5GHY | Genus

Total Genus 91

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	DDFAKLEEQFDAKLGIFALDTGTNRTVAYRPDERFAFASTIKALTVGVLLQQKSIEDLNQRITYTRDDLVNYNPITEKHVDTGMTLKELADASLRYSDNAAQNLILKQIGGPESLKKELRKIGDEVTNPERFHPELNEVNPGETQDTSTARALVTSLRAFALEDKLPSEKRELLIDWMKRNTTGDALIRAGVPDGWEVADKTGAASYGTRNDIAIIWPPKGDPVVLAVLSSRDKKDAKYDDKLIAEATKVVMKALN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__602954504712582__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__602954504712582__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5GHY/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__602954504712582__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"602954504712582","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5GHY/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__602954504712582__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus licheniformis
publication title	Crystallographic Snapshots of Class A beta-Lactamase Catalysis Reveal Structural Changes That Facilitate beta-Lactam Hydrolysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-lactamase
total genus	91
structure length	256
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.5.2.6: Beta-lactamase.
pdb deposition date	2016-06-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00144	Beta-lactamase	Beta-lactamase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.710.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Beta-lactamase	DD-peptidase/beta-lactamase superfamily	5ghyA00

1E25A 1DJBA 1MY8A 5CRFA 4EBLA 4RX2A 4EWFA 4NK3A 5A93A 2WUQA 3O86A 3G35A 1FR6A 2A3UA 3RJUA 4IVIA 3ZFZA 4XUZA 5FQIA 4N1HA 2PU2A 4E3JA 4FCFA 5DTKA 1PIOA 4GD6A 5EVID 1ES2A 4S2PA 4WMCD 3ZG5A 1W8QA 4L0LA 1SHVA 2Z2MB 3NI9A 4KZ4A 2QPNA 3S4XA 1GHPA 1PWCA 1PYYA 5CERA 4OH0A 3SH8A 3W4OA 1ZG4A 2HDSA 2ZQDA 4MLLA 1JWVA 1I2WA 3VOZA 1ONGA 1K56A 2I72A 3ZGAB 