4GUIA

1.78 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with quinate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 96
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4guiA00
5CZSA 4R34A 1ZCOA 3S6DA 3NQFA 5FEPA 4LNYA 4JTIA 3TMQA 3FJ6A 2G5WA 2C19A 1T96A 3KOFA 1YTEA 4CLMA 5LHEA 3UXDA 1GJPA 3DFTA 2E1DA 2HMCA 3EWBX 3W7EA 2CWNA 3KRSA 2GPTA 3LI1A 3ABQA 4HNTA 1YPIA 2QCHA 4M5PA 4O17A 3B05A 4JX6A 3KFTA 2OT0A 4DBEA 1QOPA 1FCBA 4LRTA 3B04A 2VXNA 4I9AA 2VFEA 3YPIA 4UTWC 4XKYA 5BW6A 3NPWA 2EGZA 2QUTA 4ZQPA 5EBUA 4MLRA 1R47A 3SW6A 4MJMA 1G6CA 3RNDA 4BK9A 4Y6GA 2Z0IA 2QCDB 2FQIA 1DQWA 2QJIA 3NZRA 1VYSX 1PCKA 1GVQA 1FWRA 1SU5A 3BW4A 3KX6A 3PY2A 3A24A 2WSYA 1OK4A 1TO3A 4NJHA 3V75A 2GJNA 1IF2A 1IXQA 3LCIA 1OYAA 5K2ZA 3S9YA 3CHVA 1XCFA 1JCLA 1AW5A 2B7OA 2QCGA 5D03A 3PUDA 1X1OA 3FIGA 3DU0A 1OFDA 2J9XA 4H4IA 1WQ5A 4ML9A 4FEZA 3GKAA 4MUZA 3DHFA 4LV4A 4HIBA 1GPWA 4GBUA 4O50A 4MVAA 3IGXA 3N2XA 1WAUA 4AHQA 1XBVA 4PH6A 2EAWA 4D2JA 1G7VA 3U6WA 1JRCA 1JUKA 2GUUA 3JRKA 4O19A 3QPZA 3R8RA 2PCQA 1KM5A 2V30A 4XBSA 1TTPA 1SO6A 2P10A 1YDVA 4I7WA 5DBTA 1TPWA 5HQEA 1H7PA 4MFEA 1UB3A 4DO4A 3E9AA 4GFSA 1YYAA 4FX7A 4QNWA 2BTMA 2QDGA 5FEXA 3G1YA 2A5HA 3FEMA 1ZNNA 3UD6A 2OX1A 4KKXA 2WNZA 4O53A 4Q4KA 3OG3A 1WXJA 3DHDA 5HR7A 2OCZA 2WV8A 1F6KA 2GOUA 5D04C 3UWUA 1K3UA 5EL1A 3LLFA 1XDMA 4PC8A 2F7FA 1B4KA 1BWLA 3G3DA 4GUIA 3NNTA 3DKJA 2C0AA 2E6FA 3KAOA 4DBDA 2QEZA 3C2FA 1OX5A 3PBUA 3W3OA 1LORA 3LHWA 3IGSA 3NL5A 1F7BA 3LCWA 4WQ6A 3BPWA 4P61A 4JNMA 4A22A 5KZDA 1LBLA 4YXGA 3O6YX 2QCCA 1MEIA 3GNDA 3LTSA 1VH7A 5D2VA 5DY3A 5FEZA 1HUVA 3PM6A 2EKCA 3LHYA 3TFCA 3WJYA 2A7PA 4NJKA 1GOXA 3OVQA 5EA9A 4O12A 2Y6ZA 4LOCA 1RV8A 2A85A 5SWUA 3I7RA 2J9YA 3S1VA 3THAA 4R33A 1FDJA 3IEBA 3P81A 1IXPA 3NZ1A 1QWGA 4NUWA 5DXXA 1GTEA 4O54A 2Q8LA 1YDOA 4RXFA 3W7NA 4AVFA 1I2QA 3OBKA 3S5ZA 2Y62A 3NQDA 1QMLA 2Z6IA 2A21A 3GKFA 2R94A 4WX2A 1TV5A 