The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
138
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sequence length |
361
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structure length |
361
|
Chain Sequence |
DPERKLKILLDYSSKIANEKDLRNVLLFLTDLAKEIMEADRASIFLYDDQKKTLWTIVAHGVDRIEIDADKGIAGYVFRTGEILNIPDAYKDPRFDRDIDKRTGYRTRTILAVPLFDRKQNIIGVFQVINKLTNSVFTEEDIELLRHISLYASSTIENAILYEKLKKAHEDVIYRLSHATKFKDPETQNHIIRVGLYAEILAREAGLDEEDVELVKLAAPMHDIGKVGIPDRVLLKPGKLNDEEWEIMKKHTIYGYEILKGGDSRLLQIAADIAIEHHERWDGTGYPFGKKGEEISIYGRMTSISDVFDALTSDRPYKKAWDMDRTVRFFKEQKGKHFDPFLTDIFLKNIDQMFSIKRELR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of an HD-GYP domain cyclic-di-GMP phosphodiesterase reveals an enzyme with a novel trinuclear catalytic iron centre.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Metal dependent phosphohydrolase
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Persephonella marina
|
| total genus |
138
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| structure length |
361
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| sequence length |
361
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.4.1: Phosphodiesterase I. |
| pdb deposition date | 2013-08-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01590 | GAF | GAF domain |
| A | PF01966 | HD | HD domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Hypothetical protein af1432 | Hypothetical protein af1432 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MLN A; 3KSI A; 4ME4 A; 4LRX C; 4ETZ A; 4MCW A; 4TO1 A; 4RXO A; 2ZMF A; 3E98 A; 4EU0 A; 4Q0J A; 2LB5 A; 3KO6 A; 2OOL A; 5AJG A; 5C5K A; 5L8M A; 3NHQ A; 2W1T B; 3U1N A; 4RXR A; 4GLQ A; 2Y8H A; 4QG0 A; 5AO3 A; 3MMH A; 3MZO A; 3BG2 A; 5HL6 A; 5I5L A; 1YKD A; 2VJW A; 5AO2 A; 4O01 A; 4G3V A; 3KSG A; 2O99 A; 3S7N A; 3IBR A; 2K31 A; 4O8G A; 2PAQ A; 3TRC A; 4DMZ A; 4R8Z A; 3NR1 A; 4LRY C; 2OGI A; 4QFZ A; 1YNB A; 2W3H A; 4XDS A; 4CQH A; 4DN0 A; 4ZWG A; 4G3W A; 2VZW A; 2PAU A; 3NQW A; 3CCG A; 3P3Q A; 5AO0 A; 3M1T A; 3TMD A; 5HSQ A; 2PGS A; 4QG4 A; 4BWI A; 4L7W A; 2G7U A; 1YSP A; 3OOV A; 4IJG A; 4O0P A; 5TJJ A; 5TK9 A; 2O9B A; 3HI0 A; 4RXQ A; 4TO3 