4HESA 1K57A 1KGFA 4OLGA 2UWXA 4U3TA 5F83A 1IYQA 1CEFA 3HLEA 5EUAA 5DF7A 4EUZA 5FQQA 1MKIA 2V20A 3GMWA 4N9KA 4KG5A 4BL3A 5BOHA 5HL1A 1H5XA 2G2WA 3DWKA 1JVJA 3LCEA 3VP1A 4OOLA 3VP2A 1GHMA 5FAOA 4A5RA 4BD0A 1YLTA 1E4DA 3PAGA 3SS4A 4DKIA 1LI9A 4KZ5A 1L0EA 3BLSA 4S2JA 3V3RA 2IWBA 1L0GA 5FATA 3SH7A 1RGYA 1FQGA 4D2OA 2WKEA 2OSUA 1Q2QA 1IELA 3HLCA 3N8LA 1G68A 4LCLA 1MWUA 1YLPA 1LI0A 2RL3A 2WYXA 3FKWA 4IBRA 4KZ3A 3DTMA 1Y54A 2IWCA 1EROA 1W8YA 4JXSA 5FDHA 2J9OA 4GD8A 3WRTA 4DXBA 1KGEA 1Z6FA 2C6WB 3ITBA 4R4RA 3GTCA 3MXRA 4RVAA 1OMEA 5HARA 1N9BA 1K55A 1PZPA 4ZJ3A 1RCJA 4E3LA 3S22A 5FQ9A 5CTNA 3ZG0A 5E2EA 3IWQA 5U47A 4N9LA 1YLJA 4QJGA 3FWLA 3ZG7B 4OPZA 2Y2NA 3QNBA 1BLCA 4JF4A 2P9VA 1GHIA 2JC7A 2Y2GA 4UA9A 3VOYA 3BLMA 5AQ9A 3V5MA 3OCNA 2QZ6A 4UA7A 4OP5A 3O87A 5EVIB 4GOGA 3HREA 4BD1A 4OP8A 2Y2JA 1HTZA 4CPKA 2B5RA 3GRJA 4QU3A 3VFHA 4P0MA 4E3MA 4WZ4A 3MZDA 3O3VA 3QHYA 4IVKA 2ZM2A 4M3KA 5AQ7A 1PWGA 4KQOA 5E2FA 4DRTA 5TFQA 5HFOA 2XK1A 3UDFA 3AGEA 4Z9QA 3NC8A 3C5AA 3GR2A 3V3SA 4XXRA 2P74A 4GN2A 2EX9A 3OPHA 5EPHA 3IF6C 2Y2LA 1EI5A 1ESUA 4YINA 5KZHA 1DJCA 3N8RA 5HAIA 1ZKJA 2ZD8A 1VM1A 3SOIA 3MZEA 4LCMA 1IYOA 2Y2MA 1YM1A 5FQKA 5A91A 3WS4A 4Y0TA 4R4SA 1FSYA 3WS2A 5E2GA 3UO9A 3LY4A 4S2NC 2WADA 2ZM8A 4DDSA 4X53A 3VSKA 1PW1A 2X01A 4C75A 3ITAA 3C4PA 1ES4A 5EECA 5G18A 1KE4A 2Y91A 3BEBA 4U0TA 3IF6B 3UN7A 5CHMA 3ZCZA 5M1AA 3HLDA 5E43A 1IKIA 1M6KA 4KZ8A 1IKGA 3MKEA 3IH8A 3VP0A 4K0XA 2PBYA 2RCXA 3HVFA 4KG2A 5CHJA 4HEFA 3B3XA 2ZQAA 4OOMA 3RXXA 5EOEA 2JCHA 1BSGA 2X02A 2Y2OA 1ERMA 5CEBA 4MBKA 1TDLA 1IYPA 2XEPA 4JXGA 5GHYA 4OQHA 4X56A 4MEZA 4LV0A 1LHYA 2EX6A 1G6AA 3RXWA 1BUEA 3E2LA 3Q1FA 4JBFA 3LEZA 2H0YA 3BFDA 4OPRA 3ZNYA 2XFTA 5EVIA 1QMFA 1BULA 3HLFA 3OPLA 3Q82A 4LV3A 4OVDA 4WELA 2HDRA 3G32A 1FCMA 4GDNA 1JWPA 3UDXA 3N4IA 1L0DA 3VP3A 1FCNA 5CECA 4FD8A 1I2SA 2Z2LB 4KZ9A 4PPRA 3PBSA 4LV2A 3PBTA 1PI4A 1HVBA 4FH4A 1L2SA 1O7EA 2VGKA 2XGNA 5CTMA 4OQIA 