The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
NCSKIHLSTKLLAVDFPAHFVKSISCQICEHILADPVETSCKHLFCRICILRCLKVMGSYCPSCRYPCFPTDLESPVKSFLNILNSLMVKCPAQDCNEEVSLEKYNHHVSSHKESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the RAG1 dimerization domain reveals multiple zinc-binding motifs including a novel zinc binuclear cluster.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
RAG1
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| total genus |
30
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 1997-01-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00097 | zf-C3HC4 | Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) |
| A | PF10426 | zf-RAG1 | Recombination-activating protein 1 zinc-finger domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Classic Zinc Finger |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IDA A; 2EOZ A; 1DGC A; 5FEY A; 1X4I A; 3RPG C; 1T1H A; 5D1M B; 1VD4 A; 4GND A; 2WBT A; 1A1F A; 4CCG X; 3HCT A; 4R2Q A; 1WEP A; 2G6Q A; 5B77 A; 2FUU A; 4B86 C; 3ZTG A; 2MNZ A; 2YTQ A; 5LCW B; 2M3H A; 2DRP A; 2EM8 A; 1VFY A; 1FP0 A; 2EL4 A; 2F42 A; 4V3K C; 5KL6 A; 3ZPV E; 3HCU A; 2MUM A; 2EMG A; 4XI1 A; 4YBM A; 2M9A A; 2RI7 A; 3SOU A; 1Z60 A; 1ZBD B; 1B69 A; 1ZAA C; 2XEU A; 3ZVZ B; 1A1G A; 1BB8 A; 1A1H A; 1KJK A; 2ECG A; 2RSI A; 4NN2 A; 3N9M A; 2PUY A; 5H9M A; 2EPA A; 2L0B A; 3LRQ A; 1X4J A; 2CSH A; 2VPB A; 1WEQ A; 2EOS A; 2LCE A; 2HDP A; 2VPG A; 4R7E A; 3SHB A; 3SOW A; 1WEN A; 4F52 B; 1WEE A; 2ZET C; 2EMI A; 3HCS A; 2YU5 A; 3M62 A; 4YAT A; 3O70 A; 1K2F A; 3N9O A; 3O34 A; 5KH9 A; 2KRE A; 2F6N A; 2EOX A; 2YRH A; 4I7C A; 2YW8 A; 2YHN A; 2DLQ A; 2EM6 A; 2NAB A; 4L7X A; 5FB1 A; 3C6W A; 4IC3 A; 2EPP A; 5AIT A; 1ZR9 A; 2YSO A; 2MKN A; 2VPE A; 3SOX A; 4WZ3 B; 1AAY A; 2MIQ A; 2LN0 A; 2JMD A; 4YAB A; 5KL2 A; 5D1K B; 4UP0 A; 2VPD A; 2YRM A; 2LGG A; 2YTI A; 2ECI A; 3DQV R; 5G04 B; 4AUQ B; 1MM3 A; 3EB6 A; 3MHH C; 5B78 A; 2YTJ A; 2EOM A; 2AN6 A; 3O7A A; 4R2R A; 2EOD A; 4YBS A; 4V3L C; 2G43 A; 2KGG A; 1F62 