2DDXA

Crystal structure of beta-1,3-xylanase from vibrio sp. ax-4
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
LDGVLVPESGILVSVGQDVDSVNDYASALGTIPAGVTNYVGIVNLDGLNSDADAGAGRNNIAELANAYPTSALVVGVSMNGEVDAVASGRYNANIDTLLNTLAGYDRPVYLRWAYEVDGPWNGHSPSGIVTSFQYVHDRIIALGHQAKISLVWQVASYCPTPGGQLDQWWPGSEYVDWVGLSYFAPQDCNWDRVNEAAQFARSKGKPLFLNESTPQRYQVADLTYSADPAKGTNRQSKTSQQLWDEWFAPYFQFMSDNSDIVKGFTYINADWDSQWRWAAPYNEGYWGDSRVQANALIKSNWQQEIAKGQYINHSETLFETLGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-1,3-xylanase
publication title Atomic resolution analysis of beta-1,3-xylanase catalytic module from Vibrio sp. AX-4
rcsb
source organism Vibrio sp.
total genus 135
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.32: Endo-1,3-beta-xylanase.
pdb deposition date 2006-02-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ddxA00
1ZS2A 1JAKA 1QOXA 3U5YA 4AIEA 1XH1A 4Q7NA 1KGWA 5CG0A 3K1DA 3GXIA 4WJXA 1HKIA 2WCGA 4NZCA 3PZIA 1VJZA 2CNCA 4FLOA 4JL1A 1FHDA 2XFRA 4MNJA 1M53A 2D3NA 3F5KA 2W62A 1PIGA 3NIYA 1BG9A 1PZ3A 1LG2A 1C8XA 2XM1A 4AISA 4LPCA 2VX4A 3AHZA 4MAZA 4UQAA 4UCFA 5I24A 1TFVA 1PX3A 1VBRA 1LWJA 1WZLA 3L4TA 3MMDA 5BRQA 1W1PA 3VIIA 1FA2A 4B3KA 1LL4A 5AYBA 4WKAA 2J7GA 3AS2A 4JFSA 2CXGA 1E4NA 2WM0A 3TTYA 4UFJA 1XCXA 4D6DA 2DSVA 3ARVA 3OBAA 1FFQA 2JIEA 7A3HA 4W7VA 2VO5A 4AZHA 4MPKA 2X05A 3WL0A 2V3GA 5GNZA 4ACYA 3PZNA 1GNXA 3VUPA 1ISXA 2Y8VA 3PTKA 4UR9A 3NDZA 3WQ8A 2X0HA 1BHGA 1VFUA 1EH9A 1TCMA 1UQZA 4AWEA 1HT6A 2JE8A 3DYMA 4A3HA 4KWUA 2YL5A 1HXJA 5JBFA 4D6EA 3CZKA 5I79A 4WSKA 1EO5A 3PZOA 1QNOA 1FP9A 3II1A 2EPLX 2G8ZA 3L4ZA 4TTUA 5M3WA 3W4RA 4UNIA 1WO2A 3WQ4A 2F2HA 1G0CA 5D9OA 1JYWA 3AS1A 3K46A 5AY7A 1VEMA 4Z2HA 5BCAA 1F4AA 2ZUNA 3I3EA 3ZR5A 1XSIA 4C7GA 1JYNA 1V3LA 1HL8A 4N42A 3CZ8A 3OGSA 4P8VA 3GM8A 2BHZA 4M81A 1UUQA 4PMNA 1JZ2A 4K68A 4U5KA 1CXKA 1W3KA 1N82A 2CKSA 4RL3A 