A; 2Q14 A; 5DFX A; 5TKA A; 4MMN A; 1YSQ A; 4Q0I A; 4YNR A; 4RXP A; 5DFY A; 4LRZ E; 2W3D A; 4IUK A; 4L7E A; 4Y3I A; 2O0Y A; 3NOU C; 2HEK A; 4L1J B; 2XSS A; 4QPR A; 1F5M A; 3CI6 A; 4TO6 A; 4N71 A; 2XRN A; 4N6W A; 2DQB A; 2PAR A; 4TNR A; 4ZWE A; 2GX5 A; 4TO5 A; 4TO2 A; 3IRH A; 3RF0 A; 2W1R A; 2O9C A; 4MZ7 A; 2K2N A; 5LBR A; 3TMB A; 4BZB A; 4Y5F A; 4TNQ A; 5AO4 A; 5TK6 A; 4GW9 A; 2W3F A; 3OBF A; 2KOI A; 4TNP A; 2XRO A; 4BZC A; 4Z1W A; 3C2W A; 4G3K A; 3TMC A; 2VKS A; 3RFB A; 3BJN A; 3DBA A; 1STZ A; 3I7A A; 2KLI A; 4ETX A; 2M7U A; 4PAU A; 3CIT A; 5K5B A; 5HPF A; 4DMB A; 2Y79 A; 4ZRR A; 3W2Z A; 3LFV A; 3K2N A; 4TO4 A; 2W3E A; 3KH1 A; 3G6O A; 4RQ9 A; 2W1T A; 5AO1 A; 4MN7 A; 4Y2F A; 4MLM A; 5TK8 A; 2GZ4 A; 2PQ7 A; 2QYB A; 3ZQ5 A; 2M7V A; 4L1J A; 3EEA A; 1YOY A; 4Q7H A; 1TD5 A; 4YOF A; 4R70 A; 2B18 A; 4QG2 A; 4EUV A; 2VEA A; 2CQZ A; 3VV4 A; 2FLO A; 4TO0 A; 2O08 A; 1MKM A; 3O5Y A; 1VJ7 A; 1U6Z A; 1MC0 A; 2O6I A; 3MF0 A; 4LRL A; 5TK7 A; 3E0Y A; 4QFX A; 4QG1 A; 4RXS A; 3HCY A; 1VHM A; 1TF1 A; 4MDZ A; 4TNX A; 3IBJ A; 1ZTU A; 4IUH A; 4Q0H A; 3S7Q A; 2IA2 A; 3KSF A; 3S7P A; 3LJX A; 2O9A A; 4TNY A; 3D3O A; 3TM8 A; 1VQR A; 5HPI A; 1XX7 A; 3NOT C; 3S7O A; 4E04 A; 3KSH A; 4R6L A; 4QFY A; 2W3G A; 4X9E A; 3R4K A; 4TNZ A; 3MEM A; 3HC1 A; 2LB9 A; 3MQ0 A; 2HGV A; 4FOF A; 3NOP C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J9P A; 3G4P A; 2JCH A; 2WGI A; 3M6H A; 2EX8 A; 4XUX A; 4E3I A; 4BBT A; 1Z09 A; 1DP8 A; 3BG2 A; 1H5X A; 4BBU A; 5KMW A; 3QP4 A; 3T4J A; 2V1A A; 4HHD A; 4XDS A; 4ZWG A; 4JGO A; 1SZV A; 3F1N B; 1S6R A; 4XUZ A; 3EWK A; 5DF8 A; 1WA9 A; 4QG4 A; 4KZ5 A; 4R4S A; 3RXX A; 2A3U A; 1RCJ A; 4NXF A; 4EQ1 A; 1IYQ A; 1W79 A; 3T4O A; 2JBF A; 3IX8 A; 3U4L P; 4RXQ A; 4RYE A; 2OV5 A; 5TKA A; 1KOU A; 1GHM A; 1TVF A; 4JGR A; 4Y7P A; 4CLC C; 4L1J B; 3A0R A; 3C4P A; 1FSY A; 3ZFZ A; 3BY9 A; 4QY6 A; 5FQ9 A; 2K2N A; 4Z9Q A; 1P9R A; 3UE0 A; 1K54 C; 3BFD A; 4FD8 A; 4S2K A; 3WS0 A; 4R0Q A; 3DBA A; 1PWD A; 1KE0 A; 1E3U D; 4HH2 A; 3BQ8 A; 5EVI A; 3ZDJ A; 1ZKJ A; 2B5R A; 4HES A; 4L9E A; 5CX7 A; 3VFH A; 3LR5 A; 4OLD A; 3D9Y A; 3DW0 A; 3T4Q A; 2W0N A; 4BD0 A; 4KZ3 A; 3Q7V A; 3MFD A; 4KZA A; 4P87 A; 4R70 A; 3OCL A; 4E3O A; 1OTD