The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
108
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structure length |
108
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Chain Sequence |
CQPTEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of ARNT PAS-B dimerization: use of a common beta-sheet interface for hetero- and homodimerization.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Endothelial PAS domain protein 1
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| total genus |
29
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| structure length |
108
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| sequence length |
108
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LSX A; 3NOP C; 1F9I A; 4WN5 A; 1S1Z A; 2KX6 A; 1P97 A; 4BBU A; 3RTY A; 2OWH A; 1TS6 A; 4HY8 A; 4L9G A; 1DP8 A; 3A0R A; 4JGR A; 5I5L A; 4HH2 A; 2KDK A; 2Z6D A; 5KIZ A; 1NWZ A; 2Z6C A; 2ZOH A; 2W27 A; 1V9Y A; 4RQ9 A; 4HQA A; 1OTD A; 2V1B A; 5EFW A; 3CAX A; 1S4S A; 4EER A; 4KUK A; 3LIF A; 3C2W A; 2VV6 A; 1G28 A; 1N9O A; 1P0Z A; 1TS0 A; 5A8B A; 3K3C A; 3F1N B; 1TS8 A; 3A0V A; 3A0S A; 3UME A; 1EW0 A; 1OJG A; 5G4Z A; 4R38 A; 3UE6 A; 2QJ7 A; 4F3L A; 3F1O A; 2V1A A; 3UB8 A; 5AVF A; 3LI8 A; 4XT2 B; 4KUO A; 4EXO A; 2V0W A; 1T1B A; 4JGQ A; 2VV7 A; 2EA9 A; 2M1C A; 1VB6 A; 3H9W A; 4PKY G; 4XT2 A; 5J4E A; 3ICY A; 2A24 B; 3UB6 A; 1BYW A; 2QWS A; 1LL8 A; 1TS7 A; 3H82 B; 4HJ3 A; 3LIC A; 4I38 A; 3E4O A; 4JGP A; 2J80 A; 2A24 A; 3VE3 A; 1GSV A; 3K3D A; 4HIA A; 3HJI A; 5DJT A; 4E04 A; 4HHD A; 4I3I A; 3MQO A; 4LRX C; 1N9L A; 5TBM B; 4HJ6 A; 4HP4 A; 2CMN A; 3BY9 A; 4WLA A; 4GW9 A; 4LPZ A; 3UB9 A; 3PHY A; 4PKY A; 4HNB A; 2PDR A; 1XJ3 A; 1T18 A; 5TBM A; 2ZOI A; 1XFQ A; 5HDC A; 2PD7 A; 2L4R A; 4DJ2 A; 3FC7 A; 2WKP A; 3LIB A; 1OTI A; 1S66 L; 4BBT A; 1UWN X; 3BY8 A; 3LIA A; 3RH8 B; 3VE4 A; 3MXQ A; 1OT9 A; 4GHI B; 3LI9 A; 5HD5 A; 4WF0 A; 5HWW A; 1D7E A; 2GJ3 A; 3SW1 A; 4GHI A; 2R78 A; 4GS9 B; 3OLO A; 2OOL A; 2YKF A; 3T50 A; 4NXG A; 2VEA A; 4NXB A; 5J3W A; 1V9Z A; 5F6A A; 5HWT A; 2PR5 A; 4I3J A; 3MFX A; 4EEP A; 4I39 A; 1OJ5 A; 3MR0 A; 5HD3 A; 3NOT C; 3MJQ A; 3F1N A; 2B02 A; 5DKK A; 3E4P A; 1S4R A; 2ZBB A; 5G4Y A; 4MN5 A; 2PYR A; 4EEU A; 2D01 A; 5DKL A; 3IS2 