1HKMA 2DQXA 2Q8XA 3VD3A 1EIBA 2XUCA 4P7QA 4AZIA 5A94A 1UZ4A 4D6GA 2OWCA 4HOXA 5A95A 2E8YA 3ARSA 3BSGA 3N12A 3WH6A 3B9DA 2E8ZA 2W92A 4MDOA 4D1IA 4HTYA 4CKQA 1W1VA 1ZBKA 1UWQA 5CQ1A 1BQCA 2WCAA 4JFUA 1CYGA 1R8LA 1CEOA 1NARA 3MUIA 1E73M 5HOSA 4P7RA 3KL3A 1U33A 1G01A 5A8OA 3PZGA 1TA3B 1HVQA 3TTOA 2IUZA 5E9AA 4BQ4A 2DDXA 2PWEA 2JEQA 1CECA 4IM4A 4B3LA 4PMZA 1KWGA 1UH2A 4V27A 2CBJA 4TXEA 2BVDA 2YIHA 4HOWA 1LL6A 3AXIA 3DHPA 4PUEA 4H04A 1J9YA 2J62A 2HVMA 5HXMA 2QMKA 1MQPA 1Q6DA 5FL1A 4XX6A 5JIPA 2VZOA 2J4GA 3VPLA 1MVYA 4CCDA 1UR2A 5I6SA 3F5JA 3THCA 1OGSA 4ACZB 5A2AA 3RMEA 1OCQA 1UR4A 4AD4A 2PBOA 2DH2A 5DMYA 2ZWZA 2OSYA 2BS9A 4HMDA 4P8WA 3MMWA 3AIWA 2ZOXA 4PMRA 5BYWA 5GPRA 4PRWA 5I78A 2EEXA 1XV8A 3UESA 1X1NA 3ARTA 3N9KA 1GOQA 1WB0A 2ZICA 2A3BA 3DHUA 3UG4A 2EBNA 4AD3A 4NSBA 4H41A 2EJ1A 2D3LA 2X0YA 1KR0A 3KL0A 2J7BA 4MNMA 4QCEA 4AZCA 4DUVA 3GXDA 3ZQ9A 4MNKA 8A3HA 4DUWA 4Z2JA 2E0PA 1FH7A 2BY0A 1XSKA 3KE0A 1P6WA 1WDRA 3M7SA 5A8NA 2YBTA 2V3DA 3PHAA 1ZJBA 1RP8A 5CZKA 2WMKA 1AQHA 5KEZA 1KWKA 1MQRA 3PZMA 9CGTA 3W26A 2VUYA 3QHMA 2BNJA 1OINA 2OSXA 3PBGA 2CETA 4CU7A 2YKKA 3WBAA 4AZGA 5D8WA 4ZENA 2GJRA 2AOSA 3AOFA 1EOMA 4PUDA 2C8NA 4AEFA 3L4UA 1MFUA 2C7FA 4HU8A 4IPNB 2EQDA 3MO4A 4IISA 1E71M 2GDVA 2ZX7A 1B90A 1DWJM 7CGTA 4XV0A 2DSKA 2DH3A 1EQCA 4HMCA 5HBFA 3QR3A 2PWGA 2RGMA 5I77A 2EPKX 1GOOA 1E70M 3ZR6A 2DSWA 2ZUSA 3N1AA 2WB5A 3CHEA 4ZE4A 1UKSA 2FHBA 1UH3A 4CD6A 3ARXA 1OWQA 5EMYA 2ZX9A 1VB9A 2QF8A 1US3A 1C8YA 4XB3A 3SCPA 1TMQA 1KFWA 1GONA 3AZRA 4UZUA 1Q6EA 4YHEA 2DSUA 1WDQA 3ZT7A 1W1YA 2AAAA 2O9PA 3GTNA 1UKOA 2CESA 2J75A 3TONA 3VNZA 3ZMRA 4UFIA 4GZJA 1JDAA 2WVVB 3OGVA 3HN3A 3WNKA 3SCRA 3VD9A 4W8LA 1UKTA 1QBBA 4AZ5A 4HP5A 3VIKA 5D4YA 3VGHA 1Q6GA 1BF2A 3MANA 4CD7A 4OUEA 2WMIA 1V08A 1XC6A 4EKJA 4FK9A 4P7LA 5ABGA 1PIFA 3RDKA 3SCSA 4PCSA 2W61A 3FXYA 4QDMA 5A6AA 1NOUA 2G3MA 3N11A 3ZIZA 3RILA 