The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
147
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sequence length |
453
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structure length |
453
|
Chain Sequence |
MINVSDLTQKLPEGSNAGVIAKNINQNQIIADYNGSTFMLPASTQKVFTAVAAKLALGDQFQFETALLSNGKIQNGNLDGNLIVSFTGDPDLTRGQLYSLLAELKKQGIKKINGDLVLDTSVFSSHDRGLGWIWNDLTMCFNSPPAAANIDNNCFYAELDANKNPGEIVKINVPAQFPIQVFGQVYVADSNEAPYCQLDVVVHDNNRYQVKGCLARQYKPFGLSFAVQNTDAYAAAIIQRQLRKLGIEFNGKVLLPQKPQQGQLLAKHLSKPLPDLLKKMMKKSDNQIADSLFRAVAFNYYKRPASFQLGTLAVKSILQKQGIRFGNSILADGSGLSRHNLVAPKTMLSVLEYIAKNEDKLHLMETFPIAGVDGTISGRGGLISPPLVKNVIAKTGSLKGVYNLAGFMTNARGEKVAFVQFINGYSTGDLESKTKRAPLVQFERNLYNELYKY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/antibiotic
|
| molecule keywords |
Penicillin-binding protein 4
|
| publication title |
Crystal structures of penicillin-binding proteins 4 and 5 from Haemophilus influenzae
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Haemophilus influenzae
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| total genus |
147
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| structure length |
453
|
| sequence length |
453
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.4.16.4: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase. |
| pdb deposition date | 2009-06-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; | D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4E3N A; 2XD5 A; 1TEM A; 4KZ4 A; 2XF3 A; 1PI4 A; 2ZQC A; 5E2F A; 4DRT A; 2WKI A; 1IEL A; 1XA1 A; 3ITA A; 3BFF A; 5FI2 A; 3Q07 A; 2QMI A; 4XXR A; 3O87 A; 2QPN A; 5E43 A; 1NJ4 A; 3G30 A; 2XQZ A; 2ZJ9 A; 4BL3 A; 1K56 D; 1TDG A; 3C7V A; 4PM7 A; 4KZ5 A; 5EOE A; 3HUN A; 3HLC A; 4K0W A; 4KG5 A; 5FAP A; 2H5S A; 1XPB A; 1E3U A; 1NZO A; 4KG6 A; 2J9O A; 4X55 A; 3SH9 A; 4KQQ A; 4R23 A; 3G4P A; 1FOF A; 3QHY A; 4RYE A; 1LHY A; 4X68 A; 1YLW A; 3FV7 A; 2ZM8 A; 3E2L A; 4JF4 A; 4GOG A; 4KQR A; 3VOZ A; 5KMW A; 3B3X A; 3M6H A; 3UE0 A; 5F1G A; 3IH8 A; 4OQH A; 4Q8I A; 1DJC A; 4FCF A; 1ERO A; 1LL5 A; 5FAT A; 1K55 A; 3IXD A; 5A91 A; 5GLB A; 2IWB A; 2XFS A; 3ZNY A; 2V2F F; 4UA7 A; 5EOO A; 2WK0 