The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
132
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structure length |
132
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Chain Sequence |
SWQTYVDEHLMCDIEGTGQHLASAAIFGTDGNVWAKSSSFPEFKPDEINAIIKEFSEPGALAPTGLFLAGAKYMVIQGEPGAVIRGKKGAGGICIKKTGQAMVFGIYEEPVNPGQCNMVVERLGDYLVDQGM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural, Functional, and Immunological Characterization of Profilin Panallergens Amb a 8, Art v 4, and Bet v 2.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Allergen
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| source organism |
Ambrosia artemisiifolia
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| molecule keywords |
Profilin
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| total genus |
31
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| structure length |
132
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| sequence length |
132
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Dynein light chain 2a, cytoplasmic |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1D1J A; 1G5U A; 4FUW A; 1VET B; 4X1M A; 3CPT B; 3T1Q B; 1SZV A; 1PRQ A; 5FEF A; 5EV0 A; 2PRF A; 3D9Y A; 2HZ5 A; 2ZL1 A; 1VEU B; 1CF0 A; 5FEG A; 2BTF P; 4ESP A; 1SKO B; 4X1L A; 1CJF A; 2V8C A; 3T1R A; 2V8F A; 3L9K A; 3L7H A; 1FIL A; 4X25 A; 3NUL A; 3DAV A; 4D60 A; 3CHW P; 5EM1 A; 2JKF A; 2E8J A; 3NEC A; 1Y4O A; 3T12 B; 3T1S A; 3T1X A; 1FIK A; 1PFL A; 1VET A; 3LGO A; 4QWO A; 3MSH A; 3CPT A; 1YPR A; 2B95 A; 2ACG A; 3KYE A; 3UB5 P; 1PNE A; 2PAV P; 5EVE A; 5FDS A; 1K0K A; 1A0K A; 2VK3 A; 1HLU P; 1CQA A; 1VEU A; 4FTX A; 1AWI A; 2ZL1 B; 1SKO A; 3MS6 A; 3LEQ A; 1F2K A; 3U4L P; 2PBD P; 1J3W A; 5EM0 A; 1ACF A; 2JKG A; 1Z09 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G5U A; 5IT5 A; 4GS9 B; 2HP6 A; 2Y2N A; 1HVB A; 1YM1 A; 4GCZ A; 4KG2 A; 1S1Y A; 4PKY A; 3DBA A; 3MXQ A; 3GR2 A; 4BLM A; 1SZV A; 5FAP A; 2EXA A; 3C4P A; 1PRQ A; 1OTB A; 5J7E A; 5KSC A; 1KOU A; 1O7E A; 2V0W A; 1N9N A; 1IYO A; 3LR0 A; 1MWR A; 4Y17 A; 4YWZ A; 2V9A A; 2ZD8 A; 3ZG8 B; 1IYS A; 2V1A A; 1BLS A; 5CHU A; 2XRO A; 2QPN A; 4U0X A; 5G4Y A; 4IBR A; 3GQZ A; 4PM5 A; 2ZC7 A; 2WKQ A; 2M7V A; 5DTT A; 4C75 A; 2HP9 A; 5KIZ A; 3OBF A; 5J3W A; 3PR6 A; 4BBU A; 1YLW A; 1TDG A; 3S7O A; 3IBJ A; 3CPT A; 3IT9 A; 