The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
215
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sequence length |
620
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structure length |
620
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Chain Sequence |
ATSSPSSPADWAKKLTDAVLRQKAGETLTAADRDFSNADFRNITFSKILPPSFMERDGDIIKGFNFSNSKFTYSDISHLHFDECRFTYSTLSDVVCSNTKFSNSDMNEVFLQYSITTQQQPSFIDTTLKNTLIRHKANLSGVILNEPDNSSPPSVSGGGNFIRLGDIWLQMPLLWTENAVDGFLNHEHNNGKSILMTIDSLPDKYSQEKVQAMEDLVKSLRGGRLTEACIRPVESSLVSVLAHPPYTQSALISEWLGPVQERFFAHQCQTYNDVPLPAPDTYYQQRILPVLLDSFDRNSAAMTTHSGLFNQVILHCMTGVDCTDGTRQKAAALYEQYLAHPAVSPHIHNGLFGNYDGSPDWTTRAADNFLLLSSQDSDTAMMLSTDTLLTMLNPTPDTAWDNFYLLRAGENVSTAQISPVELFRHDFPVFLAAFNQQATQRRFGELIDIILSTEEHGELNQQFLAATNQKHSTVKLIDDASVSRLATIFDPLLPEGKLSPAHYQHILSAYHLTDATPQKQAETLFCLSTAFARYSSSAIFGTEHDSPPALRGYAEALMQKAWELSPAIFPSSEQFTEWSDRFHGLHGAFTCTSVVADSMQRHARKYFPSVLSSILPLAWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SopA, a Salmonella effector protein mimicking a eukaryotic ubiquitin ligase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Salmonella typhimurium
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| molecule keywords |
Secreted effector protein
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| total genus |
215
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| structure length |
620
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| sequence length |
620
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.26: HECT-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2007-08-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13599 | Pentapeptide_4 | Pentapeptide repeats (9 copies) |
| A | PF13979 | SopA_C | SopA-like catalytic domain |
| A | PF13981 | SopA | SopA-like central domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | effector protein (NleL) fold | effector protein (NleL) | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Putative secreted effector protein | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | E3 ubiquitin-protein ligase SopA | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | HECT-like ubiquitin ligase fold | HECT-like ubiquitin ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2O6W A; 2XTW A; 4YDT A; 3SQV A; 3NB2 A; 5DNS A; 3NAW A; 3SY2 A; 4YCQ A; 2XT2 A; 3DU1 X; 2XTY A; 2J8K A; 4YEI A; 2XTX A; 4YC5 A; 3PSS A; 2QYU A; 2XT4 A; 4YFO A; 2QZA A; 3PSZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XI0 A; 4WUY A; 4JA9 A; 4XR6 A; 1N0Q A; 3E4B A; 4B94 A; 3KEZ A; 1H2V C; 4ABN A; 4EEC A; 4YEI A; 1E7U A; 5KNH D; 4LNU D; 4WNE A; 1OCZ E; 1DVP A; 2OVB A; 4JD2 G; 3RIB A; 3CKB A; 5JJ6 A; 1MX6 A; 3BG0 B; 1EA0 A; 3IHV A; 1QRB A; 4CDM A; 3DPD A; 3KSL A; 4ATZ D; 1DAB A; 4M3O A; 4G23 A; 3EJN A; 3ZGQ A; 4JVS A; 4L7T A; 3PNL B; 1HG8 A; 3S7D A; 2V5F A; 2DBA A; 3ML3 A; 2VFP A; 5BT1 A; 3P4G A; 5D2M C; 3ZYK A; 4TUU A; 4PS7 A; 3QWP A; 3VMW A; 5BV0 A; 3DSX A; 3FTS A; 5HKP A; 5KCM A; 4L23 A; 2BM4 A; 1H2U A; 4YEL A; 2GRP B; 4FHJ A; 4YDO A; 3FUN A; 4F53 A; 2QC9 A; 3I5P A; 3KEA A; 2L0I A; 4PDX A; 5AMV A; 3B7R L; 2EIN E; 2VSO E; 2VFN A; 3JXJ A; 4J8Y A; 4J7W A; 4XE0 A; 1WMR A; 4KBQ A; 2PZI A; 1IDK A; 3ABK E; 3AS8 A; 5KJN A; 1TN7 A; 5EID A; 2WMN A; 2Y3A A; 3NOG D; 3FTU A; 4DX6 D; 2NZM A; 4K03 A; 2Y0B G; 3UM3 A; 2I1K A; 4GPM A; 4XOR A; 3DBS A; 2X3M A; 3NBN B; 2X85 A; 3LYA A; 4HOS A; 3HVE A; 4XLF A; 4C0M A; 4GMR A; 4HI9 A; 4OM9 A; 2AXU A; 4NRH B; 2DIW A; 3ISM C; 5AAO A; 1BD8 A; 3ZW3 A; 3UM2 A; 4GZD A; 1PC2 A; 2RKK A; 3CHM A; 3B7U X; 4MS6 A; 4PS8 A; 3MGB A; 2CHZ A; 1U3D A; 3VTY A; 3CVU A; 3CQC B; 2X6W A; 3PZ4 A; 5KNG A; 1A17 A; 4I6E A; 3T5V A; 2XTX A; 2YHC A; 1IXV A; 3K9I A; 3LY7 A; 1X0C A; 2IU1 A; 4CDN A; 3LCA A; 3HXB A; 3FTV A; 3AK5 A; 2P9S G; 4B8A A; 2O04 A; 5CMW A; 2IOU G; 2WVI A; 2GW1 A; 4GYW A; 3ZVV A; 4DX5 D; 1EPU A; 2P2C P; 1MX2 A; 4APO A; 3AG3 E; 5T3R A; 3QOU A; 4F6R D; 2VSN A; 1IA5 A; 2AW6 A; 3DPY A; 5HQ8 A; 4JC8 A; 3ULE G; 1OFM A; 3GRH A; 4JEU A; 3FH7 A; 3R7Q A; 4XEI G; 4QFV A; 3L13 A; 4U95 D; 2F3L A; 4XON A; 5C1E A; 3AG1 E; 1WY6 A; 5HI7 A; 3CVY A; 4N5C A; 3ZHE B; 3B4N A; 4LCT A; 3ZIM A; 3ZRH A; 3GQA A; 1FVF A; 1Z6T A; 3FTZ A; 3Q7A A; 4EZK A; 5LX8 A; 