1KV5A

Structure of trypanosoma brucei brucei tim with the salt-bridge-forming residue arg191 mutated to ser
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALISSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords triosephosphate isomerase, glycosomal
publication title The importance of the conserved Arg191-Asp227 salt bridge of triosephosphate isomerase for folding, stability, and catalysis
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 94
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2002-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kv5A00
5FF7A 1W5MA 1F7BA 4M5PA 4XKYB 3SZ8A 1NEYA 4C1KA 1G7VA 2GQ9A 4FX6M 5D2TA 4OHQA 2ZRZA 3S5YA 4AEOA 4EWND 1FQ0A 4LTSA 2C18A 3DHFA 2WO5A 4BI7A 1VYPX 1H7RA 2D73A 3G3MA 3LERA 5I3KA 3TFXA 4JY9A 3TAKA 3MI6A 4ALDA 4EF8A 3LB0A 2H8ZA 1F5ZA 5U4NA 3F4WA 3W7QA 1KM3A 4ADTA 3HQ1A 4AWUA 3CQ0A 2FPVA 4HSOA 3THAA 1UJPA 2NX3A 4FIQA 4JX4A 1BEUA 1B4KA 4UIOA 2W6RA 4CQ8A 2CWNA 4HSNA 2BWGA 1GVFA 4LS0A 3STGA 3PY2A 4PL1A 2R8WA 3DFOA 3BG5A 3P5ZA 1DQWA 3NR0A 5LHFA 2Y63A 4K8HA 2WSQA 3A5FA 4IMFA 1AL8A 1X7FA 5DXYA 4JN6A 2FIQA 5CKSA 1XDLA 4PCFA 3F4NA 2P10A 3E0IA 3W1MA 4O0KA 3UY7A 1QCWA 4I7UA 4XTDA 2Q8ZA 1DV7A 2C15A 4IQLA 1TPC1 4NJHA 3CU2A 5D37A 3LOTA 5D2VA 4LW7A 1P0KA 5DY3A 3P8IA 4K7YA 3HGJA 1I2RA 3EWYA 4FXRA 4BFAA 4K37A 1GVRA 3LCFA 4AB4A 3M1ZA 2DZWA 3CIWA 4YCPA 1W5NA 4RR4A 3LHWA 2OCZA 3BLEA 3FLUA 3K30A 4UXDA 4JS3A 4DXVA 2I1OA 3PR2A 4JTHA 3TJXA 3L2IA 2WNNA 2WV8A 5EY5A 3SECA 1HO4A 4MLJA 1U83A 5HUPA 2OT0A 4UMBA 4Y8FA 4OV4A 3W7LA 3CB8A 3G0SA 1LP6A 2CZDA 3FEMA 3PBWA 1ICPA 1XBVA 2VEPA 2G97A 3MMTA 3N2MA 3PG9A 5L9FA 1TV8A 3GDLA 1KV8A 5C5YA 3STCA 1M5WA 4GXMA 5D04C 1EB3A 1SZEA 3THQA 4AWTA 1PCKA 1ZJIA 5K9CA 1KV5A 1SU5A 3CIXA 5LNSA 3NZ1A 3HG4A 4ZQOA 2BX7A 1L6SA 4WD0A 3DXIA 1WQ5A 2XN1A 5FESA 5EL1A 3LXBA 1HL2A 2E6AA 3QPYA 3W2JA 4IGHA 3YPIA 4JTKA 3PUEA 3WJYA 1GJPA 3O1NA 1SUXA 3T4CA 3NPXA 3TJLA 1ZAJA 3GX9A 3C3NA 3QRHA 5EYWA 3C52A 3GKFA 3NO5A 1VC4A 1GTHA 1FWWA 4ZQMA 5F4WA 4O54A 