4K0W A; 2W3E A; 1MXO A; 1MKM A; 4R3J A; 2DNS A; 1U60 A; 2HV1 A; 1ESI A; 2OOL A; 2OWH A; 5CGW A; 1ERO A; 5IU1 A; 2VZW A; 3ZG9 B; 1LI9 A; 4XUZ A; 4EV4 A; 3SH7 A; 3VP3 A; 4OQ0 A; 4ME4 A; 3KX0 X; 2D02 A; 2GX5 A; 2O9B A; 4JKT A; 3IH9 A; 1I2W A; 3VP0 A; 1K55 C; 1GHI A; 3OPL A; 5DJT A; 3EWK A; 1XJ2 A; 2XA7 S; 2HDR A; 4P0M A; 3VSK A; 1YLT A; 3OOV A; 5A91 A; 2V1B A; 1BLC A; 3H82 B; 1IEM A; 2RL3 A; 4S2I A; 2NUP C; 2Y2P A; 3ITA A; 2M1C A; 4WYY A; 3IQA A; 4WF0 A; 3ZDJ A; 1UWN X; 2OLV A; 3BFE A; 5DJU A; 1XA7 A; 1XP4 A; 3CJM A; 2PRF A; 5CGS A; 1TS0 A; 3E4Q A; 2VX8 A; 4OP5 A; 3KYQ A; 4R4R A; 1TVF A; 5GLD A; 1TS7 A; 5DVA A; 4X1L A; 4NXE A; 3WS4 A; 3D72 A; 4DRT A; 1LSV A; 2P04 A; 3DTI A; 3HUO A; 2GDN A; 2L4R A; 1TS8 A; 2XK1 A; 3CZD A; 3B42 A; 4R3A A; 3VOL A; 4WMC A; 2IWB A; 3LUQ A; 1YSP A; 4LLO B; 3GEC A; 3N8L A; 4JPM A; 2PD7 A; 2P9V B; 4GNU A; 5EFW A; 4KZ3 A; 4X68 A; 4HES A; 3ZYT A; 1PNE A; 5I5L A; 1NYM A; 4ZJ2 A; 2VEA A; 2PAV P; 5E2F A; 3QP8 A; 2FFF B; 4WN5 A; 3HL9 A; 2XSS A; 5EVI A; 4HJ4 A; 3VOZ A; 3SS5 A; 4S2K A; 3FPV A; 2EWV A; 3LYX A; 2A49 A; 2X01 A; 1K56 D; 1LL5 A; 5CER A; 1CI9 A; 1KVL A; 1XKZ A; 1F2K A; 2XD1 A; 4P85 A; 3KSI A; 2ZMA A; 3IS2 B; 1YLP A; 2DMW A; 2Q9M A; 4E3J A; 3IHA A; 5L10 A; 3GV9 A; 1NWZ A; 1JTD A; 2XR0 A; 4OQH A; 2Q0O A; 4JXS A; 5AJG A; 5AQ9 A; 1PW8 A; 3O88 A; 4JBF A; 1H8Y A; 3M6B A; 1ZHH B; 3Q81 A; 4JGP A; 1NJ4 A; 1W63 M; 3MJQ A; 3KSH A; 1W79 A; 3FG8 A; 3HLC A; 3TSG A; 3HUN A; 4JF4 A; 3O5Y A; 4WL9 A; 2W27 A; 1I5Q A; 3JYI A; 2NUT C; 4H6J B; 2B18 A; 1D7E A; 3DWK A; 3RXX A; 1BT5 A; 2RCX A; 1LSW A; 4UA9 A; 1PWC A; 2ZQA A; 3IXB A; 1MKI A; 2JKF A; 2PYP A; 4ETZ A; 4HI4 A; 2FFY A; 4WZ5 A; 3W4Q A; 4LV1 A; 1ES4 A; 1ZC2 A; 3S22 A; 3DTM A; 3VV4 A; 2OAP 1; 3HLB A; 1ERM A; 5FAS A; 5FSR A; 3ZCZ A; 3IWQ A; 3UMD A; 2P7J A; 2WZX A; 4EWF A; 1PI5 A; 2G2W A; 4XT2 B; 4S2N A; 4NK3 A; 1CQA A; 2ZM0 A; 2ZM8 A; 4QJG A; 5CHJ A; 1RGY A; 5GLB A; 2XF3 A; 3LIF A; 1QMF A; 1IYQ A; 1PIO A; 2JC7 A; 1J9M A; 4Q0H A; 3ZVT A; 5DF8 A; 4M3K A; 1OTA A; 1FR6 A; 1V9Y A; 4KQO A; 2VV7 A; 4M4X A; 1JNU A; 4JF5 A; 2ZMF A; 4EER A; 5D3O A; 3T4K A; 3PBS A; 3CG5 A; 3ZG7 B; 2V20 A; 1DJB A; 3EGD C; 2IA2 A; 3VFF A; 4BQM A; 1NLY A; 3E4P A; 4O0P A; 3D9Y A; 3BFD A; 5GL9 A; 2OAQ 1; 5TFQ A; 4A5R A; 4WBG A; 3PBQ A; 1Y28 A; 2W3G A; 4R38 A; 1EW0 A; 3A3J A; 2WZZ A; 1I2S A; 1YMX A; 2JE5 A; 3BM6 A; 4PM7 A; 3MF0 