1KQYA 4OIFA 4BQ2A 3VDHA 1E6PA 1V6YA 2PWDA 1E0WA 4FLRA 1ZBVA 4P7NA 1UKQA 1E72M 4MJ4A 4LQ1A 5AC5A 4QP0A 1JL8A 4J27A 1NQ6A 5CPTA 5BXPA 2WLYA 2MANA 1CLXA 2D1ZA 3OZOA 4DWSD 3AYRA 5ABFA 1UWIA 1OSEA 2XFYA 2WVSA 2J8GA 3OZPA 1PX4A 3WNOA 2WXDM 4ZE5A 1NP2A 1H5VA 3WF0A 3SCVA 4E8CA 3ZO9A 3MSGA 3W37A 4P8XA 4CD5A 4GXPA 1J12A 3SUUA 1TR1A 3NSMA 4WLCA 3UCQA 2XPKA 1JF6A 4H8VA 4W87A 5I3DA 4AXNA 2DT3A 1OT1A 4UOZA 3KEHA 1L8NA 3A4XA 4F8XA 2GK1B 3ARUA 2UY5A 4LGXA 1YHTA 3K4AA 4QLJA 1C92A 3OGRA 3WQ6A 3KZSA 4AZ6A 4GQQA 3BAKA 4A3YA 2WPGA 1GHSA 4CN1A 1LL7A 3ECQA 2Z1SA 3VILA 5TD4A 1W9XA 4D6JA 3U57A 3W53A 4X9YA 1SMDA 2ZXQA 3RM9A 5FCZA 1BG4A 3GH5A 3FHQA 1EQPA 3MMUA 3W27A 4DM1A 1B30A 1HJXA 1B3YA 1B0IA 3IAQA 2W66A 2J79A 2OWXA 1QNPA 3GXFA 1GVIA 4OZOA 2A3EA 4OJYA 3W28A 4JFVA 4XZBA 1MW2A 2QPUA 3RM8A 4Y7EA 4LXFA 1QI3A 1ISWA 1V6UA 3SURA 1JZ3A 1H09A 5AC4A 1S46A 3ZSSA 1NP0A 1X6NA 3OA5A 1HJWA 3WD2A 5IHRA 2WYSA 3EYPA 3A4WA 3WBEA 2YLLA 3ZM8A 4KH2A 1KB3A 2F8QA 1HX0A 3PTQA 5A6SA 1IT0A 4GO8A 5A2CA 4D72A 3DYPA 3T09A 1IV8A 2G3IA 1AQ0A 4PSPA 1PAMA 2XVLA 4KMQA 1HNYA 3VGGA 4PMDA 2X8RA 4QAWA 2EPOA 3VMPA 4E4PA 4M80A 1VRXA 4J3XA 1XHGA 5A6LA 2CHNA 3SCQA 4D6FA 2VOTA 2D23A 3ARPA 1W9VA 1XGZA 1JXJA 3VD4A 1E6XM 4P7OA 2D24A 3MUY1 4URIA 5FL0A 1DWAM 3WDRA 3VVGA 5DF0A 1J0ZA 2VCAA 2O92A 3AJ7A 3AIVA 3L2MA 3M07A 4UQBA 4BF7A 5IFPA 1KXTA 1OD8A 1H41A 3CIVA 5A2BA 3FNDA 1J10A 2GVYA 5CSUA 2VURA 4J28A 2YDQA 1JGIA 1TVNA 4AY1A 4W5UA 2YL8A 3U7BA 4GIAA 5LYRA 1HJVA 3IK2A 4D71A 4U2ZA 2DIJA 1K9EA 3ARYA 5C8BB 2E9LA 1WNOA 4HMEA 4MB3A 4IUGA 3AQUA 2YA0A 3AIRA 2JIWA 2VJXA 1KBBA 3BLPX 4Z2IA 1C8QA 2W63A 1E56A 4U31A 2WMJA 2EPMX 3RCNA 3SUSA 1CENA 3E1F1 5EB8A 1E0XA 3ZOAA 3WMCA 4DM2A 4AMCA 2JF6A 3WF2A 1QVBA 2IXVA 3CZGA 3GBEA 3A47A 1W3HA 3RJXA 1MFVA 4PTVA 1HL9A 4W86A 3EDKA 5ABEA 2W5FA 3WMBA 1OGBA 3FY1A 3QHOA 2HISA 3AZSA 4GO9A 2V38A 1EO7A 1TVPA 2Y4SA 