The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
114
|
structure length |
114
|
Chain Sequence |
IDLLENLTAVIQDYPNPACIRDETGKFIFCNTLFHESFLTQDQSAEKWLLSQRDFCELISVTEMEAYRNEHTHLNLVEDVFIQNRFWTISVQSFLNGHRNIILWQFYDAAHVRH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal Structure of the N-terminal PAS domain of the F plasmid TraJ
rcsb |
| molecule keywords |
Protein TraJ
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
30
|
| structure length |
114
|
| sequence length |
114
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4H6J A; 3ICY A; 4GS9 B; 1XJ6 A; 1VB6 A; 4F3L B; 1F98 A; 3H82 A; 4LLO B; 3NHQ A; 1JNU A; 2VEA A; 3VOL A; 5EFW A; 1WA9 A; 3H7W B; 2CMN A; 2A24 A; 3F1O A; 1DRM A; 3CLO A; 2PYR A; 3FG8 A; 3LIB A; 1D06 A; 4B9O A; 2OOL A; 2QHK A; 5DJU A; 2QJ7 A; 5HD3 A; 2PD7 A; 4L9E A; 5F69 A; 4EW7 A; 4LRZ E; 1GSX A; 5F6A A; 4HI4 A; 4R38 A; 2OWJ A; 3NOU C; 5IU1 A; 1TS7 A; 1KOU A; 4HOI A; 4LRX C; 2V9A A; 4EXO A; 1T1C A; 4I3I A; 4JGQ A; 4H6J B; 3BY9 A; 3E4P A; 4I3J A; 1UWP X; 1T18 A; 2ZOH A; 5HSQ A; 4WLA A; 2KDK A; 1N9L A; 4NXF A; 2V1B A; 3B33 A; 2VV8 A; 1XJ2 A; 1S66 L; 3BY8 A; 3UMD A; 4HJ4 A; 1LSX A; 1LSW A; 2QWS A; 5F5Y A; 1GSV A; 4E04 A; 1DP9 A; 2PDR A; 2A24 B; 3F1O B; 3EEH A; 4R3A A; 1P0Z A; 2P7J A; 3K3C A; 4KUO A; 4PKY G; 3EWK A; 3A0V A; 4HH3 A; 5J7E A; 1T1A A; 4M4X A; 1DP6 A; 3UB9 A; 4NXG A; 2K7S A; 4JGR A; 4K08 A; 4PKY A; 3K3D A; 4R70 A; 5IS1 A; 2WKP A; 1NWZ A; 1ODV A; 4BBV A; 3F1N A; 4NXE A; 3UB6 A; 2ZOI A; 2PR5 A; 3RTY A; 3IBR A; 3SW1 A; 3LIA A; 4HP9 A; 1T1B A; 3C8C A; 2D01 A; 4KQD A; 2PR6 A; 5HWV A; 4HNB A; 2B02 A; 3LI8 A; 1GSW A; 2GJ3 A; 3LIE A; 3LUQ A; 3HJK A; 3A0S A; 2H28 A; 2YKF A; 3MXQ A; 5HWW A; 2Z6C A; 4EQ1 A; 4HQA A; 2INW A; 5AVE A; 4MN5 A; 1XFQ A; 1P97 A; 2PYP A; 4XT2 A; 4GCZ A; 4I38 A; 3LIF A; 4EEP A; 3RH8 B; 4HIA A; 4HH2 A; 1OTB A; 1OTA A; 3UB7 A; 1UWN X; 3CAX A; 1XFN A; 5HDD A; 1OJ5 A; 1XJ3 A; 1EW0 A; 1T19 A; 2JN7 A; 1OJG A; 3BWL A; 3MR0 A; 2Z6D A; 4HJ3 A; 