4FSFA 4PM9A 5D3OA 2ZLYA 4C6YA 1M40A 5FAQA 3Q81A 4E6XA 2HDUA 1ES3A 3DW0A 1YQSA 2OV5A 1KE0A 2H5SA 5DVAA 4X55A 5AQBA 2IWDA 1QMEA 5A92A 2GDNA 3ZVTA 4QY5A 4OQ0A 3UPNA 3A3DA 4F94A 5CGSA 2HP5A 2Q9NA 1ESIA 1NJ4A 4OQGA 4E3OA 4R23A 3OPRA 2OLVA 4DE3A 4WM9A 5M18A 3V50A 1RGZA 1K56D 3BFFA 5EVIC 1MBLA 2CC1A 4DDYA 1DY6A 5IHVA 3GSGA 2Y2QA 2Y2IA 3M2KA 3OZHA 3IF6A 4KQQA 2X71A 3PBQA 5A90A 1LL5A 4KZBA 5CXWA 4K91A 3SS5A 3MFDA 1TDGA 4RYEA 5J8XA 4WZ5A 4E3KA 2C5WB 1PWDA 4KZ6A 3ZG9B 3G30A 2WKIA 2V1ZA 4ZBEA 5L2FA 3ZG8B 4BL2A 2ZM0A 2WZXA 2XF3A 3P98A 1W7FA 2Y55A 4PM5A 3DWZA 5CGXA 1WE4A 3OC2A 4S2NA 1LL9A 3FYZA 3MBZA 4KQRA 2XDMA 1K6RA 1YLYA 3NIAA 5TR7A 3HUNA 5KSHA 4CJNA 3HLBA 4WEJA 3Q07A 4R0QA 4JXWA 3CJMA 3E2KA 4JF6A 1KDWA 2ZQCA 2XD1A 5FQJA 1JTDA 1K25A 3M6BA 5DTSA 1L0FA 1K6SA 3O88A 3PBOA 1HZOA 1K38A 3BRMA 3G31A 3HBRA 4KG6A 3PBNA 3TSGA 4DE0A 4YFMA 3BFEA 1H8ZA 3NDEA 3BECA 3I7JA 3OCLA 1C3BA 1YLZA 1S0WA 1PW8A 5GL9A 5KMWA 4ID4A 4PMAA 4S2IA 4WZ5C 2JBFA 1XX2A 2EX2A 3TG9A 2PU4A 4R3JA 3WRZA 1E3UA 1K4EA 2J7VA 4EQIA 2A49A 2J9PA 2EXAA 1AXBA 3IH9A 1ALQA 3NY4A 3G34A 4JPMA 3S1YA 3BM6A 4ZTKA 2ZC7A 2WZZA 1SCWA 2WAEA 4NETA 1NZUA 2ZC4B 1O07A 3A3IA 4JLFA 1JTGA 1XGIA 1JWZA 4QHCA 4S2KA 2JE5A 4JXVA 3JYIA 2HP6A 4LENA 1MWSA 1WYBA 2BG1A 2Q9MA 5HW3A 3IQAA 5GHXA 4WEKA 4RA7A 4P87A 1CEGA 4GZBA 1SKFA 5TGFA 2ZC6B 3ZHHA 5DF9A 1MPLA 1NYMA 2R9XA 3Q7VB 1BLPA 2Y2PA 1CI8A 1N4OA 4ZJ2A 3A3FA 4GDBA 1KDSA 2DCFA 1BLHA 1IYSA 3A3EA 1EWZA 4OPQA 4U0XA 4DE2A 5KSCA 3VP4A 1KGGA 1ZC2A 4WMCA 1GA0A 4WBGA 4GKUA 2DRWA 1ZG6A 2Y59A 1YMXA 4Y0OA 5HX9A 5M19A 3N8SA 2WGVA 5FA7A 5GLDA 5FASA 5F1FA 3WS5A 4R1GA 4PM7A 1GCEA 5FI6A 3IF5A 4MBHA 1S6RA 3IXHA 4UAAA 4IBXA 4IEDA 2XFSA 3LY3A 2DNSA 2R9WA 4QB8A 5HAPA 4E3IA 2WKHA 3W4PA 4HBUA 3FZCA 5GLBA 5GHZA 1YLWA 1DJAA 2ZQ7A 3ISGA 2WGWB 1FSWA 1IEMA 3IWOA 5JYPA 1PI5A 4X6TA 5F1GA 5EE8A 4LV1A 4XUXA 3ZNTA 5CHUA 3UPOA 2QMIA 1BTLA 3UY6A 3G4PA 1I5QA 3W8KA 2E8IA 4S2LA 3G2ZA 