A; 2EX9 A; 4KZB A; 2Z2M B; 4Y7P A; 4JF6 A; 1BLP A; 1W79 A; 2WGW B; 2DRW A; 1HVB A; 3Q82 A; 1YLZ A; 3HLG A; 4KZ3 A; 5TR7 A; 2ZQD A; 3IF6 B; 4R0Q A; 3FKW A; 2PU2 A; 2A49 A; 2JBF A; 4HBU A; 1NY0 A; 5CHU A; 4U0X A; 3SS5 A; 1CK3 A; 1YMX A; 4R1G A; 3AGE A; 5CHM A; 1ESI A; 3IWI A; 5L2F A; 3UE3 A; 1ES5 A; 1PZP A; 5HAQ A; 3ZG8 B; 3A3J A; 4CJN A; 4QD4 A; 1FCM A; 4E3L A; 5A93 A; 1BTL A; 3C5A A; 3WRZ A; 4A5R A; 4NK3 A; 2EX8 A; 3A3E A; 3IH9 A; 3JYI A; 4PPR A; 4RVA A; 3ZDJ A; 4C6Y A; 4PM5 A; 3WS5 A; 5DTT A; 1E3U D; 1K57 A; 1PIO A; 5EVI A; 5HL1 A; 3TG9 A; 2JCH A; 4N9L A; 1EWZ A; 4S2L A; 1MKI A; 2Z2L B; 3VFH A; 3HRE A; 4LCM A; 2HP5 A; 3WS0 A; 1L0E A; 4WEJ A; 4OOY A; 1IKG A; 2WGV A; 5EPH A; 2XDM A; 2XR0 A; 1XA7 A; 3VSK A; 4K0X A; 4LEN A; 4ZJ1 A; 1XGI A; 2IWD A; 4B4X A; 1K4F A; 4ZDX A; 4BJP A; 3N8S A; 3PBT A; 4O7D A; 4RX3 A; 5EEC A; 5A92 A; 3BFG A; 1YLY A; 5F82 A; 1BT5 A; 2OLU A; 2VGK A; 3HLW A; 1MXO A; 3HUO A; 1BUL A; 1KVM A; 3HLE A; 1XXM A; 4C3Q A; 4PMA A; 3ZHH A; 1W5D A; 3IHA A; 3IXB A; 3GQZ A; 5F1F A; 2VGJ A; 5GHZ A; 1J9M A; 3BFE A; 3DWZ A; 3PAG A; 1K38 A; 3EQU A; 4S2I A; 3VP2 A; 2IWC A; 1ESU A; 2ZM2 A; 4WM9 A; 2Y2H A; 3OC2 A; 3SS3 A; 1IKI A; 3I7J A; 4MLL A; 4B88 A; 1M40 A; 3IWQ A; 4KZA A; 2WAD A; 3A3F A; 1HTZ A; 1ZC2 A; 1YM1 A; 3HUM A; 4GDB A; 4S2P A; 4DDY A; 3UDI A; 4GDN A; 3E2K A; 2J8Y A; 3V5M A; 5EVI D; 1L0D A; 1FR1 A; 1TVF A; 2XK1 A; 2Y2M A; 2H10 A; 5JYO A; 4S2O A; 1XGJ A; 5HAR A; 4DF6 A; 3NI9 A; 3LEZ A; 4WMC A; 3Q1F A; 3OCL A; 5E2E A; 2C6W B; 1XKZ A; 2XH9 A; 3ZG7 B; 3ZG9 B; 1CEF A; 1I2S A; 4ZJ2 A; 3ZNT A; 3CJM A; 4JXW A; 1MWR A; 3ZG0 A; 5EE8 A; 5GLC A; 3OPL A; 2ZQA A; 1K55 C; 4OQ0 A; 3VFF A; 4K91 A; 4WZ5 A; 1NZU A; 1QMF A; 2A3U A; 3IT9 A; 4S2M A; 5CEB A; 1MWT A; 2P9V A; 4E6W A; 3ITB A; 1DY6 A; 3G2Y A; 3NIA A; 4R3B A; 1IYO A; 1IEM A; 2V1Z A; 4U0T A; 3AGF A; 3S22 A; 1PWD A; 2X71 A; 4OPQ A; 3PTE A; 4QU3 A; 2Y59 A; 4JLF A; 5HFO A; 3GTC A; 5CEC A; 3DW0 A; 1KDS A; 1L2S A; 3ISG A; 1YMS A; 3PBN A; 1PWC A; 1YLP A; 4FH4 A; 2HDU A; 2WYX A; 2Y4A A; 4P6B A; 4N1H A; 3DTM A; 3PBR A; 5A90 A; 4Z9Q A; 1BZA A; 2XEP A; 2FFF B; 2Q9M A; 1GCE A; 5CGW A; 1PWG A; 2C5W B; 3N8R A; 1BLH A; 2GDN A; 5FQK A; 