3PS7A

Biochemical studies and crystal structure determination of dihydrodipicolinate synthase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MIAGSMVALVTPFDAQGRLDWDSLAKLVDFHLQDGTNAIVAVGTTGESATLDVEEHIQVVRRVVDQVKGRIPVIAGTGANSTREAVALTEAAKSGGADACLLVTPYYNKPTQEGMYQHFRHIAEAVAIPQILYNVPGRTSCDMLPETVERLSKVPNIIGIKEATGDLQRAKEVIERVGKDFLVYSGDDATAVELMLLGGKGNISVTANVAPRAMSDLCAAAMRGDAAAARAINDRLMPLHKALFIESNPIPVKWALHEMGLIPEGIRLPLTWLSPHCHDPLRQAMRQTGVLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title Biochemical studies and crystal structure determination of dihydrodipicolinate synthase from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 108
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2010-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ps7A00
3DH7A 3MYPA 3O8AA 1FCBA 2E77A 2XN0A 1GVRA 5LNWA 4JX5A 4XBKA 1TPEA 3NA8A 2FIQA 3P74A 3HG2A 2ZYFA 4JNMA 3THAA 1RPXA 1ALDA 4UNKA 4LW7A 3T40A 1LYXA 6TIMA 3PM6A 5G2HA 4ZQCA 2ISVA 1OX5A 4NQ1A 1R47A 1G6CA 2A7PA 2J6XA 1EX5A 1G69A 3LCFA 3W23A 1XDMA 5KTLA 1H5YA 2ZFAA 4Y90A 3MHGA 2ZZ5A 4FIQA 1E51A 4AWSA 1G4TA 4O57A 4XTIA 4GUGA 1K7FA 2ZA1A 4WX2A 3QSTA 4IXXA 1GOXA 1O60A 1KM5A 4LRSA 3DFQA 1GG0A 1XL9A 2DZUA 3S0CA 1V7YA 1JCJA 1H7RA 2W6RA 5I3GA 1ICPA 4O12A 3UD6A 4UNLA 3WK2A 4IMDA 4MFEA 3CLMA 3C3NA 2A6NA 3UZJA 1DQXA 3BPWA 2JBMA 2F7FA 1IF2A 4WXZA 3W7RA 2Y63A 3TSBA 3WJYA 2ZQ0A 2NUXA 3W72A 1BWKA 4LY8A 2ZTKA 4K8EA 1TPFA 2X2GA 2I9EA 1QO5A 4WY0F 1JULA 3M5VA 3L0GA 5HUPA 3CC1A 3WK1A 2Y7DA 1H1ZA 1I2QA 1JQVA 2ZTJA 4ML9A 1H61A 1OFQA 3FJ6A 1XFBA 3SZ8A 2EF9A 3EKZA 3EWZA 1XUUA 4IUOA 1UJPA 2B4GA 4YLWA 3EXSA 1LBFA 1FWTA 4AEOA 1YDVA 1W54A 3NQEA 1MO0A 1GYLA 1GZGA 1K02A 5AHNA 3UPBA 1TCDA 2FJKA 2B7QA 2QCHA 1MXSA 4MOZA 5CPMA 2QR6A 3TV8A 1ZALA 3PS7A 4HPJA 1W8SA 5EY5A 1EWEA 5EPDA 1JVNA 4YXGA 3W1TA 1T8XA 3CEUA 3DGRA 3W07A 2B7NA 