1IHG A; 4ATG A; 3FH5 A; 1QA1 A; 3L82 A; 3FU5 A; 3Q5M A; 1H2T C; 2BM7 A; 2X6Y A; 4OVV A; 2NSP A; 2IQ7 A; 3VSV A; 4YZX A; 3OXL A; 1LTX A; 3ASD A; 2LAI A; 1ZB1 A; 5EYL A; 3E37 A; 2V4H C; 4Q94 A; 2VTB A; 3CVL A; 5D0O D; 4TXQ A; 5DNS A; 2P9U G; 2XT2 A; 2P58 C; 4GYY A; 2LUH A; 2KC7 A; 4YDW A; 3HYM B; 2B0R A; 3IHY A; 4ZFH A; 1HG2 A; 4GZ5 A; 3DXK G; 3UXG A; 4CEM A; 1HX8 A; 2NTB A; 3D3M A; 3V2X A; 2CG2 A; 3TAX A; 2VSY A; 4BTB A; 5AJD A; 4URK A; 1OOC A; 5EIB E; 4I9E A; 3UT4 A; 2KZT A; 5FQ6 A; 1HO8 A; 4JL0 A; 1OWL A; 1GQ8 A; 1OCR E; 2X3H A; 3BQO A; 2UVF A; 3ZYL A; 2IQC A; 2F8Y A; 1LM1 A; 3RU0 A; 2E0I A; 3NAW A; 2IEJ A; 2BKG A; 4Y6W A; 3EQN A; 3HG0 D; 1L1I A; 3T8K A; 3CQG B; 4OYS A; 4HOT A; 2OV8 A; 3C98 A; 3AS5 A; 4FP7 A; 3G2W A; 4YVO A; 2AXZ A; 2VGX A; 4PUC A; 3RRM B; 3S7F A; 4KVM A; 4I2W A; 1JWG A; 3HXC A; 4AOF A; 4JW1 A; 3ASN E; 3APF A; 5G05 J; 3TWS A; 4GPK A; 4CZ2 D; 3CKC A; 3P1U A; 4CGV A; 2FO7 A; 4HLL A; 2F0Y A; 3WG7 E; 4A3V A; 2UY1 A; 1N54 A; 4ANV A; 5FWQ A; 3ULQ A; 1Q2Z A; 3CGH A; 4YC5 A; 3AJI A; 2WXM A; 5JJT A; 4DUI A; 2WB2 A; 2KXP C; 2O0W A; 3HDX A; 5G2N A; 3VST A; 1O8E A; 2VYI A; 1MZC A; 2HM8 A; 5HS0 A; 4GZ3 A; 4U8H A; 3TWU A; 3BH7 B; 5JLV C; 1KTW A; 1YYH A; 2CFZ A; 3ML9 A; 4CT4 A; 3UIN C; 1OFL A; 1YCS B; 2Y1L E; 4MKT A; 2GRN B; 3LVQ E; 2WQ6 A; 2PL2 A; 2BF0 X; 2DZO A; 2XRZ A; 2XCC A; 3LS8 A; 3Q73 A; 5ANL A; 3TWR A; 4HNA D; 1UOH A; 5H7P A; 2ZGG A; 1SA4 A; 1XG2 A; 2RD0 A; 3UX4 A; 1H80 A; 2JLB A; 2YNQ A; 3DEO A; 3TG5 A; 4I1M A; 1O8G A; 2P9N G; 2WXK A; 3HXF A; 3PZD A; 2QZA A; 1TYV A; 1OCO E; 1TJC A; 4Z06 A; 1QJV A; 3E34 A; 5B3S E; 4DRX E; 4ZHB A; 2ZGD A; 2BED A; 4KMO A; 5A7D B; 4ANW A; 1EYH A; 4U49 A; 3SO8 A; 1Z5S C; 1BN8 A; 1RW2 A; 2GGF A; 2PNN A; 2WPV A; 3C3O A; 4OJ6 A; 3CK9 A; 3OXF A; 4JRA C; 3WXX A; 3QJZ A; 1O8J A; 4K5C A; 4YZ0 A; 1HS6 A; 3UTM A; 1O5M A; 3LEW A; 3D9N A; 4G11 A; 4AJW A; 4I6J A; 1N9A A; 2B6C A; 1OUV A; 1RWR A; 1P5Q A; 1WM5 A; 4EBA G; 1O8M A; 3VLD A; 3KD7 A; 1QYM A; 1KT1 A; 1O8F A; 5AEN A; 2KCK A; 3R9A B; 3WWG A; 1N4R A; 3FUK A; 2I2O A; 4G25 A; 2A5E A; 1TJF A; 5AAR A; 1ELW A; 4MRU A; 3PEU B; 3EIQ C; 4FJZ A; 1DCE A; 3NF1 A; 1O8H A; 2R2L A; 3CK8 A; 4EZJ A; 4CGW A; 1D9S A; 4FA6 A; 1QBQ A; 4JHK A; 2YIN A; 1RZ4 A; 2XEV A; 3NQP A; 4A63 B; 2PM7 A; 4I9C A; 4UI9 J; 2J4B A; 3D9I A; 4XIF A; 1SZ9 A; 1WG0 A; 5KWD A; 1DC2 A; 5DBK A; 1RU4 A; 1N4Q A; 5EIL A; 3PDN A; 4F1S A; 5B1B E; 1JCQ A; 3MA5 A; 1TN8 A; 2XEN A; 4YZA A; 2LO6 A; 4CCA A; 4R7L A; 2V5I A; 3PET A; 4WAF A; 3ZSC A; 4V02 C; 3ASH A; 2J09 A; 4DLQ A; 4A1G A; 3VTX A; 4BX8 A; 3ENE A; 1IQR A; 3FY3 A; 3QDN A; 2J8K A; 4I1O B; 3Q79 A; 1WDY A; 4OAV B; 2DVW A; 4KT6 B; 5ENO D; 1S64 A; 4GTS A; 1TNY A; 2ODL A; 2PM6 A; 3UPV A; 2CG3 A; 2AWI A; 3FDH A; 3BH6 B; 4V3I A; 2ZXW E; 1UJJ A; 3JUR A; 2IOL A; 3UI2 A; 2VQ2 A; 4U96 D; 4N3C A; 5FIN A; 4PMH A; 1S70 B; 4L1B A; 3T5X A; 2L6J A; 3QAQ A; 4JA7 A; 4I6G A; 2UWJ G; 2E2E A; 4MLP A; 2HR2 A; 3OTN A; 1DBG A; 1HF2 A; 3JUI A; 3PRE A; 3DEP A; 1IKN D; 3UM1 A; 1N94 A; 4N3B A; 4BWR A; 1E8Z A; 3JQ1 A; 2X6I A; 2VGY A; 5ARF A; 4U8Y D; 4AXH A; 2V4L A; 3D9P A; 3RO3 A; 2BSP A; 2XGM A; 3B13 A; 3ZUV B; 1OGM X; 3LKU A; 4YFO A; 4GTO A; 3RO2 A; 2R03 A; 1V55 E; 4GA2 A; 4RLY A; 4W8S A; 4UWL A; 3CLJ A; 1O1T A; 1O8K A; 4A1S A; 4Q69 A; 3AAA C; 2AXV A; 5FZS A; 4WWN A; 4HVB A; 3ABL E; 4HOU A; 1A5E A; 5JA4 D; 3FUF A; 2LSV A; 4IRU A; 3FUM A; 5CED B; 1TNB A; 2XEH A; 2XC1 A; 4YZQ A; 3L54 A; 2NST A; 2IFU A; 4JZY A; 4N3A A; 4ILH B; 4Q96 A; 5JMN D; 1OT8 A; 4MR0 A; 4UQZ A; 4L2Y A; 4CRW A; 4GU5 A; 1GW6 A; 1TR4 A; 1KPS B; 3SD5 A; 2GRM A; 3SHF A; 5C2Y A; 3IEG A; 5ARG A; 3CK7 A; 3IXE A; 3AG4 E; 4I84 A; 3LVR E; 4E6H A; 2EIJ E; 4ILI A; 2QFC A; 2EIL E; 2AVP A; 3QWV A; 4TXR A; 1DBO A; 2BX6 A; 5A6C A; 3MJW A; 3BG1 B; 3D9L A; 2L9B A; 3T8M A; 2OEW A; 4BFR A; 4KYO B; 3TJP A; 3LPZ A; 4AVX A; 2O17 A; 1QRC A; 2NT6 A; 1S63 A; 3UW0 A; 3ML8 A; 2QX3 A; 3D9H A; 3CIA A; 1XGW A; 1TEZ A; 3UIP C; 4YEJ A; 5AN8 A; 2VGE A; 5E76 A; 1TSP A; 5M72 A; 4HBD A; 1SVX A; 4Z03 A; 1YMP A; 5EN5 D; 3DU1 X; 3MKQ A; 2RFA A; 3Q47 B; 1N95 A; 4AP2 A; 1O8I A; 1TNU A; 5ENN A; 1Y8M A; 1W3B A; 3U4T A; 2YQ8 A; 4GCN A; 4UI9 C; 3TWW A; 5KJL A; 3Q75 A; 4W8Q A; 5FTP A; 1B89 A; 2X6J A; 4U8V D; 3BU8 A; 3PZ3 A; 2R59 A; 3ZYM A; 1UG3 A; 2HO1 