5J3W A; 2W27 A; 5G4Y A; 1LT0 A; 3PYP A; 4WF0 A; 2V0W A; 3LI9 A; 1G28 A; 1TS6 A; 3F1N B; 4HHD A; 4LRY C; 2L4R A; 2ZBB A; 3MJQ A; 3NJA A; 5F68 A; 4YWZ A; 1Y28 A; 1OT6 A; 3HJI A; 2L1M A; 3C2W A; 3E4Q A; 1TS0 A; 4GHI B; 5G4Z A; 2W0N A; 2YKH A; 1LSV A; 3IS2 B; 3UE6 A; 3PHY A; 2VV7 A; 4HY8 A; 1X0O A; 2EA9 A; 4EES A; 1V9Y A; 3VE3 A; 4WN5 A; 4JGO A; 2JHE A; 2KX6 A; 4XT2 B; 3UB8 A; 3CWF A; 5DKL A; 3ULF A; 3F1P A; 4L9F A; 2PHY A; 3G6O A; 3A0R A; 4I3A A; 3MFX A; 3FC7 A; 3LID A; 3LYX A; 3NOP C; 2V1A A; 5HDC A; 2QJ5 A; 4JGP A; 2I9V A; 4GHI A; 4BBT A; 1OTI A; 3UME A; 4RQ9 A; 3IS2 A; 1S67 L; 1XJ4 A; 1N9O A; 5AVF A; 4LPZ A; 2R78 A; 5HD5 A; 4DJ2 A; 5DKK A; 4GW9 A; 5A8B A; 2OWH A; 1OTE A; 1D7E A; 1OT9 A; 4HJ6 A; 5KIZ A; 2BAS A; 3MQQ A; 5TBM B; 4EER A; 5HZH A; 3GDI A; 3E4O A; 4GS9 A; 1S1Z A; 1DP8 A; 4R6L A; 5DJT A; 4DJ3 A; 4WL9 A; 1OTD A; 4F3L A; 4NXB A; 3D72 A; 4I5S A; 3GEC A; 3MQO A; 3ZQ5 A; 1S4R A; 5J4E A; 4EEU A; 4I39 A; 2QKP A; 2D02 A; 3H7W A; 4HP4 A; 3P7N A; 1V9Z A; 4WUJ A; 1BYW A; 3F1P B; 3T50 A; 3OLO A; 1MZU A; 2J80 A; 4EET B; 2VLG A; 4BBU A; 4MN6 A; 5HWT A; 4KUK A; 3H82 B; 2VV6 A; 1S1Y A; 3NOT C; 2L0W A; 5TBM A; 3VE4 A; 2HV1 A; 1UGU A; 3KX0 X; 2WKR A; 4L9G A; 5HDS A; 1F9I A; 1N9N A; 1LL8 A; 2V0U A; 1S4S A; 3H9W A; 3LIC A; 5I5L A; 2WKQ A; 1TS8 A; 2PD8 A; 2M1C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GCE A; 5CGS A; 4KZ7 A; 4GS9 B; 3PAE A; 4JKT A; 1JVJ A; 1F98 A; 3BFG A; 1BLC A; 3GRJ A; 3T4Q A; 5IT5 A; 1KDW A; 2VEA A; 2ZMA A; 4KZ4 A; 4NG2 A; 2H5S A; 3HUO A; 1WA9 A; 4KZ9 A; 2PRF A; 1VEU A; 1K0K A; 3ZHH A; 4PM6 A; 4CJN A; 2VZW A; 3O87 A; 2HZ5 A; 5CHU A; 3A3I A; 3MKF A; 4QY6 A; 2IWD A; 3SH8 A; 3V5M A; 3B42 A; 4B9O A; 1NXY A; 3BYD A; 4LCM A; 2OOL A; 5EVL A; 5FQ9 A; 2RCX A; 1E3U D; 3C38 A; 3D9Y A; 3NIA A; 4L9E A; 1MC0 A; 5HPF A; 3SS3 A; 1I5Q A; 4KZ8 A; 3BEB A; 5KSH A; 5EVE A; 4R38 A; 5I94 A; 3NOU C; 1KE0 A; 1KOU A; 4M3K A; 4UA7 A; 2ZQD A; 3GVB A; 4EXO A; 1K38 A; 4WZ4 A; 2JKR I; 1Q2Q A; 4I3J A; 