4NX0A 3W1PA 5HMSA 3SJ3A 1OF6A 1XKYA 2Y88A 1F2JA 5L6UA 1I2NA 3BG9A 2XFWA 4Y6GA 1THFD 3ATZA 1VLWA 3TXZA 4BI5A 2FPTA 3I68A 4WJEA 3W86A 2NXGA 3T55A 4BWLA 3FEMA 2WNNA 3FOKA 3LI1A 4MIMA 2CZDA 5I3FA 4X22A 4UFKA 2A1YA 3IIPA 4MYXA 3QM3A 4J9JA 5IM51 4RX0A 1XC4A 2A4AA 3O6YX 1PHWA 5D38A 1L6SA 2FTPA 1EP1A 1SZNA 3NL3A 4AF0B 4UFLA 3NOEA 2PC4A 4NXKA 4O50A 5K4ZA 1JR1A 3G3DA 3GDKA 3GXNA 4AWUA 4Q33A 3QW4B 1WYIA 3U2OA 2YSWA 3IVUA 4ZZ9A 5LGZA 3UWWA 1B4KA 4UCGA 3GK0A 3EB2A 4WZHA 3TQKA 1A5AA 2VFFA 3W7IA 3CU2A 1P5BA 3W1NA 2EKCA 4DBDA 1U83A 3FFSA 1SW0A 3N3MA 4QISA 3W7PA 3LTPA 4DQWA 5D2WA 1O4UA 5F2GA 2NZLA 4O10A 2Y6ZA 2X1UA 3NQGA 3TFCA 1FWNA 1G67A 1WAUA 2FB2A 2O7SA 4LVBA 3IIOA 3QFEA 4N6EA 1VYPX 3KVLA 5DELA 3S5OA 4JTKA 1QOQA 3LCIA 1GVOA 2Y62A 3SGZA 4GE8A 4LT9A 1BWLA 2DP3A 5D30A 2CLHA 1LROA 3S5YA 5EKYA 4DF1A 2QDGA 4AAJA 1O94A 5KMYA 1CX9A 2CWNA 3IIZA 2YDAA 3EEGA 4M7TA 2ZRWA 3UXDA 5LZLA 3NM1A 3SGUA 3C56A 4NXSA 5L9FA 2YFOA 2ZCGA 3M41A 5HINA 4Z1AA 1QCWA 3VFLA 4LUJA 4XZ9A 2H3BA 3P5YA 2FPYA 1TJPA 3V75A 2H3DA 4FXRA 4JTUA 2KZHA 2QCGA 3W75A 5U7SA 2WSYA 3IVTA 3MMTA 1QPNA 3CIWA 3W2MA 4JX4A 3PC0A 4NNCA 3I7SA 2DZXA 1VR6A 2DZVA 3LLDA 3MBFA 1EUNA 3S6DA 4LU0A 3SW6A 1TPVA 2NV1A 3OVQA 4FX6M 4LWWA 3TMLA 4K38A 4AH7A 3Q2DA 2ZA2A 4UTKA 3QPYA 2YXGA 3QQ0A 2DU2A 1B57A 1FX6A 1SZGA 4Z1CA 1P1XA 3K30A 2A2IA 2ABBA 4K7VA 1FCVA 3HG4A 4P2VA 3C8FA 4BI7A 4MJZA 3QPZA 2QJHA 4O4VA 5HULA 3PR2A 1LLZA 3DKLA 1FWRA 3C0JA 3STFA 3EWYA 3CB8A 4JYDA 1TTIA 1KM6A 2V8ZA 3ZWTA 3LHUA 1A5BA 5BRBA 1RVGA 1YXDA 5BOOA 2ZRXA 4OV4A 5FF2A 3LBCA 2NUWA 1SUXA 4HT3A 2E6YA 1IXOA 4PCFA 2RHGA 1OYAA 2C19A 1YLVA 2Y70A 4I9AA 2NV2A 1NF7A 3BVJA 4UTHA 2GUUA 4MUZA 5A5WA 4K39A 5F2IA 1XCFA 4I7WA 3LXAA 4M7SA 2E6FA 2GVLA 3JS3A 1PL9A 4FHAA 3N2XA 5HNRA 3W1AA 4PEKA 3RLUA 4LV9A 1WDWA 3HPXA 3DFPA 3NQMA 1N8FA 1DV7A 2E6AA 1YPIA 1B4EA 5BMWA 4EWND 1CW2A 