The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
143
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structure length |
143
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Chain Sequence |
FDYQDALDEIRETEKFDFAAIALPEDGLHSAVIKWKYASGNINYRYRMIVLRPGKGLAGLVIRTGSRKIVEDVDAELSQNDKLGYPIVLSEALTAMVAIPLWKNNRVYGALLLGQREGRPLPEGSTTFRINQRLGSFTDEINK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The NreA Protein Functions as a Nitrate Receptor in the Staphylococcal Nitrate Regulation System.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Nitrate-binding protein
|
| source organism |
Staphylococcus carnosus subsp. carnosus tm300
|
| molecule keywords |
NreA protein
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| total genus |
35
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| structure length |
143
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| sequence length |
143
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13185 | GAF_2 | GAF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KSI A; 4DN0 A; 2O9C A; 3D3O A; 3OBF A; 5HPF A; 3MQ0 A; 2O0Y A; 4QPR A; 3NHQ A; 5LBR A; 2VKS A; 4Q0I A; 4O8G A; 1STZ A; 4G3W A; 5C5K A; 2O99 A; 4Y5F A; 5K5B A; 4PAU A; 1YSP A; 4IUK A; 2W1T A; 3KSF A; 1VHM A; 2IA2 A; 4GW9 A; 4LRZ E; 4LRY C; 3C2W A; 5DFY A; 4ETZ A; 4Y3I A; 3KSH A; 1ZTU A; 4Y2F A; 2W3E A; 3VV4 A; 1MC0 A; 4IJG A; 2VZW A; 2W3D A; 5HL6 A; 2HGV A; 2KLI A; 3IBR A; 1TD5 A; 2W3H A; 4DMZ A; 1TF1 A; 5L8M A; 4MDZ A; 4ZRR A; 3S7Q A; 1YKD A; 2Y8H A; 3MF0 A; 2G7U A; 3O5Y A; 3EEA A; 3LFV A; 2M7V A; 4O0P A; 2W1R A; 4BWI A; 3MMH A; 2XRO A; 4CQH A; 3ZQ5 A; 2Y79 A; 3OOV A; 4YNR A; 5HSQ A; 4ME4 A; 4GLQ A; 4E04 A; 2K31 A; 2M7U A; 5HPI A; 4R6L A; 4LRX C; 3KSG A; 3R4K A; 3DBA A; 4FOF A; 2W1T B; 3S7O A; 2QYB A; 4O01 A; 4EU0 A; 3K2N A; 2W3G A; 4R70 A; 3S7N A; 1MKM A; 3BJN A; 1F5M A; 3NOU C; 4ETX A; 2XSS A; 2K2N A; 3G6O A; 3CIT A; 2VJW A; 3NOT C; 5AJG A; 4EUV A; 2GX5 A; 2ZMF A; 4RQ9 A; 3RFB A; 3TRC A; 2B18 A; 2OOL A; 4MN7 A; 4IUH A; 2LB5 A; 3HCY A; 3IBJ A; 3NOP C; 2XRN A; 