The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
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sequence length |
276
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structure length |
276
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Chain Sequence |
PIELPPTYITPYPEISAGGNGTYRGQDLSSGQSFPRGMQNPVATVLLLQGDLYCSPNCLATFQDQARRDSFGIQSKVALKTFAAADQREAEGRDLRTAYNEIATDIGRSQQINENIIKYPPGNHVLSGGLMTPFHALAHGMFGLGAPLTFPIQNVGLNVDIRGIPDVMNVIQSARPVGTSSLDVNFAYDVGKDSNASWLTLGNITLRLVGTIDKNASGAWTFSGEIRAFNDVYDANPSNHRGWLGENLTSLLSAVPFTSYSIEIPGSLPVTVSGNL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of the Lipid II-degrading Bacteriocin Syringacin M Suggests Unexpected Evolutionary Relationships between Colicin M-like Bacteriocins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Bacteriocin
|
| molecule tags |
Antimicrobial protein
|
| source organism |
Pseudomonas syringae pv. tomato
|
| total genus |
78
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| structure length |
276
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| sequence length |
276
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14859 | Colicin_M | Colicin M |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Porin | Porin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DA3 A; 4FZM A; 4N58 A; 4G76 A; 4N59 A; 2XMX A; 3DA4 A; 4FZL A; 4FZN A; 4G75 A; 2XTQ A; 2XTR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KBB A; 4E0D A; 2G5I B; 5AIA A; 1B4F A; 4JUZ A; 1L5U A; 4RT3 A; 1HEK A; 3RAX A; 4QWD A; 4FRT A; 4GCQ A; 2MNH A; 4QNL A; 2ES6 A; 9ICI A; 3GDX A; 5DG8 A; 2AGQ A; 4CF4 A; 3IM1 A; 1L3U A; 2GWS A; 3NGD A; 3ISC A; 1N5W A; 7ICN A; 2K8C B; 2YPV A; 5CEH A; 2VA2 A; 3F5E A; 1ZQS A; 4PHD A; 2Y1J A; 4JK1 A; 1ZQH A; 3NJT A; 2KK0 A; 9ICW A; 3PGS A; 5KG1 A; 3C2K A; 1LKY B; 4DSJ A; 3NRZ A; 2EZY A; 3WU2 O; 3RJH A; 5AKX A; 1KKX A; 3D2N A; 5B66 U; 4GC6 A; 2HHU A; 1KQQ A; 4PL2 A; 5AM4 A; 4FO6 A; 3HIL A; 3WI5 A; 3PRN A; 2Z7J A; 1YT3 A; 2LFU A; 5AFU K; 2LI6 A; 2E1E A; 4GXI A; 1N2X A; 4KR8 A; 9ICK A; 3HW9 A; 1ZHX A; 5EE3 A; 4RNN A; 3WK8 A; 4G9B A; 