1AL8 | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	359
structure length	344
Chain Sequence	MEITNVNEYEAIAKQKLPKMVYDYYASGAEDQWTLAENRNAFSRILFRPRILIDVTNIDMTTTILGFKISMPIMIAPTAMQKMAHPEGEYATARAASAAGTIMTLSSWATSSVEEVASTGPGIRFFQLYVYKDRNVVAQLVRRAERAGFKAIALTVDTPRLIKNRFVLPPFLTLKNFEGIDLGLSSYVAGQIDRSLSWKDVAWLQTITSLPILVKGVITAEDARLAVQHGAAGIIVSNHGARQLDYVPATIMALEEVVKAAQGRIPVFLDGGVRRGTDVFKALALGAAGVFIGRPVVFSLAAEGEAGVKKVLQMMRDEFELTMALSGCRSLKEISRSHIAADWD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Flavoprotein
molecule keywords	GLYCOLATE OXIDASE
publication title	Three-dimensional structures of glycolate oxidase with bound active-site inhibitors. pubmed rcsb
source organism	Spinacia oleracea
total genus	114
structure length	344
sequence length	359
ec nomenclature	ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date	1997-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1al8A00

1TPH1 2ZA1A 2EAWA 5D2XA 4I7VA 1YTKA 4O1DA 3GX9A 2FPVA 3FOKA 3CM4A 3AJXA 2RDTA 4XQ6A 1DBTA 3W85A 4KWWA 2WJZA 6TIMA 4FO4A 1VYSX 4RR4A 3S8HA 1JRCA 4PCFA 1PHQA 4IQLA 1J4EA 3D0CA 2QAPA 2VC6A 3F03K 4JTHA 1Y0EA 2Z2UA 3HO8A 1UUOA 2A6NA 1SW7A 8TIMA 3IIPA 4LS0A 2VEIA 4Z0SA 4UTWC 1RR2A 1G7VA 1YDNA 4JTGA 2P10A 4UFIA 4A29A 2C14A 4DF2A 2DJLA 4EIVA 2NX1A 4FIQA 3P8IA 3O15A 4ONVA 2CLFA 3GLCA 4HSNA 1OG0A 1KM1A 4LRSA 3EWBX 2PCQA 5CZ0A 1CI1A 1I2QA 4TX9A 5KITA 4FNUA 1VCFA 2B4GA 1XL9A 3F1QA 1N55A 3DU0A 5K9DA 5KMYA 3WJYA 2IQTA 3GDTA 2NXGA 2H8ZA 1XKYA 3W1MA 4O28A 3O16A 4DEFA 3W7PA 4LVGA 5FEPA 4HNNA 1JCLA 4MKNA 3VE7A 4WX2A 2V30A 2QCFA 2X1SA 3EXSA 4DELA 3LCHA 5IBXC 3NO5A 4MZ1A 1EWDA 3QMSA 3P8JA 5BMWA 2WQPA 3HPXA 4NJHA 1X7FA 1FUYA 3QMTA 4X22A 3IIVA 2JBMA 1G67A 6ALDA 2F84A 3NQAA 3DHDA 3WK1A 1K8XA 4O1AA 5TBOA 3HGJA 4UFMA 4JTUA 5LNVA 1JVNA 3G18A 5DXXA 4MJMA 1LORA 1ME8A 4Y8FA 5ABTA 3QEZA 3HQ1A 4NX5A 3SJ3A 3LHYA 4WJEA 3C0JA 1LBLA 3FJLA 3IIZA 2VEKA 1RQEA 4JR5A 1SZNA 2QCDB 3CWNA 2QCCA 4LNYA 1R47A 1ZY9A 4I7UA 1TPFA 3DGRA 4NZFA 2R94A 3LI0A 3A23A 4GUHA 2I9EA 2NWRA 3NQGA 3BW2A 1GYLA 2BZNA 2C18A 4O15A 1F6PA 4PL2A 4N6EA 