A; 4QHC A; 3IX3 A; 4GCZ A; 2EWV A; 4S2N A; 4GHI A; 1VET A; 3T12 B; 4MBF A; 3V5M A; 5HPI A; 3UDF A; 3M6B A; 1M6K A; 3IF6 B; 4OQ0 A; 3N6I A; 2FFF B; 3ITB A; 4JPM A; 4IBX A; 1IEM A; 3M2J A; 3BW6 A; 1SKO A; 5L07 A; 2W1T B; 2HDS A; 3GR2 A; 1LL8 A; 3OPR A; 2L4R A; 4X1L A; 1BZA A; 3S7N A; 2PAQ A; 3OCN A; 1DP9 A; 2XEP A; 4DE3 A; 1S1Z A; 3VP2 A; 4G3W A; 3ZG5 A; 1VEU A; 4F3L B; 3E4P A; 1LSW A; 4Y15 A; 3Q82 A; 4JKT A; 3MKE A; 4I3A A; 4S2J A; 2V8F A; 4PM9 A; 5DFX A; 3C38 A; 2ZQ8 A; 4E3J A; 3H7W B; 2E8J A; 2J80 A; 4MLL A; 2JKT M; 4LRZ E; 1L0F A; 1JNU A; 4L7E A; 1SCW A; 3IS2 A; 2XRN A; 2P08 A; 4R3J A; 4TO5 A; 2GDN A; 2K7S A; 2XH9 A; 4TNQ A; 4E3K A; 2W3F A; 3MKF A; 3MQQ A; 3MZE A; 3A3F A; 4HP9 A; 2R78 A; 1GCE A; 4UA6 A; 2P74 A; 5CEC A; 1PNE A; 5EE8 A; 5FEG A; 4HI4 A; 4LV0 A; 1LL5 A; 2L1M A; 3K2N A; 3UPP A; 4DKI A; 1OPX A; 4LFU A; 4R3B A; 1YOY A; 1V9Z A; 3TJZ C; 1K55 C; 1K56 A; 4HJ6 A; 2B18 A; 1BT5 A; 3UE1 A; 5L2F A; 3RH8 B; 2KX6 A; 2ZM8 A; 2OAQ 1; 2P04 A; 4QY5 A; 1TF1 A; 4B4Z A; 2JKR I; 3D3O A; 2VGJ A; 1IYO A; 2H5S A; 4OOL A; 2W3G A; 4Y0T A; 3R4K A; 5MC7 A; 4M4X A; 1DP6 A; 3FC7 A; 2L0W A; 4RXO A; 2HP6 A; 5C5K A; 2FZ0 A; 1BSG A; 1KGG A; 5FAS A; 2Y8H A; 3GSG A; 1YKD A; 1FR6 A; 4I3I A; 3T1S A; 3IQA A; 4QQY A; 4KQD A; 3CZD A; 1XKZ A; 3BFE A; 5EM1 A; 1YSP A; 5EVI B; 2RL3 A; 5EUA A; 1SDE A; 1SKF A; 4RXP A; 4BQM A; 2P7J A; 4FTX A; 4U3T A; 1F5M A; 3Q7V B; 2PAR A; 1XJ4 A; 3B3X A; 3JVU A; 1MPL A; 1JWZ A; 3T1Q B; 4GNU A; 4MZ7 A; 1CEF A; 3V50 A; 1WYC A; 4P6B A; 3PR6 A; 3T1X A; 1S0W A; 4GHI B; 1VET B; 5FEF A; 3R7W A; 5FQK A; 5U47 A; 3CUE C; 2ZQD A; 3G34 A; 2NUT C; 4PPR A; 1NZU A; 1SKO B; 5KSC A; 4LGW A; 2X01 A; 1ZHH B; 3WWX A; 3BLS A; 1ERO A; 5F1G A; 3VV4 A; 3V3R A; 1U6Z A; 3N8S A; 5F1F A; 3HCY A; 4JLF A; 1K25 A; 1VEU B; 2HZ5 A; 2PBD P; 2WUQ A; 5J7E A; 5TFQ A; 4GDB A; 3MEM A; 3LIB A; 4OP8 A; 3NOP C; 4GS9 A; 4LRX C; 4I3J A; 2OOL A; 3CAX A; 1XJ3 A; 1LI9 A; 3IS2 B; 1BUE A; 4ZJ3 A; 1P9W A; 4GLQ A; 3IH8 A; 3SS3 A; 4Y0U A; 3OLO A; 5CHJ A; 4QFZ A; 3S4L A; 1PWC A; 2EWW A; 5DF9 A; 3O3V A; 3VOY A; 3GW7 A; 5AO0 A; 4NKP A; 5HX9 A; 4B4X A; 1FCM A; 2VLG A; 3CPT A; 4O0P A; 3QHY A; 2XDM A; 4WN5 A; 1YPR A; 5HWV A; 2W3D A; 4FCF A; 5F5Y