1P0K | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	329
structure length	306
Chain Sequence	RETGLDDITFVHVSLPDLALEQVDISTKIGELSSSSPIFINAMTGGGGKLTYEINKSLARAASQAGIPLAVGSQMSALKDPSERLSYEIVRKENPNGLIFANLGSEATAAQAKEAVEMIGANALQIHLNVIQEIFSGALKRIEQICSRVSVPVIVKEVGFGMSKASAGKLYEAGAAAVDIGGRQISFFNSWGISTAASLAEIRSEFPASTMIASGGLQDALDVAKAIALGASCTGMAGHFLKALTDSGEEGLLEEIQLILEELKLIMTVLGARTIADLQKAPLVIKGETHHWLTERGVNTSSYSVR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
publication title	Crystal Structure of the Type II Isopentenyl Diphosphate:Dimethylallyl Diphosphate Isomerase from Bacillus subtilis pubmed doi rcsb
source organism	Bacillus subtilis
total genus	105
structure length	306
sequence length	329
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2003-04-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1p0kA00

5I3KA 1PHQA 2QUVA 3NVTA 4JTJA 4UTIA 3W6YA 3BLFA 1JR1A 1NF7A 2ISSA 4MYXA 2EGZA 4OWGA 4IX0A 1YXYA 5HULA 1VR6A 1SFLA 1OFAA 1K3UA 3KXQA 1W54A 2XN2A 5KMYA 3S5ZA 3PM6A 3MHFA 2GJNA 1XUZA 3W73A 1DJQA 4JTGA 4IJBA 1RVGA 1LP6A 1LOLA 3W07A 1S3HA 2CWNA 4N9BA 1F74A 5D03A 4FIRA 3R8RA 4ZL1A 5FEWA 2JKAA 3NM1A 4JDBA 3MBFA 1VH7A 4IWWA 5GVJA 4I7WA 2R91A 1W37A 2ZRUA 3C2FA 2G96A 1LBLA 2FQIA 4WXYA 4XKYA 4WY0B 4MFDA 4TX9A 1W3NA 3KVMA 3M47A 2V2CA 5BW6A 4NX5A 3NPUA 1P4CA 1OK4A 3QMTA 3W1QA 1SUXA 3B06A 3UXDA 3EX6A 4AWTA 3T40A 4I9AA 4JS3A 5AHFA 4LC8A 4IMGA 4DPQA 3W7IA 3U2OA 4FHAA 1AW1A 1GVSA 3BW4A 3W85A 2C1HA 4K7VA 4JTSA 4UMCA 5LZLA 2FPVA 2VENA 3L0KA 4LRSA 4WD0A 1H7PA 3EXSA 1GEQA 1B57A 4K6AA 3PBUA 1YXDA 1G7UA 4AHQA 4O28A 1QFEA 5H2ZA 4O10A 2W0UA 4JNMA 3IVSA 2XN0A 5FEPA 4Z0SA 4WY0A 5DXXA 1O4UA 4HN4A 3IGXA 5EY5A 2CZDA 6ALDA 1KBIA 4LC6A 4LVDA 1ME9A 2CLLA 1GVOA 4E38A 5HR7A 3EWUA 1EIXA 1R30A 1KM1A 1XUUA 2C0AA 2G95A 3E0IA 3UXAA 3UQNA 3LHZA 1P0KA 2ZDRA 1WAUA 2DZPA 3H53A 3SI9A 2Y7EA 2I1OA 1K8YA 3BG3A 3S0CA 2H3BA 1EEPA 3GR7A 1TV8A 4IPIA 4JR5A 1LCOA 7TIMA 2JGYA 3GXTA 1I8JA 3B05A 4NX0A 4JTIA 2QJGA 4MY8A 4UFIA 3W76A 4UR8A 2EKCA 2B7NA 5DBTA 1FCBA 4UNKA 2C18A 2QCNA 2QAFA 1LBMA 