7TIMA

Structure of the triosephosphate isomerase-phosphoglycolohydroxamate complex: an analogue of the intermediate on the reaction pathway
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Intramolecular oxidoreductase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Structure of the triosephosphate isomerase-phosphoglycolohydroxamate complex: an analogue of the intermediate on the reaction pathway.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 88
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 7timA00
3LCIA 4H6KA 2FLIA 3ABQA 3UZJA 5C54A 1N55A 3R13A 3IV3A 1IXQA 2CLKA 3HMJG 2YGYA 3NQ8A 1W3NA 1G4EA 1QPRA 3EWUA 4Q4KA 1VR6A 1PE1A 1YDVA 1YDOA 1BWKA 4JTHA 4P61A 3GIYA 3KAOA 2V2CA 3BG9A 3EX1A 5CKSA 3N14A 1KFKA 3N19B 5G1YA 5TIMA 3NAVA 3N34A 1KLZA 3GXTA 3TAKA 3W70A 4Z1AA 3LHWA 1SO4A 1L6YA 2E6AA 3T55A 4O0KA 3NQ6A 2DZWA 5K4XA 4K8HA 1JCLA 3HF3A 4JX6A 4O1BA 3E0IA 4QAIA 3PC0A 1G7VA 3TQKA 3HG2A 2YFOA 5C5YA 4OGZA 2A7RA 1FUYA 1O94A 5I3HA 4LW7A 4M5PA 2HSAA 1MEHA 3LLDA 3NM3A 5L6UA 3EX3A 3PBYA 1OFQA 3FLUA 2YX0A 4U28A 4O4VA 3GB6A 3LV5A 2Q3OA 4N2YA 4S1FA 4DF1A 3SY5A 3ABSA 2DU2A 5HUOA 1FCQA 4WOZA 2ZZ6A 2WPBA 3F03K 3G1SA 3ATYA 4TMCA 4OE7A 4UFLA 5C2XA 2ALDA 3M0ZA 1WBHA 5BMXA 4MPQA 2FFCA 4AF0B 1O95A 2RDWA 1OYBA 4ZQCA 4OBTA 1LDCA 4XBKA 2J27A 3NOEA 5D2WA 2QCNA 5KSWA 3MI2A 4S2CA 3DI0A 3NL6A 1OJXA 4FB7A 4ZZ9A 5G4EA 1GYNA 4NNCA 3QYQA 1KM1A 1IXNA 1YXDA 4N9DA 3TXVA 1W37A 3B0UX 3BGJA 3G1DA 1XBVA 4X3ZA 4ZQRA 1X8FA 1KM4A 3FS2A 1JCJA 1P5BA 4K37A 3STEA 4MOZA 1LROA 3USBA 4RJEA 4O1CA 7TIMA 3PF3A 1TTIA 1XC4A 1KM3A 3P67A 1EP2A 5IM51 2E5DA 1IF2A 2QAFA 1VZWA 4LVAA 1P0KA 2QJHA 3SECA 1JQXA 4NZFA 4EWND 2VKZG 2F84A 3I65A 1O4UA 2NUYA 1EEPA 4I7UA 3W87A 3LBCA 2LLEA 4JY9A 3ZFHA 3VE9A 1XCFA 3KVKA 3PSWA 4IJBA 4MIMA 2CLOA 3DU0A 3N3MA 3SIZA 4OHQA 5U7SA 3BGGA 3PG8A 1KV5A 1V5XA 1X1ZA 3BK0A 3W7HA 1FXPA 1VH7A 1W3TA 5DXXA 4Z1BA 3FEMA 3KVJA 4HNUA 3B4UA 3S1XA 1VCFA 3FA5A 1W8SA 1TTPA 3OG3A 3UWUA 1WAUA 4XZ9A 3STFA 5I3JA 