5CZJA 1G4SA 2NX9A 4UFJA 2QCMA 2PRLA 3TMQA 3CT7A 3TSDA 1O60A 1BKSA 3P8JA 2E5CA 2FPYA 3OVPA 2ISWA 1TJPA 4K8EA 1JUKA 2ZA2A 1Q6RA 4UTJA 2V2DA 1AMKA 3HOJA 3ABSA 4LS2A 2QUVA 1DQXA 3LHTA 4UTWA 1ZAIA 1GOXA 3SY5A 2E6YA 4YWIA 1IXQA 3NL3A 3QQ0A 5DBUA 3WJXA 2ABBA 2NUXA 1KFJA 3W2MA 3BG3A 4NNAA 3VI2A 1A5CA 2A4AA 3QYQA 1VQTA 3N34A 3SSJA 1G4TA 3M5ZA 1FDZA 5AHLA 1M7PA 2Y88A 3HPZA 2YDAA 1L6WA 4NZFA 1T8XA 3S1VA 2QCDA 1FDJA 2CFFA 3LHZA 1TV7A 4NX5A 1DJQA 3TUUA 3CEUA 3VKJA 3M47A 3W70A 1F2JA 4WUIA 4O1DA 1G67A 3KRSA 4Z1AA 4A2SA 1PE1A 3I7SA 3UY8A 3W7CA 1I8JA 1FBAA 3P74A 3TXVA 3QFEA 4PH6A 3QJAA 4E2BA 4HNNA 2VEKA 4JDBA 1OX5A 4JTGA 3B4UA 3LLFA 1NFBA 2CW6A 3W1XA 5AC7A 4AF0B 1XDMA 5LSMA 2V5BA 4G1KA 1T0OA 3FKRA 5LHEA 3OBKA 2ATMA 5C54A 4TMBA 4CCEA 1PHWA 3I65A 4RCXA 1JCJA 2VKZG 3RF9A 3PB2A 4FX8A 3KOFA 3W07A 2BLEA 2ZRWA 1OX4B 1YDVA 3LV6A 4D2JA 3HG3A 4RZ6A 2NWRA 5CSSA 3W7DA 3QMSA 1VZWA 1OFPA 4NNBA 4A21A 1GWJA 4KKXA 4ZQCA 3TC6A 2NV2A 4BWLC 1K02A 5AHMA 3G0XA 2YW4A 3O6DA 2DZVA 5DCEA 1L2UA 2QJIA 2X16A 5I3FA 3NQMA 2GVGA 4S2BA 3T40A 2Z0IA 2ZTKA 1I2OA 3CWNA 1G4PA 4LY8A 3W1AA 4MPQA 3NQ6A 5C2XA 3T7VA 1N8FA 5I3JA 3ATYA 5F4XA 1W8SA 3LHYA 5D02A 5I3GA 4Z0SA 2NWSA 3NL6A 4O4WA 1HG3A 1AL7A 3HF3A 5EBUA 3GNNA 4AVFA 3DGRA 3IVTA 2X2GA 4QNEA 4UMCA 1R2TA 4TMCA 2YXGA 2DZXA 1XBYA 1VRDA 2R14A 2ZZ6A 2VC6A 4TR9A 1EUNA 3TW7A 3PBUA 3P5YA 4QSHA 3NA8A 2A6NA 4DF1A 4K38A 3O16A 1LDCA 3TAOA 3JR2A 4UFHA 4IMCA 5F1VA 2OMAA 1NF0A 1GVSA 1KFLA 5KSWA 3UZ5A 3G1HA 1GEQA 1KM5A 1TPVA 1AW1A 1Q6OA 3GXTA 3TK7A 3WK1A 1J4EA 3TR2A 2XN2A 3A23A 2NX1A 2DZUA 3ATZA 5HR7A 4TU1A 4GC4A 1SZNA 4OBTA 2Z6IA 4AF0A 3GR7A 5DLCA 3L5MA 4WOZA 1VR6A 2GVJA 4ZL1A 5TBOA 3LXCA 2ZCGA 2ZQ0A 5IBXA 5AYZA 4E38A 3DZ1A 3QPZA 3VNDA 3S8HA 2E09A 4JTSA 2V0TA 1OX4A 4ADSA 2FPTA 4O16A 3M5VA 2NV1A 2EPHA 3PBVA 1B4EA 4Z1BA 3DFNA 1KFCA 1VHCA 4KWWA 1IGSA 3UWUA 1WX0A 5TIMA 4LVDA 3B03A 2GOUA 2B4GA 3G22A 4P61A 4XZ9A 4BK9A 1XFBA 1KFBA 2Y89A 4MFEA 1R30A 3NQVA 4CNPA 1T99A 1OK6A 4OV9A 5CZSA 4O50A 4HNVA 4FO4A 2VFFA 1VGAA 5AHNA 5AB3A 