The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
AQRVALQLVAIVKLTRTALLYSDPDLRRALLQDLESNEGVRVYPREKTDKFKLQPDESVNRLIEHDIRSRLGDDTVIAQSVNDIPGVWISFKIDDDDYWVALDR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for pH sensing by the periplasmic domain of the risS histidine kinase from Burkholderia pseudomallei
rcsb |
| molecule keywords |
Sensor protein
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Burkholderia pseudomallei
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| total genus |
30
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature |
ec
2.7.13.3: Histidine kinase. |
| pdb deposition date | 2010-02-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16524 | RisS_PPD | Periplasmic domain of Sensor histidine kinase RisS |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TE8 A; 3LR0 A; 3LR3 A; 3LR5 A; 3LR4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Z2L B; 4KZ9 A; 3MQO A; 4Y0O A; 4NET A; 3N7W A; 3OBF A; 1TDG A; 2C5W B; 1K55 C; 3C7U A; 4H6J A; 4UA7 A; 1K57 C; 4X1L A; 4MN6 A; 1MXO A; 1JNU A; 1E3U D; 3UB9 A; 3Q07 A; 2EXB A; 1DJA A; 4GS9 B; 4LRZ E; 4N1H A; 3LI8 A; 4KG6 A; 2O0Y A; 1L0E A; 2ZQC A; 1DJB A; 5TR7 A; 3IH9 A; 4OP8 A; 5GHZ A; 3ZFZ A; 2ZQA A; 4KZ6 A; 4WBG A; 1XGJ A; 1K4E A; 1JWV A; 4DXC A; 3Q7V A; 2WKR A; 3BYD A; 3EEA A; 2XH9 A; 2LB5 A; 3WS2 A; 4OPQ A; 5GLA A; 5AVF A; 4QY6 A; 3LFV A; 2IWB A; 4KUK A; 2V1Z A; 5A91 A; 1GHM A; 4BJP A; 1NLY A; 2Y2O A; 4GKU A; 5HD5 A; 4G3W A; 4PMA A; 1XA7 A; 1TDL A; 5HAI A; 1JVJ A; 1VM1 A; 1FQG A; 4EES A; 4MDZ A; 1YM1 A; 5FQJ A; 3BRM A; 4EWF A; 3HRE A; 3OPR A; 3VFH A; 2XD1 A; 4MCW A; 1NRF A; 1BT5 A; 3PTE A; 2A3U A; 4EUZ A; 1OTB A; 1K38 A; 1BLC A; 3LY3 A; 4CLC B; 2O9C A; 1J3W A; 5G4Y A; 4E3J A; 5EFW A; 4R0Q A; 4PKY A; 2Y8H A; 5EUA A; 5A93 A; 4PHT A; 3TRC A; 4B93 A; 3BFG A; 4JF6 A; 4BBT A; 2XK1 A; 3MF0 A; 5I94 A; 1D7E A; 4KZA A; 4DXB A; 3OPH A; 2OLU A; 2ZC7 A; 3O88 A; 1NXY A; 4FH2 A; 2NUP C; 3MMH A; 4HJ6 A; 2V1A A; 2M7U A; 4E3I A; 4GNU A; 4ZJ3 A; 3MFD