The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
206
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structure length |
206
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Chain Sequence |
EKDTIAAEHKQEASVLLNLHRNKINYLIGETMARMTSLSIAIDRPVDIKKMQSILEKTFDSEPRFSGLYFLNAKGDVTASTTELKTKVNLADRSFFIKAKETKKTVISDSYSSRITGQPIFTICVPVLDSKRNVTDYLVAAIQIDYLKNLINLLSPDVYIEVVNQDGKMIFASGQASHAEDQKPVSGYLDDISWNMKVYPNPVTIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insight into the sporulation phosphorelay: Crystal structure of the sensor domain of Bacillus subtilis histidine kinase, KinD.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Bacillus subtilis subsp. subtilis
|
| molecule keywords |
Sporulation kinase D
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| total genus |
56
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| structure length |
206
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| sequence length |
206
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.13.3: Histidine kinase. |
| pdb deposition date | 2013-03-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WKR A; 3H82 B; 4DJ2 A; 2QJ5 A; 2VLG A; 1OJ5 A; 2B02 A; 2QWS A; 1S4S A; 2PYP A; 2VEA A; 1TS0 A; 4MN6 A; 2Z6C A; 5DJU A; 3KX0 X; 4HI4 A; 4HQA A; 2PYR A; 5TBM B; 3LIB A; 2PDR A; 1UGU A; 3RH8 B; 1XFQ A; 1V9Y A; 1GSW A; 3FG8 A; 5AVF A; 1T1C A; 4LRX C; 2EA9 A; 4PKY G; 2OWJ A; 2YKF A; 4I3I A; 1TS6 A; 2D01 A; 4EW7 A; 1DP8 A; 4NXB A; 1GSV A; 2V0W A; 2JN7 A; 3G6O A; 3E4O A; 3UB7 A; 3ICY A; 5HSQ A; 4KQD A; 1P97 A; 3UB8 A; 5DKK A; 4HJ6 A; 4R70 A; 1BYW A; 1V9Z A; 3F1N A; 3E4P A; 3F1P B; 4LRY C; 4I3J A; 2OWH A; 3CAX A; 4EXO A; 4H6J B; 2ZOH A; 4EEU A; 4RQ9 A; 3MXQ A; 2W0N A; 3GEC A; 1S66 L; 1X0O A; 2VV7 A; 2K7S A; 5HZH A; 4GCZ A; 2ZOI A; 3RTY A; 1T1B A; 1OTB A; 2L0W A; 5HWV A; 4I39 A; 2J80 A; 4R6L A; 3H7W A; 2BAS A; 3C2W A; 5EFW A; 2INW A; 5I5L A; 2PHY A; 4L9G A; 1OTI A; 1XJ6 A; 4HNB A; 4NXG A; 3ZQ5 A; 4HP9 A; 1LSX A; 2OOL A; 1LT0 A; 1LSV A; 3K3D A; 2V1A A; 3FC7 A; 3UB9 A; 3H9W A; 2M1C A; 3ULF A; 1T19 A; 2PR5 A; 