2ZA3A 4AMAA 2YFNA 2QR6A 1H1YA 5HWJA 3QQ1A 5BMWA 1FCQA 2E6FA 3EX3A 1YLVA 3MHUA 3Q2DA 1ME9A 2JKAA 4BF9A 1GT8A 5HMSA 3L66A 3RK8A 3NQAA 4UC5A 2XFWA 4NZJA 4DF2A 1YTDA 1UUOA 2OT1A 1WBHA 2H90A 1ZENA 5CGQA 4O8RA 3BW2A 3RFAA 3A24A 4U28A 2QUTA 1OJXA 5F2GA 3B0UX 3O6CA 1YPFA 3CWOX 3M9YA 4MLRA 3SR7A 4QIUA 3TSBA 1LM1A 2NLIA 2E6DA 1T96A 1QO5A 1FCVA 4FIRA 2GQ8A 1TTIA 1FUYA 4M6PA 3TDFA 1SO6A 2C6QA 4NJJA 1DKWA 2WOQA 4J9JA 2IQTA 5A8GA 3PUOA 1TSIA 5CPNA 4ZQNA 2JBMA 2PRMA 2RHGA 2H3DA 3PM6A 3T44A 4KFPA 4N9BA 4O1CA 1QNVA 1D3HA 3Q37A 4N9CA 4UTHA 1EEPA 1FX6A 4OU1A 5LZLA 4YXGA 1WXJA 4M7SA 4MY8A 2YGYA 3L67A 1Z48A 1H61A 1LBMA 5CSRA 1TYGA 1VH7A 3DI0A 3UWQA 1KFKA 4HPJA 1H50A 2VEMA 2J9YA 4QISA 4C1LA 4JTJA 1H1ZA 4JR5A 2A2IA 5HQEA 3L65A 4QAIA 3N9RA 3C0JA 4UFKA 3DAQA 5D2XA 2DZSA 2QCEA 1B9BA 4WX2A 1KBIA 2RKXA 3MHFA 1C8VA 1O4UA 1I2QA 2VFDA 1LBFA 4JYFA 4A3UA 1TV5A 3FKKA 1H7NA 3G8EA 1YADA 4OWGA 1WOAA 3P62A 1IXOA 3S5NA 6TIMA 4JY8A 3R5EA 1EUAA 3L9CA 1F6PA 4JTIA 4X9SA 4Y96A 1MZHA 3A9IA 4XUGA 5BNKA 4A29A 3PG8A 4R33A 4A22A 1I2PA 3G1YA 4PTNA 3L0NA 2ZZ5A 3W86A 4B5NA 5DXXA 1UCWA 3BGJA 3ZFHA 4A2RA 3NQ8A 5HWNA 2V2HA 5EMUA 3W2LA 1LBLA 3W73A 1Z44A 3MHGA 1LRNA 3L21A 1JCMP 5LNVA 4FNPA 3UD6A 4GUFA 4N6EA 2CLOA 5MHBA 1TPFA 1N55A 1FCBA 3GDRA 3P60A 5K4ZA 3DKJA 3V1PA 1XUUA 3T55A 1EP3A 5IM51 1QWGA 2V9DA 4Q4KA 4O14A 3N9SA 3O06A 5AC6A 3CHVA 3MBFA 2TYSA 1X1ZA 1TTJA 3UXDA 5DN1A 2Y70A 4E0CA 3U2OA 3FYOA 3C2FA 1PIIA 1EWEA 3QMTA 2DZTA 1ICSA 3NQGA 4ORMA 3W2NA 3NOEA 2J9ZA 3SGZA 5A5WA 4FNQA 3PC0A 3Q58A 3S0CA 4ONVA 3HGRA 2QCHA 2W79A 3ZWSA 4YLWA 2BZNA 2OX1A 2YSWA 2YPIA 3FYPA 1SR9A 2I14A 3NQCA 1W3TA 3MI2A 5J5RA 3W1QA 1CX9A 1O95A 3QH2A 3RLVA 5K9XA 2VELA 5G4WA 2WJZA 3QW3A 1OFOA 5L6UA 1PL9A 4O53A 1ZNNA 3WK3A 4N4PA 3S6DA 3TQVA 1H63A 1G4EA 4MY9A 3SIZA 4UCGA 3KFTA 5AFDA 4TX9A 3DH7A 1M6JA 4ADUA 3LCWA 1LOQA 3I7RA 2A1YA 4FHAA 2R94A 4GUIA 3GAKA 5G5IA 2FQIA 1TQXA 3DFQA 2RDTA 3W76A 3C8FA 3M16A 4GNJA 1OVDA 4O12A 4Y9AA 2NXIA 3OEXA 3IGSA 1VJIA 3W3OA 1DHPA 1TRIA 4UR8A 1P0NA 3GB6A 1DORA 