4Y2V A; 4KLE A; 1K1Q A; 4BX9 C; 4B9V A; 3QYP A; 3QRA A; 4Y2Q A; 4F4B A; 4GCS A; 2P66 A; 2KTQ A; 4E1S A; 1UA0 A; 1BPD A; 3TQ1 A; 2MRL A; 5KFA A; 2KZ7 B; 1WUD A; 4MF8 A; 5AM3 A; 8ICO A; 7ICT A; 1WCN A; 2Y7S A; 7ICH A; 4KLM A; 3L4P A; 4B9S A; 3V7J A; 4Y2P A; 8ICZ A; 3H0L B; 4F91 B; 4O3M A; 3UPG A; 4DQQ A; 5DB6 A; 3HX0 A; 4GIB A; 3RRH A; 1ZD4 A; 1X6J A; 1ZQV A; 3BDP A; 1Q3U A; 1SKR A; 4NLB A; 8ICY A; 5DQG A; 4M2Y A; 3HT3 A; 4F5P A; 2JH7 A; 2LHT A; 4F4X A; 1OUQ A; 5EE2 A; 1T4G A; 3PQS A; 1ED1 A; 2KFN A; 3F2B A; 2LYB A; 2FI1 A; 4C8L A; 5J0O A; 2G0A A; 1UA1 A; 4ED0 A; 4DLE A; 3Q8Q B; 1ZHT A; 1UT8 A; 4CF5 A; 5J2G A; 1NJW A; 1S10 A; 3SEN A; 2KXP B; 4UAU A; 2F77 X; 2ODJ A; 4RL9 A; 2BDU A; 4M6W A; 3OSN A; 1SZP A; 2CRX A; 4N58 A; 2HOF A; 4TUR A; 5HP4 A; 2DKX A; 1S9F A; 3MC1 A; 4I2G A; 4I2H A; 3B9J A; 3SAF A; 1MPF A; 5F3X B; 4Z6F A; 3RJK A; 4DQI A; 1Z19 A; 4UAZ A; 1URJ A; 2NO5 A; 2V4Q A; 1X42 A; 2DQN B; 1ARO P; 1CEZ A; 4DL5 A; 5CRX A; 3EZ5 A; 1BPY A; 2G06 A; 3D2Q A; 1IIP A; 3WKE A; 2YY6 A; 2BHN A; 4KLO A; 1IG6 A; 3QU4 A; 2BCU A; 4QZC A; 2WHE A; 2HVH A; 3SI8 A; 8PRN A; 1RZT A; 3SQI A; 4FQE A; 2QAR A; 3A0H O; 2VA3 A; 5J2C A; 5KL1 B; 2DL0 A; 2VAN A; 1TK8 A; 3T79 A; 1NK7 A; 3PY8 A; 2KG5 A; 2Y0L A; 1VJ5 A; 1ZQX A; 3PST A; 3GQC A; 3VY9 X; 4NM1 A; 2K4I A; 5TIS U; 4RQ6 A; 1H6S 1; 4PUX A; 2BZF A; 2E5S A; 2RP5 A; 4KLL A; 3NS1 A; 3MR6 A; 4ECT A; 9ICO A; 2W81 C; 5ALK A; 1Y88 A; 4DFM A; 4O4X A; 4DQR A; 2FMQ A; 7ICR A; 1Z00 B; 2BPF A; 2XY5 A; 5ALW A; 9ICS A; 2OHF A; 3VCB A; 3SYZ A; 2CPR A; 3TFS A; 3PR5 B; 8ICL A; 3MBY A; 2FPM A; 1ZQJ A; 2L5Y A; 4RQ4 A; 2KSO B; 2Y9U A; 2VJ4 A; 1THQ A; 2XY6 A; 5KAF O; 4UB8 U; 3DEE A; 2XC9 A; 3V6K A; 3PW4 A; 3LK2 B; 1K5O A; 2XE3 A; 5J29 A; 1UHU A; 1LB2 B; 3BS0 A; 1RYU A; 1XSL A; 4KIT B; 3IG8 A; 4J9S A; 5J2E A; 1L3S A; 1FIQ A; 1X9W A; 4QIW C; 2FLL A; 1YZ6 A; 3AA7 B; 7ICV A; 1SZH A; 9ICC A; 5JU5 A; 5IIJ A; 2K8B B; 2C2R A; 8ICJ A; 4Y2J A; 1AQ6 A; 8ICC A; 5H2F U; 2PMZ C; 3BQ1 A; 4O3Z A; 1TK5 A; 3KTQ A; 4GLX A; 3C5O A; 2IOH A; 2W8L A; 1QJ9 A; 3HWB A; 1FO4 A; 1RQN A; 4JFB A; 3OSP A; 9ICQ A; 5KFX A; 2ASJ A; 2JMG A; 4KLU A; 