The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
148
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structure length |
148
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Chain Sequence |
GAMDPDLEATLRAIVHSATSLVDARYGAMEVHDRQHRVLHFVYEGIDEETVRRIGHLPKGLGVIGLLIEDPKPLRLDDVSAHPASIGFPPYHPPMRTFLGVPVRVRDESFGTLYLTDKTNGQPFSDDDEVLVQALAAAAGIAVANARL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
TWO COMPONENT SENSOR HISTIDINE KINASE DEVS (GAF FAMILY PROTE
|
| publication title |
Structural Insight Into the Heme-Based Redox Sensing by Doss from Mycobacterium Tuberculosis.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mycobacterium tuberculosis
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
40
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| structure length |
148
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| sequence length |
148
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.13.3: Histidine kinase. |
| pdb deposition date | 2008-11-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01590 | GAF | GAF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Z1W A; 3HCY A; 4ME4 A; 2W3D A; 3KSG A; 3MMH A; 4ETZ A; 2IA2 A; 2W3E A; 5TJJ A; 4G3W A; 4DMZ A; 3VV4 A; 3G6O A; 3KO6 A; 3MF0 A; 4O0P A; 2M7V A; 3CI6 A; 2M7U A; 4O8G A; 4IJG A; 2B18 A; 1ZTU A; 3MQ0 A; 4EU0 A; 4IUK A; 2VJW A; 4R6L A; 2O0Y A; 4GW9 A; 4RQ9 A; 2QYB A; 3D3O A; 4Y2F A; 2W3H A; 4E04 A; 4O01 A; 3K2N A; 3S7O A; 4Q0J A; 1TF1 A; 3IBJ A; 1STZ A; 4DN0 A; 2W1T A; 1MKM A; 4LRY C; 4MN7 A; 3S7N A; 5L8M A; 3NOT C; 4QPR A; 4MCW A; 3S7Q A; 4IUH A; 2XRN A; 4YOF A; 3NOP C; 4LRX C; 3EEA A; 3KSI A; 2O9B A; 1TD5 A; 3LFV A; 2VZW A; 4Y5F A; 5K5B A; 3NOU C; 2Y8H A; 5HPI A; 3C2W A; 4Q0I A; 2LB5 A; 2VEA A; 3BJN A; 4LRZ E; 3NHQ A; 4Q0H A; 2XRO A; 4G3K A; 1YSP A; 4MMN A; 2KLI A; 3S7P A; 2HGV A; 3W2Z A; 1MC0 A; 4GLQ A; 2W1T B; 2O9C A; 3KSF A; 4CQH A; 5C5K A; 2G7U A; 4G3V A; 2Y79 A; 1VHM A; 5HPF A; 5DFX A; 4YNR A; 3OBF A; 2K31 A; 3TRC A; 2W3G A; 3R4K A; 4ZRR A; 1YKD A; 2LB9 A; 2ZMF A; 4BWI A; 3O5Y A; 2K2N A; 5DFY A; 