3CI6 A; 3W2Z A; 4Q0J A; 5DFX A; 4MMN A; 5I5L A; 4G3K A; 5TJJ A; 4MCW A; 4YOF A; 2KOI A; 3KO6 A; 1YSQ A; 2LB9 A; 3E0Y A; 2O9B A; 2W3F A; 4G3V A; 4Q0H A; 2O9A A; 2VEA A; 4Z1W A; 3S7P A; 3E98 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HD8 A; 3IF5 A; 1ESI A; 5G18 A; 5HDC A; 3ISG A; 2ZL1 A; 3IF6 C; 3UN7 A; 2J8Y A; 4PHT A; 2R9W A; 4EWF A; 2VK3 A; 1KGG A; 3WS0 A; 1FR1 A; 1TDG A; 5HWW A; 5HZH A; 5KZH A; 2H0Y A; 3F1O A; 4GW9 A; 4KZ6 A; 2ZC4 B; 3UDF A; 1ZG4 A; 3EQU A; 5CXW A; 5CX7 A; 5M19 A; 3NCK A; 2X71 A; 4UA7 A; 1V9Y A; 3LIC A; 4B93 A; 1L0F A; 1TS0 A; 4HNB A; 3LFV A; 4S2K A; 3RXX A; 2PU4 A; 3T4Q A; 4BJP A; 2OWJ A; 5EVL A; 3EGD C; 2Y2G A; 2MJ6 A; 1L0D A; 3NEC A; 4I3A A; 4WUJ A; 1ALQ A; 3HL9 A; 4GLQ A; 3S22 A; 3BQ8 A; 4B88 A; 4DXC A; 1KDS A; 1NRJ A; 3M2J A; 3FV7 A; 5GL9 A; 5HD3 A; 1H5X A; 5EOO A; 3V3R A; 3C4O A; 4NXB A; 1K54 C; 1VET B; 5DVA A; 4NK3 A; 1XKZ A; 5DF7 A; 3U2A A; 4UQI M; 1QMF A; 2HJE A; 4JXW A; 4P87 A; 4OPY A; 5TBM A; 1K25 A; 4ETX A; 1ZHH B; 5DF8 A; 3H82 B; 3IXB A; 3MXS A; 3FC7 A; 5FAP A; 3Q81 A; 4U3T A; 1L0G A; 4S2J A; 4WZ5 C; 1Y54 A; 3NOP C; 3G32 A; 4HQA A; 2J3T D; 5DFX A; 1VM1 A; 5TJJ A; 4RA7 A; 2NUT C; 2O9B A; 2HP6 A; 2PU2 A; 3NUL A; 3ZFZ A; 5FQI A; 3RH8 B; 1Y4O A; 4GD8 A; 1U60 A; 3UMD A; 4Q0I A; 3P01 A; 4JBF A; 3BEC A; 3T4L A; 5K5B A; 1XGI A; 4KG6 A; 3NC8 A; 1I2W A; 4DF6 A; 2D01 A; 4JF6 A; 5FQJ A; 3Q7Z A; 1K0K A; 5F68 A; 3C2W A; 2VLG A; 4Y3I A; 1W79 A; 5FQQ A; 4CLC E; 3M6H A; 3ZHH A; 3UO9 A; 2BG1 A; 4MDZ A; 2PYR A; 2R9X A; 4HJ3 A; 1J3W A; 3MKE A; 3OPL A; 2ZL1 B; 4DXB A; 3GRJ A; 4OQI A; 1OME A; 3OPP A; 3EEH A; 4IVI A; 4FTX A; 4BD1 A; 3C5A A; 3F1O B; 3BEB A; 4EU0 A; 2I72 A; 2W3G A; 4QU3 A; 4P0M A; 2P7J A; 1WYC A; 4KQO A; 3VSK A; 3B33 A; 2VJW A; 3B3X A; 1W63 Q; 3JYI A; 1TS7 A; 2FFF B; 4EQI A; 4QHC A; 1V9Z A; 2XRN A; 2X02 A; 3WS5 A; 4G3K A; 1IEM A; 1MWS A; 4C3Q A; 1FIK A; 1AWI A; 3HLC A; 1CK3 A; 5G4Y A; 3UPP A; 3PR6 A; 3DWK A; 4EV4 A; 1XPB A; 2QJ7 A; 1K38 A; 2M1C A; 5HWT A; 1MWT A; 4RYE A; 3BQA A; 4U0T A; 4MBF A; 1ERQ A; 1TDL A; 1YLW A; 4S2N C; 5TBM B; 1SZV