3IGXA 4IPJA 2NWRA 3W7KA 5KITA 3EWUA 3TQ0A 3NM3A 3UWQA 3HQ1A 4XTDA 1L2UA 3DENA 1ZFJA 2AGKA 1JCNA 3F03K 4LVAA 3MP5A 3S1XA 3NL6A 5F1VA 4I7VA 1K7EA 4O15A 2JGYA 3I6RA 5D32A 4RV8A 5A8GA 5DXYA 1LRTA 4GRSA 3O06A 4ZL1A 5HR7A 5AC6A 5C54A 1TRDA 3G1HA 4XUGA 1N7KA 3BW4A 1KLYA 2VFIA 3UWUA 1H7WA 4JTTA 3W7LA 1KTNA 4BK9A 1QOPA 3S1UA 4MJMA 3L2IA 3BO9A 1CI1A 1TB3A 1XBVA 4O1DA 3S9YA 1F7BA 3P62A 3NL2A 2VEIA 2DZSA 3CT7A 1WV2A 1H60A 2RDUA 3W3OA 2CZ5A 2W0UA 1EEPA 2YPIA 1B3OA 3LRMA 5D05A 1H1YA 1XDLA 1UCWA 3U8GA 2FQIA 4RXFA 3TW6A 4UTUA 1KM4A 1TPUA 1PCKA 5AHEA 3LGEA 3QJAA 1X7FA 3P61A 3HPZA 4HHPA 2QUVA 4GUIA 3W87A 3B05A 3W84A 1GPWA 4HNUA 1LZOA 1DORA 4CCEA 1PE1A 3KRUA 4QM1A 3SIZA 3EXTA 3SSJA 1NSJA 3QZEA 4O53A 4JIPA 4UTWA 3NEVA 3M9YA 3O07A 1W3TA 3PG8A 1OVDA 3BGGA 1LM1A 4A2RA 3IVSA 3N2MA 1LOLA 5TQLA 3W73A 3IGUA 3WJSA 1MSSA 4D2JA 1JRBA 3S8HA 1W5QA 8TIMA 3LHTA 4X3ZA 5EMUA 3NQ7A 4OHQA 4OWGA 1NEYA 1JCMP 1GVSA 1RQHA 2Z6JA 5D02A 4GBUA 1QDSA 3R2GA 3PWAA 1JJKA 4HSOA 4QSHA 2YGYA 4JTGA 3GAYA 3QMSA 4A21A 3STCA 3TAKA 2CW6A 2X30A 5AYZA 4UTMA 3M7WA 1OX4B 1AW5A 4WUIA 2HTMA 2EPHA 5FEPA 1KFKA 3QC3A 1FUYA 5KZMA 2A6LA 3TQVA 3FYPA 2R8WA 3W2KA 3PY2A 2E5BA 1OABA 1OFAA 3LERA 4KWVA 4GNJA 4LS2A 3PAJA 3KAOA 1K7XA 4P61A 5AHIA 5HWJA 3C2RA 3E02A 2R14A 3L65A 5F4XA 3W70A 3B06A 5BMXA 1SZEA 1VPXA 3QH2A 4L4LA 3HIJA 1R2SA 3G22A 1ZJIA 1OK6A 2ZZ1A 4POCA 3M6YA 3R12A 3RU6A 1PCWA 4DEFA 1QPOA 3GR7A 3S1VA 1LOQA 3W71A 1ZY9A 1W3IA 1JRCA 1BKSA 2E09A 1YPFA 3LCLA 3VE9A 4ALDA 3G1AA 2RH9A 4MYAA 3M44A 3W7QA 1A53A 1H7OA 1Q6OA 2DORA 3F4NA 3CQ0A 5LNVA 3IRDA 4UTLA 2G97A 4C1LA 1K8YA 5U4NA 4QJ1A 2V30A 4JR5A 1TO3A 4O0ZA 3NO5A 3OVPA 5GVJA 3OA3A 2GOUA 3MJYA 3LM7A 1K03A 3IIXA 1RQEA 1LRNA 4NNAA 4RJEA 5DCDA 1PV8A 1JCLA 4ORIA 2H8XA 2WKJA 1OFBA 3OBKA 3L9CA 3C2EA 4ZQNA 1P0KA 3B0UX 1KBJA 3MW7A 3QMTA 3P81A 1H50A 3NPWA 6ALDA 1G4EA 1Q6RA 