3LIA A; 2D02 A; 3UB6 A; 1UWP X; 3NJA A; 4K08 A; 2VV8 A; 4WLA A; 2CMN A; 4HJ4 A; 2V9A A; 1S1Y A; 2L4R A; 3IBR A; 5A8B A; 1XJ4 A; 5IU1 A; 2Z6D A; 5HDS A; 3MFX A; 4JGQ A; 4I3A A; 3MR0 A; 5DKL A; 4YWZ A; 1XFN A; 4EEP A; 1NWZ A; 4HOI A; 1DRM A; 4HHD A; 3A0S A; 3LIE A; 2V0U A; 4XT2 A; 2KDK A; 4L9E A; 4HY8 A; 3IS2 A; 4JGO A; 4BBV A; 4HH2 A; 3F1N B; 5F68 A; 4EET B; 3BWL A; 1N9O A; 5J7E A; 1WA9 A; 4GHI B; 2ZBB A; 3VE3 A; 3LYX A; 3NOP C; 4R38 A; 1XJ2 A; 3LIF A; 3A0R A; 4DJ3 A; 2L1M A; 2P7J A; 3PHY A; 4GHI A; 4NXF A; 3LI9 A; 2W27 A; 5F5Y A; 4E04 A; 3A0V A; 1F98 A; 3CWF A; 2I9V A; 2JHE A; 1OTE A; 3H7W B; 1XJ3 A; 5J3W A; 1OTD A; 3T50 A; 4WL9 A; 4HP4 A; 1OTA A; 3OLO A; 3HJK A; 1TS8 A; 1UWN X; 1OT9 A; 2QHK A; 4BBT A; 5F69 A; 4WN5 A; 4F3L A; 4JGP A; 1LSW A; 2KX6 A; 5HDC A; 1JNU A; 3K3C A; 1VB6 A; 4GS9 A; 3BY9 A; 1F9I A; 4GW9 A; 5KIZ A; 4BBU A; 1D7E A; 1GSX A; 1LL8 A; 3BY8 A; 2GJ3 A; 4LLO B; 4R3A A; 1G28 A; 2H28 A; 3C8C A; 3LIC A; 1DP9 A; 2PD8 A; 3P7N A; 1T18 A; 5F6A A; 1MZU A; 5IS1 A; 2A24 B; 2R78 A; 4XT2 B; 2VV6 A; 3F1O A; 3GDI A; 1S4R A; 3H82 A; 4I38 A; 3MJQ A; 3LUQ A; 3IS2 B; 4KUK A; 2A24 A; 5HD5 A; 1TS7 A; 3CLO A; 3LI8 A; 3UMD A; 3EEH A; 3UE6 A; 1T1A A; 1EW0 A; 5G4Y A; 2PR6 A; 3SW1 A; 5DJT A; 5AVE A; 3D72 A; 4WF0 A; 3B33 A; 5J4E A; 3PYP A; 5TBM A; 3VE4 A; 2QJ7 A; 2HV1 A; 3MQO A; 2WKP A; 5HD3 A; 2QKP A; 3LID A; 1OT6 A; 2V1B A; 1S1Z A; 3VOL A; 5HWT A; 4B9O A; 5HWW A; 4LRZ E; 5HDD A; 4JGR A; 4KUO A; 4HH3 A; 3MQQ A; 2YKH A; 5G4Z A; 1KOU A; 4PKY A; 4EQ1 A; 1N9L A; 3F1P A; 4EER A; 4F3L B; 1S67 L; 1OJG A; 4EES A; 4H6J A; 3EWK A; 4L9F A; 4GS9 B; 3NOT C; 4MN5 A; 4HJ3 A; 1DP6 A; 1P0Z A; 3E4Q A; 4HIA A; 2WKQ A; 1N9N A; 3NHQ A; 4LPZ A; 3HJI A; 4I5S A; 2PD7 A; 1D06 A; 3UME A; 4WUJ A; 3NOU C; 4M4X A; 3F1O B; 1Y28 A; 4NXE A; 1ODV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H82 B; 3HLB A; 4KZ9 A; 4OOY A; 4WEK A; 4DJ2 A; 1OJ5 A; 2HDS A; 1LL9 A; 4KG2 A; 4WZ5 A; 1S4S A; 3IX8 A; 4EBN A; 1M6K A; 4M3K A; 1K0K A; 5TFQ A; 1PIO A; 3VP1 A; 1PWG A; 1KDS A; 4KZ5 A; 1GA9 A; 3QNB A; 2UV0 E; 5DJU A; 3KX0 X; 1BTL A; 4FD8 A; 1Y54 