4GB7 A; 1YLP A; 1Z6F A; 2ZOH A; 2FFY A; 4WLA A; 1K55 C; 1N9L A; 2Y2M A; 3G2Y A; 4WEK A; 1BUE A; 5KSC A; 1S66 L; 1SCW A; 4MLL A; 4HJ4 A; 4BEN A; 2XH9 A; 1FIL A; 2JKT M; 2J7V A; 2C5W B; 2R9W A; 3HUM A; 3C7U A; 1ZTU A; 3CPT A; 3O5Y A; 3VP2 A; 1YSQ A; 5J8X A; 2JCH A; 3TW8 A; 3EEH A; 4X1M A; 3EOI A; 2W3F A; 2P7J A; 1SKF A; 4PKY G; 1QME A; 3EWK A; 1IEL A; 4KZA A; 4M4X A; 3UB9 A; 1SKO A; 3W4Q A; 2K7S A; 1K55 A; 3K3D A; 1MPL A; 1LI0 A; 4GN2 A; 3UNW A; 2XEP A; 3MFD A; 2HDS A; 1G68 A; 3OCL A; 2ZQ7 A; 3RTY A; 3DAV A; 3SW1 A; 2O0Y A; 4BLM A; 2VGL M; 2PR6 A; 5HWV A; 4HNB A; 3ZVT A; 1L0G A; 3KYE A; 3LUQ A; 4N92 A; 3B47 A; 1NYM A; 3BLM A; 3HJK A; 5CHM A; 1XX2 A; 5EV0 A; 1STZ A; 2H28 A; 3CIT A; 1DJC A; 4EQ1 A; 5EOE A; 3UE0 A; 1FSW A; 1XFQ A; 2PU2 A; 2Y2H A; 2JBF A; 2PYP A; 2EFX A; 2H0T A; 1XA7 A; 3G31 A; 4G3V A; 3S22 A; 3LIF A; 4EEP A; 4OQ0 A; 4ZDX A; 3T1S A; 4HIA A; 4HH2 A; 1ONH A; 1PIO A; 3EGX C; 3ZNY A; 4O01 A; 1UWN X; 2LB9 A; 4CLC C; 2H0Y A; 5HDD A; 1MWT A; 2VX8 A; 3DBA A; 3HVF A; 1GHM A; 3T4T A; 3EEA A; 1XJ3 A; 5KMW A; 1TDL A; 2UV0 E; 5DFY A; 1TDG A; 3MR0 A; 5FAT A; 3IF6 B; 2Y2N A; 4HJ3 A; 3QHY A; 4U0T A; 5L07 A; 3T4O A; 3NC8 A; 3C4P A; 1H8Z A; 1G28 A; 3LR4 A; 2L4R A; 2A49 A; 3NJA A; 1CI8 A; 1OT6 A; 4DMZ A; 3IXB A; 5TJJ A; 2L1M A; 4R23 A; 3C4O A; 4E3O A; 1BT5 A; 2OV5 A; 1LSV A; 2EWW A; 1NY0 A; 3OPP A; 4IVI A; 3IS2 B; 4JBF A; 4QB8 A; 3WS1 A; 1PW8 A; 5EE8 A; 2J3T C; 1YPR A; 3IH9 A; 5EVI B; 3PHY A; 1MXO A; 5AQ9 A; 1X0O A; 3NEC A; 1YM1 A; 2PT7 A; 2EA9 A; 1V9Y A; 4WN5 A; 3QP8 A; 2HP9 A; 2JHE A; 1NLZ A; 5M1A A; 3T1R A; 4JXW A; 4PM8 A; 2OLU A; 4LV0 A; 4OPQ A; 3T4J A; 3F1P A; 5FAO A; 3HL9 A; 2GDN A; 1HZO A; 3DTE A; 2XFS A; 3V3S A; 3A0R A; 3MFX A; 3FC7 A; 4U0X A; 3E98 A; 2XFT A; 4EBP A; 1CQA A; 4JGP A; 1MY8 A; 3LR5 A; 4GHI A; 2NUP C; 4BBT A; 4QPR A; 4ZAM A; 1S67 L; 4ZTK A; 3V50 A; 1N9O A; 2XRO A; 1PZO A; 2E8J A; 4FSF A; 1PWC A; 1ESI A; 2HF6 A; 5HD5 A; 5FDH A; 4DJ2 A; 5DKK A; 2WUQ A; 3RXX A; 5A8B A; 3SS4 