The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
122
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structure length |
112
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Chain Sequence |
MEHSSLETIELFIQHLTEAMILVNANGFIRSCNQRSAELLDCPQVSLKGQDWRNFLTEHHQARYDNLLSQPVQHPAQETTLICASGKAKDVELSISYIPGHEPMFVMVMHDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Northeast Structural Genomics Consortium Target SoR288B
rcsb |
| molecule keywords |
Sensory box/GGDEF family protein
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Shewanella oneidensis
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| total genus |
28
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| structure length |
112
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| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UMD A; 1DP9 A; 4RQ9 A; 2EA9 A; 4BBU A; 3K3C A; 5F5Y A; 4EQ1 A; 3EEH A; 2PR5 A; 1EW0 A; 1D06 A; 3HJI A; 4PKY G; 1S4R A; 1KOU A; 3ZQ5 A; 4NXG A; 2V0W A; 2PYP A; 3C2W A; 1TS0 A; 4GW9 A; 1LL8 A; 5A8B A; 3D72 A; 3LI9 A; 4MN6 A; 4B9O A; 2D01 A; 2PD7 A; 5HDS A; 1DP6 A; 3CAX A; 4I39 A; 4EER A; 1OJ5 A; 4LLO B; 5KIZ A; 4L9F A; 1P97 A; 3B33 A; 2WKQ A; 1OTB A; 2YKH A; 1NWZ A; 1LSX A; 5DJT A; 3UB7 A; 2D02 A; 2VV7 A; 3FG8 A; 4HIA A; 4F3L B; 1UWP X; 3NOU C; 4EES A; 1T1A A; 4R70 A; 5J3W A; 3E4P A; 3T50 A; 3FC7 A; 4GS9 A; 3CLO A; 2B02 A; 1ODV A; 2OOL A; 4EXO A; 4NXE A; 5DKK A; 2PHY A; 3LI8 A; 3VE3 A; 4NXF A; 1N9N A; 1LT0 A; 5HD3 A; 2VV6 A; 2PD8 A; 2A24 A; 4EET B; 1P0Z A; 2GJ3 A; 4LPZ A; 3VOL A; 4KQD A; 3F1N B; 1Y28 A; 3LYX A; 4JGO A; 4HP9 A; 1XJ6 A; 4H6J B; 1VB6 A; 4L9E A; 3UB6 A; 1S1Z A; 2P7J A; 1F9I A; 4WF0 A; 3UE6 A; 3BY9 A; 4XT2 A; 3MXQ A; 5DKL A; 5HDD A; 2PYR A; 1XFQ A; 3UB8 A; 4HY8 A; 3KX0 X; 3H82 A; 1TS6 A; 2Z6C A; 3MQQ A; 1UWN X; 2PDR A; 3A0V A; 2L0W A; 4WN5 A; 3RTY A; 5J4E A; 2KDK A; 2BAS A; 3F1O B; 4GHI B; 2ZOI A; 3E4O A; 2R78 A; 3HJK A; 2M1C A; 1F98 A; 1LSW A; 3UB9 A; 3MFX A; 2INW A; 2ZBB A; 1T19 A; 2V1A A; 5HZH A; 1V9Z A; 2QHK A; 2VEA A; 2KX6 A; 3LIC A; 3LIB A; 3NOP C; 2JHE A; 4L9G A; 4JGR A; 4R38 A; 2L4R A; 3NJA A; 4HJ6 A; 3H7W A; 4LRZ E; 1G28 A; 2QJ5 A; 1OTD A; 5I5L A; 3BY8 A; 3MJQ A; 2JN7 A; 4KUO A; 1XJ2 A; 3LIA A; 5F68 A; 5TBM B; 4F3L A; 5F6A A; 1N9O A; 4PKY A; 2YKF A; 4WLA