5AHNA 1RZMA 1J2WA 1EUAA 3NO5A 1DBTA 4QITA 3W88A 2J88A 1W0MA 3W72A 3UZ5A 3KRUA 5LZLA 4UTTA 1I2RA 3K30A 5L6UA 3FYPA 3W2LA 1OFQA 3A21A 4A2RA 1F6PA 1LDCA 3FYOA 1LROA 2A7RA 1RQBA 3NPXA 4S1FA 3R13A 1QFEA 4JTKA 4ADTA 1OFAA 5D33A 3NVTA 4NXSA 3IIPA 1M6JA 3NYZA 2A1YA 1TSIA 1RQEA 4GWEA 3QSRA 1OFBA 4JTUA 2DJLA 5HJLA 4PL2A 2DP3A 4QAIA 3NXFA 1IGSA 1JRBA 1AL8A 1KM6A 2NV2A 4OHQA 4K8EA 3R89A 5AC6A 4JTHA 3G0XA 3W2JA 1TPEA 4UTHA 3N9SA 1VCGA 2VFGA 1KBIA 1LLZA 1EEPA 1H1ZA 1CI1A 3UY8A 1DVJA 3G1SA 3E12A 5G5IA 3LXCA 5DXYA 4PTNA 1SPQA 2B7QA 2P1FA 1HG3A 3P82A 5HMSA 1EPXA 3O05A 3BGGA 1DOSA 4ALDA 3H53A 1FWNA 3L65A 4JY8A 1X6UA 3G1AA 3S8HA 2HTMA 3W7RA 1KFBA 2X30A 4P2VA 5FEWA 3IRDA 3WJSA 3EXTA 1TPC1 2ABBA 3P67A 4MOZA 2ZFAA 4DPQA 3G1HA 4UMCA 1OFOA 4Z1AA 1DORA 3CU2A 2A0NA 5U7SA 3LERA 3BO9A 2BXVA 3S5NA 1JJKA 1OFRA 1F74A 1V5XA 4MIMA 3DFSA 1VC4A 3I7SA 3P61A 3QW3A 2A7NA 1F5ZA 1TPUA 2C13A 3B8DA 4O1CA 3R2GA 3LM7A 1KW1A 4YMZA 5BNKA 4HNNA 3S1UA 3ABSA 1C29A 1C9DA 2B4GA 1D3HA 4AHPA 1O94A 2X16A 3GB6A 3O8AA 1F76A 4Z0JA 1KM2A 4AMAA 3F1QA 1Z42A 2QCDA 4Y96A 5AHLA 5LGZA 1M7PA 2ZA3A 3LXAA 4K7VA 3STFA 2V8ZA 1LRNA 1LP6A 3TCEA 3MBFA 3PG8A 3VFLA 2I9EA 1H5YA 3MYOA 4UTTC 1JULA 3WK0A 7TIMA 3NA8A 3OA3A 3MYPA 5D09A 5D05A 3W1UA 1I8JA 4FX8A 4MPQA 5K7JA 2OMAA 1KTBA 1A5AA 3N19B 3SI9A 1YTKA 5KZMA 3BARA 2WQPA 2ZRXA 3NL3A 5AB3A 4OT7A 4A3UA 2NX1A 2CZFA 3LCXA 4DO5A 1W3TA 4WD0A 4RKAA 1H62A 3WFAA 3LCGA 4WOZA 3QQ1A 3TIMA 3T44A 2FPVA 3M7WA 3EB2A 3UQNA 2RDWA 3G1XA 1ALDA 2NX3A 1QO5A 3C6CA 1D3GA 3EWUA 1ADOA 1T8XA 3GDKA 2YX0A 4JDBA 2QJGA 5DELA 1FX6A 4KFPA 1WV2A 5BMXA 2GQAA 3HMJG 2W79A 2YXGA 2NUWA 3EXRA 3W87A 3U8GA 3W6YA 4FF7A 1ME7A 2EHHA 3SZ8A 2LLEA 3CIXA 4LT9A 5D38A 1O5KA 5G4EA 1K8ZA 3T40A 1DHPA 4AF0B 2RDUA 3P62A 4AWSA 3G3MA 4RCXA 3L68A 4Y9AA 5CSRA 2PRLA 1H7RA 4RXGA 2FTPA 2ALDA 1H1YA 1Q6OA 2A6LA 2DZUA 2ZZ6A 3DFPA 5LNRA 4O8RA 3MHUA 3LRLA 4HSOA 3FKKA 4XWUA 5CZTA 