The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
103
|
structure length |
103
|
Chain Sequence |
MFISRHSGEGKFLFIDQRATLVIGFLPQEILGTSFYEYFHNEDIAALMESHKMVMQVPEKVTTQVYRFRCKDNSYIQLQSEWRAFKNPATSEIDYIIAKNSVF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Circadian clock protein
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| publication title |
Drosophila Melanogaster Cycle PAS-B with Bound Glycerol
rcsb |
| molecule keywords |
Protein cycle
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| total genus |
31
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| structure length |
103
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| sequence length |
103
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4HHD A; 3LIE A; 3PYP A; 3A0S A; 3RTY A; 3MJQ A; 4I3A A; 1DP8 A; 4JGR A; 2INW A; 5TBM B; 4JGO A; 4GS9 B; 2PD8 A; 3H7W A; 2W0N A; 5HD3 A; 1T1A A; 4GHI B; 4HIA A; 3F1N A; 2GJ3 A; 4LRY C; 4WUJ A; 4I5S A; 1EW0 A; 5HWW A; 3F1O A; 4NXF A; 2BAS A; 1T18 A; 1XJ4 A; 4KUO A; 5F69 A; 4XT2 B; 4E04 A; 4PKY A; 1TS8 A; 4HH3 A; 3C8C A; 3RH8 B; 2QJ5 A; 2K7S A; 4EEU A; 3SW1 A; 4R3A A; 3IS2 A; 3C2W A; 4HI4 A; 1LSV A; 1F98 A; 5DJT A; 3KX0 X; 2WKR A; 3MFX A; 1D7E A; 5HD5 A; 2A24 B; 3UB8 A; 3MQQ A; 1S4R A; 3BY9 A; 2R78 A; 3LIF A; 2VLG A; 1DP6 A; 1OTI A; 5IU1 A; 3A0V A; 3ULF A; 4WL9 A; 4NXG A; 3BWL A; 3E4Q A; 2Z6D A; 2QHK A; 2V1A A; 1OT6 A; 3ZQ5 A; 1LT0 A; 2ZOI A; 3LIA A; 4I38 A; 1BYW A; 3LID A; 5J4E A; 1D06 A; 4JGP A; 1DRM A; 5F68 A; 3H7W B; 1OJG A; 5AVF A; 1UWN X; 3F1N B; 2QWS A; 4EER A; 1T19 A; 2PR6 A; 4RQ9 A; 2PHY A; 1XJ3 A; 1T1C A; 3H82 A; 2P7J A; 3F1O B; 3LI8 A; 4EQ1 A; 4WLA A; 2L4R A; 3K3C A; 4M4X A; 4BBV A; 4MN6 A; 1UWP X; 1S1Z A; 5G4Z A; 3MR0 A; 2J80 A; 3IS2 B; 4LRX C; 5DKK A; 1T1B A; 1X0O A; 4H6J B; 1S4S A; 3NJA A; 4R70 A; 4HQA A; 1MZU A; 2ZBB A; 1P0Z A; 4EET B; 2PD7 A; 4HOI A; 1XFQ A; 4GCZ A; 3HJI A; 2V9A A; 1P97 A; 3H9W A; 3A0R A; 5DKL A; 4I39 A; 2L0W A; 3NOU C; 2JHE A; 3LI9 A; 2D02 A; 4PKY G; 3UMD A; 3LIB A; 1LL8 