1CI9A 3VFFA 1BZAA 2VGJA 1BT5A 2BLSA 1XPBA 1SDEA 1NXYA 4BQMA 4EV4A 1K4FA 1PZOA 2WGIA 2Y2HA 4X69A 4EBPA 4E3NA 3GQZA 1CK3A 3OPPA 4Y7PA 3Q7ZA 2HPBA 2HP9A 4C3QA 5DTTA 3UE3A 1W5DA 3V39A 3NBLA 4S2MA 5GLCA 3UDIA 1ES5A 5E2HA 1TEMA 1XP4A 1GA9A 2WAFA 5FQMA 4RX3A 3HLGA 3IHBA 1K54C 1KVLA 3M6HA 3PTEA 4KZ7A 4DE1A 5FSRA 4DF6A 5FI2A 3Q7VA 1ONHA 2EFXA 3N7WA 2FFYA 2XH9A 2XQZA 3AGFA 3IXBA 4E6WA 5JYOA 4EBNA 3A3JA 1W79A 3BFGA 3M2JA 1NY0A 4JKTA 5EOOA 3G2YA 3FV7A 4R3BA 3MXSA 3UE0A 2FFFB 3HLWA 3TOIA 3BYDA 3IXDA 4OONA 3UE1A 4BLMA 1WYCA 4WYYA 4HBTA 4FH2A 4GNUA 3MKFA 5CGWA 5I94A 4S2OA 1K57C 1ERQA 2ZMAA 1MWRA 3LO7A 2Y2KA 4MNRA 5GLAA 1MXOA 3IHAA 4Q8IA 1XGJA 3CMZA 1BLSA 3HUOA 1H8YA 3VMAA 5HAQA 2ZC3B 1FR1A 4PM6A 4QY6A 3PBRA 1TVFA 1YT4A 2H10A 3SH9A 3WWXA 1XXMA 3NDGA 4OKPA 3C4OA 4UHUA 4ZJ1A 1HD8A 2V2FF 2WGWA 2WK0A 3EQUA 1KE3A 3PAEA 2ZC5B 2HDQA 1FOFA 4OPYA 3HUMA 1U60A 4P85A 3UNWA 2G2UA 2ZQ8A 3NCKA 5FI7A 3C7VA 2OLUA 3AGDA 5CEDA 3VSLA 3N6IA 3CG5A 1J9MA 1FCOA 1SDNA 3FKVA 4DXCA 2Y4AA 4QD4A 2H0TA 4KENB 5EVLA 3IXGA 4K0WA 4X68A 3P09A 1K55C 3ZVWA 3IT9A 4PM8A 4O7DA 4MBFA 4GB7A 4N92A 2XR0A 1NRFA 1Q2PA 3GVBA 1E3UD 2EX8A 2J8YA 4N1XA 5FAPA 1NZOA 1KVMA 4UA6A 4B4ZA 4B4XA 4BJPA 5DF8A 3HL9A 4H8RA 2ZQ9A 1VQQA 3MZFA 3CZDA 3UPPA 3WS0A 4B88A 1NYYA 5F82A 1YMSA 3QNCA 3W4QA 4Y0UA 3C7UA 4P6BA 3WS1A 3SS3A 3D4FA 3GV9A 2XLNA 4JF5A 1XA1A 1XKZA 5AQAA 1XA7A 3IWIA 4ZDXA 2EFUA 2XD5A 3ZDJA 4BENA 3BFCA 1RP5A 2EXBA 4ZAMA 1MWTA 3EQVA 4KZAA 1LLBA 2ZJ9A 4OLDA 4OOYA 2P9VB 1K54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1PRQA 4EWFA 2KOIA 4NK3A 1FR6A 3RJUA 4BBVA 2PU2A 4E3JA 1PIOA 3MS6A 5EVID 4IUKA 1SHVA 3NI9A 4KZ4A 1PWCA 1ZG4A 3SZTA 2B95A 1JWVA 3FG8A 1K56A 5F83A 3BQAA 5DF7A 2V20A 3GMWA 1H5XA 3VP1A 1JVJA 3LCEA 4OOLA 4YWZA 1E4DA 4X1MA 1LI9A 3PHYA 4KZ5A 3L9KA 4S2JA 5FATA 3CUEA 4LCLA 1MWUA 1YLPA 2RL3A 2WYXA 1VHMA 1Y54A 4DXBA 2J9OA 3CPTA 3IBJA 4RVAA 3LGOA 3BWLA 1K55A 3S22A 5E2EA 3K3DA 