The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
100
|
structure length |
100
|
Chain Sequence |
LAFGAIQLDGDGNILQYNAAEGDITGRDPKQVIGKNFFKDVAPCTDSPEFYGKFKEGVASGNLNTMFEYTFDYQMTPTKVKVHMKKALSGDSYWVFVKRV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The solution structure of a transient photoreceptor intermediate: delta25 photoactive yellow protein
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Halorhodospira halophila
|
| molecule keywords |
Photoactive yellow protein
|
| total genus |
14
|
| structure length |
100
|
| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KDK A; 1OJG A; 2I9V A; 3KX0 X; 2JHE A; 3LIA A; 5HDC A; 2PD7 A; 4GHI B; 1P0Z A; 1DRM A; 1X0O A; 5HWW A; 4HI4 A; 5HZH A; 3F1O A; 4EES A; 3MQQ A; 4GW9 A; 2BAS A; 2CMN A; 4MN5 A; 3CLO A; 3RTY A; 3NJA A; 3VE4 A; 4LPZ A; 1LL8 A; 2EA9 A; 1KOU A; 1V9Y A; 5F6A A; 1BYW A; 3LIC A; 1Y28 A; 1TS0 A; 4HNB A; 4I38 A; 4HJ6 A; 2OWJ A; 3H7W A; 4WN5 A; 4I3A A; 4WUJ A; 4NXF A; 1OJ5 A; 3IS2 A; 5HD3 A; 3F1N B; 4I3J A; 2YKH A; 4NXB A; 2A24 B; 2B02 A; 5TBM A; 3NOU C; 3OLO A; 2Z6C A; 3ULF A; 5A8B A; 4EXO A; 1XJ6 A; 3H82 B; 3FC7 A; 1XJ3 A; 2VV8 A; 4EW7 A; 3NOP C; 4HQA A; 5G4Z A; 3UB9 A; 1DP8 A; 1S1Z A; 1DP9 A; 4HIA A; 4B9O A; 2PHY A; 3ICY A; 5DJT A; 2PYP A; 3UB8 A; 5DKK A; 2H28 A; 3LIF A; 1GSW A; 3MXQ A; 2J80 A; 2V1B A; 1P97 A; 1S4S A; 4KQD A; 3RH8 B; 3P7N A; 3UMD A; 3A0S A; 3LI8 A; 4GS9 A; 1WA9 A; 1T19 A; 4I3I A; 4PKY A; 1F9I A; 3F1P B; 3H9W A; 5KIZ A; 4WL9 A; 5J7E A; 1NWZ A; 2D01 A; 4NXG A; 5F68 A; 1S4R A; 1N9N A; 3C2W A; 2VLG A; 4H6J A; 3E4P A; 3SW1 A; 4I5S A; 1F98 A; 1T1C A; 4XT2 A; 4YWZ A; 3MR0 A; 4DJ3 A; 4HOI A; 1XJ2 A; 1JNU A; 1S67 L; 2PYR A; 4HJ3 A; 3ZQ5 A; 1LT0 A; 3MFX A; 4E04 A; 3EEH A; 4LRX C; 2PR5 A; 3F1O B; 1GSX A; 2L4R A; 3GEC A; 5DJU A; 3FG8 A; 2P7J A; 2R78 A; 3B33 A; 1OTD A; 4RQ9 A; 1LSW A; 1TS7 A; 1V9Z A; 2V0W A; 4JGO A; 3H7W B; 1D06 A; 5HD5 A; 5AVF A; 5G4Y A; 1XFN A; 2V0U A; 3IS2 B; 2QJ7 A; 1TS6 A; 2M1C A; 5HWT A; 1T1B A; 