A; 4D60 A; 3ZVW A; 3LIB A; 4GDN A; 1RGZ A; 5FI7 A; 1XFQ A; 4R1G A; 2X02 A; 4LRX C; 2ZQ7 A; 3MZE A; 3NEC A; 4DDY A; 4LCM A; 2Y91 A; 4PKY G; 4JXV A; 2XK1 A; 4I3I A; 2EX6 A; 2XA7 S; 1DP8 A; 3Q7Z A; 1MPL A; 5GHZ A; 3UPP A; 3UE3 A; 3HL9 A; 3E4O A; 2J7V A; 4O7D A; 1CEG A; 3UB7 A; 5HSQ A; 4KQD A; 4JLF A; 1XPB A; 1H8Z A; 4HJ6 A; 3BRM A; 1DY6 A; 3O88 A; 4EQI A; 4OPR A; 1BYW A; 3E4P A; 2W3D A; 4LRY C; 2J3W A; 3PBO A; 4L0L A; 5CX7 A; 3SH7 A; 2OWH A; 4DE3 A; 4EXO A; 4K0X A; 3UY6 A; 1VET B; 2Z2L B; 3T4S A; 1WYC A; 5A92 A; 5M1A A; 4X55 A; 1S66 L; 1X0O A; 4FCF A; 2ZC3 B; 3OPP A; 4D2O A; 3HLD A; 4E6X A; 4ME4 A; 5CHM A; 3LY4 A; 3RTY A; 1OTB A; 3U4L P; 4Y17 A; 3VSK A; 1XA1 A; 5HWV A; 3W2Z A; 2XGN A; 2BAS A; 2B5R A; 1E3U A; 1U60 A; 1YPR A; 4UA7 A; 5EFW A; 4JF6 A; 2INW A; 3UE1 A; 3B3X A; 4P6B A; 3MSH A; 4WEL A; 4HNB A; 1QMF A; 1FCN A; 3UB9 A; 4LGW A; 1BT5 A; 5FQI A; 3HVF A; 2PR5 A; 4ZBE A; 1SZV A; 1ZTU A; 2XR0 A; 3UB6 A; 1UWP X; 3NJA A; 4Y2F A; 2VV8 A; 3MXR A; 4XXR A; 2GNX A; 4R3B A; 4S2M A; 4IVK A; 3BFC A; 3I7J A; 1TD5 A; 3C38 A; 1K56 A; 2V9A A; 1S1Y A; 2L4R A; 3IBR A; 4PHT A; 5J8X A; 3TJZ C; 5F1F A; 4WMC A; 2VJW A; 3OC2 A; 3LGO A; 2WZX A; 2H0Y A; 2WGI A; 2FFF B; 2R9W A; 1XFN A; 5AQ7 A; 4EEP A; 3DAV A; 4OLD A; 3VV4 A; 1YLP A; 5IHV A; 2HDR A; 3P09 A; 4BD1 A; 4XT2 A; 5FQM A; 1D1J A; 4L9E A; 4AFI A; 2HDU A; 2HJE A; 4HY8 A; 4P87 A; 3ZFZ A; 1G6A A; 3EOI A; 1TEM A; 3NDE A; 3SS5 A; 4BBV A; 1WE4 A; 3K2N A; 4BWI A; 3HLE A; 4ZAM A; 1N9O A; 4BLM A; 2JE5 A; 1PW8 A; 2ZBB A; 3VE3 A; 3ZG5 A; 3BEC A; 4ZTK A; 2K2N A; 3LIF A; 2L1M A; 4GHI A; 1E3U D; 4Q0I A; 1MC0 A; 4NXF A; 1HZO A; 3LI9 A; 5F5Y A; 1FR6 A; 3A0V A; 1F98 A; 2I9V A; 3C4P A; 2Y2O A; 1LI0 A; 3H7W B; 2XA7 M; 1OTD A; 1K54 C; 4MNR A; 4GJ4 A; 4CQH A; 5KZH A; 2XRO A; 3G35 A; 2HP9 A; 3WS4 A; 3PBR A; 2ZQ8 A; 4OP8 A; 3Q7V A; 2QHK A; 5HPI A; 4WN5 A; 2Y2P A; 3A3J A; 2UWX A; 4F3L A; 1K56 D; 4JGP A; 1LSW A; 3UDI A; 1MWT A; 1ZHH B; 1K54 A; 4WMC D; 2B18 A; 3CI6 A; 2HDQ A; 3K3C A; 3OBF A; 3ZHH A; 3PBN A; 4RA7 A; 2WKE A; 3IF6 A; 3IWO A; 5KIZ A; 2ZD8 A; 1GSX A; 2W1T B; 3BLS A; 3FPV A; 