The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
106
|
structure length |
106
|
Chain Sequence |
GRENLYFQGGLGFMALDEDLRIIYVNSGCLRHVRRSRDELLGRVVTEVLPETQGSYFDALCRKVLATGREQQTRVDSLYSPGMTIEVTAAADSGALVVHFRDVTAE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of PAS domain of RHA05790
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Rhodococcus sp. rha1
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| molecule keywords |
uncharacterized protein RHA05790
|
| total genus |
30
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| structure length |
106
|
| sequence length |
106
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4EQ1 A; 2OWJ A; 3K3D A; 3LIA A; 2WKR A; 5F68 A; 4H6J A; 2YKF A; 3UME A; 4R3A A; 4RQ9 A; 4F3L B; 3C8C A; 3NJA A; 1F98 A; 4NXF A; 1UWN X; 3SW1 A; 2D02 A; 2J80 A; 1KOU A; 1S67 L; 3CLO A; 5AVF A; 4HP9 A; 4EES A; 1XJ2 A; 3HJK A; 2QKP A; 3CWF A; 3F1P B; 3UB8 A; 1TS8 A; 3LIE A; 3H82 B; 2PHY A; 1Y28 A; 4EER A; 1DP8 A; 3B33 A; 1S4S A; 3LID A; 1XFQ A; 1DP6 A; 2OOL A; 4I5S A; 5F5Y A; 3FC7 A; 1WA9 A; 4BBV A; 5HD5 A; 2B02 A; 2YKH A; 3MR0 A; 2QWS A; 5F6A A; 3F1N A; 3RH8 B; 1D7E A; 5EFW A; 1T1A A; 4HH3 A; 1XJ4 A; 4F3L A; 4H6J B; 5DJU A; 1LT0 A; 3F1O B; 2VV7 A; 4R38 A; 3BY8 A; 2EA9 A; 3A0R A; 3NOU C; 2QHK A; 3F1P A; 1S1Z A; 1NWZ A; 4EXO A; 3H82 A; 2A24 B; 2PDR A; 5DJT A; 5IS1 A; 4HNB A; 5DKK A; 4GW9 A; 4JGQ A; 4PKY A; 2WKP A; 2VV6 A; 1ODV A; 4BBT A; 3VOL A; 3MQO A; 1UGU A; 2L4R A; 1GSX A; 2PD7 A; 3MJQ A; 4HI4 A; 3GEC A; 2R78 A; 4WF0 A; 5AVE A; 2V0W A; 2QJ5 A; 1T1B A; 5HDC A; 5HWT A; 4M4X A; 3LIC A; 1OTE A; 4I39 A; 2P7J A; 3A0V A; 5A8B A; 3F1N B; 1S66 L; 4WLA A; 3LI8 A; 2PYR A; 4R70 A; 3E4P A; 3F1O A; 2WKQ A; 1V9Y A; 4I3I A; 3K3C A; 3P7N A; 1OTB A; 1GSW A; 3E4Q A; 1MZU A; 2A24 A; 1T19 A; 5IU1 A; 1V9Z A; 5J4E A; 3ICY A; 4WL9 A; 4L9E A; 2PR6 A; 2Z6D A; 5HZH A; 3NOT C; 3KX0 X; 3PYP A; 4HHD A; 4I3J A; 2JHE A; 4LLO B; 4NXE A; 3C2W A; 4KUO A; 4LRZ E; 2V9A A; 4HP4 A; 4YWZ A; 2KX6 A; 2M1C A; 