2O99 A; 2VKS A; 4MDZ A; 5I5L A; 3ZQ5 A; 2W3F A; 3CIT A; 2GX5 A; 2OOL A; 3DBA A; 4FOF A; 1F5M A; 3E98 A; 3RFB A; 2O9A A; 1YSQ A; 4Y3I A; 4R70 A; 4ETX A; 5HSQ A; 3IBR A; 3OOV A; 5AJG A; 3KSH A; 2W1R A; 2XSS A; 4EUV A; 4PAU A; 2KOI A; 3E0Y A; 5HL6 A; 5LBR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G28 A; 1IEM A; 5AVF A; 4BL3 A; 2Y2P A; 2A24 A; 2D01 A; 1RGZ A; 3G6O A; 1K57 C; 2JHE A; 5E2E A; 2PRF A; 5CHJ A; 1OT9 A; 5TBM A; 4OQI A; 3FV7 A; 1K55 C; 4IUK A; 5CX7 A; 5HWT A; 1KVM A; 2GZA A; 1BUE A; 1JTG A; 2UV0 E; 3NC8 A; 1T1A A; 2GJ3 A; 2W3H A; 4HHD A; 3T4O A; 4HH3 A; 3TG9 A; 5FAP A; 5HFO A; 3UB9 A; 2A3U A; 4R0Q A; 1YM1 A; 4OPY A; 4EUZ A; 3FPW A; 1MBL A; 1T1C A; 3MQQ A; 4OQH A; 5FL3 A; 1TVF A; 4LRX C; 3EEA A; 4NG2 A; 5DTT A; 2Y2N A; 4Y13 A; 4BD0 A; 4F3L B; 2HDU A; 3CG5 A; 3G35 A; 1XP4 A; 3DW0 A; 5EUA A; 2VEA A; 5J3W A; 2D02 A; 2P08 A; 1YSP A; 4MMN A; 2KLI A; 3VE4 A; 3V5M A; 2ZC5 B; 3KSF A; 4Y7P A; 5G4Y A; 2B95 A; 3UE0 A; 3I7J A; 5HWV A; 3T4S A; 2W3G A; 1G6O A; 3R4K A; 4E3N A; 5DFY A; 3DWZ A; 1FQG A; 4GB7 A; 4Y15 A; 5F82 A; 5EM0 A; 3CUE A; 4QU3 A; 1OTD A; 5A92 A; 5HX9 A; 1ESU A; 3R7W B; 3UE3 A; 4PMA A; 5EFW A; 1JTD A; 2VGK A; 1H3Q A; 4R1G A; 1KGF A; 4BQM A; 3NCK A; 1ZKJ A; 2KOI A; 3E0Y A; 1BTL A; 2ZQ8 A; 3PBQ A; 4BBU A; 1KDS A; 2W3E A; 3P98 A; 1SKF A; 1D1J A; 2JBF A; 4JF5 A; 2I9V A; 5DF8 A; 2B5R A; 2PR6 A; 5EOE A; 4AFI A; 5FAO A; 1GSX A; 4EBL A; 5CED A; 2ZL1 A; 2ZLY A; 4YWZ A; 1ES3 A; 3H82 A; 4EU0 A; 2HP5 A; 4OH0 A; 3WWX A; 4RQ9 A; 3MFD A; 4XXR A; 1IYO A; 3NIA A; 4WMC D; 1FSW A; 4WMC A; 3IS2 B; 4E3M A; 5DKK A; 3OPR A; 3HBR A; 4EET B; 3BFC A; 5FQM A; 3G2Y A; 1ESI A; 5DF7 A; 4ZDX A; 1K25 A; 3K3C A; 4ID4 A; 3HUM A; 1F9I A; 3M6B A; 5FA7 A; 2P04 A; 1KE4 A; 3B33 A; 4PKY G; 3QP6 A; 5L10 A; 2K31 A; 4U0X A; 2EX9 A; 2ZQD A; 3A3I A; 5HAR A; 3HLB A; 1FIL A; 1ZG6 A; 2J9O A; 4BBT A; 1DP9 A; 1SDE A; 3W8K A; 2ZMA A; 3F1P A; 3BFG A; 2VA0 A; 3PAE A; 4JF4 A; 3VOZ A; 4EES A; 2OWH A; 5F1G A; 4LPZ A; 3OOV A; 4E6X A; 1YLY A; 5A93 A; 2XFT A; 1TEM A; 5TFQ A; 2XH9 A; 1S66 L; 4DKI A; 2WGV A; 3D4F A; 2XK1 A; 3LEQ A; 3LY4 