1MZU A; 3NHQ A; 4NXE A; 1S66 L; 2Z6D A; 5TBM B; 5AVE A; 3C8C A; 1OT6 A; 4JGR A; 3CAX A; 3T50 A; 5IS1 A; 3E4Q A; 3MJQ A; 3VE3 A; 2ZBB A; 4K08 A; 2ZOI A; 4F3L A; 4GCZ A; 3CWF A; 1LSX A; 5HDS A; 1UWP X; 3BY9 A; 4WLA A; 3UME A; 2L0W A; 4GS9 B; 5J3W A; 3A0R A; 4BBU A; 2JN7 A; 4MN6 A; 4EEP A; 4R6L A; 3E4O A; 3EWK A; 5EFW A; 1DP6 A; 4H6J B; 4GHI A; 5HWV A; 4EQ1 A; 3LYX A; 5IU1 A; 3LIE A; 4XT2 B; 4HP4 A; 3NOT C; 1OTI A; 1T1A A; 3PHY A; 2OWH A; 2YKF A; 3PYP A; 3LUQ A; 1S1Y A; 3MQO A; 2PDR A; 2V9A A; 4DJ2 A; 3K3C A; 2WKR A; 3GDI A; 2L1M A; 3LID A; 1G28 A; 4HHD A; 1TS8 A; 3UB6 A; 2PR6 A; 1OTA A; 4JGQ A; 1OT9 A; 3D72 A; 1OTE A; 4EER A; 2QWS A; 3LI9 A; 4HY8 A; 1OTB A; 1D7E A; 1XJ4 A; 4EET B; 2QJ5 A; 1GSV A; 3F1N A; 4R3A A; 2K7S A; 4LRZ E; 2A24 A; 4LRY C; 1N9O A; 3BY8 A; 3HJK A; 3HJI A; 5F69 A; 3IBR A; 1N9L A; 2WKP A; 3H82 A; 4M4X A; 1UGU A; 3LIB A; 4EEU A; 4BBV A; 4KUO A; 2W27 A; 2PD8 A; 1LSV A; 5HSQ A; 1VB6 A; 1UWN X; 3A0V A; 4HH3 A; 5HDD A; 4WF0 A; 5F5Y A; 1XFQ A; 2INW A; 3UB7 A; 3VOL A; 4HP9 A; 2VV7 A; 4LLO B; 4L9G A; 2HV1 A; 4L9F A; 5DKL A; 2QKP A; 4R70 A; 2VV6 A; 2ZOH A; 3F1P A; 4HJ4 A; 3G6O A; 5J4E A; 3UE6 A; 4BBT A; 2D02 A; 3BWL A; 2OOL A; 2KX6 A; 4F3L B; 4R38 A; 2W0N A; 1T18 A; 2QHK A; 4PKY G; 3K3D A; 1ODV A; 2GJ3 A; 4L9E A; 5I5L A; 2WKQ A; 4I39 A; 4JGP A; 4KUK A; 4HH2 A; 2V1A A; 2VEA A; 1EW0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HD8 A; 3IF5 A; 1ESI A; 5G18 A; 5HDC A; 3ISG A; 2ZL1 A; 3IF6 C; 3UN7 A; 2J8Y A; 4PHT A; 2R9W A; 4EWF A; 2VK3 A; 1KGG A; 3WS0 A; 1FR1 A; 1TDG A; 5HWW A; 5HZH A; 5KZH A; 2H0Y A; 3F1O A; 4GW9 A; 4KZ6 A; 2ZC4 B; 3UDF A; 1ZG4 A; 3EQU A; 5CXW A; 5CX7 A; 5M19 A; 3NCK A; 2X71 A; 4UA7 A; 1V9Y A; 3LIC A; 4B93 A; 1L0F A; 1TS0 A; 4HNB A; 3LFV A; 4S2K A; 3RXX A; 2PU4 A; 3T4Q A; 4BJP A; 2OWJ A; 5EVL A; 3EGD C; 2Y2G A; 2MJ6 A; 1L0D A; 3NEC A; 4I3A A; 4WUJ A; 1ALQ A; 3HL9 A; 4GLQ A; 3S22 A; 3BQ8 A; 4B88 A; 4DXC A; 1KDS A; 1NRJ A; 3M2J A; 3FV7 A; 5GL9 A; 5HD3 A; 1H5X A; 5EOO A; 