2O9RA 3WUFA 2WHMA 4DWSC 2GFTA 3ZSTA 5ECUA 2Y8KA 4GZIA 5JBEA 5CLWA 3WEOA 1DWGM 2ZUUA 3AS3A 1UYQA 3F4VA 4GPNA 4J3SA 4TVDA 4B15A 1W91A 3OG2A 2PBGA 1M7XA 3AIBA 2FH6A 5BXRA 3VOCA 1GW1A 3OLDA 4EANA 3GZAA 4GZEA 1QNRA 3WQWA 1JG9A 2CIPA 4NRRA 2XGBA 1BYDA 2DT1A 1BSIA 1VEOA 1GZJA 4J3TA 2FDMA 4W8AA 1E1EA 5DO8A 4TX6A 1TG7A 1MW1A 2V5CA 4BA0A 2J47A 2VZTA 3SIMA 1UR1A 3U7VA 2CEQA 2XYLA 1QW9A 1CGVA 2WBKA 3L4WA 4GKLA 1CPUA 3QGVA 5D9NA 1H0GA 2PWHA 1ZL1A 1JNEA 2D20A 5D8ZA 2TAAA 1UD5A 2VT0A 2WMGA 1FOBA 1LJYA 2NT0A 3RM4A 1UKPA 2XIBA 4M8UA 1G5AA 2V3EA 4ATLA 4S3JA 4JKLA 3CO4A 4W84A 5A6MA 2GUYA 3PZQA 3KL5A 2YOCA 3VINA 1KXQA 1KCKA 2GJXA 3VD7A 4QCFA 2WBGA 4ZEPA 5CPQA 2Y5EA 2VQUA 3UR7A 4WK9A 4U33A 3BAJA 3SUWA 3BLKA 2A3HA 4AD2A 2RGLA 3WNLA 3T0AA 2E40A 4W5ZA 3GH4A 2PB1A 1UH4A 3WEMA 3BAIA 1M01A 3UR8A 1K6AA 1MW3A 5A6KA 4UTFA 3WIJA 3PTMA 4Z2LA 3TTQA 1X6LA 4PYSA 1B31A 4U2YA 4GI6A 4UFLA 1ZJAA 3NDYA 5CSYA 4CU6A 5CJ5A 3W24A 2YLAA 1H0IA 3TTSA 4AD5A 1ISZA 4TX8A 1A3HA 3ZJ7A 1BLIA 4AC1X 1VENA 3QOMA 3AYSA 3CUGA 3FAWA 1WKYA 3L4YA 1TE1A 4M29A 1E40A 1V0KA 2GSJA 4QLLA 5A6BA 3AMGA 1OIMA 2CHOA 1W2VA 1G9HA 1IZJA 2O9OA 5A3HA 2VX6A 2OYLA 2VVNA 2YL6A 1XYZA 4PTMA 1V6WA 2J74A 3O6AA 1H2JA 4C7DA 1IZKA 1VIWA 1JDCA 4KRUA 4BCEA 2D0HA 1UD4A 4B9ZA 3CZLA 4UOQA 4BQ3A 4MB4A 2QV4A 3O2LA 1K9DA 1BYBA 4JKMA 3GNOA 1AMYA 3ZT6A 1ZU8A 1YQ2A 3AMCA 3W6MA 1UD8A 4W89A 1QW8A 2VZSA 3SUTA 3ARQA 1GHRA 3T2QA 1H3GA 5LA0A 3VM5A 4WKFA 1B2YA 3WNNA 3WD1A 3A3HA 4AZBA 2J7CA 5CPSA 4U3CA 1MW0A 4Z2KA 1SYTA 4U3AA 3NSNA 4PN2A 1E5NA 3CZJA 3I3BA 4PMUA 4PMYA 3BAWA 1NH6A 1C91A 4MB5A 1J0IA 1VFOA 2G3JA 3N15A 1JZ4A 2AMGA 1WZKA 2CBVA 2UY4A 4FLSA 2VZUA 2WANA 4OBRA 1HIZA 1ODUA 5E6ZA 2YDSA 3B9AA 4UQDA 2JFEX 3WD4A 1HKKA 5FD0A 3T08A 3M46A 2CBUA 1J01A 4CVWA 1ISVA 1CNVA 1V0MA 1WE5A 3DECA 4DWSA 4ATWA 3AMDA 3GNPA 4CGTA 3K8LA 2YBUA 5FIPA 1W2PA 3T2OA 1JYVA 4KRTA 3L4VA 2W91A 