A; 5TJJ A; 1K0K A; 2A24 B; 2J3T C; 3BQ8 A; 2X02 A; 3FG8 A; 4KUO A; 1IEL A; 1CQA A; 1LL5 A; 1H0M A; 4LV3 A; 4MLL A; 5GLB A; 4JKT A; 3SOI A; 5IT5 A; 4P6Z S; 1SCW A; 3ISG A; 3D72 A; 4NK3 A; 3NOT C; 5J7E A; 3Q1F A; 5E2G A; 2XRN A; 3T1Q B; 1EWZ A; 1YLJ A; 3IH9 A; 4PM9 A; 3UB7 A; 1TS8 A; 3N8S A; 4ZAM A; 1ERQ A; 1ES5 A; 1YLT A; 4RX2 A; 2H10 A; 2Z2L B; 4UA7 A; 1XKZ A; 1YMX A; 5CHU A; 2O9C A; 3IWI A; 4CQH A; 3VFF A; 3BWL A; 2JCH A; 1IYP A; 5FEF A; 4OPQ A; 4ZRR A; 3MQO A; 1F2K A; 5FI2 A; 4ZJ1 A; 4X56 A; 5GLC A; 1XA7 A; 2XA7 S; 2V9A A; 4WLA A; 3L9K A; 3MXS A; 3EWK A; 2B02 A; 1KGE A; 3AGE A; 3E98 A; 4MBK A; 3P7N A; 3JPU A; 1W63 Q; 3SZT A; 2H0T A; 2NUT C; 4WZ4 A; 3NDE A; 3Q7Z A; 1BT5 A; 3KSG A; 3E4P A; 3HRE A; 3QP2 A; 3MBZ A; 1MWS A; 3ZFZ A; 4IED A; 4EEP A; 4EV4 A; 1W8Q A; 1IKI A; 1S67 L; 3VSK A; 4CLC D; 2ZL1 B; 3MZF A; 5GHX A; 1S0W A; 2HJ9 C; 3H82 B; 1P9R A; 2JKF A; 2GNX A; 2WUQ A; 4L9G A; 4FD8 A; 4EER A; 4ARZ A; 3UPO A; 1NYM A; 4WN5 A; 3S4X A; 3UDI A; 1MZU A; 4WBG A; 1H8Y A; 2QHK A; 3FYZ A; 2J3W A; 4K0X A; 1Z09 A; 1W79 A; 3G2Z A; 3FPV A; 3V50 A; 4B4Z A; 1VET A; 4FCF A; 3QNB A; 3MSH A; 1LSW A; 2EX6 A; 4WL9 A; 1HZO A; 5HAI A; 4HBT A; 2VGL S; 3G31 A; 3FWL A; 2BLS A; 1FCN A; 4KZ6 A; 4GLQ A; 1D7E A; 5HDS A; 1ALQ A; 4HOI A; 3TSG A; 3G32 A; 4G3V A; 4I39 A; 3IX8 A; 3GQZ A; 5DVA A; 5IU1 A; 1PRQ A; 2X01 A; 2CMN A; 3SH8 A; 3F1P B; 2G2U A; 3UNW A; 5FQQ A; 2NUP C; 3UPP A; 4R3J A; 1QMF A; 5CRF A; 2VV7 A; 1KOU A; 3C30 A; 4Q8I A; 3ITB A; 2V0W A; 3KSH A; 1N9L A; 4PAU A; 1JWV A; 2C6W B; 3WS2 A; 3LO7 A; 3C5A A; 3MFX A; 4X1M A; 1JWP A; 1I2W A; 3PBS A; 2XFS A; 4KZ7 A; 3Q7V A; 2JKG A; 1ZTU A; 4QHC A; 1YQS A; 2VJW A; 5EE8 A; 1LLB A; 3H7W A; 4HP9 A; 3NEC A; 1E4D A; 3B42 A; 4E3L A; 4UA6 A; 2ZM8 A; 1STZ A; 4WEL A; 1XFQ A; 2OSU A; 2HDQ A; 3UDF A; 4HQA A; 3EEH A; 1HVB A; 4OPR A; 2VZW A; 4Y5F A; 4II7 A; 5HPI A; 4E3K A; 1MWT A; 3C38 A; 1XX2 A; 3NHQ A; 1IOU A; 3S7P A; 2Z6C A; 2EXB A; 3OZH A; 1MWR A; 3LR4 A; 4KQD A; 4OLG A; 1MY8 A; 4PM7 A; 3IHB A; 3IQA A; 4FTX A; 3UB5 P; 3P09 A; 1AXB A; 1SHV A; 2Y2H A; 1MWU A; 2WKH A; 1RP5 A; 3C8C A; 