3TSDA 3MYPA 2E5DA 5G2WA 3MJYA 2P1FA 2C6QA 4XBSA 5G5IA 1EX5A 4MYAA 3G1YA 2DP3A 1KTNA 4AB4A 3QYQA 3W7MA 2A21A 4BI6A 3PBYA 5I3JA 1JRCA 1IIHA 3S1VA 3AJXA 4Y9AA 4LU0A 2CZ5A 3OG3A 5HUOA 1QWGA 4IPJA 1OFEA 2RFGA 3UWQA 4WXZA 2A2IA 2B7OA 1QPOA 3CLMA 1R47A 1XBXA 4N4QA 3M5XA 4MOZA 3CIXA 4QAIA 3S6DA 2Y85A 1Q6LA 3KHJA 4GJ1A 4NU7A 2Z2UA 4O0KA 1FQ0A 2V81A 4R53A 3LLFA 3GXNA 3IRDA 1TPWA 1F76A 4A21A 3FA5A 2CLFA 4HNUA 4PEKA 3HOJA 1XDMA 1F6PA 3F03K 3E02A 1VCGA 5CZJA 4UC5A 5BRBA 3DFPA 1O94A 4S2CA 4UTLA 4C1LA 1OF6A 3QPYA 5AHNA 1GWJA 5L6UA 1JRBA 1Z42A 3M16A 1JCMP 3TNOA 1H5YA 1K8ZA 4CNOA 4UTTC 2ZBTA 3LI1A 1THFD 3GLCA 2C3ZA 3GNNA 4EIVA 1DORA 3N9RA 3TJXA 1QAPA 3DU0A 3CHVA 4UTWC 3B4UA 3LXCA 4H3DA 4PCFA 4GE8A 5J5RA 3MI6A 4LW7A 4UFLA 1FWSA 3LCLA 1TJPA 2V82A 1O5KA 3HG3A 3C8FA 3P8IA 1G4SA 2PCQA 1GYNA 4RV8A 2XFWA 2E5BA 4DO6A 3NPVA 3TQ0A 3W1XA 2ZRXA 3QMRA 2X1TA 1SSGA 2C19A 3MBDA 1R2SA 3C52A 1DVJA 1LM1A 4GUFA 4KKXA 4O53A 3E9AA 4QJ1A 3C61A 4JD4A 5I3FA 3T44A 2NXGA 1OX6A 2YSWA 4ZQOA 1SO6A 3WK1A 5EPDA 2VFGA 3N2MA 3OVRA 1WA3A 1JCJA 3QH2A 5CZTA 1TTJA 4BWLA 2NX3A 4NJGA 1TPVA 4HNTA 1K7FA 2Y89A 3EKZA 1W5OA 4AHPA 3G8EA 1YPFA 4B5NA 3ABOA 1GVQA 3C2OA 3QZEA 5LHFA 5HJLA 1X7FA 4XTIA 3BW2A 5G1YA 5DLCA 3TFXA 3TC6A 3LV5A 3EWWA 1T8XA 3G1VA 3W1AA 3GR8A 3N73A 2YGYA 5CSSA 2OZ0A 2Y7FA 4YCOA 5D09A 2ZZ7A 1NVMA 4K8HA 5D32A 5AHEA 3G0XA 3GXPA 1GZGA 3D0CA 4NNCA 1OG0A 4PFMA 3G22A 1YDOA 3UY8A 1VYPX 2H8XA 4OV9A 3W23A 4M6QA 2QCEA 1CI1A 4ADTA 1L6YA 2GVGA 2O7SA 2PE4A 3NQ8A 4PL2A 1XL9A 3MHUA 1MSSA 3OIXA 1N55A 4X22A 1ZALA 1D3HA 3G1FA 4YL2A 3S1WA 1KFLA 1SQ7A 4UTHA 4MLRA 1OJXA 4N2YA 3W1TA 5AHMA 5AHLA 1JCLA 3TW6A 3BK0A 1KM3A 3O15A 1BKSA 4N02A 2BLEA 3VFLA 1LDCA 3W86A 3NEVA 1OYCA 1F5ZA 1VYSX 2AGKA 3P5ZA 3MW7A 3HPXA 2LLEA 2ZRVA 1H50A 1OABA 3ABQA 2W79A 3V75A 4ZQCA 3ZFHA 5AN7A 3M44A 3KRUA 4QNWA 1Y0EA 3NQVA 1F73A 1KM6A 3VNDA 5D2VA 4DBEA 3R12A 5T26A 3G3MA 2ZA1A 4I7UA 1RR2A 2GQAA 3DFSA 5F4SA 5D37A 3FKKA 3CB8A 5D2XA 4UTTA 4W9TA 1K8XA 3M7WA 1H60A 1XXXA 1WOBA 4QQ3A 4LVAA 5C2XA 1VRDA 4HNVA 4Z08A 3CM4A 4UTWA 2VEKA 4IMCA 3IIVA 