B; 4DJ3 A; 3HJK A; 3UB7 A; 1DP6 A; 1WA9 A; 2V9A A; 3NJA A; 4LLO B; 2QKP A; 3IS2 A; 3P7N A; 3H82 A; 5HZH A; 1MZU A; 1LT0 A; 1S1Y A; 5F69 A; 2HV1 A; 3F1P B; 2BAS A; 1T1A A; 3ULF A; 4I3A A; 5HDD A; 4HOI A; 5F68 A; 2QHK A; 4WL9 A; 5HDS A; 4KQD A; 1GSX A; 1XFN A; 3F1P A; 2L1M A; 3NOU C; 1JNU A; 2K7S A; 4R70 A; 2OWJ A; 3LUQ A; 2JN7 A; 5IU1 A; 4GCZ A; 3KX0 X; 1XJ6 A; 1S67 L; 3EEH A; 3CWF A; 3D72 A; 1GSW A; 3UMD A; 3B33 A; 1N9N A; 2WKQ A; 4EET B; 4EES A; 2PYP A; 1OTB A; 4YWZ A; 3GDI A; 2PR6 A; 1F98 A; 4HJ4 A; 3E4Q A; 4LRZ E; 2PHY A; 3LIE A; 2P7J A; 2VLG A; 1XJ2 A; 3C8C A; 1OTA A; 2JHE A; 3MQQ A; 4B9O A; 1DP9 A; 3LID A; 2VV8 A; 4L9F A; 5DJU A; 3PYP A; 1DRM A; 3LYX A; 2H28 A; 4GS9 A; 2I9V A; 2W0N A; 3BWL A; 1T19 A; 3FG8 A; 5HWV A; 3EWK A; 4M4X A; 1T1C A; 2V0U A; 4F3L B; 3F1O B; 1XJ4 A; 5IS1 A; 3NHQ A; 1UWP X; 1LSW A; 4MN6 A; 4NXE A; 1KOU A; 4R3A A; 4H6J B; 4LRY C; 4EW7 A; 4HP9 A; 3ZQ5 A; 2INW A; 5HSQ A; 1D06 A; 2PD8 A; 1X0O A; 4WUJ A; 5F5Y A; 3VOL A; 2YKH A; 3IBR A; 4H6J A; 1ODV A; 4BBV A; 1UGU A; 3GEC A; 3H7W B; 5J7E A; 1OTE A; 4NXF A; 3CLO A; 2WKR A; 3G6O A; 2QJ5 A; 2L0W A; 3H7W A; 4L9E A; 4I5S A; 4K08 A; 4EQ1 A; 4R6L A; 2D02 A; 1LSV A; 1Y28 A; 4JGO A; 1OT6 A; 4HI4 A; 5AVE A; 4HH3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LSX A; 1BZA A; 2M7V A; 3NOP C; 1IYQ A; 3VFF A; 4WN5 A; 3BFG A; 4Y7P A; 2W3D A; 5TJJ A; 5TGF A; 3PBO A; 5FQK A; 2OWH A; 4DXB A; 3KYZ A; 1MWT A; 4HY8 A; 3FPV A; 2DCF A; 3FPW A; 2NUP C; 4JGR A; 4R1G A; 3HVF A; 4OPY A; 5A92 A; 3IX8 A; 1FCO A; 2WK0 A; 5TFQ A; 1NWZ A; 4X25 A; 2W3G A; 1VHM A; 1PYY A; 4RQ9 A; 2A3U A; 3MMH A; 2W3H A; 5EM0 A; 1ERO A; 1ERQ A; 2HZ5 A; 3HUO A; 1RGY A; 4MDZ A; 3V67 A; 4DE1 A; 2ZL1 B; 4ID4 A; 2Y91 A; 3KSI A; 1I2W A; 3TSG A; 3B47 A; 4BEN A; 1KGG A; 4KG2 A; 2QJ7 A; 3HL9 A; 4FD8 A; 1GHP A; 3F1O A; 4BD1 A; 2Y2N A; 2JBF A; 2H5S A; 2ZQ8 A; 5GHX A; 1SHV A; 3LI8 A; 5DF7 A; 3VMA A; 3IX4 A; 4P6B A; 5F82 A; 3QNC A; 5DTS A; 4EXO A; 3JVU A; 3N4I A; 1ZKJ A; 4JGQ A; 3AGD A; 2WKI A; 5AJG A; 4OQG A; 4IUH A; 4PKY G; 4XT2 A; 1Q2Q A; 2Y2Q A; 4WMC A; 4RX2 A; 2QWS A; 1TS7 A; 4HJ3 A; 1FOF A; 4I38 A; 2E8J A; 4EBP A; 1PRQ A; 3QP6 A; 1NLY A; 5L8M A; 2Y4A A; 4FUW A; 4E3K A; 1NZO A; 4HIA A; 5CHM A; 5GHY A; 2GZA A; 1NRJ A; 2DRW A; 