A; 2A24 B; 4NXB A; 4DJ2 A; 4WUJ A; 2H28 A; 2Z6D A; 4HQA A; 5EFW A; 4I38 A; 3PHY A; 1GSX A; 1MZU A; 3LUQ A; 4HH2 A; 3E4Q A; 4E04 A; 3ULF A; 3F1P A; 4KUK A; 3PYP A; 5HDC A; 5HWT A; 3GDI A; 3F1N A; 1GSV A; 2QWS A; 3IS2 A; 5F69 A; 3H9W A; 3SW1 A; 1JNU A; 3NHQ A; 4H6J A; 1DP8 A; 4I5S A; 1S67 L; 1N9L A; 4HNB A; 2V9A A; 3LIF A; 4EW7 A; 1TS7 A; 1T1B A; 1OT9 A; 3H82 B; 3NOT C; 2W0N A; 2L1M A; 4MN5 A; 4HH3 A; 1BYW A; 4WL9 A; 1DRM A; 1LSV A; 4HJ4 A; 4HP4 A; 4EEU A; 4R3A A; 1V9Y A; 4HHD A; 1S66 L; 4R6L A; 5IS1 A; 2K7S A; 2PR6 A; 1D7E A; 2HV1 A; 3MR0 A; 1OT6 A; 4HJ3 A; 1OTI A; 4JGQ A; 5AVE A; 3IBR A; 4HI4 A; 5AVF A; 4LRX C; 1T18 A; 3F1O A; 4GHI A; 1OJG A; 2OWH A; 3UME A; 2I9V A; 2OWJ A; 3K3D A; 5HWV A; 4I3A A; 4HOI A; 3LIE A; 1XFN A; 3RH8 B; 4I3J A; 1S1Y A; 5IU1 A; 4BBT A; 3P7N A; 2VLG A; 1XJ3 A; 2WKR A; 5G4Y A; 1UGU A; 1OTA A; 3H7W B; 1TS8 A; 2V0U A; 3G6O A; 4GS9 B; 3BWL A; 2J80 A; 2VV8 A; 4EEP A; 5HSQ A; 1S4S A; 4BBV A; 4JGP A; 3VE4 A; 4YWZ A; 1WA9 A; 5DJU A; 3OLO A; 5TBM A; 3GEC A; 3F1P B; 4DJ3 A; 3MQO A; 4M4X A; 3C8C A; 2CMN A; 5J7E A; 4XT2 B; 1XJ4 A; 3IS2 B; 2ZOH A; 1OTE A; 1T1C A; 3ICY A; 2QJ7 A; 5G4Z A; 1GSW A; 2V1B A; 3LID A; 3A0R A; 3CWF A; 5HWW A; 4LRY C; 4GCZ A; 3A0S A; 4K08 A; 1X0O A; 2WKP A; 3EWK A; 5HD5 A; 4I3I A; 2W27 A; 2QKP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OBF A; 3OOV A; 2G7U A; 1IYQ A; 3UMD A; 5A92 A; 4RQ9 A; 2EXA A; 3A3F A; 1K6R A; 5HX9 A; 1ES3 A; 4OQ0 A; 4X56 A; 1YQS A; 3EEH A; 1EW0 A; 2CC1 A; 2ZQA A; 5J8X A; 1S4R A; 4KZ5 A; 1K54 C; 2EX2 A; 2G2W A; 3MQ0 A; 3LFV A; 1W5D A; 1TS0 A; 3LI9 A; 4MN6 A; 1EI5 A; 2OV5 A; 1FR6 A; 3C4P A; 5CHU A; 3BRM A; 3TE8 A; 1MWU A; 5L09 A; 4WMC A; 1YT4 A; 5EEC A; 1OJ5 A; 4F94 A; 1YLW A; 3ZDJ A; 3VP4 A; 4LV3 A; 5CTM A; 2HJE A; 3WWX A; 3C4O A; 1OTB A; 1ERO A; 1ZHH B; 2V8C A; 3VSK A; 4ID4 A; 2EX8 A; 4F3L B; 1UWP X; 3FPV A; 4R70 A; 5J3W A; 3NIA A; 1XP4 A; 3E4P A; 4GS9 A; 3CLO A; 2B02 A; 2VGJ A; 1CQA A; 3LR4 A; 4R4S A; 3SS3 A; 3WRT A; 4GDB A; 4OQH A; 1PRQ A; 4EXO A; 4NXE A; 1P9W A; 2IWB A; 4R0Q A; 2PD8 A; 1Z6F A; 5HAI A; 5CGS A; 1BSG A; 2GJ3 A; 1NLZ A; 5F1F A; 2NUP C; 3F1N B; 4JPM A; 4HP9 A; 1IOU A; 3HVF A; 3CUE A; 1J9M A; 4L9E A; 4QU3 A; 2Y2H A; 5FQK A; 1RCJ A; 1S1Z A; 1L2S A; 1F9I A; 3SS4 A; 4WF0 A; 3HRE A; 1L0F A; 3BFC A; 5HDD A; 