3MYOA 1ZENA 3FFSA 2VFIA 1X8FA 2O7QA 3A5VA 4X2RA 4KFOA 5FI8A 3W1LA 3Q2DA 1OFPA 1TTIA 1EA0A 3R5EA 1Q45A 3P80A 4NUWA 5F2MA 3TKFA 2J9XA 2CLOA 1TQXA 3DI0A 4LS2A 3FJLA 2NUYA 3LHUA 2Y70A 5CSRA 4YXGA 4JTKA 1EPXA 3QW4B 4HT3A 2RDTA 3CWOX 4C1KA 5K4XA 3DFNA 2Z1BA 4EOUA 2ISVA 4UMBA 3GKAA 5I3GA 1H7NA 4ML9A 5G4EA 1FWRA 3NO5A 3I7RA 4D2JA 2NX1A 1MEIA 4CLMA 3GAKA 5J5DA 3KOFA 5LSMA 3EWBX 2A5HA 4MJMA 1A5SA 4GNJA 4K37A 1LLWA 3IVUA 5MHBA 4AXKA 4NXKA 4QNEA 3EWYA 5EKYA 3NYZA 3QM3A 4E0CA 2V0TA 1W1ZA 3NL6A 1LRNA 4ADUA 1I2QA 2ZQ0A 1UB3A 4OU1A 4CQAA 4NJIA 4R33A 2GVJA 3EX3A 2ZCGA 3HIJA 1M6JA 3W7NA 4JTUA 1VLIA 2B4GA 2H3DA 3TJLA 3WK0A 1A5CA 1NFBA 1XBZA 2JGQA 4QISA 3E12A 3C2RA 4AAJA 3T7VA 1ICPA 1EWEA 1FUYA 3W1MA 1SSDA 3KFTA 3U8GA 1C9DA 2FB2A 4FXSA 2WSYA 1ZAIA 4O1AA 4O19A 3W7PA 1XM3A 3PSVA 5CPOA 4DXVA 1MEHA 1X1ZA 3TW7A 1DJNA 4TR9A 4JX4A 1X6UA 3BVJA 1RZMA 2W6RA 2Q3OA 1NSJA 3QEZA 2R94A 1HTIA 1YXCA 5D2WA 3I6RA 1TJRA 2JK2A 4MFEA 4LY8A 3TQKA 4TMBA 3ABSA 1KLYA 1ME8A 3NQ2A 2Q8LA 4M7SA 3EX2A 1G4PA 1SZEA 2YW4A 3M43A 3TA6A 3LHYA 4DF1A 1SFJA 3MMTA 2E09A 4NXSA 1YYAA 1FY6A 4NNBA 3LGEA 2JKPA 5D2TA 4LTSA 2CLIA 3UWYA 5KZEA 2GUUA 4GXMA 3O1NA 2ZRWA 3WJZA 4ALDA 3TIMA 3O16A 4ICNA 1KTCA 3THAA 3W9ZA 4YCPA 2J27A 4NJHA 3ATZA 2WNZA 3UZJA 1I2PA 3SGZA 4FNTA 4BK9A 1TIMA 3LCXA 3O6YX 4M6PA 2V2DA 4OT7A 3LTPA 3SR7A 5IBXC 2TRSA 3STCA 5HQEA 3T55A 3IGUA 3IVTA 5D05A 4AMAA 2E6DA 2VFDA 2Y6ZA 1XCFA 4HSOA 4H6KA 3DKJA 1IIGA 5EL1A 3NZRA 1YPIA 4KWVA 5DY3A 5E1QA 4TIMA 5BMWA 1W31A 2ZZ4A 3IGSA 1KM4A 4Z1CA 3MUXA 4U4MA 3WK3A 2CU0A 4MLJA 3LRMA 1ICSA 4S1FA 1QMLA 1I2RA 3UWUA 4LUIA 3JRKA 3N3MA 3B0VC 3A22A 3NQAA 3P81A 4R7JA 2OT0A 1VHCA 2VXNA 3O6DA 5C54A 1DBTA 3HB9A 3TV8A 5AHIA 3T78A 3W74A 2FIQA 5K7JA 4Q4KA 3V1PA 3EWZA 4CNPA 3B8DA 3EX4A 3B0UX 3GDKA 4DF0A 2OX1A 1T96A 4JEQA 5CG7A 2Y61A 4A3UA 3BO9A 4O18A 1W3TA 4IMFA 3G18A 4I7VA 4H4IA 4M7TA 2V8ZA 1EUAA 3O8AA 3BARA 1GVRA 3S5OA 2R8WA 1KTBA 3GDTA 2RDWA 3NNTA 3LCGA 4BWLC 1RQHA 1R46A 1QO5A 3EXTA 3W83A 4UFMA 1TQJA 2BZNA 5F4XA 3HBLA 3OA3A 3W84A 4ORIA 4MZ8A 5KSWA 1FCUA 3C3NA 4JYFA 1TPFA 