A; 2H28 A; 2WKQ A; 4DJ2 A; 1GSX A; 3K3D A; 3HJK A; 3G6O A; 5HZH A; 4HP4 A; 3ICY A; 1NWZ A; 4K08 A; 1V9Z A; 4HH2 A; 3UB6 A; 3F1P A; 1OTB A; 1OTA A; 4I3I A; 4R6L A; 4WF0 A; 5G4Y A; 3VOL A; 2B02 A; 2V1B A; 4B9O A; 3H82 B; 2D01 A; 3VE3 A; 4WN5 A; 1XJ2 A; 2QJ7 A; 1GSW A; 2V0W A; 1N9O A; 4EW7 A; 1S67 L; 3E4P A; 1N9L A; 3P7N A; 2V0U A; 5HWV A; 1F9I A; 4DJ3 A; 4LRZ E; 3EEH A; 1DP9 A; 4I3J A; 5HSQ A; 4EEP A; 3CLO A; 3IBR A; 3UB7 A; 1LSX A; 2VV7 A; 4F3L A; 3BY8 A; 2VV6 A; 5J3W A; 3MQO A; 1G28 A; 4NXE A; 3CAX A; 3NOP C; 3MXQ A; 4GW9 A; 3NOT C; 4KQD A; 1OJ5 A; 3NHQ A; 5HDC A; 4HY8 A; 4NXB A; 3UME A; 4LLO B; 5A8B A; 1JNU A; 1VB6 A; 1N9N A; 2KDK A; 2WKP A; 5EFW A; 3FC7 A; 2VEA A; 3LIC A; 2PYP A; 2PYR A; 4MN5 A; 2VV8 A; 5KIZ A; 1WA9 A; 1UGU A; 4HJ3 A; 1OTE A; 2JN7 A; 3GDI A; 2W27 A; 2KX6 A; 2ZOH A; 3VE4 A; 3F1P B; 5IS1 A; 2OWJ A; 5TBM A; 3LYX A; 4GS9 A; 1LSW A; 3PHY A; 1GSV A; 4YWZ A; 2I9V A; 4HJ4 A; 5HDS A; 1OT9 A; 1XFN A; 5HWT A; 1TS7 A; 4GHI A; 5F5Y A; 1TS6 A; 3CWF A; 3FG8 A; 1TS0 A; 1V9Y A; 2L1M A; 2CMN A; 4H6J A; 1XJ6 A; 5F6A A; 4L9F A; 2M1C A; 2PR5 A; 3E4O A; 2EA9 A; 3B33 A; 4HNB A; 4XT2 A; 1OTD A; 5HDD A; 5J7E A; 4F3L B; 4L9E A; 2Z6C A; 3D72 A; 1S1Y A; 4HJ6 A; 3OLO A; 2HV1 A; 4BBU A; 3UE6 A; 3UB9 A; 4HP9 A; 5DJU A; 4L9G A; 2OOL A; 2YKF A; 4BBT A; 3LUQ A; 1Y28 A; 2A24 A; 1S66 L; 1ODV A; 3EWK A; 2PDR A; 4EXO A; 5AVE A; 1KOU A; 4LPZ A; 5I5L A; 4R38 A; 3T50 A; 2YKH A; 4EES A; 2OWH A; 2QKP A; 4KUK A; 3GEC A; 4JGQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BEC A; 5FAQ A; 4X53 A; 4DRT A; 3UE1 A; 3MJQ A; 1LI9 A; 5DTS A; 1NYM A; 4Y2F A; 1DP8 A; 4JGR A; 5TBM B; 2WGW A; 5GLC A; 3ZG0 A; 4FCF A; 2PD8 A; 4WZ4 A; 1W7F A; 2Y2J A; 3VP1 A; 4E3J A; 1EWZ A; 3UE0 A; 2XGN A; 2ZM8 A; 3SZT A; 3UE3 A; 1ZKJ A; 3IWO A; 1VEU A; 4P85 A; 4R3J A; 3E2K A; 4GDN A; 4UQI M; 4X55 A; 4R4R A; 4ME4 A; 1BUE A; 3F1O A; 3RXW A; 2BAS A; 4NG2 A; 1MWR A; 4YNR A; 2W3G A; 1T18 A; 3UPP A; 1I5Q A; 3SS3 A; 2O9B A; 3Q7V A; 4HH3 A; 4N1X A; 3ZG9 B; 2O9C A; 3C8C A; 3RH8 B; 