3BWL A; 4EW7 A; 4HQA A; 4HJ6 A; 2HV1 A; 4EEU A; 4NXG A; 3PHY A; 2Z6C A; 3LI9 A; 4JGR A; 1LSW A; 1P97 A; 1TS7 A; 1OJ5 A; 2I9V A; 5I5L A; 2INW A; 3EWK A; 4NXB A; 5HDS A; 4HY8 A; 4GS9 A; 1UWP X; 4BBU A; 3VE3 A; 1VB6 A; 2VLG A; 2V0U A; 3NOP C; 4K08 A; 4R6L A; 1OT9 A; 3BY9 A; 3D72 A; 1BYW A; 1OTI A; 2GJ3 A; 3LIB A; 1XJ6 A; 4WN5 A; 2W0N A; 3T50 A; 4DJ2 A; 2PR5 A; 4PKY G; 4HJ3 A; 3RTY A; 2V1B A; 2JN7 A; 4GHI B; 1LSX A; 4EET B; 3UE6 A; 1N9N A; 3GDI A; 2ZOH A; 3CAX A; 4I38 A; 3MXQ A; 1LSV A; 4MN5 A; 2L0W A; 2PD8 A; 3H7W B; 2QJ7 A; 2ZOI A; 3LUQ A; 2VEA A; 5TBM A; 4LRY C; 1EW0 A; 2V1A A; 5HWW A; 1N9O A; 1OJG A; 4I3A A; 1X0O A; 3UB7 A; 3H9W A; 2L1M A; 4HH2 A; 4GS9 B; 2W27 A; 4DJ3 A; 4LRX C; 5F69 A; 4KUK A; 4HJ4 A; 2KDK A; 4KQD A; 3A0S A; 5HSQ A; 5G4Z A; 1OT6 A; 4XT2 A; 3UB6 A; 1TS6 A; 4GHI A; 1S4R A; 2OWH A; 2PYP A; 4HIA A; 4JGP A; 1XFN A; 2CMN A; 3E4O A; 3ULF A; 1P0Z A; 1D06 A; 3IS2 B; 3IBR A; 4EEP A; 1S1Y A; 3H7W A; 1G28 A; 3ZQ5 A; 5J3W A; 2H28 A; 1TS0 A; 5HD3 A; 1F9I A; 3FG8 A; 5HWV A; 1DRM A; 4MN6 A; 5TBM B; 4B9O A; 5HDD A; 1DP9 A; 3G6O A; 3UMD A; 4GCZ A; 5J7E A; 3MFX A; 5KIZ A; 1OTA A; 3NHQ A; 1GSV A; 4L9G A; 3UB9 A; 3VE4 A; 1LL8 A; 3MQQ A; 1N9L A; 1OTD A; 1T1C A; 3EEH A; 4LPZ A; 2VV8 A; 1XJ3 A; 4XT2 B; 4JGO A; 3OLO A; 3IS2 A; 4HOI A; 2D01 A; 5DKL A; 3HJI A; 3LYX A; 2K7S A; 1T18 A; 5G4Y A; 2BAS A; 4E04 A; 2ZBB A; 1JNU A; 4WUJ A; 4L9F A; 3LIF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ETZ A; 3BLM A; 3FWL A; 1CF0 A; 4EQ1 A; 3K3D A; 1BLS A; 3LIA A; 1E3U A; 3ZNT A; 3G34 A; 1XX2 A; 1NRF A; 4H6J A; 4DKI A; 3IF6 C; 4E3I A; 2WK0 A; 3D3O A; 5A93 A; 1W5D A; 4OQG A; 2B95 A; 2QPN A; 3G2Y A; 3R4K A; 2WUQ A; 3OPL A; 3ZVW A; 4PM6 A; 3UE0 A; 3HLC A; 1BZA A; 1F98 A; 4NXF A; 2RL3 A; 3GTC A; 4HP9 A; 3HLD A; 3HJK A; 1F2K A; 3F1P B; 3NEC A; 1PWG A; 3PBS A; 2FFY A; 3A3D A; 3B47 A; 3G35 A; 2PHY A; 5AJG A; 4P85 A; 1XFQ A; 1DP6 A; 2OAQ 1; 3EOI A; 1PIO A; 5F1F A; 5F5Y A; 2VGJ A; 5HAQ A; 1NJ4 A; 4X56 A; 1MY8 A; 2XDM A; 1TDG A; 1HD8 