4UA7 A; 3PBR A; 1XFQ A; 2FFF B; 2WGV A; 2ZD8 A; 4GLQ A; 2PBY A; 4Y13 A; 2P74 A; 4X53 A; 1UWN X; 5DFX A; 3BLS A; 5DTK A; 2XDM A; 1OPX A; 4DDY A; 3D3O A; 5EVI D; 1NRF A; 5DF7 A; 2PRF A; 1W63 Q; 2KDK A; 3VV4 A; 1SDN A; 3ZNT A; 3V50 A; 2OAQ 1; 4E3M A; 3OZH A; 2M7V A; 4RX2 A; 4GHI B; 2ZOI A; 2Y2N A; 3Q7Z A; 3T12 B; 1E3U D; 4JXW A; 1N4O A; 2QPN A; 3LEZ A; 1CF0 A; 5HAR A; 3NI9 A; 3SZT A; 1T19 A; 2V1A A; 5HZH A; 1V9Z A; 4L0L A; 3LCE A; 4UA9 A; 3MKF A; 5EPH A; 3LIC A; 1HVB A; 1GA9 A; 1FCM A; 2K2N A; 1MC0 A; 3U4L P; 2A2L A; 4JF5 A; 3TOI A; 3T4J A; 1XA1 A; 4MLL A; 1NRJ A; 4EUV A; 4BD1 A; 1K4E A; 3VP3 A; 3NJA A; 5C5K A; 3N8L A; 4ZTK A; 2J9P A; 3P98 A; 2IWD A; 4K0W A; 3G30 A; 4OPY A; 2W3H A; 1O7E A; 3N7W A; 4Y0O A; 4QHC A; 4GKU A; 4NXB A; 4C6Y A; 5EVE A; 3WS1 A; 3FWL A; 2XRN A; 3PHY A; 4Y7P A; 1GSX A; 1MZU A; 3LUQ A; 3OPH A; 3E4Q A; 2LB5 A; 2I72 A; 3QP2 A; 3HUN A; 1PI4 A; 2HDU A; 4II7 A; 3F1P A; 5DTT A; 4LCM A; 5E2E A; 2WK0 A; 4GN2 A; 4NEE D; 4PHT A; 2RL3 A; 1WYB A; 2ZQ7 A; 4XXR A; 1CI9 A; 4QD4 A; 1XGJ A; 2Y2P A; 3IS2 A; 5F69 A; 3L9K A; 3CUE C; 4XUZ A; 4H6J A; 3OPP A; 3O88 A; 3LIF A; 1OT9 A; 3HLC A; 4K0X A; 2L1M A; 4MN5 A; 4HH3 A; 2B5R A; 2R9X A; 2Y4A A; 3LY4 A; 3N6I A; 1OME A; 4HJ4 A; 4LFU A; 3QP1 A; 4OPZ A; 1ESU A; 4R3A A; 2O9A A; 1V9Y A; 4NET A; 4Z1W A; 2ZLY A; 3G35 A; 4DF6 A; 1OT6 A; 5AVE A; 2G2U A; 2M7U A; 1BLH A; 1YSQ A; 5FAP A; 2JC7 A; 4HI4 A; 5AVF A; 4WEJ A; 1T18 A; 4KQQ A; 3G34 A; 3L7H A; 1OJG A; 3RXW A; 4FCF A; 4JXV A; 3CG5 A; 2ZM8 A; 3S22 A; 5HWV A; 4HOI A; 3FZC A; 5IU1 A; 1S1Y A; 4MBF A; 2ZJ9 A; 2WYX A; 3RFB A; 2VGK A; 4AFI A; 2O99 A; 2WKR A; 4P87 A; 4P6Z M; 3R7W A; 5FSR A; 4HES A; 1NYM A; 5FQM A; 2PU2 A; 2AVX A; 3NDE A; 4IJG A; 4BL3 A; 2XF3 A; 2J80 A; 2QZ6 A; 2V1Z A; 1AWI A; 2VV8 A; 4EEP A; 4EUZ A; 3AGD A; 1Z09 A; 4ZJ3 A; 4U3T A; 5IT5 A; 1MKI A; 1WA9 A; 1FSW A; 2ZM2 A; 4JF6 A; 3BQ8 A; 2XA7 S; 3OLO A; 5TBM A; 5CTN A; 3LY3 A; 3NCK A; 5M18 A; 3MBZ A; 3IBJ A; 2UWX A; 3F1P B; 2PT7 A; 4OOL A; 2CMN A; 4XT2 B; 1XJ4 A; 2ZL1 A; 4Q0H A; 3IS2 B; 1IKG A; 3UPN A; 2ZOH A; 3IT9 A; 3ZGA B; 1OTE A; 1IKI A; 1ACF A; 2HPB A; 3T4T A; 1MXO A; 5GL9 A; 3ICY A; 3NUL A; 4KQR A; 1GSW A; 1I2W A; 4RYE A; 3VOZ A; 2V1B A; 3A0R A; 5EE8 A; 3CPT B; 3W4O A; 1TD5 A; 1W79 A; 3ZG0 A; 3NY4 A; 1MKM A; 3S7Q A; 4LRY C; 