4XKYA 1P5BA 2GQAA 1KTNA 1Q6LA 4FNTA 5D2WA 2ZZ7A 3TQKA 3KVMA 2Q3OA 5F4SA 3W83A 1BWLA 2J27A 2CLIA 4MY1A 4GFSA 1I4NA 3MUXA 2CLEA 2RFGA 5ABTA 2YCEA 2P1FA 3P61A 5D2YA 3W7HA 3GXNA 3QSRA 2NXGA 1ME8A 5D33A 2NZLA 1HTIA 2RH9A 2VFHA 2J9XA 1GVQA 3BLFA 4WQ6A 3LHVA 3W2UA 4DEFA 1FWRA 3NEVA 3NQDA 4IMEA 2EHHA 2HMCA 4MZ8A 1NF7A 3KVKA 5K9DA 1K8ZA 3BPWA 4QNWA 1XCFA 3WFAA 3CPRA 2AQWA 3KVJA 1N7KA 2QJHA 4X2RA 4ZMGA 2E77A 1FXPA 3CTLA 2WNQA 3SJ3A 3TE9A 4Q32A 3F03K 4CQ9A 4IJBA 2OZ0A 1H51A 2PRHA 1HO1A 3LCIA 4UTKA 5K7JA 3LTPA 1K7FA 3W72A 1PVNA 3P82A 5FF3A 1H7OA 1X1OA 4IX0A 5CG7A 1PV8A 4M6QA 3O07A 5D05A 3NQFA 4GBUA 3LCGA 1FWTA 3NVTA 3DFPA 3EX2A 5HNRA 3KVLA 1OYCA 4O1AA 2ZRUA 3KRZA 3W85A 4GWEA 4FB7A 3R12A 3W6YA 1YXCA 4NJGA 1G69A 5LNWA 3G18A 1SSGA 2C1HA 2Y61A 3G1XA 2PCQA 1W5PA 5C6MA 2RDUA 1TREA 4RLIA 1RQHA 1PS9A 3DU0A 5FF4A 3E12A 2BTMA 3L0KA 1XL9A 3W1PA 1GG0A 3EWUA 3HGOA 1LROA 1VYRA 3CC1A 4CCCA 3NXFA 2VEIA 3S1WA 3GYEA 4N9EA 1VPXA 3C2RA 1DBTA 2GJNA 3G1DA 1LOSA 4JNMA 3R8RA 3V75A 3W9ZA 4CLMA 3G0UA 4X22A 1TQJA 2H3BA 4MKNA 3W7KA 3ANYA 3EB2A 1JQXA 4FX7A 3AO0A 5HINA 5IBXC 4ZZ9A 4H6KA 3KX6A 4OE7A 1ZCOA 2DJXA 3KAOA 1JRBA 1QPOA 5KITA 3STFA 1C29A 1P1XA 3TMLA 2JKPA 1IXPA 3A21A 3W75A 4DO6A 1YXYA 4JTTA 3O15A 5BOOA 1DOSA 4M7TA 4K6AA 5D30A 2QCGA 5FF2A 5HULA 1VLIA 3TV8A 1F76A 3UWZA 3NPUA 1VCVA 5G1YA 3W84A 3MP3A 3NL5A 4UTUA 4HIBA 1YDOA 1DJNA 2YW3A 3W7NA 4MYAA 3TW6A 1EA0A 3FOKA 3TKFA 3QZEA 4UTTC 3C56A 1MEWA 1SQ7A 1QOQA 2GPTA 2QCNA 2CZEA 1THFD 2RDWA 1KLZA 1TPB1 5GVJA 4AHQA 1FY6A 3GXPA 2X1RA 4JD4A 3PS7A 3IRDA 4LVBA 1W37A 2NXHA 3GKAA 3NM1A 1QFEA 3S1XA 2YZRA 2FB2A 5E1QA 3LHUA 3IGUA 3B04A 3BW4A 3C2EA 4P2VA 4MZYA 3KXQA 3BK0A 3VFLA 2J88A 1W1ZA 3B8DA 5G2WA 3W1NA 4DELA 3EWBX 2C13A 3BVJA 1UUMA 3R2GA 4LC6A 2JKEA 4FF7A 4O17A 2VENA 2ISSA 3BV4A 1WOBA 3EEGA 1EX5A 3EXTA 3HG5A 4O10A 4IX2A 3PUDA 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 1MSS A;  5AOU A;  1LOR A;  5F2M A;  3W71 A;  1KTC A;  2KZH A;  4JIQ A;  4YL2 A;  4AXK A;  1R46 A;  2ZRX A;  4RJE A;  