A; 2Y2O A; 3TG9 A; 5F82 A; 5FAQ A; 1GCE A; 2J7V A; 1VHM A; 1BT5 A; 2IA2 A; 3T50 A; 1RGZ A; 4EUZ A; 1H8Y A; 5IS1 A; 5DFY A; 3MJQ A; 3VE3 A; 2RL3 A; 3D4F A; 5CHU A; 3VP1 A; 4UQI S; 1O7E A; 2B5R A; 4KZ3 A; 4F3L A; 5EVE A; 2WK0 A; 3G4P A; 3FKW A; 5FI7 A; 5FQM A; 4PM5 A; 3IH8 A; 5HDS A; 3ZG5 A; 2Y59 A; 1H8M A; 3T4O A; 2Y79 A; 3OOV A; 1CF0 A; 4KZ4 A; 2WKI A; 3IQA A; 3IX8 A; 3UME A; 1K57 A; 1YQS A; 4JXS A; 5J3W A; 3A0R A; 4BBU A; 2JN7 A; 1E4D A; 3E4O A; 1VQQ A; 1E3U D; 3DTI A; 2WAD A; 2DMW A; 2WKE A; 3EWK A; 2Q9N A; 5L10 A; 3IWI A; 4GKU A; 2HPB A; 5HWV A; 1SHV A; 4EQ1 A; 2VA0 A; 5GHZ A; 1MKM A; 2FH5 A; 2XSS A; 3NOT C; 2ZMF A; 1OTI A; 1T1A A; 3MS6 A; 3VOY A; 1FR6 A; 1N9B A; 3A3D A; 2YKF A; 3LUQ A; 1S1Y A; 1NYY A; 4Q8I A; 3LY3 A; 4Y7P A; 3WRZ A; 1KE4 A; 4CLC D; 5DTS A; 3G34 A; 2ZD8 A; 3GDI A; 3IWQ A; 2PBY A; 4UAA A; 5FAO A; 4KEN B; 2WAF A; 2EXA A; 4JGQ A; 1OT9 A; 5E2H A; 2E8J A; 4FSF A; 4G3W A; 2O99 A; 2Y2N A; 1FSY A; 1OTB A; 1YSP A; 4IUK A; 1GA9 A; 5CHJ A; 4EET B; 2V1Z A; 3KSF A; 1GSV A; 4R3A A; 1MWR A; 2GNX A; 3L9K A; 5HX9 A; 1N9O A; 3M2K A; 2HDR A; 5CGX A; 5L07 A; 4ZJ3 A; 4IJG A; 1TF1 A; 4ZRR A; 3FWL A; 1UGU A; 3LIB A; 3RJU A; 2XD1 A; 1S0W A; 4PM9 A; 2W27 A; 4GN2 A; 1CI9 A; 3HVF A; 2PD8 A; 3HLF A; 3MZF A; 4QY5 A; 3A0V A; 1K6R A; 3SH9 A; 1NYM A; 3MKF A; 1XFQ A; 5CTM A; 3VOL A; 3T1Q B; 2Q9M A; 2VV7 A; 1L0E A; 4LLO B; 5CGS A; 5FL3 A; 2HV1 A; 5E2G A; 1BUE A; 3MFD A; 4H8R A; 2ZM8 A; 4PMA A; 5AQB A; 2Y2I A; 3PBQ A; 3F1P A; 5GLA A; 3JVU A; 3UE6 A; 3BWL A; 4F3L B; 3T4T A; 4N1X A; 3IBJ A; 4PKY G; 3HRE A; 4MMN A; 1K57 C; 3DTE A; 1G6O A; 4PPR A; 3LEQ A; 4WEL A; 1S6R A; 4HH2 A; 3CUE C; 4OPZ A; 2VEA A; 1EW0 A; 1G68 A; 3A3F A; 2ZQ8 A; 3KX0 X; 1K56 A; 2JHE A; 4KZ9 A; 1RCJ A; 2XFT A; 2V2F F; 4S2M A; 3E2L A; 1EI5 A; 2ZLY A; 1PFL A; 3T4S A; 3MQQ A; 4MN5 A; 4E3I A; 3W4O A; 4JLF A; 3CLO A; 4DE1 A; 2XGN A; 3RTY A; 3NJA A; 3VE4 A; 3QP6 A; 3T1S A; 4WEJ A; 1H0M A; 2Y91 A; 2Y8H A; 1NZU A; 4I38 A; 4HJ6 A; 2W1R A; 4OVD A; 4OQ0 A; 1BTL A; 5FEG A; 3H7W A; 4EBL A; 3KYQ A; 2K31 A; 1K4F A; 5CED A; 4IVK A; 4HEF