3W8K A; 2K7S A; 5KSH A; 3IHB A; 1MWS A; 4EV4 A; 4ETZ A; 4JLF A; 5CER A; 1F98 A; 1K6S A; 4CLC A; 3ZNY A; 3LCE A; 1YM1 A; 1KVL A; 2WKR A; 3N8L A; 4E3I A; 5DVA A; 3DWZ A; 1SHV A; 4N9L A; 5CEC A; 3T4Q A; 1Z09 A; 5HX9 A; 3U4L P; 1EI5 A; 3MQQ A; 4KG5 A; 4WZ5 C; 3Q1F A; 3A3D A; 5DF9 A; 4KZ5 A; 5FAO A; 4JKT A; 4BJP A; 3P98 A; 4WL9 A; 4NXG A; 3VOZ A; 1CQA A; 4CJN A; 2Z6D A; 3W4O A; 5F1F A; 2Q9N A; 3LEQ A; 1PYY A; 4E3M A; 5FDS A; 1FIK A; 3BW6 A; 4QU3 A; 1TDL A; 3QP4 A; 5LBR A; 3MQ0 A; 5TJJ A; 2E8J A; 1DJA A; 5AQ7 A; 3HUN A; 3VSL A; 2PU2 A; 4KZ4 A; 1UWN X; 2LB5 A; 2ZMF A; 2KOI A; 4RQ9 A; 1XJ3 A; 3O5Y A; 1U60 A; 5CGS A; 1HLU P; 3IXD A; 3K3C A; 2ZMA A; 2QZ6 A; 1FR6 A; 1CI8 A; 4BEN A; 3VP0 A; 1TD5 A; 3HLE A; 3M2K A; 5CHU A; 3TE8 A; 2ZQ9 A; 4WBG A; 5DKK A; 2QPN A; 5MC7 A; 2Y79 A; 3GV9 A; 4HES A; 4R70 A; 2HP5 A; 3N8R A; 4B93 A; 4EET B; 5CGW A; 4HOI A; 4ZDX A; 4JXV A; 4GCZ A; 2Y2Q A; 1SZV A; 1E25 A; 4S2N C; 2P74 A; 3I7J A; 1W63 Q; 2EX8 A; 3M6B A; 1ESU A; 1N4O A; 1RCJ A; 3QHY A; 4PMA A; 3VP3 A; 4MBK A; 4C75 A; 3S7P A; 3IXH A; 1LL8 A; 1P9R A; 4XUX A; 2H28 A; 3KSI A; 4DXC A; 1E4D A; 1IOU A; 3MZE A; 4NET A; 4KEN B; 5GHZ A; 3BLM A; 1FCO A; 3HCY A; 3NUL A; 1NWZ A; 3VOY A; 1BUL A; 2WAE A; 1V9Z A; 4HH2 A; 3QP8 A; 3EGD C; 3GR2 A; 1Y4O A; 3S4X A; 3F1P A; 1OTA A; 2WKE A; 2ZMV A; 4DMZ A; 5M19 A; 3P01 A; 5EEC A; 5TGF A; 2V1B A; 1K6R A; 1XJ2 A; 3O87 A; 1MPL A; 1VET B; 3G4P A; 4Y0T A; 1IYS A; 2VA0 A; 1MC0 A; 1Q2Q A; 4OLG A; 1S67 L; 3E4P A; 1YSQ A; 3P7N A; 2W3H A; 2V0U A; 2EX9 A; 1DP9 A; 1FCM A; 4E3O A; 4PHT A; 1CEF A; 3IBR A; 4R0Q A; 3UB7 A; 1LSX A; 2VV7 A; 3QP6 A; 4QY5 A; 4F3L A; 3VP4 A; 3LY4 A; 1SKF A; 4G3W A; 2A3U A; 1IEL A; 1G28 A; 4PM5 A; 3CAX A; 3NOP C; 1N9B A; 4GW9 A; 3MXS A; 2X02 A; 4IED A; 2WUQ A; 5A8B A; 5I94 A; 3WS4 A; 2DMW A; 1JNU A; 1KGF A; 2WAD A; 3U2A A; 2KDK A; 1YLW A; 5EFW A; 1K55 C; 3FC7 A; 5A90 A; 3MBZ A; 2HDQ A; 3SH7 A; 4KZB A; 3S7O A; 3ZVW A; 4RX2 A; 5FI2 A; 2P9V B; 3AGF A; 4C6Y A; 2ZQ7 A; 3DWK A; 2JN7 A; 3GDI A; 5HAI A; 3KO6 A; 3VE4 