A; 4B7Y C; 4FJC A; 4F6N A; 4X9J A; 1G2F C; 2G45 A; 2K1J A; 1ZU1 A; 2KWK A; 2YU4 A; 2ENA A; 2HGH A; 1A1I A; 1A1K A; 2E72 A; 2FUI A; 1F2I G; 2ADR A; 2C2L A; 2FSA A; 2VRD A; 5FER A; 4F2J C; 5KH7 A; 3HTK C; 2YTG A; 4FO9 A; 4R2S A; 2EMZ A; 1TF3 A; 3N9L A; 2EOJ A; 1RMD A; 2EN1 A; 1YSA C; 4YAX A; 5B76 A; 5H1T A; 1WIM A; 3EPK A; 2QJ0 A; 3KV5 A; 2RSD A; 1X6E A; 2LV2 A; 2EMW A; 4GNF A; 5H1V A; 2LQ6 A; 2LV9 A; 4YC9 A; 1XWH A; 2YRE A; 2KU3 A; 2EM2 A; 2EM5 A; 1LDK C; 2KR4 A; 2VP7 A; 4L58 A; 2YSP A; 4IJD A; 2JMJ A; 2J7J A; 2EA6 A; 2EQ3 A; 2QIC A; 5LKX A; 3EPH A; 2LT7 A; 3N9Q A; 1LLM C; 1WEW A; 4PPE A; 2EN8 A; 2E6R A; 4S3O C; 4IS1 C; 5AIU A; 3ZNI A; 5TDR A; 3U5M A; 4BBQ A; 5D1L B; 5B79 A; 2EMF A; 4AVX A; 2KFT A; 2D9H A; 2YTF A; 2EMY A; 4FK5 A; 1Z2Q A; 1UBD C; 5TBN A; 2LDR A; 2EQ0 A; 3EPL A; 2L5U A; 3RTR B; 1WFK A; 2KIZ A; 2NAA A; 2EPU A; 1X3C A; 2DX8 A; 3ZPV 1; 3N9P A; 2EOI A; 2KWJ A; 2EM3 A; 4I7B A; 2M1R A; 1HYJ A; 2EN4 A; 2EOQ A; 4LAD B; 2YYR A; 5DKA A; 2EJ4 A; 5I3L A; 5G0F A; 4A0C D; 1JM7 B; 5LKT A; 5KL5 A; 2KYU A; 5H1U A; 1WEV A; 2EGP A; 2BAY A; 4Q6F A; 1G25 A; 2GHF A; 3U5O A; 3PUQ A; 4WZ2 A; 1X5W A; 1X6F A; 1VYX A; 4LJN A; 2ECV A; 2EOY A; 2MD7 B; 3T7L A; 2MA5 A; 5C11 A; 3ZVY A; 1JM7 A; 1LDJ B; 3VK6 A; 4WSG A; 2PRT A; 2L75 A; 3LQI A; 3ZYQ A; 1MEY C; 3N9N A; 2ELY A; 2XB1 A; 5KL3 A; 5KL7 A; 2M85 A; 3L1Z B; 2LXH C; 2DGC A; 2I50 A; 5FB0 A; 2HYE D; 1WEU A; 4AP4 A; 3MHS A; 4O64 A; 4I7D A; 4GNG A; 1WEM A; 1X6H A; 1HYI A; 2EPZ A; 2K16 A; 2EE8 A; 5B8D A; 3FL2 A; 2WCC 3; 3NG2 A; 3GV4 A; 3PUR A; 1X4U A; 4A4C A; 3C5K A; 2EM9 A; 2CKL B; 2R1F A; 3RPG B; 1IYM A; 1BBO A; 2JP9 A; 4M9V C; 2L43 A; 4P5O B; 4R2C A; 2YQL A; 3EB5 A; 4ZDT A; 4W4U A; 2LO3 A; 3VHT B; 2EMK A; 5LKU A; 4AYC B; 3ASL A; 3O37 A; 1V87 A; 2CTD A; 4UP5 A; 2CKL A; 2EN3 A; 3LQH A; 2Y1M A; 1E4U A; 2EN2 A; 2MT5 A; 2ECJ A; 4LK9 A; 2I13 A; 3KQI A; 4LKA A; 4CA1 A; 2OXQ C; 4AYC A; 4N3W A; 2EM0 A; 1UN6 B; 3UK3 C; 5B75 A; 4F6M A; 2Y43 A; 2KWN A; 2EMB A; 2WBS A; 2YSJ A; 4R2E A; 1WES A; 4QF3 A; 2KWO A; 2YHO A; 2MDG A; 1A1J A; 2LVH A; 1WIL A; 2KE1 A; 1JK1 A; 4A4B A; 1Z6U A; 2EM4 A; 2K4D A; 5J3X A; 2C2V S; 3M99 B; 2Y1N A; 4LLB A; 2EL5 A; 1FBV A; 4GNE A; 5G05 B; 2EOO A; 4MVT A; 2KGI A; 2K17 A; 4WA6 A; 2JPA A; 2ENH A; 2H0D B; 3EPJ A; 2EMH A; 2VJE B; 1YUJ A; 3M99 A; 2MNY A; 2YSM A; 1BOR A; 2QIZ A; 3QZV A; 3KNV A; 1N87 A; 2LGV A; 3L1X A; 2EMC A; 3T6R A; 1DVP A; 2YQM A; 4YAD A; 4R2A A; 2VNF A; 2YTN A; 2ECT A; 2ECN A; 2ECW A; 2YRK A; 2H0D A; 2YUC A; 1P47 A; 2VJE A; 4GB0 A; 2YTP A; 2YTE A; 2L80 A; 3I2D A; 2JRJ A; 3L11 A; 1JOC A; 1WEO A; 3MHH A; 4FK5 C; 2EPC A; 2EMA A; 1WE9 A; 3M63 A; 2EOR A; 3O35 A; 2CSZ A; 4A49 A; 2EOH A; 1TN9 A; 2ENC A; 5JG6 A; 5TDW A; 1U6G B; 2YUR A; 4QF2 A; 2MD8 C; 2MA6 A; 2BB8 A; 4R2D A; 1A1L A; 2M6M A; 2F6J A; 2EL6 A; 2ELZ A; 5KH3 A; 4TKP B; 2D8S A; 3V43 A; 3O33 A; 1WGM A; 2EQ1 A; 2PNX A; 2CT2 A; 1Z1B A; 3KV6 A; 4FIP A; 4ZUX U; 1MM2 A; 2DMI A; 2MKD A; 1CHC A; 4IC2 A; 2LGL A; 1NCS A; 2EM7 A; 2YU8 A; 2EPR A; 2UZG A; 2CT1 A; 4BHW A; 2EPX A; 1TF6 A; 2RPC A; 4S3O B; 4UI9 B; 4PTB A; 3U5N A; 3GL6 A; 2LRI C; 5KL4 A; 2DLK A; 2EOE A; 2EML A; 3U5P A; 2YTD A; 4WZ0 A; 2CSY A; 2YTO A; 2EN7 A; 4R2Y A; 2WBU A; 3MHS C; 5DIN A; 3DPL R; 4C9Z A; 5TAB A; 2LGK A; 2EN6 A; 2VJF B; 2A25 A; 5EYA F; 5TRB A; 1G2D C; 5LKZ A; 1YUI A; 5C13 A; 4R8P K; 2E6S A; 2LXP C; 2YT5 A; 4ZQL A; 2EOF A; 1JK2 A; 2EP3 A; 3O36 A; 3IHP A; 4YBT A; 1WJP A; 2EMX A; 4R2P A; 4X3G A; 4GZN C; 2GLI A; 3LQJ A; 2VJF A; 4MSX A; 3PHD A; 2JMI A; 4N4F A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FD4 A; 4Z0R A; 2IDA A; 2EOZ A; 2L92 A; 1DGC A; 5FEY A; 1X4I A; 2JUN A; 1T1H A; 5D1M B; 1VD4 A; 3RPG C; 2UXC E; 4GND A; 2WBT A; 1A1F A; 1IBK E; 4LU9 A; 4CCG X; 4O24 A; 5A6B D; 3HCT A; 4R2Q A; 1N34 E; 3J80 C; 1WEP A; 2G6Q A; 3E2D A; 5B77 A; 4YHH E; 2FUU A; 4B86 C; 3ZTG A; 4DR1 E; 5AE1 A; 2V89 A; 2MNZ A; 1EH8 A; 2YTQ A; 5LCW B; 2M3H A; 4BBY A; 1I94 E; 2EM8 A; 1VFY A; 1FP0 A; 2XOC A; 2LUP B; 2EL4 A; 2DRP A; 4ZYH A; 2F42 A; 4V3K C; 5KL6 A; 3ZPV E; 4NXM E; 1T4O A; 2UXB E; 3HCU A; 