A; 3B33 A; 1SKO A; 1PZP A; 1NYY A; 5CEB A; 2Y79 A; 4GCZ A; 2EX9 A; 3VV4 A; 1Y28 A; 3ZG0 A; 3HLB A; 2V1B A; 3VSL A; 1MWS A; 1OTA A; 1PRQ A; 3SH7 A; 4O7D A; 3IF6 C; 4EW7 A; 1OTD A; 1K6R A; 4FOF A; 1NZU A; 3BFE A; 3IX4 A; 3R4K A; 3HJK A; 1FCO A; 1VQQ A; 3MJQ A; 3FZC A; 3IBJ A; 1MZU A; 5JYP A; 1NY0 A; 4RVA A; 3UE0 A; 3HUO A; 3D72 A; 2VV8 A; 3VE4 A; 5KSC A; 3NOP C; 4HH3 A; 4WLA A; 3M6H A; 5TBM B; 3L7H A; 1Q2P A; 3S7N A; 5HPI A; 3RXX A; 5HZH A; 2I9V A; 3EEH A; 1OTI A; 3V3S A; 1W79 A; 3MXR A; 3UDI A; 4Y13 A; 1YLW A; 2XA7 S; 4PM8 A; 3S4X A; 2JN7 A; 2W1T A; 3NDG A; 4WL9 A; 2ZJ9 A; 2P9V A; 3JPU A; 2WKQ A; 2OSU A; 3TSG A; 1S66 L; 3GQZ A; 3Q7V B; 1K56 A; 4XT2 A; 2EFU A; 1NLZ A; 2W3G A; 3F1N B; 2XFS A; 4GHI A; 2K2N A; 5D3O A; 3O86 A; 3P01 A; 4YWZ A; 4HBT A; 3HUN A; 2ZMF A; 5HAP A; 4IBR A; 4Q0H A; 2Y4A A; 2JKG A; 1KE4 A; 5DJU A; 2WGV A; 1O7E A; 3MZF A; 4MEZ A; 4I3I A; 4X68 A; 1M6K A; 4OH0 A; 4DF6 A; 3CZD A; 3LO7 A; 3SH8 A; 3MS6 A; 3DWZ A; 1GHP A; 1XP4 A; 4OPY A; 2HP6 A; 4DN0 A; 1D06 A; 4OQG A; 2EA9 A; 2YKF A; 5IT5 A; 3F1O B; 3ULF A; 1GSX A; 3MQ0 A; 4E3L A; 5EM1 A; 5J7E A; 1BSG A; 2BLS A; 1S67 L; 3GMW A; 4L9G A; 1W8Q A; 4Q0I A; 4BMW A; 4Y3I A; 3N8L A; 1XJ3 A; 2H10 A; 3FWL A; 1GSW A; 5FQ9 A; 4II7 A; 2XA7 M; 4R23 A; 2Y2G A; 3UB8 A; 4DJ3 A; 4E6X A; 3HL9 A; 5FAQ A; 3ITB A; 3R7W B; 2PT7 A; 1ACF A; 1JTG A; 1PYY A; 4OKP A; 2ZM2 A; 2Z6C A; 3IS2 A; 2ZC3 B; 3C38 A; 3W4O A; 5CXW A; 3E4O A; 4E3M A; 1VEU B; 1ZTU A; 4X53 A; 2J9P A; 5CHU A; 3QP8 A; 3IBR A; 2L1M A; 4GD6 A; 3PBT A; 5GLC A; 1SCW A; 5A90 A; 4BBU A; 3CPT B; 3CHW P; 4R4R A; 4KZ8 A; 3VOY A; 2CMN A; 3LR3 A; 4WZ5 C; 5HDS A; 1KOU A; 2XEP A; 4CLC E; 1PWD A; 4KZ7 A; 3VSK A; 3MZD A; 4B9O A; 3DBA A; 2Q0O A; 2XD5 A; 4GDB A; 1N9O A; 3V67 A; 5CHM A; 4K0W A; 4MN5 A; 1K56 D; 2JE5 A; 3GR2 A; 4UHU A; 5M1A A; 4PAU A; 1ES3 A; 2J3W A; 4DRT A; 4EER A; 3BLM A; 3NI9 A; 3SS5 A; 4X25 A; 2B5R A; 2Q9N A; 1RCJ A; 4LPZ A; 1DP6 A; 5HD3 A; 1O07 A; 3PYP A; 1OT9 A; 4K91 A; 3FV7 A; 4FH4 A; 5FAO A; 3UE6 A; 1N9B A; 2P9V