4IX2A 1VCVA 3EWZA 2FB3A 4JYFA 3L68A 1GTEA 3HOJA 1Q45A 1L2UA 5CPMA 5KTLA 1RPXA 1DV7A 1RV8A 1XUZA 3TJXA 3S0CA 4BWLA 2GVLA 4ZQMA 3NG3A 3GXNA 3QC3A 3QSRA 4IMFA 4TR9A 5A8GA 3LCHA 1ZAJA 4CCDA 1XL9A 4DF0A 2ZZ4A 3NPWA 3W85A 2OT0A 2QAPA 3QF0A 4UTWA 1YTEA 5D32A 4U4MA 4MZYA 1NVMA 4LTSA 3HB9A 2ISVA 1PS9A 5D09A 4DPQA 4JY8A 3KFTA 4AH7A 1XFBA 1EUAA 3WK1A 2RH9A 2Q8LA 1KM2A 4O54A 4IOTA 3QEZA 4CNPA 2ZRUA 5DBTA 3HO8A 4ORMA 2VC6A 3TMLA 4LT9A 1QR7A 3W2UA 3U2OA 4UMBA 3PWAA 4O13A 4JS3A 4WY0A 3TW7A 1W56A 3YPIA 2FTPA 1HG3A 4N6FA 1QPOA 5AFDA 3PY2A 2J88A 2V2HA 3EB2A 2VENA 4IXHA 1LORA 4UMAA 4FF7A 3GDKA 3SGZA 2Z6IA 5AC7A 4J9JA 3R89A 3HQ1A 3B8DA 3JRKA 3W1MA 3PVFA 3MP5A 4AXKA 1DHPA 4NNAA 4ORIA 3W7IA 1XKYA 1HO4A 1G4PA 4KWVA 1R2TA 1JR1A 2D73A 2QDGA 3EXTA 4ML9A 1SZFA 3CC1A 3LCFA 2QUTA 3IGSA 2X30A 3M16A 4NX0A 1VC4A 2YW4A 3KHJA 2Z6JA 1EWEA 1JCMP 4BR1A 3G22A 2R91A 4YL2A 2NV2A 3W1AA 1VGAA 4Y8FA 3HGRA 3SJ3A 2VEIA 3PR2A 4I7WA 1YTDA 3W7CA 1ALDA 5H2ZA 2AQWA 1SR9A 2PRLA 4FX6M 4MVAA 2XN1A 3OHIA 4A29A 3MO7A 3TXZA 3O6DA 1WV2A 4RZ4A 3B0VC 5FEWA 3GLCA 1TJPA 3BO9A 3TU9A 1ZNNA 2DP3A 4JTLA 4X22A 2NWRA 3W07A 1G7UA 2EKCA 1YPFA 1YTKA 1QDSA 1TPUA 2ZQ0A 4GUFA 3PS7A 3UPBA 3LOTA 1P1XA 2G95A 4NZJA 1I2NA 1WX0A 1GG1A 4NVTA 4YXGA 4DPPA 4JIPA 4ALDA 2VFHA 4HN4A 4O15A 3E96A 1K3UA 3W7DA 4AAJA 3N73A 5E0KA 4AHQA 5K7JA 4WJEA 1FDYA 2WV8A 4DBDA 2WSQA 3G1XA 4L4LA 1XDLA 4UTMA 3M1ZA 2Y62A 5LHEA 3P60A 3R12A 2Y63A 1W5NA 5H91A 4EF9A 4LS0A 4PL1A 3DENA 4UR8A 3H54A 4IPJA 1A5AA 2AGKA 4N9EA 3IGXA 1R47A 4FNSA 4PCFA 2DZVA 4A22A 4NJGA 5FEZA 4UUIA 4BI5A 1KTCA 3NM1A 2A6NA 1R2RA 4UTIA 1IXOA 5LNUA 1ZHAA 3NQCA 3KRUA 3NQGA 2A7PA 2I14A 3QJAA 3CTLA 1TB3A 3PULA 3I68A 3W7EA 5I3FA 1Z48A 2B0MA 4DBEA 3HG4A 1TPWA 4FO4A 1HFBA 1RR2A 3BVJA 4A21A 1ICPA 1SFJA 4RZ5A 4O1AA 5D37A 3RLVA 1ADOA 3TAOA 3RLUA 3HG3A 2PE4A 1YXYA 5DLCA 4YMZA 1F74A 3QW4B 3UQNA 3QSTA 4YLWA 3F4NA 4GXMA 4HPJA 5D03A 3BW4A 4JR5A 3TH6A 4TIMA 5CZJA 3OVPA 5DY3A 1EUNA 3MP4A 2KZHA 3DHDA 1E51A 1TSIA 2CLLA 3RK8A 3MP3A 2X16A 