3C7U A; 1K6S A; 4HHD A; 3TOI A; 1YT4 A; 1CI9 A; 2HP5 A; 4PM7 A; 3DTK A; 4HP4 A; 4GDN A; 4UEY A; 4GW9 A; 3NC8 A; 3IWQ A; 3JYI A; 3G32 A; 5I94 A; 4OON A; 4OOM A; 1XJ3 A; 1T18 A; 1CQA A; 3QNB A; 4CLC D; 2EWW A; 3NDG A; 3CJM A; 5HDC A; 2PD7 A; 1N9B A; 3FC7 A; 2WKP A; 1FSW A; 2B5R A; 4OQ0 A; 4Y0T A; 3LIB A; 1OTI A; 2ZC3 B; 2H0T A; 4Y0O A; 3GMW A; 3ZVW A; 4A5R A; 1IEL A; 2Y8H A; 3VE4 A; 3MXQ A; 1K4E A; 1L0E A; 1LLB A; 3TJZ C; 4WM9 A; 1O7E A; 4GHI A; 4EBN A; 3VV4 A; 1K25 A; 3T50 A; 4KQR A; 1E4D A; 4Q8I A; 1W8Y A; 1KVL A; 3C5A A; 3MJQ A; 3F1N A; 1KE0 A; 1IEM A; 4HEF A; 4LV1 A; 2ZQA A; 2WGW B; 2B02 A; 3HUN A; 1YAX A; 5DKK A; 3R7W B; 4EUZ A; 2HPB A; 4UA7 A; 4XUX A; 1GHM A; 3LEQ A; 3P01 A; 3MKE A; 5J8X A; 3Q07 A; 2PYR A; 3LR5 A; 4EEU A; 3R4K A; 1YSQ A; 1SDE A; 2D01 A; 2ZJ9 A; 2KOI A; 3T4K A; 3OPL A; 5CTN A; 3UB7 A; 1KVM A; 3T4T A; 3QP2 A; 5EE8 A; 3T4Q A; 5HZH A; 2LB5 A; 3LY4 A; 2XA7 M; 4OOL A; 3S7O A; 1KE4 A; 1LT0 A; 4ETX A; 4GOG A; 1NYY A; 1BLC A; 3ULF A; 3CMZ A; 3LFV A; 5FSR A; 5F1F A; 3HLF A; 2IWD A; 3UNW A; 5LBR A; 1FIK A; 5FI2 A; 5HAI A; 2QHK A; 3LCE A; 4KQD A; 3WRZ A; 1XXM A; 1YMS A; 3T4O A; 1JNU A; 1YQS A; 2VGJ A; 3O86 A; 4O7D A; 1K55 C; 1BLH A; 4GCZ A; 3KX0 X; 1S67 L; 3D72 A; 2ZQC A; 1GSW A; 3UMD A; 5BOH A; 2WKQ A; 4L0L A; 3D9Y A; 4R3B A; 2PYP A; 2W3F A; 1OTB A; 3N8R A; 3S22 A; 5JYO A; 3GDI A; 3HLB A; 2PR6 A; 2VX8 A; 2K2N A; 3C4P A; 4HJ4 A; 4ZBE A; 3T4S A; 3IXD A; 2JC7 A; 1CF0 A; 5CX7 A; 4KQO A; 5CHU A; 5D3O A; 2XH9 A; 1JWV A; 3C8C A; 3EQV A; 3G2Z A; 4MNR A; 4WEK A; 4CPK A; 1HZO A; 4IHQ A; 4K0X A; 5GLC A; 2VGK A; 4DDS A; 1VQQ A; 1K4F A; 3G34 A; 2HF6 A; 3OC2 A; 2VV8 A; 3I7J A; 3S4X A; 4KZ9 A; 1DRM A; 4CLC B; 2OV5 A; 4GS9 A; 2I9V A; 2W0N A; 2JKT I; 2ZMV A; 3BWL A; 3IXG A; 4GZB A; 3SZT A; 5HPF A; 3RJU A; 5FAS A; 4OPR A; 2XR0 A; 3PAG A; 2OAQ 1; 2O99 A; 3F1O B; 3OZH A; 3IF6 C; 5IS1 A; 1UWP X; 5G18 A; 3HBR A; 1KOU A; 2INW A; 4X1M A; 2P9V A; 5HSQ A; 1P9R A; 3VFH A; 4E3O A; 3LR4 A; 4WUJ A; 5F5Y A; 4Y13 A; 4CLC E; 1IYP A; 3LGO A; 3CPT A; 1ODV A; 4BBV A; 1W5D A; 1CK3 A; 3SOI A; 1FSY A; 5GL9 A; 5CED A; 2XQZ A; 4MBK A; 3LR0 A; 5L07 A; 1GCE A; 4L9E A; 1ES3 A; 4LV3 A; 1Y28 A; 4N1X A; 5GLD A; 3WS4 A; 3W2Z A; 3OCN A; 3NCK A; 1EWZ A; 4GJ4 A; 4Q0I A; 4DE3 A; 4KZB A; 