2W1TA 4P6ZS 3IWQA 1YLJA 3FWLA 2JC7A 2Y2GA 3LIBA 4UA9A 5J4EA 3V5MA 4I3IA 4OP5A 3MJQA 4BD1A 3LIEA 1V9ZA 1DP9A 5HFOA 3NOTC 3C5AA 5DFXA 4P6ZM 3OPHA 5EVEA 5IT5A 1EI5A 4GCZA 3G6OA 3R4KA 5HSQA 4I39A 1DJCA 4LCMA 5FQKA 1YM1A 5A91A 4NXGA 2WADA 4LRZE 4X53A 3VSKA 3ITAA 3C4PA 3DBAA 5I5LA 5EECA 5G18A 4U0TA 2EA9A 3UN7A 3IF6B 5CHMA 3HLDA 1IKIA 5HDSA 4KZ8A 5AVEA 3C8CA 3IH8A 4K0XA 4HEFA 3B3XA 4OOMA 1BSGA 1TDLA 1IYPA 3L7HA 1YKDA 3RFBA 3RXWA 4IHQA 3E2LA 3LEZA 3ZNYA 1BULA 4OVDA 4WELA 3G32A 4GHIB 1JWPA 4EEUA 3UDXA 4MN7A 1N9OA 1FCNA 4LRYC 1I2SA 1PI4A 3CHWP 2PHYA 2ZMFA 1UGUA 1M40A 5FAQA 4BBTA 3DW0A 4LLOB 1KE0A 2H5SA 2J3WA 4L9EA 5HDDA 4Y3IA 5A92A 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1ERQA 2ZMAA 1MWRA 2V8FA 2B02A 5DKKA 2ZC3B 1FR1A 4PM6A 3KSGA 3NDGA 4WL9A 2WK0A 3EQUA 3PAEA 2HV1A 2HDQA 3NCKA 2QKPA 5FI7A 1F2KA 3AGDA 2W3DA 3N6IA 3CG5A 1J9MA 1FCOA 3FKVA 4NXBA 3ZVWA 3CITA 4BWIA 4MBFA 4GB7A 3BQ8A 4Z1WA 3EGXC 4N1XA 4ME4A 1KVMA 4B4XA 5DF8A 3HL9A 1KOUA 1VQQA 4LRXC 3GV9A 4JF5A 5HWVA 1XA7A 3IWIA 2XD5A 2W1TB 2VLGA 3FPVA 1MWTA 4KZAA 1LLBA 2ZJ9A 3EGDC 4OOYA 1K54A 1MY8A 3UB8A 2QJ5A 4Y5FA 4IVIA 3K2NA 3ZFZA 2A24A 3C2WA 5DTKA 3KX0X 4GD6A 3ZG5A 4L0LA 2QPNA 3S4XA 5CERA 4CLCA 3W4OA 2I9VA 2HDSA 3VOZA 1ONGA 1K57A 1KGFA 2HJ9C 4OLGA 3HLEA 3DWKA 4A5RA 1XJ3A 4BD0A 2Y8HA 1L0GA 3SH7A 4EXOA 4D2OA 3LI8A 1IELA 4DJ2A 3KSIA 3FKWA 1LI0A 4IBRA 4KZ3A 3RTYA 4FOFA 2IWCA 4JXSA 1W8YA 3WRTA 2Q0OA 4GD8A 1Z6FA 5DJTA 3ITBA 3GTCA 1DP8A 5HDCA 2BTFP 5FQ9A 2L0WA 5U47A 3LFVA 5FEFA 4QJGA 3ZG7B 4OPZA 2P9VA 4GS9B 2LB9A 5AQ9A 4PHTA 4YNRA 3O87A 4GOGA 1Z09A 4OP8A 4CPKA 4WZ4A 3CLOA 1PWGA 1P0ZA 2VKSA 2OAP1 2BASA 2P74A 4XXRA 2EX9A 2Y2LA 1XFNA 1MKMA 3QP1A 2FZ0A 2OAQ1 5KZHA 5HAIA 1ZKJA 3KSFA 4Y2FA 3MZEA 1F5MA 1IYOA 2Y2MA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5GHYA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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