The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
147
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structure length |
139
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Chain Sequence |
GAMDGIYSASGIDVMGILLRIASRPNPTIDLGPLDCSVSLTLCDISLPDAPIVYASPGFYQLTGYSAPEIMGRNCRFLQNSVSDAVQEMRRAIRAHQEVQVRIVNYKKNGTPFTNVVTILPLWADPSGHHFAVGLQAEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Biochemistry of a Fungal LOV Domain Photoreceptor Reveals an Evolutionarily Conserved Pathway Integrating Light and Oxidative Stress.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Circadian clock protein
|
| source organism |
Hypocrea jecorina
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| molecule keywords |
Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associate
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| total genus |
36
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| structure length |
139
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| sequence length |
147
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-10-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13426 | PAS_9 | PAS domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Z6C A; 3VOL A; 3H9W A; 3GEC A; 4EEU A; 2M1C A; 1JNU A; 3LI8 A; 4E04 A; 2K7S A; 4XT2 A; 5IS1 A; 3F1N A; 5HDD A; 5J7E A; 2A24 A; 2VV6 A; 2W0N A; 4JGQ A; 3H7W A; 1EW0 A; 3ZQ5 A; 4K08 A; 4EQ1 A; 4R6L A; 1XFQ A; 1OTI A; 5F5Y A; 3E4P A; 3UE6 A; 2ZBB A; 4MN5 A; 3MR0 A; 1G28 A; 3ULF A; 3CWF A; 3BWL A; 4KQD A; 4I39 A; 4HH2 A; 2W27 A; 3UB8 A; 2VV8 A; 3IBR A; 2JHE A; 3GDI A; 1WA9 A; 4EW7 A; 4DJ3 A; 1DRM A; 1KOU A; 5A8B A; 1XJ4 A; 3A0V A; 3UB9 A; 3VE4 A; 4HIA A; 2L0W A; 4GW9 A; 1LSX A; 3UB7 A; 1T1A A; 3LIF A; 2HV1 A; 2PHY A; 1XFN A; 3LUQ A; 5HWT A; 2J80 A; 3A0S A; 3UME A; 1V9Y A; 1P97 A; 4EET B; 3F1O B; 3NHQ A; 2ZOI A; 1XJ2 A; 4HH3 A; 2INW A; 1N9O A; 5F68 A; 4PKY G; 1UWP X; 3MXQ A; 4GS9 B; 4KUO A; 4HHD A; 3IS2 A; 3VE3 A; 2BAS A; 4WUJ A; 4M4X A; 5HDC A; 2JN7 A; 3CLO A; 3F1P B; 3G6O A; 2YKF A; 5AVF A; 3PYP A; 1S1Z A; 2I9V A; 2V0W A; 3K3D A; 4H6J B; 5TBM