A; 5F6A A; 1NRJ A; 3OCL A; 3SH8 A; 2O9C A; 3OBF A; 5EFW A; 2QYB A; 3IH8 A; 4HH3 A; 1PZO A; 1SDE A; 5TR7 A; 5EV0 A; 3BM6 A; 3MZE A; 3N8R A; 4F3L A; 2J9O A; 4S2K A; 3UDI A; 5CXW A; 1H3Q A; 3UPN A; 4G3V A; 3F1O B; 2PAV P; 4R38 A; 3BY8 A; 2Y2Q A; 3A3F A; 5EVI A; 3NOU C; 1H8M A; 3T4S A; 1QMF A; 1J9M A; 1K54 C; 2XFT A; 3H82 A; 3L7H A; 4GW9 A; 4PKY A; 4BBT A; 3N4I A; 2CC1 A; 3K2N A; 3RXW A; 3P98 A; 1UGU A; 4Q0H A; 2HP5 A; 2EFU A; 1IYQ A; 4HI4 A; 3UO9 A; 4HBU A; 4WF0 A; 5AVE A; 5TGF A; 1T1B A; 5HDC A; 2R9X A; 2DMW A; 2HDR A; 2BLS A; 4ZJ1 A; 2PYR A; 5G18 A; 3CUE A; 1PW1 A; 4ME4 A; 4G3K A; 3T4O A; 2ZL1 A; 5EE8 A; 3W4Q A; 2XR0 A; 5CX7 A; 3RFB A; 4JPM A; 3P7N A; 1OTB A; 5HX9 A; 1GSW A; 4OQ0 A; 2Y2H A; 2Z2M B; 4Y17 A; 1SKF A; 2A24 A; 1T19 A; 3QP8 A; 1NYY A; 1V9Z A; 3OPP A; 2ZQ8 A; 5FQJ A; 3EEA A; 1N9B A; 3BQA A; 3NOT C; 4I3J A; 2JHE A; 1ES3 A; 2HJ9 C; 4EQI A; 5MC7 A; 4HES A; 4LLO B; 4NKP A; 1AXB A; 2PBY A; 1YM1 A; 1ZC2 A; 2GX5 A; 2KLI A; 5L10 A; 3QNB A; 4YWZ A; 2M1C A; 4OLG A; 2WGI A; 4LFU A; 1CK3 A; 4K0W A; 3HCY A; 4OH0 A; 3SOI A; 2X01 A; 4QWO A; 2EX9 A; 5LBR A; 4EEU A; 3VOZ A; 2EFX A; 3CHW P; 3LI9 A; 3IBJ A; 1VM1 A; 4DN0 A; 2PT7 A; 1YLT A; 3FZC A; 3PTE A; 4FOF A; 1IKI A; 1TS7 A; 3AGD A; 1OJ5 A; 2I9V A; 3PAE A; 2INW A; 4ARZ A; 5FSR A; 1OPX A; 3QP4 A; 4L0L A; 1UWP X; 5CHJ A; 1VB6 A; 3GMW A; 2VLG A; 2V0U A; 4NK3 A; 4FUW A; 1DY6 A; 1MWT A; 2B5R A; 3M2J A; 1K4F A; 3MXS A; 3PBR A; 3QHY A; 4DE3 A; 2FZ0 A; 4KZ7 A; 1XJ6 A; 2W1R A; 2ZQ7 A; 1ERQ A; 5L2F A; 4UHU A; 4IVK A; 4BEN A; 2VGL S; 1ES2 A; 2PRF A; 4R4S A; 2JN7 A; 1GA0 A; 1N9N A; 3G4P A; 5EPH A; 1GHP A; 2ZQ9 A; 5IT5 A; 3CAX A; 2EX2 A; 5M18 A; 3MXQ A; 3OPR A; 1FCO A; 5HAP A; 1H8Z A; 1L0E A; 4AFI A; 1JWZ A; 3VV4 A; 3L9K A; 2ZOI A; 3HL9 A; 3C4P A; 5TBM A; 1EW0 A; 3V39 A; 1ZG6 A; 4I3A A; 3M6B A; 5U47 A; 2HZ5 A; 3H9W A; 2VGK A; 1G68 A; 1BUL A; 3C30 A; 4X55 A; 4ZJ3 A; 2KOI A; 3IH9 A; 1YAX A; 2ZD8 A; 5FAQ A; 4DJ3 A; 4Q0I A; 4IBR A; 3ZG8 B; 4CLC E; 4IUK A; 2Q9N A; 2BTF P; 1IYP A; 