3F4WA 4O53A 4FXRA 5CPOA 1PV8A 1TCDA 2JGQA 1HFBA 3B03A 3ELFA 2JKAA 2GJNA 3HPSA 3A22A 4WOQA 3O07A 3W7KA 4ZQPA 4MYXA 2R14A 3TC6A 1PHWA 3P81A 3S42A 3OA3A 2VFFA 3NQ7A 2H6RA 2V9DA 1TPWA 1TIMA 3BPWA 2RH9A 3S1UA 3THQA 5LNRA 3RFAA 3ZFHA 1OJXA 1YTEA 4AWUA 3W1RA 2PC4A 2YYUA 2PRMA 4GWEA 3JR2A 3M41A 5CZSA 3L21A 4YL2A 4HPXA 1H51A 2QR6A 5G1TA 1X1OA 4E2DA 3M16A 1LCOA 1T99A 4DBEA 1GVQA 3W1UA 1H1YA 1N7KA 2B7PA 2R91A 4HNUA 1WBHA 3BGGA 4EOUA 1KM2A 1JCJA 4PL1A 1KBJA 4Q32A 3W7EA 2QCDA 3QMRA 3GAKA 2VENA 3E12A 3TIMA 2Z1BA 3PG9A 4MZ8A 5E93A 3STCA 4RCXA 4MVAA 3LGEA 5E0KA 3QYQA 4N2YA 4UCGA 3S9YA 5KTLA 2E1DA 3LRKA 4LU0A 3QW3A 3TAOA 3PB2A 1TTJA 1F7BA 4X3ZA 4RZ5A 1L9WA 3TKFA 5LNSA 3VCRA 4O4WA 3DFTA 2QKFA 4A3UA 3EXRA 4Y9AA 4IMDA 1RQHA 3L68A 2PE4A 3LXCA 1EX5A 3UXDA 3M5ZA 5CGQA 2QCHA 3LXBA 2ZRWA 1JCNA 3NZRA 3RNDA 4NU7A 1W1ZA 1Z41A 4LY8A 4WZHA 1KFLA 1KLZA 2G96A 3IVUA 1B9BA 1GQNA 1K7EA 5C5YA 1O4UA 3DENA 4CNPA 4YLWA 1M7PA 2XFWA 1MO0A 3SI9A 3FFSA 1OF8A 3W7QA 3IGSA 1W5MA 3S1VA 1X6UA 3BVJA 2Y61A 3INPA 4KFPA 1S5WA 3LHZA 3F4NA 4O19A 3HMJG 3G1HA 1KM3A 3P82A 3EX1A 3PY2A 2AQWA 3YPIA 1DJQA 1PIIA 3PB0A 3G1SA 2YR1A 4IX0A 5FEXA 5K3VA 2GJLA 2YPIA 3CEPA 3HIJA 1JULA 3B06A 3EKZA 4HT3A 4LT9A 2HSAA 3C8FA 3UPBA 3L5LA 3V75A 3WK0A 3W7JA 1VJIA 2CZDA 3PUDA 1XM3A 4PH6A 3M5YA 5J5DA 1GTEA 2OT0A 2CLIA 3BV4A 4LW7A 4UFJA 1ICQA 2ZRYA 3NG3A 3W6YA 2RKXA 5IM51 1W31A 1U83A 4HIBA 2CLOA 5K9CA 1TJRA 3UZJA 1FCUA 3IV3A 1SPQA 3CPRA 4WQ6A 2E68A 2FTPA 2CWNA 1IXPA 1SQ7A 1KM4A 2GUUA 4ICNA 5FESA 3DI1A 4EVZA 1OABA 1B4KA 3G1XA 1H60A 3NA8A 1Q45A 4MY8A 2C1HA 4GXMA 3QM3A 1ALDA 1FWWA 2NXIA 1FXPA 1I2RA 5BRBA 3KVLA 1C29A 2EKCA 1OVDA 2FPYA 1KM0A 4A2RA 5HR7A 5D03A 1PVNA 3HOJA 3L2IA 2NZLA 1KA9F 3W2MA 3TW6A 3N19B 4UTLA 3W76A 5HWMA 4UR8A 2FIQA 3GDLA 4QNWA 5D2VA 1VRDA 3LCWA 2ISSA 5HINA 2FB3A 5AHEA 4AHQA 4JDBA 4FX8A 4UIOA 5HQEA 3MYPA 3IVSA 2E6AA 1U5JA 2YFNA 3GDMA 3EEGA 5E1QA 1GVFA 2ISVA 3SIZA 1ZFJA 2A7RA 4O54A 2JK2A 3W7GA 3B4UA 2WSYA 3ABRA 2XN1A 2RFGA 3GAYA 5G2WA 3S5YA 1FY6A 1WQ5A 4H6KA 2G5WA 3IIOA 3DZ1A 1ONRA 4LC6A 1I2PA 4O1BA 4YXGA 3N14A 1I4NA 3G8EA 4RK8A 