B; 4R38 A; 4WLA A; 1TS8 A; 1TS0 A; 4LRZ E; 1T1C A; 2GJ3 A; 4HY8 A; 4JGR A; 1OTD A; 4NXG A; 3HJK A; 1LSW A; 5F6A A; 3LIB A; 3NOT C; 4F3L A; 2QHK A; 5G4Y A; 2PD7 A; 4JGO A; 2WKP A; 1T1B A; 4XT2 B; 3F1N B; 2QJ7 A; 3EEH A; 2A24 B; 3H82 B; 1F98 A; 1DP8 A; 3NOU C; 3MQQ A; 2Z6D A; 3H7W B; 2V1B A; 2KX6 A; 2OWH A; 1T18 A; 5HDS A; 4DJ2 A; 4L9E A; 3KX0 X; 1S1Y A; 3P7N A; 1GSX A; 5KIZ A; 1V9Z A; 3LI9 A; 3RH8 B; 1BYW A; 1Y28 A; 2V0U A; 5HZH A; 1LSV A; 1D06 A; 4GHI A; 4EER A; 3E4Q A; 2L4R A; 4LRX C; 2H28 A; 2V9A A; 5EFW A; 4YWZ A; 3UB6 A; 4HNB A; 3BY9 A; 5DKL A; 1OT6 A; 4HJ6 A; 3OLO A; 4KUK A; 3K3C A; 4I3J A; 3D72 A; 4GCZ A; 1VB6 A; 3UMD A; 3RTY A; 1LT0 A; 4EEP A; 3B33 A; 3SW1 A; 1OTE A; 3LIE A; 1P0Z A; 1D7E A; 4HP9 A; 4HQA A; 2PD8 A; 5I5L A; 1OJ5 A; 4NXE A; 2KDK A; 5J3W A; 3C2W A; 4H6J A; 2QKP A; 4LLO B; 2EA9 A; 3MFX A; 3EWK A; 3C8C A; 4NXB A; 1TS7 A; 2QWS A; 1DP9 A; 1X0O A; 4I5S A; 3MJQ A; 4HI4 A; 4BBU A; 3A0R A; 1TS6 A; 1T19 A; 3IS2 B; 2VEA A; 4LPZ A; 2QJ5 A; 5DJU A; 1N9N A; 1GSW A; 2CMN A; 1XJ6 A; 4WL9 A; 3NOP C; 4L9F A; 4HJ4 A; 5HD3 A; 1NWZ A; 2ZOH A; 2L1M A; 3H82 A; 4NXF A; 4EXO A; 4L9G A; 2R78 A; 1XJ3 A; 3LYX A; 2VV7 A; 3LIA A; 2PR6 A; 1OJG A; 1MZU A; 4BBT A; 1ODV A; 2PYP A; 2P7J A; 2WKQ A; 3E4O A; 5DKK A; 5HWW A; 1S66 L; 4R3A A; 5HWV A; 2B02 A; 5G4Z A; 1F9I A; 3BY8 A; 1OT9 A; 3PHY A; 4HP4 A; 3F1O A; 2D01 A; 1GSV A; 4F3L B; 3FG8 A; 3MQO A; 4GS9 A; 4EES A; 1S4S A; 2WKR A; 2V1A A; 1LL8 A; 4I38 A; 4MN6 A; 3LID A; 3ICY A; 4RQ9 A; 4LRY C; 2PDR A; 5HD5 A; 1N9L A; 5AVE A; 4HOI A; 2OWJ A; 5IU1 A; 1OTB A; 3F1P A; 5F69 A; 2D02 A; 3T50 A; 3CAX A; 2VLG A; 4WN5 A; 2PR5 A; 2OOL A; 4PKY A; 4R70 A; 1UGU A; 4WF0 A; 5DJT A; 3LIC A; 2PYR A; 4GHI B; 3FC7 A; 4B9O A; 5J4E A; 4I3A A; 1S4R A; 4JGP A; 5TBM A; 1UWN X; 4BBV A; 1OTA A; 1DP6 A; 4I3I A; 2YKH A; 5HSQ A; 4HJ3 A; 3NJA A; 1S67 L; 3HJI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HL9 A; 2ZC7 A; 2OSU A; 2VZW A; 4HEF A; 2G2W A; 3ZG0 A; 3VOZ A; 4HES A; 2J8Y A; 3IF6 B; 1IEL A; 2ZM0 A; 3G34 A; 2K7S A; 3CIT A; 3F1N A; 3M6B A; 2A24 A; 1L0E A; 2H5S A; 4PM9 A; 4ESP A; 1EW0 A; 2WKI A; 4M3K