3V3R A; 3C4O A; 4NXB A; 1K54 C; 1VET B; 5DVA A; 4NK3 A; 1XKZ A; 5DF7 A; 3U2A A; 4UQI M; 1QMF A; 2HJE A; 4JXW A; 4P87 A; 4OPY A; 5TBM A; 1K25 A; 4ETX A; 1ZHH B; 5DF8 A; 3H82 B; 3IXB A; 3MXS A; 3FC7 A; 5FAP A; 3Q81 A; 4U3T A; 1L0G A; 4S2J A; 4WZ5 C; 1Y54 A; 3NOP C; 3G32 A; 4HQA A; 2J3T D; 5DFX A; 1VM1 A; 5TJJ A; 4RA7 A; 2NUT C; 2O9B A; 2HP6 A; 2PU2 A; 3NUL A; 3ZFZ A; 5FQI A; 3RH8 B; 1Y4O A; 4GD8 A; 1U60 A; 3UMD A; 4Q0I A; 3P01 A; 4JBF A; 3BEC A; 3T4L A; 5K5B A; 1XGI A; 4KG6 A; 3NC8 A; 1I2W A; 4DF6 A; 2D01 A; 4JF6 A; 5FQJ A; 3Q7Z A; 1K0K A; 5F68 A; 3C2W A; 2VLG A; 4Y3I A; 1W79 A; 5FQQ A; 4CLC E; 3M6H A; 3ZHH A; 3UO9 A; 2BG1 A; 4MDZ A; 2PYR A; 2R9X A; 4HJ3 A; 1J3W A; 3MKE A; 3OPL A; 2ZL1 B; 4DXB A; 3GRJ A; 4OQI A; 1OME A; 3OPP A; 3EEH A; 4IVI A; 4FTX A; 4BD1 A; 3C5A A; 3F1O B; 3BEB A; 4EU0 A; 2I72 A; 2W3G A; 4QU3 A; 4P0M A; 2P7J A; 1WYC A; 4KQO A; 3VSK A; 3B33 A; 2VJW A; 3B3X A; 1W63 Q; 3JYI A; 1TS7 A; 2FFF B; 4EQI A; 4QHC A; 1V9Z A; 2XRN A; 2X02 A; 3WS5 A; 4G3K A; 1IEM A; 1MWS A; 4C3Q A; 1FIK A; 1AWI A; 3HLC A; 1CK3 A; 5G4Y A; 3UPP A; 3PR6 A; 3DWK A; 4EV4 A; 1XPB A; 2QJ7 A; 1K38 A; 2M1C A; 5HWT A; 1MWT A; 4RYE A; 3BQA A; 4U0T A; 4MBF A; 1ERQ A; 1TDL A; 1YLW A; 4S2N C; 5TBM B; 1SZV A; 2Y2O A; 3TG9 A; 5F82 A; 5FAQ A; 1GCE A; 2J7V A; 1VHM A; 1BT5 A; 2IA2 A; 3T50 A; 1RGZ A; 4EUZ A; 1H8Y A; 5IS1 A; 5DFY A; 3MJQ A; 3VE3 A; 2RL3 A; 3D4F A; 5CHU A; 3VP1 A; 4UQI S; 1O7E A; 2B5R A; 4KZ3 A; 4F3L A; 5EVE A; 2WK0 A; 3G4P A; 3FKW A; 5FI7 A; 5FQM A; 4PM5 A; 3IH8 A; 5HDS A; 3ZG5 A; 2Y59 A; 1H8M A; 3T4O A; 2Y79 A; 3OOV A; 1CF0 A; 4KZ4 A; 2WKI A; 3IQA A; 3IX8 A; 3UME A; 1K57 A; 1YQS A; 4JXS A; 5J3W A; 3A0R A; 4BBU A; 2JN7 A; 1E4D A; 3E4O A; 1VQQ A; 1E3U D; 3DTI A; 2WAD A; 2DMW A; 2WKE A; 3EWK A; 2Q9N A; 5L10 A; 3IWI A; 4GKU A; 2HPB A; 5HWV A; 1SHV A; 4EQ1 A; 2VA0 A; 5GHZ A; 1MKM A; 2FH5 A; 2XSS A; 3NOT C; 2ZMF A; 1OTI A; 1T1A A; 3MS6 A; 3VOY A; 1FR6 A; 1N9B A; 3A3D A; 2YKF A; 3LUQ A; 1S1Y A; 1NYY A; 4Q8I A; 3LY3 A; 