A; 1OTE A; 1OT9 A; 2WGW B; 3T4L A; 2Y55 A; 4X6T A; 3NCK A; 4PAU A; 3GMW A; 3BFD A; 1J9M A; 3E4O A; 3KO6 A; 5FDS A; 1DP8 A; 4DF6 A; 4N1H A; 1OTD A; 4F3L A; 3D72 A; 5EM1 A; 3MMH A; 3TJZ C; 3Q7Z A; 4ZJ3 A; 3WS0 A; 3MQO A; 3IQA A; 5J4E A; 1VHM A; 2WKH A; 2G2W A; 2QZ6 A; 3TG9 A; 3T4S A; 4OH0 A; 4DDS A; 2D02 A; 2DMW A; 3HLB A; 3BLS A; 3NI9 A; 4WUJ A; 2EX6 A; 4Y15 A; 3TSG A; 4BD1 A; 4UQI S; 2WKI A; 1BSG A; 3IH8 A; 1ES4 A; 4KUK A; 4OP5 A; 5GHZ A; 3Q7V A; 5CHJ A; 4WM9 A; 2L0W A; 3A3D A; 2W3H A; 3LR0 A; 2W1T B; 3T1Q B; 3O88 A; 4Y17 A; 2WKR A; 5M18 A; 4L9G A; 5HDS A; 5EUA A; 1LL8 A; 1H3Q A; 2V0U A; 3OC2 A; 4BMW A; 1FIK A; 3H9W A; 3IHB A; 3P98 A; 1RP5 A; 3UE1 A; 4H6J A; 4E6X A; 2XK1 A; 3UN7 A; 1L0D A; 3S7Q A; 3W4O A; 1VB6 A; 5EOO A; 3B3X A; 1M6K A; 1MWS A; 4WYY A; 3QP2 A; 2V20 A; 3ZGA B; 2O9C A; 2W3E A; 3W4P A; 3MBZ A; 4EQI A; 3VOL A; 4BL3 A; 3VSK A; 1YAX A; 4WEJ A; 3RXW A; 2ZM0 A; 5EFW A; 2WKE A; 4IUH A; 1OPX A; 3T4K A; 4S2J A; 1S0W A; 3KYQ A; 1SDE A; 2G7U A; 1LHY A; 4R1G A; 2OSU A; 2CMN A; 3VMA A; 3WRZ A; 4OPY A; 4E3N A; 1NLY A; 4OOL A; 5HL1 A; 2A24 A; 2HP6 A; 2H10 A; 4DE0 A; 1KVM A; 3F1O A; 3SH7 A; 3U2A A; 2VKS A; 2PYR A; 3FG8 A; 1CJF A; 4OQH A; 4OKP A; 2O9B A; 3D3O A; 5E43 A; 2XLN A; 3UB5 P; 3DWK A; 3CHW P; 2J8Y A; 3JPU A; 2WK0 A; 1O07 A; 4UAA A; 4JF4 A; 4EW7 A; 5F6A A; 3FV7 A; 2Y2Q A; 4QU3 A; 3ZG9 B; 3RJU A; 5FA7 A; 2OWJ A; 1D1J A; 1L2S A; 1TS7 A; 2PU4 A; 2X02 A; 4HOI A; 4LRX C; 2V9A A; 1CEG A; 4JGQ A; 3KSH A; 1ES5 A; 3IX8 A; 3E4P A; 1SKO B; 4LGW A; 5JYO A; 1T18 A; 3D4F A; 1W63 Q; 1XKZ A; 2K31 A; 3MZE A; 2KDK A; 1PFL A; 2V1B A; 2FH5 A; 4DN0 A; 4IED A; 3LR3 A; 4E3I A; 4Y7P A; 3QP6 A; 4LFU A; 3V3R A; 4ARZ B; 3E2L A; 4C3Q A; 1W5D A; 2PAV P; 1JTD A; 3IXD A; 2IWC A; 4FH4 A; 1BTL A; 5F5Y A; 4KZ5 A; 1KGG A; 5HX9 A; 2EXA A; 5CTM A; 1XGJ A; 4GDB A; 4ID4 A; 1LL5 A; 1DP9 A; 2P08 A; 2E8I A; 3MXS A; 3MZD A; 1K56 D; 4R3A A; 1P0Z A; 3G30 A; 3C5A A; 4KUO A; 1KVL A; 4LEN A; 2XA7 S; 5C5K A; 4HH3 A; 1T1A A; 4YNR