5J5RA 3PUEA 4C1LA 1XFBA 4IMFA 3ABOA 4HSNA 3INPA 4I7UA 4LC8A 2CLIA 3L5LA 3HPSA 3W71A 1EP2A 3W7MA 1AL7A 3NPUA 1EB3A 3MI2A 4YL2A 3M5ZA 3HJZA 3EWYA 3DFQA 3EWXA 5F2MA 3B03A 1EWDA 3TDFA 3BLIA 4BI5A 1TQJA 1L6SA 2PRHA 4PODA 1F73A 1LTDA 3TC7A 1QAPA 1SW7A 2ISWA 1K8XA 2OJPA 5C2XA 4TMBA 3B0UX 4LW7A 5AYYA 1I2PA 3G0UA 3PR2A 4N4PA 3TFXA 3STEA 2YW4A 4NU7A 5E93A 1SW0A 3KHJA 4FNPA 4IX0A 5H91A 3W1AA 3PWAA 4WZHA 1RQHA 2VKZG 1HTIA 5KSWA 4WJEA 3M1ZA 1QCWA 1LRQA 2D73A 1PE1A 3C2RA 1ZAIA 3P5YA 1XDLA 3GK0A 4O0KA 3QMTA 2ZBTA 4EVZA 4MFDA 1KFKA 2YGYA 1WX0A 1MXSA 4GUHA 2ZZ1A 3W86A 2Y7GA 3C0JA 4JDYA 3MJYA 5CPOA 3TH6A 3UY7A 1DKWA 2VFIA 2DZPA 1QPQA 5TQLA 4Y8FA 3TC6A 2H3BA 1VGAA 2QDHA 3LB0A 4AB4A 4OGZA 3V1PA 3HGJA 3TXVA 1ONRA 1W54A 4UTJA 4MZYA 5G4WA 5DN1A 1SZEA 3GYEA 1PIIA 3PF3A 2DZTA 4ADUA 1GQNA 1AMKA 3C2EA 4OV4A 5U4NA 2V81A 3LV6A 5D2TA 3MMTA 4FXSA 1DV7A 2DZWA 3SGUA 5EMUA 2YFOA 4PFMA 3SSJA 3W7CA 1PV8A 5KZEA 1ZY9A 1F05A 4O16A 2HS6A 5I3GA 1QNVA 1I2OA 4AH7A 2TSYA 3STCA 1NSJA 2Q3OA 1TPDA 2ZRUA 5DY2A 4IPIA 3O6DA 4JTSA 1LZOA 1TYGA 2VFHA 3G24A 4LUIA 4DELA 3W1LA 5HWJA 4MYXA 2JKPA 5DCBA 3W1RA 1SW3A 3VE7A 4PA8A 3TJXA 1XM3A 5HULA 4FB7A 1TTIA 2BSLA 4GUFA 4UR8A 2J24A 3W2KA 3PAJA 1VYPX 1FQ0A 1VHCA 2CZ5A 2Y88A 3HPZA 2CLLA 1S5TA 2A4AA 2GJLA 4BI6A 3UNDA 1OYCA 1NVMA 5T26A 1AW1A 2DJXA 2E5CA 1GVSA 3W7IA 3GAKA 1LRTA 4UFMA 4BF9A 5AYXA 3KVKA 4UNLA 4WY0B 2B7PA 3CTLA 4UCGA 3I7QA 1WYIA 1ZAJA 1J5TA 3UWQA 1XUUA 5F2GA 4YCPA 2XFWA 3IIZA 1GZGA 1MZHA 3M6YA 4MZ1A 2QAFA 4B5NA 3QFEA 1YDNA 4HPJA 1H7XA 3HQ1A 5EY5A 3W23A 2NLIA 3R12A 4CQ9A 3C56A 3FJLA 5AHEA 5HUPA 8TIMA 4ORIA 4RV8A 2WNQA 2ZCGA 3OIXA 2CLKA 5IBXA 3CWOX 4JEQA 1QR7A 3F4WA 5DLCA 3DBPA 3PSVA 1TJRA 2NZLA 3NQ7A 3QJAA 4GRSA 4LC6A 5DCDA 3OEXA 3BGJA 2JBMA 2C14A 1A5BA 3LCLA 3TAKA 2VEIA 1OF8A 1KTNA 1VLIA 2FB2A 4EF9A 4AF0A 3HG3A 3QMSA 4IWWA 4N6EA 4FX6M 4ZQMA 3GLCA 1OHLA 3LV5A 4BI7A 2YDAA 3QRHA 1KFEA 4AAJA 