A; 1K25 A; 2O0Y A; 2FFF B; 5HAP A; 3UB5 P; 5GLA A; 1OTI A; 3C5A A; 5CHU A; 2J3T C; 2Y91 A; 4MN5 A; 4S2J A; 3MR0 A; 1G28 A; 4JXS A; 3ULF A; 3O3V A; 4QHC A; 3ZG5 A; 3CWF A; 1NLY A; 2XK1 A; 1YLP A; 1YPR A; 1ERQ A; 3UB8 A; 3OPR A; 3WS5 A; 1ZC2 A; 3MZF A; 4U0X A; 4WMC A; 4ZTK A; 3T1X A; 3C4O A; 3MKF A; 4KZ7 A; 2AVX A; 1XJ4 A; 5IT5 A; 4GJ4 A; 4DDS A; 2L0W A; 4EWF A; 1JWP A; 1TF1 A; 2XDM A; 1EWZ A; 3UB7 A; 1YLW A; 1HLU P; 5FAT A; 3U4L P; 1CEG A; 1CEF A; 2NUP C; 3UME A; 1BTL A; 3S1Y A; 5CTN A; 3O86 A; 3JVV A; 2EX6 A; 3NHQ A; 2ZOI A; 1XJ2 A; 3KSH A; 4Y3I A; 2RCX A; 2HDR A; 3N7W A; 5F1F A; 3MXQ A; 4GS9 B; 4KUO A; 4LEN A; 4GNU A; 1E3U D; 2P04 A; 3T4O A; 5EVI A; 1W63 Q; 4WUJ A; 2O9B A; 3LGO A; 4G3W A; 1N4O A; 2JN7 A; 2XF3 A; 4DDY A; 5L07 A; 1MWT A; 3CLO A; 4X56 A; 3F1P B; 3G6O A; 1HTZ A; 5EEC A; 4FH4 A; 3DWK A; 2ZLY A; 1S1Z A; 2J3T D; 3Q07 A; 4CLC C; 2Y2N A; 2PBD P; 3S7P A; 4QPR A; 3OPP A; 1K6R A; 4FUW A; 3VV4 A; 2V2F F; 1TS8 A; 1TS0 A; 3V3R A; 2Q0O A; 1ZTU A; 1T1C A; 3VOY A; 1NRF A; 2DCF A; 3T4Q A; 5FAP A; 4XUZ A; 2GJ3 A; 4JBF A; 3RXW A; 1LSW A; 3Q7V B; 3NOT C; 2Z2L B; 3ZDJ A; 1ES3 A; 3IH8 A; 5CED A; 4FSF A; 4PHT A; 2QJ7 A; 3EEH A; 2XH9 A; 3H82 B; 2X71 A; 1BUE A; 1DP8 A; 3OBF A; 1XP4 A; 1NZU A; 3H7W B; 1ZHH B; 2KX6 A; 2BG1 A; 2OWH A; 1T18 A; 2Y2I A; 3T12 B; 4GKU A; 1H0M A; 2OV5 A; 4N92 A; 3UDI A; 1S1Y A; 4KQO A; 2EFX A; 4MDZ A; 5A91 A; 4Y0U A; 2JKR I; 3T1R A; 2PU4 A; 1SZV A; 1BYW A; 1Y28 A; 3BFF A; 3D9Y A; 4KZ5 A; 4HBT A; 3S4X A; 3LCE A; 4N1X A; 5FDH A; 2L4R A; 3AGD A; 5HW3 A; 3VSL A; 1JTG A; 5J8X A; 2V9A A; 1XGI A; 4X55 A; 3IBJ A; 1JWZ A; 5FQK A; 5A93 A; 3S7Q A; 5DKL A; 1S0W A; 2J7V A; 2VGL M; 3UDX A; 3PAG A; 5KSH A; 3CZD A; 2J3W A; 4RVA A; 4GDB A; 4GCZ A; 1YMX A; 3BEB A; 3UMD A; 3RTY A; 3QP8 A; 4Z9Q A; 4WM9 A; 4EEP A; 4C3Q A; 3W2Z A; 3B33 A; 1CK3 A; 4KZ8 A; 4BJP A; 2WAE A; 1P0Z A; 2XEP A; 4HP9 A; 3M2J A; 4IUK A; 5I5L A; 5AJG A; 5BOH A; 3GSG A; 3C2W A; 4H6J A; 2XLN A; 4YFM A; 1SKF A; 3MFX A; 1H5X A; 4S2K A; 3DTM A; 1X0O A; 1BZA A; 3A0R A; 3EGX C; 1NJ4 A; 4IBX A; 5HAR A; 1K56 D; 2H10 A; 3IS2 B; 1XPB A; 2QJ5 A; 5DJU A; 1KGG