A; 3ZG7 B; 5F82 A; 2W1R A; 2O9C A; 5J8X A; 4Y5F A; 3D72 A; 4QD4 A; 4N9L A; 2B95 A; 2XA7 S; 3DWK A; 2VKS A; 1ES4 A; 3OPP A; 4DMB A; 3DTI A; 4JF4 A; 3SS5 A; 3ZG8 B; 4I38 A; 1WYB A; 4IED A; 3KQ5 A; 1T19 A; 3UB5 P; 1GHI A; 2XA7 M; 3NIA A; 5IS1 A; 1XGI A; 2V1Z A; 3M2K A; 1IYP A; 1ALQ A; 4R3A A; 3SZT A; 1XPB A; 5KZH A; 5FQJ A; 4PM6 A; 4EW7 A; 4HOI A; 3A3D A; 1IKG A; 2DCF A; 3S7Q A; 4OPR A; 1FSW A; 4OQI A; 2IA2 A; 2Y2O A; 1KVL A; 3HLE A; 4HP4 A; 4NK3 A; 5FI7 A; 3S7O A; 2Z2M B; 4MN6 A; 1EI5 A; 4ID4 A; 3LEQ A; 1KE4 A; 4LV1 A; 4X6T A; 3HL9 A; 4IHQ A; 1N4O A; 3VP0 A; 1W7F A; 1G6O A; 5HL6 A; 4ZJ1 A; 1NRJ A; 4BBV A; 2QKP A; 3KSG A; 1RP5 A; 1KGE A; 2G2U A; 4EV4 A; 4CQH A; 1PZP A; 4ZAM A; 4DJ3 A; 1ACF A; 2A49 A; 5GLC A; 4DDY A; 3HBR A; 4OPY A; 3R7W B; 3GMW A; 1TS0 A; 3IT9 A; 4L7W A; 2WYX A; 3OOV A; 4OLG A; 4WEJ A; 4WMC A; 4NET A; 3W8K A; 3IF6 C; 2XLN A; 4S2L A; 2VK3 A; 4WLA A; 5DFY A; 2WZZ A; 2XSS A; 1XFQ A; 3LEZ A; 3Q1F A; 2R9W A; 1ODV A; 5DF7 A; 1KDS A; 2X71 A; 4BZB A; 4DE0 A; 5CTM A; 4S2O A; 4BZC A; 1G28 A; 4HH3 A; 4G3K A; 1HLU P; 2XGN A; 3UME A; 5CGS A; 5EOE A; 5HD3 A; 4ZJ2 A; 3FV7 A; 2J7V A; 3KH1 A; 4GS9 B; 2W1T A; 2ZJ9 A; 1BLC A; 1BLS A; 5CHU A; 3SK9 A; 1T18 A; 4EXO A; 3KYZ A; 4N9K A; 5L09 A; 3ZYT A; 4QG2 A; 1VQQ A; 3O5Y A; 1VJ7 A; 3HUN A; 1XFN A; 2QZ6 A; 1J3W A; 4CLC D; 4F94 A; 3S7P A; 1VQR A; 1QMF A; 2PR5 A; 4TNZ A; 3CPT B; 3NI9 A; 5EV0 A; 3HLF A; 5HZH A; 1GSX A; 1Z6F A; 1CI8 A; 3TG9 A; 1YM1 A; 2EXA A; 2ACG A; 4KZ7 A; 3HVF A; 1FCO A; 1S1Y A; 3N8L A; 2VJW A; 4O01 A; 2DMW A; 4Y0O A; 3VFF A; 3A0S A; 1L0E A; 3QP6 A; 1W63 M; 4LCM A; 1CEG A; 2JKF A; 5AQ9 A; 1Q2P A; 4EBN A; 4Q2D A; 2ZLY A; 4EET B; 1ESI A; 1LI0 A; 5E2H A; 1RGY A; 5CER A; 4CLC E; 3NOU C; 1G5U A; 5FA7 A; 2QHK A; 5FDS A; 5L10 A; 3CG5 A; 5CEB A; 3TMB A; 4II7 A; 4OQH A; 2ZM0 A; 3LUQ A; 1NLY A; 1S67 L; 2A24 A; 4DDS A; 1BLH A; 3W4P A; 4C75 A; 1L0G A; 2HDU A; 3C4O A; 3UNW A; 1KE3 A; 4L9F A; 3ZNY A; 3HLW A; 3HUO A; 5G4Z A; 4X69 A; 4GJ4 A; 4H6J A; 4UEY A; 5EVI C; 4MN7 A; 1O7E A; 2E8I A; 4JXV A; 2IWB A; 1O07 A; 3LY3 A; 5D3O A; 3FKW A; 2O08 A; 2QMI A; 2VGK A; 3QNC A; 2QJ7 A; 5HFO A; 4LRL A; 5HWT A; 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