A; 1OTI A; 4U3T A; 5TBM B; 1XA1 A; 4E3K A; 1D06 A; 4K0X A; 4HOI A; 3RH8 B; 4N9L A; 2ZQ8 A; 1K56 A; 3B33 A; 2UV0 E; 2K2N A; 2H0Y A; 4ZJ3 A; 3P7N A; 2GNX A; 1E3U D; 2P74 A; 3SS3 A; 1DRM A; 4LRY C; 4Y5F A; 3BLS A; 4JF6 A; 2QMI A; 1SKO A; 5CHM A; 5CEC A; 4ID4 A; 2H28 A; 3VE4 A; 3F1N A; 5HAQ A; 3SH8 A; 3NOU C; 3U4L P; 3W8K A; 3NDG A; 1NRF A; 4E3L A; 1D1J A; 4FUW A; 4KZ9 A; 5HX9 A; 1XPB A; 4NET A; 2K7S A; 3F1N B; 2QKP A; 3BFG A; 4JGQ A; 1GCE A; 3D3O A; 5AVE A; 3SZT A; 1K4F A; 2PU4 A; 2J9O A; 3G4P A; 3T4S A; 1WE4 A; 4Y0O A; 3OPR A; 2Z2M B; 4OPY A; 2VV6 A; 1BLP A; 1E4D A; 5FL3 A; 4R23 A; 3PHY A; 3DAV A; 4ZDX A; 3BEC A; 2R78 A; 3BEB A; 1JWP A; 1GSW A; 4O8G A; 1RCJ A; 3C30 A; 3EQV A; 3M2K A; 1L3L A; 1LL8 A; 1YPR A; 5CED A; 3OC2 A; 1WYC A; 2W1T B; 4R0Q A; 2DRW A; 4ZAM A; 1MWT A; 1LL9 A; 1PWD A; 1KE3 A; 2VV8 A; 2B5R A; 2ZL1 B; 5L8M A; 2FH5 A; 4IUK A; 1OPX A; 2M7U A; 1KDW A; 3UE1 A; 4DJ2 A; 3SW1 A; 4HP9 A; 3BRM A; 2XFT A; 1ZTU A; 3F1P B; 1NY0 A; 5HDS A; 3CAX A; 4FD8 A; 4WMC D; 1VM1 A; 1HD8 A; 1BYW A; 1CEF A; 1BUE A; 1ACF A; 4MLL A; 2EXB A; 5A8B A; 4KQD A; 4DF6 A; 1Z6F A; 2XGN A; 4H8R A; 3EEH A; 1NRJ A; 4E3O A; 3VSL A; 3T1Q B; 3S7N A; 4BD1 A; 4QU3 A; 3Q07 A; 3N7W A; 4GDN A; 3V3S A; 3HLW A; 4O01 A; 4B9O A; 1FCM A; 3G6O A; 4F3L B; 3OPP A; 3EEA A; 3JVU A; 4S2J A; 3MXS A; 2V1Z A; 4HQA A; 1FCN A; 3MMH A; 2PT7 A; 3T1R A; 5JYP A; 4RQ9 A; 2B02 A; 3W2Z A; 5LBR A; 1C3B A; 3UB7 A; 5HWV A; 1E3U A; 5HW3 A; 2Q9N A; 2Z6C A; 3F1O A; 4CLC D; 4D60 A; 3HCY A; 2I72 A; 1G28 A; 1NZO A; 2WYX A; 2WGI A; 4P6Z M; 3G35 A; 1TF1 A; 1L0D A; 5J8X A; 3WS0 A; 4QY5 A; 3T1X A; 3R7W A; 4OOY A; 2ZM2 A; 1OJG A; 1VET A; 3C7V A; 1KGF A; 2B95 A; 2OWJ A; 1UGU A; 2LB9 A; 4WUJ A; 3C8C A; 4BL2 A; 4E3N A; 5MC7 A; 3MZD A; 1F98 A; 4ARZ A; 5F1F A; 5FDS A; 3VOY A; 1K4E A; 3IF6 A; 5GLC A; 3LI8 A; 2V0U A; 3BW6 A; 1GHM A; 3LR4 A; 3HLE A; 4OPZ A; 5F6A A; 2IWC A; 3AGE A; 3SS4 A; 4GDB A; 4Z9Q A; 3E2L A; 4RX3 A; 1ES3 A; 3CMZ A; 1KDS A; 5EM0 A; 2PDR A; 4Y0T A; 4HJ6 A; 2J3W A; 3LFV A; 2EFU A; 3C38 A; 1JVJ A; 3KSG A; 1P9W A; 4X1M A; 4BWI A; 3CPT B; 1IEL A; 4BBV A; 3PAG A; 4I39 A; 3GSG A; 4HH2 A; 1RGZ A; 2ZC5 B; 4JXV A; 2H10 A; 1ZG6 A; 3OCL A; 3QP2 A; 5EUA A; 5HWT A; 2V8F A; 1FSW A; 2Y91 A; 2WKH A; 2XFS A; 3MFX A; 4X25 A; 4GW9 A; 3N6I A; 5CXW A; 5FI6 A; 3UDI A; 4D2O A; 5HFO A; 2WGW A; 1GSX A; 2Y2G A; 1MWU A; 2Y2K A; 3NEC A; 