3UB6 A; 4MDZ A; 4S2O A; 3DWK A; 2IWB A; 2BG1 A; 2Y2K A; 1ONH A; 4ZJ3 A; 4GHI A; 3VP3 A; 3NI9 A; 1E3U D; 3IBR A; 3QP8 A; 1E25 A; 1BLP A; 2PD8 A; 3ZG0 A; 3BFF A; 3MKE A; 1TDL A; 1LI9 A; 5HL6 A; 5HD5 A; 1E3U A; 3LR5 A; 4ME4 A; 4CLC E; 4L0L A; 4JXW A; 2EA9 A; 2M7U A; 2WZZ A; 1IKG A; 1U60 A; 3GTC A; 2PHY A; 4Y0T A; 1PNE A; 3VP4 A; 3IT9 A; 3K3D A; 2OLU A; 4ARZ B; 3Q07 A; 4A5R A; 1SDN A; 2Q9N A; 2QZ6 A; 1HLU P; 4JGR A; 2ZC3 B; 5TR7 A; 1PW8 A; 4MNR A; 5L8M A; 1LHY A; 4NKP A; 3SS5 A; 2EFU A; 1OTE A; 5EM1 A; 1SKO A; 2JC7 A; 3VP2 A; 3BRM A; 2HF6 A; 4DDS A; 3OPH A; 4PM8 A; 5FAQ A; 2DRW A; 4E3J A; 3NDG A; 1C3B A; 3G4P A; 3BW6 A; 3QHY A; 1IFQ A; 1FR1 A; 4OKP A; 3RJU A; 5HPF A; 4JGQ A; 4YNR A; 4KG2 A; 4K91 A; 2JKR I; 4WM9 A; 1DP6 A; 2K2N A; 3A0R A; 4X1L A; 2W27 A; 1N4O A; 3RTY A; 2L4R A; 1KE3 A; 4S2I A; 2ZM2 A; 1YAX A; 2Q9M A; 2WK0 A; 4O7D A; 5HD3 A; 3MR0 A; 4EQI A; 2IWD A; 5FSR A; 3LID A; 4R70 A; 3IX3 A; 3HLF A; 3CHW P; 4MEZ A; 5LBR A; 4U3T A; 4LCL A; 2IWC A; 2PR5 A; 4Z1W A; 1DY6 A; 2PU2 A; 2PAV P; 4BJP A; 4HH2 A; 3VV4 A; 3HLC A; 3FKW A; 3UY6 A; 4GZB A; 5CGX A; 3CJM A; 3Q7V B; 4QY6 A; 3WS0 A; 1NZO A; 4LV2 A; 4H8R A; 5CGW A; 3WRZ A; 1X0O A; 3BQA A; 3WRT A; 3PAG A; 2QPN A; 2O0Y A; 3UB8 A; 4PM5 A; 3T4J A; 3E4O A; 3GVB A; 3VP0 A; 5KSC A; 3B47 A; 1TF1 A; 1G5U A; 3B3X A; 2J3T D; 1JNU A; 3S7Q A; 4U0T A; 3KSI A; 1UWN X; 5AQA A; 1RCJ A; 3D9Y A; 3DAV A; 1XA1 A; 2Y59 A; 2XLN A; 3DTI A; 3W2Z A; 2J9P A; 1MC0 A; 5D3O A; 4DXB A; 1T19 A; 4OQ0 A; 1YKD A; 5J8X A; 2Y55 A; 1K4E A; 5F69 A; 2W3F A; 1W63 M; 4DE0 A; 5HL1 A; 3H9W A; 1M40 A; 4KG5 A; 4GHI B; 3RXX A; 2XR0 A; 4Y3I A; 1S4S A; 4EUV A; 4DF6 A; 1VEU B; 1NRF A; 1SZV A; 2V8F A; 3ZG8 B; 1XGI A; 4I38 A; 3PXP A; 4WEJ A; 3HLE A; 3HLG A; 2XA7 M; 1L3L A; 4BEN A; 4L9F A; 3F1O A; 3IF5 A; 4K08 A; 2B18 A; 3ZNT A; 3CUE C; 3GDI A; 3BFD A; 4KZB A; 1O07 A; 4GW9 A; 5DTK A; 2YKH A; 3D3O A; 4OPZ A; 5JYO A; 1YLP A; 3PBT A; 2EX8 A; 5CHM A; 2RCX A; 4WF0 A; 1BLC A; 3EGD C; 4MBH A; 4B93 A; 4D60 A; 1MKM A; 1PIO A; 4LRY C; 4MN7 A; 4S2L A; 3S7N A; 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