1X40 A; 3C29 A; 5AKY A; 1KEJ A; 3ED5 A; 2GLE A; 1V9P A; 1QJP A; 5HR7 A; 3POU A; 4QZD A; 3SV4 A; 4KLI A; 4Y2X A; 3IN5 A; 1Q8K A; 7ICQ A; 1T3Q A; 3UAQ A; 3JPR A; 2VJ5 A; 9ICA A; 5DL6 A; 2W03 A; 4NM2 A; 5BPC A; 2K60 A; 1SWV A; 4YXJ A; 1WCL A; 4KMU A; 1SB3 C; 4XRH A; 1HUZ A; 3PNC A; 5GTH O; 4O3P A; 5EWE A; 2NRZ A; 1ZOL A; 3MDC A; 4KLS A; 2FPL A; 2DGZ A; 4FE3 A; 4EX7 A; 5A0L A; 2ZTC A; 3PGU A; 4DOB A; 2EAO A; 4RNO A; 4B6J A; 4F72 A; 2IBK A; 3BS5 B; 3T24 A; 3TZG A; 2ASD A; 4J9L A; 4ED1 A; 1J97 A; 4BGD A; 1U9L A; 1NNL A; 1ZQC A; 2YTU A; 3PF1 A; 4LVS A; 5IIL A; 1A77 A; 2J6S A; 2EZX A; 1RXV A; 1DK3 A; 4OJ5 A; 4RPX A; 3AA6 B; 4K4H A; 2PI5 A; 1NZP A; 1DRG A; 2XE5 A; 2HSZ A; 3MGH A; 3TAC B; 5E79 U; 2YMP A; 1NK0 A; 1E54 A; 1QCK A; 3WK6 A; 3AAA B; 2ZIX A; 2W9A A; 2WB1 C; 5AK4 A; 5DLF A; 2GE4 A; 3E2E A; 2HHX A; 5ALL A; 2F1T A; 2E8N A; 1BXW A; 3QRC A; 4DL4 A; 2WJR A; 4I2A A; 4DLG A; 4UQG A; 2QB1 A; 4O5E A; 4CDG A; 5HNK A; 1D8Y A; 3IRU A; 2R88 A; 1N61 A; 3VE2 A; 4I2J A; 5ALX A; 5AKG A; 1XO1 A; 3K75 D; 1OXJ A; 8ICU A; 5DL7 A; 3UQ2 A; 4DSE A; 3H4D A; 5KG7 A; 3CP8 A; 3FC4 A; 2A3V A; 4PJ0 O; 1ZQB A; 2WAQ C; 3PO5 A; 4OJ6 A; 5AI0 A; 1B43 A; 2P6R A; 2ALZ A; 2HHS A; 5AK3 A; 2ZIU A; 2EDU A; 3RJF A; 3G6V A; 2UVR A; 5J2J A; 2OH2 A; 4BUM X; 5EE0 A; 4JB3 A; 5KG6 A; 1ZQO A; 3AUO A; 4Q43 A; 2W8K A; 5ALM A; 3QUB A; 3PML A; 2OMF A; 4XQ8 A; 4I2F A; 3PSP A; 4AUI A; 3LVV A; 3BRZ A; 5DLG A; 3T3F A; 4BWJ A; 4GCP A; 1BPE A; 2JZB A; 4O5C A; 4XUS A; 4G3I A; 1BGX T; 4J9P A; 3RB4 A; 5G38 A; 1V38 A; 2FJ6 A; 3VZW X; 5G3A A; 4DSL A; 3DWN A; 2BQ3 A; 1GO3 F; 1RXW A; 9ICN A; 3OJU A; 3RH4 A; 4EZ6 A; 2UVU A; 4LZD A; 5KT7 A; 3HKZ C; 2NYV A; 2ZJ8 A; 1ZQI A; 3ZD8 A; 4IQW A; 2ATL A; 2DPI A; 3G7G A; 4B9M A; 2N2M A; 4QZB A; 3RRG A; 4OJO A; 2HVI A; 1PK1 A; 3WK4 A; 1Q46 A; 5AKL A; 8ICP A; 4R66 A; 1ZET A; 1VDV A; 4D65 A; 3POX A; 1X6I A; 4FZL A; 1ZQT A; 2R8I A; 3RBE A; 1WYG A; 3NUQ A; 2QTK A; 3SYB A; 9ICU A; 2FGR A; 1TVA A; 2KEY A; 1WG8 A; 4QQ1 A; 1ZQY A; 4QIW F; 4K3C A; 5KFJ A; 3AU2 A; 2DPJ A; 3DDH A; 1XNS A; 4ECU A; 3T5K A; 1L7O A; 1BVS A; 5KFO A; 4O3N A; 2J1N A; 1SL2 A; 2YX8 A; 