3H7W A; 3IX8 A; 3WRT A; 3EQU A; 1GA9 A; 4NEE D; 3VP4 A; 1M40 A; 3TE8 A; 3QP5 A; 2WKI A; 5FI2 A; 5HAI A; 5TR7 A; 2J7V A; 3CI6 A; 1ES5 A; 2EWW A; 5F82 A; 4C6Y A; 1T19 A; 3GDI A; 5A93 A; 1LHY A; 1MC0 A; 1YAX A; 5FA7 A; 4HHD A; 3GRJ A; 2FZ0 A; 1VQQ A; 2ZQC A; 4GD8 A; 3H7W B; 4C3Q A; 1P9R A; 4EBP A; 3EGX C; 2JKR M; 3UDF A; 1KE0 A; 2VGL M; 2CC1 A; 3V5M A; 4PHT A; 4RX2 A; 2EA9 A; 4P6Z S; 4HNB A; 1H8Z A; 3IBR A; 5FQ9 A; 3HJI A; 4X6T A; 4CPK A; 3LIC A; 5M1A A; 1G6A A; 4PM8 A; 3IXG A; 3Q1F A; 3OLO A; 1MPL A; 1XJ3 A; 4OP8 A; 4OON A; 4CLC A; 4U0T A; 3CUE A; 5FEF A; 3D4F A; 4F94 A; 4S2L A; 4Y15 A; 3UB9 A; 5EVI B; 4UHU A; 3G30 A; 2J9P A; 1DJA A; 1S1Z A; 5L2F A; 4DE1 A; 5IS1 A; 3HBR A; 4KG5 A; 1CJF A; 4GZB A; 2KLI A; 4MBF A; 2VKS A; 1MZU A; 4E6X A; 4DE3 A; 5FQI A; 1PYY A; 3BY9 A; 1YQS A; 3S4X A; 3BLM A; 3CHW P; 1WA9 A; 3JVV A; 4X53 A; 1H8M A; 3M2J A; 4OH0 A; 3M6H A; 3IF5 A; 5CRF A; 1FIK A; 3IHB A; 3PBO A; 4EXO A; 2PR6 A; 5HAP A; 1OT9 A; 2J3T D; 2ZQD A; 4IBX A; 5EEC A; 1RP5 A; 4ETX A; 1M6K A; 3E98 A; 4WEJ A; 2O99 A; 5FI7 A; 3V3R A; 4UQI M; 2ZBB A; 4PAU A; 1T1A A; 5K5B A; 2XRN A; 4LEN A; 4UAA A; 2BAS A; 1O07 A; 1P97 A; 2BLS A; 4PKY G; 1CK3 A; 4HIA A; 3QP1 A; 5U47 A; 2OLU A; 2KX6 A; 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4UQI S; 2W1R A; 1JTG A; 4CQH A; 3LR3 A; 4N1X A; 2Y2M A; 3FKW A; 5G18 A; 3N8S A; 3LCE A; 4EQI A; 3Q82 A; 2BG1 A; 2Z6D A; 3U2A A; 2HJE A; 3S7Q A; 1SKO B; 2JCH A; 2K31 A; 3IX4 A; 2JHE A; 3NOT C; 1W5D A; 4XXR A; 3A0R A; 4KQQ A; 3LY4 A; 4RYE A; 4LV3 A; 5CTN A; 1L2S A; 1OT6 A; 4RA7 A; 1S4R A; 3MKE A; 2WAD A; 3BYD A; 1Y4O A; 3NJA A; 2PU2 A; 3NOP C; 4QHC A; 2H0T A; 1YLZ A; 4GHI A; 1IKG A; 3MZF A; 4R6L A; 4BL3 A; 1JWZ A; 5DKK A; 5FAO A; 5HD3 A; 3S7P A; 4EUZ A; 3MR0 A; 1K55 A; 5HZH A; 4KQR A; 5DF9 A; 1XX2 A; 2R9W A; 5EVL A; 1WYB A; 4BMW A; 3LIA A; 3QP4 A; 4E3I A; 3AGD A; 4HEF A; 3WS5 A; 1W8Q A; 4S2N C; 4GOG A; 3KO6 A; 5AQ7 A; 4IJG A; 5EOO A; 5L09 A; 5A90 A; 3ZG5 A; 4MN7 A; 4LV0 A; 4IED A; 1ESU A; 3O3V A; 2OV5 A; 4I5S A; 1MBL A; 2Y2Q A; 4P6B A; 4OQI A; 3RFB A; 4UA6 A; 2PYR A; 3T4O A; 5DF7 A; 2JBF A; 2JKT M; 4BEN A; 4QD4 A; 3NI9 A; 3ZVW A; 2JN7 A; 3IXD A; 2J8Y A; 1YLY A; 4DJ3 A; 4LRX C; 4KZ6 A; 2XA7 M; 3V67 A; 5AQB A; 2A3U A; 1L0F A; 2YKH A; 2JKR I; 2V8C A; 4KZ7 A; 3UE6 A; 2D01 A; 5FQQ A; 3EOI A; 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