A; 3MS6 A; 3LYX A; 1IYO A; 3HUO A; 4DE2 A; 3PHY A; 4WYY A; 4P6Z M; 1GSV A; 1E3U A; 1NRF A; 1DJC A; 4MEZ A; 1GA0 A; 1LL5 A; 1NLZ A; 3IF5 A; 3CUE C; 3LR4 A; 2Y91 A; 3HBR A; 2EFU A; 4R3B A; 5HPI A; 2PR5 A; 4O8G A; 3C30 A; 4D60 A; 3C7U A; 2XK1 A; 3S22 A; 2V8C A; 4XT2 A; 3IF6 C; 5L07 A; 2XRO A; 4A5R A; 5J7E A; 5FEG A; 1LLB A; 4FOF A; 2Z6C A; 1D1J A; 1HTZ A; 4HJ6 A; 4QHC A; 2JKF A; 2ZC6 B; 4S2L A; 5FQI A; 1BLP A; 2XD1 A; 4KZ6 A; 3UE6 A; 2DCF A; 3PBQ A; 4BBT A; 5L10 A; 1MXO A; 2J9O A; 3SH8 A; 4OPZ A; 3V3S A; 1L0D A; 2G2W A; 4X6T A; 4EXO A; 2X01 A; 1KOU A; 4LPZ A; 4OOY A; 5I5L A; 2HDU A; 3T50 A; 3L7H A; 2W3D A; 3CI6 A; 4OVD A; 1YPR A; 1YLJ A; 3N7W A; 5FI7 A; 4Q0I A; 2H5S A; 3LIE A; 4PM9 A; 1KVM A; 3RTY A; 3A0S A; 1I2S A; 4Q0J A; 2P08 A; 1PNE A; 2WZZ A; 2INW A; 3PXP A; 4GJ4 A; 4GS9 B; 2RL3 A; 1ES2 A; 1XA1 A; 3BJN A; 3H7W A; 2W0N A; 1K55 A; 3SS5 A; 1NXY A; 1T1A A; 4GHI B; 3F1N A; 2OSU A; 2XFT A; 3BFC A; 4I5S A; 1G6O A; 3N8S A; 1YSP A; 1IEM A; 2IWC A; 3V3R A; 4KUO A; 3QP2 A; 3T1X A; 4PKY A; 4WEK A; 4P6B A; 1KDW A; 3IF6 B; 2EFX A; 3CPT A; 1NLY A; 4EEU A; 5FDH A; 1G5U A; 1ALQ A; 1MKI A; 3SOI A; 2EWV A; 4HI4 A; 2EX6 A; 4IHQ A; 2DRW A; 1LSV A; 1ERM A; 3PBR A; 5DF7 A; 3ZG8 B; 1SKO B; 1WYB A; 2M7V A; 3KYZ A; 3MFX A; 2EX2 A; 3WS0 A; 4ESP A; 5J8X A; 3C38 A; 3M6H A; 3WWX A; 4R23 A; 2A24 B; 3UB8 A; 3VFH A; 1MBL A; 4KQO A; 3B3X A; 4U0X A; 3LIF A; 2ZM0 A; 4K91 A; 3FKW A; 1OTI A; 5IU1 A; 3A0V A; 2DNS A; 3VP2 A; 4Y0U A; 2QMI A; 3E4Q A; 5JYP A; 5DTT A; 3A3F A; 5CHM A; 2QHK A; 3LR5 A; 2Z2M B; 4X69 A; 3HLB A; 1KGE A; 4UAA A; 1OT6 A; 1FOF A; 1LT0 A; 4OQH A; 3IX8 A; 3S7Q A; 1BSG A; 3LIA A; 4JF4 A; 4ZJ1 A; 3FV7 A; 2WGW B; 5FAP A; 5EE8 A; 4LV3 A; 5F68 A; 1KDS A; 4RX3 A; 1F2K A; 1OJG A; 1JWV A; 1ERO A; 1PRQ A; 1ZG6 A; 2J3W A; 1ERQ A; 2XDM A; 1ZHH B; 3GQZ A; 1PW1 A; 2P04 A; 2W1T A; 3NCK A; 2QWS A; 4EER A; 3UN7 A; 1BZA A; 2PR6 A; 2XA7 M; 4JF6 A; 1VEU B; 4IVI A; 3H82 A; 3F1O B; 4KZ3 A; 3OCN A; 4U3T A; 3LI8 A; 3ZVT A; 4PM8 A; 3P09 A; 3PAG A; 4JF5 A; 3AGD A; 2EXA