1F2K A; 2HP5 A; 3ITB A; 1HTZ A; 4ZJ1 A; 2W3D A; 4Q8I A; 4PMA A; 4PM9 A; 1X0O A; 3KSI A; 4QWO A; 3S7O A; 4R1G A; 1K56 D; 2W27 A; 4S2K A; 2QKP A; 3PBO A; 3G31 A; 4ZDX A; 3D4F A; 4WEL A; 2OSU A; 3K3C A; 3KYQ A; 4IHQ A; 4EQ1 A; 3HJI A; 4E3I A; 2XD5 A; 4N9L A; 4S2I A; 3ZQ5 A; 2ZC4 B; 4B93 A; 2V0W A; 2ZC6 B; 4UA6 A; 3DWZ A; 1DJC A; 2WUQ A; 3IX8 A; 5F1G A; 3O87 A; 2X01 A; 2J8Y A; 1LL8 A; 3V39 A; 1K4F A; 4MBH A; 1YLZ A; 2VK3 A; 3Q82 A; 1DP6 A; 5L8M A; 5KIZ A; 2XA7 M; 3DWK A; 4BJP A; 1FIK A; 1K0K A; 4R3B A; 3R7W B; 2Y2I A; 2HF6 A; 1NWZ A; 3UN7 A; 3Q1F A; 2D02 A; 4ZJ2 A; 1T1A A; 2Y2M A; 3EQU A; 4JLF A; 4FTX A; 1XX2 A; 4NG2 A; 2PHY A; 3VE3 A; 4NXF A; 1KE3 A; 1VEU B; 4ETZ A; 4P85 A; 3GQZ A; 4FOF A; 4LPZ A; 5CRF A; 1I2S A; 1KDS A; 3QNB A; 5L07 A; 3N8S A; 4JGO A; 2ZL1 B; 4PM8 A; 2B18 A; 4DXC A; 4OQI A; 4DE2 A; 1L0E A; 1SHV A; 1RGZ A; 2Q9N A; 3BFF A; 2VJW A; 4EV4 A; 1AXB A; 3IX4 A; 3MMH A; 3C7U A; 5DKL A; 1MWR A; 2KLI A; 3M6H A; 4CLC A; 2Y55 A; 4MNR A; 4BQM A; 4QB8 A; 2PYR A; 1S0W A; 3T1Q B; 4Z9Q A; 1P9R A; 1PW1 A; 5A93 A; 1JWV A; 3NDG A; 5CHM A; 2XK1 A; 4E6X A; 4EBP A; 2WKE A; 3MXR A; 4S2P A; 2PDR A; 4LCL A; 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3NOT C; 3IX3 A; 4QY5 A; 3UE1 A; 5CHJ A; 1DRM A; 4OLD A; 1TDG A; 1LSV A; 1G5U A; 3ZVT A; 3HLF A; 3QHY A; 5EVL A; 4EEU A; 1NZO A; 4HHD A; 4R6L A; 3PR6 A; 4ZBE A; 2K7S A; 2PR6 A; 4GZB A; 1Y54 A; 4PM6 A; 3O86 A; 5GLC A; 4M3K A; 3T4Q A; 1XA7 A; 4JGQ A; 4KZ9 A; 3S4X A; 3JVU A; 1RGY A; 1ZTU A; 1KDW A; 4Y17 A; 2J3T C; 3UB5 P; 4JXS A; 4LRX C; 3UPP A; 4XUX A; 1ZC2 A; 3C7V A; 1ES2 A; 3WS5 A; 1FSY A; 1SDE A; 2I9V A; 2OWJ A; 5TR7 A; 4ZAM A; 3K3D A; 3LIE A; 4KZB A; 1PWD A; 3Q81 A; 4S2N C; 3GSG A; 3IF6 B; 5FQJ A; 3BFG A; 4FH2 A; 3H7W B; 4WM9 A; 4GOG A; 1BLC A; 2V0U A; 3AGF A; 4GS9 B; 5FEG A; 3IF6 C; 2Y2G A; 3GTC A; 3BLM A; 1J3W A; 2ZC3 B; 3KSH A; 5HSQ A; 3EGD C; 4BBV A; 4Y5F A; 1VHM A; 5I94 A; 1W63 M; 5AJG A; 5DJU A; 5FQ9 A; 4B4X A; 1M6K A; 1LL9 A; 2ZC7 A; 3GEC A; 3JYI A; 3ZFZ A; 3E2K A; 1W7F A; 1T1C A; 1HD8 A; 4R23 A; 3FKV A; 1SCW A; 1YSP A; 4BWI A; 5G4Z A; 3A3J A; 2EWV A; 4HBT A; 1FCN A; 3CWF A; 3DTK A; 4IBR A; 3VSL A; 4Y0U A; 4K08 A; 3S7P A; 4G3V A; 4GD8 A; 1DJA A; 1STZ A; 4RA7 A; 4NKP A; 5EV0 A; 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