A; 3ITA A; 1DJB A; 3FPV A; 3MXR A; 3CPT A; 3NOP C; 4HJ4 A; 1MWU A; 4L9F A; 2XA7 M; 4UQI M; 1YLZ A; 1HZO A; 1ERM A; 1JVJ A; 2Y2Q A; 1XJ3 A; 1VET B; 2VV7 A; 1NZO A; 2Y2L A; 1XX2 A; 1K55 C; 2IA2 A; 3HLE A; 4IJG A; 3IX8 A; 4BBT A; 4LCL A; 2ZD8 A; 1ODV A; 4K0X A; 3E4O A; 5DKK A; 5CGX A; 1S66 L; 5TJJ A; 5DF7 A; 4R3J A; 3BW6 A; 2WGV A; 3Q1F A; 4F3L B; 4UEY A; 1YMS A; 2KLI A; 2P08 A; 4MLL A; 2WKR A; 5CEC A; 2V8C A; 4K0W A; 4MN6 A; 3ZCZ A; 1KVL A; 1VQQ A; 1PW8 A; 4LRY C; 2PDR A; 4R1G A; 3T1Q B; 1N9L A; 3HUN A; 3UNW A; 3CI6 A; 2ZM2 A; 3CAX A; 2VLG A; 1WE4 A; 2JKR M; 4ZJ3 A; 2PR5 A; 5EVE A; 1MKI A; 3FYZ A; 4PKY A; 4BL3 A; 4KZ9 A; 5DJT A; 2VK3 A; 5M1A A; 2WGI A; 3KYQ A; 5M18 A; 4IBR A; 2Y2K A; 4I3A A; 5L10 A; 3NIA A; 4QD4 A; 1DP6 A; 2A49 A; 3UE3 A; 4DE1 A; 3IXB A; 4E3M A; 3O5Y A; 4MEZ A; 1GCE A; 1FR6 A; 2WAD A; 3HJI A; 1S67 L; 3WS4 A; 5FL3 A; 1RCJ A; 2VGK A; 4LFU A; 2CC1 A; 2Z6C A; 1KDW A; 5FDS A; 1DJA A; 3R7W B; 3H9W A; 1XGJ A; 4U3T A; 2HZ5 A; 5AQB A; 2Y2O A; 2O99 A; 3LI8 A; 5LBR A; 5HDD A; 3JVU A; 3S7O A; 4IED A; 5HX9 A; 3HLB A; 1K38 A; 2XGN A; 5HPF A; 4K08 A; 3OOV A; 2IWD A; 4BWI A; 3ISG A; 4R6L A; 4ZJ2 A; 1VEU B; 3K2N A; 3TE8 A; 3GRJ A; 5GLB A; 4G3V A; 3T4T A; 1NRJ A; 4X69 A; 4QJG A; 4OQG A; 1FCM A; 2Y8H A; 1CI8 A; 3HLD A; 4WZ4 A; 4BL2 A; 4S2M A; 5A92 A; 1N9B A; 4KQD A; 2W27 A; 4FH2 A; 2VV8 A; 3BLS A; 3IBR A; 3MF0 A; 2EX2 A; 1K4E A; 3GVB A; 3QP2 A; 2EXA A; 2XFS A; 4OPY A; 1WA9 A; 4D60 A; 1DJC A; 3UB9 A; 4XXR A; 1L2S A; 4MCW A; 3OPL A; 2ZQ9 A; 1NYM A; 3HLG A; 4Q0J A; 2OAQ 1; 2J9P A; 3QP5 A; 3RXX A; 1PRQ A; 3LFV A; 2HV1 A; 3IWO A; 5FAO A; 3O88 A; 5HWT A; 3A0S A; 5DTK A; 2BLS A; 3NY4 A; 4UA7 A; 1P9W A; 1FSW A; 1QME A; 1CJF A; 2Q9N A; 4HH3 A; 5FA7 A; 1Q2P A; 1N9O A; 4X68 A; 4KEN B; 4HHD A; 2P9V A; 3UE1 A; 4E3L A; 3MFD A; 2BAS A; 4DE0 A; 1E25 A; 1E4D A; 5FQI A; 5HFO A; 4X53 A; 4JPM A; 4LV1 A; 3MMH A; 2Z2M B; 1W63 M; 2HJ9 C; 3KO6 A; 5FAQ A; 2DNS A; 1C3B A; 5FI7 A; 1IYS A; 1ES5 A; 2YKF A; 5EVI D; 2E8I A; 3PYP A; 2EX8 A; 2Y2H A; 3A3I A; 3G35 A; 5FEG A; 1ZG4 A; 3ZGA B; 4PMA A; 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