4Y7P A; 3WRZ A; 1KE4 A; 4CLC D; 5DTS A; 3G34 A; 2ZD8 A; 3GDI A; 3IWQ A; 2PBY A; 4UAA A; 5FAO A; 4KEN B; 2WAF A; 2EXA A; 4JGQ A; 1OT9 A; 5E2H A; 2E8J A; 4FSF A; 4G3W A; 2O99 A; 2Y2N A; 1FSY A; 1OTB A; 1YSP A; 4IUK A; 1GA9 A; 5CHJ A; 4EET B; 2V1Z A; 3KSF A; 1GSV A; 4R3A A; 1MWR A; 2GNX A; 3L9K A; 5HX9 A; 1N9O A; 3M2K A; 2HDR A; 5CGX A; 5L07 A; 4ZJ3 A; 4IJG A; 1TF1 A; 4ZRR A; 3FWL A; 1UGU A; 3LIB A; 3RJU A; 2XD1 A; 1S0W A; 4PM9 A; 2W27 A; 4GN2 A; 1CI9 A; 3HVF A; 2PD8 A; 3HLF A; 3MZF A; 4QY5 A; 3A0V A; 1K6R A; 3SH9 A; 1NYM A; 3MKF A; 1XFQ A; 5CTM A; 3VOL A; 3T1Q B; 2Q9M A; 2VV7 A; 1L0E A; 4LLO B; 5CGS A; 5FL3 A; 2HV1 A; 5E2G A; 1BUE A; 3MFD A; 4H8R A; 2ZM8 A; 4PMA A; 5AQB A; 2Y2I A; 3PBQ A; 3F1P A; 5GLA A; 3JVU A; 3UE6 A; 3BWL A; 4F3L B; 3T4T A; 4N1X A; 3IBJ A; 4PKY G; 3HRE A; 4MMN A; 1K57 C; 3DTE A; 1G6O A; 4PPR A; 3LEQ A; 4WEL A; 1S6R A; 4HH2 A; 3CUE C; 4OPZ A; 2VEA A; 1EW0 A; 1G68 A; 3A3F A; 2ZQ8 A; 3KX0 X; 1K56 A; 2JHE A; 4KZ9 A; 1RCJ A; 2XFT A; 2V2F F; 4S2M A; 3E2L A; 1EI5 A; 2ZLY A; 1PFL A; 3T4S A; 3MQQ A; 4MN5 A; 4E3I A; 3W4O A; 4JLF A; 3CLO A; 4DE1 A; 2XGN A; 3RTY A; 3NJA A; 3VE4 A; 3QP6 A; 3T1S A; 4WEJ A; 1H0M A; 2Y91 A; 2Y8H A; 1NZU A; 4I38 A; 4HJ6 A; 2W1R A; 4OVD A; 4OQ0 A; 1BTL A; 5FEG A; 3H7W A; 4EBL A; 3KYQ A; 2K31 A; 1K4F A; 5CED A; 4IVK A; 4HEF A; 4LV2 A; 2QYB A; 5GHY A; 1DJB A; 2YKH A; 5FA7 A; 4O01 A; 3HLD A; 5KSH A; 4WM9 A; 2GZA A; 5F1G A; 1NJ4 A; 2B02 A; 1ERM A; 2WYX A; 3NOU C; 3OLO A; 2K2N A; 5A8B A; 4EUV A; 2BLS A; 2V8F A; 4E6W A; 3SZT A; 3N8S A; 4PM6 A; 3GTC A; 1DP8 A; 1DP9 A; 4HIA A; 3HUM A; 3ICY A; 5DJT A; 3ZDJ A; 2EX9 A; 3I7J A; 3ZVW A; 2WKH A; 3G31 A; 4G3V A; 5DKK A; 4RVA A; 2QMI A; 4Y0U A; 3S7P A; 2Y2K A; 2V1B A; 1P97 A; 1S4S A; 4FH4 A; 4OQH A; 4WMC D; 3A0S A; 5EE8 A; 4JXV A; 5AQA A; 1BLC A; 4I3I A; 1F9I A; 3F1P B; 2V8C A; 3TOI A; 2OAP 1; 4WL9 A; 5J7E A; 4QJG A; 1Z6F A; 1RP5 A; 1BSG A; 1BLH A; 3O87 A; 5EUA A; 1Q2P A; 2OLV A; 4JF5 A; 3FPV A; 4UA6 A; 4XT2 A; 5A92 A; 3HUO A; 