1F2JA 3TX9A 1SW3A 3W75A 4JTUA 4BI6A 2NUXA 2Z2UA 5HMSA 3K30A 3L0KA 1LZOA 4O50A 4LC6A 1IGSA 3QPZA 5CG7A 3O8AA 4JTFA 3M44A 3W7MA 4AB4A 5D30A 4ZMGA 4NT0A 2VFGA 3CEUA 3QPYA 3CQ0A 2C6QA 3NL2A 2RKXA 3NVTA 1W5MA 3UNDA 2C0AA 5LZLA 3DKLA 2Y7GA 4UTUA 4RV8A 4X2RA 1AK5A 5I3GA 4XKYA 5FEPA 3STCA 2NXGA 2DZPA 2R8WA 3D0CA 3P84A 5DCEA 5F2GA 3UY8A 2VELA 5F4SA 2YCEA 3ANYA 2CWNA 3W1LA 4ZVJA 1WYIA 1S3HA 2QCCA 1KFEA 3GZ3A 3HBLA 1QWGA 1I2PA 1H1YA 4BF9A 4H4IA 4ADSA 3G3DA 5GVJA 1LBLA 5LSMA 5U4NA 2OCZA 3B05A 4YWIA 3HG5A 1KTBA 2O7SA 1O5KA 4OWGA 2V82A 3UXDA 1GVFA 1UCWA 1FWTA 2O7QA 5FF0A 1KM6A 1TTJA 4FNRA 5CZTA 3DFOA 3Q94A 3L67A 5FI8A 3H53A 3U6WA 3S42A 4XUGA 4LY8A 1C29A 3LHVA 5AHEA 1QPQA 3V75A 3G0UA 1OF6A 4NJKA 1D3HA 5D38A 1M7OA 1T0OA 2QCGA 3LB0A 2ZBTA 4KFPA 1THFD 1ZJIA 3VE7A 2EGZA 1MSSA 3WJWA 3KVLA 4QJ1A 3LXCA 3CWOX 3OEXA 1AG1O 1KV8A 1W31A 5AYZA 3MUXA 4GUIA 4HNTA 1FCBA 2BLEA 2ATMA 4MUZA 1I8JA 3C52A 3WJYA 4JNMA 4O16A 1M6JA 2YFNA 2DJLA 3S5OA 4M7TA 1JRCA 3T44A 2WOQA 1AL8A 1SQ7A 3RF9A 5J5DA 1RQBA 1TV5A 1TPH1 3DHFA 2B7OA 1DQXA 4GWEA 1GZGA 3AJXA 2H3DA 1V7YA 2DJXA 1SFLA 1FX6A 3P8IA 1QOQA 4QIUA 4WY0B 1XXXA 2PRHA 3PG9A 2NXHA 4PA8A 2OMAA 4E2DA 1K7XA 1TMHA 4R33A 1ML1A 2B7PA 5K4ZA 3TUUA 1F6PA 1FDZA 3N2MA 4WXYA 3WK3A 1TPVA 3W1PA 1AW5A 3KRSA 3G24A 3W74A 1JCXA 1OFEA 2Q8ZA 4O52A 3TIMA 2ZRXA 1VCGA 1NFBA 2A6LA 2ABBA 4CCCA 2WNZA 1WQ5A 2ZFAA 3FKRA 3RNDA 1DVJA 2C16A 3ZS4A 4AHPA 2VEMA 1J5TA 4CQ8A 3FFSA 2GPTA 4DELA 1O5XA 4JTKA 3M7WA 4RX0A 3C6CA 3UWWA 4FEZA 3G18A 2QCEA 2CLHA 1I2OA 4M6PA 4JD4A 4GFSA 1GEQA 3QMTA 3C2VA 1M5WA 3LTYA 1LRNA 3PB2A 3Q37A 3C0JA 4CQAA 1XM3A 1C8VA 3ATZA 3M43A 2FPYA 4FXSA 2OJPA 5EY5A 3LM7A 3M6YA 1YXCA 1H5YA 2YYTA 4WD0A 2QF7A 1UUMA 5AB3A 3C2OA 3C56A 4NNBA 2GUUA 3VKJA 3G8RA 4CLMA 5LNRA 3IVUA 2CZEA 1SO5A 2X1RA 5E93A 3NYZA 2XFWA 3IIPA 1ME9A 1PV8A 3DFSA 4JTJA 1KLYA 1K8YA 1VS1A 2NXIA 4MYAA 4IMGA 1A5SA 1ONRA 3EWYA 4PFMA 3TV8A 3NDOA 4A2SA 2V5BA 1ICSA 3CIWA 5G2IA 3W7RA 1NF0A 3GAKA 1KW1A 1CX9A 2VOMA 4UTTA 3M41A 1MEWA 