3I65A 1G4TA 1ZAIA 3W2LA 4UTTA 1WOAA 1T0OA 1K7XA 5D05A 4MY9A 3SW6A 4GUFA 4GJ1A 3W7DA 2WSQA 3NQ8A 4O50A 4ADTA 4MUZA 4UUIA 2YW3A 1YDVA 3PM6A 1GVRA 3GYEA 3BGJA 1Q6OA 1XBXA 5D04C 1VZWA 2CU0A 2EF9A 1LRQA 5LNWA 3U2OA 1LRNA 1NVMA 5HUOA 3MP5A 3G1DA 3UY7A 2CZFA 5C6MA 7TIMA 3QF0A 4IXXA 2CLMA 4M7TA 2ZDRA 3DBPA 1VS1A 4UTTC 2O7QA 3SSJA 4NJGA 4UXDA 1H62A 3P74A 4XZ9A 3WJWA 4JIQA 5AOUA 5I3FA 2V0TA 5DELA 1VYPX 3KRSA 3B0UX 2Y63A 4WY0B 2NUYA 3NPUA 1G6CA 4JTKA 3FEMA 3VNDA 4K6AA 4ALDA 4MFDA 3DFQA 1H7PA 4WY0F 4IPJA 1EP1A 1ME9A 1TTIA 2ZRVA 1P5BA 3NQ2A 4RZ6A 1KM6A 2C16A 3FA5A 1VGAA 3GR8A 2Y7GA 4UTUA 3GDRA 1NSJA 4RKAA 4NUWA 4QQ3A 1F2JA 1XBVA 3BARA 4UNLA 1RQBA 3HGSA 5AHLA 3GNNA 3GKFA 1DVJA 5CG7A 3G3DA 3M5VA 3QPZA 2EHHA 4K7YA 4XBKA 1F74A 5DXYA 1I2OA 3TMLA 3P80A 2W79A 3TFXA 3TROA 3R89A 1AMKA 2QCLA 2A0NA 5AHMA 1Q6QA 4JTJA 3U8GA 1GEQA 3SY5A 4MIMA 1O95A 2XN2A 1YPFA 4LVDA 3TSDA 4HNTA 1GVOA 1OX5A 3KX6A 1X1ZA 4KFNA 3PBUA 4HSOA 3W1AA 1ZHAA 4FNQA 2V2CA 2YSWA 3W74A 2ZZ6A 3KAOA 4LOCA 3O63A 1SO5A 5EBUA 1JCYA 4EWND 3USBA 1N8FA 3TA6A 2F7FA 1VH7A 1GOXA 4Z1CA 4FNSA 1ML1A 1LM1A 3W87A 4IOTA 4IGHA 1KTCA 1QPNA 1TV8A 1WAUA 4MZYA 5A8GA 3W86A 3IIXA 5IBXA 3S1WA 4WY0A 4ZQNA 4K37A 4QM1A 2YGYA 4JICA 5D37A 1LRTA 3OG3A 2JGYA 3G1VA 3L0NA 1IIHA 3UWQA 1P0NA 1J5TA 1H50A 3RK8A 3HBLA 2VFGA 3W22A 4AWTA 1BTMA 1ICSA 3LHWA 5G4WA 2A21A 1R46A 1H61A 2GOUA 1LROA 1YTDA 3TW7A 3NQEA 2BLEA 5F1UA 5KSWA 4HKPA 2GVJA 3P7YA 2TRSA 3EWUA 2DZVA 4LVAA 4M6PA 4TU1A 3W2UA 2Y88A 1VR6A 4JX6A 3FYOA 3M1ZA 2J9ZA 5CSSA 2VEMA 1MXSA 4OWGA 1EUNA 1XC4A 2WV8A 1MEIA 4MYAA 4UTKA 1OFOA 2V5BA 2C0AA 3OVRA 1NEYA 1GZGA 1SU5A 1TV5A 2BTMA 3W7IA 3UWZA 1WX0A 3R2GA 4O17A 1R2RA 5K4ZA 3W2JA 1NF7A 5LNUA 3TDFA 3DH7A 3EB2A 3NL6A 1GVSA 1FDJA 5AN7A 3E96A 1BWLA 1UBSA 4DXVA 1FCVA 2H8XA 2DP3A 1VHCA 1F05A 4XKYA 3I6RA 1D3GA 1AW1A 3STGA 3W88A 3HPZA 5DBUA 4O0ZA 4WUIA 3NL5A 4O1CA 5BNKA 2Y85A 3BG9A 1VHNA 3LM7A 3NQ6A 1NF0A 1TV7A 1O60A 3N2MA 1YADA 4FNTA 2CW6A 2Z0IA 2B7QA 3W7HA 4GFSA 3VE9A 1OX6A 3TC7A 3M0ZA 1UUMA 4JIPA 1BEUA 1X8FA 2DZPA 2QJIA 3LCGA 1EUAA 3GXPA 2VFDA 2VFEA 4ML9A 4O4VA 