1L4S A; 2MUM A; 2EMG A; 3LML A; 4XI1 A; 4YBM A; 2XP0 A; 3C6M A; 4DV1 E; 2M9A A; 2RI7 A; 3SOU A; 1GQE A; 2L3C A; 2FFW A; 1Z60 A; 1ZBD B; 1B69 A; 1ZAA C; 2XEU A; 2YWQ A; 1YYK A; 2Q8U A; 4Q28 A; 3ZVZ B; 2JYA A; 4P7D A; 2UUA E; 1A1G A; 5F3W A; 1A1H A; 1BB8 A; 1KJK A; 2ECG A; 2RSI A; 4NN2 A; 3N9M A; 2PUY A; 2KOU A; 2L7P A; 4AQY E; 5H9M A; 2EPA A; 2L0B A; 3LRQ A; 3F6G A; 1X4J A; 1YYW A; 4HTG A; 2CSH A; 2VPB A; 1WEQ A; 2E1M A; 2EOS A; 2LCE A; 2HDP A; 3BBG A; 4ZYD A; 4NXN E; 2VPG A; 4R7E A; 3SHB A; 3SOW A; 2EPL X; 1WEN A; 4F52 B; 1UHZ A; 2KON A; 1WEE A; 1GTK A; 2ZET C; 4QQ4 A; 3HCS A; 2EMI A; 4JI3 E; 2YU5 A; 3M62 A; 4TUG A; 4YAT A; 3O70 A; 1K2F A; 3JTZ A; 4DR3 E; 1DI2 A; 3N9O A; 3O34 A; 5KH9 A; 2KRE A; 2F6N A; 4HEI A; 2EOX A; 2YRH A; 4I7C A; 2YW8 A; 2YHN A; 2DLQ A; 2EM6 A; 2NAB A; 1RC7 A; 4L7X A; 5FB1 A; 2LBS B; 5IXM B; 3C6W A; 3MSW A; 2RS7 A; 4IC3 A; 2EPP A; 5AIT A; 1ZR9 A; 2YSO A; 2MKN A; 3JU0 A; 5AC5 A; 2VPE A; 2WZO A; 3SOX A; 3KZY A; 4WZ3 B; 1AAY A; 2MIQ A; 4LFB E; 4JI8 E; 2LN0 A; 2JMD A; 4YAB A; 5KL2 A; 5D1K B; 4H9D A; 4UP0 A; 1ZBT A; 1X48 A; 4P78 A; 1HNZ E; 2VPD A; 2L8T A; 2YRM A; 2LGG A; 2YTI A; 2UU9 E; 2ECI A; 1UIL A; 3DQV R; 5G04 B; 4AUQ B; 1MM3 A; 3EB6 A; 4LFA E; 3MHH C; 2VQE E; 5B78 A; 2B9D A; 3LJU X; 2YTJ A; 2EOM A; 1EH7 A; 2AN6 A; 3O7A A; 4R2R A; 1N33 E; 2EPK X; 2RTX A; 2EOD A; 4YBS A; 4V3L C; 1BBG A; 2G43 A; 2KGG A; 1F62 A; 2EXU A; 4J8Z A; 2YVR A; 4B7Y C; 4FJC A; 4JI7 E; 4F6N A; 2NA2 A; 3DJW A; 1T4N A; 4X9J A; 2G45 A; 2K1J A; 1ZU1 A; 1G2F C; 5SVY A; 1SR9 A; 2KWK A; 4NHR A; 2MC6 A; 3ADL A; 4K0K E; 2YU4 A; 2ENA A; 2UXD E; 2HGH A; 1A1I A; 1A1K A; 2E72 A; 2B7V A; 3VYY A; 2N3G A; 2FUI A; 1F2I G; 2ADR A; 2C2L A; 2FSA A; 2VRD A; 5FER A; 4F2J C; 5KH7 A; 3HTK C; 2YTG A; 4FO9 A; 2KKY A; 4R2S A; 4I8O A; 2D8U A; 2RR4 A; 2LJH A; 4X64 E; 2EMZ A; 1EH6 A; 1TF3 A; 3N9L A; 2EOJ A; 1RMD A; 2EN1 A; 4OGE A; 4GEQ B; 2FV4 B; 1YSA C; 3THN A; 4YAX A; 2KKX A; 5B76 A; 1WIM A; 5H1T A; 3EPK A; 2QJ0 A; 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