2KDK A; 3A0S A; 5EVI C; 3OPH A; 3CJM A; 3TSG A; 5FL3 A; 2H0T A; 2PYP A; 3WWX A; 1XFN A; 4IUH A; 3T1R A; 1PW8 A; 1N4O A; 1JWV A; 2NUT C; 3ZDJ A; 4BJP A; 3IBR A; 1S1Y A; 4RYE A; 5DVA A; 1YT4 A; 1XXM A; 2JKG A; 2H28 A; 2J3W A; 1TS0 A; 1Y54 A; 3MZD A; 2ZC4 B; 1W63 M; 3KO6 A; 2UWX A; 3PBT A; 3DTE A; 2O9B A; 4MN6 A; 1XGJ A; 3SS4 A; 4B9O A; 4ZTK A; 2E8J A; 3HLW A; 1NY0 A; 5DF8 A; 4RA7 A; 2UV0 E; 5HDD A; 5JYO A; 1DP9 A; 3CUE C; 4B4X A; 1NZU A; 3BFC A; 1ZG4 A; 2V2F F; 1OTA A; 1CEG A; 1FIK A; 2WAE A; 5L09 A; 3VE4 A; 3UB9 A; 2G2W A; 5CGS A; 3S7N A; 3NI9 A; 3MQQ A; 1ZTU A; 1T1C A; 3EEH A; 4LV1 A; 2WAF A; 1FCN A; 5TJJ A; 4XT2 B; 5A91 A; 3OLO A; 5EVI D; 4UA6 A; 3FV7 A; 5DKL A; 4FTX A; 4OLD A; 3LYX A; 2K7S A; 1C3B A; 3QNC A; 4Y15 A; 3SH9 A; 5CHM A; 4C75 A; 5G4Y A; 1FSY A; 2J7V A; 4E04 A; 3IWO A; 1CI9 A; 4KZ4 A; 1JNU A; 2B18 A; 4JLF A; 2VJW A; 5HL6 A; 4F94 A; 4Q8I A; 1RGY A; 1O07 A; 4PMA A; 3A3I A; 1K57 A; 5E43 A; 3HUO A; 2YKF A; 1PRQ A; 3IXB A; 3ITB A; 1VQQ A; 3TJZ C; 1FR1 A; 5C5K A; 4RQ9 A; 4F3L B; 1KE0 A; 4CJN A; 3A3J A; 2X71 A; 1CI8 A; 1SKO A; 2J80 A; 1S67 L; 3CLO A; 3UY6 A; 4EES A; 4XUZ A; 4DE0 A; 2QKP A; 2ZC6 B; 3CWF A; 4C6Y A; 1LI0 A; 1W63 Q; 2ZC3 B; 3ZG9 B; 1AWI A; 3H82 B; 3BRM A; 1G6O A; 3UDF A; 1Y28 A; 4E6X A; 3B33 A; 1S4S A; 3LID A; 1XKZ A; 2OOL A; 2ZC5 B; 1E4D A; 1WA9 A; 2ZM8 A; 2IWC A; 4UAA A; 1IEM A; 4PPR A; 2YKH A; 4N9K A; 1JWP A; 3ZNY A; 4WZ5 C; 1FOF A; 3S4X A; 1K4E A; 1D7E A; 2PBD P; 2WZX A; 5HAI A; 3IX3 A; 1MBL A; 2G2U A; 1T1A A; 1W79 A; 4KZ3 A; 3W8K A; 2DCF A; 5FQQ A; 5HL1 A; 4LV2 A; 4IJG A; 2ZL1 B; 1LT0 A; 1BLP A; 1RCJ A; 4JKT A; 2H5S A; 1OME A; 1MC0 A; 4KEN B; 3LR4 A; 1S1Z A; 2Q9M A; 1NWZ A; 4EXO A; 2XF3 A; 2A24 B; 5IS1 A; 2EX6 A; 3ZCZ A; 2A49 A; 3LEZ A; 4JGQ A; 5EEC A; 1SZV A; 4ESP A; 4EV4 A; 2WKP A; 4JXS A; 3TRC A; 2M7U A; 4YFM A; 1CJF A; 3WS2 A; 5GHX A; 3SS3 A; 3VOY A; 3NY4 A; 1IKG A; 2Y2M A; 4PM8 A; 2C5W B; 2ZMF A; 3OOV A; 3GEC A; 2R78 A; 1PNE A; 2QJ5 A; 3IF5 A; 3LR0 A; 4KG5 A; 4M4X A; 3LIC A; 1PI4 