A; 3Q7V B; 2HJ9 C; 2A2L A; 3DTE A; 5D3O A; 1W5D A; 3UDF A; 3WS5 A; 2G7U A; 5G4Z A; 2V1Z A; 2J80 A; 4YOF A; 3MKF A; 4CLC B; 2ZD8 A; 5E2F A; 1X0O A; 2XFS A; 2G2U A; 3OZH A; 1DY6 A; 5FEF A; 1YQS A; 2VKS A; 4HQA A; 3FPW A; 4ARZ A; 3S1Y A; 2XSS A; 2PD7 A; 1QME A; 1K25 A; 1ESI A; 1PFL A; 2C5W B; 3IWQ A; 1H5X A; 4AFI A; 1PWD A; 3UPO A; 1K38 A; 2HZ5 A; 1QMF A; 2J8Y A; 5M18 A; 2D02 A; 1XPB A; 4PKY G; 1XX2 A; 3A3J A; 1SCW A; 4QB8 A; 3LIB A; 4BD1 A; 4U0T A; 2J9P A; 2V8F A; 4QWO A; 1YLP A; 2AVX A; 5HZH A; 3B47 A; 4HP4 A; 3KYE A; 1CK3 A; 1E3U D; 3ICY A; 3JVV A; 4MLL A; 4N1H A; 4K08 A; 4E6W A; 2JKR I; 1A0K A; 4KQQ A; 3IH9 A; 3IH8 A; 3SS4 A; 3K2N A; 4XXR A; 1OTB A; 3IXG A; 5E2H A; 3GMW A; 4B4Z A; 1FIL A; 5G4Y A; 4O01 A; 1GA9 A; 4FTX A; 3JPU A; 3MXR A; 2IA2 A; 2X71 A; 4UQI S; 5FQM A; 4E3N A; 4DE3 A; 1K56 A; 2QJ7 A; 1JTG A; 3CZD A; 2V0W A; 4ZJ2 A; 2WGV A; 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5EM0 A; 2Q9M A; 2GNX A; 2ZQA A; 2VX8 A; 4QD4 A; 4KG6 A; 3IHA A; 1C3B A; 3ITB A; 3CHW P; 2H0Y A; 4EES A; 5A91 A; 2OWH A; 5FSR A; 3GEC A; 1Y54 A; 4HHD A; 3G32 A; 3PYP A; 4QJG A; 2XLN A; 4I3A A; 1MKM A; 3OC2 A; 4OH0 A; 3CJM A; 4WEL A; 4LGW A; 4KG2 A; 2GZA A; 3DTK A; 3OPR A; 5G18 A; 5K5B A; 5HD3 A; 5HL6 A; 4IUK A; 1G68 A; 4LRY C; 1F5M A; 4WUJ A; 4Q0H A; 3D9Y A; 2NUT C; 4CLC E; 4X1M A; 1XGI A; 5DFX A; 2J7V A; 1JWZ A; 1J9M A; 1XJ4 A; 4X25 A; 2JKT I; 5F69 A; 1LL9 A; 4XT2 B; 4E04 A; 4BWI A; 2FFY A; 3LR3 A; 1KE4 A; 2UV0 E; 1TDG A; 2QJ5 A; 4PAU A; 5TR7 A; 4OOL A; 3SW1 A; 5GLD A; 1JTD A; 2Y8H A; 2WAF A; 3IS2 A; 3C2W A; 4ZBE A; 2PAV P; 5F82 A; 2PT7 A; 4S2J A; 3KX0 X; 1VQQ A; 4FD8 A; 2HGV A; 2W1R A; 3IQA A; 3SH9 A; 5EVE A; 1CI9 A; 1YKD A; 5CTN A; 1PZO A; 4IJG A; 1D7E A; 1H8Y A; 2ZL1 A; 4KZ9 A; 3OPP A; 3BY9 A; 2R78 A; 3L9K A; 3TW8 A; 3IBJ A; 2Y59 A; 2VLG A; 4K0W A; 3T1Q B; 4PM6 A; 3NC8 A; 3Q82 A; 1NJ4 A; 2J3T D; 3MFD A; 1Q2P A; 3PR6 A; 3ZGA B; 3V5M A; 2V2F F; 2V1A A; 4LV2 A; 1O7E A; 3PBS A; 2XH9 A; 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