP1 A; 1S4R A; 2JCH A; 2EFX A; 1K4F A; 4UQI M; 4ZTK A; 4X1L A; 2A2L A; 2HJ9 C; 5EVI B; 4S2K A; 2VV6 A; 3HLF A; 2Q9N A; 2ZMV A; 4KZ7 A; 3GRJ A; 3LYX A; 5CXW A; 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