5K9CA 3ABQA 2GVJA 4GC4A 5FF4A 1O95A 1LTDA 3L67A 3HJZA 3W74A 3L21A 3NQ8A 2TYSA 1F76A 1YXCA 2ABAA 5CZSA 4AHOA 2DJLA 4UTTC 2C15A 5KZDA 4QIUA 5G5IA 2VFEA 4UFIA 4JEQA 2WQPA 2YW3A 1W5NA 4FX8A 5D09A 4FB7A 4QNWA 2NWSA 1HG3A 3NQDA 3KVJA 1DVJA 1FDYA 1VHNA 5EYWA 2FPVA 4Y8FA 2B0MA 5ABTA 1TREA 1U5JA 3C4UA 4ADTA 5I3JA 3QRHA 4KFOA 3TSDA 3STGA 3B4UA 4JTSA 2CLEA 3BGJA 1TV5A 4K7YA 1MEWA 3PB0A 2CU0A 4RLIA 3P8IA 1TTQA 2QCEA 3NDOA 1GYNA 3NPUA 4LTSA 2A7RA 1KFJA 2Y7FA 4OV9A 2X1RA 4KFNA 4MKNA 4CQAA 1ZHAA 3W7EA 3W76A 1I45A 2LLEA 3HGRA 3TC7A 3LCWA 1M6JA 4ADSA 5FEWA 3FA5A 3IIVA 1YDNA 1GT8A 1XM3A 3SECA 2RDTA 1HO1A 1SO6A 1AL7A 2ZBTA 3DFSA 4CNOA 5LNRA 2IQTA 1WOBA 3MI3A 1ZCOA 1RV8A 3YPIA 3C2OA 1LLWA 1FBAA 3W2NA 2HMCA 3RF9A 5D03A 4LC8A 3O05A 3A21A 2WSRA 4O52A 4O54A 3DHFA 5EL1A 4ZQOA 2H90A 3UQNA 3LHYA 3G24A 1WBHA 3ELFA 2CZFA 1DL3A 4S2BA 2VELA 4MY1A 4DBEA 4IX2A 3DFOA 5E93A 1DHPA 3LXBA 4JTIA 1W31A 2Y61A 2ISWA 1LDCA 3HG5A 1KFBA 3FJLA 1LORA 2HSAA 4DPPA 1GQNA 1SPQA 3U6WA 4CCDA 5D04C 3SY5A 1KLZA 5FF0A 3LXCA 3CWNA 2Z6IA 3UPWA 5CPNA 5IBXA 4R34A 4FXSA 4O1BA 3BLIA 3JRKA 4LC6A 4JICA 1KFCA 4KKXA 3EWXA 4E2DA 4ZQRA 1A50A 2G95A 3PBUA 1JQXA 3DFTA 2J27A 3AO0A 1PHQA 4YCOA 1B9BA 4K6AA 2TRSA 4AHQA 5FESA 5LGXA 2B7PA 5E1QA 1VCGA 2E5DA 4PTNA 2HS8A 4OT7A 2EGZA 3S5ZA 3TNOA 3W7CA 4XKYB 5FI8A 3OVRA 1EP3A 1NF0A 4N9DA 3N73A 1OJXA 1DJNA 1G4SA 4FEZA 4Y9AA 1C29A 2Q8LA 4UFMA 4UIOA 3NPXA 1YTKA 4JD4A 3PUEA 1ME8A 1SO3A 4WY0B 2Q8ZA 4JS3A 1Q3NA 3KRSA 1WQ5A 1H7PA 3PBVA 4UR8A 1W3NA 2OJPA 1HO4A 3HGOA 1TPB1 4UTTA 3FS2A 2FLIA 1I2RA 1X1ZA 3M0ZA 2DZWA 2PRLA 1ZENA 3GLCA 4JY9A 4XQ6A 4AWTA 3JR2A 3WJZA 1KM1A 3FIGA 2C3ZA 3LBMA 4TMCA 3LCGA 3W7DA 3IV3A 2QDHA 1GEQA 4JYFA 3P67A 1BEUA 4JY8A 3PB2A 2ZZ3A 1TRIA 3M5YA 4LV4A 3NZ1A 4LVFA 1R2TA 2X16A 3DHDA 4YCPA 3NL5A 4FX7A 3PG9A 3W1QA 3B03A 7TIMA 1VH7A 4AVFA 3DAQA 1Y0EA 3NQFA 1QMLA 