5AHFA 2X1TA 3G1FA 1VS1A 2DORA 3PG9A 4UR7A 2TMDA 2UV8G 4WXZA 3T55A 3EX6A 3LOTA 1MO0A 1ICPA 2CLMA 2WKJA 3T7VA 1RPXA 4N4QA 3NQGA 2Y70A 5D30A 1OVDA 4ZL1A 4HN4A 2P0OA 4LUJA 1FDYA 5HWMA 1SZNA 4BFAA 2C3ZA 1VCFA 1BKSA 3W1QA 1W3NA 1DL3A 4AWUA 2ABAA 2V82A 2FFCA 3C3NA 2RH9A 1G69A 3NPVA 3I65A 3DFOA 4JTTA 4W9TA 3UWWA 3FS2A 5I3FA 2BX7A 2FDSA 4TO8A 1TREA 1SO3A 3QH2A 1HO4A 3CEPA 1DJNA 3SY5A 5G1TA 3USBA 4GJ1A 1YPFA 3HG2A 2JKAA 3IGUA 4LS1A 3L2IA 2ISSA 3NQMA 4PCFA 1MEWA 4G1KA 3A5VA 3O6CA 1C8VA 2Y7EA 4A21A 5FESA 2FB3A 1EP3A 3NQAA 1SSGA 1FDZA 1OYBA 1GG1A 3GR7A 4KFOA 4UFLA 2ATSA 4BR1A 1EP1A 4JTFA 3TJLA 2ZTJA 3FKRA 3EKZA 1WA3A 2WNNA 2QCMA 1LYXA 4QJ1A 4JICA 2CZDA 3TQVA 4LTSA 4CQAA 4C1KA 2ZDRA 2V9DA 3LCFA 3B06A 4ZQRA 1G4PA 3TX9A 3TKFA 3B4UA 5HUOA 3M9YA 4K39A 5IBXC 1X7FA 3C2OA 5LNWA 2WJZA 2IQTA 4IPJA 2XN0A 3TW7A 3W1XA 4O10A 3W73A 1SUXA 3CM4A 3TE9A 1KLZA 2R91A 3HOJA 5D02A 4L4LA 1IIHA 4DQWA 1B9BA 4N2YA 3L5AA 1W1ZA 3A22A 5G2WA 2WSRA 5C55A 1LCOA 1EWEA 1THFD 2FPTA 1TQXA 4QQ3A 4ICNA 1FUYA 1JUBA 1KA9F 1H7WA 1W5QA 4U28A 3UYCA 4O57A 3P7YA 1GWJA 2ZZ2A 3MBDA 2X1RA 4E0CA 3ABRA 2O7SA 1EX5A 2QCEA 4O18A 2Q3RA 5D2XA 1P5BA 5MHBA 4HT3A 1IIGA 5E1QA 3ZFHA 1SSDA 3N9RA 4CQ8A 1VQTA 1S5WA 3SIZA 1TPB1 2NWSA 3EX4A 4H6KA 3TUUA 1N55A 3RLVA 2QCNA 3P8IA 1K7EA 3KVJA 1I4NA 1OX6A 4UMBA 4A2SA 3DI0A 1D9EA 1P0KA 1KFJA 4JN6A 4Z1DA 2NXHA 3FFSA 1VJIA 1VYRA 1QPNA 4O28A 1LOLA 3VCRA 5LSMA 4N9CA 3NQ2A 1KM1A 3HG5A 3CEUA 3S1WA 4LVAA 3GDMA 1GVOA 2QF7A 3GDLA 3GIYA 2R8WA 1VR6A 3PS7A 4O14A 3I68A 2YR1A 3N3MA 5EYWA 4UC5A 1FXPA 3GX9A 5BOOA 1UASA 3O1NA 1OFEA 3P60A 4UFJA 1Z44A 2CW6A 1VLWA 3W9ZA 3TXZA 1NEYA 5F2IA 1L2UA 3LBMA 1S3HA 2YFNA 2ISVA 3HGSA 2BLEA 4Z1BA 5DCEA 5KITA 1J4EA 1K03A 4NQ1A 1NFBA 3O15A 4E2BA 2W0UA 4DF1A 1YXDA 3HF3A 3UPBA 4ZQOA 3W22A 2XN1A 4UFIA 2ZZ7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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