1GHM A; 2W3H A; 4MNR A; 4DJ3 A; 3GR2 A; 1XJ2 A; 3HLE A; 3LCE A; 3VFF A; 3G30 A; 4ARZ A; 2DCF A; 4O0P A; 1M40 A; 2ZM2 A; 4BWI A; 3ZQ5 A; 3IXH A; 4E3M A; 2Y4A A; 3NIA A; 4MBK A; 1JTD A; 1I2S A; 2XEP A; 3E2K A; 3GV9 A; 1KGF A; 3UDX A; 2OAQ 1; 3VSL A; 5DJU A; 5EEC A; 4QB8 A; 3Q07 A; 3LR4 A; 3RXW A; 2A3U A; 4RQ9 A; 1LSW A; 4N9L A; 1FCM A; 2C5W B; 4N9K A; 5AQ7 A; 1PYY A; 1K6S A; 4X6T A; 3HUN A; 4L0L A; 4JGO A; 3AGD A; 1NXY A; 4II7 A; 3H7W B; 3PBR A; 5HD5 A; 4O7D A; 3TSG A; 4K0W A; 4OOY A; 2JBF A; 3TJZ C; 1IFQ A; 2CC1 A; 1D1J A; 1T1B A; 3M6B A; 5FDS A; 3NBL A; 1P9R A; 1MKI A; 5LBR A; 5E2F A; 3CZD A; 4N1H A; 2Z6D A; 5AVE A; 2BTF P; 1OT6 A; 4JGR A; 4LEN A; 3A3E A; 3GSG A; 1P9W A; 2ZMV A; 2GDN A; 5TR7 A; 1ZKJ A; 4GD6 A; 3G2Y A; 2W3D A; 3JPU A; 2ZBB A; 5E2E A; 4GCZ A; 5FQK A; 4KZ8 A; 1PNE A; 3EEA A; 2V20 A; 1UWP X; 1IYO A; 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2EFX A; 3BJN A; 1MPL A; 1A0K A; 3NDE A; 1L2S A; 2H5S A; 4FD8 A; 5J4E A; 2KX6 A; 4DDY A; 3OCL A; 4X68 A; 4BEN A; 3FKV A; 1T18 A; 1PI4 A; 3VFH A; 2QHK A; 3R7W A; 3K3D A; 2A49 A; 1MXO A; 3DWZ A; 3W2Z A; 2GJ3 A; 2Z2L B; 2WKQ A; 4I39 A; 2KOI A; 1TEM A; 1FIL A; 4JPM A; 2V1A A; 1I5Q A; 5CHM A; 4Z1W A; 2KDK A; 5A93 A; 1OJG A; 1LI9 A; 1GHP A; 1DJA A; 4KZB A; 3LIA A; 1XXM A; 1FQG A; 2PD7 A; 4X55 A; 1NY0 A; 4OPR A; 4P6B A; 1STZ A; 5C5K A; 2E8I A; 4PAU A; 1DRM A; 1X0O A; 1QME A; 1NZO A; 4GJ4 A; 4GOG A; 4HES A; 4JF4 A; 3IH9 A; 4OLD A; 2ZQ7 A; 3N6I A; 2BAS A; 3PXP A; 1MBL A; 2VGL S; 4EBN A; 2ZC6 B; 1FCO A; 5HAR A; 2VZW A; 1LL8 A; 4C75 A; 2EA9 A; 4FCF A; 4OON A; 2P04 A; 1C3B A; 1KDW A; 2G7U A; 2B95 A; 3PBO A; 3ZNY A; 2P9V B; 2VX8 A; 5FI2 A; 1KVM A; 1ZG6 A; 1OJ5 A; 3PAG A; 2OLU A; 5A90 A; 2ZQD A; 3F1N B; 3G2Z A; 3QP5 A; 3QNB A; 1W8Y A; 2EFU A; 2A24 B; 4GDN A; 2JKT M; 3WWX A; 4ZAM A; 3LY4 A; 3U4L P; 1F5M A; 2Z6C A; 3ULF A; 4EXO A; 4GZB A; 1BLS A; 1IEL A; 4XUX A; 3LO7 A; 1XJ3 A; 5J8X A; 2UWX A; 4EW7 A; 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