3MKF A; 2BLS A; 5E2H A; 4EV4 A; 1NXY A; 1LI9 A; 5DVA A; 3N6I A; 4JXV A; 4BQM A; 1IYS A; 5CED A; 3GV9 A; 3WWX A; 2EFX A; 4KZ6 A; 4EBL A; 2V20 A; 1ALQ A; 1MBL A; 4M3K A; 2X01 A; 1K57 C; 1S6R A; 2R9W A; 4GD8 A; 4WMC D; 5EVI C; 4P0M A; 4OLD A; 1MPL A; 2Y55 A; 4OKP A; 4OPR A; 5DF8 A; 3G34 A; 5FQQ A; 3UDX A; 2XD1 A; 2EFU A; 4JF5 A; 2HDR A; 4OVD A; 3HBR A; 1Y54 A; 2WUQ A; 1HZO A; 2ZC4 B; 5TGF A; 4BEN A; 4S2N A; 4MEZ A; 4UA6 A; 2OLV A; 4OPZ A; 5M19 A; 3LY4 A; 4BD1 A; 5U47 A; 4OH0 A; 5DF9 A; 4DE1 A; 1KE0 A; 2OV5 A; 1FR6 A; 3CMZ A; 1KE3 A; 1PZO A; 2DCF A; 3OPP A; 5M1A A; 3MZF A; 3W8K A; 3BFD A; 3D4F A; 4QY6 A; 2HP6 A; 4PM9 A; 4XUZ A; 3EQV A; 5KZH A; 2PBY A; 2ZQ7 A; 5EVL A; 3GVB A; 4HEF A; 5EVI B; 4OP5 A; 3QNB A; 1E25 A; 1HD8 A; 1K6S A; 2EX6 A; 3IF6 A; 5CER A; 4OOM A; 3G32 A; 3RXW A; 1JVJ A; 3SS4 A; 2ZQ8 A; 1H8Z A; 3UPN A; 4E3O A; 3FKV A; 3MXR A; 4OOL A; 2HP9 A; 1WE4 A; 3RXX A; 3WRT A; 3NC8 A; 1TDL A; 2H0T A; 1W8Y A; 2EX2 A; 3W4Q A; 4U3T A; 3O3V A; 1K6R A; 1K54 A; 4DDS A; 1ZKJ A; 2R9X A; 4IVI A; 4PM8 A; 5HW3 A; 1MWS A; 5FI7 A; 1PI5 A; 3BFC A; 4DE3 A; 2BG1 A; 4R4S A; 4OP8 A; 2WGI A; 2XGN A; 1KE4 A; 1FCO A; 5CXW A; 2HDQ A; 4ZJ3 A; 3FZC A; 3ZVT A; 1I5Q A; 2WZZ A; 1JWP A; 5FA7 A; 4EWF A; 1VM1 A; 3PBO A; 2ZC5 B; 4EUZ A; 3IQA A; 1RP5 A; 3NCK A; 3G35 A; 3C4O A; 3WS1 A; 1BLS A; 3S1Y A; 3VP0 A; 3UDF A; 3UO9 A; 4EBP A; 3A3D A; 3N8L A; 1BLC A; 4KZ8 A; 2ZQ9 A; 5FI6 A; 4WZ5 C; 1W7F A; 3Q7Z A; 3BEC A; 4IBX A; 4QY5 A; 1FQG A; 3IXG A; 2ZD8 A; 3RJU A; 4BL2 A; 3GRJ A; 4DE2 A; 1EI5 A; 3OPH A; 5JYP A; 3NY4 A; 1U60 A; 4GB7 A; 3P09 A; 4JBF A; 3MZE A; 1CEG A; 4R3J A; 3SH7 A; 5TFQ A; 4QJG A; 2Q9N A; 3C4P A; 1PW8 A; 4R4R A; 4Y0U A; 3BLM A; 4KG2 A; 3HLF A; 1K56 A; 3GMW A; 3P98 A; 1OME A; 4OPY A; 4ZBE A; 3M2K A; 4KQO A; 3HVF A; 2ZMA A; 5CHJ A; 2XLN A; 4E6X A; 3NDG A; 3HLB A; 2Y2O A; 3M2J A; 4GN2 A; 4JPM A; 1GHM A; 5CGX A; 2H0Y A; 1IYQ A; 3UE1 A; 4NET A; 4UHU A; 1PW1 A; 1VQQ A; 2Y2K A; 1ES4 A; 5D3O A; 1H8Y A; 2Y2N A; 3BM6 A; 3PBQ A; 1JTG A; 2P9V B; 4X56 A; 1MY8 A; 4EQI A; 3VOY A; 5FQI A; 3MXS A; 5GHX A; 4FH2 A; 5M18 A; 1E4D A; 2E8I A; 1DJA A; 1K4E A; 3FYZ A; 4X6T A; 1CI9 A; 3IF5 A; 4LV1 A; 5GL9 A; 4EBN A; 