2X1T A;  3MW7 A;  2ALD A;  3LI1 A;  3MP4 A;  5FEW A;  4MIM A;  2CLH A;  1E51 A;  2YFO A;  1K8Y A;  3TNO A;  4AAJ A;  3UYC A;  1KM0 A;  2ZRY A;  3UWY A;  1JVN A;  3LRL A;  5AHE A;  1VLW A;  3H54 A;  1RQB A;  1LYX A;  3W87 A;  1QR7 A;  1JRC A;  1OF8 A;  2X30 A;  1L9W A;  3OG3 A;  3CEP A;  5G4E A;  2EAW A;  3N73 A;  3PSW A;  4FXS A;  4O52 A;  1SO4 A;  4R34 A;  3F1Q A;  1JJK A;  1SSD A;  1G6C A;  1JUE A;  1W56 A;  2YX0 A;  5KZM A;  1Z41 A;  1W31 A;  3O8A A;  4WJE A;  3G1S A;  2XN0 A;  2QJG A;  5LNU A;  3WK2 A;  4WOQ A;  3SGU A;  1TCD A;  3EX6 A;  5CPL A;  3EWW A;  4I7V A;  1QML A;  2A0N A;  1RV8 A;  3C2V A;  2QUU A;  1A53 A;  3ABO A;  1JQV A;  3FJ6 A;  3TSM A;  3LV5 A;  5D32 A;  3P84 A;  5J5D A;  5LKY A;  4HN4 A;  4LVA A;  4LWW A;  4O11 A;  4XBK A;  3RLU A;  1F73 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G2G A;  3SIM A;  3LPP A;  1G7V A;  4XB3 A;  4BEQ A;  1Q2S A;  4FX6 M;  2ZRZ A;  3S5Y A;  3RX2 A;  4LTS A;  3DHF A;  2WO5 A;  5HDR A;  1L6F A;  1H7R A;  3LER A;  4UNI A;  5I3K A;  4JY9 A;  5DF0 A;  3LB0 A;  3ANU A;  1QBA A;  2GYI A;  5U4N A;  3JVA A;  3GHR A;  3GTN A;  3W7Q A;  4R7O A;  3UVI A;  4HSO A;  4I90 A;  4C6O A;  2NX3 A;  4Q8T A;  1C7T A;  1HKM A;  2W6R A;  2BHZ A;  2QIW A;  4A3H A;  2CWN A;  4AEF A;  3STG A;  4FA3 A;  3R25 A;  2XSX A;  4PL1 A;  1IWA A;  5TD4 A;  3P5Z A;  1DQW A;  1M03 A;  5CC3 A;  5LHF A;  1V6U A;  4K8H A;  2I9U A;  2WSQ A;  3CQH A;  3GSM A;  4IMF A;  1AL8 A;  5DXY A;  4RNI A;  5CKS A;  5BRQ A;  2Z1X A;  4F66 A;  3UY7 A;  5LYR A;  1JDF A;  1JFH A;  2ZIC A;  3QHO A;  4JEJ A;  1UG6 A;  8CGT A;  3S9Z A;  4C5Z A;  4YTS A;  4J4K A;  3TYU A;  5B80 A;  2OPJ A;  2O0T A;  3P8I A;  2ANU A;  2JEP A;  3W53 A;  4FXR A;  1GVR A;  4AB4 A;  1CZ1 A;  1J93 A;  4HCH A;  4J3Z A;  4YCP A;  5EGR A;  3W6L A;  3BLE A;  4DXV A;  4JS3 A;  2I1O A;  3PR2 A;  3TJX A;  3L2I A;  2XDF A;  3PZV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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