A; 4LV2 A; 2QYB A; 5GHY A; 1DJB A; 2YKH A; 5FA7 A; 4O01 A; 3HLD A; 5KSH A; 4WM9 A; 2GZA A; 5F1G A; 1NJ4 A; 2B02 A; 1ERM A; 2WYX A; 3NOU C; 3OLO A; 2K2N A; 5A8B A; 4EUV A; 2BLS A; 2V8F A; 4E6W A; 3SZT A; 3N8S A; 4PM6 A; 3GTC A; 1DP8 A; 1DP9 A; 4HIA A; 3HUM A; 3ICY A; 5DJT A; 3ZDJ A; 2EX9 A; 3I7J A; 3ZVW A; 2WKH A; 3G31 A; 4G3V A; 5DKK A; 4RVA A; 2QMI A; 4Y0U A; 3S7P A; 2Y2K A; 2V1B A; 1P97 A; 1S4S A; 4FH4 A; 4OQH A; 4WMC D; 3A0S A; 5EE8 A; 4JXV A; 5AQA A; 1BLC A; 4I3I A; 1F9I A; 3F1P B; 2V8C A; 3TOI A; 2OAP 1; 4WL9 A; 5J7E A; 4QJG A; 1Z6F A; 1RP5 A; 1BSG A; 1BLH A; 3O87 A; 5EUA A; 1Q2P A; 2OLV A; 4JF5 A; 3FPV A; 4UA6 A; 4XT2 A; 5A92 A; 3HUO A; 1GHM A; 2W3H A; 4MNR A; 4DJ3 A; 3GR2 A; 1XJ2 A; 3HLE A; 3LCE A; 3VFF A; 3G30 A; 4ARZ A; 2DCF A; 4O0P A; 1M40 A; 2ZM2 A; 4BWI A; 3ZQ5 A; 3IXH A; 4E3M A; 2Y4A A; 3NIA A; 4MBK A; 1JTD A; 1I2S A; 2XEP A; 3E2K A; 3GV9 A; 1KGF A; 3UDX A; 2OAQ 1; 3VSL A; 5DJU A; 5EEC A; 4QB8 A; 3Q07 A; 3LR4 A; 3RXW A; 2A3U A; 4RQ9 A; 1LSW A; 4N9L A; 1FCM A; 2C5W B; 4N9K A; 5AQ7 A; 1PYY A; 1K6S A; 4X6T A; 3HUN A; 4L0L A; 4JGO A; 3AGD A; 1NXY A; 4II7 A; 3H7W B; 3PBR A; 5HD5 A; 4O7D A; 3TSG A; 4K0W A; 4OOY A; 2JBF A; 3TJZ C; 1IFQ A; 2CC1 A; 1D1J A; 1T1B A; 3M6B A; 5FDS A; 3NBL A; 1P9R A; 1MKI A; 5LBR A; 5E2F A; 3CZD A; 4N1H A; 2Z6D A; 5AVE A; 2BTF P; 1OT6 A; 4JGR A; 4LEN A; 3A3E A; 3GSG A; 1P9W A; 2ZMV A; 2GDN A; 5TR7 A; 1ZKJ A; 4GD6 A; 3G2Y A; 2W3D A; 3JPU A; 2ZBB A; 5E2E A; 4GCZ A; 5FQK A; 4KZ8 A; 1PNE A; 3EEA A; 2V20 A; 1UWP X; 1IYO A; 2XF3 A; 3GMW A; 1G5U A; 4R3B A; 4EEP A; 5FAT A; 3DBA A; 4KG5 A; 4FH2 A; 4Y15 A; 3B47 A; 3VP4 A; 1CJF A; 4M3K A; 1DP6 A; 3K2N A; 2VGL M; 1W63 M; 3LYX A; 3Q82 A; 1CEF A; 3LIE A; 4XT2 B; 4HP4 A; 3MXR A; 3IWO A; 1GHI A; 1LLB A; 4OP8 A; 1ACF A; 1ES5 A; 3HCY A; 4MEZ A; 1LI0 A; 4IHQ A; 4GNU A; 4ARZ B; 3QHY A; 1YPR A; 4Q0J A; 2WGI A; 2ZQA A; 2WUQ A; 3IX4 A; 3KO6 A; 2JC7 A; 5A91 A; 2G2W A; 4KZ7 A; 3BFG A; 2WKR A; 2Z2M B; 2L1M A; 5EM0 A; 2O9A A; 4DE3 A; 1ES4 A; 3UB6 A; 5I94 A; 2ACG A; 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