1FCM A; 3M6H A; 5JYP A; 1W63 M; 2J9O A; 3BY8 A; 1STZ A; 2GJ3 A; 4LV3 A; 5HL1 A; 4R3A A; 3G32 A; 2RL3 A; 1MWR A; 2P74 A; 3NIA A; 3LIC A; 4R4S A; 3WRT A; 4NKP A; 3A3E A; 4PAU A; 4R23 A; 3P7N A; 2EX8 A; 5IS1 A; 2WGW B; 2VV6 A; 3GDI A; 3H82 A; 4IHQ A; 4MBK A; 3WS1 A; 2IWD A; 3MJQ A; 4Y3I A; 1GHM A; 3B47 A; 4KUK A; 5HD5 A; 3CLO A; 3UMD A; 3EEH A; 1T1A A; 3DWK A; 1MY8 A; 3MBZ A; 2PR6 A; 3SW1 A; 5AVE A; 3D72 A; 4WF0 A; 3N8S A; 3WRZ A; 5J4E A; 1H8Y A; 2IWB A; 3VSL A; 3D4F A; 3CIT A; 2OV5 A; 1PNE A; 4IJG A; 4UHU A; 3QP2 A; 4FUW A; 2NUT C; 1VHM A; 2H5S A; 3PAG A; 2CC1 A; 3LR5 A; 3VOL A; 4R0Q A; 1KGF A; 4HEF A; 2O0Y A; 2Y2L A; 3RXW A; 3VP4 A; 4JGR A; 3OZH A; 4KUO A; 3HLG A; 4S2J A; 3UDX A; 2Y4A A; 2Y2M A; 2WAE A; 2WYX A; 4EQ1 A; 5DF8 A; 4RX3 A; 4EER A; 2HP5 A; 1CI8 A; 2WAF A; 1RGY A; 5GLA A; 1NZO A; 1QME A; 3W8K A; 4EES A; 1NRF A; 3G2Z A; 1VET A; 4WBG A; 4FH4 A; 2VZW A; 3EWK A; 4L9F A; 4ZJ1 A; 2EXB A; 1ACF A; 4MN5 A; 3IX3 A; 2HF6 A; 2ZM2 A; 4Y13 A; 1W79 A; 1P0Z A; 3V67 A; 4EBL A; 5BOH A; 2Q9M A; 1GHI A; 2ZMA A; 2W1R A; 5FA7 A; 1JVJ A; 1N9N A; 3OOV A; 3CHW P; 3HJI A; 2EX9 A; 4LPZ A; 5DTS A; 3V39 A; 3R7W B; 5E2F A; 4E3M A; 4KG6 A; 2VK3 A; 4YFM A; 3UME A; 5FAS A; 3S1Y A; 1ES4 A; 3SOI A; 5DKK A; 1KGG A; 1JWZ A; 2QJ5 A; 1G6O A; 3MQ0 A; 2QWS A; 1VEU A; 1JWV A; 3TSG A; 1A0K A; 1PI5 A; 1TS0 A; 4MN6 A; 5DTT A; 1NZU A; 3IXG A; 4KZ7 A; 4HQA A; 2PYR A; 5HPF A; 5HFO A; 2VGK A; 4E3O A; 1KE3 A; 3RH8 B; 4YIN A; 5EPH A; 2P04 A; 3L9K A; 1V9Y A; 4PM6 A; 1IEL A; 2JC7 A; 2J3T D; 1K55 C; 1P9W A; 1PFL A; 2VX8 A; 4GDB A; 2EWV A; 2OWJ A; 1IYQ A; 1K4E A; 3UNW A; 4DE2 A; 1TS6 A; 1TDG A; 3GV9 A; 2R9X A; 1GSV A; 3JVV A; 2V0W A; 2ZLY A; 5EVL A; 5L2F A; 3TOI A; 3SH8 A; 3ICY A; 1P97 A; 3O86 A; 3UO9 A; 4B93 A; 4DMZ A; 2DMW A; 5L8M A; 1V9Z A; 2XH9 A; 2X71 A; 3F1P B; 5CER A; 2KOI A; 1XX2 A; 3O87 A; 3CPT B; 3LEZ A; 3CAX A; 3RJU A; 2W3E A; 4P0M A; 2EFU A; 2JKT I; 5GLD A; 4ZDX A; 2Q9N A; 4OON A; 2OSU A; 2ZC7 A; 5HAP A; 3ISG A; 2W0N A; 3GEC A; 2PT7 A; 2ZC4 B; 1MXO A; 5HZH A; 4Y5F A; 5A90 A; 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