A; 4I39 A; 1KVL A; 2WYX A; 3F1N B; 4ZAM A; 4FCF A; 4O7D A; 4II7 A; 4OON A; 4S2J A; 3MFD A; 5CER A; 2VZW A; 2JKF A; 1KGF A; 4MBF A; 1O7E A; 1V9Y A; 4I3I A; 1K25 A; 3MF0 A; 3K3C A; 3VP2 A; 4K91 A; 4ARZ B; 4OOY A; 3BYD A; 3IWQ A; 3VP1 A; 5IU1 A; 5J8X A; 1P9R A; 1YSP A; 5J4E A; 3GSG A; 4YIN A; 2WGV A; 2Z6D A; 4R1G A; 4HHD A; 1K55 C; 4X53 A; 1D1J A; 1LI9 A; 4EBN A; 4UQI S; 1Y4O A; 3MXR A; 2W3E A; 1VET B; 3BFD A; 4H8R A; 4KUO A; 4LRZ E; 4HP4 A; 4GZB A; 3TG9 A; 4CLC C; 3DBA A; 3E2L A; 4KQQ A; 4B88 A; 3LCE A; 4KZ6 A; 5CTM A; 3BWL A; 4HQA A; 4OPY A; 2JC7 A; 5E2F A; 5K5B A; 2HV1 A; 2BG1 A; 3UE1 A; 5DTS A; 4NXG A; 3PHY A; 4P6Z M; 5EM0 A; 1MWR A; 2Z6C A; 3WRT A; 2EXA A; 3I7J A; 5M1A A; 3UNW A; 4NXB A; 4LGW A; 5HDS A; 4PM5 A; 1K57 C; 4BBU A; 2M7V A; 1K56 A; 5AQB A; 5CEC A; 5M19 A; 2HP6 A; 4K08 A; 3MKE A; 4R6L A; 2ZM2 A; 1OT9 A; 4E3K A; 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5CED A; 1G5U A; 3MBZ A; 5GL9 A; 1XPB A; 4E3M A; 5FAO A; 3NHQ A; 2JKT I; 1I5Q A; 1G6A A; 2K2N A; 3IX8 A; 1LLB A; 4ZRR A; 1XJ3 A; 4HOI A; 3DTM A; 4WZ5 A; 3W2Z A; 4GOG A; 2ZQC A; 1T18 A; 1HLU P; 4HBT A; 1ALQ A; 4JXV A; 3CIT A; 2VKS A; 4WUJ A; 5FAS A; 1FIL A; 3ZG0 A; 4P0M A; 4BLM A; 5FDS A; 5FQ9 A; 5F68 A; 5TFQ A; 1H0M A; 3QP6 A; 3UME A; 4R3A A; 1KGG A; 1NZO A; 4NG2 A; 5HPF A; 1NLY A; 3BJN A; 2LB5 A; 4OQH A; 3NJA A; 2D02 A; 2P08 A; 1KOU A; 4U3T A; 4R3J A; 4BL2 A; 4Z1W A; 4YNR A; 4N92 A; 3PBO A; 4P6Z S; 3UB8 A; 5I94 A; 1TS8 A; 3T4K A; 3UE3 A; 4EER A; 2XK1 A; 2AVX A; 4R3B A; 3CZD A; 4BBV A; 1ERM A; 3LY4 A; 2WGW B; 3MR0 A; 1ERO A; 2JKT M; 1L2S A; 4B93 A; 4OPZ A; 3RH8 B; 1FR6 A; 3ZFZ A; 3T4Q A; 3CI6 A; 3S7Q A; 2QMI A; 4DE1 A; 1MXO A; 2EWW A; 4Y3I A; 2V8F A; 5FI2 A; 4H6J B; 5DJU A; 4RX3 A; 4A5R A; 2VV7 A; 1IFQ A; 3KSH A; 2EA9 A; 3A0R A; 1K55 A; 4QB8 A; 3WRZ A; 3P01 A; 2Y91 A; 2DRW A; 4O0P A; 4D60 A; 3NDE A; 1XA1 A; 3Q7V A; 5DJT A; 4CLC A; 4HNB A; 5DKK A; 3WS4 A; 1K56 D; 3NCK A; 2JE5 A; 3DWZ A; 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