1WX0A 4O17A 1ZNNA 3A9IA 2DORA 2RH9A 6TIMA 1OK6A 2QKFA 3DFQA 3QJAA 1YDVA 3JR2A 1WBHA 2ZZ6A 5E93A 4MZYA 1TPH1 2E5CA 1I2OA 4FIQA 3LXBA 1HO1A 2DJXA 2G5WA 1GTEA 4QM1A 4ZQNA 4HPXA 4Y6GA 2A6LA 2Q3RA 1OYBA 4ZQMA 3Q37A 2DZWA 3MHGA 2ZFAA 3P84A 1JQVA 1DKWA 5E0KA 3ZWTA 4O1BA 1IGSA 2AQWA 1KBJA 1Q6RA 1FX6A 1H7XA 3CEUA 3NA8A 1GVFA 3W71A 3GYEA 3EEGA 1DQXA 1OFOA 1QDSA 2PRHA 1ADOA 3IEBA 3S42A 3NOEA 4FF7A 4WOZA 1SU5A 3DBPA 5F2GA 3BLEA 1H1YA 3W1NA 2PRLA 4UTMA 2H6RA 3NPWA 4PL1A 1EB3A 2VFEA 2ZA2A 4DELA 5DXYA 1HO4A 3HGRA 3WJXA 2V5LA 4P61A 4O14A 4RX0A 2E6YA 4FNRA 5BNKA 4GC4A 2VKZG 1JVNA 4UFJA 4DQWA 5BMXA 1QO2A 4J9JA 3L2IA 3PWAA 3PUEA 4JTEA 4MJZA 4OV4A 2FB3A 3R13A 3P60A 3TSMA 4DEFA 1TPC1 2QJHA 4RJEA 1LOSA 4A2RA 2E6AA 2ZRZA 5LNRA 5I3IA 4GUJA 4O12A 2VFFA 3W72A 1WBJA 4LWWA 3TE9A 4CCDA 1TO3A 2OCZA 5HWJA 3W1UA 5IBXA 4JN6A 5DN1A 2A1YA 4IX2A 4MPQA 1F2JA 1G4TA 4NZJA 1PV8A 1EWDA 2KZHA 3TH6A 1RV8A 1MEWA 2HTMA 1V7YA 4OGZA 2ABAA 5CZ0A 1A5AA 2YFNA 1VCVA 1AW5A 1RQEA 1FWNA 1PL9A 4BI5A 3KVLA 3OBKA 3ELFA 4NJJA 5AC7A 3GNDA 4MKNA 1H7RA 3NM3A 3W2KA 4JTTA 1G7VA 2J9ZA 3LBCA 4GRSA 5AYYA 3BV4A 2HS8A 3BGJA 3FYPA 3PB0A 3SY5A 1KFJA 1H62A 3NDOA 4N9DA 4WOQA 3N9SA 1W0MA 4LVFA 3L9CA 3P67A 2CZFA 3W7CA 3W2MA 3LB0A 4Y90A 2TSYA 4LV9A 3TXVA 5L9FA 1ALDA 1H61A 4FNQA 4ORMA 3HQ1A 3P61A 2A0NA 4WY0F 2YPIA 2QCFA 3NG3A 1MO0A 1X1OA 5D02A 2EAWA 4S2BA 1NF0A 3PUOA 3W2UA 1IXQA 4N6EA 3CC1A 3GDRA 3USBA 1MXSA 3KRZA 2DZVA 1SW7A 3UPBA 4POCA 3NXFA 4O4WA 5HUPA 1L6SA 4UTUA 1HFBA 3DZ1A 4IOTA 1ICQA 3L65A 4MZ1A 1TPDA 4KWWA 1XKYA 3N2XA 3WJYA 2B7QA 1IXPA 1VC4A 3OVPA 3G1XA 3SIZA 3C56A 8TIMA 3WFAA 4LVGA 3TAOA 4O11A 3PULA 3S5NA 5U7SA 2VOMA 2QUTA 1ZFJA 1VPXA 2GJLA 1ZHAA 3DENA 4O54A 5I3HA 3CT7A 3VE7A 4IUOA 4DO5A 3LCFA 3W87A 3Q58A 5FF2A 3LX9A 2GOUA 1QOPA 4O52A 3LHTA 3L21A 3C2VA 4MVAA 3M5VA 2CLKA 2A7PA 2HSAA 4GWEA 3PBVA 1U5JA 4ONVA 4O57A 1F05A 5C5YA 2UV8G 4WJEA 1GOXA 3PG9A 3QSTA 3CWNA 3H54A 5HWMA 5AOUA 3OHIA 2BX7A 4LS0A 2QCDA 2E68A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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