4NJJA 1TV8A 1AL7A 2R94A 1K7EA 4R53A 3QW3A 2FPVA 4IMEA 3P74A 3TQ0A 3BARA 1H7NA 3PUOA 5EA9A 1UASA 2H8XA 5BW6A 2TMDA 4MFDA 2Z1BA 1EX5A 5FEXA 1M7PA 4OQVA 3TSDA 2C19A 5BNKA 3W6YA 1EPXA 3W7NA 3C61A 2Y89A 2V9DA 3UWYA 3ZWSA 3NQ2A 4WQ6A 1O60A 1LOLA 3TSBA 3W9ZA 4ONVA 3MWAA 1GVOA 3W1NA 3B03A 1B9BA 2OX1A 4IUOA 1TRDA 1WDWA 4EIVA 1H7WA 2QCMA 6ALDA 4MFEA 4AWTA 1FY6A 3IVTA 1X7FA 5D33A 4O18A 3W76A 1VQTA 1N7KA 3EKZA 5FF4A 5KZDA 2Y6ZA 1T8XA 1AW1A 1BWLA 1TQJA 1LLWA 3T78A 1H1ZA 2E77A 1T99A 1EIXA 1DJQA 5K3VA 3NEVA 5AHMA 2G97A 3TDFA 2ZTJA 3QH2A 4JTGA 2I1OA 3C2EA 3CEPA 1DORA 3TJLA 3GK0A 3BW2A 1MEIA 2WQPA 3DGRA 3S9YA 3E12A 4N9BA 3DBPA 3LRKA 1L9WA 1RVGA 3CWNA 1NEYA 4NX5A 4N9CA 5CSRA 1PCWA 4O28A 3CHVA 2JKEA 2NX9A 2E5CA 1G6CA 3BV4A 4JTTA 5CZSA 4NXSA 3GKAA 1VHCA 2DZTA 1D9EA 3B0PA 5F4XA 1GPWA 2A85A 5EBUA 3M9YA 5CPOA 3W3OA 1MZHA 4MY1A 1ZFJA 1OF8A 2PRMA 4PH6A 3A5FA 2G5WA 4M6VA 3OBKA 1QO2A 2VEKA 4XKYB 4K7VA 2NLIA 3GKFA 3SFKA 1NF7A 5LGZA 2NWSA 1ZAIA 4X9SA 3GDMA 3QQ0A 2BWGA 2V8ZA 3CM4A 3C2FA 3MI6A 4L4MA 2E6FA 1K7FA 4PTNA 4DF2A 3GX9A 3B06A 1L6SA 3UXAA 1H7RA 1ZCOA 2GOUA 3TC6A 3O6CA 1GT8A 1SSGA 4JYDA 3IIZA 3LBMA 3W72A 1W1ZA 5IBXC 1IIHA 1W5PA 5D2YA 4QNWA 2FDSA 3R2GA 3DH7A 4JGDA 1SW7A 2H6RA 3TE9A 1DQWA 5EMUA 3W88A 3W2KA 4W9TA 3C3NA 2B4GA 4TMBA 4ZQOA 1K02A 4RLIA 4GNJA 3WJXA 2ZRYA 2JBMA 4IPIA 1TV7A 4K38A 5K9DA 1VHNA 2A7NA 1LOSA 4XBSA 3B04A 1FXQA 3W2JA 3L66A 1XBZA 2QDHA 4DO4A 3W1QA 1LBFA 3DZ1A 3LHYA 5LNVA 1RQHA 1TREA 3TC7A 4MZ1A 3S1UA 1YYAA 4KKXA 1OFDA 3EWWA 1Z41A 2QCDA 3I6RA 1EP3A 2QEZA 4CCEA 2V2DA 3MYPA 1KM5A 1F05A 4FNTA 4HT3A 1T96A 1JUKA 4NQ1A 2E1DA 4MYXA 4UC5A 3BPWA 1HO1A 3MI3A 4M6QA 3O06A 3FJLA 2G96A 1B3OA 3EX6A 2DZXA 2ISSA 4OT7A 4K36A 3L5LA 5CGQA 2J6XA 3W7PA 1WA3A 2W6RA 2WO5A 1TPFA 1ZENA 1F6KA 1TIMA 2W79A 5F1UA 2BX7A 4UFJA 1KFCA 1JULA 1H61A 5DCBA 1JUEA 1U5JA 3LDVA 4OV4A 4FIQA 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 3STG A;  1WOB A;  3GXP A;  3L9C A;  4IWW A;  3N9S A;  3THQ A;  1YDN A;  4UTH A;  5F2L A;  