B; 2Y2N A; 1YLJ A; 5EE8 A; 2J3T C; 1VHM A; 4N92 A; 3FPW A; 3IXG A; 4QD4 A; 5E43 A; 3PBO A; 3IWQ A; 1TS8 A; 4XT2 B; 1GA0 A; 2Y2J A; 2DCF A; 4Q8I A; 3M2K A; 5F6A A; 4ZBE A; 3LIB A; 5FI7 A; 2ZLY A; 1NWZ A; 5EOO A; 5HWW A; 1BYW A; 4DE3 A; 5HAQ A; 4S2J A; 3BFF A; 3NY4 A; 3HBR A; 4L9F A; 1MKI A; 4BL3 A; 1ESI A; 1FOF A; 2D02 A; 3IQA A; 4LV3 A; 1FIL A; 3D3O A; 4R1G A; 2HDQ A; 4A5R A; 3T1Q B; 3LUQ A; 3OLO A; 4HP9 A; 1KE0 A; 4ME4 A; 2WGW B; 4GW9 A; 5FDS A; 3IX3 A; 4ID4 A; 4EEP A; 4JKT A; 4CLC A; 4HY8 A; 2KLI A; 4BL2 A; 3EQV A; 3O87 A; 3ZVT A; 1H3Q A; 3LR4 A; 3U4L P; 1MWU A; 2ZQ7 A; 5DKL A; 5DKK A; 3D4F A; 5CTN A; 3G2Z A; 4AFI A; 4CQH A; 4S2N C; 3N4I A; 2GDN A; 5DTT A; 2VGL S; 3WRZ A; 3TOI A; 4LV0 A; 1F9I A; 2OWJ A; 2PDR A; 5TFQ A; 3ZQ5 A; 4O0P A; 3PBR A; 4O01 A; 4HP4 A; 4XXR A; 2J9O A; 4Y5F A; 4OVD A; 1OT6 A; 1XGI A; 2ZM0 A; 4M3K A; 5JYO A; 4HIA A; 4IVI A; 5FL3 A; 5J4E A; 1IEM A; 2OAP 1; 3MXS A; 1NYM A; 5M19 A; 2O9B A; 4NXG A; 5HWT A; 5CEC A; 1HVB A; 3KSI A; 3NDE A; 1CI9 A; 4QPR A; 5FAS A; 1PIO A; 3K2N A; 1UGU A; 3ZHH A; 3TE8 A; 5GL9 A; 2BAS A; 4D2O A; 3TG9 A; 3PAE A; 4OPR A; 4NEE D; 3GDI A; 3QNC A; 3H82 B; 3HLG A; 3IXH A; 1G6O A; 3G35 A; 3IF6 A; 1AXB A; 4JGP A; 3G31 A; 4P87 A; 3UPP A; 5TBM A; 1DP9 A; 1P97 A; 1RGY A; 3SZT A; 2G7U A; 3UPO A; 1GHI A; 5A8B A; 3WS4 A; 3MR0 A; 4MN7 A; 3N8R A; 5E2F A; 4ETX A; 3IF5 A; 1ERQ A; 2HJ9 C; 2VGL M; 4FUW A; 2XDM A; 2B02 A; 3C8C A; 2VV6 A; 3C30 A; 4PPR A; 5FDH A; 4R4S A; 1TEM A; 3BEB A; 3F1N A; 1MWR A; 2VEA A; 5CHJ A; 1L2S A; 3VFF A; 1YLY A; 1L0F A; 4I39 A; 3DWK A; 2ZC5 B; 3UDX A; 3CUE C; 5F5Y A; 1XA1 A; 4R3B A; 1MPL A; 4CLC D; 5E2G A; 3M6B A; 3UO9 A; 1YT4 A; 4OLG A; 3G2Y A; 2RL3 A; 4EU0 A; 4XUX A; 2O99 A; 3JVV A; 3HLC A; 4HOI A; 3LR0 A; 1SKF A; 3VP4 A; 3LY4 A; 3FPV A; 2OLV A; 1YPR A; 2Y2L A; 5F68 A; 4F94 A; 3O5Y A; 2PU2 A; 4IUH A; 4KG2 A; 3F1O A; 2A24 B; 3VMA A; 3E2K A; 1S4R A; 3IXD A; 2WKE A; 3HJI A; 3SW1 A; 3VE3 A; 2Z2M B; 3RFB A; 1TD5 A; 4HQA A; 3CG5 A; 1TS6 A; 3NEC A; 4EUV A; 1N4O A; 1TF1 