1EDQA 4HA4A 1BAGA 5I23A 1V03A 3NJ3A 1E6QM 2FGLA 2XSAA 3UG5A 2NW0A 1UG6A 2O9TA 2XHYA 2E9MA 1V6XA 3GXMA 4NRSA 6CGTA 3LPOA 1JF5A 3WD3A 3CGTA 1HN1A 4JAWA 2DGAA 4UQEA 1NOFA 1XCWA 4AEEA 1W3JA 2WVTA 1DTUA 3OB8A 3UEQA 2Y2WA 1ZB5A 1GJUA 5A69A 1NWSA 2A3AA 4Z2GA 2BVYA 4FLQA 2BFGA 1B3ZA 3A6OA 1B3WA 4HZ6A 1EHAA 3SEPA 3IJ7A 1BVNP 1TZ7A 1KGXA 1UWTA 1WZMA 3UERA 4OKDA 2XVKA 2BHYA 1AVAA 3WH5A 3T0DA 1UD2A 3G6LA 4MB1A 5JBDA 2VL4A 1XYFA 3O9NA 1KGUA 1BPLB 3VDCA 4AD0A 2C0HA 3FW6A 4F9JA 2XGIA 2WHJA 3AHXA 3RJYA 4AIOA 2F61A 1GQLA 3LMYA 2J78A 1CXHA 3T2PA 2WWDA 2G3NA 3VX1A 3PZVA 4JKKA 5DFAA 3I3DA 2WZHA 3MUAA 4MNLA 3HJEA 2CBIA 1CXEA 2WZEA 4WSJA 4D6IA 1LQ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZS2 A;  1JAK A;  1QOX A;  3U5Y A;  4AIE A;  1XH1 A;  4Q7N A;  1KGW A;  5CG0 A;  3K1D A;  3GXI A;  4WJX A;  1HKI A;  2WCG A;  4NZC A;  3PZI A;  1VJZ A;  2CNC A;  4FLO A;  4JL1 A;  1FHD A;  2XFR A;  4MNJ A;  1M53 A;  2D3N A;  3F5K A;  2W62 A;  1PIG A;  3NIY A;  1BG9 A;  1PZ3 A;  1LG2 A;  1C8X A;  2XM1 A;  4AIS A;  4LPC A;  2VX4 A;  3AHZ A;  4MAZ A;  4UQA A;  4UCF A;  5I24 A;  1TFV A;  1PX3 A;  1VBR A;  1LWJ A;  1WZL A;  3L4T A;  3MMD A;  5BRQ A;  1W1P A;  3VII A;  1FA2 A;  4B3K A;  1LL4 A;  5AYB A;  4WKA A;  2J7G A;  3AS2 A;  4JFS A;  2CXG A;  1E4N A;  2WM0 A;  3TTY A;  4UFJ A;  1XCX A;  4D6D A;  2DSV A;  3ARV A;  3OBA A;  1FFQ A;  2JIE A;  7A3H A;  4W7V A;  2VO5 A;  4AZH A;  4MPK A;  2X05 A;  3WL0 A;  2V3G A;  5GNZ A;  4ACY A;  3PZN A;  1GNX A;  3VUP A;  1ISX A;  2Y8V A;  3PTK A;  4UR9 A;  3NDZ A;  3WQ8 A;  2X0H A;  1BHG A;  1VFU A;  1EH9 A;  1TCM A;  1UQZ A;  4AWE A;  1HT6 A;  2JE8 A;  3DYM A;  4A3H A;  4KWU A;  2YL5 A;  1HXJ A;  5JBF A;  4D6E A;  3CZK A;  5I79 A;  4WSK A;  1EO5 A;  3PZO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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