A; 4JF5 A; 4E3M A; 3M6B A; 4PKY A; 3UPP A; 3HCY A; 5AQ7 A; 3BFC A; 3T1X A; 1ZG4 A; 3N8S A; 2EFU A; 2HDU A; 3SOI A; 4OVD A; 4JF6 A; 3F1N A; 5JYP A; 3UB6 A; 2ZOI A; 1E25 A; 2EX2 A; 1FSY A; 2VGK A; 5FQJ A; 2D01 A; 3GSG A; 3DW0 A; 5FI6 A; 5CED A; 4EBL A; 3BFE A; 3LIE A; 1ZG6 A; 4P85 A; 3WS5 A; 1AXB A; 5CGX A; 2YKF A; 1K4E A; 1K25 A; 2Y8H A; 3BFF A; 1A0K A; 3AGD A; 2INW A; 2Q0O A; 4MN5 A; 4XUX A; 4Y0O A; 1P97 A; 1IFQ A; 2W1R A; 2B18 A; 4DE3 A; 2XSS A; 5EVI D; 4KG2 A; 1VQQ A; 4FUW A; 1KGF A; 4DRT A; 2DNS A; 3IHA A; 1K57 C; 2EWV A; 3BQ8 A; 3QNB A; 2NUT C; 2Y4A A; 2J9P A; 4RX2 A; 1EW0 A; 1L0E A; 2ZLY A; 4HES A; 1N4O A; 2JN7 A; 3GV9 A; 4RA7 A; 2Z6D A; 5FI2 A; 2VK3 A; 3M6H A; 5J3W A; 1BLS A; 3LGO A; 5U47 A; 2V0W A; 3LI9 A; 3MQ0 A; 4HHD A; 5A92 A; 4B4X A; 2IWB A; 2ZL1 A; 1FCO A; 4YWZ A; 1Y28 A; 5K5B A; 3S7O A; 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3C30 A; 1G6O A; 4GZB A; 3VE4 A; 1YT4 A; 3QP1 A; 4P0M A; 1UGU A; 5FQQ A; 5FEG A; 1I2S A; 3IBJ A; 1BZA A; 1ERQ A; 4CLC A; 4EUV A; 1N9N A; 3CI6 A; 5I5L A; 3KSF A; 2WKQ A; 1TS8 A; 1ES3 A; 5FAP A; 5GLC A; 2WGV A; 2BG1 A; 4GJ4 A; 4U3T A; 2M7U A; 3FYZ A; 1LI9 A; 5A91 A; 4Y0U A; 1ES2 A; 1XJ6 A; 2ACG A; 2LB5 A; 4LV2 A; 5IHV A; 4Q0I A; 1MWR A; 3H82 A; 4LLO B; 3NHQ A; 3WS4 A; 1S6R A; 2QPN A; 4IBX A; 2WZX A; 1K6R A; 3DWZ A; 3TRC A; 3H7W B; 4NKP A; 2X01 A; 4CLC E; 3MKE A; 4C75 A; 3ZNT A; 2V8F A; 4Q8I A; 1TVF A; 4II7 A; 3HLW A; 3UY6 A; 5F1F A; 5CX7 A; 4QD4 A; 3UPO A; 3LIB A; 2HGV A; 4E6W A; 3NY4 A; 4R4S A; 1H8Y A; 3S1Y A; 1P9R A; 1C3B A; 2QJ7 A; 4PPR A; 2DRW A; 2PD7 A; 2ZMV A; 1DJA A; 3JVV A; 3MXR A; 1GSX A; 1ONG A; 2A2L A; 1BLP A; 1HD8 A; 2Y2O A; 4HI4 A; 2FFF B; 1PNE A; 5HL6 A; 4FD8 A; 3P01 A; 4CQH A; 4I3I A; 5EPH A; 4E3J A; 4DXC A; 4GKU A; 3N8R A; 3ZCZ A; 1UWP X; 2QYB A; 3IWO A; 4Y5F A; 4KZ3 A; 4NXF A; 4UA9 A; 3B33 A; 4KEN B; 1NJ4 A; 4GOG A; 3IF6 C; 2GX5 A; 4BL2 A; 5G18 A; 5GLA A; 4Z1W A; 1LSW A; 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