3LVW A; 3SV3 A; 5DQH A; 4JCH A; 1U49 A; 4FUV A; 2B6G A; 2Y0S C; 8ICK A; 1P4T A; 3SYS A; 2PMZ F; 3SZD A; 4FZM A; 1XWL A; 1SIJ A; 1ZQU A; 4YMM A; 1NI3 A; 5HR6 A; 3ETL A; 5IIK A; 2ISP A; 2KJ8 A; 5FP0 A; 2AU0 A; 4F2S A; 1BPB A; 9ICM A; 5L9X A; 3J81 j; 4M04 A; 1ZQA A; 4QJF B; 4IQU A; 4I2I A; 4F5Q A; 1ZQZ A; 3N7S C; 1ZQM A; 5KFH A; 1SKS A; 2R8H A; 2AXT O; 5HML A; 4NL9 A; 1H38 A; 4PHP A; 4UB4 A; 2LM4 A; 5KFY A; 1D9D A; 2YQE A; 4O3X B; 5B5E U; 5G39 A; 2BPC A; 3RH6 A; 3ZD9 A; 3WK9 A; 5KAI O; 2C22 A; 5KG0 A; 3PSI A; 2M07 A; 3MFI A; 4IL6 O; 2E3T A; 4ACO A; 2E8O A; 3C28 A; 5KNI A; 4ECV A; 2KZ3 A; 1M6Y A; 5J2H A; 1JAL A; 3CYM A; 1S97 A; 1T16 A; 1N5X A; 4US8 A; 1NKE A; 3N7R C; 4UW9 A; 1X9X A; 4F3O A; 2OEH A; 4DSI A; 4AYB C; 1F5S A; 2R8G A; 1L6N A; 4C00 A; 5GTI O; 5KL8 B; 1D8B A; 1N56 A; 4XA5 A; 5KFI A; 4ECY A; 2HI0 A; 4KX5 A; 5L1L A; 3PX4 A; 3M6K A; 2JXJ A; 3UU2 A; 4CNQ A; 2JHD A; 4P4M A; 2ZUC A; 4M6W B; 1T94 A; 2RQ5 A; 2R4O A; 1ZQR A; 3LK4 2; 4PZN A; 4I2E A; 2ZLD A; 2K8A A; 2KZZ A; 2MAX A; 5KG2 A; 8ICA A; 5HHI A; 4GXJ A; 4EBD A; 1RQL A; 3N4M B; 4OO1 J; 3D6J A; 1ZQG A; 4MF2 A; 1IZN B; 1XU4 A; 4J03 A; 1NZB A; 5AI8 A; 1OW5 A; 4TUS A; 3G6X A; 2R8K A; 1GFQ A; 2DBY A; 3IDW A; 3QU9 A; 5DG7 A; 4K3B A; 4AP9 A; 5AI4 A; 4DFD A; 3E58 A; 5J2I A; 4MFF A; 4IRK A; 1KLN A; 5ALS A; 3PW7 A; 4US9 A; 2QAR B; 2AJQ A; 5GV0 A; 4M47 A; 2KIV A; 3AQE A; 5DL8 A; 5KFZ A; 4F5N A; 5AFU L; 3ORY A; 5CWR A; 3MR5 A; 2BPG A; 1TV9 A; 4ECX A; 3SR6 A; 4OD0 A; 3DV9 A; 9ICF A; 3ZDC A; 2UVW A; 4EEN A; 1L7N A; 3KHR A; 1A0P A; 1ECW A; 3MDA A; 5T5F A; 1ZHY A; 3L3F X; 4F92 B; 5IIN A; 2YB1 A; 1GFP A; 4LSH A; 4RU9 A; 5ALY A; 1ZJM A; 3RB3 A; 5AM0 A; 3NVY A; 3NTU A; 2Q0Z X; 4Y2R A; 1JRP A; 3RB0 A; 5KFD A; 2P35 A; 4UB6 O; 1S8O A; 3I1Y A; 3C23 A; 3TAP A; 2FLN A; 3T5J A; 2BQU A; 4UB3 A; 4EYH B; 4YD1 A; 4MFA A; 3JPT A; 3JPN A; 3AA0 A; 7ICO A; 3GU3 A; 3KHL A; 9ICE A; 2AQ0 A; 3GZF A; 3UM9 A; 3UXN A; 1L3T A; 2ERV A; 1F0M A; 2ZXI A; 1ZQP A; 5DDM A; 2WTF A; 5J0W A; 5BOL A; 2KP7 A; 3K1R B; 2KV2 A; 3IP4 B; 4R64 A; 4ELU A; 9ICG A; 3POQ A; 3A0B O; 2KKV A; 2KN7 A; 3DZM A; 3GV7 B; 5KT4 A; 2UVV