1OK4A 1TQJA 5T26A 1F5ZA 5LSMA 1ML1A 3MWAA 4YMZA 5DN1A 2CFFA 4DXVA 3TE9A 4CNPA 3T78A 2QJGA 2R91A 2ZDRA 5FF7A 1TTPA 4EIVA 4O13A 2PCQA 3NQVA 4QAIA 1YYAA 2Z1BA 3KVMA 4MY9A 3LCHA 2A7NA 1AW2A 1PS9A 4NJIA 1KM0A 4LVDA 2C13A 2QCDB 3KOFA 3LHWA 2OT1A 5DY3A 3BW3A 3LHZA 4YL2A 3ABSA 5CZ0A 3RFAA 3N19B 3LRKA 2E1DA 1QWGA 1YTEA 1QAPA 1SW7A 5AHLA 3CM4A 4PH6A 1SO4A 1S5WA 2H8ZA 2EHHA 2GQ8A 3W1LA 4AF0A 1W56A 1ICSA 3PSWA 1ZNNA 1AK5A 4NJGA 3EWWA 4JYEA 2GPTA 4LOCA 3O15A 3GDRA 3W1XA 3GX9A 4GWEA 4K8HA 2VEKA 2V5BA 5LKYA 1ZAHA 3SI9A 2TSYA 4GUJA 4HIBA 3VCRA 3L0KA 1J2WA 3NNTA 3WK0A 5FEXA 5LHFA 3BG3A 1LCOA 4QNEA 5I3KA 3B0VC 2ISSA 2TPSA 5CG7A 1O5KA 1SSDA 2WPBA 3USBA 2V2CA 2I1OA 2QCCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PTA A;  3VGB A;  5LNW A;  5M03 A;  2VO5 A;  1EDT A;  3QPE A;  3ONC A;  1B31 A;  3U0H A;  8XIM A;  1ALD A;  1VBH A;  1LYX A;  2BOE X;  3MVI A;  3VDH A;  2XVK A;  4LUT A;  4ZQC A;  1OX5 A;  4E4P A;  1G6C A;  2A7P A;  3EA3 A;  4PUJ A;  1C90 A;  3LCF A;  1XDM A;  2ZFA A;  1OIF A;  4JFU A;  2HIS A;  1X6N A;  4FIQ A;  2FH6 A;  4O57 A;  3RO6 A;  4GUG A;  1DIK A;  1K7F A;  3DN5 A;  4IXX A;  1O60 A;  4L1W A;  1TJ2 A;  4K2S A;  4UQB A;  1H7R A;  3RN6 A;  1MNZ A;  2W6R A;  3S5S A;  5I3G A;  4I8D A;  5BOE A;  1B3W A;  7ENL A;  2L5H A;  5ABH A;  1E72 M;  2Y8V A;  3CLM A;  3C3N A;  2A6N A;  3SJN A;  3NGF A;  4CN1 A;  3QV7 A;  2ZQ0 A;  1J79 A;  3ZJ8 A;  1JYX A;  2W27 A;  4LY8 A;  2ZTK A;  2VGG A;  3N4F A;  3AS1 A;  2I9E A;  2J8T A;  4Z2I A;  2W63 A;  4WY0 F;  4OJY A;  2VX7 A;  3WD1 A;  1I2Q A;  1CEN A;  4F0L A;  2PTX A;  2EF9 A;  4LAN A;  3CZJ A;  1LL7 A;  4IUO A;  2UBP C;  2B4G A;  3P3B A;  1PO9 A;  3AMG A;  2P76 A;  1DID A;  1UD2 A;  2EJ1 A;  4GIE A;  3PZT A;  4LYP A;  1C9W A;  3KW3 A;  1EF3 A;  2FJK A; 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