5LZLA 3HJZA 2CLLA 1ZALA 3O06A 3T7VA 1OX4B 2CZ5A 2HS8A 1QR7A 4O14A 3ZWSA 2Y6ZA 3DFPA 1LTDA 1TO3A 2A1YA 3GIYA 4ZQMA 5CPLA 1FWTA 1QPRA 2QDGA 1QPOA 4RZ4A 1DHPA 1QDSA 1QMLA 1H7RA 3TCEA 4FXSA 4FHAA 2H3DA 2J6XA 3OVPA 3MO7A 2PRLA 3LX9A 4R53A 1QFEA 3TE9A 3GKAA 5CKSA 2TPSA 3QQ0A 3PF3A 1VCVA 4Z08A 1RPXA 4O57A 4JNMA 3LOTA 1VLIA 3HB9A 3W7RA 1PE1A 1UB3A 5KINA 2ZZ2A 3O6YX 4M7SA 5AB3A 5TIMA 5HULA 2TSYA 3EKLA 2Y62A 3E49A 1SUXA 3M7WA 1R30A 4RXFA 3B0PA 5GVJA 2BXVA 4BFAA 1AK5A 1DJNA 4OU1A 3HF3A 2ZTJA 2GQ8A 2FDSA 3GZ3A 3BW3A 2YX0A 3HG4A 2YYTA 1SO3A 3JS3A 3TQ0A 1RVGA 1HL2A 3UNDA 4RXGA 3BLIA 1Z42A 4X2RA 3NXFA 4JGDA 3S0CA 1OK6A 3Q2DA 3O6CA 3PSVA 2TYSA 1TMHA 3P5ZA 1IIGA 3LCLA 5D09A 1K03A 1E51A 2OZ0A 3UWVA 2ZBTA 5U4NA 3QJAA 5FEWA 4JTIA 4DPPA 3C4UA 1R2TA 2WSRA 2C19A 3B0VC 3R12A 4PEKA 1OX4A 3PAJA 3NVTA 4C1KA 1W5NA 2J24A 1TRIA 3PR2A 3MUXA 5AFDA 2JKPA 2C3ZA 5DY2A 4ADSA 4JD4A 5AC8A 3TX9A 3C61A 4N6FA 1KFBA 1O5KA 1LLZA 3JRKA 4JEQA 1O94A 2HTMA 2B7OA 4FF7A 1WA3A 2CZEA 3LB0A 4JX5A 3NQMA 4N4QA 2X16A 1A50A 5CSRA 4DF0A 3P84A 1NAL1 4XUGA 1C8VA 3MI2A 2Y7FA 5EMUA 5AC7A 4UMCA 1SZEA 2QCMA 1GPWA 3KHJA 1YLVA 1K7FA 1Z44A 4MY1A 2E6YA 3CTLA 3W75A 2AGKA 3QQ1A 2VFIA 3N9RA 3KXQA 1V7YA 3QFEA 4N9CA 1OF6A 1SO6A 2I14A 4CQAA 1XDMA 3NEVA 5KZMA 3NM1A 4DO5A 5HWNA 1YDOA 2V8ZA 5FF4A 2AAMA 3PSWA 1RD5A 2NV1A 2ZRXA 1IXOA 2WOQA 1KBIA 5TQLA 4DQWA 1DOSA 5I3GA 1YXDA 3LCXA 1JQVA 2ABAA 3BG3A 2ZRZA 4JTFA 4HNVA 1JR1A 2BSLA 1FDYA 2EPHA 1KTBA 3LERA 1OFEA 4N9EA 3TH6A 1KFJA 3CQ0A 1ZAHA 5MHBA 3R13A 1HO4A 3GXTA 1KTNA 4LRTA 3ATYA 4NVTA 3RLVA 3UXAA 3PBVA 1H7XA 3B04A 3R8RA 3QH2A 3C3NA 2E77A 1LZOA 2E6DA 5DN1A 3C2EA 3VFLA 1TTPA 1K8ZA 5LGXA 2NWSA 4L4LA 2NLIA 1J2WA 2NX3A 3PULA 4HN4A 4IMFA 3W7CA 5F4SA 4R7JA 3NQVA 2FJKA 3OVQA 4JY9A 2I1OA 4NXKA 4C1LA 4Q33A 2H90A 4JY8A 4O18A 2WNQA 1TPDA 3L0KA 1VQTA 1G4SA 3LRMA 5FEZA 3W1QA 3RF9A 2ZTKA 5G1YA 4ADUA 1ZCOA 1Q6RA 2P0OA 2A85A 1S5TA 1OFDA 1FWRA 4TIMA 3W70A 1OFAA 1A5AA 3MP4A 1EB3A 2QAFA 4LVFA 4GE8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1AL8A

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