A; 3W4P A; 3NC8 A; 3T1S A; 3LID A; 3WS0 A; 2BG1 A; 3KYZ A; 1ERM A; 5GLD A; 3R7W A; 1P9W A; 3UNW A; 1YMX A; 2JHE A; 3E4Q A; 2JKT M; 2OOL A; 4RX3 A; 4WEL A; 2HPB A; 3AGE A; 2HP9 A; 2HP5 A; 5FA7 A; 4Z9Q A; 4DE2 A; 1KGF A; 4Y15 A; 1VEU A; 1EI5 A; 4R3J A; 4LGW A; 4WF0 A; 2BTF P; 3IXB A; 1WYC A; 1IYO A; 4Y0T A; 1GCE A; 3IWI A; 3CPT A; 1VB6 A; 5EEC A; 1WA9 A; 3QHY A; 2V20 A; 2PBD P; 2WAD A; 4MNR A; 4JXV A; 4OOY A; 1S1Y A; 2FFF B; 3QP1 A; 4PM7 A; 3WRT A; 2QYB A; 1G28 A; 3NOU C; 4JXS A; 5AQ9 A; 3FYZ A; 4KZ4 A; 1K4F A; 1LLB A; 1KDS A; 3LEQ A; 2B18 A; 2Y2P A; 3BFD A; 2XLN A; 5U47 A; 3CJM A; 1V9Y A; 3ZYT A; 3PHY A; 1K54 A; 4WMC D; 2A2L A; 4ARZ A; 2INW A; 3LIC A; 3MFX A; 2HGV A; 2KX6 A; 3VP0 A; 4WZ5 A; 5AQ7 A; 3IF6 B; 3KYE A; 1IFQ A; 1L3L A; 3TJZ C; 2ZQ9 A; 2ZMA A; 4IJG A; 4OON A; 3UB6 A; 1HLU P; 2XRO A; 2HV1 A; 3LIF A; 2HDU A; 3P7N A; 2AVX A; 5EOE A; 4QB8 A; 3ZG8 B; 1LI9 A; 4FD8 A; 4DMZ A; 4GDN A; 5AJG A; 2R9W A; 4ZAM A; 2XRN A; 4FTX A; 3C4P A; 2Y59 A; 3WS5 A; 3QP2 A; 4S2L A; 3N6I A; 3S7O A; 1VET B; 1IOU A; 4XUZ A; 4GN2 A; 3PBS A; 1JWZ A; 1FIK A; 4DDS A; 2IWD A; 2H0Y A; 5CGW A; 2V2F F; 3ITA A; 4LV2 A; 4PKY G; 4BD1 A; 5I5L A; 2P08 A; 2ZM8 A; 1ODV A; 3SH9 A; 1G68 A; 4E04 A; 4EQI A; 4WM9 A; 1DP8 A; 3NUL A; 3HLE A; 1PNE A; 1YSP A; 3MXQ A; 1W7F A; 3A0S A; 4OOL A; 2DRW A; 3GEC A; 1FSY A; 2QHK A; 4WN5 A; 4JGO A; 2ZOH A; 4EBN A; 5HW3 A; 3L9K A; 3FC7 A; 2JKR I; 2WGW A; 5K5B A; 3GV9 A; 4BBV A; 1BTL A; 2FZ0 A; 2FH5 A; 4YFM A; 3C5A A; 5FQM A; 5DJT A; 2V0U A; 3ZNY A; 3ZVW A; 2ZC4 B; 1P9R A; 1W63 M; 3UME A; 4C3Q A; 5F82 A; 3VP3 A; 3FG8 A; 5FI2 A; 1IKG A; 4OPZ A; 4F3L A; 2RCX A; 2XQZ A; 1ES2 A; 2L4R A; 4B88 A; 1OTE A; 1C3B A; 1S0W A; 4ZDX A; 2Y2K A; 4GLQ A; 4K08 A; 5L07 A; 3BLS A; 1XJ2 A; 1I2W A; 1H8M A; 1MY8 A; 1DRM A; 5BOH A; 4M4X A; 5FI6 A; 2K7S A; 3VOZ A; 2EFX A; 4OP5 A; 2WAE A; 1I2S A; 4S2N A; 3LCE A; 3E0Y A; 5LBR A; 3C2W A; 4P0M A; 3DTE A; 4ZJ1 A; 3UE1 A; 1IYP A; 2V8F A; 1BUL A; 4QWO A; 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