A; 3GZ1 A; 1H19 A; 4OZY A; 4GZC A; 3ZFW A; 5EX0 A; 1AIR A; 4O1O A; 5CCM A; 3V30 A; 1FT2 A; 1BHE A; 1QZ2 A; 1CLW A; 1PY1 A; 4WNF A; 3DSS A; 2WMO A; 2WM9 A; 3EHN A; 3FUD A; 2UVE A; 3QAR A; 2OEV A; 4H7X A; 2C0L A; 5CCL A; 4GCO A; 2NTQ A; 3MKR A; 3C3Q A; 5AQA A; 3PE4 A; 4P29 A; 4BX9 A; 4JEH A; 3U64 A; 1MQS A; 2X38 A; 3D9M A; 1V54 E; 4NK8 A; 1HE8 A; 4U07 A; 1JPL A; 3J5Q B; 2BTD A; 3DSV A; 5FZQ A; 2GRL A; 4LUN U; 3PSS A; 3JXI A; 3TGO A; 4C2L A; 1OWN A; 1G3N B; 3SZ7 A; 4LER A; 1LLZ A; 3PSZ A; 1Z3X A; 2VFO A; 5KJM A; 2ION A; 4K5B A; 3B8Y A; 3UQ3 A; 3MV2 B; 3FWV A; 4K0R A; 4X8Q A; 2WXO A; 3UUX A; 2EIM E; 3ESL A; 3V31 A; 3RIQ A; 3FUE A; 3CHP A; 2C2L A; 2BUG A; 3FU6 A; 3FH8 A; 2ETC A; 2R02 A; 4AY5 A; 3GQ7 A; 2IO2 C; 3R7R A; 4ILG A; 4PS3 A; 1ELK A; 1N52 A; 1OWM A; 4LEU A; 1E8Y A; 3PZ1 A; 3QB2 A; 2Y4T A; 5D0Q D; 4LNB A; 1FPP A; 4UWG A; 4HI8 A; 1NA3 A; 3HVE B; 1LD7 A; 3DRA A; 2INV A; 1N0R A; 4C9B B; 1N4S A; 1NHC A; 3W9F A; 1H6K A; 4M7C A; 2J08 A; 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3CHR A; 1UN8 A; 2ZIR A; 3F6Q A; 2X6H A; 1HG5 A; 1TYW A; 3FEY A; 4NQ0 A; 5BUZ A; 4O1P A; 5E75 A; 4W8R A; 3DXM G; 4O60 A; 4AIF A; 4XKV A; 3GQ9 A; 2XZD G; 3DSU A; 2YHE A; 2WXR A; 2I6H A; 4U63 A; 1O8L A; 2FO1 E; 2DWZ A; 2A4Z A; 3FTX A; 2R17 C; 1SW6 A; 3O4Z A; 5CER B; 3PUJ A; 4FC8 A; 2FI7 A; 4NAC A; 3TL5 A; 2H6H A; 1L5J A; 2KZT B; 3SZE A; 4WWP A; 3B7S A; 2VSX E; 1PE9 A; 2VBE A; 3IBE A; 4EW9 A; 5EKQ D; 3QK0 A; 4J0U A; 2WXF A; 3HXD A; 3GZS A; 4G2V A; 1K8F A; 2YUH A; 4NK6 A; 2I1J A; 3PH0 C; 3TXM A; 4HWV A; 2FF4 A; 3B7B A; 3O48 A; 5ENR D; 2V0P A; 3AU5 A; 5AQB A; 3EQO A; 1EZG A; 2VGX B; 3DSW A; 4UWK A; 2VFM A; 1MHQ A; 4YDT A; 1QA2 A; 5CRU A; 2QY1 A; 3EHM A; 1HXI A; 4APF A; 3G2U A; 1SZA A; 3B95 A; 3E33 A; 2WQ7 A; 4U0S A; 2VFQ A; 4BEP A; 4ACK A; 4XKC A; 3N90 A; 4DI3 A; 2EIK E; 1K8K G; 4EZL A; 4OJ5 A; 3ASG A; 2UY1 B; 3V2O A; 5BW8 C; 3SNX A; 4XI9 A; 5D66 A; 3CVW A; 4LNG A; 3I4G A; 4U0U A; 1X5B A; 2CHW A; 2ZIS A; 5IY5 E; 2JAB A; 4IYP A; 1LD8 A; 3MEK A; 2IY0 C; 4EHM A; 2EQX A; 2XZT G; 1EF1 C; 2IF4 A; 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