4JXG A; 3UPP A; 1DJB A; 1LL9 A; 3V3R A; 3Q7V A; 1JWV A; 2ZM0 A; 5EUA A; 3A3I A; 3GSG A; 2JE5 A; 1GA0 A; 4S2N C; 3AGD A; 3SOI A; 5FAS A; 1W8Q A; 5HX9 A; 3N7W A; 1WYB A; 3BEB A; 5CTM A; 4DXB A; 2UWX A; 3VSL A; 1Z6F A; 3MFD A; 3G31 A; 3MKE A; 3CG5 A; 4JKT A; 3V50 A; 3ZGA B; 4OLG A; 5HAI A; 2Y2J A; 4DXC A; 1AXB A; 5J8X A; 1ZG6 A; 1FCN A; 1YLT A; 1RCJ A; 3W4O A; 4LV0 A; 2EXA A; 5CGS A; 4S2K A; 2RCX A; 4GNU A; 3VMA A; 1GHP A; 4YFM A; 3IF6 C; 1LI0 A; 1LLB A; 1JWZ A; 2CC1 A; 3BLS A; 3SH8 A; 4OON A; 3QNC A; 3V3S A; 3ZFZ A; 4P87 A; 1G68 A; 1K54 C; 3OCN A; 4RX2 A; 2HPB A; 5FQM A; 5DTS A; 2ZC6 B; 5CTN A; 5FQJ A; 4N1X A; 2WKE A; 4ZTK A; 4IBR A; 4WZ4 A; 4D2O A; 1KGE A; 2Y2Q A; 1G6A A; 3UY6 A; 1C3B A; 1SKF A; 4LV3 A; 2WAE A; 5GLA A; 1ES3 A; 1SDN A; 5G18 A; 1QME A; 1SDE A; 3HL9 A; 2HDS A; 3IXH A; 4CPK A; 1ERM A; 1ERQ A; 1ES2 A; 1KGG A; 4FSF A; 2WGW A; 3LO7 A; 1FSY A; 3UNW A; 3M6B A; 5DF7 A; 4KZ7 A; 1IYP A; 3OZH A; 1NYM A; 3VP3 A; 3N4I A; 2J7V A; 4MNR A; 5E2G A; 2ZC3 B; 3VP1 A; 1KGF A; 3MBZ A; 4IED A; 5CRF A; 4F94 A; 3ZVW A; 1Q2Q A; 4GD6 A; 3IHB A; 4MBK A; 4HES A; 2Y2G A; 1YLJ A; 1I2W A; 4L0L A; 4E3M A; 2OSU A; 1ONH A; 2FFY A; 4QHC A; 5GHY A; 3W4P A; 1XX2 A; 3PBS A; 3LCE A; 4XUX A; 5BOH A; 3O86 A; 2I72 A; 4QB8 A; 4N9K A; 1PYY A; 3MZD A; 2QZ6 A; 5F83 A; 2ZLY A; 4KEN B; 3BRM A; 2PU4 A; 4LV2 A; 4E3K A; 2G2U A; 1YT4 A; 5I94 A; 2EXB A; 5AQA A; 1O07 A; 3O88 A; 5AQB A; 1BSG A; 4E3J A; 4E3I A; 4P85 A; 2Y2P A; 1BUE A; 3TSG A; 1KDW A; 3NDE A; 5FDH A; 4B4Z A; 4KZ9 A; 3UN7 A; 4GZB A; 3VP4 A; 5KSH A; 1KVL A; 2WZX A; 3S4X A; 4N92 A; 4DE0 A; 4PM6 A; 5GLD A; 1NRF A; 4UAA A; 2Y91 A; 3LY3 A; 1RGY A; 3GR2 A; 5FAQ A; 3ZCZ A; 1O7E A; 1L0F A; 3FWL A; 4WEK A; 4YIN A; 4BD0 A; 4C75 A; 3G2Z A; 3ZG5 A; 5FQ9 A; 4MBF A; 2J9P A; 3C7U A; 1YQS A; 3IWO A; 2JC7 A; 1CI8 A; 4FD8 A; 1MWU A; 4H8R A; 5HAP A; 1H5X A; 2RL3 A; 1K25 A; 4OQI A; 1WYC A; 1Q2P A; 2ZC7 A; 3CZD A; 4GKU A; 3TOI A; 4IVK A; 5FAO A; 1N4O A; 1N9B A; 4RA7 A; 2B5R A; 4ZAM A; 3NBL A; 3WS4 A; 1NYY A; 4BLM A; 1JTD A; 4MBH A; 4LCL A; 4Y0T A; 2WKH A; 1S0W A; 3Q81 A; 3HLD A; 5DTK A; 5KSC A; 3PAE A; 5AQ9 A; 4WYY A; 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