3HGS A;  1FCU A;  1Q6R A;  3TCE A;  5IBX A;  2ZTK A;  3LGE A;  1JUB A;  2PC4 A;  3JS3 A;  2E09 A;  3LRL A;  4TX9 A;  3TNO A;  4DO6 A;  4FHA A;  4LVB A;  4E0C A;  2DOR A;  3EWB X;  5G2H A;  2WSY A;  2V0T A;  5AHL A;  4Y96 A;  3G1Y A;  1IIG A;  2P10 A;  4UFK A;  5D04 C;  4C1L A;  4A3U A;  1QML A;  2GQ8 A;  4UTL A;  2QJI A;  3U8G A;  3W71 A;  3GNN A;  3PBW A;  3L21 A;  4Z0S A;  4N02 A;  3S1V A;  3W23 A;  1JQV A;  5EPD A;  2ZRV A;  3QRH A;  2H3B A;  3BLI A;  1ZAH A;  1W54 A;  4JYE A;  4FNU A;  5KIN A;  2IQT A;  4WUI A;  3WFA A;  1BTM A;  4QSH A;  3VFL A;  4JIQ A;  5I3K A;  1D3G A;  2J9X A;  4O4W A;  4QIS A;  2NUW A;  5CPN A;  3LCG A;  3Q2D A;  5C55 A;  3LI1 A;  1GWJ A;  3SGU A;  5BOO A;  3CIX A;  4AEO A;  2WKJ A;  4HIB A;  4KFN A;  3HGJ A;  1ME8 A;  4LVG A;  3IIO A;  1GVQ A;  4O8R A;  3O63 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CL6 A;  3THU A;  3ZYZ A;  3UZJ A;  1V02 A;  2XJ7 A;  5C54 A;  1QNS A;  3GWQ A;  3IV3 A;  1LLO A;  3FV9 A;  3QR1 A;  5JQ9 A;  2CLK A;  5CLT A;  4GYF A;  1PTA A;  3RO8 A;  3NQ8 A;  3U57 A;  1ONW A;  2XIB A;  3DX5 A;  1F61 A;  3EWU A;  4Q4K A;  1VR6 A;  3OGV A;  1YDO A;  1MNS A;  2BXZ A;  2XIO A;  1ZPT A;  3EX1 A;  5CKS A;  3N14 A;  3NUK A;  3QKE A;  4WCJ A;  3N19 B;  1P0E A;  3CMF A;  2ZUV A;  3N34 A;  3GXT A;  3TAK A;  4Z1A A;  3LHW A;  1J9Y A;  3IJ6 A;  3VKC A;  1L6Y A;  2E6A A;  4O0K A;  4F48 A;  9CGT A;  3HF3 A;  4JX6 A;  4HHH A;  2HEJ A;  4QAI A;  1FH7 A;  3ZR5 A;  2QT3 A;  2A7R A;  1J8V A;  1VFU A;  3HZ3 A;  2D3N A;  2HSA A;  4M5P A;  3URB A;  3LLD A;  4CVW A;  3EX3 A;  2Y24 A;  3KZP A;  2J4G A;  3GB6 A;  4DF1 A;  2XHY A;  4AZB A;  2E25 A;  2DU2 A;  5HUO A;  1FKW A;  4WOZ A;  3F03 K;  3ATY A;  4TMC A;  2CBJ A;  2ALD A;  2D23 A;  1UZ1 A;  3EWC A;  5BMX A;  2FFC A;  2PDU A;  3DOP A;  1TJ0 A;  1JYN A;  5T9B G;  1L6F A;  4PE8 A;  1LDC A;  3V4B A;  4Y9P A;  3RPM A;  2J27 A;  2XG9 A;  1WXY A; 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