3L9K A; 2KX6 A; 2ZQD A; 2JKR I; 1P97 A; 4QWO A; 3MF0 A; 3T12 B; 5HAQ A; 4L9G A; 1O07 A; 5FDS A; 1XX2 A; 1XA1 A; 2PU4 A; 3MXS A; 3VOY A; 5GLB A; 1MC0 A; 2KDK A; 3MZD A; 3Q82 A; 4DN0 A; 2Z6C A; 3EQU A; 4GDB A; 1K55 A; 2ZOH A; 5C5K A; 4YIN A; 5L2F A; 4CQH A; 2W27 A; 4Y2F A; 1PWD A; 1NLZ A; 5EFW A; 4AFI A; 1D1J A; 2VGL S; 3MBZ A; 1WYC A; 3MS6 A; 1F2K A; 1S4S A; 1HTZ A; 1SKF A; 4EER A; 1AXB A; 3V39 A; 5DTT A; 3IXH A; 3B42 A; 2VV6 A; 2C6W B; 5MC7 A; 1TS0 A; 3B3X A; 3G30 A; 3F1N B; 1VEU B; 2O9A A; 2Y2G A; 3A0V A; 3A0S A; 1EW0 A; 5AQ7 A; 4R38 A; 3UE6 A; 1LI0 A; 2DNS A; 1NXY A; 3UB8 A; 5AVF A; 1SCW A; 3BLM A; 3DWK A; 2Q9N A; 1K6R A; 2Y2M A; 3CZD A; 3CUE C; 3N7W A; 2W1R A; 2ZMA A; 1T1B A; 3BEC A; 4JBF A; 4R4R A; 2KLI A; 2EA9 A; 4S2P A; 1VB6 A; 3DBA A; 2HGV A; 1ZHH B; 1NYM A; 2BG1 A; 3OOV A; 2JKF A; 2A24 B; 1K0K A; 4N9K A; 1P9W A; 3IHB A; 1BYW A; 1LL8 A; 3IF6 A; 1IYS A; 3TE8 A; 4B4Z A; 3FV7 A; 3LIC A; 3GTC A; 4ETZ A; 4S2N C; 2J80 A; 2MJ6 A; 4LFU A; 3ZG9 B; 1WE4 A; 1GSV A; 1YLW A; 3HJI A; 5DJT A; 4E04 A; 1IKG A; 1TDL A; 4I3I A; 1XGI A; 4ARZ A; 1RGZ A; 2OSU A; 5TBM B; 4HJ6 A; 1STZ A; 2ZM2 A; 1E25 A; 1TVF A; 2EXB A; 4LPZ A; 2NUT C; 4HNB A; 2E8I A; 4B93 A; 4X68 A; 4WZ4 A; 3ZYT A; 3S7N A; 2ZOI A; 1IKI A; 4O0P A; 5E43 A; 4MEZ A; 2ZLY A; 5FAQ A; 3BRM A; 3MZE A; 3L7H A; 1DJA A; 1MXO A; 3LIA A; 4DMZ A; 3SS5 A; 1BLP A; 4E3L A; 3FYZ A; 3NY4 A; 3IHA A; 2WAF A; 1MY8 A; 3BFE A; 1LL9 A; 4MBF A; 1FR6 A; 1MWR A; 4GS9 B; 3SS4 A; 5HAP A; 2VEA A; 5J3W A; 5HPI A; 1V9Z A; 3BQ8 A; 3GRJ A; 4R3J A; 4OP8 A; 4K0W A; 1F5M A; 1XPB A; 3NOT C; 3PR6 A; 5FAO A; 1XGJ A; 1FCN A; 1SDN A; 3V5M A; 1YM1 A; 1DJB A; 4NKP A; 2P9V B; 2WKE A; 3E4P A; 3VSK A; 4KG5 A; 1RP5 A; 1I2S A; 1S4R A; 3CPT B; 3GSG A; 5FQM A; 1L3L A; 5HAR A; 2PU2 A; 2BLS A; 5KSH A; 2G2U A; 1L0F A; 4LGW A; 3FZC A; 3IS2 B; 4DJ3 A; 2X71 A; 3CI6 A; 3V50 A; 3HJK A; 5EVI C; 4OOY A; 2Y59 A; 1ES4 A; 1G5U A; 5CXW A; 3N8S A; 4MCW A; 1MBL A; 2JCH A; 3P7N A; 3H82 A; 2WZZ A; 5EVE A; 1MZU A; 4GLQ A; 3CUE A; 1S1Y A; 2OLU A; 4BL3 A; 2W3E A; 1ZG6 A; 3HLE A; 1VM1 A; 1T1A A; 5FQ9 A; 2J7V A; 3PTE A; 5HDD A; 2J8Y A; 3HLC A; 4WYY A; 1NJ4 A; 4S2O A; 4HOI A; 1JWZ A; 1H3Q A; 5F68 A; 1GSX A; 3DWZ A; 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