A; 1SGG A; 3EUB 2; 4EYI B; 3HKZ F; 4MEX A; 5F9L A; 4RQ0 A; 2ZUB A; 5KFV A; 1FFV A; 4IRD A; 5EE1 A; 3FYH A; 2WVP A; 2W04 A; 4E1T A; 9ICV A; 2A19 A; 4B9L A; 3QEA Z; 1K1S A; 5C5J A; 2AH5 A; 4F71 A; 4DS4 A; 3TAD A; 3WKD A; 7ICK A; 2CN1 A; 3LWL A; 2MSN A; 2PRN A; 2I9G A; 1ZQK A; 2IOF K; 3NAS A; 3BQT A; 2JV3 A; 3AL0 B; 4ED3 A; 1S76 D; 1RDF A; 2KVC A; 4R65 A; 4IQV A; 1KFD A; 1C7Y A; 1TAM A; 5ALR A; 4FZN A; 3PW2 A; 5KT6 A; 1A6S A; 9ICX A; 2KD1 A; 5AKJ A; 1RG6 A; 4DSF A; 4KRA A; 3C21 A; 2R8A A; 2Y0S F; 4P4O A; 5J2K A; 4ECZ A; 1PK3 A; 1ZQE A; 2GH1 A; 1D8L A; 2I6X A; 4YVZ A; 4ZOH C; 3T0S A; 1EXN A; 3A0H U; 3OHB A; 2FPK A; 2BQR A; 8ICS A; 5ALT A; 5III A; 2JMM A; 5CJ7 A; 4QZE A; 2JR5 A; 4AKR A; 1LKY A; 1NK5 A; 4LSI A; 2B0C A; 4OJP A; 3PQU A; 3SZV A; 4O3R A; 5AKK A; 1G90 A; 5J2D A; 4DS5 A; 3KZI O; 1S5L U; 4M9N A; 4I27 A; 4EBC A; 4RJW A; 1JXE A; 2WF8 A; 1J2M A; 2IMW P; 5KFK A; 4DF4 A; 2Y9T A; 2QKQ A; 3PO4 A; 2HHT A; 1HJP A; 3QZ7 A; 3HOL A; 4O3O A; 1PZN A; 1QQ7 A; 1GFO A; 1ZJN A; 2ZIW A; 3V7L A; 4RUA A; 1P7D A; 3DWO X; 1TE2 A; 5DDY A; 4AYB F; 4C0Z A; 4O49 A; 4B9T A; 2F8K A; 5KT3 A; 4PL1 A; 2ZIX B; 3TAQ A; 3AA1 A; 4GF4 A; 5J2B A; 2X9K A; 2BCR A; 2KHQ A; 5KAF U; 2MHL A; 2G09 A; 2O6K A; 2WF6 A; 1VLB A; 2I5H A; 3QU7 A; 4Y2T A; 1L8O A; 4YN4 A; 2V4R A; 3PZP A; 9ICL A; 3JTY A; 4UAR A; 2JRZ A; 3PW5 A; 4X5V A; 4K4G A; 1XS9 D; 3BQ0 A; 3IHQ B; 5DGB A; 4UB1 A; 7ICM A; 4FOZ A; 1SV0 A; 4BXO B; 4UB8 O; 3SZ2 A; 2CXY A; 5AM1 A; 2DUY A; 5EE9 A; 3GIM A; 4FS1 A; 4XNL A; 4NL9 C; 2ZIU B; 2ODG A; 2E1F A; 3KOO A; 5KFS A; 4PGX A; 8ICX A; 4GFJ A; 1XSP A; 1C20 A; 1TKD A; 4KN4 A; 3C5G A; 1U48 A; 4PH5 A; 5L1I A; 4UAV A; 3LK3 A; 1UT5 A; 2H5X A; 1SWW A; 3EYZ A; 4NLN A; 2WF9 A; 1SXD A; 3PVX A; 1SXE A; 2JZB B; 4KLQ A; 1KSP A; 1MM4 A; 4PGY A; 4DL3 A; 4ELT A; 2BCV A; 3JPS A; 2F76 X; 5EWF A; 5J0X A; 3BZK A; 1JUD A; 9ICB A; 2VA8 A; 4QZA A; 1JXL A; 2K89 A; 3C2M A; 2Y0K A; 4N75 A; 3GIJ A; 2W9M A; 3RH5 A; 1PRN A; 1HXU A; 2R4N A; 2W9B A; 3B0X A; 4C4V B; 8ICB A; 4YFK A; 2J6U A; 4YMN A; 4KR4 A; 1RPL A; 4AYI D; 1PVR A; 3KD3 A; 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